Interpretacja 0111-KDIB1-3.4010.126.2024.9.JG

Interpretacja indywidualna po wyroku sądu – stanowisko nieprawidłowe

Szanowni Państwo,

1)  ponownie rozpatruję sprawę Państwa wniosku z 4 marca 2024 r. (data wpływu do Organu tego samego dnia), o wydanie interpretacji indywidualnej – uwzględniam przy tym wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z 3 grudnia 2024 r. sygn. akt I SA/Wr 553/24 oraz Naczelnego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 17 lipca 2025 r. sygn. akt II FSK 299/25; i

2)  stwierdzam, że Państwa stanowisko w sprawie oceny skutków podatkowych opisanego stanu faktycznego w podatku dochodowym od osób prawnych jest nieprawidłowe.

Zakres wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej

4 marca 2024 r. wpłynął Państwa wniosek, z tego samego dnia o wydanie interpretacji indywidualnej, w zakresie ustalenia, czy w związku z tym, że zwolnieniom, o których mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a ustawy o CIT, podlega cały dochód z działalności Spółki wskazanej w Zezwoleniach oraz Decyzji o wsparciu, do wysokości limitu pomocy publicznej z nich wynikającego, Spółka uprawniona jest do chronologicznego wykorzystywania tego limitu, tj. Wnioskodawca w pierwszej kolejności uprawniony jest do wykorzystania limitu pomocy publicznej dostępnego w ramach Zezwolenia 1, a po jego wykorzystaniu, gdy limit pomocy publicznej wynikający z tego Zezwolenia nie jest wystarczający do objęcia całości dochodu z działalności na terenie SSE zwolnieniem podatkowym z art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, pomoc publiczna powinna być rozliczana zgodnie z limitem wynikającym z Zezwolenia 2 i Decyzji o wsparciu – w kolejności ustalonej zgodnie z datami ich wydania.

Treść wniosku jest następująca:

Opis stanu faktycznego

Na wstępie wskazać należy, że Spółka rozpoczęła swoją działalność w Polsce na terenie (…) (dalej: „SSE”, „(…)SSE”) w 20(…) r. pod poprzednią nazwą: Y jest członkiem X (dalej jako: „X”), dostawcy usług (…). X, w tym Wnioskodawca, specjalizują się w (…). Co także istotne, na mocy wpisu do Rejestru Przedsiębiorców Krajowego Rejestru Sądowego (dalej: „KRS”) z dnia (…), nastąpiła zmiana nazwy Spółki z Y na nazwę aktualną, tj. Z. Powyższe oznacza, że wszelkie wymienione poniżej decyzje administracyjne, pomimo, że zostały wydane na rzecz Wnioskodawcy w okresie posługiwania się inną nazwą spółki, to nadal pozostają w mocy, a ich beneficjent jest w istocie niezmienny. Spółka stała się bowiem sukcesorem wszystkich praw i obowiązków wynikających z Zezwoleń wydanych do tego czasu.

Spółka jest przedsiębiorcą podlegającym nieograniczonemu obowiązkowi podatkowego na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej i prowadzącym działalność gospodarczą na terenie SSE. Wnioskodawca jako członek X, zajmuje się (…), a przedmiot działalności Spółki, zgodnie z Polską Klasyfikacją (dalej: „PKD”) działalności, obejmuje m.in. poniższe kategorie:

-     (…).

Na rzecz Spółki, wydane zostały przez Agencję Rozwoju Przemysłu S.A. (dalej: „ARP”) jako zarządzającej (…)SSE następujące zezwolenia oraz decyzja o wsparciu na prowadzenie działalności na terenie SSE z tytułu realizacji nowych inwestycji: najpierw w postaci utworzenia nowego zakładu produkcyjnego, a następnie zwiększania zdolności produkcyjnej przedsiębiorstwa:

1)  Zezwolenie z dnia (…), nr (…), na prowadzenie działalności na terenie SSE rozumianej jako działalność produkcyjna i handlowa w zakresie wyrobów i usług wytworzonych na terenie strefy, określonych w następujących pozycjach Polskiej Klasyfikacji Wyrobów i Usług Głównego Urzędu Statystycznego (dot. Polskiej Klasyfikacji Wyrobów i Usług wprowadzonej Rozporządzeniem Rady Ministrów z dnia 6 kwietnia 2004 r. w sprawie Polskiej Klasyfikacji Wyrobów i Usług (t. j. Dz.U. 2004 nr 89 poz. 844 z późn. zm.; dalej: „Rozporządzenie w sprawie PKWiU 2004”) (dalej: „Zezwolenie 1”):

-     Sekcja D, podsekcja DL, (…):

-     (…);

-     Sekcja D, podsekcja DL, (…):

-     (…);

-     Sekcja D, podsekcja DL, (…);

-     Sekcja D, podsekcja DN, Dział (…);

-     Sekcja K, Dział (…);

-     Sekcja K, Dział (…);

-     Sekcja K, Dział (…).

2)  Zezwolenie z dnia (…), nr (…), na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie SSE, rozumianej jako działalność produkcyjna, handlowa i usługowa w zakresie wyrobów i usług wytworzonych na terenie SSE, określonych w następujących pozycjach Polskiej Klasyfikacji Wyrobów i Usług Głównego Urzędu Statystycznego, wprowadzonej Rozporządzeniem Rady Ministrów z dnia 4 września 2015 r. w sprawie Polskiej Klasyfikacji Wyrobów i Usług (t. j. Dz. U. z 2015 r., poz. 1676 z późn. zm. (dalej: „Rozporządzenie w sprawie PKWiU 2015”) (dalej jako „Zezwolenie 2”):

-     Sekcja C, Dział (…)

-     (…);

-     Sekcja C, Dział (…);

-     Sekcja S, Dział (…),

-     (…).

-     zwane dalej łącznie „Zezwoleniami”;

3)  Decyzja o wsparciu (…) z dnia (…) na prowadzenie na terenie SSE działalności gospodarczej, rozumianej jako działalność zarobkowa, wykonywana we własnym imieniu i w sposób ciągły, w zakresie określonym w następujących pozycjach PKWiU 2015 (dalej jako „Decyzja o wsparciu”):

-     Sekcja C, Dział (…)

-     (…),

-     Sekcja C, Dział (…),

-     Sekcja S, Dział (…),

-     (…).

Decyzja określa m.in. nieruchomości (numery działki gruntu), na których ma zostać zrealizowana Inwestycja i na których generowany może być dochód podlegający zwolnieniu, wskazując jednocześnie na zakres działalności gospodarczej Spółki podlegającej zwolnieniu.

Co także istotne, decyzja o wsparciu została wydana w związku z realizacją inwestycji polegającej na rozbudowie mocy produkcyjnych istniejącego wówczas zakładu poprzez rozbudowę jego przestrzeni produkcyjnej i niezbędnej infrastruktury towarzyszącej na posiadanym przez Spółkę gruncie. W ramach inwestycji wykonane zostanie więc m.in. powiększenie parku przemysłowego.

Pomimo pozornej rozbieżności wynikających z innych symboli PKWiU użytych w Zezwoleniu 1 a w Zezwoleniu 2 i Decyzji o wsparciu, Spółka podkreśla, iż w istocie zakres działalności gospodarczej określonej wg PKWiU w Zezwoleniu 2 i Decyzji o wsparciu obejmuje w całości zakres działalności gospodarczej określonej wg PKWiU w Zezwoleniu 1, które zostało wydane najwcześniej i odzwierciedla ten profil działalności, który pozostaje niezmienny od momentu rozpoczęcia działalności Z w Polsce.

Różnica w zakresie kodów PKWiU wskazanych w tej dokumentacji wynika jedynie ze zmian legislacyjnych określonych rozporządzeniem w sprawie PKWIU 2008, na podstawie którego wprowadzono nową klasyfikację wyrobów i usług oraz utraciło moc Rozporządzenie w sprawie PKWiU 2004.

Zgodnie z § 2 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 29 sierpnia 2008 r. w sprawie PKWiU (Dz.U. 2008 nr 207 poz. 1293) w ewidencji i dokumentacji oraz rachunkowości, a także w urzędowych rejestrach i systemach informacyjnych administracji publicznej do dnia 31 grudnia 2009 r. stosuje się równolegle Polską Klasyfikację Wyrobów i Usług (PKWiU) wprowadzoną rozporządzeniem Rady Ministrów z dnia 6 kwietnia 2004 r. w sprawie Polskiej Klasyfikacji Wyrobów i Usług (PKWiU).

Natomiast, na mocy § 4 tego rozporządzenia „traci moc rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 6 kwietnia 2004 r. w sprawie Polskiej Klasyfikacji Wyrobów i Usług (PKWiU)”.

Załącznikiem do rozporządzenia w sprawie PKWIU z 2008 r., dodano Klucze powiązań PKWiU 2004 - PKWiU 2008 oraz PKWiU 2008 - PKWiU 2004, z których jasno wynika, że działalność gospodarcza na jakiej prowadzenie wyrażono zgodę we wszystkich otrzymanych przez Spółkę Zezwoleniach i Decyzji o Wsparciu, jest analogiczna, a więc nie powstaje wątpliwość co do spójności zakresu działalności objętej zwolnieniem z opodatkowania według klasyfikacji PKWiU.

Wprowadzanie przez Ustawodawcę zmian w zakresie klasyfikacji wyrobów i usług na przestrzeni lat, było całkowicie niezależne od Spółki, co nie może wiązać się z negatywnymi konsekwencjami, w tym prowadzącymi do uznania, że działalność wymieniona w Zezwoleniu 1 nie jest zbieżna z działalnością wynikającą z Zezwolenia 2 i Decyzji o wsparciu.

Poniżej Spółka przedstawia tabelę, w której przedstawiono szczegółowo powiązania pomiędzy kodami PKWiU wynikającymi z Zezwoleń i Decyzji o wsparciu, w odniesieniu do przedmiotu działalności Spółki (dalej: „Tabela”).

(…)

Dodatkowo, w związku z utratą mocy obowiązującej kodów wskazanych w klasyfikacji PKWiU 2004 lub nie prowadzeniem ostatecznie działalności w danym obszarze, Wnioskodawca podjął decyzję o wykreśleniu z KRS przedmiotów działalności odpowiadających kodom PKWiU 2004, które przestały obowiązywać, tj.:

-     (…).

