Interpretacja 0113-KDIPT1-2.4012.1009.2025.1.JS

Interpretacja indywidualna – stanowisko prawidłowe

Szanowni Państwo,

stwierdzam, że Państwa stanowisko w sprawie oceny skutków podatkowych opisanego stanu faktycznego w podatku od towarów i usług jest prawidłowe.

Zakres wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej

20 października 2025 r. wpłynął Państwa wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej, który dotyczy prawa do częściowego odliczenia podatku naliczonego w związku z realizacją projektu pod nazwą: „...”.

Treść wniosku jest następująca:

Opis stanu faktycznego

A. (zwany dalej Wnioskodawcą lub Instytutem) jest instytutem naukowym Polskiej Akademii Nauk posiadającym osobowość prawną (zwany dalej Wnioskodawcą lub Instytutem). Instytut jest czynnym podatnikiem podatku od towarów i usług. Instytut jest jednostką sektora finansów publicznych.

Zgodnie ze Statutem, przedmiotem działania Instytutu jest prowadzenie działalności naukowej w zakresie nauk chemicznych i pokrewnych, upowszechnianie oraz wdrażanie wyników tej działalności.

Do zadań Instytutu należy w szczególności:

a)  prowadzenie działalności naukowej, w zakresie …, …, … oraz dyscyplin pokrewnych;

b)  upowszechnianie oraz wdrażanie wyników tej działalności;

c)  wspieranie rozwoju młodych naukowców w rozumieniu ustawy Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce;

d)  kształcenie w szkole doktorskiej, na studiach podyplomowych i w innych formach kształcenia na zasadach określonych w ustawie Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce;

e)  współpraca z uczelniami, federacjami podmiotów systemu szkolnictwa wyższego i nauki, instytutami badawczymi i towarzystwami naukowymi, w szczególności w zakresie działalności naukowej;

f)   współpraca ze środowiskiem społeczno-gospodarczym w zakresie działalności naukowej w celu wdrożenia jej wyników;

g)  rozwijanie międzynarodowej współpracy naukowej przez tworzenie konsorcjów naukowych i prowadzenie projektów badawczych wspólnie z partnerami zagranicznymi;

h)  wykonywanie innych zadań wynikających z obowiązujących przepisów oraz zleconych przez władze Polskiej Akademii Nauk.

Przywołane zadania Instytut realizuje w szczególności przez:

a)  prowadzenie badań naukowych;

b)  publikowanie wyników prac badawczych;

c)  nadawanie stopni i tytułów naukowych zgodnie z posiadanymi uprawnieniami;

d)  prowadzenie działalności z zakresu kształcenia studentów, doktorantów oraz innych specjalistów poprzez organizacje kursów, wykładów, seminariów, warsztatów i szkoleń;

e)  ochronę własnych oryginalnych rozwiązań naukowo-technicznych w kraju i za granicą;

f)   współpracę z krajowymi i zagranicznymi instytucjami naukowymi;

g)  opracowywanie ekspertyz i udzielanie opinii w zakresie problematyki naukowej instytutu;

h)  organizowanie zebrań naukowych (konferencje, zjazdy, sympozja naukowe, inne);

i)    współpracę z instytucjami upowszechniania wiedzy;

j)    organizację obsługi potrzeb bibliotecznych oraz dokumentacyjno-informacyjnych w zakresie swojej działalności naukowej.

Działalność Wnioskodawcy obejmuje zarówno obszar podlegający opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, jak również obszar niepodlegający opodatkowaniu (będący poza zakresem ustawy o VAT) oraz zwolniony z opodatkowania (czynności korzystające ze zwolnienia od podatku VAT). Działalność niepodlegająca opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług (będąca poza zakresem ustawy o VAT) to przede wszystkim nieodpłatne prace badawcze, które są finansowane ze środków publicznych – krajowych oraz zagranicznych, uczestnictwo w nieodpłatnych formach kształcenia, np. prowadzenie przewodów doktorskich, czy habilitacyjnych. Instytut wykonuje także czynności, które korzystają ze zwolnienia od podatku od towarów i usług – realizuje różnego typu odpłatne formy kształcenia. Działalność opodatkowana, którą wykonuje Wnioskodawca to z kolei odpłatne badania zlecone z obszaru …, odpłatne udzielanie licencji czy inne pokrewne zbywanie praw do chronionej prawem własności intelektualnej jakie powstały w toku prac badawczych realizowanych przez Instytut.

W zakresie odliczania podatku naliczonego, względem wszelkiego rodzaju wydatków udokumentowanych fakturami związanych z funkcjonowaniem Wnioskodawcy stosuje się następujący sposób postępowania:

1.  Jeżeli Wnioskodawca nabywa towar/usługę, które jest w stanie przyporządkować bezpośrednio jednej z przywołanych powyżej działalności, wówczas:

a)  gdy wydatek służy jedynie działalności niegospodarczej – nie dokonuje się odliczenia podatku naliczonego;

b)  gdy wydatek służy jedynie działalności gospodarczej (sprzedaży), ale zwolnionej z podatku od towarów i usług (zw) – nie dokonuje się odliczenia podatku naliczonego;

c)  gdy wydatek służy wyłącznie działalności gospodarczej (sprzedaży), ale opodatkowanej podatkiem od towarów i usług (stawką 0%, 5%, 8% czy 23%) – Wnioskodawca odlicza pełną kwotę podatku naliczonego.

2.  Jeżeli Wnioskodawca nabywa towar/usługę, których nie jest w stanie przyporządkować bezpośrednio jednej z przywołanych powyżej działalności, wówczas:

a)  gdy wydatek służy zarówno czynnościom będącym poza reżimem ustawy o VAT (w uproszczeniu czynnościom statutowym nieodpłatnym), jak i działalności gospodarczej (sprzedaży) opodatkowanej podatkiem od towarów i usług – wówczas Wnioskodawca odlicza podatek naliczony tzw. prewspółczynnikiem odliczenia podatku naliczonego (obliczonym na podstawie art. 86 ust. 2a i następnych ustawy o VAT);

b)  gdy wydatek służy zarówno czynnościom będącym poza reżimem ustawy o VAT (czynnościom statutowym nieodpłatnym), jak i działalności gospodarczej (sprzedaży) zwolnionej z podatku od towarów i usług – wówczas Wnioskodawca nie odlicza podatku naliczonego;

c)  gdy wydatek służy tylko działalności gospodarczej, ale zarówno opodatkowanej podatkiem od towarów i usług jak również zwolnionej z podatku od towarów i usług – wówczas Wnioskodawca odlicza podatek naliczony tzw. współczynnikiem odliczenia podatku naliczonego (art. 90 ust. 1- 3 ustawy o VAT);

d)  gdy wydatek służy zarówno czynnościom będącym poza reżimem ustawy o VAT (czynnościom statutowym nieodpłatnym), jak i działalności gospodarczej (sprzedaży) opodatkowanej podatkiem od towarów i usług (stawką 0%, 5%, 8%, 23%) oraz zwolnionej z podatku od towarów i usług (zw) – wówczas Wnioskodawca jest zobligowany, w pierwszej kolejności, zastosować prewspółczynnik odliczenia podatku naliczonego. Następnie, względem pozostałej kwoty, winien zastosować tzw. współczynnik odliczenia podatku naliczonego.

W ramach prowadzonej działalności Wnioskodawca realizuje różnego typu przedsięwzięcia związane z badaniami naukowymi. Przedsięwzięcia te wiążą się z koniecznością ponoszenia znacznych wydatków finansowych, w tym wydatków na rozbudowę posiadanej przez Wnioskodawcę infrastruktury badawczej. Wydatki te finansowane są często z różnego typu dotacji, finansowań oraz tzw. grantów.

