Interpretacja 0114-KDIP4-1.4012.502.2025.2.RMA

Interpretacja indywidualna
– stanowisko prawidłowe

Szanowni Państwo,

stwierdzam, że Państwa stanowisko w sprawie oceny skutków podatkowych opisanego zdarzenia przyszłego w podatku od towarów i usług jest prawidłowe.

Zakres wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej

15 września 2025 r. wpłynął Państwa wniosek z 8 września 2025 r. o wydanie interpretacji indywidualnej, który dotyczy prawa do odliczenia podatku naliczonego od ponoszonych wydatków. Uzupełnili go Państwo pismem z 15 października 2025 r. (wpływ 23 października 2025 r.) – w odpowiedzi na wezwanie. Treść wniosku jest następująca:

Opis zdarzenia przyszłego

(...) (dalej: „Instytut”, „Wnioskodawca”) jest zarejestrowanym podatnikiem podatku VAT czynnym.

Instytut działa na podstawie:

(...).

Wnioskodawca jest (...)

Instytut prowadzi działalność gospodarczą (komercyjną). Zgodnie z art. 2 ust. 4 ustawy o instytutach badawczych, działalność gospodarcza prowadzona przez Instytut wyodrębniona jest pod względem finansowym i rachunkowym.

W ramach prowadzonej działalności komercyjnej Instytut świadczy usługi w zakresie określonym w załączniku nr 3 do Statutu, w tym m.in.: usługi laboratoryjne / usługi (...) w zakresie wykonywania specjalistycznych analiz / ekspertyz / opinii, dokumentacji, usług doradztwa, usługi najmu nieruchomości (najem lokali użytkowych / najem lokali mieszkaniowych na rzecz byłych pracowników Instytutu), krótkoterminowy najem pokoi gościnnych na rzecz pracowników i klientów zewnętrznych. Instytut świadczy usługi także w ramach prowadzenia (...).

Instytut otrzymuje subwencje, dotacje celowe, podmiotowe oraz dotacje z Unii Europejskiej związane z realizacją projektów.

Szczegółowa charakterystyka prowadzonej przez Instytut działalności przedstawia się następująco:

1)    Działalność naukowo-badawcza, w ramach której Instytut odpowiedzialny jest za:

·        prowadzenie badań naukowych i prac rozwojowych z dziedziny nauk inżynieryjno-technicznych, dziedziny nauk ścisłych i przyrodniczych oraz innych służących gospodarce narodowej,

·        prowadzenie działań na rzecz ochrony (...) oraz działalności edukacyjnej, popularyzatorskiej i szkoleniowej,

·        współpracę z innymi jednostkami naukowymi i instytucjami państwowymi realizującymi zadania z dziedziny nauk inżynieryjno-technicznych, dziedziny nauk ścisłych i przyrodniczych, a także współpraca z instytucjami innych krajów wykonującymi zadania (...).

Instytut otrzymuje subwencje od Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego (dalej: „MNiSW”) na utrzymanie i rozwój potencjału dydaktycznego i badawczego.

Subwencja przyznawana jest na mocy ustawy z dnia 20 lipca 2018 roku - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce (Dz.U.2024.1571 t.j.).

Subwencja MNiSW wykorzystywana jest bezpośrednio na pokrycie kosztów prowadzenia badań i prac naukowych, których wyniki są i mogą być w przyszłości komercjalizowane (i udostępniane innym podmiotom odpłatnie). Instytut nie jest w stanie jednoznacznie zidentyfikować usług, wykonywanych na rzecz innych podmiotów, w ramach realizacji których będzie wykorzystywał efekty prac wcześniej sfinansowanych z subwencji.

Wnioskodawca podkreśla, że każdorazowo w zakresie klasyfikacji wydatków związanych z subwencją MNiSW wypełniany jest kwestionariusz, który zawiera kryteria oceny pozwalające wskazać potencjał komercjalizacyjny poszczególnych projektów finansowanych z subwencji MNiSW.

Wnioskodawca jest świadomy, że ocena potencjału projektu finansowanego z subwencji MNiSW jest ważna dla Instytutu, gdyż wpływa na określenie wysokości kosztów rozliczanych w poszczególnych projektach oraz wpływa na łączną wartość środków niezbędnych do jego realizacji. Kwestionariusz ten uwzględnia m.in. następujące kwestie: informacje czy wyniki prac posłużą do uzyskania odpłatnej sprzedaży, tj. czy będą w przyszłości (nawet potencjalnie) wykorzystywane do opracowania i wprowadzenia do obrotu nowego produktu, procesu lub usługi w ramach działalności gospodarczej, zakres projektu, informacja na temat przykładowej grup klientów, informacja na temat działań promocyjnych niezbędnych do komercjalizacji.

Ponadto w ramach prowadzenia działalności naukowo-badawczej Instytut pozyskuje dotacje z Narodowego Centrum Nauki oraz Narodowego Centrum Badań i Rozwoju.

2)    Służba publiczna w zakresie (...) obejmuje:

(...).

Wydatki, ponoszone w związku z prowadzoną przez Instytut działalnością naukowo-badawczą, służbą publiczną, a także działalnością związaną z realizacją projektów unijnych dzielą się na:

·       wydatki bezpośrednie związane z realizowanymi projektami, takie jak: zakup środków trwałych, wyposażenia, materiałów i energii, usług obcych w tym usług kooperacji, koszty wynagrodzeń oraz ubezpieczeń społecznych, koszty delegacji krajowych i zagranicznych, koszty utrzymania floty samochodowej w tym koszty paliwa, ubezpieczeń i konserwacji;

·        wydatki pośrednie sklasyfikowane jako koszty zakładowe i ogólne, do których przede wszystkim należą: koszty zakupu usług związanych z utrzymaniem i funkcjonowaniem nieruchomości (sprzątanie, ochrona, remonty i konserwacja, ubezpieczenia, koszty energii, wody, odprowadzanie nieczystości, usługi komunalne), koszty amortyzacji majątku trwałego, zakup wyposażenia, koszty z tytułu opłat i podatków (np. PFRON), usług bankowych, koszty odpisu na ZFŚS, koszty wynagrodzeń i ubezpieczeń społecznych dyrekcji oraz pracowników z działów wsparcia - których nie da się przypisać bezpośrednio do poszczególnych projektów.

Towary i usługi nabywane przez Wnioskodawcę w ramach kosztów pośrednich będą wykorzystywane do czynności opodatkowanych podatkiem od towarów i usług oraz do czynności niepodlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.

W przypadku wydatków klasyfikowanych jako koszty pośrednie - nie ma możliwości, w sposób bezpośredni, alokowania ich do działalności niepodlegającej opodatkowaniu VAT i działalności opodatkowanej VAT - koszty te można alokować jedynie pośrednio z zastosowaniem odpowiedniego klucza podziału kosztów.

Stosowana do tej pory metodyka odliczania VAT naliczonego przez Instytut oparta jest o bezpośrednie powiązanie ze źródłem finansowania określonego wydatku (tj. przez pryzmat rodzaju otrzymanej dotacji lub subwencji). Instytut dokonuje analizy wydatków pod kątem komercjalizacji / wpływu na sprzedaż opodatkowaną VAT.

Do wydatków mieszanych związanych jednocześnie z działalnością poza zakresem opodatkowania oraz opodatkowaną działalnością gospodarczą Wnioskodawca rozważa zastosowanie Prewspółczynnika.

Rozważany przez Wnioskodawcę sposób kalkulacji Prewspółczynnika zakłada ujęcie:

·        w literze A Prewspółczynnika - rocznego obrotu z działalności gospodarczej Instytutu;

·        w literze B Prewspółczynnika - środki na finansowanie nauki do wysokości poniesionych kosztów przez instytut badawczy w danym roku w rozumieniu ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce oraz inne dotacje lub środki o podobnym charakterze - przeznaczone przez Instytut w danym roku na realizację badań naukowych, prac rozwojowych oraz innych zleconych zadań, których realizacja nie mieści się w działalności gospodarczej, pomniejszone o kwotę stanowiącą tę część subwencji MNiSW oraz innych dotacji, która odpowiada sumie środków przeznaczonych na realizację zadań przewidzianych do komercjalizacji zgodnie z deklaracjami zapisanymi w kwestionariuszach, o których mowa powyżej

dalej: „Prewspółczynnik”.

W mianowniku Prewspółczynnika Wnioskodawca uwzględni roczny obrót z działalności gospodarczej instytutu badawczego oraz środki na finansowanie nauki do wysokości poniesionych kosztów przez instytut badawczy w danym roku, w rozumieniu ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce oraz inne dotacje lub środki o podobnym charakterze - przeznaczone przez ten instytut w danym roku na realizację badań naukowych, prac rozwojowych oraz innych zleconych zadań, których realizacja nie mieści się w działalności gospodarczej, z wyłączeniem dotacji przeznaczonych na stypendia dla uczestników studiów doktoranckich uczestniczących w realizacji badań naukowych lub prac rozwojowych i pomniejszone o kwotę stanowiącą tę część subwencji MNiSW, oraz innych dotacji, która odpowiada sumie środków przeznaczonych na realizację zadań przewidzianych do komercjalizacji zgodnie z deklaracjami zapisanymi w kwestionariuszach.

Kwota licznika Prewspółczynnika powinna obejmować roczny obrót z działalności gospodarczej instytutu badawczego rozumiany jako podstawę opodatkowania, o której mowa jest w art. 29a, art. 32, art. 119 oraz art. 120 ust. 4 i ust. 5 ustawy o VAT. Licznik Prewspółczynnika będzie stanowił sumę przychodów netto ze sprzedaży (obrót ze sprzedaży).

Kwota subwencji MNiSW nie będzie uwzględniania w liczniku Prewspółczynnika i wliczana do podstawy opodatkowania na gruncie art. 29a ust. 1 ustawy o VAT.

Kwota otrzymanych dotacji lub środków wskazana w mianowniku Prewspółczynnika nie będzie obejmować kwot otrzymanych w danym roku, które nie zostały „wydatkowane” przez Wnioskodawcę w danym roku na wskazane cele. Kalkulując Prewspółczynnik Wnioskodawca uwzględni kwotę faktycznie otrzymaną, pomniejszaną o tę wartość, która nie została wydatkowana w danym roku.

Skorzystanie z Prewspółczynnika zapewni dokonanie obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonane w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowane oraz będzie obiektywnie odzwierciedlać część wydatków przypadającą odpowiednio na działalność gospodarczą oraz na cele inne niż działalność gospodarcza.

Metoda ta najpełniej odzwierciedli specyfikę wykonywanej działalności, a także specyfikę dokonywanych przez Instytut zakupów.

Głównymi przesłankami, którymi kierował się Instytut przy obliczeniu Prewspółczynnika był fakt, że subwencja MNiSW przeznaczona jest na utrzymanie i rozwój potencjału dydaktycznego i badawczego, a zatem nie powinna być uwzględniana w podstawie opodatkowania na gruncie art. 29a ust. 1 ustawy o VAT. Do podstawy opodatkowania zgodnie z art. 29a ust. 7 ustawy o VAT wlicza się „otrzymane dotacje, subwencje i inne dopłaty o podobnym charakterze mającymi bezpośredni wpływ na cenę towarów dostarczanych lub usług świadczonych przez podatnika”. Subwencja nie stanowi wynagrodzenia za jakąkolwiek usługę świadczoną przez Instytut na rzecz MNiSW i nie może stanowić wynagrodzenia za jakąkolwiek usługę. Subwencja MNiSW nie wpływa bezpośrednio na cenę dostarczanych towarów/świadczonych usług.

Uzupełnienie i doprecyzowanie opisu zdarzenia przyszłego

Prewspółczynnik obliczany jest według wzoru:

Prewspółczynnik =  A/(A+B)

gdzie:

A - stanowi roczny obrót Wnioskodawcy z działalności gospodarczej, obejmujący wyłącznie przychody netto ze sprzedaży w ramach działalności gospodarczej, bez uwzględnienia subwencji MNiSW oraz innych dotacji, które nie stanowią wynagrodzenia za świadczone usługi.

B - oznacza środki przeznaczone na finansowanie nauki do wysokości poniesionych kosztów przez instytut badawczy w danym roku, w rozumieniu ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce oraz inne dotacje lub środki o podobnym charakterze - przeznaczone przez ten instytut w danym roku na realizację badań naukowych, prac rozwojowych oraz innych zleconych zadań, których realizacja nie mieści się w działalności gospodarczej, z wyłączeniem dotacji przeznaczonych na stypendia dla uczestników studiów doktoranckich uczestniczących w realizacji badań naukowych lub prac rozwojowych i pomniejszone o kwotę stanowiącą tę część subwencji MNiSW oraz innych dotacji, która odpowiada sumie środków przeznaczonych na realizację zadań przewidzianych do komercjalizacji zgodnie z deklaracjami zapisanymi w kwestionariuszach.

Stosowanie ww. Prewspółczynnika pozwala na proporcjonalne odliczenie podatku naliczonego w odniesieniu do wydatków mieszanych w taki sposób, że uwzględniana jest tylko część podatku przypadająca na czynności opodatkowane VAT. Metoda ta odzwierciedla specyfikę działalności Wnioskodawcy i charakter ponoszonych wydatków, przy jednoczesnym zachowaniu zgodności z obowiązującymi przepisami ustawy o VAT.

