Interpretacja 0114-KDIP4-1.4012.622.2025.2.DP

Interpretacja indywidualna – stanowisko prawidłowe

Szanowni Państwo,

stwierdzam, że Państwa stanowisko w sprawie oceny skutków podatkowych opisanego zdarzenia przyszłego w podatku od towarów i usług jest prawidłowe.

Zakres wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej

3 listopada 2025 r. wpłynął Państwa wniosek z 29 października 2025 r. o wydanie interpretacji indywidualnej, który dotyczy prawa do odliczenia podatku naliczonego od zakupu towarów i usług w ramach projektów:

•      „Projekt 1”,

•      „Projekt 2”,

•      „Projekt 3”.

Uzupełnili go Państwo pismem z 4 grudnia 2025 r. (wpływ 18 grudnia 2025 r.) – w odpowiedzi na wezwanie. Treść wniosku jest następująca:

Opis zdarzenia przyszłego

Instytut (…) (dalej: (…) lub „Instytut” lub „Wnioskodawca”) prowadzi badania podstawowe i interdyscyplinarne w zakresie nauk fizycznych. Prowadzi działalność statutową oraz działalność gospodarczą. Instytut jest czynnym podatnikiem VAT.

Aktualnie Instytut realizuje 3 projekty inwestycyjne w ramach Programu Fundusze Europejskie dla (…) 2021-2027, priorytet 1 Fundusze Europejskie dla Badań i Rozwoju oraz Przedsiębiorczości, działanie 1.4 Infrastruktura Badawcza Sektora Nauki.

Wszystkie projekty obejmują głównie inwestycje w środki trwałe, w tym infrastrukturę badawczą. Regulamin naboru wniosków o dofinansowanie zakładał (pkt. 2.2.), że nie będą finansowane przedsięwzięcia, w których nie przewiduje się wykorzystania przynajmniej części infrastruktury do prowadzenia działalności gospodarczej, zgodnej z jej właściwym przeznaczeniem, tj. do działalności rozumianej w szczególności jako wynajem wyposażenia lub laboratoriów przedsiębiorstwom, świadczenie usług dla przedsiębiorstw lub prowadzenie badań na zlecenie.

Dopuszczalne zostało wsparcie przedsięwzięć, w których przewiduje się wykorzystanie infrastruktury do działalności gospodarczej o charakterze pomocniczym (w rozumieniu komunikatu Komisji Europejskiej - Zasady ramowe pomocy państwa na działalność badawczą, rozwojową i innowacyjną (2022/C 414/01)), tj. działalności gospodarczej, która jest bezpośrednio związana z funkcjonowaniem danej infrastruktury badawczej i konieczna do jej funkcjonowania lub nieodłącznie związana z jej główną działalnością niegospodarczą.

W przypadku, gdy infrastruktura badawcza jest wykorzystywana zarówno do prowadzenia działalności gospodarczej, jak i niegospodarczej (nie dotyczy działalności gospodarczej o charakterze pomocniczym), zasadami pomocy publicznej objęte są te środki publiczne, które są powiązane z działalnością gospodarczą. We wszystkich poniżej wymienionych projektach Instytut zadeklarował prowadzenie działalności gospodarczej o charakterze pomocniczym, nieprzekraczającym 20% wydajności infrastruktury oraz zadeklarował rozliczanie podatku VAT w tych projektach zgodnie z wskaźnikiem proporcji VAT ustalonym dla całego Instytutu.

Projekt nr 1

Projekt 1 (nr umowy o dofinansowanie: (…)).

Instytut (…) planuje stworzyć nowoczesne centrum badań, które będzie unikalnym ośrodkiem badawczym na skalę światową. Projekt pn. „Projekt 1” obejmuje stworzenie infrastruktury badawczej, która spełnia definicję zawartą w art. 2 pkt 91 rozporządzenia Komisji (UE) 651/2014 (Dz. Urz. UE 2014 L 187/1, z późn. zm.). Badania i rozwój nowych substancji leczniczych, jak również optymalizacja istniejących schematów terapeutycznych oraz zwiększenie efektywności dostarczania leków w organizmie należą do głównych wyzwań stawianych dzisiejszej nauce. Realizacja projektu ukierunkowana będzie na poszukiwanie i udoskonalanie rozwiązań z zakresu diagnostyki medycznej, opracowanie innowacyjnych produktów leczniczych z wykorzystaniem multimodalnych analiz strukturalnych oraz wieloparametrycznego profilowania fizykochemicznego wspieranego sztuczną inteligencją. W ostatnich latach wykazano, że w różnych chorobach cywilizacyjnych, takich jak nowotwory, czy choroby krążenia istotną rolę pełnią czynniki prowadzące do zmian własności fizykochemicznych zarówno na poziomie tkankowym, jak i komórkowym. W wielu chorobach zmiany te poprzedzają objawy kliniczne, stąd pojawia się potrzeba wykorzystania zaawansowanych metod spoza obszaru biologii i medycyny do ich oceny. Markery zmian fizykochemicznych oprócz potencjału diagnostycznego czy prognostycznego mogą służyć ocenie efektywności działania zastosowanych terapii. W ramach projektu planowane jest znaczące rozszerzenie profilu działalności istniejącego laboratorium, zakup specjalistycznych urządzeń badawczych oraz wdrożenie nowych technologii takich jak systemy wspomagania analizy danych wykorzystujących algorytmy sztucznej inteligencji. Zakup nowej aparatury pozwoli na przekształcenie istniejącego Laboratorium (…) w nowoczesne Centrum (…). Centrum będzie posiadać unikatowe zaplecze naukowo-badawcze dedykowane innowacyjnym projektom w zakresie obrazowania wysokorozdzielczego z zastosowaniem nowatorskich nanonośników celem opracowania nowych podejść terapeutycznych. Włączenie obrazowania wysokorozdzielczego w tego typu badania umożliwi kontrolę systemów lek/nanonośnik od momentu zaprojektowania, poprzez śledzenie ich penetracji i dystrybucji do wnętrza komórki, aż po charakterystykę zmian cyto- i genotoksycznych na poziomie komórkowym. Nowopowstałe Centrum nieporównywalnie zwiększy potencjał i konkurencyjność na rynku pracy dla (…) sektora innowacyjności. Co więcej, wdrożenie nowoczesnych metod obrazowania wysokorozdzielczego w Centrum otworzy zupełnie nowe możliwości rozwoju współpracy z komercyjnym sektorem farmaceutycznym i medycznym. Koszt projektu wynosi (…) zł, w tym koszty kwalifikowane (…) zł.

Celem głównym projektu jest rozwijanie i wzmacnianie zdolności badawczych i innowacyjnych oraz wykorzystywanie zaawansowanych technologii w Instytucie Fizyki (…) poprzez rozbudowę istniejącego Laboratorium (…) do Centrum (…). W ramach działalności Centrum możliwe będzie przeprowadzanie multimodalnych analiz strukturalnych oraz wieloparametrycznego profilowania fizykochemicznego wspieranego sztuczną inteligencją. Planowana infrastruktura badawcza obejmować będzie: (…). Cele szczegółowe projektu to:

1.  Wzmocnienie pozycji Instytutu w europejskiej oraz światowej przestrzeni badawczej poprzez utworzenie zintegrowanej infrastruktury badawczej, umożliwiającej przeprowadzenie całego cyklu badawczego w jednej instytucji. Chcąc sprostać wymaganiom współczesnej nauki oraz być rozpoznawalnym na arenie międzynarodowej istnieje potrzeba ciągłej modernizacji posiadanych urządzeń badawczych oraz doposażania Instytutu w najnowszą aparaturę, pozwalającą na prowadzenie badań na najwyższym światowym poziomie.