Na ich miejsce częściowo wprowadzono kody klasyfikacji PKWiU 2015, odpowiadające kodom ekwiwalentnym co do znaczenia z klasyfikacji z 2004 r., które utraciły moc obowiązywania.

Należy także zaznaczyć, że wnioskowanie o wydanie Zezwolenia 2 motywowane było chęcią zwiększenia ówczesnej zdolności produkcyjnej zakładu (co zostało osiągnięte dzięki uzyskaniu wskazanego Zezwolenia), niemniej nie doprowadziło to zmiany profilu działalności Spółki.

Każde z Zezwoleń i Decyzja o wsparciu określają warunki prowadzenia przez Spółkę działalności na terenie SSE, jakimi są m.in. poniesienie minimalnej kwoty nakładów inwestycyjnych (kosztów kwalifikowanych nowej inwestycji) czy zwiększenie średniorocznego zatrudnienia.

Mając na względzie, że Spółka spełniła już warunki przewidziane w Zezwoleniach, Z korzysta ze zwolnień z opodatkowania podatkiem dochodowym od osób prawnych z tytułu dochodów uzyskiwanych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej, o którym mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT na podstawie Zezwolenia 1.

Z prowadzi odrębną ewidencję rachunkową dla celów określenia wysokości dochodu (straty) z tytułu prowadzenia działalności opodatkowanej na zasadach ogólnych oraz odrębną ewidencję rachunkową dla celów określenia wysokości dochodu (straty) z tytułu prowadzenia działalności gospodarczej na terenie SSE w oparciu o posiadane Zezwolenia lub Decyzję o wsparciu, przy czym ta ewidencja w zakresie dyskontowania kosztów kwalifikowanych oraz pomocy publicznej jest oddzielna dla każdej z inwestycji, tj. dla każdego Zezwolenia i Decyzji o wsparciu dyskontowanie dokonywane jest zgodnie z przepisami dotyczącymi każdego z nich.

Spółka traktuje jako zwolnione z opodatkowania CIT wszystkie dochody uzyskiwane przez nią z tytułu działalności gospodarczej określonej łącznie w obydwu Zezwoleniach i w Decyzji o wsparciu.

Spółka jest w trakcie wykorzystywania limitu zwolnienia przysługującego jej na podstawie Zezwolenia 1 natomiast Wnioskodawca w roku podatkowym 2023 r. rozpocznie wykorzystywanie limitu pomocy publicznej z Zezwolenia 2 oraz jest w trakcie realizacji inwestycji będącej przedmiotem Decyzji o wsparciu, ale nie korzysta z limitu zwolnienia nią określonego.

Pytanie

Czy w związku z tym, że zwolnieniom, o których mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a ustawy o CIT, podlega cały dochód z działalności Spółki wskazanej w Zezwoleniach oraz Decyzji o wsparciu, do wysokości limitu pomocy publicznej z nich wynikającego, Spółka uprawniona jest do chronologicznego wykorzystywania tego limitu, tj. Wnioskodawca w pierwszej kolejności uprawniony jest do wykorzystania limitu pomocy publicznej dostępnego w ramach Zezwolenia 1, a po jego wykorzystaniu, gdy limit pomocy publicznej wynikający z tego Zezwolenia nie jest wystarczający do objęcia całości dochodu z działalności na terenie SSE zwolnieniem podatkowym z art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, pomoc publiczna powinna być rozliczana zgodnie z limitem wynikającym z Zezwolenia 2 i Decyzji o wsparciu - w kolejności ustalonej zgodnie z datami ich wydania?

Państwa stanowisko w sprawie

Zwolnieniu z CIT powinien podlegać cały dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE na podstawie Zezwoleń i Decyzji o wsparciu, w ten sposób, że w pierwszej kolejności wykorzystywany jest limit pomocy publicznej w ramach Zezwolenia 1, a po jego wykorzystaniu, gdy limit pomocy publicznej z niego wynikający nie jest wystarczający do objęcia całości dochodu strefowego zwolnieniem podatkowym, o którym mowa w art. 17 ust. 34 i 34a ustawy o CIT, otrzymana pomoc publiczna powinna być rozliczana z dostępnymi limitami wynikającymi z Zezwolenia 2 i Decyzji o wsparciu – w kolejności chronologicznej, tj. ustalonej zgodnie z datami ich wydania.

UZASADNIENIE

Ad. 1 Dochód objęty zwolnieniem podatkowym.

Zgodnie z art. 3 ust.1 ustawy o CIT Podatnicy, jeżeli mają siedzibę lub zarząd na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej, podlegają obowiązkowi podatkowemu od całości swoich dochodów, bez względu na miejsce ich osiągania.

Art. 7 ust. 1 ustawy o CIT, mówi, że przedmiotem opodatkowania podatkiem dochodowym jest dochód stanowiący sumę dochodu osiągniętego z zysków kapitałowych oraz dochodu osiągniętego z zysków kapitałowych oraz dochodu osiągniętego z innych źródeł przychodów.

W art. 17 ustawy o CIT, ustawodawca wprowadził katalog dochodów, a w niektórych przypadkach także przychodów osiąganych przez podatników CIT, które korzystają ze zwolnienia podatkowego. Zgodnie z tym przepisem, wolne od podatku są m.in.:

34) dochody, z zastrzeżeniem ust. 4-6d, uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (Dz. U. z 2020 r. poz. 1670 oraz z 2021 r. poz. 2105), przy czym wielkość pomocy publicznej udzielanej w formie tego zwolnienia nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z odrębnymi przepisami;

34a) dochody podatników, z zastrzeżeniem ust. 4-6d, z działalności gospodarczej osiągnięte z realizacji nowej inwestycji określonej w decyzji o wsparciu, o której mowa w ustawie z dnia 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji (Dz. U. z 2020 r. poz. 1752 oraz z 2021 r. poz. 2105), i uzyskane na terenie określonym w tej decyzji o wsparciu, przy czym wielkość pomocy publicznej udzielanej w formie tego zwolnienia nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z odrębnymi przepisami.

Zwolnienia podatkowe, o których mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a ustawy o CIT, przysługują podatnikowi wyłącznie z tytułu dochodów uzyskanych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu (art. 17 ust. 4 ustawy o CIT).

Zgodnie z art. 12 ust. 1 ustawy o SSE, dochody uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy w ramach zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 ustawy o SSE, przez osoby prawne lub osoby fizyczne prowadzące działalność gospodarczą są zwolnione od podatku dochodowego, odpowiednio na zasadach określonych w przepisach o podatku dochodowym od osób prawnych lub w przepisach o podatku dochodowym od osób fizycznych.

W art. 16 ust. 1 ustawy o SSE wskazano, że podstawą do korzystania z pomocy publicznej jest zezwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie danej strefy uprawniające do korzystania z pomocy publicznej. Dodatkowo, myśl art. 4 ustawy o WNI, zwolnienie od podatku dochodowego na zasadach określonych odpowiednio w przepisach o podatku dochodowym od osób prawnych albo w przepisach o podatku dochodowym od osób fizycznych, stanowi pomoc regionalną, przy czym wielkość tej pomocy publicznej nie może przekroczyć jej maksymalnej dopuszczalnej wielkości określonej w przepisach wydanych na podstawie art. 14 ust. 3.

Z kolei w myśl art. 13 ust. 1 ustawy o WNI, wsparcie udzielane jest przedsiębiorcy realizującemu nową inwestycję, w drodze decyzji o wsparciu. Wsparcie to jest udzielane w formie zwolnienia od podatku dochodowego, na zasadach określonych odpowiednio w przepisach o podatku dochodowym od osób prawnych albo w przepisach o podatku dochodowym od osób fizycznych (art. 3 zd. 1 ustawy o WNI).

Decyzja o wsparciu określa oprócz okresu jej obowiązywania, warunków, które przedsiębiorca jest obowiązany spełnić, także przedmiot działalności gospodarczej. Sama decyzja o wsparciu ma kluczowe znaczenie dla uzyskania pomocy publicznej, gdyż zgodnie z art. 13 ust. 1 ustawy o WNI wsparcie udzielane jest przedsiębiorcy realizującemu nową inwestycję, w drodze właśnie decyzji o wsparciu (art. 15 ust. 1 ustawy o WNI).

Przepisy art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a ustawy o CIT odsyłają do treści zezwoleń i decyzji o wsparciu w zakresie oznaczania przedmiotu działalności gospodarczej, której dotyczyć ma pomoc publiczna. Dokonując ich analizy zauważyć należy, że podstawą do skorzystania ze zwolnień przewidzianych w tych przepisach jest prowadzenie działalności gospodarczej określonej zezwoleniem na prowadzenie działalności na terenie specjalnej strefy ekonomicznej lub decyzją o wsparciu. Wskazane przepisy odczytywać należy łącznie z art. 17 ust. 4 ustawy o CIT, który (jak wskazano powyżej) ogranicza prawo do skorzystania ze wspomnianych zwolnień do dochodów uzyskanych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie określonym w zezwoleniu lub z tytułu dochodów uzyskanych z realizacji nowej inwestycji na terenie określonym w decyzji o wsparciu.

Zwolnienia te mają charakter pomocy publicznej, a jej wielkość nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z odrębnymi przepisami.

Odnosząc się z kolei do pojęcia działalności, o której mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, należy przez nie rozumieć także działalność prowadzoną przez przedsiębiorstwo funkcjonujące przed uzyskaniem decyzji o wsparciu oraz odnieść się w pierwszej kolejności do znaczenia pojęcia nowej inwestycji.

Zgodnie z definicją legalną zawartą w art. 2 ust. 1 ustawy o WNI, przez „nową inwestycję” ustawodawca rozumie:

a)  inwestycję w rzeczowe aktywa trwałe lub wartości niematerialne i prawne związane z założeniem nowego zakładu, zwiększeniem zdolności produkcyjnej istniejącego zakładu, dywersyfikacją produkcji zakładu przez wprowadzenie produktów uprzednio nieprodukowanych w zakładzie lub zasadniczą zmianą dotyczącą procesu produkcyjnego istniejącego zakładu lub

b)  nabycie aktywów należących do zakładu, który został zamknięty lub zostałby zamknięty, gdyby zakup nie nastąpił, przy czym aktywa nabywane są przez przedsiębiorcę niezwiązanego ze sprzedawcą i wyklucza się samo nabycie akcji lub udziałów przedsiębiorstwa.

