W uzasadnieniu wyroku Sąd pierwszej instancji, odnosząc się do podstawowego problemu podniesionego w skardze, stanął na stanowisku, że nie podlegają kontroli sądu orzekającego w tej sprawie, poprzedzające zaskarżone postanowienie, postanowienia organu podatkowego w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT wykazanego w deklaracji VAT-7 za listopad 2016 r., w tym także w zakresie doręczeń (przed upływem terminu określonego poprzednim postanowieniem). W ocenie Sądu pierwszej instancji dla rozstrzygnięcia tej sprawy istotne było bowiem to, że żadne z postanowień, poprzedzających postanowienie Naczelnika US z 22 czerwca 2020 r., nie zostało wyeliminowane z obrotu prawnego.
Przyczyną uchylenia przez WSA zaskarżonego postanowienia DIAS był natomiast brak wykazania w postanowieniu Naczelnika US z 22 czerwca 2020 r. wątpliwości, które stanowiły podstawę kolejnego przedłużenia terminu zwrotu podatku za badany okres, których też nie wyjaśnił w dostateczny sposób organ odwoławczy.
2.3. Spółka, reprezentowana przez profesjonalnego pełnomocnika wniosła skargę kasacyjną od wskazanego wyżej wyroku WSA w Warszawie, zaskarżając go w całości i zarzucając naruszenie przepisów postępowania, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy, tj. art. 145 § 1 pkt 1 lit. c P.p.s.a. w związku z art. 274b w zw. z art. 121, 122, 125, 212 i 219 Ordynacji podatkowej oraz w zw. z art. 87 ust. 1, ust. 2 oraz ust. 6 u.p.t.u., poprzez niewłaściwe zastosowanie polegające na przyjęciu przez WSA w Warszawie, że kontroli sądu w niniejszej sprawie nie podlegają postanowienia poprzedzające postanowienie organu pierwszej instancji w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu wykazanego w deklaracji VAT-7 za listopad 2016 r., w tym także w zakresie doręczeń postanowień przed upływem terminu określonego poprzednim postanowieniem, podczas gdy Sąd był zobowiązany do zbadania ciągłości dotychczasowego przedłużania tego terminu, w tym w szczególności terminowego doręczania postanowień o przedłużeniu zwrotu podatku, a ustalenia w tym zakresie są niezbędne dla wykazania, że dopuszczalne jest kolejne przedłużenie terminu zwrotu, co w konsekwencji doprowadziło do pominięcia przez Sąd, że Naczelnik US wcześniej aż 3 razy doręczył pełnomocnikowi skarżącej postanowienia przedłużające termin zwrotu podatku po upływie terminu uprzednio przedłużanego, a zatem termin zwrotu już faktycznie upłynął 30 listopada 2017 r., w związku z bezskutecznym wydaniem postanowienia Naczelnika US z 29 listopada 2017 r., doręczonym po upływie uprzednio przedłużonego terminu zwrotu podatku.
2.4. Oprócz spółki, skargę kasacyjną od wyroku WSA w Warszawie z 25 marca 2021 r., III SA/Wa 2253/20 wniósł również DIAS w Warszawie, reprezentowany przez profesjonalnego pełnomocnika, zaskarżając wyrok w całości i zarzucając mu, na podstawie art. 174 pkt 2 P.p.s.a., naruszenie - art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) w zw. z art. 133 § 1, art. 134 § 1 P.p.s.a oraz w zw. z art. 120, art. 121 § 1, art. 127, art. 124, art. 125 § 1, art. 181, art. 187 § 1 i 191, art. 210 § 4 oraz w zw. z art. 219, art. 217 § 2, art. 274b § 1 Ordynacji podatkowej w zw. z art. 87 ust. 1 i 2 u.p.t.u., poprzez uchylenie postanowienia organu odwoławczego w wyniku przyjęcia, że w stanie faktycznym sprawy organ podatkowy wystarczająco nie wykazał, aby zachodziła konieczność dodatkowej weryfikacji rozliczenia podatnika w związku ze złożeniem deklaracji dla podatku od towarów i usług VAT-7 spółki za listopad 2016 r.