2.  Nawiązanie szerokiej, nowej współpracy z otoczeniem gospodarczym do świadczenia usług poprzez poszerzanie oferty badawczej i komercyjnej. Wnioskodawca planuje prowadzić działalność komercyjną (w ramach działalności pomocniczej), obejmującą usługi na rzecz podmiotów gospodarczych i niegospodarczych, która będzie stanowić 20% ogólnej wydajności infrastruktury. Powstałe Centrum rozszerzy ofertę sieci badawczej województwa (…) w zakresie rozwoju nowych terapii i ochrony zdrowia.

3.  Wyposażenie Instytutu w odpowiednią infrastrukturę badawczą umożliwiającą podjęcie przełomowych działań dotyczących badania i rozwoju nowych substancji leczniczych, jak również optymalizacje istniejących schematów terapeutycznych oraz zwiększenie efektywności dostarczania leków w organizmie. Zakup nowej aparatury pozwoli na przekształcenie istniejącego Laboratorium w nowoczesne Centrum posiadające unikatowe zaplecze naukowo-badawcze dedykowane innowacyjnym projektom w zakresie obrazowania wysokorozdzielczego z zastosowaniem nowatorskich nanonośników w nowych podejściach terapeutycznych. Włączenie obrazowania wysokorozdzielczego w tego typu badania umożliwi kontrolę systemów lek/nanonośnik od momentu zaprojektowania, poprzez monitoring dystrybucji do wnętrza komórki, obrazowanie kinetyki penetracji i śledzenie zmian cyto- i genotoksycznych na poziomie komórkowym.

Projekt nr 2

Projekt nr 2 (nr umowy o dofinansowanie: (…)).

Instytut w ramach projektu planuje stworzenie nowoczesnych laboratoriów, które będą unikalnym ośrodkiem badawczym na skalę krajową. Projekt pn. „Projekt 2” obejmuje stworzenie infrastruktury badawczej, która spełnia definicję zawartą w art. 2 pkt 91 rozporządzenia Komisji (UE) 651/2014. Ważnym problemem naukowo-badawczym jest możliwość projektowania i badań multifunkcjonalnych nanomateriałów magnetycznych dla personalizowanej diagnostyki i terapii w chorobach nowotworowych, opartej na znajomości patogenezy molekularnej zmian u pojedynczego pacjenta, co pozwala na optymalizację i indywidualizację leczenia. Wnioskowana infrastruktura badawcza, składająca się z zaawansowanych instrumentów takich jak (…), jest kluczowa dla realizacji innowacyjnych badań nad nanomateriałami i ich zastosowaniem w medycynie. Rozwój sztucznej inteligencji i uczenia maszynowego będzie sprzyjał personalizacji zarówno produktów, jak i metod diagnostycznych i leczniczych. Proponowany projekt skupia się na projektowaniu i tworzeniu nanocząstek magnetycznych i materiałów molekularnych funkcjonalizowanych farmaceutykami, odpowiadających indywidualnym potrzebom pacjentów i dopasowanych do rodzaju schorzenia i terapii. Co więcej, niniejszy projekt ma na celu syntezy materiałów wspierających obrazowanie i leczenie nowotworów. Projekt jest spójny z celami RIS1 Nauki o życiu i idealnie wpisuje się w profilaktykę zdrowego starzenia się poprzez wczesne wykrywanie schorzeń lub ryzyka zachorowania, rozwój medycyny spersonalizowanej ukierunkowanej na wczesne rozpoznawanie oraz leczenie chorób (onkologicznych) minimalizując szkodliwe skutki uboczne podjętych terapii oraz poprzez rozwój nowych metod wytwarzania innowacyjnych produktów farmaceutycznych, ich dozowania, transportu w okolice zmian chorobowych.

Wnioskowana infrastruktura „Projektu 2” będzie doskonale przystosowana do realizacji badań i prac rozwojowych, mających na celu praktyczne zastosowanie w medycynie personalizowanej. Terapia celowana, która jest nowoczesnym podejściem w leczeniu, zwłaszcza w onkologii, cieszy się rosnącym zainteresowaniem ze strony firm farmaceutycznych. Badania prowadzone przez Wnioskodawcę mają na celu wzmocnienie współpracy między środowiskiem naukowym a biznesowym, co przyniesie korzyści obu stronom. Warto nadmienić, że rezultatem projektu będzie nie tylko uzupełnienie procesu diagnostyki, leczenia i rehabilitacji pacjentów onkologicznych, ale także usprawnienie świadczeń opieki zdrowotnej placówek medycznych.

Łączny całkowity koszt projektu wynosi (…) zł, w tym koszt kwalifikowany wynosi (…) zł.

Celem głównym projektu jest rozwijanie i wzmacnianie zdolności badawczych i innowacyjnych oraz wykorzystywanie zaawansowanych technologii w Instytucie (…) poprzez utworzenie Laboratoriów (…) wyposażonych w (…).

Cele szczegółowe projektu to:

1.  Wzmocnienie pozycji Instytutu w europejskiej oraz światowej przestrzeni badawczej poprzez utworzenie zintegrowanej infrastruktury badawczej, umożliwiającej przeprowadzenie całego cyklu badawczego w jednej instytucji.

2.  Nawiązanie współpracy z otoczeniem gospodarczym do świadczenia usług poprzez poszerzanie oferty badawczej i komercyjnej.

Wnioskodawca planuje prowadzić działalność komercyjną (w ramach działalności pomocniczej), obejmującą usługi na rzecz podmiotów gospodarczych i niegospodarczych, która będzie stanowić 20% ogólnej wydajności infrastruktury.

3.  Wyposażenie Instytutu w odpowiednią infrastrukturę badawczą umożliwiającą podjęcie przełomowych działań dotyczących projektowania i badań multifunkcjonalnych nanomateriałów magnetycznych dla personalizowanej diagnostyki i terapii w chorobach nowotworowych. Celem programu badawczego realizowanego w laboratoriach (…) jest zwiększenie potencjału (…) w trzech dziedzinach badawczych:

1.  Obrazowanie zmian nowotworowych za pomocą techniki MPI (ang. Magnetic Particle Imaging),

2.  Funkcjonalizacja nanocząstek magnetycznych i materiałów molekularnych farmaceutykami,

3.  Badanie uczulaczy w skojarzonych terapiach wykorzystujących oddziaływania nanocząstek z polem magnetycznym, promieniowaniem elektromagnetycznym i protonami.

Projekt 3

Projekt 3 (nr umowy o dofinansowanie: (…)).

Instytut planuje stworzyć nowoczesne laboratorium (…), które będzie unikalnym ośrodkiem badawczym na skalę światową. Projekt pn. „Projekt 3” obejmuje stworzenie infrastruktury badawczej, która spełnia definicję zawartą w art. 2 pkt 91 rozporządzenia Komisji (UE) 651/2014 (Dz. Urz. UE 2014 L 187/1, ze zm.). Celem projektu jest zbudowanie zaawansowanego laboratorium wyposażonego w (…), który stanie się kluczowym narzędziem w badaniach prowadzonych w instytucie. Park aparaturowy nowego laboratorium uzupełnią: (…). W tak wyposażonym laboratorium, badacze będą mogli obserwować w czasie rzeczywistym zmiany zachodzące na poziomie atomowym i molekularnym w trakcie przebiegu różnych procesów w środowisku płynnym. Projekt ten, poprzez swoją unikalną infrastrukturę, będzie służył przede wszystkim działalności badawczo-rozwojowej, zarówno w aspekcie niegospodarczym, jak i gospodarczym o charakterze pomocniczym. Planowane badania obejmują m.in. rozwój nanokatalizatorów i nanocząstek stosowanych w ogniwach paliwowych, co wpisuje się w działalność twórczą mającą na celu zwiększenie zasobów wiedzy i tworzenie nowych zastosowań technologicznych. Działalność badawcza planowana w ramach tego projektu dotyczy obszarów takich jak nanotechnologia, inżynieria materiałowa i elektrokataliza. Główna domena projektu to „Zaawansowane technologie produkcyjne i materiałowe”, natomiast szczegółowy cel to rozwój nowoczesnych materiałów i technologii, które będą miały zastosowanie zarówno w przemyśle, jak i nauce. Zakup (…) wpisuje się w główne założenia (…), którym m. in. jest innowacyjna i konkurencyjna gospodarka. Badania dla sektora przemysłowego wykonane na (…) najwyższej klasy, wyposażonym m.in. w (…), pozwolą na szybką analizę materiałów wykorzystywanych w różnych sektorach gospodarki, od energetyki po motoryzację oraz lotnictwo. Łączny całkowity koszt projektu wynosi (…) zł, w tym koszt kwalifikowany wynosi (…) zł.

