3. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
3.1. Wniesiony w niniejszej sprawie środek zaskarżenia nie miał usprawiedliwionych podstaw.
3.2. Istota sporu w niniejszej sprawie dotyczy zasadności zakwestionowania przez organy podatkowe odliczenia przez Skarżącego podatku naliczonego w wysokości 90 % kwot podatku związanego z nabyciem lokalu użytkowego (dokumentujące ten zakup oraz zakup dokumentacji projektowej, organizacji, doradztwa i nadzoru autorskiego, a także zestawu oświetlenia LED), jako związanych z działalnością opodatkowaną Skarżącego. Strona zastosowała do odliczenia podatku wielkość powierzchni pomieszczeń przeznaczonej na wynajem w stosunku do całości powierzchni lokalu.
Organy podatkowe, a za nimi Sąd pierwszej instancji, uznały, że zaproponowany przez Skarżącego sposób wyodrębnienia kwot podatku naliczonego związanego ze sprzedażą opodatkowaną, polegający na ustaleniu proporcji powierzchni wykorzystywanej do działalności podlegającej opodatkowaniu w całkowitej powierzchni budynku, nie pozwalał na właściwe przyporządkowanie kwot podatku naliczonego do działalności opodatkowanej i zwolnionej, w rozumieniu art. 90 ust. 1 ustawy o VAT.
Skarżący, nie zgadzając się z tym stanowiskiem, zarzuca błąd w ustaleniach faktycznych dokonanych przez organy podatkowe, co do nieustalenia zakresu korzystania z lokalu użytkowego na cele związane z działalnością opodatkowaną oraz zwolnioną z podatku. Zdaniem Skarżącego możliwe jest wyodrębnienie kwot podatku związanego z czynnościami opodatkowanymi oraz zwolnionymi z podatku. Ponadto Strona podnosi, że zaskarżona decyzja w odniesieniu do zobowiązania za okres od stycznia do listopada 2014 r. została wydana po upływie okresu przedawnienia.
W związku z tym przypomnieć należy, że zaskarżoną decyzją z dnia 25 maja 2020 r. DIAS uchylił decyzję NUS z dnia 7 listopada 2019 r. (w przedmiocie podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące 2014 r. i styczeń 2015 r.) za luty 2014r. i styczeń 2015 r. i w tym zakresie organ drugiej instancji określił Skarżącemu kwotę do zwrotu na rachunek bankowy (za luty 2014 r.) i kwotę do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy (za styczeń 2015 r.) oraz uchylił decyzję NUS za styczeń i od marca do grudnia 2014 r. i w tym zakresie umorzył postępowanie, przyjmując rozliczenie podatku od towarów i usług w kwotach wykazanych przez Skarżącego w deklaracjach VAT.
3.3. Przed przystąpieniem do oceny podniesionych w skardze kasacyjnej zarzutów i ich uzasadnienia należy przypomnieć, że skarga kasacyjna jest sformalizowanym środkiem zaskarżenia. Stosownie do art. 183 § 1 p.p.s.a., Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej i z urzędu bierze pod rozwagę jedynie nieważność postępowania. Rozpoznanie sprawy w granicach skargi kasacyjnej oznacza, że Naczelny Sąd Administracyjny związany jest wskazanymi w niej podstawami.
Związanie Naczelnego Sądu Administracyjnego podstawami skargi kasacyjnej wymaga prawidłowego ich określenia w samej skardze. Oznacza to konieczność precyzyjnego wskazania konkretnych przepisów prawa, którym zdaniem autora skargi kasacyjnej, uchybił Sąd pierwszej instancji. Wymogiem dla skargi kasacyjnej jest nie tylko przytoczenie podstaw kasacyjnych, ale także ich uzasadnienie, co wynika z art. 176 § 1 pkt 2 p.p.s.a. Obok wykazania naruszonych przepisów, niezbędne jest więc wyjaśnienie, na czym naruszenie to polegało, a w przypadku podstawy skargi kasacyjnej z art. 174 pkt 2 p.p.s.a. wykazanie, że mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Uzasadnienie podstaw kasacyjnych powinno odnosić się nie tylko do każdej nich z osobna, ale także do każdego z poszczególnych formułowanych w ich ramach zarzutów.
Naczelny Sąd Administracyjny, jako sąd kasacyjny, będąc związany granicami skargi kasacyjnej nie jest ani uprawniony ani zobowiązany do samodzielnego konkretyzowania i wychodzenia poza ramy, które zostały nakreślone w skardze kasacyjnej, czy też domyślania się intencji jej autora. Może więc dokonywać oceny zarzutu naruszenia tylko tych przepisów, które zostały wskazane w skardze kasacyjnej jako naruszone w sposób w niej podany.