2.5. Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznając skargę kasacyjną spółki stwierdził, że z uwagi na zawarte w niej zarzuty w pierwszym rzędzie niezbędne jest wyjaśnienie przedstawionego na wstępie zagadnienia prawnego, które budzi poważne wątpliwości, związanego z wykładnią i zastosowaniem art. 134 § 1 i art. 135 P.p.s.a. do kontroli postanowień wydawanych na podstawie art. 87 ust. 1, 2 i 6 u.p.t.u. Od rozstrzygnięcia tej kwestii uzależniona jest bowiem ocena zgodności z prawem stanowiska, na którym stanął Sąd pierwszej instancji wydając zaskarżony wyrok.
Naczelny Sąd Administracyjny wskazał, że istota zagadnienia prawnego, które wzbudziło poważne wątpliwości w związku rozpoznaniem skargi kasacyjnej spółki, sprowadza się do odpowiedzi na pytanie, czy sąd dokonując kontroli postanowienia w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym winien objąć zakresem kontroli także postanowienia wydane w tym samym przedmiocie za ten sam okres podatkowy, chociaż nie były one zaskarżone skargą, czy też winien ograniczyć kontrolę do oceny prawidłowości zaskarżonego postanowienia i poprzedzającego go postanowienia organu pierwszej instancji.
2.6. Naczelny Sąd Administracyjny podkreślił, że w sprawie poddanej sądowej kontroli w tym postępowaniu nie jest sporne, że termin do zwrotu różnicy podatku może być przedłużony, ale tylko wówczas, gdy przed jego upływem podatnikowi doręczono postanowienie naczelnika urzędu skarbowego o przedłużeniu terminu zwrotu różnicy podatku do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej w ramach czynności sprawdzających (por. wyrok składu siedmiu sędziów NSA z 23 kwietnia 2018 r., I FSK 255/17).
Wątpliwości nie budzi także to, że upływ terminu określonego w art. 87 ust. 2 i 6 u.p.t.u. wywołuje skutek materialnoprawny w postaci nabycia przez podatnika prawa do zwrotu różnicy podatku w kwocie wynikającej z deklaracji podatkowej i utraty przez organ podatkowy uprawnienia do przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku. Próba przedłużenia terminu po jego upływie jest nieskuteczna, nie ma bowiem możliwości przedłużenia terminu, który upłynął.
Konsekwencją powyższych twierdzeń jest stanowisko, że skoro wcześniejsze postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu zostało wydane lub doręczone po terminie zwrotu podatku, to kolejne postanowienia nie mogą skutecznie przedłużać terminu zwrotu podatku za ten sam okres (por. wyroki NSA: z 30 lipca 2020 r., I FSK 318/20, z 18 listopada 2021 r., I FSK 1791/18, z 4 grudnia 2020 r., I FSK 748/19).
2.7. Wątpliwości składu orzekającego w tej sprawie budzi natomiast to, czy sąd, dokonując kontroli postanowienia w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, winien objąć zakresem kontroli także postanowienia wydane w tym samym przedmiocie, za ten sam okres podatkowy, wobec tego samego podatnika, chociaż nie były one zaskarżone skargą, czy też powinien ograniczyć kontrolę do oceny prawidłowości zaskarżonego postanowienia i poprzedzającego go postanowienia organu pierwszej instancji.
Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że w tym zakresie występuje rozbieżność w dotychczasowym orzecznictwie sądów administracyjnych.
Z jednej strony ukształtował się pogląd, w myśl którego pojęcie "sprawy" w ujęciu art. 135 P.p.s.a. obejmuje wszelkie te postępowania i wydane bądź zapadłe w nich rozstrzygnięcia/także akty i czynności/administracyjne, bez względu na to czy były one zaskarżalne w toku instancji, które poprzedzając zaskarżone postanowienie, warunkowały dokonaną w nim konkretyzację stosunku prawnego podlegającego rozstrzygnięciu. W rezultacie postanowienie poprzedzające postanowienie w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu podatku objęte jest taką oceną i jeżeli wynik tej oceny w ramach stanu faktycznego danej sprawy wskazuje, że akt ten podjęty został z naruszeniem przepisów prawa, a ma to wpływ na ocenę prawidłowości postanowienia zaskarżonego, to Sąd powinien był okoliczność tę uwzględnić w ramach rozstrzygania co do legalności tego postanowienia (art. 134 § 1 P.p.s.a.). Sąd nie może przy ocenie prawidłowości przedłużenia terminu zwrotu pominąć okoliczności, że termin ten na poprzednim etapie jego przedłużenia nie został skutecznie przedłużony, gdyż ignorując ten fakt akceptuje przedłużenie terminu, który już wygasł (por. wyroki NSA: z 18 listopada 2021 r., I FSK 1792/18, z 8 marca 2023 r., I FSK 41/20, z 10 maja 2023 r., I FSK 1313/20).