W 2024 r. Zarząd Województwa ..., jako instytucja zarządzająca programem Fundusze Europejskie dla ... 2021–2027 (zwana dalej instytucją finansującą) ogłosiła nabór wniosków na dofinansowanie projektów w ramach Priorytetu 1 Fundusze europejskie dla badań i rozwoju oraz przedsiębiorczości, Działanie 1.4 Infrastruktura badawcza sektora nauki, typ projektu A Infrastruktura badawcza sektora nauki.

Wnioskodawca złożył wniosek o dofinansowanie realizacji projektu pod nazwą: „...” (zwanego dalej Projektem).

Wniosek został pozytywnie rozpatrzony i w dniu 8 sierpnia 2025 r. Wnioskodawca zawarł z instytucją finansującą umowę o dofinansowanie realizacji Projektu.

Mocą umowy o dofinansowanie Wnioskodawca zobowiązał się do realizacji Projektu z należytą starannością, w szczególności ponosząc wydatki celowo, rzetelnie, racjonalnie, oszczędnie i w sposób, który zapewni prawidłową i terminową realizację Projektu oraz do osiągnięcia celów i wskaźników, zakładanych we wniosku o dofinansowanie (§ 4 ust. 3 umowy o dofinansowanie).

Celem Projektu jest realizacja zaplanowanej agendy badawczej w obszarach wpisujących się w zakres regionalnych inteligentnych specjalizacji województwa ..., tj. w domenach nauka o życiu oraz chemia, nakierowanej na waloryzacje strumieni biomasy do cennych bioproduktów – biopolimerów, zielonych surfaktantów i nietoksycznych barwników. Projekt ma również na celu zwiększenie poziomu efektywnej współpracy z otoczeniem gospodarczym poprzez świadczenie innowacyjnych usług badawczych oraz dostarczanie cennych rynkowo produktów dla przedsiębiorstw z różnych sektorów gospodarki, których wspólnych mianownikiem jest biotechnologia i biogospodarka.

W ramach Projektu zaplanowano osiągnięcie dwóch głównych celów badawczych, tj. (...)

Cele główne zostaną zrealizowane poprzez tzw. cele szczegółowe, tj. w ramach Projektu Instytut nabędzie infrastrukturę badawczą niezbędną do realizacji zakładanych w agendzie badawczej celów badawczych. W Projekcie będą realizowane następujące wydatki: zakup i montaż aparatury, zakup wyposażenia laboratorium, koszty szkoleń z nawiązywania współpracy z podmiotami prywatnymi oraz szkoleń dotyczących zasad funkcjonowania konsorcjów, metod i źródeł ich finansowania.

W wyniku Projektu Wnioskodawca nabędzie następującą infrastrukturę badawczą:

a)  Mikrobioreaktor,

b)  Zestaw bioreaktorów,

c)  Sondy spektroskopowe,

d)  Urządzenie do filtracji Bioprocesów,

e)  Chromatograf gazowy (GC-MS),

f)   Chromatograf cieczowy (HPLC-MS),

g)  Analizator wielkości cząstek.

Dodatkowo zostanie zakupione wyposażenie laboratorium powiązane z powyższą infrastrukturą badawczą:

a)  Klimatyzacja,

b)  Instalacja gazów sprężonych,

c)  Instalacja wyciągów chemicznych,

d)  Zestaw mebli laboratoryjnych i dygestoriów.

Wskaźniki realizacji Projektu są następujące:

1.  Zakup aparatury na potrzeby badań naukowych i innowacji - szacowana wartość około 10 mln złotych.

2.  Naukowcy pracujący we wspieranych obiektach badawczych – docelowa wartość ilości naukowców Wnioskodawcy zaangażowanych w pracę na zakupionej infrastrukturze - 3,2 etatu (8 osób; szacowana część etatu, która będzie przeznaczona na prowadzenie badań w ramach doposażonego w Projekcie laboratorium: profesor Instytutu 35%, profesor 19%, starszy specjalista 32%, adiunkt 45%, adiunkt 34%, asystent 55%, chemik 55%, doktorant/student 45%).

3.  Liczba wspartych laboratoriów badawczych – 1 szt.

4.  Liczba przedsiębiorstw korzystających ze wspartej infrastruktury badawczej – 3 szt. (zgodnie z przeprowadzona analizą danych historycznych oszacowano osiągnięcie wskaźnika współpracy na poziomie 2 przedsiębiorstw korzystających ze wspartej infrastruktury. Będą to zlecenia komercyjne dla Wnioskodawcy związane z prowadzeniem badań lub świadczeniem usług. Zgodnie z wytycznymi Wnioskodawca również został policzony we wskaźniku, dlatego wartość wynosi 3).

Nabyta aparatura i wyposażenie laboratorium (inwestycja w rzeczowe aktywa trwałe) mają przysłużyć się Wnioskodawcy w realizowanej przez Wnioskodawcę zarówno działalności gospodarczej, jak i niegospodarczej. Zgodnie z komunikatem Komisji Europejski zatytułowanym: „Zasady ramowe pomocy państwa na działalność badawczą, rozwojową i innowacyjną (2022/C 414/01)” (komunikat ten ma zastosowanie w ramach dofinansowania jakie otrzymuje Wnioskodawca) Komisja Europejska uznaje, że następujące rodzaje działalności zazwyczaj mają charakter niegospodarczy:

a)  zasadnicza działalność organizacji prowadzących badania i infrastruktur badawczych, w szczególności:

(i)  kształcenie mające na celu zwiększanie coraz lepiej wyszkolonych zasobów ludzkich. Zgodnie z orzecznictwem i praktyką decyzyjną Komisji, oraz jak wyjaśniono w zawiadomieniu dotyczącym pojęcia pomocy państwa i w komunikacie w sprawie usług świadczonych w ogólnym interesie gospodarczym edukację publiczną organizowaną w ramach krajowego systemu edukacji, finansowaną głównie lub wyłącznie przez państwo i nadzorowaną przez państwo uznaje się za działalność niegospodarczą;

(ii) niezależna działalność badawczo-rozwojowa mająca na celu powiększanie zasobów wiedzy i lepsze zrozumienie, w tym badania i rozwój w ramach współpracy, kiedy to organizacja prowadząca badania lub infrastruktura badawcza podejmuje skuteczną współpracę;

(iii) szerokie rozpowszechnianie wyników badań na zasadzie niedyskryminacji i braku wyłączności, np. przez nauczanie, dostępne bazy danych, otwarte publikacje i otwarte oprogramowanie;

b)  działania związane z transferem wiedzy, jeżeli są one prowadzone przez organizację prowadzącą badania lub infrastrukturę badawczą (w tym przez ich działy lub jednostki zależne) albo wspólnie z innymi podmiotami tego typu lub w imieniu innych podmiotów tego typu, a wszelkie zyski z tych działań są reinwestowane w zasadniczą działalność organizacji prowadzących badania lub infrastruktur badawczych. Zlecenie wykonania odpowiednich usług stronom trzecim w drodze procedury otwartej pozostaje bez uszczerbku dla niegospodarczego charakteru takiej działalności.

W ww. komunikacie, jako przykład działalności gospodarczej, podano wynajem wyposażenia lub laboratoriów przedsiębiorstwom, świadczenie usług dla przedsiębiorstw lub prowadzenia badań na zlecenie.