W rezultacie wskazać należy, że nowa inwestycja nie musi polegać tylko na założeniu nowego przedsiębiorstwa. Może być ona realizowana w ramach przedsiębiorstwa istniejącego i polegać na np. zwiększeniu jego zdolności produkcyjnej w drodze modernizacji i rozbudowy już funkcjonujących środków trwałych. W orzecznictwie sądów administracyjnych wskazuje się, że zasadniczy problem jaki wynika z definicji pojęcia „nowej inwestycji” polega na tym, czy zwolnieniu podatkowemu podlega wówczas cały dochód przedsiębiorstwa uzyskany z działalności gospodarczej wskazanej w decyzji o wsparciu i na terenie określonym w tej decyzji, czy też jedynie dochód związany z realizacją danego (nowego) projektu inwestycyjnego (Tak m.in. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego (dalej: „NSA”) z dni: 27 stycznia 2023 r., sygn. akt II FSK 1462/20, 26 stycznia 2023 r., sygn. akt II FSK 1432/20, 20 stycznia 2023 r., sygn. akt II FSK 1424/20 oraz wyrok Wojewódzkiego Sądy Administracyjnego w Łodzi (dalej: „WSA w Łodzi”) z dnia 12 marca 2020 r., sygn. akt I SA/Łd 837/19 (orzeczenie prawomocne).

Idąc dalej, w kontekście przywołanego powyżej art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT za uzasadnione należy uznać stanowisko, że podatnik nabywa prawo do przedmiotowego zwolnienia podatkowego tylko wtedy, gdy spełni kumulatywnie dwa warunki:

1)  prowadzi działalność gospodarczą określoną w decyzji o wsparciu,

2)  dochody z tej działalności uzyskiwane są na terenie wskazanym w decyzji o wsparciu.

Z art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a w zw. z art. 17 ust. 4 ustawy o CIT, nie wynika więc, aby warunkiem skorzystania ze zwolnienia było osiągnięcie dochodu z konkretnej inwestycji wymienionej w decyzji o wsparciu. Przepisy podatkowe nie przewidują obowiązku ustalenia wyniku podatkowego osiągniętego jedynie w ramach projektu inwestycyjnego, na który uzyskano decyzję o wsparciu.

W konsekwencji należy uznać, że zwolnieniem podatkowym przewidzianym w art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, objęty jest cały dochód Spółki z działalności gospodarczej prowadzonej przez nią na terenie określonym w Decyzji o wsparciu w ramach rodzajów działalności wskazanych w jej treści, a więc także z działalności prowadzonej na postawie Zezwoleń, do wysokości limitu przyznanej pomocy publicznej. Brak jest podstaw do uznania, aby w przedstawionej sytuacji zwolnieniu podatkowemu podlegał tylko dochód związany z realizacją danego, nowego projektu inwestycyjnego. Przepisy podatkowe nie określają w ogóle zasad kalkulowania wysokości zwolnienia wyłącznie w oparciu o dochód osiągnięty w ramach nowej inwestycji. W związku z tym, że realizowana przez Spółkę na podstawie Decyzji o wsparciu nowa inwestycja polega na zwiększeniu zdolności produkcyjnych przedsiębiorstwa poprzez rozbudowę jego przestrzeni produkcyjnej i niezbędnej infrastruktury towarzyszącej na posiadanym przez Spółkę gruncie, na którą składałyby się zarówno elementy „stare”, tj. nabyte przez podatnika przed rozpoczęciem nowej inwestycji w trakcie obowiązywania Zezwoleń na prowadzenie działalności na terenie specjalnej strefy ekonomicznej, jak i „nowe” elementy - zakupione już w ramach nowej inwestycji, ze względu na stopień zespolenia owych „starych” i „nowych” elementów linii produkcyjnej, mogłoby się okazać praktycznie niemożliwe lub nadmiernie utrudnione wydzielenie dochodu przypadającego wyłącznie na nową inwestycję. Mimo zatem dokonania inwestycji, Spółka nie mogłaby wówczas skorzystać ze zwolnienia podatkowego, co pozostawałoby w sprzeczności z brzmieniem art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a ustawy o CIT i z celem tej regulacji. Omawiane zwolnienie podatkowe ma charakter stymulacyjny (bodźcowy). Jego istota polega na zachęceniu podatników do realizacji celów gospodarczych służących trwałemu rozwojowi gospodarczemu kraju i wzrostowi konkurencyjności gospodarki (Por. Uzasadnienie do rządowego projektu ustawy o WNI, Sejm VIII kadencji, druk nr 2307 (dalej: „Uzasadnienie”)).

Jak wskazano w Uzasadnieniu wprowadzenie regulacji ustawy o WNI wynikało z faktu, że w miarę upływu lat nie dostosowano przewidzianego w ustawie o SSE instrumentu wsparcia przedsiębiorców do zmieniających się potrzeb i wyzwań ekonomicznych oraz zmian w administracji publicznej i strategii gospodarczej Polski. Z tego względu projektodawcy uważają, iż wdrożenie nowej koncepcji wspierania inwestycji w ramach instrumentu zwolnień podatkowych jest zasadne.

Na podstawie powyższego, należy więc stwierdzić, że norma prawna wyprowadzona z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT przy użyciu wyłącznie wykładni językowej jest wystarczająca do uzyskania jednoznacznego rezultatu, sprowadzającego się do przyjęcia, że zwolnieniem podatkowym, o którym mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, objęte są dochody zarówno z dotychczasowej działalności (a więc także objętej Zezwoleniami), jak i nowej inwestycji (z działalności określonej w Decyzji o wsparciu).

Takie stanowisko znajduje także potwierdzenie w okoliczności, że działalność gospodarcza Spółki wskazana w Zezwoleniu 1 oraz Zezwoleniu 2 i Decyzji o wsparciu jest zbieżna, tj. profil produkcyjny przedsiębiorstwa pozostaje ten sam, jako że Spółka w ramach swojej działalności wytwarza nadal ten sam asortyment produktów, a zmianie ulegają techniczne możliwości do wytwarzania ich w innym rozmiarze (ilości).

Gdyby zamiarem ustawodawcy było rzeczywiste ograniczenie zakresu zwolnienia podatkowego wyłącznie do części dochodu uzyskanego z nowej inwestycji, to takie zastrzeżenie powinno znaleźć wprost odzwierciedlenie w treści wskazanego przepisu. Stanowisko, iż na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a w zw. z art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT zwolnione mogą być wyłącznie dochody uzyskiwane z nowej inwestycji, stanowiłoby zatem bezpodstawną próbę modyfikacji treści jednoznacznego unormowania.

Takie stanowisko znajduje także potwierdzenie w orzecznictwie sądów administracyjnych. Przykładowo NSA w wyroku z dnia 27 stycznia 2023 r., sygn. akt II FSK 1462/20 wskazał:

Naczelny Sąd Administracyjny nie zgadza się z wykładnią przepisów regulujących przedmiotowe zwolnienie, która powinna uwzględniać koncepcję ścisłych powiązań pomiędzy inwestycją nową, a już istniejącą, jako istotną okoliczność mogącą mieć wpływ na zakres zwolnienia. Jakkolwiek na wymóg istnienia ścisłych związków wskazano w interpretacji ogólnej wydanej 25 października 2019 r. przez Ministra Finansów, Inwestycji i Rozwoju w sprawie sposobu ustalania dochodu zwolnionego z opodatkowania podatkiem dochodowym od osób prawnych lub podatkiem dochodowym od osób fizycznych, uzyskanego z działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu, to jednakże treść analizowanego art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p. nie wskazuje, aby zamiarem ustawodawcy było uzależnienie przyznania zwolnienia, od wykazania istnienia ścisłych związków pomiędzy dotychczasową, a nową inwestycją. Przyjęcie takiego stanowiska za zasadne, stanowiłoby podstawę do przyjęcia dodatkowej przesłanki zwolnienia dochodu z opodatkowania, która de facto nie znajdowałaby oparcia w przepisie prawa. Potwierdza to także nowelizacja art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p. dokonana począwszy od 1 stycznia 2022 r., mocą której przepis ten otrzymał następujące brzmienie: „Wolne od podatku są dochody podatników, z zastrzeżeniem ust. 4-6d, z działalności gospodarczej osiągnięte z realizacji nowej inwestycji określonej w decyzji o wsparciu, o której mowa w ustawie z dnia 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji (Dz. U. z 2020 r. poz. 1752), i uzyskane na terenie określonym w tej decyzji o wsparciu, przy czym wielkość pomocy publicznej udzielanej w formie tego zwolnienia nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z odrębnymi przepisami”. Nie ulega zatem wątpliwości, że zmiana ta miała charakter normatywny (Por. analogiczne stanowisko wyrażone w wyrokach NSA z dnia 26 stycznia 2023 r., sygn. akt II FSK 1432/20, oraz z dnia 20 stycznia 2023 r., sygn. akt II FSK 1424/20).

Ponadto:

-     wyrok NSA z dnia 9 czerwca 2022 r., sygn. akt II FSK 357/21, w którym stwierdzono:

Zdaniem NSA w niniejszej sprawie nie występują przyczyny, dla których zachodzi konieczność uzupełnienia wykładni literalnej o metody celowościowe, funkcjonalne, czy też systemowe. Należy zaznaczyć, że norma prawna wyprowadzona z art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p. przy użyciu wyłącznie wykładni językowej jest wystarczająca do uzyskania jednoznacznego rezultatu, sprowadzającego się do przyjęcia, że zwolnieniem podatkowym objęte są dochody zarówno z dotychczasowej działalności, jak i nowej inwestycji (o ile są to dochody z działalności określonej w decyzji o wsparciu). Gdyby zamiarem ustawodawcy było rzeczywiste ograniczenie zakresu zwolnienia podatkowego wyłącznie do części dochodu uzyskanego z nowej inwestycji, to takie zastrzeżenie powinno znaleźć wprost odzwierciedlenie w treści wskazanego przepisu. Stanowisko, iż tylko na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p. zwolnione mogą być wyłącznie dochody uzyskiwane z nowej inwestycji stanowi zatem bezpodstawną próbę modyfikacji treści jednoznacznego unormowania. Ponadto zgodzić się należy z Sądem I instancji, że w sytuacji, gdy nowe inwestycje polegają na zwiększeniu zdolności produkcyjnej zakładu, to wydzielenie dochodu przypadającego wyłącznie na nową inwestycję może okazać się nadmiernie utrudnione lub wręcz niemożliwe.