Wydatki dokonywane w ramach subwencji MNiSW oraz innych dotacji, które są bezpośrednio związane z realizowanymi projektami, dotyczą badań i prac naukowych, których wyniki były i są komercjalizowane (udostępniane innym podmiotom odpłatnie) i nie ma przesłanek świadczących o tym, że w przyszłości mogłyby być wykorzystywane w inny sposób.

Ocena i wskazanie potencjału do komercjalizacji wyników prac w ramach otrzymanej subwencji oraz innych dotacji jest każdorazowo podejmowana na podstawie szczegółowej analizy projektu, która znajduje swoje odzwierciedlenie w dedykowanym kwestionariuszu. Kwestionariusz ten uwzględnia m.in. następujące kwestie: informacje czy wyniki prac posłużą do uzyskania odpłatnej sprzedaży, tj. czy będą w przyszłości (nawet potencjalnie) wykorzystywane do opracowania i wprowadzenia do obrotu nowego produktu, procesu lub usługi w ramach działalności gospodarczej, zakres projektu, informacja na temat przykładowej grup klientów, informacja na temat działań promocyjnych niezbędnych do komercjalizacji.

Przyszła komercjalizacja wyników i udostępnianie ich innym podmiotom odpłatnie będzie odbywać się wyłącznie w ramach czynności opodatkowanych podatkiem od towarów i usług. Każdorazowo dokumentem potwierdzającym odpłatne udostępnienie będzie faktura sprzedaży VAT wystawiona przez Instytut.

Pytania

1.    Czy Wnioskodawcy przysługuje prawo do odliczenia całości podatku VAT naliczonego od wydatków, gdy zakupy dokonywane w ramach subwencji MNiSW oraz innych dotacji mają związek z działalnością opodatkowaną VAT poprzez wykonywanie czynności opodatkowanych w postaci świadczenia usług w ramach działalności naukowo-badawczej Instytutu oraz poprzez przyszłą możliwość wykonywania czynności opodatkowanych?

2.    W przypadku negatywnej odpowiedzi na pytanie nr 1, gdy dokonywane zakupy w ramach subwencji MNiSW oraz innych dotacji w ramach działalności naukowo-badawczej Instytutu w części będą miały jednocześnie związek z działalnością statutową niebędącą przedmiotem opodatkowania VAT jak i działalnością opodatkowaną VAT, czy Instytut w tej części będzie uprawniony do odliczenia VAT naliczonego według Prewspółczynnika?

3.    Czy Wnioskodawcy przysługuje prawo do odliczenia całości podatku VAT naliczonego od wydatków, które są klasyfikowane przez Instytut jako koszty pośrednie?

4.    W przypadku negatywnej odpowiedzi na pytanie nr 3, czy Instytut odliczając podatek VAT naliczony z wydatków klasyfikowanych jako koszty pośrednie ma prawo stosować Prewspółczynnik do odliczenia podatku VAT naliczonego?

Państwa stanowisko w sprawie

Pytanie 1

Zdaniem Instytutu, gdy zakupy dokonywane w ramach subwencji MNiSW, oraz innych dotacji mają związek z działalnością opodatkowaną VAT poprzez wykonywanie czynności opodatkowanych w postaci świadczenia usług naukowo-badawczych oraz poprzez przyszłą możliwość wykonywania czynności opodatkowanych (choćby potencjalnie), wówczas Instytut jest uprawniony do odliczenia w całości VAT naliczonego.

Pytanie 2

Zdaniem Instytutu w sytuacji, gdy dokonywane zakupy w ramach subwencji MNiSW oraz innych dotacji w ramach działałności naukowo-badawczej Instytutu w części będą miały jednocześnie związek z działalnością niebędącą przedmiotem opodatkowania VAT jak i działalnością opodatkowaną VAT, wówczas Instytut w tej części będzie uprawniony do odliczenia VAT naliczonego według Prewspółczynnika.

Pytanie 3

Zdaniem Instytutu w przypadku wydatków klasyfikowanych jako koszty pośrednie, których nie ma możliwości alokować bezpośrednio do działalności nieopodatkowanej i działalności opodatkowanej VAT, Instytut nie będzie uprawniony do odliczenia całości podatku VAT naliczonego.

Pytanie 4

Zdaniem Instytutu w przypadku wydatków klasyfikowanych jako koszty pośrednie, których nie ma możliwości alokować bezpośrednio do działalności nieopodatkowanej i działalności opodatkowanej VAT, Instytut będzie uprawniony do odliczenia VAT naliczonego według Prewspółczynnika.

Uzasadnienie stanowiska

Uwagi ogólne

W zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15 ustawy o VAT, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119 ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124 ustawy o VAT.

Zgodnie z art. 86 ust. 2 pkt 1 ustawy o VAT, kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu:

a)    nabycia towarów i usług,

b)    dokonania całości lub części zapłaty przed nabyciem towaru lub wykonaniem usługi.

Z przywołanych wyżej przepisów wynika, że prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje wówczas, gdy zostaną spełnione określone warunki, tzn. odliczenia tego dokonuje podatnik podatku od towarów i usług oraz gdy towary i usługi, z których nabyciem podatek został naliczony, są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, tzn. takich, których następstwem jest określenie podatku należnego (powstanie zobowiązania podatkowego).

Pojęcie „podatnik” zostało zdefiniowane w art. 15 ust. 1 ustawy o VAT:

Podatnikami są osoby prawne, jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej oraz osoby fizyczne, wykonujące samodzielnie działalność gospodarczą, o której mowa w ust. 2, bez względu na cel lub rezultat takiej działalności.

Artykuł 15 ust. 2 ustawy o VAT:

Działalność gospodarcza obejmuje wszelką działalność producentów, handlowców lub usługodawców, w tym podmiotów pozyskujących zasoby naturalne oraz rolników, a także działalność osób wykonujących wolne zawody. Działalność gospodarcza obejmuje w szczególności czynności polegające na wykorzystywaniu towarów lub wartości niematerialnych i prawnych w sposób ciągły dla celów zarobkowych.

Z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT wynika, że odliczyć można w całości podatek naliczony, który jest związany z transakcjami opodatkowanymi podatnika. Ta zasada wyklucza możliwość dokonywania odliczeń podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są w ogóle wykorzystywane do czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystywania do czynności zwolnionych od podatku lub niepodlegających opodatkowaniu VAT. Jednocześnie z zasady tej wynika, że odliczenie podatku naliczonego może być częściowe, tzn. w tej części, w jakiej dane towary lub usługi, z którymi związany jest podatek naliczony są wykorzystywane do realizacji czynności opodatkowanych, z pominięciem tej części podatku od tych towarów i usług, w jakiej towary te (usługi) są wykorzystywane do wykonywania czynności nieopodatkowanych podatkiem VAT.

W każdym przypadku należy dokonać oceny, czy intencją podatnika wykonującego określone czynności, z którymi łączą się skutki podatkowo-prawne, było wykonywanie czynności opodatkowanych.

Ustawodawca przyznał podatnikowi prawo do odliczenia podatku naliczonego w całości lub w części, pod warunkiem spełnienia przez niego zarówno przesłanek pozytywnych, wynikających z art. 86 ust. 1 ustawy oraz niezaistnienia przesłanek negatywnych, określonych w art. 88 ustawy. Przepis ten określa listę wyjątków, które pozbawiają podatnika prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.

Obowiązkiem podatnika jest przypisanie konkretnych wydatków do określonego rodzaju sprzedaży, z którymi wydatki te są związane. Wnioskodawca ma zatem obowiązek odrębnego określenia, z jakim rodzajem działalności będzie związany podatek wynikający z otrzymanych faktur zakupu, czyli dokonania tzw. alokacji podatku.

Wyrażoną w art. 86 ust. 1 ustawy o VAT generalną zasadę uprawniającą do odliczenia podatku naliczonego, uzupełniają regulacje zawarte m.in. w art. 86 ust. 2a ustawy o VAT, zgodnie z którym:

W przypadku nabycia towarów i usług wykorzystywanych zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, z wyjątkiem celów osobistych, do których ma zastosowanie art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2, oraz celów, o których mowa w art. 8 ust. 5 - w przypadku, o którym mowa w tym przepisie, gdy przypisanie tych towarów i usług w całości do działalności gospodarczej podatnika nie jest możliwe, kwotę podatku naliczonego, o której mowa w ust. 2, oblicza się zgodnie ze sposobem określenia zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej, zwanym dalej „sposobem określenia proporcji”. Sposób określenia proporcji powinien najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć.

Stosownie do treści art. 86 ust. 2b ustawy o VAT:

Sposób określenia proporcji najbardziej odpowiada specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć, jeżeli:

1)    zapewnia dokonanie obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonywane w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowane oraz

2)    obiektywnie odzwierciedla część wydatków przypadającą odpowiednio na działalność gospodarczą oraz na cele inne niż działalność gospodarcza, z wyjątkiem celów osobistych, do których ma zastosowanie art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2, oraz celów, o których mowa w art. 8 ust. 5 - w przypadku, o którym mowa w tym przepisie, gdy przypisanie tych wydatków w całości do działalności gospodarczej nie jest możliwe.

Zgodnie z art. 86 ust. 2c ustawy o VAT:

Przy wyborze sposobu określenia proporcji można wykorzystać w szczególności następujące dane:

1)    średnioroczną liczbę osób wykonujących wyłącznie prace związane z działalnością gospodarczą w ogólnej średniorocznej liczbie osób wykonujących prace w ramach działalności gospodarczej i poza tą działalnością;

2)    średnioroczną liczbę godzin roboczych przeznaczonych na prace związane z działalnością gospodarczą w ogólnej średniorocznej liczbie godzin roboczych przeznaczonych na prace związane z działalnością gospodarczą i poza tą działalnością;

3)    roczny obrót z działalności gospodarczej w rocznym obrocie podatnika z działalności gospodarczej powiększonym o otrzymane przychody z innej działalności, w tym wartość dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze, otrzymanych na sfinansowanie wykonywanej przez tego podatnika działalności innej niż gospodarcza;

4)    średnioroczną powierzchnię wykorzystywaną do działalności gospodarczej w ogólnej średniorocznej powierzchni wykorzystywanej do działalności gospodarczej i poza tą działalnością.

Zgodnie z art. 86 ust. 2d ustawy o VAT:

W celu obliczenia kwoty podatku naliczonego w przypadku, o którym mowa w ust. 2a, przyjmuje się dane za poprzedni rok podatkowy.

Na podstawie art. 86 ust. 2g ustawy o VAT:

Proporcję określa się procentowo w stosunku rocznym. Proporcję tę zaokrągla się w górę do najbliższej liczby całkowitej. Przepisy art. 90 ust. 5, 6, 9a i 10 stosuje się odpowiednio.

W myśl art. 86 ust. 2h ustawy o VAT:

W przypadku gdy podatnik, dla którego sposób określenia proporcji wskazują przepisy wydane na podstawie ust. 22, uzna, że wskazany zgodnie z przepisami wydanymi na podstawie ust. 22 sposób określenia proporcji nie będzie najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez niego działalności i dokonywanych przez niego nabyć, może zastosować inny bardziej reprezentatywny sposób określenia proporcji.

Jak stanowi art. 86 ust. 22 ustawy o VAT, minister właściwy do spraw finansów publicznych może, w drodze rozporządzenia, określić w przypadku niektórych podatników sposób określenia proporcji uznany za najbardziej odpowiadający specyfice wykonywanej przez tych podatników działalności i dokonywanych przez nich nabyć oraz wskazać dane, na podstawie których jest obliczana kwota podatku naliczonego z wykorzystaniem tego sposobu określenia proporcji, uwzględniając specyfikę prowadzenia działalności przez niektórych podatników i uwarunkowania obrotu gospodarczego.

Na podstawie powyższej delegacji, zostało wydane rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 17 grudnia 2015 r. w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników (tekst jedn.: Dz. U. 2021 r. poz. 999), które:

1)    określa w przypadku niektórych podatników sposób określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej uznany za najbardziej odpowiadający specyfice wykonywanej przez tych podatników działalności i dokonywanych przez nich nabyć, zwany dalej „sposobem określenia proporcji”;

2)    wskazuje dane, na podstawie których jest obliczana kwota podatku naliczonego z wykorzystaniem sposobu określenia proporcji.

Podatnikami, do których odnoszą się przepisy zawarte w rozporządzeniu, są jednostki samorządu terytorialnego, samorządowe instytucje kultury, państwowe instytucje kultury, uczelnie publiczne, instytuty badawcze.

W myśl § 7 ww. Rozporządzenia w przypadku instytutu badawczego, jako sposób określenia proporcji uznaje się sposób ustalony według wzoru:

X = A x 100/A+B

gdzie poszczególne symbole oznaczają:

X - proporcję określoną procentowo, zaokrągloną w górę do najbliższej liczby całkowitej,

A - roczny obrót z działalności gospodarczej instytutu badawczego,

B - sumę wykorzystanych przez instytut badawczy środków obejmującą:

1)    subwencje, dotacje i inne środki o podobnym charakterze przeznaczone w danym roku przez ten instytut na zadania związane z działalnością naukową lub kształceniem w szkole doktorskiej, w rozumieniu przepisów ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce, których realizacja nie mieści się w działalności gospodarczej,

2)    dotacje i inne środki o podobnym charakterze przeznaczone na realizację przez ten instytut w danym roku badań naukowych, prac rozwojowych lub innych zleconych zadań, których realizacja nie mieści się w działalności gospodarczej

- z wyłączeniem środków finansowych przeznaczonych na stypendia dla doktorantów.