W wyjaśnieniach konkursowych instytucja finansująca wskazała także, że działalność niegospodarcza obejmuje: „działalność polegającą na:

1.  wynajmie powierzchni i wyposażeniu (udostępnianie infrastruktury),

2.  świadczeniu usług badawczych na infrastrukturze,

3.  prowadzeniu badań zleconych na rzecz środowiska naukowego (organizacji badawczych) w zakresie, w jakim związana jest z działalnością zasadniczą, tj. niegospodarczą (w szczególności niezależnej działalności badawczej) tej organizacji i wykonywana jest za wynagrodzeniem pokrywającym jedynie koszty (bez marży)” a także: „działania związane z transferem wiedzy, jeżeli są one prowadzone przez organizację prowadzącą badania lub infrastrukturę badawczą (w tym przez ich działy lub jednostki zależne) albo wspólnie z innymi podmiotami tego typu lub w imieniu innych podmiotów tego typu, a wszelkie zyski z tych działań są reinwestowane w zasadniczą działalność organizacji prowadzących badania lub infrastruktur badawczych.”

W wyjaśnieniach tych czytamy także: „Dodatkowy przypadek to sytuacja, w której usługi świadczone przez organizacje badawczą na rzecz innej organizacji badawczej. Trudno sobie wyobrazić, że to jest działalność całkiem nieodpłatna, zazwyczaj to jest usługa świadczona za wynagrodzeniem. Jeżeli działalność taka mieści się w obszarze działalności zasadniczej/podstawowej organizacji badawczej (zgodnie z zasadami ramowymi KE) i za wynagrodzeniem pokrywającym jedynie koszty (bez marży) – to nie powinna ona być traktowana jako działalność gospodarcza tylko jako działalność niegospodarcza (nie objęta pomocą publiczną).”

Ze względu na wskazane powyżej uwarunkowania wynikające z regulacji dotyczących tzw. pomocy publicznej Wnioskodawca został zobowiązany do wprowadzenia tzw. mechanizmu kontroli prowadzonej działalności w ramach Projektu. We wniosku o dofinansowanie Wnioskodawca zadeklarował, że działalność niegospodarcza w Projekcie będzie stanowiła 69% całkowitego czasu wykorzystania infrastruktury wytworzonej w ramach Projektu. Natomiast działalność gospodarcza będzie stanowiła 31% całkowitego czasu wykorzystania infrastruktury wytworzonej w ramach Projektu.

Wprowadzone procentowe wskaźniki wykorzystania infrastruktury służą określeniu ewentualnej wysokości pomocy publicznej otrzymanej przez Wnioskodawcę. Pomiar wykorzystania infrastruktury ma odbywać się na podstawie kart czasu pracy (pomiar godzinowy pracy danego urządzenia wykorzystywanego do danej działalności, tj. do działalności niegospodarczej i działalności gospodarczej). W przypadku przekroczenia określonego wymiaru wykorzystania danego urządzenia na rzecz działalności gospodarczej, Instytut będzie zobowiązany do wdrożenia mechanizmu wycofania i pomniejszenia wysokości dofinansowania oraz legalizacji pomocy publicznej. Mechanizm monitorowania wykorzystania infrastruktury do wskazanych działalności będzie obejmował 10 lat.

We wniosku konkursowym założono, że maksymalny czas pracy wszystkich urządzeń wyniesie 2 400 godzin rocznie. Monitorowanie wykorzystania infrastruktury rozpocznie się od momentu przyjęcia danego środka trwałego do użytkowania. Infrastruktura projektowa w ramach działalności niekomercyjnej będzie wykorzystywana w wymiarze 1 656 godzin rocznie, natomiast w ramach działalności komercyjnej w wymiarze 744 godzin. Mając powyższe na uwadze oraz średni czas realizacji poszczególnych usług i produktów, dokonując odpowiednich korekt, wyliczono średnioroczną ilość badań/zleceń naukowych w skali roku dla działalności niekomercyjnej na poziomie 30,50 szt., natomiast średnioroczną ilość usług komercyjnych szacowano na poziomie 9,25 szt. oraz średnioroczną liczbę produktów komercyjnych na poziomie: 7,63 szt.

Na podstawie wstępnych szacunków określono średni czas realizacji poszczególnych produktów i innowacyjnych usług. Do poszczególnych rodzajów usług i produktów przyporządkowano ilość osób niezbędnych nad realizacją danego procesu. Na tej podstawie (środkowa przedziału czasu realizacji) obliczono średni czas realizacji usługi czy wytworzenia produktu.

Instytut w terminach określonych w umowie o dofinansowanie będzie przedstawiał sprawozdanie z wykorzystania infrastruktury.

We wniosku o dofinansowanie wskazano także mechanizm obliczania średnich ceny realizowanych w przyszłości – z wykorzystaniem nabytej w ramach Projektu infrastruktury – świadczeń.

Średnią cenę jednostkową w działalności niekomercyjnej przyjęto na poziomie średniej ceny jednostkowej z wariantu bezinwestycyjnego (jest to koszt realizacji badań z wykorzystaniem nabytej w Projekcie aparatury i wyposażenia jaki będzie pokrywany z różnego typu grantów i dofinansowań). Natomiast dla działalności komercyjnej (są to innowacyjne usługi i produkty, które w chwili obecnej nie są oferowane na rynku, nie można dokonać rzetelnej analizy benchmarkingowej) ustalono, że każda usługa i nowy produkt będą indywidualnie wyceniane przy każdym zleceniu).

Nabyta aparatura oraz wyposażenie, które zostaną nabyte w ramach Projektu nie będą stanowić wyodrębnionej całości, która byłaby w jakikolwiek sposób wyizolowana z pozostałej działalności prowadzonej przez Instytut (działalności prowadzonej poza Projektem). Nabyta aparatura oraz wyposażenie będą wkomponowane w bieżącą działalność Wnioskodawcy i będą wchodzić w skład istniejącej już infrastruktury posiadanej przez Wnioskodawcę.

Podsumowując, nabyta w ramach Projektu aparatura oraz wyposażenie będą wykorzystywane przez Instytut łącznie do:

1.  realizacji własnej nieodpłatnej statutowej pracy badawczej (realizowanej samodzielnie lub w konsorcjach naukowych; finansowanej ze środków własnych Wnioskodawcy lub z różnego typu grantów dofinansowań), gdzie nie nastąpi żadna tzw. komercjalizacja wyników badań,

2.  realizacji własnej statutowej pracy badawczej, której wyniki mogą zostać objęte ochroną dotyczącą własności intelektualnej, praw własności przemysłowej i której to wyniki będą w przyszłości komercjalizowane (odpłatna licencja, odpłatna sprzedaż patentu),

3.  odpłatnego udostępniania aparatury i wyposażenia np. instytutom badawczym, instytutom naukowym PAN, czy uczelniom publicznym za wynagrodzeniem,

4.  realizacji odpłatnych badań zleconych na rzecz podmiotów sektora prywatnego lub też odpłatnego udostępniania nabytej w Projekcie aparatury i wyposażenia.

Dodatkowo aparatura i wyposażenie nabyte w Projekcie będzie także wykorzystywane do realizacji odpłatnych usług kształcenia (np., szkoleń, warsztatów, kursów), czyli czynności zwolnionych z opodatkowania podatkiem VAT.

Pytanie

Czy prawidłowe jest stanowisko Wnioskodawcy, że względem nabywanych, w opisanym w stanie faktycznym sprawy Projekcie, towarów oraz usług dokumentowanych fakturami Wnioskodawcy przysługuje częściowe prawo do odliczenia podatku naliczonego w oparciu o tzw. prewspółczynnik oraz współczynnik odliczenia?