-     wyrok NSA z dnia 30 listopada 2022 r., sygn. akt II FSK 850/20:

(...) zwolnieniem podatkowym przewidzianym w art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p. objęty jest cały dochód Spółki z działalności gospodarczej prowadzonej przez nią na terenie określonym w decyzji o wsparciu w ramach rodzajów działalności wskazanych w jej treści, do wysokości limitu przyznanej pomocy publicznej. Należy zaznaczyć, że norma prawna wyprowadzona z art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p. przy użyciu wyłącznie wykładni językowej jest wystarczająca do uzyskania jednoznacznego rezultatu, sprowadzającego się do przyjęcia, że zwolnieniem podatkowym objęte są dochody zarówno z dotychczasowej działalności, jak i nowej inwestycji (o ile są to dochody z działalności określonej w decyzji o wsparciu).

Na powyższe pozostaje bez zmian fakt, że Spółka prowadzi ewidencję, w której uwzględnia dyskontowanie kosztów kwalifikowanych, dostępnej puli pomocy publicznej i wykorzystywanej pomocy oddzielnie dla każdego z Zezwoleń i Decyzji.

Ad. 2 Chronologiczne rozliczanie limitu pomocy publicznej.

W myśl art. 4 ustawy o WNI, zwolnienie od podatku dochodowego na zasadach określonych odpowiednio w przepisach o podatku dochodowym od osób prawnych albo w przepisach o podatku dochodowym od osób fizycznych, stanowi pomoc regionalną, przy czym wielkość tej pomocy publicznej nie może przekroczyć jej maksymalnej dopuszczalnej wielkości określonej w przepisach wydanych na podstawie art. 14 ust. 3.

Z kolei, zgodnie z art. 14 ust. 1 ustawy o WNI, decyzję o wsparciu wydaje się na realizację nowej inwestycji, która spełnia kryteria ilościowe i jakościowe, w ramach działalności gospodarczej niewyłączonej zgodnie z przepisami rozporządzenia wydanego rzez Radę Ministrów. Na moment składania niniejszego wniosku, obowiązującym aktem prawnym w tym zakresie jest rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 27 grudnia 2022 r. w sprawie udzielenie pomocy publicznej udzielanej niektórym przedsiębiorcom na realizację nowych inwestycji (Dz. U. z 2022 r. poz. 2864).

Art. 13 ust. 6 ustawy o WNI mówi, iż „w przypadku gdy przedsiębiorca posiada co najmniej dwie decyzje o wsparciu, rozliczenie pomocy publicznej następuje zgodnie z kolejnością wydania decyzji o wsparciu”, a w art. 13 ust. 7 tej ustawy wskazano natomiast, że w przypadku, gdy przedsiębiorca korzysta z pomocy publicznej na podstawie decyzji o wsparciu oraz na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 Ustawy o SSE, dla rozliczenia łącznej pomocy publicznej przyznanej temu przedsiębiorcy przepis ust. 6 stosuje się odpowiednio.

Pomoc publiczna, która udzielana jest podatnikowi prowadzącemu działalność gospodarczą na terenie strefy na podstawie zezwolenia stanowi pomoc regionalną z tytułu kosztów nowej inwestycji lub tworzenia nowych miejsc pracy.

Analogiczna regulacja została zawarta w art. 12 ust. 2 ustawy o SSE, zgodnie z którym w przypadku gdy przedsiębiorca posiada co najmniej dwa zezwolenia, o których mowa w art. 16 ust. 1, przyjmuje się, że rozliczenie pomocy publicznej następuje zgodnie z kolejnością wydawania zezwoleń. Zgodnie natomiast z art. 12 ust. 1 ustawy o SSE dochody uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy w ramach zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1, przez osoby prawne lub osoby fizyczne prowadzące działalność gospodarczą są zwolnione od podatku dochodowego, odpowiednio na zasadach określonych w przepisach o podatku dochodowym od osób prawnych lub w przepisach o podatku dochodowym od osób fizycznych. Zwolnienie to stanowi pomoc publiczną, przy czym wielkość tej pomocy nie może przekroczyć jej maksymalnej wielkości określonej w przepisach wydanych na podstawie art. 4 ust. 4.

Powyższe wskazuje więc na podobieństwo regulacji zawartych w art. 12 ust. 2 ustawy o SSE oraz w art. 13 ust. 6 i ust. 7 ustawy o WNI, bowiem wynika z nich chronologiczna kolejność rozliczania pomocy.

W § 5 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 10 grudnia 2008 r. w sprawie pomocy publicznej udzielanej przedsiębiorcom działającym na podstawie zezwolenia na prowadzenie działalności gospodarczej na terenach specjalnych stref ekonomicznych (Dz. U. z 2008 r. Nr 232 poz. 1548 z późn. zm. (dalej: „Rozporządzenie SSE”), wskazano:

1. Zwolnienie od podatku dochodowego z tytułu kosztów nowej inwestycji przysługuje przedsiębiorcy, począwszy od miesiąca, w którym poniósł wydatki inwestycyjne w okresie od dnia uzyskania zezwolenia, aż do wyczerpania dopuszczalnej pomocy regionalnej.

5. Zwolnienia, o których mowa w ust. 1 i 3, przysługują wyłącznie z tytułu działalności prowadzonej na terenie strefy. W przypadku prowadzenia przez przedsiębiorcę działalności gospodarczej również poza obszarem strefy, działalność prowadzona na terenie strefy musi być wydzielona organizacyjnie, a wielkość zwolnienia określa się w oparciu o dane jednostki organizacyjnej prowadzącej działalność wyłącznie na terenie strefy.

W treści przedmiotowych przepisów nie zawarto żadnych zastrzeżeń dotyczących wyjątków od zasady chronologicznego rozliczania pomocy publicznej na podstawie zezwoleń i decyzji o wsparciu. Stąd, skoro ustawodawca tych rozróżnień nie wprowadził, to nie powinny one być domniemywane. Z uwagi na to, że de lege lata brak jest wyjątków w tym zakresie to należy uznać, że owa zasada ma charakter uniwersalny.

Na gruncie prawa podatkowego przyjmuje się przede wszystkim dyrektywę prymatu wykładni językowej. Odstąpienie od wykładni językowej oraz przyjęcie wykładni celowościowej lub systemowej, możliwe jest tylko w sytuacji, gdy wyniki wykładni językowej w sposób rażący naruszają określone podstawowe wartości (co w ocenie Spółki nie ma miejsca w sprawie będącej przedmiotem wniosku). Przemawia za tym ochrona podatnika, tak aby mógł on układać swoje sprawy w zaufaniu do tego, że nałożone na niego przez ustawodawcę ciężary i świadczenia publiczne nie zostaną ukształtowane na jego niekorzyść w oparciu o funkcjonalne czy celowościowe dyrektywy interpretacji prawa. W doktrynie prawa podatkowego przyjmuje się także, że odstąpienie od wykładni językowej jest możliwe, gdy nie doprowadzi to do rezultatów pogarszających sytuację podatnika. W świetle zasady zaufania obywatela do państwa i stanowionego przez nie prawa, będącej implikacją klauzuli demokratycznego państwa prawnego (wyrażonej w art. 2 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 2 kwietnia 1997 r. ), oraz zasady, zgodnie z którą obowiązek ponoszenia ciężarów i świadczeń publicznych jest ograniczony nakazem absolutnej wyłączności ustawy (art. 84 i art. 217 Konstytucji RP), nie jest dopuszczalne wymaganie od podatnika ponoszenia ciężarów i świadczeń publicznych, które nie wynikają wprost z wypowiedzi ustawodawcy, lecz zostały ukształtowane przez organy stosujące prawo na skutek metod wykładni pozajęzykowej. Nie jest zatem dopuszczalne, aby przepisy określające ciężary lub świadczenia publiczne były w praktyce organów podatkowych czy sądów interpretowane w sposób rozszerzający przy wykorzystaniu pozajęzykowych metod wykładni prawa.

Obecnie Spółka korzysta z pomocy z tytułu kosztów kwalifikowanych określonych w Zezwoleniu 1.

Przepis § 3 ust. 1 pkt 1 Rozporządzenia SSE, zgodnie z którym wielkość pomocy z tytułu kosztów nowej inwestycji liczona jest jako iloczyn maksymalnej intensywności pomocy określonej dla danego obszaru i kosztów inwestycji kwalifikujących się do objęcia pomocą, określonych w § 6 Rozporządzenia SSE. Z uwagi na treść § 7 Rozporządzenia SSE, w którym wskazane jest, że koszty inwestycji oraz wielkość pomocy są dyskontowane na dzień uzyskania zezwolenia, wartość otrzymanej pomocy publicznej powinna być w pierwszej kolejności dyskontowana na dzień udzielenia zezwolenia wydanego najwcześniej, a następnie po wyczerpaniu limitu pomocy wynikającego z tego zezwolenia lub utraty jego ważności, na dzień wydania kolejnych zezwoleń (chronologicznie).

Powyższe stanowi, że limit dostępnej pomocy publicznej określany jest jako iloczyn maksymalnej intensywności pomocy publicznej określonej dla danego obszaru i zdyskontowanej wartości kosztów kwalifikujących się do objęcia pomocą. A co za tym idzie, na przedsiębiorcy prowadzącym działalność w strefie nie ciąży obowiązek wydzielania organizacyjnego działalności prowadzonej na podstawie różnych zezwoleń strefowych, jak również wyodrębniania wyniku podatkowego osiągniętego w ramach poszczególnych projektów inwestycyjnych, objętych różnymi zezwoleniami.