Zgodnie z § 2 pkt 4 Rozporządzenia:

Przez obrót rozumie się podstawę opodatkowania, o której mowa w art. 29a, art. 32, art. 119 oraz art. 120 ust. 4 i 5 ustawy o VAT, w zakresie:

a) dokonywanych przez podatników:

• odpłatnych dostaw towarów na terytorium kraju,
• odpłatnego świadczenia usług na terytorium kraju,
• eksportu towarów,
• wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów,

b) odpłatnych dostaw towarów lub świadczenia usług poza terytorium kraju, które podlegałyby opodatkowaniu podatkiem gdyby były wykonywane na terytorium kraju.

Z powołanych powyżej przepisów wynika, że w celu odliczenia podatku naliczonego podatnik powinien w pierwszej kolejności przyporządkować ponoszone wydatki do poszczególnych rodzajów działalności (opodatkowanej podatkiem VAT, zwolnionej i niepodlegającej opodatkowaniu tym podatkiem).

W przypadku zakupów bezpośrednio związanych z działalnością opodatkowaną podatnik, na podstawie art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, odlicza podatek naliczony w całości. Natomiast w sytuacji, gdy takie przyporządkowanie nie jest możliwe, a wydatki służą zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, podatnik winien ustalić proporcję, o której mowa w art. 86 ust. 2a ustawy o VAT oraz (w przypadku wystąpienia także czynności zwolnionych od podatku) w art. 90 ust. 2 i 3 ustawy o VAT.

Uzasadnienie stanowiska w zakresie Pytania 1 i 2

Instytut otrzymuje subwencje od MNiSW na utrzymanie i rozwój potencjału dydaktycznego i badawczego - subwencja przyznawana jest na mocy ustawy z dnia 20 lipca 2018 roku - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce (Dz.U.2024.1571 t.j.) - oraz innego rodzaju dotacje w ramach prowadzonej działalności naukowo - badawczej pozyskiwane z Narodowego Centrum Nauki oraz Narodowego Centrum Badań i Rozwoju.

Zdaniem Instytutu subwencja MNiSW wykorzystywana jest bezpośrednio na pokrycie kosztów prowadzenia badań i prac naukowych, których wyniki są i mogą być w przyszłości komercjalizowane, zatem Instytutowi przysługuje prawo do odliczenia VAT w całości.

Natomiast zdaniem Instytutu w sytuacji, gdy dokonywane zakupy w ramach subwencji MNiSW oraz innych dotacji w ramach działalności naukowo-badawczej w części będą miały jednocześnie związek z działalnością niebędącą przedmiotem opodatkowania VAT jak i działalnością opodatkowaną VAT, wówczas Instytut nie będzie uprawniony do odliczenia całości podatku VAT naliczonego, będzie natomiast uprawniony w tej części do odliczenia VAT naliczonego według Prewspółczynnika.

Z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT wynika, że odliczyć można w całości podatek naliczony, który jest związany z transakcjami opodatkowanymi podatnika. Ta zasada wyklucza możliwość dokonywania odliczeń podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są w ogóle wykorzystywane do czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystywania do czynności zwolnionych od podatku lub niepodlegających opodatkowaniu VAT. W każdym przypadku należy dokonać oceny, czy intencją podatnika wykonującego określone czynności, z którymi łączą się skutki podatkowo-prawne, było wykonywanie czynności opodatkowanych. Obowiązkiem podatnika jest przypisanie konkretnych wydatków do określonego rodzaju sprzedaży, z którymi wydatki te są związane.

Gdy zakupy dokonywane w ramach subwencji MNiSW oraz innych dotacji mają związek z działalnością opodatkowaną VAT poprzez wykonywanie czynności opodatkowanych w postaci świadczenia usług naukowo-badawczych oraz poprzez przyszłą możliwość wykonywania czynności opodatkowanych (choćby potencjalnie), wówczas Instytut jest uprawniony do odliczenia w całości VAT naliczonego. W zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119 ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124.

Zgodnie z art. 86 ust. 2 pkt 1 ustawy o VAT, kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu nabycia towarów i usług, i dokonania całości lub części zapłaty przed nabyciem towaru lub wykonaniem usługi.

Prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje wówczas, gdy zostaną spełnione określone warunki, tzn. odliczenia tego dokonuje podatnik podatku od towarów i usług oraz gdy towary i usługi, z których nabyciem podatek został naliczony, są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, tzn. takich, których następstwem jest określenie podatku należnego (powstanie zobowiązania podatkowego).

Pojęcie „podatnik” zostało zdefiniowane w art. 15 ust. 1 ustawy o VAT, podatnikami są osoby prawne, jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej oraz osoby fizyczne, wykonujące samodzielnie działalność gospodarczą, o której mowa w ust. 2, bez względu na cel lub rezultat takiej działalności.

Artykuł 15 ust. 2 ustawy o VAT, działalność gospodarcza obejmuje wszelką działalność producentów, handlowców lub usługodawców, w tym podmiotów pozyskujących zasoby naturalne oraz rolników, a także działalność osób wykonujących wolne zawody. Działalność gospodarcza obejmuje w szczególności czynności polegające na wykorzystywaniu towarów lub wartości niematerialnych i prawnych w sposób ciągły dla celów zarobkowych.

Z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT wynika, że odliczyć można w całości podatek naliczony, który jest związany z transakcjami opodatkowanymi podatnika. Ta zasada wyklucza możliwość dokonywania odliczeń podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są w ogóle wykorzystywane do czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystywania do czynności zwolnionych od podatku lub niepodlegających opodatkowaniu VAT. Jednocześnie z zasady tej wynika, że odliczenie podatku naliczonego może być częściowe, tzn. w tej części, w jakiej dane towary lub usługi, z którymi związany jest podatek naliczony są wykorzystywane do realizacji czynności opodatkowanych, z pominięciem tej części podatku od tych towarów i usług, w jakiej towary te (usługi) są wykorzystywane do wykonywania czynności nieopodatkowanych podatkiem VAT.

Ustawodawca przyznał podatnikowi prawo do odliczenia podatku naliczonego w całości lub w części, pod warunkiem spełnienia przez niego zarówno przesłanek pozytywnych, wynikających z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT oraz niezaistnienia przesłanek negatywnych, określonych w art. 88 ustawy o VAT. Przepis ten określa listę wyjątków, które pozbawiają podatnika prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.

W przypadku zakupów bezpośrednio związanych z działalnością opodatkowaną, podatnik, na podstawie art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, odlicza podatek naliczony w całości. Natomiast w sytuacji, gdy takie przyporządkowanie nie jest możliwe, a wydatki służą zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, podatnik powinien ustalić proporcję, o której mowa w art. 86 ust. 2a ustawy o VAT oraz (w przypadku wystąpienia także czynności zwolnionych od podatku) w art. 90 ust. 2 i 3 ustawy o VAT.

Skoro dokonywane zakupy w związku z otrzymaną subwencją MNiSW oraz innymi dotacjami mają i będą miały związek z działalnością opodatkowaną VAT, to Instytut będzie uprawniony do odliczenia VAT w całości.

Natomiast jeśli zakupy w części będą związane z działalności niebędącą przedmiotem opodatkowania VAT jak i z działalnością opodatkowaną VAT, Instytut w tej części będzie mógł skorzystać z Prewspółczynnika, który zapewni dokonanie obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonywane w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowane oraz obiektywnie odzwierciedli część wydatków przypadającą odpowiednio na działalność gospodarczą oraz na cele inne niż działalność gospodarcza.

W ten sposób przedstawiona metoda najpełniej odzwierciedli specyfikę wykonywanej przez Instytut działalności, a także specyfikę dokonywanych przez Instytut zakupów.

Zakupy dokonywane w ramach subwencji z MNiSW oraz innych dotacji będą dotyczyły wyników badań i prac naukowych, które co do zasady będą podlegały komercjalizacji, więc z założenia subwencja ta oraz inne dotacje są przeznaczone do czynności opodatkowanych VAT. Subwencja MNiSW oraz inne dotacje wykorzystywane są bezpośrednio na pokrycie kosztów prowadzenia badań i prac naukowych, których wyniki są i mogą być w przyszłości komercjalizowane (i udostępniane innym podmiotom odpłatnie).

Wnioskodawca podkreśla, że każdorazowo w zakresie klasyfikacji wydatków związanych z subwencją MNiSW oraz innymi dotacjami, wypełnia kwestionariusz, który zawiera kryteria oceny pozwalające wskazać potencjał komercjalizacyjny poszczególnych projektów finansowanych z subwencji MNiSW oraz innych dotacji w ramach działalności naukowo-badawczej. Wnioskodawca jest świadomy, że ocena potencjału projektu finansowanego z subwencji MNiSW oraz innych dotacji jest ważna dla Instytutu, gdyż wpływa na określenie wysokości kosztów rozliczanych w poszczególnych projektach oraz wpływa na łączną wartość środków niezbędnych do jego realizacji. Kwestionariusz ten uwzględnia m.in. następujące kwestie: informacje czy wyniki prac posłużą do uzyskania odpłatnej sprzedaży, tj. czy będą w przyszłości (nawet potencjalnie) wykorzystywane do opracowania i wprowadzenia do obrotu nowego produktu, procesu lub usługi w ramach działalności gospodarczej, zakres projektu, informacja na temat przykładowej grupy klientów, informacja na temat działań promocyjnych niezbędnych do komercjalizacji.

Mając na uwadze powołane wyżej przepisy ustawy o podatku od towarów i usług oraz ustawy o instytutach badawczych należy wskazać, iż badania, które mają charakter komercyjny, tzn. zakładane jest osiągnięcie wyników, które będą przedmiotem sprzedaży (niezależnie od rzeczywistego efektu, bowiem specyfika „komercjalizacji” badań naukowych w ramach Instytutu powoduje, że tylko niektóre z nich kończą się finansowym sukcesem), prowadzone są w ramach działalności gospodarczej w rozumieniu art. 15 ust. 2 ustawy o VAT. Wszelkie działania Wnioskodawcy prowadzą do uzyskania celów zarobkowych - do skomercjalizowania na rynku swoich prac i ich odsprzedawania (wdrażania) na rynku. Działalność Instytutu ma mieć zawsze charakter zarobkowy, do którego zastosowanie znajdują przepisy art. 15 ust. 2 i 3 ustawy o VAT.

Komercjalizacja polega na odsprzedaży wyników prac i jest - na gruncie ustawy o VAT -opodatkowana podatkiem VAT. W opinii Instytutu przedmiotowe wydatki są związane z działalnością gospodarczą i z wykonywaniem czynności opodatkowanych podatkiem VAT. Nie wynika bowiem z przepisów ustawy o VAT konieczność bezpośredniego powiązania poniesionego wydatku (posiadania faktury zakupu) z konkretną czynnością opodatkowaną (wykonaniem usługi lub dostawą towaru). Każdy podatnik podatku VAT ponosi również wydatki dotyczące funkcjonowania podmiotu, które nie znajdują bezpośredniego odzwierciedlenia w dokonywaniu czynności opodatkowanych podatkiem VAT, a jednak są one uzasadnione i istnieje możliwość odliczania podatku VAT od tych faktur zakupu w całości.

Podstawowe znaczenie w omawianym stanie faktycznym ma rozstrzygnięcie, czy w stosunku do Instytutu znajdują zastosowanie normy art. 86 ust. 2a ustawy o VAT, czy nabyte przez Instytut towary i usługi służą wyłącznie do celów działalności gospodarczej prowadzonej przez Instytut czy także do innych celów.

Podkreślenia wymaga, że Instytut działa w oparciu o ustawę o Instytutach, zgodnie z którą instytutem badawczym w rozumieniu ustawy jest państwowa jednostka organizacyjna, wyodrębniona pod względem prawnym, organizacyjnym i ekonomiczno-finansowym, która prowadzi badania naukowe i prace rozwojowe ukierunkowane na ich wdrożenie i zastosowanie w praktyce.

Stosownie do art. 2 ust. 1 ustawy z dnia 30 kwietnia 2010 roku o instytutach badawczych (t. j. Dz. U. z 2024 r. poz. 534), do podstawowej działalności instytutu należy:

1)    prowadzenie badań naukowych i prac rozwojowych;

2)    przystosowywanie wyników badań naukowych i prac rozwojowych do potrzeb praktyki;

3)    wdrażanie wyników badań naukowych i prac rozwojowych.

Powołany przepis art. 86 ust. 2a ustawy o VAT ma natomiast zastosowanie wyłącznie wówczas, gdy podatnik nabyte towary i usługi wykorzystuje zarówno do działalności gospodarczej, jak i do innych celów. Możliwość odliczenia podatku naliczonego nie stanowi żadnego przywileju dla podatnika, lecz jest podstawowym i fundamentalnym uprawnieniem, wynikającym z samej konstrukcji podatku od wartości dodanej.