3.4. Tymczasem sporządzona w niniejszej sprawie skarga kasacyjna stanowi jedynie polemikę z dokonanymi w sprawie ustaleniami organów podatkowych, zgromadzonym materiałem dowodowym, jego oceną i wyciągniętymi na jego podstawie wnioskami. Skarżący poza powtórzeniem twierdzeń zawartych w skardze do Sądu pierwszej instancji, prezentuje własny obraz rzeczywistości związanej z przyjętą proporcją wyodrębnienia kwot podatku naliczonego związanego z czynnościami, od których przysługuje mu prawo do obniżenia podatku należnego, a także negował przytoczone przez organy podatkowe okoliczności, nie odnosząc się do konkretnych dowodów zgromadzonych w sprawie. Takie rozumowanie przeprowadzone przez kasatora, oparte na zaprzeczeniu, nie mogło stanowić skutecznej podstawy skargi kasacyjnej.
3.5. Odnosząc się zatem do zarzutów skargi kasacyjnej należy wskazać, że w związku z tym, że oparte one zostały na obydwu podstawach kasacyjnych z art. 174 p.p.s.a., tj. naruszeniu przepisów prawa materialnego oraz naruszeniu przepisów postępowania w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na wynik sprawy, w pierwszej kolejności należy odnieść się do zarzutów sformułowanych w ramach podstawy kasacyjnej z art. 174 pkt 2 p.p.s.a. W sytuacji gdy w skardze kasacyjnej zarzuca się zarówno naruszenie prawa materialnego, jak i naruszenie przepisów postępowania, w pierwszej kolejności rozpoznaniu podlegają zarzuty dotyczące naruszenia prawa procesowego, a zwłaszcza te z nich, które odnoszą się do wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy - dopiero bowiem po przesądzeniu, że stan faktyczny sprawy przyjęty przez Sąd w zaskarżonym wyroku jest prawidłowy, albo że nie został skutecznie podważony, można przejść do skontrolowania procesu subsumpcji danego stanu faktycznego pod określone przepisy prawa materialnego.
3.6. Niezasadne okazały się zarzuty naruszenia przez Sąd pierwszej instancji art. 141 § 4 p.p.s.a. Co do tak sformułowanych podstaw kasacyjnych należy przypomnieć, że Naczelny Sąd Administracyjny wielokrotnie podkreślał w swoim orzecznictwie, że przepis art. 141 § 4 p.p.s.a. może stanowić samodzielną podstawę kasacyjną jedynie wówczas, gdy uzasadnienie zaskarżonego wyroku byłoby pozbawione przedstawionego zwięźle stanu faktycznego sprawy, zarzutów podniesionych w skardze, stanowisk stron, podstawy prawnej rozstrzygnięcia lub jej wyjaśnienia. Naruszenie tego przepisu ma miejsce też wtedy, gdy sporządzone uzasadnienie zaskarżonego wyroku zawiera wprawdzie wszystkie elementy wynikające z art. 141 § 4 p.p.s.a., ale jest ono wewnętrznie niespójne lub zawiera niedające się wyjaśnić sprzeczności – innymi słowy nie pozwala na kontrolę zaskarżonego wyroku. Zarzucając naruszenie tego przepisu, strona skarżąca kasacyjnie nie może skutecznie zwalczać prawidłowości przyjętego przez Sąd stanu faktycznego sprawy lub wykładni prawa materialnego dokonanej przez Sąd. Jeśli w uzasadnieniu wojewódzkiego sądu administracyjnego znajduje się ocena ustaleń stanu faktycznego dokonana na podstawie akt, to nawet w sytuacji, gdy jest ona odmienna od oceny prezentowanej przez stronę, nie można zasadnie twierdzić, że doszło do naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a. Nie stanowi także naruszenia tego przepisu brak szczegółowego odniesienia się przez sąd wojewódzki do wszystkich zarzutów zawartych w skardze, czy też odpowiedzi na skargę i skoncentrowanie się tylko na istotnych kwestiach, o ile kwestie mają znaczenie dla rozstrzygnięcia, a wątki pominięte mają jedynie charakter uboczny i nie rzutują na wynik sprawy (por. wyroki NSA: z dnia 15 kwietnia 2025 r., sygn. akt III OSK 2968/24 i z dnia 9 kwietnia 2025 r. III OSK 284/24).