Państwa stanowisko w sprawie

Zdaniem Wnioskodawcy, względem nabywanych - w opisanym w Projekcie - towarów oraz usług dokumentowanych fakturami, Wnioskodawcy będzie przysługiwało częściowe prawo do odliczenia podatku naliczonego w oparciu o tzw. prewspółczynnik, o którym mowa w art. 86 ust. 2a ustawy o VAT oraz współczynnik, o którym mowa w art. 90 ust. 1-3 ustawy o VAT.

Zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.

Prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje wówczas, gdy zostaną spełnione określone warunki, tzn. odliczenia dokonuje zarejestrowany, czynny podatnik podatku od towarów i usług oraz gdy towary i usługi, z których nabyciem podatek został naliczony, są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, tzn. takich, których następstwem jest określenie podatku należnego (powstanie zobowiązania podatkowego).

Odliczyć zatem można w całości podatek naliczony, który jest (tylko) związany z transakcjami opodatkowanymi podatkiem VAT. Wskazana zasada wyłącza możliwość dokonywania odliczeń podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są w ogóle wykorzystywane do czynności opodatkowanych podatkiem VAT, czyli w przypadku ich wykorzystywania do czynności zwolnionych od podatku lub niepodlegających opodatkowaniu VAT.

Cele prowadzonej działalności gospodarczej należy rozpatrywać w kontekście definicji tej działalności określonej w art. 15 ust. 2 ustawy o VAT. W myśl tego przepisu, działalność gospodarcza obejmuje wszelką działalność producentów, handlowców lub usługodawców, w tym podmiotów pozyskujących zasoby naturalne oraz rolników, a także działalność osób wykonujących wolne zawody. Działalność gospodarcza obejmuje w szczególności czynności polegające na wykorzystywaniu towarów lub wartości niematerialnych i prawnych w sposób ciągły dla celów zarobkowych.

W przypadku Wnioskodawcy działalność gospodarcza, w rozumieniu art. 15 ust. 2 ustawy o VAT, to głównie odpłatne badania zlecone z obszaru … oraz tzw. komercjalizacja wyników badań (sprzedaż licencji do uzyskanych w toku prac badawczych wyników badań, zbycie praw majątkowych do uzyskanych wyników badań). Działalność gospodarcza to także odpłatne usługi kształcenia.

Natomiast przez cele inne rozumie się sferę działalności danego podmiotu niebędącą działalnością gospodarczą (przykładowo działalność podmiotu w charakterze organu władzy czy nieodpłatną działalność podmiotu prawa publicznego, do której realizacji został powołany). W przypadku Wnioskodawcy to przede wszystkim nieodpłatne prace badawcze, które są finansowane ze środków finansów publicznych – krajowych oraz zagranicznych, uczestnictwo w nieodpłatnych formach kształcenia, np. prowadzenie przewodów doktorskich, czy habilitacyjnych.

Wyrażoną w cytowanym powyżej art. 86 ust. 1 ustawy generalną zasadę uprawniającą do odliczenia podatku naliczonego uzupełniają regulacje zawarte w art. 86 ust. 2a-2h oraz art. 90 ust. 1-3 ustawy o VAT.

Na podstawie art. 86 ust. 2a ustawy o VAT, w przypadku nabycia towarów i usług wykorzystywanych zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, gdy przypisanie tych towarów i usług w całości do działalności gospodarczej podatnika nie jest możliwe, kwotę podatku naliczonego oblicza się zgodnie ze sposobem określenia zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej. Sposób określenia proporcji powinien najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć.

Według art. 86 ust. 2b ustawy o VAT, sposób określenia proporcji najbardziej odpowiada specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć, jeżeli:

1)  zapewnia dokonanie obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonywane w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowane oraz

2)  obiektywnie odzwierciedla część wydatków przypadającą odpowiednio na działalność gospodarczą oraz na cele inne niż działalność gospodarcza (oczywiście, gdy przypisanie tych wydatków w całości do działalności gospodarczej nie jest możliwe).

W myśl art. 86 ust. 2c ustawy o VAT, przy wyborze sposobu określenia proporcji można wykorzystać w szczególności następujące dane:

1)  średnioroczną liczbę osób wykonujących wyłącznie prace związane z działalnością gospodarczą w ogólnej średniorocznej liczbie osób wykonujących prace w ramach działalności gospodarczej i poza tą działalnością;

2)  średnioroczną liczbę godzin roboczych przeznaczonych na prace związane z działalnością gospodarczą w ogólnej średniorocznej liczbie godzin roboczych przeznaczonych na prace związane z działalnością gospodarczą i poza tą działalnością;

3)  roczny obrót z działalności gospodarczej w rocznym obrocie podatnika z działalności gospodarczej powiększonym o otrzymane przychody z innej działalności, w tym wartość dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze, otrzymanych na sfinansowanie wykonywanej przez tego podatnika działalności innej niż gospodarcza;

4)  średnioroczną powierzchnię wykorzystywaną do działalności gospodarczej w ogólnej średniorocznej powierzchni wykorzystywanej do działalności gospodarczej i poza tą działalnością.

W myśl art. 86 ust. 2d ustawy o VAT, w celu obliczenia kwoty podatku naliczonego w przypadku, wg ww. reguł, przyjmuje się dane za poprzedni rok podatkowy. Proporcję określa się procentowo w stosunku rocznym. Proporcję tę zaokrągla się w górę do najbliższej liczby całkowitej. (art. 86 ust. 2g ustawy o VAT).

Jednocześnie jak podaje art. 90 ust. 1 – 3 ustawy o VAT, w stosunku do towarów i usług, które są wykorzystywane przez podatnika do wykonywania czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje, podatnik jest obowiązany do odrębnego określenia kwot podatku naliczonego związanych z czynnościami, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego (ust. 1). Jeżeli nie jest możliwe wyodrębnienie całości lub części kwot, o których mowa w ust. 1, podatnik może pomniejszyć kwotę podatku należnego o taką część kwoty podatku naliczonego, którą można proporcjonalnie przypisać czynnościom, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego (ust. 2). Proporcję, o której mowa w ust. 2, ustala się jako udział rocznego obrotu z tytułu czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu czynności, w związku z którymi podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, oraz czynności, w związku z którymi podatnikowi nie przysługuje takie prawo.

Jak wynika z opisu stanu faktycznego sprawy, Wnioskodawca nabędzie aparaturę badawczą oraz wyposażenie laboratorium powiązane z tą aparaturą - tak, aby powstało laboratorium pozwalające na realizację badań naukowych z dziedziny nauk o życiu oraz chemii. Nabyte zostaną także usługi szkoleniowe pracowników Wnioskodawcy z nawiązywania współpracy z podmiotami prywatnymi oraz szkoleń dotyczących zasad funkcjonowania konsorcjów, metod i źródeł ich finansowania. Nabyta aparatura oraz wyposażenie, które zostaną nabyte w ramach Projektu nie będą stanowić wyodrębnionej całości, która byłaby w jakikolwiek sposób wyizolowana z pozostałej działalności prowadzonej przez Instytut (działalności prowadzonej poza Projektem). Nabyta aparatura oraz wyposażenie będą wkomponowane w bieżącą działalność Wnioskodawcy i będą wchodzić w skład istniejącej już infrastruktury posiadanej przez Wnioskodawcę.

Nabyta w ramach Projektu aparatura oraz wyposażenie będą wykorzystywane przez Instytut łącznie do:

1.  realizacji własnej nieodpłatnej statutowej pracy badawczej (realizowanej samodzielnie lub w konsorcjach naukowych; finansowanej ze środków własnych Wnioskodawcy lub z różnego typu grantów dofinansowań), gdzie nie nastąpi żadna tzw. komercjalizacja wyników badań,

2.  realizacji własnej statutowej pracy badawczej, której wyniki mogą zostać objęte ochroną dotyczącą własności intelektualnej, praw własności przemysłowej i której to wyniki będą w przyszłości komercjalizowane (odpłatna licencja, odpłatna sprzedaż patentu),

3.  odpłatnego udostępniania aparatury i wyposażenia np. instytutom badawczym, instytutom naukowym PAN, czy uczelniom publicznym za wynagrodzeniem,

4.  realizacji odpłatnych badań zleconych na rzecz podmiotów sektora prywatnego lub też odpłatnego udostępniania nabytej w Projekcie aparatury i wyposażenia.