Z orzecznictwa TSUE wynika, że prawo do odliczenia podatku naliczonego w zasadzie nie może być ograniczone ani pod względem czasu, ani pod względem zakresu przedmiotowego. TSUE zwracał uwagę, iż właśnie zasada odliczenia podatku naliczonego zapewnia uzyskanie neutralności podatku. System odliczeń podatku oznacza całkowite uwolnienie przedsiębiorcy od obciążeń z tytułu VAT zapłaconego lub należnego (do zapłaty) w prowadzonej działalności gospodarczej. Wspólny system podatku od wartości dodanej zapewnia, że jakakolwiek działalność gospodarcza, bez względu na jej cel oraz rezultat, o ile sama jest opodatkowana VAT, jest opodatkowana w sposób całkowicie neutralny. Pozwala to na zachowanie zasady potrącalności, która powinna być na gruncie ustawy rozumiana możliwie najszerzej. Oznacza to, że zawsze ma ona zastosowanie przy nabyciu towarów i usług dokonanym z zamiarem wykorzystania ich w działalności opodatkowanej.

Ustawa o podatku od towarów i usług ustanawia zasadę tzw. niezwłocznego odliczenia podatku naliczonego. Zasada ta wyraża się tym, że podatnik, aby skorzystać z prawa do odliczenia podatku naliczonego nie musi czekać, aż nabyty towar lub usługa zostaną odsprzedane lub efektywnie wykorzystane na potrzeby działalności opodatkowanej. Istotna jest intencja nabycia - jeśli dany towar czy usługa ma służyć wykonywaniu czynności opodatkowanych, wówczas - po spełnieniu wymienionych w art. 86 ustawy o VAT wymogów formalnych - odliczenie jest prawnie dozwolone, oczywiście jeżeli nie wyłączają go inne przepisy ustawy lub aktów wykonawczych.

Instytut otrzymuje dotacje na prowadzone samodzielnie lub wspólnie z innymi podmiotami projekty badawczo-rozwojowe, prace badawcze oraz na działalność statutową. Celem wszelkich prac prowadzonych przez Instytut, w tym sfinansowanych z subwencji z MNiSW oraz innych dotacji w ramach działalności naukowo badawczej, jest komercjalizacja prac badawczych i naukowych. Wszelkie działania Instytutu mają bowiem prowadzić do uzyskania celów zarobkowych - do skomercjalizowania na rynku swoich prac i ich odsprzedawania (wdrażania) na rynku. Instytut nie przekazuje wyników badań i prac nieodpłatnie.

Zatem mając na uwadze powołane wyżej przepisy ustawy o podatku od towarów i usług oraz ustawy o instytutach badawczych należy wskazać, że badania, które mają charakter komercyjny, tzn. zakładane jest osiągnięcie wyników, które będą przedmiotem sprzedaży (niezależnie od rzeczywistego efektu, bowiem specyfika „komercjalizacji” badań naukowych powoduje, że tylko niektóre z nich kończą się finansowym sukcesem), prowadzone są w ramach działalności gospodarczej w rozumieniu art. 15 ust. 2 ustawy o VAT. Instytut nie prowadzi żadnych badań podstawowych (bez nastawienia na zastosowanie komercyjne), wszystkie wyniki badań były i będą ukierunkowane - bezpośrednio lub pośrednio - na ich sprzedaż. Tym samym są one wykonywane w ramach działalności gospodarczej i związane z czynnościami opodatkowanymi podatkiem od towarów i usług. Takie stanowisko jest powszechnie akceptowane przez organy podatkowe oraz przez sądy administracyjne, potwierdzone m.in. w piśmie z dnia 29 sierpnia 2017 r. Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej sygn. 0112-KDIL3-2.4011.145.2017.2.MKA, piśmie z dnia 20 marca 2017 r. Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej sygn. 1462-IPPP1.4512.1068.2016.1.KC, a także w wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 21 grudnia 2017 r. sygn. III SA/Wa 516/17.

Zdaniem Wnioskodawcy, gdy dokonywane zakupy w ramach subwencji MNiSW oraz innych dotacji w ramach działalności naukowo-badawczej w części będą miały jednocześnie związek z działalnością statutową niebędącą przedmiotem opodatkowania VAT jak i działalnością opodatkowaną VAT, wówczas Instytut w tej części będzie uprawniony do odliczenia VAT naliczonego według Prewspółczynnika, tzn. w tej części, w jakiej dane towary lub usługi, z którymi związany jest podatek naliczony są wykorzystywane do realizacji czynności opodatkowanych, z pominięciem tej części podatku od tych towarów i usług, w jakiej towary te (usługi) są wykorzystywane do wykonywania czynności nieopodatkowanych podatkiem VAT.

W celu odliczenia podatku naliczonego podatnik powinien w pierwszej kolejności przyporządkować ponoszone wydatki do poszczególnych rodzajów działalności (opodatkowanej podatkiem VAT, zwolnionej i niepodlegającej opodatkowaniu tym podatkiem). W sytuacji, gdy takie przyporządkowanie nie jest możliwe, a wydatki służą zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, podatnik powinien ustalić proporcję, o której mowa w art. 86 ust. 2a ustawy o VAT oraz (w przypadku wystąpienia także czynności zwolnionych od podatku) w art. 90 ust. 2 i 3 ustawy o VAT.

Wyrażoną w art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, generalną zasadę uprawniającą do odliczenia podatku naliczonego, uzupełniają regulacje zawarte m.in. w art. 86 ust. 2a ustawy o VAT, zgodnie z którym w przypadku nabycia towarów i usług wykorzystywanych zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, z wyjątkiem celów osobistych, do których ma zastosowanie art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2, oraz celów, o których mowa w art. 8 ust. 5 - w przypadku, o którym mowa w tym przepisie, gdy przypisanie tych towarów i usług w całości do działalności gospodarczej podatnika nie jest możliwe, kwotę podatku naliczonego, o której mowa w ust. 2, oblicza się zgodnie ze sposobem określenia zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej.

Sposób określenia proporcji powinien najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć.

Stosownie do treści art. 86 ust. 2b ustawy o VAT, sposób określenia proporcji najbardziej odpowiada specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć, jeżeli:

1)    zapewnia dokonanie obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonywane w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowane; oraz

2)    obiektywnie odzwierciedla część wydatków przypadającą odpowiednio na działalność gospodarczą oraz na cele inne niż działalność gospodarcza, z wyjątkiem celów osobistych, do których ma zastosowanie art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2, oraz celów, o których mowa w art. 8 ust. 5 - w przypadku, o którym mowa w tym przepisie, gdy przypisanie tych wydatków w całości do działalności gospodarczej nie jest możliwe.

Zgodnie z art. 86 ust. 2c ustawy o VAT, przy wyborze sposobu określenia proporcji można wykorzystać w szczególności następujące dane:

1)    średnioroczną liczbę osób wykonujących wyłącznie prace związane z działalnością gospodarczą w ogólnej średniorocznej liczbie osób wykonujących prace w ramach działalności gospodarczej i poza tą działalnością;

2)    średnioroczną liczbę godzin roboczych przeznaczonych na prace związane z działalnością gospodarczą w ogólnej średniorocznej liczbie godzin roboczych przeznaczonych na prace związane z działalnością gospodarczą i poza tą działalnością;

3)    roczny obrót z działalności gospodarczej w rocznym obrocie podatnika z działalności gospodarczej powiększonym o otrzymane przychody z innej działalności, w tym wartość dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze, otrzymanych na sfinansowanie wykonywanej przez tego podatnika działalności innej niż gospodarcza;

4)    średnioroczną powierzchnię wykorzystywaną do działalności gospodarczej w ogólnej średniorocznej powierzchni wykorzystywanej do działalności gospodarczej i poza tą działalnością.

Zgodnie z art. 86 ust. 2d ustawy o VAT, w celu obliczenia kwoty podatku naliczonego w przypadku, o którym mowa w ust. 2a, przyjmuje się dane za poprzedni rok podatkowy. Na podstawie art. 86 ust. 2g ustawy o VAT, proporcję określa się procentowo w stosunku rocznym. Proporcję tę zaokrągla się w górę do najbliższej liczby całkowitej. Przepisy art. 90 ust. 5, 6, 9a i 10 stosuje się odpowiednio.

W myśl art. 86 ust. 2h ustawy o VAT, w przypadku gdy podatnik, dla którego sposób określenia proporcji wskazują przepisy wydane na podstawie ust. 22, uzna, że wskazany zgodnie z przepisami wydanymi na podstawie ust. 22 sposób określenia proporcji nie będzie najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez niego działalności i dokonywanych przez niego nabyć, może zastosować inny bardziej reprezentatywny sposób określenia proporcji.

Jak stanowi art. 86 ust. 22 ustawy o VAT, minister właściwy do spraw finansów publicznych może, w drodze rozporządzenia, określić w przypadku niektórych podatników sposób określenia proporcji uznany za najbardziej odpowiadający specyfice wykonywanej przez tych podatników działalności i dokonywanych przez nich nabyć oraz wskazać dane, na podstawie których jest obliczana kwota podatku naliczonego z wykorzystaniem tego sposobu określenia proporcji, uwzględniając specyfikę prowadzenia działalności przez niektórych podatników i uwarunkowania obrotu gospodarczego.

W myśl § 7 ww. Rozporządzenia w przypadku instytutu badawczego, jako sposób określenia proporcji uznaje się sposób ustalony według wzoru:

X = A x 100/A+B

gdzie poszczególne symbole oznaczają:

X - proporcję określoną procentowo, zaokrągloną w górę do najbliższej liczby całkowitej,

A - roczny obrót z działalności gospodarczej instytutu badawczego,

B - sumę wykorzystanych przez instytut badawczy środków obejmującą:

1)    subwencje, dotacje i inne środki o podobnym charakterze przeznaczone w danym roku przez ten instytut na zadania związane z działalnością naukowo-badawczą lub kształceniem w szkole doktorskiej, w rozumieniu przepisów ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce, których realizacja nie mieści się w działalności gospodarczej,

2)    dotacje i inne środki o podobnym charakterze przeznaczone na realizację przez ten instytut w danym roku badań naukowych, prac rozwojowych lub innych zleconych zadań, których realizacja nie mieści się w działalności gospodarczej,

- z wyłączeniem środków finansowych przeznaczonych na stypendia dla doktorantów.

Zgodnie z § 2 pkt 4 Rozporządzenia, przez obrót rozumie się podstawę opodatkowania, o której mowa w art. 29a, art. 32, art. 119 oraz art. 120 ust. 4 i 5 ustawy, w zakresie dokonywanych przez podatników:

·         odpłatnych dostaw towarów na terytorium kraju,

·         odpłatnego świadczenia usług na terytorium kraju,

·         eksportu towarów,

·         wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów,

·         odpłatnych dostaw towarów lub świadczenia usług poza terytorium kraju, które podlegałyby opodatkowaniu podatkiem gdyby były wykonywane na terytorium kraju.

Rozważany przez Wnioskodawcę sposób kalkulacji Prewspółczynnika zakłada ujęcie w literze A (w liczniku) Prewspółczynnika rocznego obrotu z działalności gospodarczej Instytutu, a w literze B (w mianowniku) - środki na finansowanie nauki do wysokości poniesionych kosztów przez instytut badawczy w danym roku, w rozumieniu ustawy z dnia 20 lipca 2018 roku - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce oraz inne dotacje lub środki o podobnym charakterze - przeznaczone przez ten instytut w danym roku na realizację badań naukowych, prac rozwojowych oraz innych zleconych zadań, których realizacja nie mieści się w działalności gospodarczej, pomniejszone o kwotę stanowiącą tę część subwencji MNiSW oraz innych dotacji w ramach działalności naukowo badawczej, która odpowiada sumie środków przeznaczonych na realizację zadań przewidzianych do komercjalizacji zgodnie z deklaracjami zapisanymi w kwestionariuszach.

Z definicji litery B we wzorze wskazanym w § 7 Rozporządzenia MF z 17 grudnia 2015 r. wynika, że do litery B zaliczają się m.in. dotacje, subwencje i inne środki o podobnym charakterze przeznaczone w danym roku na zadania związane z działalnością naukową lub kształceniem, których realizacja nie mieści się w działalności gospodarczej. Skoro subwencja oraz inne dotacje w ramach działalności naukowo badawczej będą wykorzystane na cele badawczo-rozwojowe, których efekty będą w swoim założeniu służyć działalności gospodarczej, opodatkowanej podatkiem VAT, to kwota subwencji oraz innych dotacji w ramach działalności naukowo badawczej nie powinna być wliczona do mianownika.

Metoda ta najpełniej odzwierciedla specyfikę wykonywanej działalności, a także specyfikę dokonywanych przez Instytut nabyć.

Uzasadnienie stanowiska w zakresie Pytania 3 i Pytania 4:

Zdaniem Instytutu w przypadku wydatków klasyfikowanych jako koszty pośrednie, których nie ma możliwości bezpośrednio alokować do działalności statutowej i działalności opodatkowanej VAT, Instytut nie będzie uprawniony do odliczenia całości podatku VAT naliczonego. Instytut będzie natomiast uprawniony do odliczenia VAT naliczonego według Prewspółczynnika.

Z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT wynika, że odliczyć można w całości podatek naliczony, który jest związany z transakcjami opodatkowanymi podatnika. Ta zasada wyklucza możliwość dokonywania odliczeń podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są w ogóle wykorzystywane do czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystywania do czynności zwolnionych od podatku lub niepodlegających opodatkowaniu VAT.