Wyżej powołane przepisy wskazują wprost, że rozliczenie pomocy publicznej następuje zgodnie z kolejnością wydania Zezwoleń i Decyzji o wsparciu. Co ważne, we wspominanym art. 13 ust. 6 ustawy o WNI użyto formy czasownikowej tj. „następuje”, zatem można twierdzić, że podatnik ma nie tyle prawo, ile wręcz obowiązek rozliczania zwolnienia podatkowego zgodnie z chronologią wydanych zezwoleń oraz decyzji o wsparciu.

Celem uzyskania Decyzji o wsparciu oraz nowej inwestycji realizowanej w ramach działalności Spółki, było kolejne (po Zezwoleniu 2) zwiększenie zdolności produkcyjnej przedsiębiorstwa. Nie budzi zatem wątpliwości, że z opisanego przez Wnioskodawcę stanu faktycznego wynika, że realizuje on nową inwestycję w rozumieniu art. 2 ust. 1 lit. a ustawy o WNI. Zwiększenie zdolności produkcyjnej może bowiem opierać się nie tylko na budowie zupełnie nowych obiektów, ale także na poczynieniu nakładów na obiektach już istniejących. Potwierdza to treść § 8 ust. 1 pkt 3 Rozporządzenia w spr. nowych inwestycji, który wskazuje, że do kosztów kwalifikujących się do objęcia wsparciem na nowe inwestycje zalicza się nie tylko budowę nowych środków trwałych, ale również koszty będące kosztem rozbudowy lub modernizacji istniejących środków trwałych.

Co istotne z punktu widzenia stanu faktycznego będącego przedmiotem wniosku, uzyskanie Zezwolenia 1 i Zezwolenia 2 oraz Decyzji o wsparciu stanowiło realizację założonego planu rozwoju Spółki, a w okresie obowiązywania tych aktów prawnych, Spółka nie dokonywała zmiany ani terenu na jakim prowadziła działalność, ani przedmiotu swojej działalności. Za taką zmianę nie może być w szczególności uznana zmiana kodów PKD w KRS oraz kodów PKWiU wynikających z Zezwolenia 1 a Zezwolenia 2 i Decyzji o wsparciu, która wynikała ze zmiany stanu prawnego oraz wprowadzenia przez ustawodawcę zmian w zakresie klasyfikacji PKWiU.

Mając na względzie powyższe, Spółka stoi na stanowisku, że prawidłowe jest, iż zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych powinien podlegać dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej prowadzonej na podstawie Zezwoleń i Decyzji o wsparciu chronologicznie, w ten sposób, że w pierwszej kolejności wykorzystany zostanie limit dostępnej pomocy publicznej w ramach Zezwoleń, a po jego wyczerpaniu - dochód z działalności wskazanej w Decyzji o wsparciu. Takie stwierdzenie znajduje potwierdzenie bezpośrednio w przepisach zarówno ustawy o SSE, jak i ustawy o WNI, w szczególności w art. 13 ust. 7 ustawy o WNI, który wprost stanowi o sytuacji, gdy przedsiębiorca korzysta ze zwolnienia zarówno na podstawie zezwoleń, jak i decyzji o wsparciu.

Także orzecznictwo sądów administracyjnych wykształciło linię orzeczniczą akceptującą taki sposób rozliczania pomocy publicznej. Sąd administracyjne w licznych wyrokach prezentują stanowisko, w którym akceptują rozliczanie pomocy publicznej w omawianym zakresie zgodnie z chronologią wydanych zezwoleń, z uwzględnieniem dochodu ustalanego łącznie z całej działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE, bez konieczności przyporządkowania poszczególnych limitów pomocy publicznej do poszczególnych inwestycji. Przykładowo:

-     wyrok NSA z dnia 13 grudnia 2019 r., sygn. akt II FSK 300/18, w którym stwierdzono, że:

zwolnieniem z podatku dochodowego na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT może zostać objęty dochód ustalony łącznie z całej działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie wszystkich posiadanych przez dany podmiot zezwoleń aż do wysokości ograniczeń wynikających z tych zezwoleń, bez konieczności przyporządkowywania poszczególnych limitów pomocy publicznej do poszczególnych inwestycji określonych w kolejno wydawanych zezwoleniach na podstawie art. 16 ustawy o SSE.

Spółka wskazuje, że pomimo tego, iż wskazany powyżej wyrok dotyczy wyłącznie kolejności rozliczania zezwoleń na prowadzenie działalności na terenie specjalnej strefy ekonomicznej, to konkluzje z niego wynikające powinny mieć analogiczne zastosowanie do stanu faktycznego będącego przedmiotem niniejszego wniosku.

-     wyrok WSA w Gliwicach z dnia 25 sierpnia 2020 r., sygn. akt I SA/Gl 15/20, w którym wskazano:

(...) w przypadku posiadania więcej niż jednego zezwolenia przedsiębiorca jest zobligowany do zwrotu kwoty limitu pomocy w miejsce kwoty zwolnionego podatku. Przedsiębiorca nie ustala zatem wyniku podatkowego osobno dla każdego z zezwoleń, lecz każde z zezwoleń wiąże się z dodatkową pulą pomocy publicznej "konsumowaną" przez cały dochód zwolniony (z działalności na terenie wskazanym w zezwoleniach, decyzjach o wsparciu i w ramach przedmiotów działalności w nich wskazanych). Właśnie z uwagi na fakt, że podatnik nie ustala wyniku podatkowego w odniesieniu do każdego z zezwoleń osobno, lecz cały dochód podatnika „konsumuje” stopniowo i chronologicznie limity pomocy publicznej nabyte w związku z poszczególnymi inwestycjami, to taki przedsiębiorca musi zwrócić cały potencjalny limit pomocy, a nie zwolniony podatek w związku z projektem, na który uzyskał zezwolenie.

Sąd ponownie podkreśla, że żaden z przepisów (obowiązujących w dniu wydania zezwolenia nr 1, ani zezwoleń nr 2-4), nie przewidują i nie przewidywały obowiązku prowadzenia odrębnych ksiąg rachunkowych dla potrzeb rozliczeń związanych z poszczególnymi zezwoleniami strefowymi. Formułując swoje stanowisko organ nie uzasadnił go, a jedynie arbitralnie stwierdził, że wydanie spółce zezwoleń w różnych reżimach prawnych powoduje brak możliwości prowadzenia łącznej ewidencji oraz chronologicznego rozliczenia pomocy publicznej przysługującej na podstawie wydanych skarżącej zezwoleń.

-     wyrok z dnia 8 października 2020 r., sygn. akt I SA/Rz 340/20, WSA w Rzeszowie, na mocy którego uchylono negatywną interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (dalej: „Dyrektora KIS”) z marca 2020 r., wskazał, że:

Sąd aprobuje powyższy pogląd i zauważa, że unormowania prawne dotyczące sposobu rozliczania pomocy publicznej przyznanej na podstawie decyzji o wsparciu są analogiczne do tych, które dotyczą zezwoleń. Brzmienie art.13 ust.7 ustawy o WNI wprost stanowi o takiej sytuacji, gdy przedsiębiorca korzysta ze zwolnienia zarówno na podstawie wydanych zezwoleń, jak i decyzji o wsparciu. W świetle powyższych wywodów i powołanych orzeczeń trzeba uznać prawidłowość stanowiska strony skarżącej w kwestii interpretacji omawianych przepisów i prawidłowości proponowanej przez nią metodologii chronologicznego rozliczania przyznanej pomocy, tak jak wskazano to w uzasadnieniu wniosku o udzielenie interpretacji.

Obowiązujące uregulowania w tym przedmiocie wprost wskazują na taki właśnie sposób rozliczenia pomocy w przypadku posiadania co najmniej dwóch zezwoleń (art. 12 ust.2 ustawy o SSE) lub co najmniej dwóch decyzji o wsparciu (art. 13 ust.6 ustawy o WNI), natomiast brzmienie art.13 ust. 7 ustawy o WNI przesądza o odpowiednim stosowaniu tych zasad do sytuacji, gdy przedsiębiorca korzysta z pomocy publicznej zarówno na podstawie zezwolenia, jak i decyzji o wsparciu.

-     wyrok WSA w Krakowie z dnia 27 kwietnia 2021 r., sygn. akt I SA/Kr 1147/20, w którym Sąd zaznaczył:

W wyroku z dnia z dnia 19 lipca 2016 r., sygn. akt IIFSK1849/14 Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że przedsiębiorca może objąć zwolnieniem z podatku dochód z całej działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy wykorzystując sukcesywnie limity dostępnej pomocy publicznej w ramach kolejno otrzymywanych zezwoleń, dyskontując tym samym uzyskaną pomoc etapami. Z kolei w wyroku z dnia 19 lutego 2019 r. I SA/Gd 49/19 WSA w Gdańsku wyraził pogląd, że podatnik uprawniony jest do korzystania z pomocy publicznej do wysokości wynikającej z sumy pomocy publicznej dostępnej na podstawie wszystkich zezwoleń bez konieczności alokowania dochodu uzyskanego z działalności na terenie SSE na poszczególne zezwolenia.

Sąd aprobuje powyższy pogląd i zauważa, że unormowania prawne dotyczące sposobu rozliczania pomocy publicznej przyznanej na podstawie decyzji o wsparciu są analogiczne do tych, które dotyczą zezwoleń. Brzmienie art. 13 ust. 7 u.w.n.i. wprost stanowi o takiej sytuacji, gdy przedsiębiorca korzysta ze zwolnienia zarówno na podstawie wydanych zezwoleń, jak i decyzji o wsparciu. W świetle powyższych wywodów i powołanych orzeczeń trzeba uznać prawidłowość stanowiska Skarżącej w kwestii interpretacji omawianych przepisów i prawidłowości proponowanej przez nią metodologii chronologicznego rozliczania przyznanej pomocy, tak jak wskazano to w uzasadnieniu wniosku o udzielenie interpretacji.