Dodatkowo aparatura i wyposażenie nabyte w Projekcie będzie także wykorzystywane do realizacji odpłatnych usług kształcenia (np., szkoleń, warsztatów, kursów), czyli czynności zwolnionych z opodatkowania podatkiem VAT.

Tym samym nabyte przez Wnioskodawcę w ramach Projektu towary i usługi będą wykorzystywane łącznie (choć często nie równolegle) do trzech rodzajów działalności z punktu widzenia rozliczeń podatku naliczonego – do czynności opodatkowanych podatkiem od towarów i usług, czynności zwolnionych z tego podatku oraz czynności pozostających poza zakresem ustawy o VAT. Zatem zakres odliczenia podatku naliczonego względem nabywanych - w opisanym w Projekcie - towarów oraz usług dokumentowanych fakturami, należy określić jako odliczenie w oparciu o tzw. prewspółczynnik, o którym mowa w art. 86 ust. 2a ustawy o VAT oraz współczynnik, o którym mowa w art. 90 ust. 1-3 ustawy o VAT.

Według Wnioskodawcy prawo do odliczenia podatku naliczonego powinno być realizowane przy uwzględnieniu prewspółczynników (określonych w art. 86 ust. 2a ustawy o VAT oraz art. 90 ust. 1-3 ustawy o VAT) stosowanych dla ogółu działalności prowadzonej przez Instytut. Przepisy regulujące kwestię odliczania podatku naliczonego nie pozwalają bowiem na zastosowanie różnych prewspółczynników odliczenia z uwagi na różny rodzaj czynności dokonywanych w przypadku konkretnych projektów/inwestycji Instytutu. Prewspółczynniki ustala się dla konkretnego podmiotu - względem wszystkich zdarzeń, jakich ten podmiot dokonuje, a nie konkretnych inwestycji czy projektów. Jest to pewnego rodzaju średnia wszelkich czynności jakich podatnik dokonuje. W przeciwnym razie należałoby ustalać odrębny prewspółczynnik względem każdego rodzaju zdarzenia czy przedsięwzięcia realizowanego przez podatnika.

Dodatkowo (nawet niezależnie od powyższego), zdaniem Wnioskodawcy, w opisywanym przypadku nie znajdą zastosowania regulacje wskazujące na możliwość obliczenia zakresu odliczania podatku naliczonego wg reguł wynikających z art. 86 ust. 2c ustawy o VAT, w szczególności reguły związanej ze średnioroczną liczbą godzin roboczych przeznaczonych na prace związane z działalnością gospodarczą w ogólnej średniorocznej liczbie godzin roboczych przeznaczonych na prace związane z działalnością gospodarczą i poza tą działalnością, czy też procentowych wskaźników przyjętych we wniosku przez Instytut w celu ustalenia przyszłego wykorzystania aparatury do działalności gospodarczej i niegospodarczej w rozumieniu regulacji obowiązujących w dofinansowaniach publicznych, m.in. w celu ustalenia czy podmiot otrzymuje tzw. pomoc publiczną.

Jak czytamy w powołanym wyżej art. 86 ust. 2b ustawy o VAT, sposób określenia proporcji ma zapewnić dokonanie odliczenia podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do tej kwoty podatku naliczonego jaka proporcjonalnie przypada na wykonywane w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowanych oraz ma obiektywnie odzwierciedlać część wydatków przypadającą odpowiednio na działalność gospodarczą oraz na cele inne niż działalność gospodarcza (oczywiście, gdy przypisanie tych wydatków w całości do działalności gospodarczej nie jest możliwe).

W przypadku ujętych w Projekcie wskaźników procentowych (69% oraz 31%) oraz szacowanej ilości godzin pracy aparatury badawczej i wyposażenia (czyli laboratorium) takiej tezy postawić nie można. Celem obliczeń przyjęto bowiem definicje działalności gospodarczej oraz działalności niegospodarczej obowiązujące na potrzeby rozliczeń tzw. pomocy publicznej. A definicje te nie są tożsame ani zbieżne z definicją działalności gospodarczej ujętą w art. 15 ust. 2 ustawy o VAT.

Przykładowo, jako działalność niegospodarczą (w rozumieniu pomocy publicznej oraz jako podstawę wyliczenia wskaźników) uznaje się w Projekcie działalność realizowaną wspólnie z innymi uczelniami wyższymi, czy instytutami naukowymi/badawczymi, której wynikiem finalnym może być komercjalizacja wyników badań (czyli sprzedaż know-how). Ważne jest, aby zysk z takiej sprzedaży został reinwestowany na działalność niegospodarczą. W związku z faktem, że działalność ta stanowi działalność statutową podmiotów – na potrzeby pomocy publicznej określana jest jako działalność niegospodarcza. W rozumieniu ustawy o VAT sprzedaż licencji, patentów wypełnia zaś definicję sprzedaży oraz realizowanej działalności gospodarczej. Podobnie jest w sytuacji, gdy Wnioskodawca będzie udostępniał (a ma taki zamiar) odpłatnie nabytą w Projekcie infrastrukturę badawczą. Jeżeli czynności te będą realizowane odpłatnie, ale bez marży i narzutu (tzw. zysku) na rzecz innej instytucji zajmującej się badaniami (w uproszczeniu np. instytutu czy uczelni), wówczas na potrzeby pomocy publicznej czynność ta określana jest jako działalność niegospodarcza. W rozumieniu ustawy o VAT świadczenia te wypełniają zaś definicję sprzedaży oraz realizowanej działalności gospodarczej. Wykorzystanie aparatury do realizacji odpłatnych usług kształcenia również wypełnia definicję działalności gospodarczej w rozumieniu ustawy o VAT – kwestia ta na potrzeby regulacji związanych z pomocą publiczną uznawana jest za działalność niegospodarczą.

Niemożliwym jest również przyporządkowanie do konkretnego rodzaju działalności (w konkretnej proporcji) nabytych usług szkoleniowych. W tego typu przypadkach nie ma bowiem możliwości obiektywnego zmierzenia proporcji w jakiej dana usługa jest związana działalnością gospodarczą czy też niegospodarczą.

Nie ma zatem podstaw do przyjęcia, że Wnioskodawca powinien dokonywać odliczenia podatku naliczonego uwzględniając procentowe (lub godzinowe) wskaźniki wykorzystania nabytych towarów i usług do działalności gospodarczej i niegospodarczej, które zostały zadeklarowane w Projekcie na potrzeby rozliczeń finansowych w kontekście określenia ewentualnej pomocy publicznej.