Jednocześnie z zasady tej wynika, że odliczenie podatku naliczonego może być częściowe, tzn. w tej części, w jakiej dane towary lub usługi, z którymi związany jest podatek naliczony są wykorzystywane do realizacji czynności opodatkowanych, z pominięciem tej części podatku od tych towarów i usług, w jakiej towary te (usługi) są wykorzystywane do wykonywania czynności nieopodatkowanych podatkiem VAT.

W każdym przypadku należy dokonać oceny, czy intencją podatnika wykonującego określone czynności, z którymi łączą się skutki podatkowo-prawne, było wykonywanie czynności opodatkowanych. Obowiązkiem podatnika jest przypisanie konkretnych wydatków do określonego rodzaju sprzedaży, z którymi wydatki te są związane.

Z perspektywy VAT działalność prowadzona przez Instytut ma charakter mieszany (prowadzi działalność nieopodatkowaną jak również działalność opodatkowaną). W celu odliczenia podatku naliczonego podatnik powinien w pierwszej kolejności przyporządkować ponoszone wydatki do poszczególnych rodzajów działalności (opodatkowanej podatkiem VAT, zwolnionej i niepodlegającej opodatkowaniu tym podatkiem).

W sytuacji, gdy takie przyporządkowanie nie jest możliwe, a wydatki służą zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, podatnik winien ustalić proporcję, o której mowa w art. 86 ust. 2a ustawy oraz (w przypadku wystąpienia także czynności zwolnionych od podatku) w art. 90 ust. 2 i 3 ustawy.

Instytut (oprócz kosztów bezpośrednich) ponosi również koszty sklasyfikowane jako koszty pośrednie (zakładowe i ogólne), do których przede wszystkim należą: koszty zakupu usług związanych z utrzymaniem i funkcjonowaniem nieruchomości (sprzątanie, ochrona, remonty i konserwacja, ubezpieczenia, koszty energii, wody, odprowadzenia nieczystości, usługi komunalne), koszty amortyzacji majątku trwałego, zakup wyposażenia, koszty z tytułu opłat i podatków (np. PFRON), usług bankowych, koszty odpisu na ZFŚS, koszty wynagrodzeń i ubezpieczeń społecznych dyrekcji oraz pracowników z działów wsparcia - których nie da się przypisać bezpośrednio do poszczególnych projektów.

Z perspektywy VAT działalność prowadzona przez Instytut ma charakter mieszany (prowadzi działalność opodatkowaną jak również działalność nieopodatkowaną). W przypadku braku możliwości obiektywnego wyodrębnienia, jaka część wydatków (kosztów pośrednich) będzie dotyczyła działalności opodatkowanej, a jaka działalności niepodlegającej opodatkowaniu VAT, przy odliczeniu VAT Instytut powinien skorzystać z Prewspółczynnika (ponieważ nie jest możliwe odliczenie VAT w całości).

Skorzystanie z Prewspółczynnika zapewnia dokonanie obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonywane w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowane oraz obiektywnie odzwierciedla część wydatków przypadającą odpowiednio na działalność gospodarczą oraz na cele inne niż działalność gospodarcza. W ten sposób przedstawiona metoda najpełniej odzwierciedla specyfikę wykonywanej przez Instytut działalności, a także specyfikę dokonywanych przez Instytut nabyć.

Zgodnie ze zdarzeniem przyszłym przedstawionym we wniosku, zdaniem Instytutu w przypadku wydatków klasyfikowanych jako koszty pośrednie, których nie ma możliwości alokować do działalności nieopodatkowanej i działalności opodatkowanej VAT Instytut nie będzie uprawniony do odliczenia całości podatku VAT naliczonego. Instytut będzie natomiast uprawniony do odliczenia VAT naliczonego według Prewspółczynnika.

Zdaniem Wnioskodawcy w przypadku wydatków klasyfikowanych jako koszty pośrednie, których nie ma możliwości alokować bezpośrednio do działalności nieopodatkowanej i działalności opodatkowanej VAT, Instytut będzie uprawniony do odliczenia VAT naliczonego według Prewspółczynnika.

Ocena stanowiska

Stanowisko, które przedstawili Państwo we wniosku jest prawidłowe.

Uzasadnienie interpretacji indywidualnej

Podstawowe zasady dotyczące odliczania podatku naliczonego zostały sformułowane w art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t. j. Dz. U. z 2025 r. poz. 775 ze zm.), zwanej dalej ustawą, zgodnie z którym:

Art. 86 ust. 2 pkt 1 ustawy:

Z treści art. 86 ustawy, wynika, że prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje wówczas, gdy zostaną spełnione określone warunki, tzn. odliczenia tego dokonuje podatnik podatku od towarów i usług oraz gdy towary i usługi, z których nabyciem podatek został naliczony, są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych. Warunkiem umożliwiającym podatnikowi skorzystanie z prawa do odliczenia podatku naliczonego jest związek zakupów z wykonywanymi czynnościami opodatkowanymi. Przedstawiona zasada wyklucza możliwość dokonania obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego związanego z usługami i towarami, które nie są w ogóle wykorzystywane do czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystywania do czynności zwolnionych od podatku VAT oraz niepodlegających temu podatkowi.

Podkreślić należy, że ustawodawca zapewnił podatnikowi prawo do odliczenia podatku naliczonego w całości lub w części, pod warunkiem spełnienia przez niego zarówno przesłanek pozytywnych, wynikających z art. 86 ust. 1 ustawy oraz niezaistnienia przesłanek negatywnych, określonych w art. 88 ustawy. Przepis ten określa listę wyjątków, które pozbawiają podatnika prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.

Z opisu zdarzenia wynika, że są Państwo zarejestrowanym podatnikiem podatku VAT czynnym, (...).

Prowadzą Państwo działalność gospodarczą (komercyjną). Działalność gospodarcza prowadzona przez Państwa wyodrębniona jest pod względem finansowym i rachunkowym.

W ramach prowadzonej działalności komercyjnej świadczą Państwo usługi m.in.: usługi laboratoryjne / usługi (...) w zakresie wykonywania specjalistycznych analiz / ekspertyz / opinii, dokumentacji, usług doradztwa, usługi najmu nieruchomości (najem lokali użytkowych / najem lokali mieszkaniowych na rzecz byłych pracowników), krótkoterminowy najem pokoi gościnnych na rzecz pracowników i klientów zewnętrznych. Świadczą Państwo usługi także w ramach prowadzenia (...).

Otrzymują Państwo subwencje, dotacje celowe, podmiotowe oraz dotacje z Unii Europejskiej związane z realizacją projektów.

Otrzymują Państwo subwencje od Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego na utrzymanie i rozwój potencjału dydaktycznego i badawczego. Subwencja przyznawana jest na mocy ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce.

Subwencja MNiSW wykorzystywana jest bezpośrednio na pokrycie kosztów prowadzenia badań i prac naukowych, których wyniki są i mogą być w przyszłości komercjalizowane (i udostępniane innym podmiotom odpłatnie). Nie są Państwo w stanie jednoznacznie zidentyfikować usług, wykonywanych na rzecz innych podmiotów, w ramach realizacji których będą wykorzystywali efekty prac wcześniej sfinansowanych z subwencji.

Każdorazowo w zakresie klasyfikacji wydatków związanych z subwencją MNiSW wypełniany jest kwestionariusz, który zawiera kryteria oceny pozwalające wskazać potencjał komercjalizacyjny poszczególnych projektów finansowanych z subwencji MNiSW.

Ponadto w ramach prowadzenia działalności naukowo-badawczej pozyskują Państwo dotacje z Narodowego Centrum Nauki oraz Narodowego Centrum Badań i Rozwoju.

Wydatki ponoszone w związku z prowadzoną przez Państwa działalnością naukowo-badawczą, służbą publiczną, a także działalnością związaną z realizacją projektów unijnych dzielą się m.in. na:

·       wydatki bezpośrednie związane z realizowanymi projektami, takie jak: zakup środków trwałych, wyposażenia, materiałów i energii, usług obcych w tym usług kooperacji, koszty wynagrodzeń oraz ubezpieczeń społecznych, koszty delegacji krajowych i zagranicznych, koszty utrzymania floty samochodowej w tym koszty paliwa, ubezpieczeń i konserwacji.

Stosowana do tej pory metodyka odliczania VAT naliczonego przez Państwa oparta jest o bezpośrednie powiązanie ze źródłem finansowania określonego wydatku (tj. przez pryzmat rodzaju otrzymanej dotacji lub subwencji). Dokonują Państwo analizy wydatków pod kątem komercjalizacji / wpływu na sprzedaż opodatkowaną VAT.

Jak Państwo wskazali, wydatki dokonywane w ramach subwencji MNiSW oraz innych dotacji, które są bezpośrednio związane z realizowanymi projektami, dotyczą badań i prac naukowych, których wyniki były i są komercjalizowane (udostępniane innym podmiotom odpłatnie) i nie ma przesłanek świadczących o tym, że w przyszłości mogłyby być wykorzystywane w inny sposób.

Ocena i wskazanie potencjału do komercjalizacji wyników prac w ramach otrzymanej subwencji oraz innych dotacji jest każdorazowo podejmowana na podstawie szczegółowej analizy projektu, która znajduje swoje odzwierciedlenie w dedykowanym kwestionariuszu. Kwestionariusz ten uwzględnia m.in. następujące kwestie: informacje czy wyniki prac posłużą do uzyskania odpłatnej sprzedaży, tj. czy będą w przyszłości (nawet potencjalnie) wykorzystywane do opracowania i wprowadzenia do obrotu nowego produktu, procesu lub usługi w ramach działalności gospodarczej, zakres projektu, informacja na temat przykładowej grup klientów, informacja na temat działań promocyjnych niezbędnych do komercjalizacji.

Przyszła komercjalizacja wyników i udostępnianie ich innym podmiotom odpłatnie będzie odbywać się wyłącznie w ramach czynności opodatkowanych podatkiem od towarów i usług. Każdorazowo dokumentem potwierdzającym odpłatne udostępnienie będzie faktura sprzedaży VAT wystawiona przez Instytut.

Państwa wątpliwości dotyczą prawa do odliczenia całości podatku VAT naliczonego od wydatków, gdy zakupy dokonywane w ramach subwencji MNiSW oraz innych dotacji mają związek z działalnością opodatkowaną VAT poprzez wykonywanie czynności opodatkowanych w postaci świadczenia usług w ramach Państwa działalności naukowo-badawczej oraz poprzez przyszłą możliwość wykonywania czynności opodatkowanych.

Jak wskazano powyżej, najistotniejszym warunkiem umożliwiającym czynnemu podatnikowi VAT realizację prawa do odliczenia, jest związek dokonanych zakupów z wykonywaniem czynności opodatkowanych. Jednocześnie oceny, czy związek ten istnieje lub będzie istniał w przyszłości, należy dokonać w momencie realizowania zakupów, zgodnie z zasadą niezwłocznego odliczenia podatku naliczonego. Zasada ta wyraża się tym, że podatnik – aby skorzystać z prawa do odliczenia podatku naliczonego – nie musi czekać aż nabyty towar lub usługa zostaną odsprzedane lub efektywnie wykorzystane na potrzeby działalności opodatkowanej.

W każdym przypadku należy dokonać oceny, czy intencją podatnika wykonującego określone czynności, z którymi łączą się skutki podatkowo-prawne, było wykonywanie czynności opodatkowanych. Zatem niezwykle istotny jest charakter związku występującego między zakupami, a prowadzoną przez podatnika działalnością gospodarczą. Związek ten może mieć charakter bezpośredni lub pośredni.

O związku bezpośrednim dokonywanych zakupów z działalnością gospodarczą można mówić wówczas, gdy nabywane towary lub usługi służą np. dalszej odsprzedaży lub też są niezbędne do wytworzenia towarów lub wykonania usług będących przedmiotem sprzedaży. Bezpośrednio więc wiążą się z czynnościami opodatkowanymi wykonywanymi przez podatnika.

Natomiast o związku pośrednim można mówić wówczas, gdy ponoszone wydatki wiążą się z całokształtem funkcjonowania firmy (przedsiębiorstwa) - mają pośredni związek z działalnością gospodarczą, a tym samym z osiąganymi przez podatnika przychodami. Aby jednak można było wskazać, iż określone zakupy mają chociażby pośredni związek z działalnością, istnieć musi związek przyczynowo-skutkowy pomiędzy dokonanymi zakupami towarów i usług a powstaniem obrotu. O pośrednim związku dokonanych zakupów z działalnością podatnika można mówić wówczas, gdy zakup towarów i usług nie przyczynia się bezpośrednio do obrotu osiąganego przez podatnika, np. poprzez odsprzedaż, lecz poprzez wpływ na ogólne funkcjonowanie przedsiębiorstwa jako całości.

Aby jednak można było wskazać, że określone zakupy mają chociażby pośredni związek z działalnością podmiotu, istnieć musi związek przyczynowo-skutkowy pomiędzy dokonanymi zakupami towarów i usług, a powstaniem obrotu. O pośrednim związku dokonanych zakupów z działalnością podatnika można mówić wówczas, gdy zakup towarów i usług nie przyczynia się bezpośrednio do uzyskania obrotu przez podatnika, np. poprzez ich odsprzedaż, lecz poprzez wpływ na ogólne funkcjonowanie przedsiębiorstwa jako całości, przyczynia się do generowania przez podmiot obrotu.