-     wyrok z dnia 13 października 2021 r., sygn. akt I SA/Ol 538/21, w którym WSA w Olsztynie stwierdził:

Brzmienie art.13 ust.7 ustawy o WNI wprost stanowi o takiej sytuacji, gdy przedsiębiorca korzysta ze zwolnienia zarówno na podstawie wydanych zezwoleń, jak i decyzji o wsparciu. W świetle powyższych wywodów i powołanych orzeczeń trzeba uznać prawidłowość stanowiska strony skarżącej w kwestii interpretacji omawianych przepisów i prawidłowości proponowanej przez nią metodologii chronologicznego rozliczania przyznanej pomocy, tak jak wskazano to w uzasadnieniu wniosku o udzielenie interpretacji." Odczytując więc literalnie treść omawianych przepisów ustawy o SSE oraz ustawy o WNI należy dojść do wniosku, że pomoc publiczna w formie zwolnień podatkowych wynikających z zezwoleń strefowych oraz z decyzji o wsparciu powinna być rozliczana chronologicznie, w sposób, jaki zaproponowano we wniosku o wydanie interpretacji.

Przenosząc powyższe rozważania na grunt stanu faktycznego będącego przedmiotem wniosku, odczytując literalnie treść omawianych przepisów ustawy o SSE oraz ustawy o WNI należy dojść do wniosku, że pomoc publiczna w formie zwolnień podatkowych wynikających z zezwoleń strefowych oraz z decyzji o wsparciu powinna być rozliczana chronologicznie, w ten sposób, że Wnioskodawca w pierwszej kolejności uprawniony jest do wykorzystania limit pomocy publicznej dostępnego w ramach Zezwolenia 1, a po jego wykorzystaniu, gdy limit pomocy publicznej wynikający z tego Zezwolenia nie jest wystarczający do objęcia całości dochodu z działalności na terenie SSE zwolnieniem podatkowym z art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, pomoc publiczna powinna być rozliczana zgodnie z limitem wynikającym z Zezwolenia 2 i Decyzji o wsparciu - w kolejności ustalonej zgodnie z datami ich wydania.

Interpretacja indywidualna

Rozpatrzyłem Państwa wniosek – 2 maja 2024 r. wydałem interpretację indywidualną Znak: 0111-KDIB1-3.4010.126.2024.1.JG, w której uznałem Państwa stanowisko w zakresie ustalenia, czy w związku z tym, że zwolnieniom, o których mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a ustawy o CIT, podlega cały dochód z działalności Spółki wskazanej w Zezwoleniach oraz Decyzji o wsparciu, do wysokości limitu pomocy publicznej z nich wynikającego, Spółka uprawniona jest do chronologicznego wykorzystywania tego limitu, tj. Wnioskodawca w pierwszej kolejności uprawniony jest do wykorzystania limitu pomocy publicznej dostępnego w ramach Zezwolenia 1, a po jego wykorzystaniu, gdy limit pomocy publicznej wynikający z tego Zezwolenia nie jest wystarczający do objęcia całości dochodu z działalności na terenie SSE zwolnieniem podatkowym z art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, pomoc publiczna powinna być rozliczana zgodnie z limitem wynikającym z Zezwolenia 2 i Decyzji o wsparciu - w kolejności ustalonej zgodnie z datami ich wydania, za nieprawidłowe.

Interpretację doręczono Państwu 6 maja 2024 r.

Skarga na interpretację indywidualną

5 czerwca 2024 r. złożyli Państwo skargę na tę interpretację do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu, wnosząc o:

1)  uchylenie na podstawie art. 146 § 1 p.p.s.a. Zaskarżonej Interpretacji w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania oraz

2)  zasądzenie na podstawie art. 200 p.p.s.a. od Dyrektora KIS na rzecz Skarżącej kosztów postępowania sądowego, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych oraz zwrotu opłaty skarbowej od pełnomocnictwa.

Odpowiedzi na skargę udzieliłem pismem z 3 lipca 2024 r. Znak: 0111-KDIB1-3.4010.126.2024.3.JG.

Postępowanie przed sądami administracyjnymi

Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu uchylił skarżoną interpretację w całości – wyrokiem z 3 grudnia 2024 r. sygn. akt I SA/Wr 553/24.

Wniosłem skargę kasacyjną od tego wyroku do Naczelnego Sądu Administracyjnego.

Naczelny Sąd Administracyjny w Warszawie – wyrokiem z 17 lipca 2025 r. sygn. akt II FSK 299/25 oddalił skargę kasacyjną.

Wyrok, który uchylił interpretację indywidualną stał się prawomocny od 17 lipca 2025 r. i wpłynął do mnie 9 grudnia 2025 r.

Ponowne rozpatrzenie wniosku wykonanie wyroku

Zgodnie z art. 153 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t. j. Dz.U. z 2026 r. poz. 143):

Wykonuję obowiązek, który wynika z tego przepisu, tj.:

•      uwzględniam ocenę prawną i wskazania dotyczące postępowania, które wyraził Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu oraz Naczelny Sąd Administracyjny w Warszawie w ww. wyrokach;

•      ponownie rozpatruję Państwa wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej – stwierdzam, że stanowisko, które przedstawili Państwo we wniosku w zakresie ustalenia, czy w związku z tym, że zwolnieniom, o których mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a ustawy o CIT, podlega cały dochód z działalności Spółki wskazanej w Zezwoleniach oraz Decyzji o wsparciu, do wysokości limitu pomocy publicznej z nich wynikającego, Spółka uprawniona jest do chronologicznego wykorzystywania tego limitu, tj. Wnioskodawca w pierwszej kolejności uprawniony jest do wykorzystania limitu pomocy publicznej dostępnego w ramach Zezwolenia 1, a po jego wykorzystaniu, gdy limit pomocy publicznej wynikający z tego Zezwolenia nie jest wystarczający do objęcia całości dochodu z działalności na terenie SSE zwolnieniem podatkowym z art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, pomoc publiczna powinna być rozliczana zgodnie z limitem wynikającym z Zezwolenia 2 i Decyzji o wsparciu - w kolejności ustalonej zgodnie z datami ich wydania, jest nieprawidłowe.

Uzasadnienie interpretacji indywidualnej

Zgodnie z art. 7 ust. 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t. j. Dz. U. z 2023 r. poz. 2805 ze zm., dalej: „updop”, „ustawa o CIT”):

Natomiast, w myśl art. 7 ust. 2 updop:

Jednocześnie należy zwrócić uwagę, że zgodnie z art. 7 ust. 3 pkt 1 i 3 ustawy o CIT, przy ustalaniu dochodu stanowiącego podstawę opodatkowania nie uwzględnia się,

Zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34 updop:

Z kolei, stosownie do art. 17 ust. 4 updop:

Specjalne Strefy Ekonomiczne są częścią terytorium kraju wyodrębnioną administracyjnie, na których możliwe jest prowadzenie działalności gospodarczej na preferencyjnych warunkach, a w szczególności korzystanie ze zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych lub podatku dochodowego od osób fizycznych, o czym wyraźnie stanowi art. 12 ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (t. j Dz. U. z 2023 r., poz. 1604 ze zm., dalej: „ustawa o SSE”).

Podstawą do korzystania z pomocy publicznej, udzielanej zgodnie z ustawą, jest zezwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie danej strefy uprawniające do korzystania z pomocy publicznej, zwane dalej „zezwoleniem” (art. 16 ust. 1 ustawy o SSE).

Zgodnie z art. 12 ust. 1 tej ustawy:

W przypadku gdy przedsiębiorca posiada co najmniej dwa zezwolenia, o których mowa w art. 16 ust. 1, przyjmuje się, że rozliczenie pomocy publicznej następuje zgodnie z kolejnością wydawania zezwoleń (art. 12 ust. 2 tej ustawy).

W myśl art. 12 ust. 3 tej ustawy:

Zezwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej, o którym mowa w cyt. powyżej przepisie uprawnia do prowadzenia działalności gospodarczej na terenie strefy i korzystania z pomocy publicznej. Określa ono przedmiot i warunki prowadzenia działalności.

Powyższe regulacje prawne ustanawiają podstawowe warunki korzystania z ulgi podatkowej z tytułu prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej działalności gospodarczej, jaką jest niezapłacony przez przedsiębiorcę strefowego podatek dochodowy.

Zasadniczym elementem stosowania tej ulgi jest więc łączne wystąpienie dwóch warunków:

- prowadzenie działalności gospodarczej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej,

- uzyskiwanie dochodu z działalności gospodarczej określonej w zezwoleniu.

Na podstawie ustawy z dnia 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji (Dz. U. z 2024 r., poz. 459 ze zm., dalej: „ustawa o WNI”), został wprowadzony mechanizm wsparcia dla przedsiębiorców w postaci zwolnienia z podatku dochodowego z tytułu nowej inwestycji.

Zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34a updop:

Wielkość pomocy publicznej udzielanej w formie tego zwolnienia nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z odrębnymi przepisami.

Stosownie art. 2 ust. 1 lit. a ustawy o WNI,

Zgodnie z art. 3 i 4 ustawy o WNI, podstawą do korzystania z regionalnej pomocy publicznej (zwolnienia z opodatkowania podatkiem dochodowym), udzielanej zgodnie z ustawą, jest wsparcie na realizację nowej inwestycji, uprawniające do korzystania z pomocy publicznej, przy czym wielkość tej pomocy publicznej nie może przekroczyć jej maksymalnej dopuszczalnej wielkości określonej w przepisach wydanych na podstawie art. 14 ust. 3.

Wsparcie udzielane jest przedsiębiorcy realizującemu nową inwestycję w drodze decyzji, zwaną dalej „decyzją o wsparciu” (art. 13 ust. 1 ustawy o WNI).

Przedmiotem decyzji o wsparciu, w myśl art. 14 ust. 1 pkt 2 ustawy o WNI, jest nowa inwestycja podatnika, realizowana w ramach prowadzonej przez niego działalności gospodarczej, która nie została wyłączona stosownymi regulacjami, wydanymi na podstawie ust. 3 pkt 1 tego przepisu. Treść decyzji o wsparciu została wskazana w art. 15 ustawy o WNI i określa okres obowiązywania decyzji, przedmiot działalności gospodarczej oraz warunki, które przedsiębiorca jest obowiązany spełnić, wymienione w punktach od 1 do 6.