Celem głównym projektu jest rozwijanie i wzmacnianie zdolności badawczych i innowacyjnych oraz wykorzystywanie zaawansowanych technologii w Instytucie (…) poprzez utworzenie Laboratorium (…) wyposażonego w (…).

Nowopowstałe laboratorium badań in-situ: (…) oraz park (…) będzie (...) laboratorium w Polsce. (…).

Cele szczegółowe projektu to:

1.  Wzmocnienie pozycji Instytutu w europejskiej oraz światowej przestrzeni badawczej poprzez utworzenie zintegrowanej infrastruktury badawczej, umożliwiającej przeprowadzenie całego cyklu badawczego w jednej instytucji.

2.  Wyposażenie Instytutu w odpowiednią infrastrukturę badawczą umożliwiającą podjęcie przełomowych badań w zakresie energetyki, ze szczególnym uwzględnieniem nanomateriałów dedykowanych niskotemperaturowym ogniwom paliwowym.

Wnioskowana infrastruktura pozwoli na realizację badań nad nanokatalizatorami, które znajdą zastosowanie w procesach takich jak utlenianie etanolu oraz redukcja tlenu w niskotemperaturowych ogniwach paliwowych zasilanych etanolem, a także w procesie redukcji CO₂. Osiągnięcie tego celu umożliwi rozwiązanie kluczowego problemu badawczego, jakim jest analiza mechanizmów syntezy i degradacji nanokatalizatorów podczas ich pracy. Zrozumienie tych procesów jest kluczowe dla opracowania bardziej wydajnych materiałów, które mogą przyczynić się do rozwoju ekologicznych technologii energetycznych opartych na niskotemperaturowych ogniwach paliwowych.

3.  Nawiązanie współpracy z otoczeniem gospodarczym do świadczenia usług poprzez poszerzanie oferty badawczej i komercyjnej. Wnioskodawca planuje prowadzić działalność komercyjną (w ramach działalności pomocniczej), obejmującą usługi na rzecz podmiotów gospodarczych i niegospodarczych, która będzie stanowić 20% ogólnej wydajności infrastruktury.

Wnioskodawca uzyskał interpretację indywidualną dotyczącą prewskaźnika obrotu (interpretacja z dnia (…) 2016 r. nr (…)).

Uzupełnienie i doprecyzowanie opisu zdarzenia przyszłego

Nabyte towary i usługi w związku z realizacją projektu „Projekt 1” (nr umowy o dofinansowanie: (…)) będą wykorzystywane zarówno do czynności opodatkowanych, zwolnionych jak i niepodlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.

W zakresie działalności niedającej prawa do odliczenia Projekt (…) o tytule „Projekt 1” zakłada realizację badań naukowych z wykorzystaniem zakupionej infrastruktury, polegających na poszukiwaniu i udoskonalaniu rozwiązań z zakresu diagnostyki medycznej, opracowaniu innowacyjnych produktów leczniczych z wykorzystaniem multimodalnych analiz strukturalnych oraz wieloparametrycznego profilowania fizykochemicznego wspieranego sztuczną inteligencją. Analizom zostaną poddane układy molekularne, komórkowe i tkankowe w celu określenia topografii, składu chemicznego jak i strukturalnego. W tym celu wykorzystane zostanę techniki mikroskopii sił atomowych, obrazowania spektroskopowego, zarówno spektroskopii rentgenowskiej jak i oscylacyjnej. Ponadto, mikrotomografia rentgenowska zostanie wykorzystana do analiz struktury przestrzennej. Do badań wykorzystana będzie też istniejąca w Instytucie aparatura badawcza, jak też prowadzenie eksperymentów na dużej infrastrukturze badawczej jak np. synchrotrony czy lasery na swobodnych elektronach.

Projekt przewiduje realizację odpłatnej działalności badawczej na rzecz podmiotów zewnętrznych, zarówno badawczych jak i komercyjnych. Odpłatna działalność obejmować będzie wykonywanie zleconych analiz składu pierwiastkowego, chemicznego, strukturalnego, topografii powierzchni, obrazowania fluorescencyjnego oraz spektroskopowego z wykorzystaniem zakupionej w projekcie aparaturze.

Ponadto, planowane jest świadczenie odpłatnych specjalistycznych usług eksperckich oraz odpłatnych specjalistycznych szkoleń czy warsztatów.

Nie przewiduje się wynajmu posiadanej aparatury ani pomieszczeń.

W zakresie działalności gospodarczej świadczone będą usługi zarówno opodatkowane jak i zwolnione w zakresie kształcenia.

Nabyte towary i usługi w związku z realizacją projektu „Projekt 2” (nr umowy o dofinansowanie: (…))) będą wykorzystywane zarówno do czynności opodatkowanych, zwolnionych jak i niepodlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.

W zakresie działalności niedającej prawa do odliczenia w Projekcie „Projekt 2”, przy użyciu zakupionej aparatury prowadzone będą badania naukowe składu, a także właściwości strukturalnych i magnetycznych wytworzonych układów przy użyciu dyfraktometru rentgenowskiego, spektroskopii w podczerwieni, mikroskopii sił atomowych i magnetycznych oraz magnetometru SQUID/VSM. Badane będą materiały takie jak nanocząstki magnetyczne, materiały molekularne, farmaceutyki i funkcjonalizowane materiały molekularne oraz magnetyczne materiały molekularne. Badania te będą prowadzone w ramach działalności statutowej Instytutu oraz podczas realizacji projektów badawczych. Wymienione badania będą pracami eksperymentalnymi.

Przewidywane jest również prowadzenie odpłatnej działalności badawczej na rzecz podmiotów zewnętrznych, zarówno badawczych jak i komercyjnych. Działalność ta będzie obejmować wykonywanie zamówionych pomiarów własności strukturalnych, magnetycznych, składu chemicznego i morfologii dostarczonych materiałów na zakupionej w projekcie aparaturze. Ponadto planowane jest świadczenie odpłatnych specjalistycznych usług eksperckich i odpłatnych specjalistycznych szkoleń. Przewidywany również jest odpłatny najem instrumentów.

W zakresie działalności gospodarczej świadczone będą usługi zarówno opodatkowane, jak i zwolnione w zakresie kształcenia.

Nabyte towary i usługi w związku z realizacją projektu „Projekt 3 (nr umowy o dofinansowanie: (…)) będą wykorzystywane zarówno do czynności opodatkowanych, zwolnionych, jak i niepodlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.

W zakresie działalności niedającej prawa do odliczenia w Projekcie 3 na transmisyjnym mikroskopie elektronowym prowadzone będą następujące rodzaje badań naukowych: w zakresie obserwacji struktury i składu chemicznego nanomateriałów, a także badania in-situ (w czasie rzeczywistym) przebiegu reakcji chemicznych w nanomateriałach w środowisku ciekłym lub gazowym, badania w trwającym do 2027 roku projekcie (…)”.

W ramach zadań statutowych prowadzone będą badania nad (…). Z ww. badań powstaną publikacje, rozprawy doktorskie i wstępne wyniki do nowych wniosków projektowych (ERC EU i NCN).

Z kolei w zakresie odpłatnej działalności badawczej przewidzianej obowiązkowo w projekcie będą wykonywane badania zlecone przez podmioty zewnętrzne, w szczególności specjalistyczne szkolenia z użytkowania uchwytów in-situ (gaz i ciecz), praktyki studenckie dla studentów realizujących praktyki w Instytucie, udostępniana będzie odpłatnie nabyta aparatura dla podmiotów sektora publicznego czy też podmiotów sektora prywatnego.