Z taką sytuacją mamy do czynienia w niniejszej sprawie. W uzasadnieniu skargi kasacyjnej zarzucano, że uzasadnienie wyroku Sądu pierwszej instancji ogranicza się do niezbyt obszernego i wnikliwego powielenia stanowiska organów podatkowych, a także brak w nim ustosunkowania się do zarzutów i argumentacji Strony. Autor skargi kasacyjnej oparł jednak te zarzuty na ogólnych twierdzeniach i tezach, bez wskazania konkretnych okoliczności, które - zdaniem kasatora - powinny być rozpoznane przez WSA.
Analiza uzasadnienia zaskarżonego wyroku prowadzi do wniosku, że Sąd wojewódzki odniósł się do wszystkich zarzutów skargi, zarówno w zakresie zarzutów naruszenia art. 70 § 1 i 4 Ordynacji podatkowej, jak i błędnego ustalenia stanu faktycznego, czy naruszenia art. 86 ust. 1 w zw. z art. 90 ust. 1, art. 90 ust. 1 i ust. 2 ustawy o VAT. Ponadto uzasadnienie WSA poddało się kontroli instancyjnej, a stanowisko w nim wyrażone zyskało aprobatę Naczelnego Sądu Administracyjnego.
Z uzasadnienia skargi kasacyjnej wynika, że jej autor w istocie za pomocą zarzutu naruszenia przez Sąd pierwszej instancji art. 141 § 4 p.p.s.a. kwestionował ustalenia i wywody tego Sądu, akceptujące ustalenia dokonane przez organy podatkowe. Z tych powodów omawiane zarzuty nie mogły stanowić skutecznej podstawy skargi kasacyjnej i nie mogły zostać uwzględnione przez Naczelny Sąd Administracyjny.
3.7. Nietrafny okazał się także zarzut naruszenia przez Sąd pierwszej instancji art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. w zw. z art. 122, art. 187 § 1 i art. 188 oraz art. 70 § 1 i 4 Ordynacji podatkowej wobec wydania – zdaniem kasatora - decyzji określającej zobowiązanie podatkowe za okres od stycznia do listopada 2014 r. po upływie okresu przedawnienia.
Formułując w taki sposób zarzut skargi kasacyjnej jej autor pomija okoliczności niniejszej sprawy, a mianowicie, że w odniesieniu do wskazanego w tym zarzucie okresu, z wyjątkiem lutego 2014 r., DIAS w zaskarżonej decyzji orzekł z korzyścią dla Strony, umarzając postępowanie podatkowe za styczeń i od marca do grudnia 2014 r. i przyjmując za prawidłowe rozliczenie podatku wskazane w stosownych deklaracjach VAT-7. Tym samym takie zakreślenie zarzutu kasacyjnego należy ocenić jako nastawione jedynie na polemikę z rozstrzygnięciem organu podatkowego oraz Sądu pierwszej instancji nawet w części stanowiącej korzystne dla Skarżącego rozstrzygnięcie. Na tę kwestię zwracał zresztą uwagę także WSA w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku, a autor kasacji nadal podnosi zarzut przedawnienia do okresu, co do którego zarzut ten został uwzględniony na wcześniejszym etapie postępowania.
Z powyższych względów należało ocenić ww. zarzut jedynie w odniesieniu do rozliczenia Skarżącego za luty 2014 r. Także w tej kwestii wypowiedział się Sąd pierwszej instancji w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku. Sąd ten zasadnie uznał, że w sprawie nie doszło do wydania decyzji po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego z uwagi na przerwanie biegu tego terminu na skutek zastosowania środka egzekucyjnego w następstwie nadania decyzji wymiarowej rygoru natychmiastowej wykonalności. Sąd wojewódzki wskazał, że zawiadomieniami z dnia 29 listopada 2019 r. NUS zobowiązał banki prowadzące rachunki bankowe Strony, aby bez zgody organu nie dokonywały wypłat z rachunku bankowego, lecz bezzwłocznie przekazały zajętą kwotę organowi egzekucyjnemu na pokrycie egzekwowanych należności, a dotyczących zobowiązania podatkowego. Strona otrzymała zawiadomienie w dniu 6 grudnia 2019 r., czyli przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. WSA trafnie przy tym stwierdził, że w tej sytuacji nie miały znaczenia twierdzenia Skarżącego o prowadzeniu względem niego postępowania karnoskarbowego, kwestii ewentualnego instrumentalnego wszczęcia tego postępowania, czy skuteczności zawieszenia z tego względu terminu przedawnienia. Natomiast możliwość odrębnego zaskarżenia postanowienia o nadaniu rygoru natychmiastowej wykonalności zaskarżonej decyzji nieostatecznej wykluczała możliwość merytorycznego zweryfikowania czy spełnione zostały przesłanki do jego zastosowania w postępowaniu dotyczącym decyzji wymiarowej.