Z drugiej strony w orzecznictwie NSA obecny jest także pogląd, że każde kolejne przedłużenie terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego za dany miesiąc stanowi odrębną sprawę (por. wyroki NSA: z 22 września 2021 r., I FSK 1439/21, z 13 listopada 2020 r., I FSK 2169/18, z 13 marca 2024 r., I FSK 228/22).
W rezultacie prawidłowość przedłużenia terminu zwrotu podatku w oparciu o poprzednie postanowienia stanowi element stanu faktycznego sprawy, odnoszącej się do kolejnego postanowienia wydanego w tym zakresie. W wyrokach tych podkreśla się, że każde z postanowień przedłużających termin zwrotu podatku od towarów i usług stanowi odrębne rozstrzygnięcie, które może zostać zaskarżone. Rozstrzygnięcia te wydawane są wprawdzie w jednej kwestii merytorycznej - przedłużenia terminu zwrotu podatku za ściśle określony czas, ale każde z nich należy oceniać odrębnie, gdyż każde z nich może zostać zaskarżone w trybie administracyjnym i tym samym poddane kontroli sądu administracyjnego. Jeżeli dane postanowienie nie zostało zaskarżone, to posiada ono przymiot prawomocności i jest wiążące dla organów, a ponadto nie może być oceniane przez sąd w ramach postępowania dotyczącego kontroli sądowoadministracyjnej innego, kolejnego postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu. Dopiero w sytuacji, gdy którekolwiek z kolejnych postanowień zostanie skutecznie wyeliminowane z obrotu prawnego, dochodzi do przerwania ciągłości kolejnych przedłużeń.
Mając na uwadze przedstawione wątpliwości i niejednolite poglądy co do zakresu sądowej kontroli w takich sprawach, Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 187 § 1 P.p.s.a. postanowił odroczyć rozpoznanie sprawy i przedstawić do rozstrzygnięcia składowi siedmiu sędziów tego Sądu zagadnienie prawne budzące poważne wątpliwości.
3. Stanowiska stron i uczestników postępowania, co do zagadnienia prawnego przedstawionego do rozpoznania składowi siedmiu sędziów.
3.1. Rzecznik Małych i Średnich Przedsiębiorców, który na prawach przysługujących prokuratorowi, przystąpił do postępowania w sprawie rozpatrzenia zagadnienia prawnego, reprezentowany przez pełnomocnika – radcę prawnego w piśmie z 4 czerwca 2025 r., wniósł o podjęcie uchwały następującej treści:
"W świetle art. 134 § 1 i art. 135 P.p.s.a. kontrola sądowa postanowienia w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym obejmuje także poprzednie wydane za ten sam okres podatkowy postanowienia w przedmiocie przedłużenia terminu dokonania zwrotu nadwyżki podatku od towarów i usług naliczonego nad należnym, w sytuacji gdy nie zostały one zaskarżone i tym samym nie zostały wyeliminowane z obrotu prawnego."
3.2. Takie samo stanowisko zostało zajęte przez stronę skarżącą, reprezentowaną przez pełnomocnika – doradcę podatkowego w piśmie z 10 czerwca 2025 r.
3.3. Odmienny pogląd do wskazanych wyżej zaprezentował w piśmie z 11 czerwca 2025 r. prokurator delegowany do Prokuratury Krajowej, który wniósł o podjęcie uchwały, że: "W świetle art. 134 § 1 i art. 135 P.p.s.a. kontrola sądowa postanowienia w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym nie obejmuje poprzednich wydanych za ten sam okres podatkowy postanowień w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku od towarów i usług naliczonego nad należnym, również w sytuacji gdy nie zostały one zaskarżone i tym samym nie zostały wyeliminowane z obrotu prawnego".
3.4. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Warszawie, reprezentowany przez pełnomocnika – radcę prawnego, w piśmie z 12 czerwca 2025 r. wyraził przeciwne do strony skarżącej stanowisko i poparł pogląd wyrażany w tej linii orzecznictwa, zgodnie z którym każde kolejne przedłużenie terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego za dany miesiąc stanowi odrębną sprawę, proponując podjęcie uchwały o treści zbliżonej do zaproponowanej przez prokuratora.