W zakresie działalności gospodarczej świadczone będą usługi zarówno opodatkowane jak i zwolnione w zakresie kształcenia.

Instytut nie jest w stanie przyporządkować wydatków w związku z realizacją projektu „Projekt 1”, umożliwiającego multimodalne analizy strukturalne oraz wieloparametryczne profilowanie fizykochemiczne wspierane sztuczną inteligencją odrębnie do każdego rodzaju działalności.

Nie da się wprost przyporządkować nabytych towarów i usług odpowiednio do działalności dającej czy też niedającej prawa do odliczenia podatku od towarów i usług.

Instytut nie jest w stanie przyporządkować wydatków w związku z realizacją projektu „Projekt 2” odrębnie do każdego rodzaju działalności.

Nie da się wprost przyporządkować nabytych towarów i usług odpowiednio do działalności dającej czy też niedającej prawa do odliczenia podatku od towarów i usług.

Instytut nie jest w stanie przyporządkować wydatków w związku z realizacją projektu „Projekt 3” odrębnie do każdego rodzaju działalności.

Nie da się wprost przyporządkować nabytych towarów i usług odpowiednio do działalności dającej czy też niedającej prawa do odliczenia podatku od towarów i usług.

Pytania, doprecyzowane w uzupełnieniu wniosku

1. Czy Instytutowi będzie przysługiwało prawo do odliczenia podatku VAT od zakupów towarów i/lub usług w ramach realizowanych projektów?

2. Czy w ramach realizowanych projektów Instytutowi będzie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego zgodnie z wyliczonymi dla Instytutu wskaźnikami odliczenia VAT od zakupu towarów i/lub usług?

Państwa stanowisko w sprawie

Ad 1.

Zdaniem Wnioskodawcy będzie mu przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego od zakupu towarów i/lub usług w ramach realizowanych projektów w części. Podstawowe zasady dotyczące odliczania podatku naliczonego zostały sformułowane w art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (tekst jedn.: Dz. U. z 2025 r. poz. 775 ze zm.), zwanej dalej ustawą, zgodnie z którym w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119 ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124.

Stosownie do art. 86 ust. 2 pkt 1 ustawy kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu:

a)  nabycia towarów i usług,

b)  dokonania całości lub części zapłaty przed nabyciem towaru lub wykonaniem usługi.

Jak wynika z powołanych przepisów prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje wówczas, gdy zostaną spełnione określone warunki, tzn. odliczenia tego dokonuje podatnik podatku od towarów i usług oraz gdy towary i usługi, z których nabyciem podatek został naliczony, są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych. Warunkiem umożliwiającym podatnikowi skorzystanie z prawa do odliczenia podatku naliczonego jest związek zakupów z wykonywanymi czynnościami opodatkowanymi, tzn. których następstwem jest określenie podatku należnego (powstanie zobowiązania podatkowego).

Przedstawiona wyżej zasada wyklucza zatem możliwość dokonania obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych.

Ustawodawca zapewnił podatnikowi prawo do odliczenia podatku naliczonego w całości lub w części, pod warunkiem spełnienia przez niego zarówno przesłanek pozytywnych, wynikających z art. 86 ust. 1 ustawy oraz niezaistnienia przesłanek negatywnych, określonych w art. 88 ustawy. Przepis ten określa listę wyjątków, które pozbawiają podatnika prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.

W świetle art. 88 ust. 4 ustawy obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się do podatników, którzy nie są zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni, zgodnie z art. 96, z wyłączeniem przypadków, o których mowa w art. 86 ust. 2 pkt 7.

Zgodnie z powyższą regulacją, z prawa do odliczenia podatku skorzystać mogą wyłącznie podatnicy, którzy są zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni.

Zatem aby podmiot mógł skorzystać z prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony związany z dokonanym nabyciem towarów i usług, w pierwszej kolejności powinien spełnić przesłanki umożliwiające uznanie go - dla tej czynności - za podatnika podatku od towarów i usług, działającego w ramach prowadzonej działalności gospodarczej.

Definicja podatnika została ujęta w art. 15 ust. 1 ustawy. Na mocy tego artykułu podatnikami są osoby prawne, jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej oraz osoby fizyczne, wykonujące samodzielnie działalność gospodarczą, o której mowa w ust. 2, bez względu na cel lub rezultat takiej działalności. Z kolei pojęcie działalności gospodarczej zostało zdefiniowane w art. 15 ust. 2 ustawy, na podstawie którego działalność gospodarcza obejmuje wszelką działalność producentów, handlowców lub usługodawców, w tym podmiotów pozyskujących zasoby naturalne oraz rolników, a także działalność osób wykonujących wolne zawody. Działalność gospodarcza obejmuje w szczególności czynności polegające na wykorzystywaniu towarów lub wartości niematerialnych i prawnych w sposób ciągły dla celów zarobkowych.

Zgodnie z Regulaminem projekt dotyczy infrastruktury wykorzystywanej zarówno do działalności gospodarczej, jak i niegospodarczej. tj.: nie będą finansowane przedsięwzięcia, w których nie przewiduje się wykorzystania przynajmniej części infrastruktury do prowadzenia działalności gospodarczej, zgodnej z jej właściwym przeznaczeniem, tj. do działalności rozumianej w szczególności jako wynajem wyposażenia lub laboratoriów przedsiębiorstwom, świadczenie usług dla przedsiębiorstw lub prowadzenie badań na zlecenie.

Innymi słowy infrastruktura będzie w części przeznaczona również do działalności gospodarczej. Jak wynika z powołanych powyżej przepisów prawo do odliczenia uwarunkowane jest tym, aby nabywane towary i usługi były wykorzystywane przez zarejestrowanego, czynnego podatnika VAT w ramach działalności gospodarczej do wykonywania czynności opodatkowanych podatkiem od towarów i usług. Podstawowym warunkiem, którego spełnienie należy analizować w aspekcie prawa do odliczenia podatku VAT jest związek dokonywanych nabyć towarów i usług ze sprzedażą uprawniającą do dokonywania takiego odliczenia, czyli sprzedażą generującą podatek należny, co ma miejsce w analizowanym zakresie. W omawianej sprawie warunek uprawniający do odliczenia w części podatku naliczonego będzie spełniony, bowiem projekty będą również związane z wykonywaniem czynności opodatkowanych podatkiem VAT.

Ad 2.

Zdaniem Wnioskodawcy będzie mu przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego od zakupu towarów i/lub usług w ramach realizowanych projektów zgodnie z wyliczonym dla Instytutu prewskaźnikiem odliczenia VAT. W zakresie częściowego odliczenia podatku VAT od zakupu w projektach Instytut zastosuje prewskaźnik oparty o roczny obrót, o którym mowa w art. 86 ust. 2c pkt 3 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług stosowany dla całego Instytutu. Zdaniem Wnioskodawcy prewskaźnik należy ustalić w oparciu o roczny obrót z działalności gospodarczej w rocznym obrocie z działalności gospodarczej powiększonym o wartość dotacji, subwencji, dopłat i innych należności o podobnym charakterze, otrzymanych na sfinansowanie wykonywanej przez Wnioskodawcę działalności innej niż działalność gospodarcza do wysokości poniesionym przez Wnioskodawcę kosztów w danym roku (sposób określenia prewskaźnika będzie odpowiadał de facto sposobowi określenia proporcji, o którym mowa w § 7 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 17 grudnia 2015 r. w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników (Dz. U. z 2015 r. poz. 2193) wydanego na podstawie art. 86 ust. 22 ustawy o podatku od towarów i usług, określonym dla instytutów badawczych).

Prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje wówczas, gdy zostaną spełnione określone warunki, tzn. odliczenia tego dokonuje podatnik podatku od towarów i usług, oraz gdy towary i usługi, z których nabyciem podatek został naliczony, są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych (art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r.).