Stosownie do art. 9 ust. 1 updop:

Odrębnymi przepisami, do których odsyła przytoczony wyżej art. 9 ust. 1 ustawy o CIT, są przepisy ustawy z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości (t. j. Dz. U. z 2023 r. poz. 120 ze zm.). W związku z powyższym, konieczne jest prowadzenie ksiąg rachunkowych w taki sposób, aby możliwe było precyzyjne rozdzielenie przychodów i kosztów uzyskania przychodów związanych z działalnością z nowej inwestycji określoną w decyzji o wsparciu oraz pozostałą działalnością podatnika.

Analiza przywołanych przepisów prowadzi do jednoznacznego wniosku, że podstawą do skorzystania ze zwolnienia przewidzianego w art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, jest osiąganie dochodów z realizacji nowej inwestycji określonej w decyzji o wsparciu, a przepis ten należy odczytywać wraz z art. 17 ust. 4 ustawy o CIT, który ogranicza prawo do skorzystania ze wspomnianego zwolnienia do dochodów uzyskanych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie określonym w zezwoleniu lub z tytułu dochodów uzyskanych z realizacji nowej inwestycji na terenie określonym w decyzji o wsparciu.

Norma wynikająca z art. 17 ust. 1 pkt 34a i art. 17 ust. 4 ustawy o CIT, stanowi formę ulgi podatkowej, która jest wyjątkiem od zasady równości i powszechności opodatkowania. Tym samym, powinna być interpretowana w sposób precyzyjny i ścisły. Niedopuszczalne jest stosowanie wykładni rozszerzającej. Z powołanych powyżej przepisów wynika, że ulgą może zostać objęty wyłącznie dochód uzyskany z działalności gospodarczej prowadzonej w ramach nowej inwestycji objętej decyzją o wsparciu.

Zwolnienie przewidziane treścią art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, nie ma wprawdzie charakteru podmiotowego, jednak przesłanka zwolnienia winna odnosić się do prowadzonej działalności, nie zaś do rodzajów przychodów osiąganych z działalności gospodarczej. Tym bardziej, że zwolnienie odnosi się wprost do dochodów uzyskanych z działalności gospodarczej prowadzonej w ramach nowej inwestycji.

Powyższe przepisy należy rozpatrywać w szerszym kontekście, a w szczególności z uwzględnieniem celu określonego w ustawie o WNI, jakim jest stymulowanie wzrostu inwestycji prywatnych poprzez wprowadzenie nowego mechanizmu udzielania przedsiębiorcom wsparcia w podejmowaniu nowych inwestycji na terytorium RP. Zwolnieniu z opodatkowania podlega bowiem dochód z tej nowej inwestycji realizowanej w celu zwiększenia zdolności produkcyjnej istniejącego przedsiębiorstwa.

Oznacza to, że jedynie dochody uzyskane w związku z realizacją nowej inwestycji podlegają zwolnieniu na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a updop, a decyzja o wsparciu jedynie umożliwia stosowanie tego zwolnienia. W konsekwencji, brak jest możliwości stosowania zwolnienia podatkowego w stosunku do innych dochodów uzyskiwanych z pozostałej działalności gospodarczej, niezależnie od tego, czy rodzaj prowadzonej działalności jest zbieżny z określonym w decyzji o wsparciu albo czy nowa inwestycja realizowana jest na tym samym terenie.

Dodatkowo wskazać należy, że w przypadku, gdy realizacja nowej inwestycji następuje, w sposób angażujący aktywa posiadane już przez podatnika oraz gdy nowa inwestycja stanowi zależnie funkcjonalny element w odniesieniu do już istniejącego zespołu składników majątku (ścisłe powiązania), dochód podlegający zwolnieniu z opodatkowania ustala się z uwzględnieniem kosztów wykorzystywanego istniejącego przed wydaniem decyzji o wsparciu majątku. Sytuacja taka jest możliwa wówczas, gdy sposób zintegrowania nowej i istniejącej inwestycji, położonych na tym samym terenie, nie pozwala na określenie dochodu (przychodu) wyłącznie z nowej inwestycji, bez uwzględnienia zintegrowanej z nią całości lub części istniejącej inwestycji. W tym zakresie dochód nie podlega wydzieleniu ze względu na ścisłe ekonomiczne i funkcjonalne powiązania między inwestycją istniejącą i nową, gdyż takie wydzielenie musiałoby opierać się na metodach, których ustawa o CIT nie przewidują dla celów ustalenia dochodu (pkt 60 objaśnień). Tożsame stanowisko zostało wyrażone w interpretacji ogólnej Ministra Finansów z 25 października 2019 r. Nr DD5.8201.10.2019, w sprawie sposobu ustalania dochodu zwolnionego z opodatkowania podatkiem dochodowym od osób prawnych lub podatkiem dochodowym od osób fizycznych, uzyskanego z działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu, o której mowa w ustawie o wspieraniu nowych inwestycji opublikowanej w Dzienniku Urzędowym Ministra Finansów Inwestycji i Rozwoju 25 października 2019 r. poz. 18.

Biorąc pod uwagę powyższe, należy wskazać, że jeżeli realizacja nowej inwestycji następuje w sposób angażujący aktywa posiadane już przez podatnika oraz gdy nowa inwestycja stanowi nieodłączny i zależnie funkcjonalny element w odniesieniu do już istniejącego zespołu składników majątku (ścisłe powiązania), dochód podlegający zwolnieniu z opodatkowania ustala się z uwzględnieniem tego istniejącego, przed wydaniem decyzji o wsparciu, majątku. W konsekwencji, zwolnieniu podlega cały dochód osiągnięty w ramach tej działalności gospodarczej, z którą nowa inwestycja pozostaje w ścisłym nierozerwalnym związku, o ile jej przedmiot został określony w decyzji o wsparciu.

Analizując powyższe przepisy nie można zgodzić się z Państwa stanowiskiem w którym wskazali Państwo:

Z art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a w zw. z art. 17 ust. 4 ustawy o CIT, nie wynika więc, aby warunkiem skorzystania ze zwolnienia było osiągnięcie dochodu z konkretnej inwestycji wymienionej w decyzji o wsparciu. Przepisy podatkowe nie przewidują obowiązku ustalenia wyniku podatkowego osiągniętego jedynie w ramach projektu inwestycyjnego, na który uzyskano decyzję o wsparciu.

Jak bowiem wskazałem powyżej, dla właściwego ustalenia dochodu podlegającego zwolnieniu z opodatkowania wyodrębnia się przychody i koszty ich uzyskania, w części przypadającej na nową inwestycję. Tak ustalony dochód podlega zwolnieniu z opodatkowania do momentu wykorzystania dopuszczalnej pomocy publicznej lub upływu okresu obowiązywania decyzji o wsparciu.

Odnosząc się z kolei do drugiej części pytania wskazać należy, że zgodnie z art. 13 ust. 6 ustawy o WNI:

Zgodnie z art. 13 ust. 7 ustawy o WNI:

Stosownie do art. 13 ust. 8 ustawy o WNI:

Zauważyć należy, że konstrukcja zwolnienia dotyczącego specjalnych stref ekonomicznych nie jest analogiczna do wsparcia przewidzianego dla podejmowania nowych inwestycji.

Zatem, podatnik prowadzących działalność gospodarczą na podstawie wydanych zezwoleń oraz decyzji o wsparciu winien wyodrębnić poszczególne dochody w ramach prowadzonej ewidencji w celu ustalenia wyniku podatkowego uzyskanego z działalności gospodarczej określonej w wydanych zezwoleniach/decyzji o wsparciu.

Wyodrębnienie poszczególnych dochodów w ramach prowadzonej ewidencji ma na celu ustalenie wyniku podatkowego uzyskanego z działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu i z działalności na terenie SSE na podstawie wydanych zezwoleń.

Jak wskazano w objaśnieniach podatkowych z dnia 6 marca 2020 r. dotyczących sposobu ustalania dochodu zwolnionego z opodatkowania podatkiem dochodowym, osiągniętego z działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu, o której mowa w ustawie o WNI w przedsiębiorstwach korzystających ze zwolnienia podatkowego z tytułu realizacji nowej inwestycji na podstawie decyzji o wsparciu nie wystarczy standardowa ewidencja kosztów z rozróżnieniem kosztów w rozumieniu prawa bilansowego i kosztów uzyskania przychodów w rozumieniu ustawy o CIT (str. 47 objaśnień).

Niezbędna jest dodatkowa ewidencja/konta, czyli tzw. wydzielenie rachunkowe:

·      kosztów bezpośrednio związanych z przychodami na terenie określonym w decyzji o wsparciu i poza nią,

·      w zakresie realizacji nowej inwestycji - kosztów bezpośrednio związanych z przychodami z działalności objętej zwolnieniem oraz kosztów pozostałej działalności, jeżeli taka występuje,

·      pozostałych (innych niż bezpośrednie) kosztów uzyskania przychodów, umożliwiająca ich przyporządkowanie do przychodów z działalności zwolnionej i do przychodów z działalności opodatkowanej.

Podatnik uzyskujący dochody z działalności gospodarczej, w ramach której realizowana jest nowa inwestycja, określona w decyzji o wsparciu, powinien poprzez odpowiednie zmiany w przyjętych zasadach (polityce) rachunkowości dokonać wyodrębnienia w ewidencji księgowej operacji gospodarczych dotyczących tej działalności. Dokonane zmiany powinny umożliwić uzyskanie informacji, które są wymagane w zakresie rozliczania przychodów, kosztów uzyskania przychodów oraz dochodu.

Zapewnienie ww. wyodrębnionej ewidencji oznacza co najmniej wyodrębnienie operacji gospodarczych w księgach rachunkowych, przykładowo na kontach ksiąg pomocniczych (str. 50 objaśnień).

Analogicznemu wyodrębnieniu powinna podlegać ewidencja przychodów i kosztów działalności prowadzonej na terenie SSE na podstawie wydanego zezwolenia.

Zatem, konieczne jest prowadzenie ewidencji rachunkowej w taki sposób, aby odrębnie można było ustalić przychody, koszty, dochód/stratę uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej (SSE) w ramach wydanego zezwolenia i odrębnie w ramach decyzji o wsparciu. Dochody uzyskane z tych dwóch źródeł zwolnionych z opodatkowania nie podlegają łączeniu.