Identycznie wskazał Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w interpretacji z dnia 25 czerwca 2025 r. sygn. 0111-KDIB3-2.4012.302.2025.2.SR, gdzie czytamy: „wprawdzie wskazali Państwo, że zgodnie z wymogami Projektu towary i usługi związane z realizacją projektu zostaną przypisane bezpośrednio zarówno do celów wykonywanej działalności gospodarczej w rozumieniu art. 15 ust. 2 ww. ustawy (21%) jak i do celów innych niż działalność gospodarcza w rozumieniu art. 15 ust. 2 ww. ustawy (79%), jednakże zauważyć należy, że powyższe „przypisanie” nabywanych towarów i usług do celów wykonywanej działalności gospodarczej oraz do celów innych niż działalność gospodarcza, nie stanowi bezpośredniej alokacji. W konsekwencji, mając na uwadze powyższe należy stwierdzić, że w związku z ponoszeniem wydatków w ramach realizacji opisanego projektu, z uwagi na fakt, że nabyte towary i usługi będą wykorzystywane do celów działalności gospodarczej (czynności opodatkowane VAT), jak i do celów innych niż działalność gospodarcza (czynności niepodlegające opodatkowaniu VAT), a Państwo nie mają możliwości ich bezpośredniego przypisania w całości do działalności gospodarczej, to przy odliczaniu podatku naliczonego od tych wydatków powinny znaleźć zastosowanie odpowiednie regulacje art. 86 ust. 2a-2 h ustawy. Tym samym, przysługuje Państwu prawo do częściowego obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wynikającego z faktur związanych z realizacją projektu pn. " (...)" z zastosowaniem prewspółczynnika, o którym mowa w art. 86 ust. 2a-2 h ustawy.”

Podsumowując, zdaniem Wnioskodawcy, względem nabywanych - w opisanym w Projekcie - towarów oraz usług dokumentowanych fakturami, Wnioskodawcy będzie przysługiwało częściowe prawo do odliczenia podatku naliczonego w oparciu o tzw. prewspółczynnik, o którym mowa w art. 86 ust. 2a ustawy o VAT oraz współczynnik, o którym mowa w art. 90 ust. 1-3 ustawy o VAT.

Ocena stanowiska

Stanowisko, które przedstawili Państwo we wniosku jest prawidłowe.

Uzasadnienie interpretacji indywidualnej

Podstawowe zasady dotyczące odliczenia podatku naliczonego zostały sformułowane w art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t. j. Dz. U. z 2025 r. poz. 775 ze zm.), zwanej dalej „ustawą”.

W myśl tego przepisu:

Na mocy art. 86 ust. 2 pkt 1 ustawy:

Jak wynika z powołanych przepisów, prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje wówczas, gdy zostaną spełnione określone warunki, tzn. odliczenia tego dokonuje podatnik podatku od towarów i usług oraz gdy towary i usługi, z których nabyciem podatek został naliczony, są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, tzn. takich, których następstwem jest określenie podatku należnego (powstanie zobowiązania podatkowego).

Przedstawiona wyżej zasada wyklucza zatem możliwość dokonania obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystania do czynności zwolnionych od podatku VAT oraz niepodlegających temu podatkowi.

W każdym przypadku należy dokonać oceny, czy intencją podatnika wykonującego określone czynności, z którymi łączą się skutki podatkowo-prawne, było wykonywanie czynności opodatkowanych. Podatnik ma obowiązek dokonania tzw. alokacji podatku, czyli określenia, z jakim rodzajem działalności będzie związany podatek wynikający z otrzymanych faktur zakupu. Obowiązkiem podatnika jest przypisanie konkretnych wydatków do określonego rodzaju sprzedaży, z którymi wydatki te są związane.

Ponadto należy podkreślić, że ustawodawca zapewnił podatnikowi prawo do odliczenia podatku naliczonego w całości lub w części, pod warunkiem spełnienia przez niego zarówno przesłanek pozytywnych, wynikających z art. 86 ust. 1 ustawy oraz niezaistnienia przesłanek negatywnych, określonych w art. 88 ustawy. Przepis ten określa listę wyjątków, które pozbawiają podatnika prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.

Jedno z takich ograniczeń zostało wskazane w art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy, zgodnie z którym:

Oznacza to, że podatnik nie może skorzystać z prawa do odliczenia w odniesieniu do podatku, który jest należny wyłącznie z tego względu, że został wykazany na fakturze w sytuacji, gdy transakcja nie podlega opodatkowaniu albo jest zwolniona od podatku.

Natomiast w myśl przepisu art. 88 ust. 4 ustawy:

Zgodnie z powyższą regulacją, z prawa do odliczenia podatku skorzystać mogą wyłącznie podatnicy, którzy są zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni.

Zatem, aby podmiot mógł skorzystać z prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony związany z dokonanym nabyciem towarów i usług, w pierwszej kolejności winien spełnić przesłanki umożliwiające uznanie go – dla tej czynności – za podatnika podatku od towarów i usług, działającego w ramach prowadzonej działalności gospodarczej.

Stosownie do art. 15 ust. 1 ustawy:

W myśl art. 15 ust. 2 ustawy:

Z art. 86 ust. 1 ustawy wynika, że odliczenie podatku naliczonego może być częściowe, tzn. w tej części, w jakiej dane towary lub usługi, z którymi związany jest podatek naliczony, są wykorzystywane do realizacji czynności opodatkowanych. Przy odliczeniu częściowym pomija się tę część podatku, w jakiej zakupione towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności nieopodatkowanych podatkiem VAT i zwolnionych z podatku.

Generalną zasadę uprawniającą do odliczenia podatku naliczonego uzupełniają regulacje zawarte w art. 86 ust. 2a i następne oraz art. 90 ustawy.

W świetle art. 86 ust. 2a ustawy:

W oparciu o art. 86 ust. 2b ustawy:

Na podstawie art. 86 ust. 2c ustawy:

Według art. 86 ust. 2d ustawy:

Stosownie do art. 86 ust. 2g ustawy:

W tym miejscu należy wskazać, że w myśl art. 86 ust. 2h ustawy:

Natomiast z treści art. 86 ust. 22 ustawy wynika, że:

Prawidłowa wykładnia art. 86 ust. 2a ustawy wymaga zdefiniowania pojęć: „cele wykonywanej działalności gospodarczej” oraz „cele inne niż działalność gospodarcza”.

Cele prowadzonej działalności gospodarczej należy rozpatrywać w kontekście definicji działalności gospodarczej, określonej w art. 15 ust. 2 i ust. 3 ustawy.

W związku z prowadzeniem działalności gospodarczej u podatnika mogą wystąpić działania czy sytuacje, które nie generują opodatkowania podatkiem VAT. Towarzyszą one działalności gospodarczej i nie stanowią obok niej odrębnego przedmiotu działalności podatnika. Nie podlegają one opodatkowaniu podatkiem VAT, ale ich występowanie nie oznacza, że podatnik wykonuje czynności poza działalnością gospodarczą. Za czynności zrównane z czynnościami wykonywanymi w ramach działalności gospodarczej uznaje się także nieodpłatną dostawę towarów lub nieodpłatne świadczenie usług na cele osobiste, w przypadkach, o których mowa w art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2 ustawy. Chociaż czynności te z definicji nie mają związku z działalnością gospodarczą, następuje obowiązek naliczenia VAT w przypadkach określonych w tych przepisach.

Natomiast przez cele inne rozumie się sferę działalności danego podmiotu niebędącą działalnością gospodarczą w rozumieniu art. 15 ust. 2 i ust. 3 ustawy – przykładowo działalność podmiotu w charakterze organu władzy, czy nieodpłatną działalność statutową.

Art. 86 ust. 2a ustawy odnosi się do sytuacji, gdy podatnik nabywa towary i usługi, przeznaczone do wykorzystywania zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza (z określonymi wyjątkami, które przepis ten wskazuje).

Natomiast gdy podatnik w ramach działalności gospodarczej wykonuje czynności opodatkowane podatkiem od towarów i usług oraz zwolnione z opodatkowania, powinien mieć na uwadze uregulowania zawarte w art. 90 ustawy. Stanowią one uzupełnienie przepisów art. 86 ustawy.