Warunkiem umożliwiającym podatnikowi skorzystanie z prawa do odliczenia podatku naliczonego jest związek zakupów z wykonywanymi czynnościami opodatkowanymi, tzn. których następstwem jest określenie podatku należnego (powstanie zobowiązania podatkowego).

Przedstawiona wyżej zasada wyklucza możliwość dokonania odliczenia podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są wykorzystywane do czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystania do czynności zwolnionych od podatku VAT oraz niepodlegających temu podatkowi. Jednocześnie z zasady tej wynika, że odliczenie podatku naliczonego może być częściowe, tzn. w tej części, w jakiej dane towary lub usługi, z którymi związany jest podatek naliczony są wykorzystywane do realizacji czynności opodatkowanych, z pominięciem tej części podatku od tych towarów i usług, w jakiej towary te (usługi) są wykorzystywane do wykonywania czynności nieopodatkowanych podatkiem VAT.

Ustawodawca zapewnił więc podatnikowi prawo do odliczenia podatku naliczonego pod warunkiem spełnienia przez niego zarówno tzw. przesłanek pozytywnych oraz niezaistnienia przesłanek negatywnych, określonych w art. 88 ustawy o podatku od towarów i usług.

Doprecyzowaniem przepisu art. 86 ust. 1 ustawy jest przepis art. 86 ust. 2a ustawy.

Zgodnie z art. 86 ust. 2a ustawy z dnia 11 marca 2004 r. w przypadku nabycia towarów i usług wykorzystywanych zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, z wyjątkiem celów osobistych, do których ma zastosowanie art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2, oraz celów, o których mowa w art. 8 ust. 5 - w przypadku, o którym mowa w tym przepisie, gdy przypisanie tych towarów i usług w całości do działalności gospodarczej podatnika nie jest możliwe, kwotę podatku naliczonego, o której mowa w ust. 2, oblicza się zgodnie ze sposobem określenia zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej. Sposób określenia proporcji powinien najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć.

Jak wynika z powyższego, obowiązek stosowania prewskaźnika powstaje, gdy łącznie spełnione są warunki:

1)  nabywane są towary i usługi wykorzystywane zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza,

2)  przypisanie tych towarów i usług w całości do działalności gospodarczej podatnika nie jest możliwe.

Odwołanie w przepisie ust. 2a do art. 7 ust. 2 i 8 ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. sugeruje, że podstawową przesłanką odliczania podatku prewskaźnikiem jest fakt wykonywania czynności, które wyczerpują znamiona dostawy towarów lub świadczenia usług, ale z uwagi na okoliczności ich wykonania (organ władzy publicznej, zadania statutowe podmiotu, a w konsekwencji ich nieodpłatny charakter), nie powodują powstania obowiązku podatkowego.

Z uzasadnienia nowelizacji: „Cele prowadzonej działalności gospodarczej należy rozpatrywać w kontekście definicji działalności gospodarczej, określonej przepisami art. 15 ust. 2 i 3 ustawy o VAT. Mieścić będą się tutaj również działania czy sytuacje występujące w ramach działalności gospodarczej, jednakże niegenerujące opodatkowania podatkiem VAT, przykładowo otrzymanie odszkodowań umownych czy odsetek za nieterminowe dokonywanie płatności od kontrahentów, sprzedaż wierzytelności „trudnych” itp. Natomiast przez cele inne rozumie się sferę działalności danego podmiotu niebędącą działalnością gospodarczą w rozumieniu art. 15 ust. 2 i 3 ustawy o VAT (przykładowo działalność podmiotu w charakterze organu władzy czy nieodpłatną działalność statutową), a także cele prywatne, z definicji niemające nic wspólnego z działalnością gospodarczą podatnika. Ponieważ jednak w przypadkach wskazanych w art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2 ustawy o VAT (czyli w sytuacji użytku prywatnego dóbr inwestycyjnych, z wyjątkiem nieruchomości, włączonych do majątku przedsiębiorstwa, w odniesieniu do których został odliczony podatek naliczony) następuje obowiązek naliczenia podatku VAT, obowiązek wydzielenia podatku naliczonego w tym zakresie nie będzie miał zastosowania. Przez cele prywatne należy rozumieć cele osobiste podatnika lub jego pracowników, w tym byłych pracowników, wspólników, udziałowców, akcjonariuszy, członków spółdzielni i ich domowników, członków organów stanowiących osób prawnych oraz członków stowarzyszenia”.

Zgodnie z art. 86 ust. 2a ustawy z dnia 11 marca 2004 r. sposób określenia proporcji ma odpowiadać specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć. Dokonując wyboru metody należy uwzględnić zatem:

1)  charakter działalności, bowiem inne zasady należy stosować np. dla instytutów, które z istoty zasadniczo wykonują zadania własne lub statutowe, ubocznie prowadząc działalność gospodarczą, a inne dla przedsiębiorcy, dla którego niegospodarcza działalność ma znaczenie marginalne;

2)  specyfikę nabyć, specyfika nabyć powinna być odnoszona do wydatków ponoszonych przez podatnika.

Reasumując, cele prowadzonej działalności gospodarczej należy rozpatrywać w kontekście definicji działalności gospodarczej, określonej w art. 15 ust. 2 i 3 ustawy. Natomiast przez cele inne rozumie się sferę działalności danego podmiotu niebędącą działalnością gospodarczą w rozumieniu art. 15 ust. 2 i 3 ustawy (przykładowo działalność podmiotu w charakterze organu władzy czy nieodpłatną działalność statutową).

W myśl art. 86 ust. 2b ustawy z dnia 11 marca 2004 r. sposób określenia proporcji najbardziej odpowiada specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć, jeżeli:

1)  zapewnia dokonanie obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonywane w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowane oraz

2)  obiektywnie odzwierciedla część wydatków przypadającą odpowiednio na działalność gospodarczą oraz na cele inne niż działalność gospodarcza, z wyjątkiem celów osobistych, do których ma zastosowanie art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2, oraz celów, o których mowa w art. 8 ust. 5 - w przypadku, o którym mowa w tym przepisie, gdy przypisanie tych wydatków w całości do działalności gospodarczej nie jest możliwe.

Zgodnie z art. 86 ust. 2c ustawy z dnia 11 marca 2004 r., przy wyborze sposobu określenia proporcji można wykorzystać w szczególności następujące dane:

1)  średnioroczną liczbę osób wykonujących wyłącznie prace związane z działalnością gospodarczą w ogólnej średniorocznej liczbie osób wykonujących prace w ramach działalności gospodarczej i poza tą działalnością;

2)  średnioroczną liczbę godzin roboczych przeznaczonych na prace związane z działalnością gospodarczą w ogólnej średniorocznej liczbie godzin roboczych przeznaczonych na prace związane z działalnością gospodarczą i poza tą działalnością;

3)  roczny obrót z działalności gospodarczej w rocznym obrocie podatnika z działalności gospodarczej powiększonym o otrzymane przychody z innej działalności, w tym wartość dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze, otrzymanych na sfinansowanie wykonywanej przez tego podatnika działalności innej niż gospodarcza;

4)  średnioroczną powierzchnię wykorzystywaną do działalności gospodarczej w ogólnej średniorocznej powierzchni wykorzystywanej do działalności gospodarczej i poza tą działalnością.

W art. 86 ust. 2c ustawy z dnia 11 marca 2004 r., ustawodawca wskazał przykładowe rodzaje kryteriów, którymi podatnik może posłużyć się w celu określenia sposobu ustalenia proporcji (np. kryterium osobowe, godzinowe, obrotowe, powierzchniowe.