Powyższe regulacje oznaczają, że aby stwierdzić, czy podatnikowi podatku od towarów i usług przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o podatek naliczony, należy zbadać wyłącznie związek ponoszonych wydatków z wykonywanymi przez podatnika czynnościami opodatkowanymi, przy czym związek ten musi mieć charakter niewątpliwy, lecz niekoniecznie bezpośredni. Podatnik musi jednak wykazać związek zakupów z wykonanymi czynnościami opodatkowanymi, tzn. których następstwem jest określenie podatku należnego (powstanie zobowiązania podatkowego).

Istnienie związku między nabywanymi towarami i usługami a transakcjami opodatkowanymi podatnika jest traktowane jako niezbędny wymóg powstania prawa do odliczenia podatku również w Dyrektywie 2006/112/WE Rady z 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz. Urz. UE L 347 z 11 grudnia 2006 r. str. 1 ze zm.). Powyższe stanowisko znajduje również potwierdzenie w orzecznictwie Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej.

Zasada neutralności podatku VAT, a także kwestia pośredniego związku pomiędzy podatkiem naliczonym VAT a czynnościami opodatkowanymi jako warunku wystarczającego do zachowania prawa do odliczenia VAT były przedmiotem licznych orzeczeń TSUE m.in. wyrok z 15 stycznia 1998 r. w sprawie C-37/95 (Państwo Belgijskie v. Ghent Coal Terminal NV), wyrok z 22 lutego 2001 r. w sprawie C-408/96 (Abbey National plc v. Commissioners of Customs & Excisie), wyrok z 26 maja 2005 r. w sprawie C-465/03 (Kretztechnik AG v. Finanzamt Linz), wyrok z 27 września 2001 r. w sprawie C-16/00 (CIBO Participations SA v. Directeur region al des impots du Nord-Pas-de-Calats). TSUE podkreślał, że co do zasady, prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego przysługuje podatnikom wówczas, gdy istnieje bezpośredni związek poniesionych wydatków ze sprzedażą opodatkowaną. Jednakże, brak bezpośredniego związku z konkretną czynnością podlegającą opodatkowaniu nie wyklucza prawa do odliczenia podatku VAT w przypadku tzw. kosztów ogólnych działania podatnika, o ile koszty te mogą być przypisane do działalności podatnika podlegającej opodatkowaniu VAT.

Podobny pogląd wyraził Trybunał Sprawiedliwości UE w wyroku z 8 czerwca 2000 r. w sprawie C‑98/98, Commissioners of Customs and Excise a Midland Bank. Trybunał nie miał w tej sprawie wątpliwości, że art. 2 Pierwszej Dyrektywy i art. 17 ust. 2, 3 i 5 Szóstej Dyrektywy w sprawie harmonizacji ustawodawstw Państw Członkowskich w odniesieniu do podatków obrotowych, należy interpretować w taki sposób, aby warunkiem odliczenia przez podatnika podatku VAT oraz podstawą do ustalenia zakresu tego prawa, było zasadniczo istnienie bezpośredniego związku pomiędzy daną transakcją nabycia a daną transakcją (lub transakcjami) sprzedaży, uprawniającymi do dokonania odliczenia. W uzasadnieniu tego wyroku Trybunał wyjaśnił, że w przypadku gdy podatnik dokonuje transakcji w odniesieniu do których podatek VAT podlega odliczeniu oraz transakcji nie dających podstaw do odliczenia podatku naliczonego, podatnik może dokonać odliczenia podatku VAT naliczonego od towarów i usług przez niego nabytych w przypadku, gdy towary te pozostają w bezpośrednim związku z transakcjami sprzedaży podlegającymi opodatkowaniu podatkiem VAT.

W tym miejscu warto przywołać orzeczenie TSUE z 8 lutego 2007 r. C‑435/05 w sprawie Investrand BV przeciwko Staatssecretaris van Financiën, jako wyraz ugruntowanej linii orzeczniczej w TSUE w zakresie przyznawania prawa do odliczenia podatnikowi nawet w przypadku braku bezpośredniego i ścisłego związku pomiędzy konkretną transakcją powodującą naliczenie podatku.

Należy jednak zauważyć, że w wyroku tym (pkt 23) w pierwszej kolejności TSUE wskazał, że zgodnie z ustalonym orzecznictwem, aby można było przyznać podatnikowi prawo do odliczenia naliczonego podatku VAT i określić zakres tego prawa, zasadniczo konieczne jest istnienie bezpośredniego i ścisłego związku pomiędzy konkretną transakcją powodującą naliczenie podatku, a jedną lub kilkoma transakcjami objętymi podatkiem należnym, które rodzą prawo do odliczenia (zob. ww. wyroki: w sprawie Midland Bank, pkt 24; w sprawie Abbey National, pkt 26; oraz wyrok z 3 marca 2005 r. w sprawie C‑32/03 Fini H, Zb.Orz. str. I‑1599, pkt 26). Prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego przy nabyciu towarów lub usług zakłada, iż wydatki poczynione celem ich nabycia stanowiły element cenotwórczy transakcji obciążonych podatkiem należnym, rodzących prawo do jego odliczenia (zob. ww. wyroki: w sprawie Midland Bank, pkt 30, w sprawie Abbey National, pkt 28, jak i wyrok z 27 września 2001 r. w sprawie C‑16/00 Cibo Participations, Rec. str. I‑6663, pkt 31).

Następnie w pkt 24 wyroku TSUE wskazał, że prawo do odliczenia zostaje zatem również przyznane podatnikowi nawet w przypadku braku bezpośredniego i ścisłego związku pomiędzy konkretną transakcją powodującą naliczenie podatku a jedną lub kilkoma transakcjami objętymi podatkiem należnym, które rodzą prawo do odliczenia, gdy koszty omawianych usług stanowią część jego kosztów ogólnych i jako takie stanowią element cenotwórczy dla dostarczanych towarów lub świadczonych usług. Koszty te w rzeczywistości zachowują bezpośredni i ścisły związek z całą działalnością gospodarczą podatnika (zob. w szczególności ww. wyroki w sprawach Midland Bank, pkt 23 i 31 oraz Kretztechnik, pkt 36).

Ostatecznie jednak TSUE doszedł w tej sprawie do konkluzji, że artykuł 17 ust. 2 szóstej dyrektywy Rady 77/388/EWG z 17 maja 1977 r. w sprawie harmonizacji ustawodawstw państw członkowskich w odniesieniu do podatków obrotowych – wspólny system podatku od wartości dodanej: ujednolicona podstawa wymiaru podatku należy interpretować w ten sposób, że koszty usług doradczych, z których podatnik skorzystał w celu ustalenia kwoty wierzytelności stanowiącej część majątku jego przedsiębiorstwa i związanej ze sprzedażą akcji dokonaną w okresie, w którym nie był on jeszcze podatnikiem podatku VAT, z braku dowodów na to, że wyłączną przyczyną tych usług jest działalność gospodarcza w rozumieniu tej dyrektywy wykonywana przez podatnika, nie wykazują bezpośredniego i ścisłego związku z tą działalnością, a w konsekwencji nie uprawniają do odliczenia podatku VAT, który je obciąża.

W konsekwencji z wyroku tego wynika, że aby można było przyznać podatnikowi prawo do odliczenia naliczonego podatku VAT związek pomiędzy zakupami, a działalnością gospodarczą co do zasady powinien być bezpośredni, może być również pośredni jednak tylko gdy zakupy związane są z działalnością gospodarczą („wyłączną przyczyną tych usług jest działalność gospodarcza w rozumieniu tej dyrektywy wykonywana przez podatnika”). W przeciwnym wypadku koszty pośrednie nie wykazują bezpośredniego i ścisłego związku z tą działalnością, a w konsekwencji nie uprawniają do odliczenia podatku VAT, który je obciąża.

Jednocześnie należy zauważyć, że ciężar wykazania związku przyczynowo-skutkowego pomiędzy dokonanymi zakupami towarów i usług a powstaniem obrotu spoczywa na podatniku, który wywodzi z tego określone skutki prawne.

Również w orzecznictwie TSUE (m.in. wyrok z 14 lutego 1985 r. w sprawie 268/83 Rompelman) podkreślono, że prawo do odliczenia podatku może przysługiwać także w fazie przygotowawczej działalności gospodarczej, jeśli istnieje zamiar prowadzenia działalności opodatkowanej w przyszłości i ponoszone wydatki mają bezpośredni związek z tą działalnością. Jednakże zamiar ten musi być obiektywnie potwierdzony, np. poprzez faktyczne przygotowanie do rozpoczęcia sprzedaży towarów lub usług podlegających opodatkowaniu.

Odnosząc się do kwestii budzącej Państwa wątpliwości jeszcze raz należy podkreślić, że warunkiem umożliwiającym podatnikowi skorzystanie z prawa do odliczenia podatku naliczonego jest niewątpliwy i bezsporny związek zakupów z wykonanymi czynnościami opodatkowanymi. Przy czym istotna jest intencja nabycia, tzn. jeśli dany towar ma służyć wykonywaniu czynności opodatkowanych, wówczas po spełnieniu wymienionych w art. 86 ustawy wymogów formalnych, odliczenie jest prawnie dozwolone, pod warunkiem że nie wyłączają go inne przepisy ustawy lub aktów wykonawczych.

Wobec powyższego, w każdym przypadku należy dokonać oceny, czy intencją określonej czynności, z którą łączą się skutki podatkowo-prawne było wykonywanie czynności opodatkowanych. Z ogólnie przyjętej definicji „zamiaru” wynika, że jest to projekt, plan czy intencja zrealizowania czegoś. Istotą zamiaru są intencje, jakie przyświecają dokonywanym czynnościom, jak i cel, który dana osoba ma osiągnąć, dokonując tych czynności.

W związku z powyższym skoro wskazali Państwo, że wydatki dokonywane w ramach subwencji MNiSW oraz innych dotacji, które są bezpośrednio związane z realizowanymi projektami, dotyczą badań i prac naukowych, których wyniki były i są komercjalizowane (udostępniane innym podmiotom odpłatnie) i nie ma przesłanek świadczących o tym, że w przyszłości mogłyby być wykorzystywane w inny sposób oraz że przyszła komercjalizacja wyników i udostępnianie ich innym podmiotom odpłatnie będzie odbywać się wyłącznie w ramach czynności opodatkowanych podatkiem od towarów i usług, to w myśl art. 86 ust. 1 ustawy przysługuje Państwu prawo do odliczenia całości podatku VAT naliczonego od zakupów dokonywanych w ramach subwencji MNiSW oraz innych dotacji mających związek z działalnością opodatkowaną VAT poprzez wykonywanie czynności opodatkowanych w postaci świadczenia usług w ramach działalności naukowo-badawczej Państwa oraz poprzez przyszłą możliwość wykonywania czynności opodatkowanych.

Prawo to będzie przysługiwało Państwu pod warunkiem niezaistnienia ograniczeń wskazanych w art. 88 ustawy.

Stanowisko w zakresie pytania nr 1 jest prawidłowe.

Z uwagi na powyższe rozstrzygnięcie (tj. uznania stanowiska w zakresie pytania nr 1 za prawidłowe), odstąpiono od udzielenia odpowiedzi na pytanie nr 2, które uzależnili Państwo od negatywnej odpowiedzi na te pytanie.

Państwa wątpliwości dotyczą również możliwości odliczenia całości podatku naliczonego od wydatków, które są klasyfikowane przez Państwa jako koszty pośrednie.

Jak wyżej wskazano, prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje gdy:

• podatek odlicza podatnik podatku od towarów i usług,
• towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych.

Warunkiem, który daje podatnikowi prawo do odliczenia podatku naliczonego jest związek zakupów z wykonywanymi czynnościami opodatkowanymi.

Podatnik nie ma prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego od nabywanych towarów i usług, których nie będzie wykorzystywał do wykonywania czynności opodatkowanych (czyli czynności zwolnionych od podatku oraz niepodlegających temu podatkowi).

W celu odliczenia podatku naliczonego w pierwszej kolejności podatnik powinien przyporządkować ponoszone wydatki do poszczególnych rodzajów działalności (opodatkowanej podatkiem VAT, zwolnionej i niepodlegającej opodatkowaniu tym podatkiem).

Jeżeli takie wyodrębnienie jest możliwe, podatnikowi, na podstawie art. 86 ust. 1 ustawy przysługuje pełne prawo do odliczenia podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług związanych wyłącznie z czynnościami opodatkowanymi wykonywanymi w ramach działalności gospodarczej, brak jest natomiast takiego prawa w stosunku do podatku naliczonego związanego z zakupem towarów i usług wykorzystywanych wyłącznie do wykonywania czynności zwolnionych z opodatkowania oraz niepodlegających temu podatkowi.

Natomiast w sytuacji, gdy takie przyporządkowanie nie jest możliwe, a wydatki służą zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, podatnik winien ustalić proporcję, o której mowa w art. 86 ust. 2a ustawy, a w przypadku wystąpienia także czynności zwolnionych z opodatkowania tym podatkiem – proporcję, o której mowa w art. 90 ust. 2 i 3 ustawy.