Jak wynika z art. 90 ust. 1 ustawy:

Z treści art. 90 ust. 2 ustawy wynika, że:

W myśl art. 90 ust. 3 ustawy:

Zgodnie z art. 90 ust. 4 ustawy:

Na podstawie art. 90 ust. 9a ustawy:

Stosownie do art. 90 ust. 10 ustawy:

Analiza powołanych wyżej przepisów wskazuje, że na podstawie art. 90 ust. 1 ustawy, występuje obowiązek wyodrębnienia podatku naliczonego związanego z czynnościami, w stosunku do których przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego oraz kwot podatku naliczonego związanego z czynnościami, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje.

Przepisy dotyczące zasad odliczania częściowego, zawarte w art. 90 ustawy, znajdują zastosowanie wyłącznie w odniesieniu do czynności wykonywanych w ramach działalności gospodarczej w rozumieniu ustawy. Zatem, dotyczą czynności podlegających opodatkowaniu (opodatkowanych i zwolnionych).

Podsumowując, przywołane wyżej przepisy prawa, aby odliczyć podatek naliczony podatnik powinien w pierwszej kolejności przyporządkować ponoszone wydatki do poszczególnych rodzajów działalności:

-     opodatkowanej podatkiem VAT,

-     zwolnionej od podatku,

-     niepodlegającej opodatkowaniu.

Zatem, w przypadku zakupów bezpośrednio związanych z działalnością opodatkowaną, podatnik, na podstawie art. 86 ust. 1 ustawy, odlicza podatek naliczony w całości. Natomiast w sytuacji, gdy takie przyporządkowanie nie jest możliwe, a wydatki służą zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, podatnik winien ustalić proporcję, o której mowa w art. 86 ust. 2a ustawy (tzw. prewspółczynnik), a następnie – w przypadku wystąpienia także czynności zwolnionych od podatku – w art. 90 ust. 2 i 3 ustawy (tzw. współczynnik sprzedaży).

Z opisu sprawy wynika, że są Państwo czynnym podatnikiem podatku od towarów i usług. Przedmiotem działania Państwa, będącego instytutem naukowym, jest prowadzenie działalności naukowej w zakresie nauk chemicznych i pokrewnych, upowszechnianie oraz wdrażanie wyników tej działalności. Działalność Państwa obejmuje zarówno obszar podlegający opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, jak również obszar niepodlegający opodatkowaniu (będący poza zakresem ustawy o VAT) oraz zwolniony z opodatkowania (czynności korzystające ze zwolnienia od podatku VAT).

W 2024 r. Zarząd Województwa ..., jako instytucja zarządzająca programem Fundusze Europejskie dla ... 2021–2027 (instytucja finansująca) ogłosiła nabór wniosków na dofinansowanie projektów w ramach Priorytetu 1 Fundusze europejskie dla badań i rozwoju oraz przedsiębiorczości, Działanie 1.4 Infrastruktura badawcza sektora nauki, typ projektu A Infrastruktura badawcza sektora nauki. Złożyli Państwo wniosek o dofinansowanie realizacji projektu pod nazwą: „...”. Wniosek został pozytywnie rozpatrzony i 8 sierpnia 2025 r. zawarli Państwo z instytucją finansującą umowę o dofinansowanie realizacji Projektu.

W ramach Projektu zaplanowano osiągnięcie dwóch głównych celów badawczych, tj. (...)

W Projekcie będą realizowane następujące wydatki: zakup i montaż aparatury, zakup wyposażenia laboratorium, koszty szkoleń z nawiązywania współpracy z podmiotami prywatnymi oraz szkoleń dotyczących zasad funkcjonowania konsorcjów, metod i źródeł ich finansowania.

W wyniku Projektu nabędą Państwo następującą infrastrukturę badawczą: mikrobioreaktor, zestaw bioreaktorów, sondy spektroskopowe, urządzenie do filtracji Bioprocesów, chromatograf gazowy (GC-MS), chromatograf cieczowy (HPLC-MS), analizator wielkości cząstek.

Dodatkowo zostanie zakupione wyposażenie laboratorium powiązane z powyższą infrastrukturą badawczą: klimatyzacja, instalacja gazów sprężonych, instalacja wyciągów chemicznych, zestaw mebli laboratoryjnych i dygestoriów.

Nabyta aparatura i wyposażenie laboratorium (inwestycja w rzeczowe aktywa trwałe) mają przysłużyć się Państwu w realizowanej przez Państwa zarówno działalności gospodarczej, jak i niegospodarczej.

We wniosku o dofinansowanie Państwo zadeklarowali, że działalność niegospodarcza w Projekcie będzie stanowiła 69% całkowitego czasu wykorzystania infrastruktury wytworzonej w ramach Projektu. Natomiast działalność gospodarcza będzie stanowiła 31% całkowitego czasu wykorzystania infrastruktury wytworzonej w ramach Projektu. Pomiar wykorzystania infrastruktury ma odbywać się na podstawie kart czasu pracy (pomiar godzinowy pracy danego urządzenia wykorzystywanego do danej działalności, tj. do działalności niegospodarczej i działalności gospodarczej. Na podstawie wstępnych szacunków określono średni czas realizacji poszczególnych produktów i innowacyjnych usług. Do poszczególnych rodzajów usług i produktów przyporządkowano ilość osób niezbędnych nad realizacją danego procesu. Na tej podstawie (środkowa przedziału czasu realizacji) obliczono średni czas realizacji usługi czy wytworzenia produktu.

Nabyta aparatura oraz wyposażenie, które zostaną nabyte w ramach Projektu nie będą stanowić wyodrębnionej całości, która byłaby w jakikolwiek sposób wyizolowana z pozostałej działalności prowadzonej przez Państwa (działalności prowadzonej poza Projektem). Nabyta aparatura oraz wyposażenie będą wkomponowane w bieżącą działalność Państwa i będą wchodzić w skład istniejącej już infrastruktury posiadanej przez Państwa.

Nabyta w ramach Projektu aparatura oraz wyposażenie będą wykorzystywane przez Państwa łącznie do:

1.  realizacji własnej nieodpłatnej statutowej pracy badawczej, gdzie nie nastąpi żadna tzw. komercjalizacja wyników badań,

2.  realizacji własnej statutowej pracy badawczej, której wyniki mogą zostać objęte ochroną dotyczącą własności intelektualnej, praw własności przemysłowej i której to wyniki będą w przyszłości komercjalizowane (odpłatna licencja, odpłatna sprzedaż patentu),

3.  odpłatnego udostępniania aparatury i wyposażenia np. instytutom badawczym, instytutom naukowym PAN, czy uczelniom publicznym za wynagrodzeniem,

4.  realizacji odpłatnych badań zleconych na rzecz podmiotów sektora prywatnego lub też odpłatnego udostępniania nabytej w Projekcie aparatury i wyposażenia.

Dodatkowo aparatura i wyposażenie nabyte w Projekcie będzie także wykorzystywane do realizacji odpłatnych usług kształcenia (np., szkoleń, warsztatów, kursów), czyli czynności zwolnionych z opodatkowania podatkiem VAT.

Państwa wątpliwości dotyczą kwestii prawa do częściowego odliczenia podatku naliczonego w związku z realizacją Projektu.

Należy wskazać, iż rozliczenie podatku naliczonego na zasadach określonych w art. 86 ust. 1 ustawy uwarunkowane jest tym, aby nabywane towary i usługi były wykorzystywane przez zarejestrowanego, czynnego podatnika podatku VAT w ramach działalności gospodarczej do wykonywania czynności opodatkowanych podatkiem od towarów i usług.