Należy zauważyć, że dla działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE jak i dla działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu, ustawodawca przewidział odrębne zwolnienia, odpowiednio w art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a updop. Jeśli dochody z obu powyższych źródeł zwolnionych miałyby być rozliczane łącznie, ustawodawca dałby temu podstawy w odpowiednich zapisach updop, co jednak nie ma miejsca.

Zatem przychodów z działalności prowadzonej na terenie SSE nie łączy się z przychodami osiągniętymi z nowej inwestycji, realizowanej na podstawie decyzji o wsparciu (str. 34, akapit 45 objaśnień podatkowych z dnia 6 marca 2020 r. dotyczących sposobu ustalania dochodu zwolnionego z opodatkowania podatkiem dochodowym, osiągniętego z działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu, o której mowa w ustawie o WNI). Połączenie przychodów i kosztów w tym przypadku umożliwiałoby kompensowanie straty poniesionej na jednej działalności zwolnionej (gdyby taka wystąpiła) z dochodem z drugiej działalności objętej zwolnieniem. Ponadto, powodowałby nieuzasadnione „bieżące” zmniejszenie wykorzystania przysługującej pomocy publicznej, która pozostawałaby do wykorzystania na kolejne lata.

Do powyższej kwestii Ministerstwo Finansów odniosło się w akapicie nr 79 Objaśnień podatkowych, w którym czytamy: „W przypadku, gdy zwolnienie wynika jedynie z zezwoleń (podatnik nie posiada decyzji albo nie rozpoczęła się realizacja inwestycji w ramach decyzji), albo zwolnienie wynika jedynie z decyzji o wsparciu (podatnik nie posiada zezwoleń), dochód podlegający zwolnieniu ustalany jest na podstawie skumulowanych przychodów oraz kosztów wynikających z działalności określonych w tych zezwoleniach albo decyzjach o wsparciu. W przypadku, gdy zwolnienie podatkowe wynika zarówno z zezwoleń na prowadzenie działalności gospodarczej w SSE oraz z decyzji o wsparciu podatnik wyodrębnia te dwa źródła dochodów zwolnione z opodatkowania. Wykazaniu w zeznaniu podatkowym podlegają wyłącznie dochody osiągnięte z tych dwóch źródeł. W przypadku, gdy z jednego z tych źródeł podatnik osiągnie stratę, nie podlega ona wykazaniu w zeznaniu podatkowym, w tym również poprzez przychody i koszty generujące tą stratę.”

Powyższe obrazuje również przykład nr 33 z Objaśnień.

Niezbędne jest zatem, by na podstawie prowadzonej ewidencji rachunkowej, możliwe było ustalenie przychodów, kosztów, dochodu/straty odrębnie z obu zwolnionych źródeł dochodów, korzystających odpowiednio ze zwolnienia na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 lub art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT.

Państwo, uzasadniając swoje stanowisko w sprawie stwierdzili, że dla celów określenia wysokości dochodu (straty) z tytułu prowadzenia działalności na terenie Strefy określonej w Zezwoleniach oraz Decyzji o wsparciu na terenie w niej wskazanej, Spółka może prowadzić jedną wspólną ewidencję dla działalności podlegającej zwolnieniu z podatku CIT.

Ponadto, wskazaliście Państwo, że zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych powinien podlegać dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE, prowadzonej na podstawie Zezwoleń i Decyzji o wsparciu, w ten sposób, że w pierwszej kolejności wykorzystywany jest limit dostępnej pomocy publicznej w ramach Zezwoleń, a po jego wykorzystaniu, gdy limit pomocy publicznej z nich wynikający nie jest wystarczający do objęcia całości dochodu strefowego zwolnieniem podatkowym, otrzymana pomoc publiczna powinna być rozliczana z dostępnym limitem wynikającym z Decyzji o wsparciu – w kolejności ustalonej zgodnie z datami ich wydania.

Z przedstawionym stanowiskiem nie można się zgodzić.

Rozpatrując przedmiotowe zagadnienie nie można pominąć okoliczności, że zwolnienia podatkowe są odstępstwem od zasady powszechności opodatkowania. W związku z tym przepisy dotyczące zwolnień podatkowych muszą być interpretowane ściśle, zgodnie z ich wykładnią językową i nie powinny być one przedmiotem wykładni rozszerzającej.

Nie mogą Państwo, tym samym prowadzić łącznej ewidencji dla celów działalności zwolnionej prowadzonej na podstawie Zezwoleń oraz na podstawie Decyzji o wsparciu.

Tym samym, powinni Państwo prowadzić odrębną ewidencję dla działalności prowadzonej na podstawie Zezwoleń oraz odrębną dla działalności prowadzonej na podstawie Decyzji o wsparciu.

Wobec powyższego nie można zgodzić się z Państwa stanowiskiem z którego wynika, że zwolnieniu z CIT powinien podlegać cały dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE na podstawie Zezwoleń i Decyzji o wsparciu, w ten sposób, że w pierwszej kolejności wykorzystywany jest limit pomocy publicznej w ramach Zezwolenia 1, a po jego wykorzystaniu, gdy limit pomocy publicznej z niego wynikający nie jest wystarczający do objęcia całości dochodu strefowego zwolnieniem podatkowym, o którym mowa w art. 17 ust. 34 i 34a ustawy o CIT, otrzymana pomoc publiczna powinna być rozliczana z dostępnymi limitami wynikającymi z Zezwolenia 2 i Decyzji o wsparciu – w kolejności chronologicznej, tj. ustalonej zgodnie z datami ich wydania.

Zauważyć należy, że w sytuacji, gdy przedsiębiorca (podatnik) posiada zezwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej oraz decyzję o wsparciu nowej inwestycji, dochody osiągnięte z tych dwóch źródeł zwolnionych z opodatkowania nie podlegają łączeniu. Dla właściwego zastosowania ww. art. 13 ust. 6 ustawy o WNI (odniesienia kwoty pomocy publicznej wykorzystanej w roku podatkowym do limitu określonego w danym zezwoleniu/decyzji) należy zsumować wykorzystaną w danym roku podatkowym pomoc publiczną z nowej inwestycji z pomocą publiczną z działalności w SSE - tak ustaloną sumę należy uwzględnić w dostępnym limicie pomocy publicznej (str. 21, akapit 33 objaśnień).

W konsekwencji, Państwa stanowisko w zakresie ustalenia, czy w związku z tym, że zwolnieniom, o których mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a ustawy o CIT, podlega cały dochód z działalności Spółki wskazanej w Zezwoleniach oraz Decyzji o wsparciu, do wysokości limitu pomocy publicznej z nich wynikającego, Spółka uprawniona jest do chronologicznego wykorzystywania tego limitu, tj. Wnioskodawca w pierwszej kolejności uprawniony jest do wykorzystania limitu pomocy publicznej dostępnego w ramach Zezwolenia 1, a po jego wykorzystaniu, gdy limit pomocy publicznej wynikający z tego Zezwolenia nie jest wystarczający do objęcia całości dochodu z działalności na terenie SSE zwolnieniem podatkowym z art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, pomoc publiczna powinna być rozliczana zgodnie z limitem wynikającym z Zezwolenia 2 i Decyzji o wsparciu - w kolejności ustalonej zgodnie z datami ich wydania należy uznać za nieprawidłowe.

Dodatkowe informacje

Informacja o zakresie rozstrzygnięcia

Wskazuję, że niniejszą interpretację oparto na przepisach prawa podatkowego obowiązujących w dniu wydania interpretacji indywidualnej, bowiem niniejsza interpretacja stanowi ponowne rozstrzygnięcie tej samej sprawy w wyniku orzeczenia Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z 3 grudnia 2024 r. sygn. akt I SA/Wr 553/24 oraz Naczelnego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 17 lipca 2025 r. sygn. akt II FSK 299/25.

Interpretacja dotyczy stanu faktycznego przedstawionego przez Państwa i stanu prawnego obowiązującego w dniu wydania skarżonej interpretacji.

Interpretacja indywidualna wywołuje skutki prawnopodatkowe tylko wtedy, gdy rzeczywisty stan faktyczny sprawy będącej przedmiotem interpretacji pokrywał się będzie ze stanem faktycznym podanym przez Państwa w złożonym wniosku. W związku z powyższym, w przypadku zmiany któregokolwiek elementu przedstawionego we wniosku opisu sprawy, udzielona odpowiedź traci swoją aktualność.

Pouczenie o funkcji ochronnej interpretacji

·      Funkcję ochronną interpretacji indywidualnych określają przepisy art. 14k-14nb ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (t. j. Dz. U. z 2025 r. poz. 111 ze zm.). Interpretacja będzie mogła pełnić funkcję ochronną, jeśli Państwa sytuacja będzie zgodna (tożsama) z opisem stanu faktycznego i zastosują się Państwo do interpretacji.

·      Zgodnie z art. 14na § 1 Ordynacji podatkowej:

·      Zgodnie z art. 14na § 2 Ordynacji podatkowej:

Pouczenie o prawie do wniesienia skargi na interpretację

Mają Państwo prawo do zaskarżenia tej interpretacji indywidualnej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego (…). Zasady zaskarżania interpretacji indywidualnych reguluje ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t. j. Dz.U. z 2026 r. poz. 143 ze zm.; dalej jako „PPSA”).

Skargę do Sądu wnosi się za pośrednictwem Dyrektora KIS (art. 54 § 1 PPSA). Skargę należy wnieść w terminie trzydziestu dni od dnia doręczenia interpretacji indywidualnej (art. 53 § 1 PPSA):

·      w formie papierowej, w dwóch egzemplarzach (oryginał i odpis) na adres: Krajowa Informacja Skarbowa, ul. Warszawska 5, 43-300 Bielsko-Biała (art. 47 § 1 PPSA), albo

·      w formie dokumentu elektronicznego, w jednym egzemplarzu (bez odpisu), na adres Krajowej Informacji Skarbowej na platformie ePUAP: /KIS/wnioski albo /KIS/SkrytkaESP (art. 47 § 3 i art. 54 § 1a PPSA).

Skarga na interpretację indywidualną może opierać się wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną (art. 57a PPSA).

Podstawa prawna dla wydania interpretacji

Podstawą prawną dla wydania tej interpretacji jest art. 13 § 2a oraz art. 14b § 1 Ordynacji podatkowej.