Jak Państwo wskazali, wydatki ponoszone w związku z prowadzoną przez Państwa działalnością naukowo-badawczą, służbą publiczną, a także działalnością związaną z realizacją projektów unijnych dzielą się m.in. na:

·        wydatki pośrednie sklasyfikowane jako koszty zakładowe i ogólne, do których przede wszystkim należą: koszty zakupu usług związanych z utrzymaniem i funkcjonowaniem nieruchomości (sprzątanie, ochrona, remonty i konserwacja, ubezpieczenia, koszty energii, wody, odprowadzanie nieczystości, usługi komunalne), koszty amortyzacji majątku trwałego, zakup wyposażenia, koszty z tytułu opłat i podatków (np. PFRON), usług bankowych, koszty odpisu na ZFŚS, koszty wynagrodzeń i ubezpieczeń społecznych dyrekcji oraz pracowników z działów wsparcia - których nie da się przypisać bezpośrednio do poszczególnych projektów.

Towary i usługi nabywane przez Państwa w ramach kosztów pośrednich będą wykorzystywane do czynności opodatkowanych podatkiem od towarów i usług oraz do czynności niepodlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.

W przypadku wydatków klasyfikowanych jako koszty pośrednie - nie ma możliwości, w sposób bezpośredni, alokowania ich do działalności niepodlegającej opodatkowaniu VAT i działalności opodatkowanej VAT - koszty te można alokować jedynie pośrednio z zastosowaniem odpowiedniego klucza podziału kosztów.

Tym samym z uwagi na fakt, że wydatki, które są klasyfikowane przez Państwa jako koszty pośrednie, będą przez Państwa wykorzystywane zarówno do czynności opodatkowanych podatkiem od towarów i usług oraz czynności niepodlegających opodatkowaniu i nie mają Państwo możliwości w sposób bezpośredni przyporządkowania tych wydatków do jednego rodzaju działalności (tj. niepodlegającej opodatkowaniu lub opodatkowanej podatkiem VAT), nie przysługuje Państwu prawo do odliczenia całości podatku VAT naliczonego od tych wydatków.

Stanowisko w zakresie pytania nr 3 jest zatem prawidłowe.

Państwa wątpliwością dotyczą możliwości odliczenia podatku VAT naliczonego do wydatków klasyfikowanych jako koszty pośrednie przy zastosowaniu Prewspółczynnika.

Jak wyżej wskazano, towary i usługi nabywane przez Państwa w ramach kosztów pośrednich będą wykorzystywane do czynności opodatkowanych podatkiem od towarów i usług oraz do czynności niepodlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. W przypadku wydatków klasyfikowanych jako koszty pośrednie - nie ma możliwości, w sposób bezpośredni, alokowania ich do działalności niepodlegającej opodatkowaniu VAT i działalności opodatkowanej VAT.

Wyrażoną w art. 86 ust. 1 ustawy generalną zasadę uprawniającą do odliczenia podatku naliczonego uzupełniają regulacje zawarte m.in. w art. 86 ust. 2a ustawy, zgodnie z którym:

Art. 86 ust. 2b ustawy:

Art. 86 ust. 2c ustawy:

Art. 86 ust. 2d ustawy:

Art. 86 ust. 2g ustawy:

Art. 86 ust. 2h ustawy:

Art. 86 ust. 22 ustawy:

Na podstawie delegacji ustawowej określonej ww. przepisem wydane zostało rozporządzenie Ministra Finansów z 17 grudnia 2015 r. w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników (t. j. Dz. U. z 2021 r. poz. 999), zwane dalej rozporządzeniem.

§ 1 rozporządzenia:

W rozporządzeniu tym zostali wskazani podatnicy, do których przepisy w nim zawarte się odnoszą. Są to: jednostki samorządu terytorialnego, samorządowe instytucje kultury, państwowe instytucje kultury, uczelnie publiczne, instytuty badawcze.

§ 7 rozporządzenia:

§ 2 pkt 4 rozporządzenia:

Przepis art. 86 ust. 2a ustawy ma zastosowanie wyłącznie do sytuacji, w której nabywane towary i usługi, wykorzystywane są zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, w sytuacji gdy przypisanie tych wydatków w całości do działalności gospodarczej nie jest możliwe. Ww. przepis wprost określa, co stanowi kwotę podatku naliczonego w przypadku nabycia towarów i usług, wykorzystywanych zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych.

Na zakres prawa do odliczeń w sposób bezpośredni wpływa również pojmowanie statusu danego podmiotu jako podatnika podatku od towarów i usług wykonującego czynności opodatkowane. Tylko podatnik w rozumieniu art. 15 ustawy, ma prawo do odliczenia podatku naliczonego. Co do zasady status podatnika związany jest z prowadzeniem przez dany podmiot działalności gospodarczej w rozumieniu ustawy.

Pojęcia „podatnik” i „działalność gospodarcza” na potrzeby podatku od towarów i usług zostały zdefiniowane w art. 15 ust. 1 i ust. 2 ustawy:

Cele prowadzonej działalności gospodarczej należy rozpatrywać w kontekście definicji działalności gospodarczej, określonej w art. 15 ust. 2 i ust. 3 ustawy. Mieszczą się tutaj również działania, czy sytuacje występujące w ramach działalności gospodarczej, jednakże niegenerujące opodatkowania podatkiem. Natomiast przez cele inne rozumie się sferę działalności danego podmiotu niebędącą działalnością gospodarczą w rozumieniu art. 15 ust. 2 i ust. 3 ustawy – przykładowo nieodpłatna działalność statutowa. W celach działalności gospodarczej mieścić się będą również działania czy sytuacje występujące w ramach działalności gospodarczej („towarzyszące” tej działalności), niezależnie od tego czy ostatecznie bezpośrednio generują opodatkowanie VAT.

Z wniosku wynika, że do wydatków mieszanych związanych jednocześnie z działalnością poza zakresem opodatkowania oraz opodatkowaną działalnością gospodarczą rozważają Państwo zastosowanie Prewspółczynnika.

Prewspółczynnik obliczany jest według wzoru:

Prewspółczynnik =  A/(A+B)

Rozważany przez Państwa sposób kalkulacji Prewspółczynnika zakłada ujęcie:

·       w literze A Prewspółczynnika - rocznego obrotu z Państwa działalności gospodarczej;

·       w literze B Prewspółczynnika - środki na finansowanie nauki do wysokości poniesionych kosztów przez instytut badawczy w danym roku w rozumieniu ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce oraz inne dotacje lub środki o podobnym charakterze - przeznaczone przez Państwa w danym roku na realizację badań naukowych, prac rozwojowych oraz innych zleconych zadań, których realizacja nie mieści się w działalności gospodarczej, pomniejszone o kwotę stanowiącą tę część subwencji MNiSW oraz innych dotacji, która odpowiada sumie środków przeznaczonych na realizację zadań przewidzianych do komercjalizacji zgodnie z deklaracjami zapisanymi w kwestionariuszach.

Licznik Prewspółczynnika będzie stanowił sumę przychodów netto ze sprzedaży (obrót ze sprzedaży). Kwota subwencji MNiSW nie będzie uwzględniania w liczniku Prewspółczynnika i wliczana do podstawy opodatkowania na gruncie art. 29a ust. 1 ustawy o VAT.

W mianowniku Prewspółczynnika uwzględnią Państwo roczny obrót z działalności gospodarczej instytutu badawczego oraz środki na finansowanie nauki do wysokości poniesionych kosztów przez instytut badawczy w danym roku, w rozumieniu ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce oraz inne dotacje lub środki o podobnym charakterze - przeznaczone przez ten instytut w danym roku na realizację badań naukowych, prac rozwojowych oraz innych zleconych zadań, których realizacja nie mieści się w działalności gospodarczej, z wyłączeniem dotacji przeznaczonych na stypendia dla uczestników studiów doktoranckich uczestniczących w realizacji badań naukowych lub prac rozwojowych i pomniejszone o kwotę stanowiącą tę część subwencji MNiSW oraz innych dotacji, która odpowiada sumie środków przeznaczonych na realizację zadań przewidzianych do komercjalizacji zgodnie z deklaracjami zapisanymi w kwestionariuszach.

Kwota otrzymanych dotacji lub środków wskazana w mianowniku Prewspółczynnika nie będzie obejmować kwot otrzymanych w danym roku, które nie zostały „wydatkowane” przez Państwa w danym roku na wskazane cele. Kalkulując Prewspółczynnik uwzględnią Państwo kwotę faktycznie otrzymaną, pomniejszaną o tę wartość, która nie została wydatkowana w danym roku.

Jak Państwo wskazali, subwencja MNiSW przeznaczona jest na utrzymanie i rozwój potencjału dydaktycznego i badawczego. Subwencja nie stanowi wynagrodzenia za jakąkolwiek usługę świadczoną przez Państwa na rzecz MNiSW i nie może stanowić wynagrodzenia za jakąkolwiek usługę. Subwencja MNiSW nie wpływa bezpośrednio na cenę dostarczanych towarów/świadczonych usług.

Subwencja MNiSW wykorzystywana jest bezpośrednio na pokrycie kosztów prowadzenia badań i prac naukowych, których wyniki są i mogą być w przyszłości komercjalizowane (i udostępniane innym podmiotom odpłatnie). Nie są Państwo w stanie jednoznacznie zidentyfikować usług wykonywanych na rzecz innych podmiotów, w ramach realizacji których będą wykorzystywali efekty prac wcześniej sfinansowanych z subwencji.

W zakresie braku uwzględniania przez Państwa w liczniku Prewspółczynnika i wliczania do podstawy opodatkowania kwoty subwencji MNiSW należy mieć na uwadze, że zgodnie z art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy:

Art. 7 ust. 1 ustawy:

Art. 8 ust. 1 ustawy:

Usługami są wszelkie odpłatne świadczenia niebędące dostawą towarów. Definicja „świadczenia usług” ma charakter dopełniający definicję „dostawy towarów”. Jest ona wyrazem realizacji zasady powszechności opodatkowania podatkiem od towarów i usług transakcji wykonywanych przez podatników w ramach prowadzonej przez nich działalności gospodarczej.

Każde świadczenie niebędące dostawą towarów, polegające na działaniu, zaniechaniu lub tolerowaniu czyjegoś zachowania stanowi usługę w rozumieniu ustawy.

Dana czynność podlega opodatkowaniu podatkiem, gdy istnieje bezpośredni związek o charakterze przyczynowym pomiędzy świadczoną usługą, a otrzymanym świadczeniem wzajemnym. Otrzymana zapłata powinna być konsekwencją wykonania świadczenia. Wynagrodzenie musi być należne za wykonanie tego świadczenia.

W przytoczonych przepisach została zrealizowana zasada powszechności opodatkowania wyrażona w art. 1 Dyrektywy 2006/112/WE Rady z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz. Urz. UE L 347 z 11 grudnia 2006 str. 1 ze zm., dalej: Dyrektywa 2006/112/WE). Definicja świadczenia usług stanowi dopełnienie definicji dostawy towarów. To pozwala stwierdzić, że opodatkowaniu podatkiem VAT podlegają wszystkie czynności odpłatnego obrotu profesjonalnego.

Art. 29a ust. 1 ustawy:

Art. 29a ust. 6 ustawy:

Podstawę opodatkowania w podatku od towarów i usług stanowi wynagrodzenie, które dostawca lub usługodawca otrzymał lub ma otrzymać z tytułu dostawy towarów albo świadczenia usług. Wynagrodzenie to oznacza wartość rzeczywiście otrzymaną (lub która ma być otrzymana) w konkretnym przypadku.

Dla określenia, czy dane dotacje (subwencje i inne dopłaty o podobnym charakterze) są, czy też nie są opodatkowane istotne są szczegółowe warunki ich przyznawania, określające cele realizowanego w określonej formie dofinansowania.

Kryterium uznania dotacji za stanowiącą podstawę opodatkowania jest zatem stwierdzenie, że dotacja dokonywana jest w celu sfinansowania konkretnej czynności podlegającej opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. Natomiast dotacje niedające się powiązać z konkretnymi czynnościami podlegającymi opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, nie stanowią podstawy opodatkowania w rozumieniu przepisu art. 29a ust. 1 ustawy.

Włączenie do podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze ma miejsce tylko wówczas, gdy jest to dotacja, subwencja i inna dopłata o podobnym charakterze związana bezwzględnie i bezpośrednio z ceną dostarczonych towarów lub świadczonych usług. W przypadku, gdy podatnik otrzyma dofinansowanie, które będzie związane z dostawą lub świadczeniem usług, jako pokrycie części ceny konkretnego świadczenia lub rekompensatę z tytułu wykonania określonego świadczenia po cenach obniżonych, płatność taka będzie zaliczana do podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług. Nie jest więc podstawą opodatkowania ogólna dotacja (subwencja, inna dopłata o podobnym charakterze) uzyskana przez podatnika, niezwiązana z dostawą towaru lub świadczeniem usługi. Jeżeli taki bezpośredni związek nie występuję, dofinansowanie ogólne – na pokrycie kosztów działalności nie zwiększa podstawy opodatkowania, a tym samym nie podlega opodatkowaniu.

Opodatkowanie subwencji (dotacji) stanowi wyjątek od zasad ogólnych wspólnego systemu VAT. Istotnym zatem dla wykładni art. 29a ust. 1 ustawy jest wyjaśnienia pojęcia „subwencja bezpośrednio związana z ceną”.