3.5. Analogiczne stanowisko, jak prokurator i Dyrektor IAS, zaprezentował Minister Finansów w opinii amicus curie z 10 czerwca 2025 r., podpisanej przez upoważnionego Podsekretarza Stanu.
4. Naczelny Sąd Administracyjny w składzie siedmiu sędziów, zważył co następuje:
4.1. Udzielenie odpowiedzi na zagadnienie prawne, przedstawione składowi poszerzonemu, musi być poprzedzone analizą dopuszczalności procedury uchwałodawczej. W pierwszej kolejności należy bowiem ustalić, czy zachodzą przesłanki uprawniające Naczelny Sąd Administracyjny do podjęcia uchwały. Jedynie pozytywna weryfikacja przesłanek procesowych umożliwia merytoryczną ocenę przedstawionego zagadnienia prawnego, które wzbudziło poważne wątpliwości składu orzekającego rozpatrującego skargę kasacyjną.
4.2. Przedmiotem niniejszego postępowania jest wniosek składu orzekającego Naczelnego Sądu Administracyjnego, o którym mowa w art. 187 § 1 P.p.s.a. o rozstrzygnięcie zagadnienia prawnego, które wyłoniło się w trakcie rozpoznawania skargi kasacyjnej w konkretnej sprawie sądowoadministracyjnej. Uchwały wydawane na podstawie art. 15 § 1 pkt 3 P.p.s.a., określane jako tzw. uchwały konkretne, są podejmowane, jeżeli przy rozpoznawaniu skargi kasacyjnej wyłoni się zagadnienie prawne budzące poważne wątpliwości.
Dopuszczalność podjęcia takiej uchwały uzależniona jest zatem od wystąpienia łącznie dwóch przesłanek.
Po pierwsze, w sprawie zachodzi poważna wątpliwość prawna.
Po drugie, rozstrzygnięcie owej wątpliwości prawnej jest niezbędne dla rozpoznania skargi kasacyjnej.
4.3. Naczelny Sąd Administracyjny w składzie siedmiu sędziów nie neguje, że zagadnienie prawne zawarte w postanowieniu z 5 marca 2025 r. może budzić poważne wątpliwości prawne. Wyrazem tego są nie tylko argumenty podniesione w uzasadnieniu tego postanowienia i wskazanie na rozbieżności w orzecznictwie sądowoadministracyjnym, ale również przedstawione wyżej odmienne stanowiska stron i uczestników postępowania uchwałodawczego.
Jednakże do powzięcia tzw. uchwały konkretnej niezbędne jest spełnienie także drugiej przesłanki. Z art. 15 § 1 pkt 3 oraz art. 187 § 1 P.p.s.a. wynika, że musi istnieć ścisły związek przedstawionego zagadnienia z konkretną sprawą sądowoadministracyjną tj. ze stanem faktycznym i prawnym sprawy. Rozstrzygnięcie owego zagadnienia prawnego musi być niezbędne dla oceny zasadności wniesionej skargi kasacyjnej. Nie może to być więc wystąpienie o charakterze abstrakcyjnym (zob. postanowienie składu siedmiu sędziów NSA z 16 stycznia 2006 r., sygn. akt I FPS 3/05, ONSAiWSA 2006, nr 3, poz. 72, z glosą aprobującą A. Kabata, Prokuratura i Prawo 2006, nr 5, s. 30).
Z prawidłowej wykładni art. 187 § 1 P. p. s. a. wynika, że wyłączona jest możliwość podjęcia uchwały w zakresie wątpliwości prawnych, które wprawdzie zaistniały w konkretnej sprawie, jednak nie mają dla niej rozstrzygającego znaczenia bo nie zostały podniesione w skardze kasacyjnej (postanowienie Naczelnego Sądu Administracyjnego z 11 czerwca 2008 r., sygn. akt II GPS 2/08, CBOSA).
4.4. Przedstawione zagadnienie prawne, z uwagi na treść art. 183 § 1 zdanie pierwsze P.p.s.a., musi się mieścić w granicach skargi kasacyjnej. Z przepisu tego wynika, że Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej, chyba, że zachodzi brana z urzędu pod rozwagę nieważność postępowania. Z tego unormowania wynika, że strona wnosząca ten środek odwoławczy, zarzucając naruszenie konkretnych przepisów prawa w określonej
formie, sama wyznacza obszar kontroli kasacyjnej. Oznacza to, że rozstrzygnięcie przedstawionego zagadnienia prawnego musi wchodzić w ten obszar kontroli i być niezbędne do oceny zasadności wniesionej skargi kasacyjnej. Rozstrzygnięcie zagadnienia prawnego powinno więc mieć charakter swoistego prejudykatu. W przeciwnym razie, gdy wykracza poza te granice i nie ma żadnego wpływu na ocenę zasadności skargi kasacyjnej, Naczelny Sąd Administracyjny nie ma prawa podejmowania uchwały w tym zakresie.