W celu odliczenia podatku naliczonego, w pierwszej kolejności podatnik winien przyporządkować ponoszone wydatki do poszczególnych rodzajów działalności (opodatkowanej, zwolnionej i niepodlegającej opodatkowaniu). W przypadku zakupów bezpośrednio związanych z działalnością opodatkowaną, podatnik, na podstawie art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r., odlicza podatek naliczony w całości. Natomiast w sytuacji, gdy takie przyporządkowanie nie jest możliwe, a wydatki służą zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, podatnik winien ustalić proporcję, o której mowa w art. 86 ust. 2a ustawy.

Powołany wyżej art. 86 ust. 2a ustawy będzie mieć zatem zastosowanie do sytuacji, w której nabywane towary i usługi, wykorzystywane są zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, w sytuacji gdy przypisanie tych wydatków w całości do działalności gospodarczej nie jest możliwe.

Zgodnie z art. 86 ust. 22 ustawy z dnia 11 marca 2004 r., minister właściwy do spraw finansów publicznych może, w drodze rozporządzenia, określić w przypadku niektórych podatników sposób określenia proporcji uznany za najbardziej odpowiadający specyfice wykonywanej przez tych podatników działalności i dokonywanych przez nich nabyć oraz wskazać dane, na podstawie których jest obliczana kwota podatku naliczonego z wykorzystaniem tego sposobu określenia proporcji, uwzględniając specyfikę prowadzonej działalności przez niektórych podatników i uwarunkowania obrotu gospodarczego. Wydane na podstawie dyspozycji art. 86 ust. 22 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 17 grudnia 2015 r. w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników, wprowadza wzory, według których są wyznaczane sposoby określenia proporcji, uznane za najbardziej odpowiadające specyfice wykonywanej przez tych podatników działalności i dokonywanych przez nich nabyć.

Ustawodawca wprowadził zatem szczegółowy wzór wyznaczania sposobu określenia proporcji, o której mowa w art. 86 ust. 2a ustawy z dnia 11 marca 2004 r. w przypadku określonych podmiotów, uznany za najbardziej odpowiadający specyfice wykonywanej przez takiego podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć, w tym dla instytutów badawczych.

Wnioskodawca jest instytucją naukową działającą na podstawie przepisów ustawy z 30 kwietnia 2010 r. o Polskiej Akademii Nauk. Wnioskodawca nie jest instytutem badawczym, ale charakter działalności (sposób finansowania) Wnioskodawcy jako Instytutu Państwowej Akademii Nauk, jest bardzo zbliżony do działalności instytutów badawczych.

W myśl art. 1 ustawy o Polskiej Akademii Nauk, Polska Akademia Nauk jest państwową instytucją naukową. Akademia działa poprzez:

1.  organy oraz korporację uczonych;

2.  utworzone przez Akademię instytuty naukowe i pomocnicze jednostki naukowe, zwane dalej „jednostkami naukowymi Akademii”;

3.  utworzone przez Akademię inne jednostki organizacyjne.

Akademia służy rozwojowi, promocji, integracji i upowszechnianiu nauki oraz przyczynia się do rozwoju edukacji i wzbogacania kultury narodowej (art. 2 ust. 1 ww. ustawy).

Do zadań Akademii należy w szczególności:

•      prowadzenie badań naukowych i prac rozwojowych;

•      współpraca z uczelniami, instytutami badawczymi i towarzystwami naukowymi, w szczególności w zakresie realizacji badań naukowych i prac rozwojowych (art. 2 ust. 2 pkt 1 i 7 wskazanej wyżej ustawy).

Podstawową jednostką naukową Akademii jest instytut naukowy, zwany dalej „instytutem” (art. 42 ustawy). Instytut występuje w stosunkach prawnych we własnym imieniu i działa na własny rachunek (art. 46 ust. 1 ww. ustawy). Nazwa instytutu zawiera zwrot „Polskiej Akademii Nauk” (art. 47 ust. 1 ww. ustawy).

Do zadań instytutu należy prowadzenie badań naukowych, w szczególności istotnych dla rozwoju kraju oraz upowszechnianie wyników tych badań (art. 50 ust. 1 ww. ustawy). Instytut może prowadzić prace rozwojowe w określonym obszarze badawczym i zajmować się wdrażaniem wyników tych badań do gospodarki (art. 50 ust. 2 ww. ustawy).

Natomiast, zgodnie z ustawą o instytucjach badawczych z dnia 30 kwietnia 2010 r., instytutem badawczym w rozumieniu ustawy jest państwowa jednostka organizacyjna, wyodrębniona pod względem prawnym, organizacyjnym i ekonomiczno-finansowym, która prowadzi badania naukowe i prace rozwojowe ukierunkowane na ich wdrożenie i zastosowanie w praktyce (art. 1 ust. 1 ustawy). Instytut nabywa osobowość prawną z chwilą wpisania do Krajowego Rejestru Sądowego (art. 1 ust. 2 ustawy). Podobnie jak w przypadku Instytutu Państwowej Akademii Nauk, do podstawowej działalności instytutu należy prowadzenie badań naukowych i prac rozwojowych (art. 2 ust. 2 pkt 1 ww. ustawy). Zgodnie z art. 9 ust. 1 pkt 1 ww. ustawy, instytut, w drodze rozporządzenia Rady Ministrów, może być przekształcony w instytut naukowy Polskiej Akademii Nauk - po podjęciu uchwały w tej sprawie przez Prezydium Polskiej Akademii Nauk, w trybie określonym w art. 44 ustawy z dnia 30 kwietnia 2010 r. o Polskiej Akademii Nauk.

Wskazany przez Instytut sposób obliczenia prewskaźnika odpowiada sposobowi określnemu dla instytutów badawczych. Stosownie do § 7 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 17 grudnia 2015 r. w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników w przypadku instytutu badawczego, jako sposób określenia proporcji uznaje się sposób ustalony według wzoru:

X = (A x 100) / (A + B)

gdzie poszczególne symbole oznaczają:

X - proporcję określoną procentowo, zaokrągloną w górę do najbliższej liczby całkowitej,

A - roczny obrót z działalności gospodarczej instytutu badawczego,

B - sumę wykorzystanych przez instytut badawczy środków obejmującą:

1)  subwencje, dotacje i inne środki o podobnym charakterze przeznaczone w danym roku przez ten instytut na zadania związane z działalnością naukową lub kształceniem w szkole doktorskiej, w rozumieniu przepisów ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce, których realizacja nie mieści się w działalności gospodarczej,

2)  dotacje i inne środki o podobnym charakterze przeznaczone na realizację przez ten instytut w danym roku badań naukowych, prac rozwojowych lub innych zleconych zadań, których realizacja nie mieści się w działalności gospodarczej

- z wyłączeniem środków finansowych przeznaczonych na stypendia dla doktorantów.

Jednocześnie, zgodnie z § 2 pkt 4 rozporządzenia, ilekroć w rozporządzeniu jest mowa o obrocie - rozumie się przez to podstawę opodatkowania, o której mowa w art. 29a, art. 32, art. 119 oraz art. 120 ust. 4 i 5 ustawy, w zakresie:

a)  dokonywanych przez podatników:

‒    odpłatnych dostaw towarów na terytorium kraju,

‒    odpłatnego świadczenia usług na terytorium kraju,

‒    eksportu towarów,

‒    wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów,

b)  odpłatnych dostaw towarów lub świadczenia usług poza terytorium kraju, które podlegałyby opodatkowaniu podatkiem gdyby były wykonywane na terytorium kraju;

W świetle rozporządzenia, w liczniku proporcji należy uwzględnić roczny obrót z działalności gospodarczej instytutu badawczego - oznaczony symbolem „A” - (pomnożony przez liczbę 100). Natomiast mianownik tej proporcji obejmuje roczny obrót z działalności gospodarczej instytutu badawczego - oznaczony symbolem „A” powiększony o środki na finansowanie nauki oznaczone symbolem „B”. Należy w tym miejscu zauważyć, że zgodnie z art. 86 ust. 2d ustawy z dnia 11 marca 2004 r. w celu obliczenia kwoty podatku naliczonego w przypadku, o którym mowa w ust. 2a, przyjmuje się dane za poprzedni rok podatkowy.