W tym celu istotne znaczenie ma orzecznictwo Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. W szczególności wyroki w sprawach C-184/00 (Office des produits wallons ASBL v. Belgian State) oraz C-353/00 (Keeping Newcastle Warm Ltd. v. Commisioners of Customs and Excise, w skrócie KNW).

W wyroku C-184/00 Trybunał stwierdził, że pojęcie subwencji (dotacji) bezpośrednio związanych z ceną należy interpretować jako obejmujące wyłącznie subwencje, które stanowią całość lub część wynagrodzenia za dostawę towarów lub świadczenie usług, a które są wypłacane przez podmiot trzeci w stosunku do sprzedawcy lub świadczącego. Trybunał argumentował, że w celu ustalenia, czy dotacja stanowi wynagrodzenie, cena towarów i usług musi, co do zasady, być ustalana nie później, niż w momencie zdarzenia podlegającego opodatkowaniu. Zobowiązanie do zapłaty dotacji dokonane przez osobę, która jej udziela, rodzi korelat, jakim jest prawo beneficjenta do jej otrzymania, ponieważ dokonał on dostawy podlegającej opodatkowaniu. Ten związek pomiędzy dotacją a ceną musi być jednoznacznie widoczny na podstawie indywidualnej analizy okoliczności stanowiących podstawę wypłaty tego wynagrodzenia. Z drugiej strony nie jest konieczne, aby cena towarów lub usług bądź część tej ceny została ustalona. Wystarczy by możliwe było jej ustalenie. Cena jaką płaci nabywca musi być ustalana w taki sposób, że zmniejsza się ona w proporcji do dotacji przyznanej sprzedawcy towarów lub świadczącemu usługi, co zatem stanowi element ustalenia ceny, jakiej żąda ten ostatni. Trybunał w sprawie będącej przedmiotem rozpoznania wskazał sądowi odsyłającemu szereg wskazówek, stwierdzając, że sąd krajowy musi zbadać obiektywnie, czy fakt, iż dotacja jest wypłacana sprzedawcy lub świadczącemu pozwala mu sprzedawać towary lub świadczyć usługi po cenie niższej, niż musiałby on żądać w braku takiej dotacji. Nie jest konieczne, by dotacja odpowiadała bezpośrednio zmniejszeniu ceny dostarczanych towarów, wystarczy by relacja pomiędzy zmniejszeniem ceny a dotacją, która może być wyrażona ryczałtowo, była istotna.

W wyroku C-353/00 Trybunał wyraził pogląd, że niezależnie od tego, czy dofinansowanie spełnia warunek bezpośredniego związku z ceną, czy też nie spełnia takiego warunku, zwiększać będzie podstawę opodatkowania, jeśli osoba trzecia (także organ władzy publicznej) wpłaca pewną kwotę pieniędzy na poczet usług świadczonych na rzecz osoby fizycznej. Orzeczenie to dotyczyło dopłat wypłacanych firmie zajmującej się usługami związanymi z doradztwem w dziedzinie energetyki.

Związek dotacji z ceną nie został szczegółowo przeanalizowany w tym wyroku. Szersze uwagi na ten temat znalazły się natomiast w opinii rzecznika generalnego oraz pisemnym stanowisku rządu Wielkiej Brytanii, które zaaprobował Trybunał. Jak wskazuje rzecznik, dotacje mogą mieć różną formę i charakter. Zwykle przez dotacje (subwencje) rozumie się sumy wypłacane danemu podmiotowi z funduszy publicznych w interesie ogólnym. W praktyce dotacje mogą mieć postać dopłat ogólnych do działalności przedsiębiorstwa (i wówczas nie podlegają opodatkowaniu) albo też stanowić subsydia do konkretnych dostaw lub usług, umożliwiając nabycie ich ostatecznemu odbiorcy po niższej cenie (lub w ogóle bez odpłatności z jego strony). W tym ostatnim przypadku podlegają podatkowi VAT.

Jeżeli otrzymana dotacja jest w sposób zindywidualizowany i policzalny związana z ceną danego świadczenia (tj. świadczenie dzięki dotacji ma cenę niższą o konkretną kwotę lub świadczeniobiorca otrzymuje je za darmo), taka dotacja podlega VAT. Jeżeli natomiast związek tego rodzaju nie występuje i równocześnie dotacja nie jest elementem wynagrodzenia związanego z danymi dostawami towarów lub usług, wówczas można – i  należy – potraktować ją jako płatność niepodlegającą podatkowi VAT.

Odnosząc się do kwalifikowania środków finansowych otrzymanych z subwencji MNiSW właściwe jest przyjęcie, że kwoty tej nie należy dodawać do licznika Prewspółczynnika.

Zgodnie z Państwa wskazaniem subwencja nie stanowi wynagrodzenia za jakąkolwiek usługę świadczoną przez Państwa na rzecz MNiSW. Subwencja MNiSW nie wpływa bezpośrednio na cenę dostarczanych towarów/świadczonych usług. Nie są Państwo w stanie jednoznacznie zidentyfikować usług wykonywanych na rzecz innych podmiotów, w ramach realizacji których będą Państwo wykorzystywali efekty prac wcześniej sfinansowanych z subwencji.

Zaznaczyć należy, że do proporcji powinny być wliczane dopiero „przychody” ze sprzedaży wyników badań i prac naukowych jako uzyskane w ramach działalności gospodarczej (powinny one być wliczane do obrotu z działalności gospodarczej –  w symbolu A w liczniku i w mianowniku proporcji). Jeśli w chwili obecnej takie przychody nie występują, nie powinny być uwzględniane w liczniku.

W rozpatrywanym przypadku obrót z działalności gospodarczej wystąpi dopiero przy komercjalizacji – sprzedaży wyników badań i prac naukowych. Kwoty te powinny być ujęte w liczniku Prewspółczynnika w tym momencie. W przeciwnym wypadku doszłoby do zdublowania wpływu tych środków na wskaźnik poprzez ujęcie we wskaźniku za poszczególne lata wydatków ponoszonych na dane badania i prace naukowe, a następnie w roku sprzedaży wyników badań. Sytuacja taka nie może mieć miejsca, ponieważ takie działania mogłyby prowadzić do nieprawidłowego i nieproporcjonalnego odliczenia podatku naliczonego.

Zatem prawidłowe jest wyłączenie kwoty subwencji z MNiSW z licznika Prewspółczynnika.

Z powyżej wskazanego art. 86 ust. 2a ustawy wynika, że sposób określenia proporcji powinien najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć.

Z uwagi na różnorodność i bogactwo życia gospodarczego wybór sposobu, według którego dokonuje się tego proporcjonalnego przypisania, należy do podatnika. Przepisy ustawowe wymagają jedynie, aby odpowiadał on najbardziej specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć. Będzie to spełnione, jeśli sposób ten:

·       zapewni dokonanie odliczenia podatku naliczonego wyłącznie w części przypadającej na działalność gospodarczą (co do zasady dotyczącej czynności opodatkowanych VAT) oraz

·       obiektywnie odzwierciedla część wydatków przypadających na działalność gospodarczą oraz na cele inne (z wyjątkiem celów prywatnych) – gdy przypisanie tych wydatków w całości do działalności gospodarczej nie jest możliwe.

Sposób określenia proporcji, powinien najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć. Oznacza to, że są Państwo zobowiązani do wyodrębnienia takiej części podatku naliczonego, którą można przypisać prowadzonej działalności gospodarczej.

Zastosowane przez Państwa metody, czy też sposoby, na podstawie których dokonają Państwo wydzielenia odpowiedniej kwoty podatku naliczonego, muszą odpowiadać wartościom faktycznym i rzeczywistym. Ciężar rzetelnego ustalenia, jaka część podatku naliczonego związana jest z prowadzoną działalnością gospodarczą, a jaka część wykorzystywana jest dla potrzeb innych niż prowadzona działalność gospodarcza, spoczywa zawsze na podatniku.

Korzystając z delegacji ustawowej zawartej w art. 86 ust. 22 ustawy, Minister Finansów w rozporządzeniu z dnia 17 grudnia 2015 r. określił dla instytutu sposób określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej uznany za najbardziej odpowiadający specyfice wykonywanych przez te podmioty działalności i dokonywanych przez nie nabyć w § 7 rozporządzenia z dnia 17 grudnia 2015 r.

Ustawodawca na mocy art. 86 ust. 2h ustawy daje podatnikom możliwość zastosowania innego sposobu określenia proporcji niż wskazują przepisy art. 86 ust. 22 ustawy jednak tylko w sytuacji, gdy wybrany sposób jest bardziej reprezentatywny. Zatem podatnik może zastosować inną metodę tylko i wyłącznie, gdy wybrana przez niego metoda jest bardziej reprezentatywna i tym samym najbardziej odpowiada specyfice wykonywanej działalności.

Jak Państwo wskazali, przedstawiona przez Państwa metoda najpełniej odzwierciedli specyfikę wykonywanej działalności, a także specyfikę dokonywanych przez Państwa zakupów.

Skorzystanie z Prewspółczynnika zapewni dokonanie obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonane w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowane oraz będzie obiektywnie odzwierciedlać część wydatków przypadającą odpowiednio na działalność gospodarczą oraz na cele inne niż działalność gospodarcza.

Głównymi przesłankami, którymi kierowali się Państwo przy obliczeniu Prewspółczynnika był fakt, że subwencja MNiSW przeznaczona jest na utrzymanie i rozwój potencjału dydaktycznego i badawczego, a zatem nie powinna być uwzględniana w podstawie opodatkowania na gruncie art. 29a ust. 1 ustawy. Do podstawy opodatkowania zgodnie z art. 29a ust. 7 ustawy wlicza się „otrzymane dotacje, subwencje i inne dopłaty o podobnym charakterze mającymi bezpośredni wpływ na cenę towarów dostarczanych lub usług świadczonych przez podatnika”. Subwencja nie stanowi wynagrodzenia za jakąkolwiek usługę świadczoną przez Państwa na rzecz MNiSW i nie może stanowić wynagrodzenia za jakąkolwiek usługę. Subwencja MNiSW nie wpływa bezpośrednio na cenę dostarczanych towarów/świadczonych usług.

Z uwagi na Państwa wyjaśnienia oraz przedstawiony sposób wyliczenia Prewspółczynnika, na podstawie którego zamierzają Państwo dokonać odliczenia podatku od wydatków dotyczących czynności opodatkowanych i niepodlegających opodatkowaniu należy stwierdzić, że sposób ten w tym konkretnym przypadku może zostać uznany za najbardziej odpowiadający specyfice wykonywanej przez Państwa działalności i dokonywanych nabyć. Wskazany przez Państwa sposób kalkulacji Prewspółczynnika będzie obiektywnie i jednoznacznie odzwierciedlał, w jakim stopniu wykorzystują Państwo zakupy dokonane w ramach wydatków klasyfikowanych jako koszty pośrednie do działalności gospodarczej, a w jakim do działalności innej niż działalność gospodarcza i zapewni dokonanie obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonywane w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowane.

Stanowisko w zakresie pytania nr 4 jest zatem prawidłowe.

Dodatkowe informacje

Informacja o zakresie rozstrzygnięcia

Interpretacja dotyczy zdarzenia przyszłego, które Państwo przedstawili i stanu prawnego, który obowiązuje w dniu wydania interpretacji.

Pouczenie o funkcji ochronnej interpretacji

·      Funkcję ochronną interpretacji indywidualnych określają przepisy art. 14k-14nb ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (t. j. Dz. U. z 2025 r. poz. 111 ze zm.). Interpretacja będzie mogła pełnić funkcję ochronną, jeśli Państwa sytuacja będzie zgodna (tożsama) z opisem stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego i zastosują się Państwo do interpretacji.

·      Zgodnie z art. 14na § 1 Ordynacji podatkowej:

·         Zgodnie z art. 14na § 2 Ordynacji podatkowej:

Pouczenie o prawie do wniesienia skargi na interpretację

Mają Państwo prawo do zaskarżenia tej interpretacji indywidualnej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w (...). Zasady zaskarżania interpretacji indywidualnych reguluje ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t. j. Dz. U. z 2024 r. poz. 935 ze zm.; dalej jako „PPSA”).

Skargę do Sądu wnosi się za pośrednictwem Dyrektora KIS (art. 54 § 1 PPSA). Skargę należy wnieść w terminie trzydziestu dni od dnia doręczenia interpretacji indywidualnej (art. 53 § 1 PPSA):

·       w formie papierowej, w dwóch egzemplarzach (oryginał i odpis) na adres: Krajowa Informacja Skarbowa, ul. Warszawska 5, 43-300 Bielsko-Biała (art. 47 § 1 PPSA), albo

·       w formie dokumentu elektronicznego, w jednym egzemplarzu (bez odpisu), na adres Krajowej Informacji Skarbowej na platformie ePUAP: /KIS/wnioski albo /KIS/SkrytkaESP (art. 47 § 3 i art. 54 § 1a PPSA).

Skarga na interpretację indywidualną może opierać się wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną (art. 57a PPSA).

Podstawa prawna dla wydania interpretacji

Podstawą prawną dla wydania tej interpretacji jest art. 13 § 2a oraz art. 14b § 1 Ordynacji podatkowej.