4.5. W podanym wyżej kontekście trzeba zwrócić uwagę na to, że w skardze kasacyjnej wniesionej przez skarżącą spółkę nie sformułowano zarzutów naruszenia art. 134 § 1 i art. 135 P.p.s.a., których wykładnia w zw. z zastosowaniem art. 87 ust. 1, 2 i 6 u.p.t.u. wzbudziła poważne wątpliwości składu zwykłego NSA. Zagadnienie zawarte w pytaniu sformułowanym w postanowieniu NSA z 5 marca 2025 r. dotyczy bowiem zakresu, czy uściślając – głębokości - kontroli postanowień w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym i sprowadza się do ustalenia granic sprawy, która ma być przedmiotem sądowej kontroli. Innymi słowy, czy mając na uwadze art. 134 § 1 oraz art. 135 P.p.s.a., sąd administracyjny pierwszej instancji ma obowiązek oceniać zgodność z prawem nie tylko zaskarżonego postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu, ale także wydanych wcześniej w tej materii postanowień, mimo że nie zostały one zaskarżone i wyeliminowane z obrotu prawnego.
Wprawdzie w skardze kasacyjnej spółki został przedstawiony problem, jednakże nie został on prawidłowo wyartykułowany ani w podstawach kasacyjnych, ani nawet w uzasadnieniu. Dopiero NSA formułując zagadnienie prawne powiązał ogólnie opisane zarzuty strony z właściwymi przepisami. Jednakże w świetle art. 174, art. 176 § 1 pkt 2 w zw. z art. 183 § 1 zdanie pierwsze P.p.s.a. i utrwalonego w tej kwestii orzecznictwa (zob. np. wyroki NSA z 5 października 2010 r., II FSK 760/09; z 5 sierpnia 2014 r., II FSK 2021/12, CBOSA) sąd administracyjny drugiej instancji nie jest uprawniony do zastępowania w tej materii strony wnoszącej skargę kasacyjną, reprezentowanej przez zawodowego pełnomocnika, stosownie do art. 175 P.p.s.a. Wadliwie zaś skonstruowana skarga kasacyjna spółki uniemożliwia NSA dokonanie w przedstawionym w zagadnieniu prawnym zakresie dokonanie oceny zgodności z prawem stanowiska zawartego w zaskarżonym przez spółkę wyroku sądu pierwszej instancji.
4.6. Należy odnotować, że zarzut naruszenia art. 134 § 1 P.p.s.a. został podniesiony w skardze kasacyjnej wniesionej przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie. Jednakże zarzut naruszenia tego przepisu podniesiony przez organ polegał na tym, że WSA niezasadnie uchylił postanowienia organu odwoławczego, gdyż "(...) na potrzeby postępowania w sprawie przedłużenia terminu zwrotu organ podatkowy nie miał obowiązku wykazywania, jakie konkretnie dowody i okoliczności legły u podstaw zastrzeżeń co do rzetelności transakcji, i jakie konkretnie zamierza podjąć czynności w celu wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy". Nie dotyczył więc problemu ujętego w postanowieniu NSA z 5 marca 2025 r. NSA zresztą podkreślił w uzasadnieniu, że zagadnienie prawne budzące poważne wątpliwości, którego dotyczy niniejsze postanowienie, ujawniło się przy rozpatrywaniu skargi kasacyjnej spółki.
4.7. Wobec powyższego dla rozpoznania skargi kasacyjnej wniesionej przez spółkę nie zachodzi potrzeba wyjaśnienia wątpliwości i rozstrzygnięcia zagadnienia prawnego, zawartego w postanowieniu NSA z 5 marca 2025 r. i w konsekwencji podjęcia przez Naczelny Sąd Administracyjny uchwały konkretnej, przewidzianej w art. 15 § 1 pkt 3 P.p.s.a.
4.8. W tym stanie rzeczy Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 267 P.p.s.a., odmówił podjęcia uchwały.