W ocenie Wnioskodawcy zaprezentowany sposób ustalenia prewskaźnika odpowiada sposobowi określonemu w uzyskanej przez Wnioskodawcę interpretacji indywidualnej.

W tym miejscu nadmienić również należy, że ustalenie prewspółczynnika jest pierwszym krokiem wymaganym do ustalenia podatku naliczonego do odliczenia. W przypadku gdyby Instytut dokonywał zakupów związanych z działalnością gospodarczą, które dotyczyłyby czynności opodatkowanych oraz zwolnionych zastosowanie mógłby znaleźć art. 90 ustawy o VAT (w sytuacji gdyby nie było możliwe przyporządkowanie części kwot podatku naliczonego).

Ocena stanowiska

Stanowisko, które przedstawili Państwo we wniosku, jest prawidłowe.

Uzasadnienie interpretacji indywidualnej

Podstawowe zasady dotyczące odliczania podatku naliczonego zostały sformułowane w art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t. j. Dz. U. z 2025 r. poz. 775 ze zm.), zwanej dalej „ustawą”:

Art. 86 ust. 2 pkt 1 ustawy:

Prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje, gdy:

• towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych,
• podatek odlicza zarejestrowany czynny podatnik podatku VAT.

Prawo do odliczenia podatku naliczonego przysługuje pod warunkiem, że:

• spełnione zostały przesłanki pozytywne, wynikające z art. 86 ust. 1 ustawy oraz
• nie zaistniały przesłanki negatywne, określone w art. 88 ustawy – pozbawiają one podatnika prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.

Art. 15 ust. 1 ustawy:

Art. 15 ust. 2 ustawy:

Z art. 86. ust. 1 ustawy wynika, że odliczyć można w całości podatek naliczony, który jest związany z transakcjami opodatkowanymi podatnika. Wykluczona jest możliwość odliczania podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych – czyli gdy są wykorzystywane do czynności zwolnionych od podatku VAT oraz niepodlegających opodatkowaniu.

Podatnik ma obowiązek dokonania tzw. alokacji podatku, czyli określenia, z jakim rodzajem działalności będzie związany podatek wynikający z otrzymanych faktur zakupu. Obowiązkiem podatnika jest przypisanie konkretnych wydatków do tego rodzaju sprzedaży, z którym są związane.

Odliczenie podatku naliczonego może być częściowe, tzn. w tej części, w jakiej dane towary lub usługi, z którymi związany jest podatek naliczony, są wykorzystywane do realizacji czynności opodatkowanych. Przy odliczeniu częściowym pomija się tę część podatku, w jakiej zakupione towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności nieopodatkowanych podatkiem VAT.

Generalną zasadę uprawniającą do odliczenia podatku naliczonego uzupełniają regulacje zawarte m.in. w art. 86 ust. 2a ustawy i następne oraz art. 90 ustawy.

Art. 86 ust. 2a ustawy:

Art. 86 ust. 2b ustawy:

Art. 86 ust. 2c ustawy:

Jeśli zakupy są bezpośrednio związane z działalnością opodatkowaną, podatnik, na podstawie art. 86 ust. 1 ustawy, odlicza podatek naliczony w całości. Natomiast, gdy takie przyporządkowanie nie jest możliwe, a wydatki służą zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, podatnik winien ustalić proporcję, o której mowa w art. 86 ust. 2a ustawy (tzw. prewspółczynnik) oraz – w przypadku wystąpienia także czynności zwolnionych od podatku – w art. 90 ust. 2 i 3 ustawy (tzw. współczynnik sprzedaży).

Art. 90 ust. 1 ustawy:

Art. 90 ust. 2 ustawy:

Art. 90 ust. 3 ustawy:

Przepisy dotyczące zasad odliczania częściowego, zawarte w art. 90 ustawy, znajdują zastosowanie wyłącznie w odniesieniu do czynności wykonywanych w ramach działalności gospodarczej w rozumieniu ustawy. Zatem dotyczą czynności podlegających opodatkowaniu (opodatkowanych i zwolnionych).

Aby odliczyć podatek naliczony podatnik powinien w pierwszej kolejności przyporządkować ponoszone wydatki do poszczególnych rodzajów działalności:

• opodatkowanej podatkiem VAT,
• zwolnionej od podatku,
• niepodlegającej opodatkowaniu.

Jak wskazano powyżej, w przypadku zakupów bezpośrednio związanych z działalnością opodatkowaną, podatnik, na podstawie art. 86 ust. 1 ustawy, odlicza podatek naliczony w całości. Natomiast w sytuacji, gdy takie przyporządkowanie nie jest możliwe, a wydatki służą zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, podatnik winien ustalić proporcję, o której mowa w art. 86 ust. 2a ustawy (tzw. prewspółczynnik), a następnie – w przypadku wystąpienia także czynności zwolnionych od podatku – w art. 90 ust. 2 i 3 ustawy (tzw. współczynnik sprzedaży).

Z opisu sprawy wynika, że są Państwo czynnym podatnikiem podatku od towarów i usług.

Są Państwo instytucją naukową działającą na podstawie przepisów ustawy z 30 kwietnia 2010 r. o Polskiej Akademii Nauk. Prowadzą Państwo badania podstawowe i interdyscyplinarne w zakresie nauk fizycznych – jako działalność statutową oraz działalność gospodarczą.

Realizują Państwo 3 projekty inwestycyjne w ramach Programu Fundusze Europejskie dla (…) 2021-2027, priorytet 1 Fundusze Europejskie dla Badań i Rozwoju oraz Przedsiębiorczości, działanie 1.4 Infrastruktura Badawcza Sektora Nauki:

•      Projekt 1,

•      Projekt 2,

•      Projekt 3.

We wszystkich projektach zadeklarowali Państwo prowadzenie działalności gospodarczej o charakterze pomocniczym, nieprzekraczającym 20% wydajności infrastruktury oraz zadeklarowali rozliczanie podatku VAT w tych projektach zgodnie z wskaźnikiem proporcji VAT ustalonym dla całego Instytutu.

Przy użyciu zakupionej infrastruktury będą Państwo realizować badania naukowe. Projekty przewidują też realizację odpłatnej działalności badawczej na rzecz podmiotów zewnętrznych, zarówno badawczych jak i komercyjnych. Będą też Państwo świadczyć usługi zwolnione od podatku w zakresie kształcenia.

Państwa wątpliwości w pierwszej kolejności dotyczą prawa do odliczenia części podatku naliczonego od zakupu towarów i/lub usług w ramach realizowanych projektów.

Towary i usługi nabyte w związku z realizacją ww. projektów będą wykorzystywane zarówno do czynności opodatkowanych, zwolnionych od podatku jak i niepodlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. Nie są Państwo w stanie przyporządkować wydatków związanych z realizacją projektów odrębnie do każdego rodzaju działalności.

Podstawowym warunkiem odliczenia podatku VAT jest związek nabywanych towarów i usług z wykonywaniem czynności opodatkowanych. Zatem w odniesieniu do wydatków poniesionych w związku z realizacją projektów pn.:

•      Projekt 1,

•      Projekt 2,

•      Projekt 3,

będzie Państwu przysługiwało prawo do odliczenia części podatku naliczonego – wyłącznie w zakresie, w jakim nabyte towary i usługi są/będą wykorzystywane do czynności opodatkowanych.

Państwa stanowisko w zakresie pytania 1 jest prawidłowe.

Państwa wątpliwości dotyczą również zastosowania wyliczonych dla Państwa wskaźników odliczenia VAT do odliczenia części podatku naliczonego od zakupu towarów i/lub usług w ramach realizowanych projektów.

Przy odliczaniu podatku naliczonego od wydatków poniesionych na realizację Projektów w pierwszej kolejności zastosowanie znajdą regulacje art. 86 ust. 2a i następne ustawy.