Obowiązkiem podatnika w pierwszej kolejności jest więc przypisanie konkretnych wydatków do określonych rodzajów działalności (opodatkowanej, zwolnionej i niepodlegającej opodatkowaniu podatkiem VAT), z którymi wydatki te są związane. Podatnik ma zatem obowiązek odrębnego określenia, z jakimi czynnościami jest związany podatek wynikający z otrzymanych faktur zakupu, czyli dokonania bezpośredniej alokacji. Jeżeli takie wyodrębnienie jest możliwe – podatnikowi, na podstawie art. 86 ust. 1 ustawy, przysługuje pełne prawo do odliczenia podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług, związanych z czynnościami opodatkowanymi wykonywanymi w ramach działalności gospodarczej. Brak jest natomiast takiego prawa w stosunku do podatku naliczonego związanego z zakupem towarów i usług wykorzystywanych do wykonywania czynności niepodlegających temu podatkowi oraz zwolnionych od podatku.

Natomiast w przypadku, gdy dokonywane zakupy towarów i usług służą do celów działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, a bezpośrednie przyporządkowanie tych zakupów do działalności gospodarczej nie jest możliwe, podatek do odliczenia od tych zakupów ustala się z wykorzystaniem sposobu określenia proporcji, na podstawie art. 86 ust. 2a-2h ustawy.

Jak wynika z całokształtu okoliczności sprawy, efekty Projektu są wykorzystywane do działalności gospodarczej (czynności opodatkowane podatkiem VAT i zwolnione z opodatkowania podatkiem VAT), jak i do celów innych niż działalność gospodarcza (czynności niepodlegające opodatkowaniu podatkiem VAT).

W celu odliczenia podatku naliczonego, w pierwszej kolejności powinni Państwo przyporządkować ponoszone wydatki do poszczególnych rodzajów działalności. Jeżeli takie wyodrębnienie jest możliwe, to na podstawie art. 86 ust. 1 ustawy przysługuje Państwu pełne prawo do odliczenia podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług związanych wyłącznie z czynnościami opodatkowanymi podatkiem od towarów i usług. Odliczenie natomiast nie przysługuje w przypadku nabycia towarów i usług, które są związane wyłącznie z czynnościami zwolnionymi z opodatkowania podatkiem od towarów i usług lub są związane wyłącznie z czynnościami niepodlegającymi opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.

W przypadku gdy nie mają Państwo możliwości przypisania nabywanych towarów i usług będących przedmiotem wniosku w całości do działalności gospodarczej, należy stwierdzić, że przysługuje Państwu prawo do częściowego odliczenia podatku naliczonego, obliczonego zgodnie ze sposobem określenia proporcji, o którym mowa w art. 86 ust. 2a i następne ustawy.

W dalszej kolejności, w przypadku gdy towary i usługi nabywane w związku z realizacją Projektu, są wykorzystywane w ramach prowadzonej działalności gospodarczej zarówno do czynności opodatkowanych VAT, jak również zwolnionych od tego podatku, w sytuacji gdy nie mają Państwo możliwości przyporządkowania całości lub części kwot podatku naliczonego związanego z ww. Projektem do poszczególnych rodzajów czynności, są Państwo zobowiązani w odniesieniu do tych zakupów do proporcjonalnego rozliczenia podatku zgodnie z art. 90 ust. 2 i następne ustawy.

Biorąc pod uwagę powyższe, w odniesieniu do ponoszonych wydatków w związku z realizacją projektu pod nazwą: „...”, którego efekty wykorzystywane są przez Państwa do czynności opodatkowanych podatkiem VAT, czynności zwolnionych z podatku VAT, jak również do czynności niepodlegających opodatkowaniu podatkiem VAT, i nie mają Państwo możliwości przypisania nabywanych towarów i usług do konkretnego rodzaju działalności, to przysługuje Państwu prawo do częściowego odliczenia podatku VAT, na podstawie art. 86 ust. 1 ustawy w związku z art. 86 ust. 2a i następne ustawy oraz art. 90 ust. 2 i następne ustawy. Przy czym, prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, przysługuje pod warunkiem niewystąpienia przesłanek negatywnych określonych w art. 88 ustawy.

Zatem Państwa stanowisko uznałem za prawidłowe.

Dodatkowe informacje

Informacja o zakresie rozstrzygnięcia

Interpretacja dotyczy zaistniałego stanu faktycznego, który Państwo przedstawili i stanu prawnego obowiązującego w dacie zaistnienia zdarzenia.

Informuję, że wydana interpretacja dotyczy tylko sprawy będącej przedmiotem wniosku (zapytania). Inne kwestie przedstawione we wniosku, które nie zostały objęte pytaniem nie mogą być – zgodnie z art. 14b § 1 Ordynacji podatkowej – rozpatrzone.

Jestem ściśle związany przedstawionym we wniosku opisem sprawy. Ponoszą Państwo ryzyko związane z ewentualnym błędnym lub nieprecyzyjnym jego przedstawieniem. Interpretacja indywidualna wywołuje skutki prawnopodatkowe tylko wtedy, o ile rzeczywisty stan sprawy będącej przedmiotem interpretacji pokrywał się będzie z opisem sprawy podanym przez Państwa w złożonym wniosku. Zatem, należy zaznaczyć, że wydając przedmiotową interpretację oparłem się na wynikającym z treści wniosku opisie sprawy. W sytuacji zmiany któregokolwiek elementu przedstawionego we wniosku w opisie sprawy, udzielona odpowiedź traci swoją aktualność.

Jednocześnie podkreślam, że ta interpretacja została wydana na podstawie przedstawionego we wniosku opisu sprawy, co oznacza, że w przypadku, gdy w toku postępowania podatkowego, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej zostanie określony odmienny stan sprawy, interpretacja nie wywoła w tym zakresie skutków prawnych.

Pouczenie o funkcji ochronnej interpretacji

·      Funkcję ochronną interpretacji indywidualnych określają przepisy art. 14k – 14nb ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (t. j. Dz. U. z 2025 r. poz. 111 ze zm.). Interpretacja będzie mogła pełnić funkcję ochronną, jeśli Państwa sytuacja będzie zgodna (tożsama) z opisem sprawy i zastosują się Państwo do interpretacji.

·      Zgodnie z art. 14na § 1 Ordynacji podatkowej:

·      Zgodnie z art. 14na § 2 Ordynacji podatkowej:

Pouczenie o prawie do wniesienia skargi na interpretację

Mają Państwo prawo do zaskarżenia tej interpretacji indywidualnej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego. Zasady zaskarżania interpretacji indywidualnych reguluje ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t. j. Dz. U. z 2024 r. poz. 935 ze zm.; dalej „PPSA”).

Skargę do Sądu wnosi się za pośrednictwem Dyrektora KIS (art. 54 § 1 PPSA). Skargę należy wnieść w terminie trzydziestu dni od dnia doręczenia interpretacji indywidualnej (art. 53 § 1 PPSA):

·      w formie papierowej, w dwóch egzemplarzach (oryginał i odpis) na adres: Krajowa Informacja Skarbowa, ul. Warszawska 5, 43-300 Bielsko-Biała (art. 47 § 1 PPSA), lub

·      w formie dokumentu elektronicznego, w jednym egzemplarzu (bez odpisu), na adres Krajowej Informacji Skarbowej na platformie ePUAP: /KIS/wnioski albo /KIS/SkrytkaESP (art. 47 § 3 i art. 54 § 1a PPSA).

Skarga na interpretację indywidualną może opierać się wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną (art. 57a PPSA).

Podstawa prawna dla wydania interpretacji

Podstawą prawną dla wydania tej interpretacji jest art. 13 § 2a oraz art. 14b § 1 Ordynacji podatkowej.