W dalszej kolejności, będą Państwo zobowiązani dokonać kolejnego podziału podatku naliczonego w oparciu o zasady wskazane w art. 90 ust. 2 i 3 ustawy.

Z uwagi na różnorodność i bogactwo życia gospodarczego wybór sposobu, według którego dokonuje się tego proporcjonalnego przypisania, o którym mowa w art. 86 ust. 2a ustawy, należy do podatnika. Przepisy ustawowe wymagają jedynie, aby odpowiadał on najbardziej specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć. Będzie to spełnione, jeśli sposób ten:

• zapewni odliczenie podatku naliczonego wyłącznie w części przypadającej na działalność gospodarczą (co do zasady dotyczącej czynności opodatkowanych VAT) oraz
• obiektywnie odzwierciedla część wydatków przypadających na działalność gospodarczą oraz na cele inne (z wyjątkiem celów prywatnych) – gdy przypisanie tych wydatków w całości do działalności gospodarczej nie jest możliwe.

Podatnik zobowiązany jest do wyodrębnienia takiej części podatku naliczonego, którą można przypisać prowadzonej działalności gospodarczej. Zastosowane przez podatnika metody, czy też sposoby, na podstawie których dokona on wydzielenia odpowiedniej kwoty podatku naliczonego, muszą odpowiadać wartościom faktycznym i rzeczywistym. Ciężar rzetelnego ustalenia, jaka część podatku naliczonego związana jest z prowadzoną działalnością gospodarczą, a jaka część wykorzystywana jest dla potrzeb innych niż prowadzona działalność gospodarcza, spoczywa zawsze na podatniku.

Zauważyli Państwo, że na podstawie delegacji zawartej w art. 86 ust. 22 ustawy zostało wydane rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 17 grudnia 2015 r. w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników (t. j. Dz. U. z 2021 r. poz. 999), zwane dalej rozporządzeniem. Podatnikami, do których odnoszą się przepisy rozporządzenia, są jednostki samorządu terytorialnego, samorządowe instytucje kultury, państwowe instytucje kultury, uczelnie publiczne, instytuty badawcze.

Instytuty badawcze, do których skierowane jest rozporządzenie, działają na podstawie ustawy z dnia 30 kwietnia 2010 r. o instytutach badawczych (t. j. Dz. U. z 2024 r. poz. 534 ze zm.).

Państwo natomiast działają na podstawie przepisów ustawy z dnia 30 kwietnia 2010 r. o Polskiej Akademii Nauk (t. j. Dz.U. z 2020 r. poz. 1796 ze zm.).

Art. 1 ust. 1 i 2 ustawy o Polskiej Akademii Nauk:

To, że nie są Państwo adresatami rozporządzenia, nie oznacza, że nie mogą Państwo korzystać z przedstawionej w nim metodologii dla instytutów badawczych – jeśli tylko uznają Państwo, że jest to najodpowiedniejsza metoda wydzielenia odpowiedniej kwoty podatku naliczonego. Jak bowiem wskazano powyżej, to na podatniku spoczywa ciężar rzetelnego przyporządkowania odpowiedniej części podatku naliczonego do prowadzonej działalności gospodarczej i do celów innych niż działalność gospodarcza.

Wskazali Państwo, że otrzymali Państwo interpretację indywidualną z 10 czerwca 2016 r. znak IBPP3/4512-219/16/MN, dotyczącą prewskaźnika obrotu. Oznacza to, że do wydatków objętych wnioskiem mogą Państwo stosować prewspółczynnik, objęty ww. interpretacją.

Z wniosku wynika, że towary i usługi, nabyte w ramach realizowanych projektów, będą Państwo wykorzystywać m.in. do wykonywania czynności zwolnionych od podatku.

Należy się z Państwem zgodzić, że w takiej sytuacji zastosowanie znajduje art. 90 ust. 2 i 3 ustawy.

Tym samym, będzie Państwu przysługiwało prawo do częściowego odliczenia podatku naliczonego w związku z realizacją projektów pn.:

•      Projekt 1,

•      Projekt 2,

•      Projekt 3,

na podstawie art. 86 ust. 1 ustawy w związku z art. 86 ust. 2a i następne ustawy oraz art. 90 ust. 2 i następne ustawy z zastosowaniem wyliczonych dla Państwa wskaźników odliczenia VAT. Przy czym, prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, będzie przysługiwało, jeśli nie wystąpią przesłanki negatywne, o których mowa w art. 88 ustawy.

Państwa stanowisko w zakresie pytania 2 jest prawidłowe.

Dodatkowe informacje

Informacja o zakresie rozstrzygnięcia

Interpretacja dotyczy zdarzenia przyszłego, które Państwo przedstawili, i stanu prawnego, który obowiązuje w dniu wydania interpretacji.

Wydając interpretację, przyjąłem jako element opisu sprawy wskazaną przez Państwa okoliczność, że 10 czerwca 2016 r. została wydana na rzecz Państwa interpretacja indywidualna znak IBPP3/4512- 22/23 219/16/MN, dotycząca prewskaźnika obrotu. Zatem w niniejszej interpretacji nie dokonywałem analizy w tym zakresie.

Jestem ściśle związany przedstawionym we wniosku opisem stanu faktycznego. Ponoszą Państwo ryzyko związane z ewentualnym błędnym lub nieprecyzyjnym przedstawieniem we wniosku opisu stanu faktycznego. Interpretacja indywidualna wywołuje skutki prawnopodatkowe tylko wtedy, gdy rzeczywisty stan sprawy będącej przedmiotem interpretacji będzie pokrywał się z opisem stanu faktycznego podanym przez Państwa w złożonym wniosku. W związku z tym, w przypadku zmiany któregokolwiek elementu przedstawionego we wniosku opisu sprawy, wydana interpretacja traci swą aktualność.

Interpretacja indywidualna została wydana na podstawie przedstawionego we wniosku opisu sprawy co oznacza, że w przypadku gdy w toku postępowania podatkowego, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej zostanie określony odmienny stan sprawy, interpretacja nie wywoła w tym zakresie skutków prawnych.

Pouczenie o funkcji ochronnej interpretacji

·      Funkcję ochronną interpretacji indywidualnych określają przepisy art. 14k-14nb ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (t. j. Dz. U. z 2025 r. poz. 111 ze zm.). Interpretacja będzie mogła pełnić funkcję ochronną, jeśli Państwa sytuacja będzie zgodna (tożsama) z opisem zdarzenia przyszłego i zastosują się Państwo do interpretacji.

·      Zgodnie z art. 14na § 1 Ordynacji podatkowej:

·      Zgodnie z art. 14na § 2 Ordynacji podatkowej:

Pouczenie o prawie do wniesienia skargi na interpretację

Mają Państwo prawo do zaskarżenia tej interpretacji indywidualnej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego (...). Zasady zaskarżania interpretacji indywidualnych reguluje ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t. j. Dz. U. z 2024 r. poz. 935 ze zm.; dalej jako „PPSA”).

Skargę do Sądu wnosi się za pośrednictwem Dyrektora KIS (art. 54 § 1 PPSA). Skargę należy wnieść w terminie trzydziestu dni od dnia doręczenia interpretacji indywidualnej (art. 53 § 1 PPSA):

• w formie papierowej, w dwóch egzemplarzach (oryginał i odpis) na adres: Krajowa Informacja Skarbowa, ul. Warszawska 5, 43-300 Bielsko-Biała (art. 47 § 1 PPSA), albo
• w formie dokumentu elektronicznego, w jednym egzemplarzu (bez odpisu), na adres Krajowej Informacji Skarbowej na platformie ePUAP: /KIS/wnioski albo /KIS/SkrytkaESP (art. 47 § 3 i art. 54 § 1a PPSA).

Skarga na interpretację indywidualną może opierać się wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną (art. 57a PPSA).

Podstawa prawna dla wydania interpretacji

Podstawą prawną dla wydania tej interpretacji jest art. 13 § 2a oraz art. 14b § 1 Ordynacji podatkowej.