Tym samym, w powołanym zakresie, nie doszło do naruszenia art. 122, art. 187 § 1, czy art. 188 Ordynacji podatkowej.
3.8. Chybiony był również zarzut nieprawidłowego ustalenia stanu faktycznego przez organ, polegający na nieustaleniu w jakim zakresie Skarżący korzysta ze stanowiącego jego własność lokalu użytkowego na cele związane z działalnością zwolnioną z opodatkowania VAT, a w jakim zakresie na cele związane z działalnością podlegającą opodatkowaniu.
Wbrew stanowisku Skarżącego obowiązek precyzyjnego wyodrębnienia określenia kwot podatku naliczonego związanych z czynnościami, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia podatku należnego, w rozumieniu art. 90 ust. 1 ustawy o VAT, spoczywa na podatniku. Tym samym przedstawienie stosownych dowodów w tym zakresie było obowiązkiem Strony, nie zaś organów podatkowych.
Tymczasem Skarżący ani w skardze ani w skardze kasacyjnej nie przedstawił, oprócz twierdzeń, nowych argumentów czy dowodów na poparcie zasadności swojego stanowiska. Wcześniej przedstawione argumenty zostały przeanalizowane i ocenione przez organy podatkowe, a wynik tej analizy został zaaprobowany przez Sąd pierwszej instancji. Jeśli natomiast autor skargi kasacyjnej uważał, że zgłoszone przez Stronę dowody nie zostały przeprowadzone, to w tym zakresie należało podnieść zarzut naruszenia art. 188 Ordynacji podatkowej, czego jednak w skardze kasacyjnej nie uczyniono. Przypomnieć należy, że Naczelny Sąd Administracyjny, będąc związany zarzutami skargi kasacyjnej, nie jest ani zobowiązany ani uprawniony do jej modyfikacji czy też do domyślania się intencji jej autora.
Niezależnie natomiast od formy ukształtowania korzystania z lokalu użytkowego Skarżącego, wadliwe było samo przyjęcie wyodrębnienia kwot podatku przypisywanych do poszczególnych rodzajów czynności przez zastosowanie kryterium powierzchni budynku jako metody alokacji bezpośredniej. W wyroku z dnia 14 maja 2021 r., sygn. akt I FSK 422/18, Naczelny Sąd Administracyjny na tle zbliżonego stanu faktycznego stwierdził, że metoda przyporządkowania według klucza powierzchniowego nie stanowi alokacji bezpośredniej tj. metody wyodrębnienia podatku naliczonego związanego z czynnościami opodatkowanymi, lecz jest metodą szacunkową i jej zastosowanie oznacza, że podatnik nie jest w stanie określić, jaka część podatku naliczonego jest bezpośrednio związana ze sprzedażą opodatkowaną. Podobnie Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził w wyroku z dnia 25 stycznia 2022 r., sygn. akt I FSK 998/18.
W konsekwencji zarówno organy podatkowe, jak i Sąd pierwszej instancji, prawidłowo stwierdziły, że zastosowana przez Stronę metoda jest niemiarodajna, bowiem nie uwzględnia powierzchni wspólnych i następuje przez podział ogółu wydatków związanych z inwestycją. To z kolei oznacza, że Skarżący nie był w stanie w sposób jednoznaczny ustalić jaka kwota podatku naliczonego jest związana ze sprzedażą opodatkowaną Skarżącego (najem powierzchni), jak wymaga tego art. 90 ust. 1 ustawy o VAT. Zgodzić się należy z organem, że już sam fakt, że Skarżący do obliczenia jaka część podatku naliczonego jest związana z czynnościami opodatkowanymi, a jaka ze zwolnionymi, zastosował proporcję, oznacza, że dokonane przez Skarżącego przyporządkowanie kwot podatku naliczonego do czynności podlegających opodatkowaniu i zwolnionych od podatku nie jest jednoznaczne. W takiej sytuacji Skarżący był zobowiązany do proporcjonalnego rozliczenia podatku naliczonego, zgodnie z art. 90 ust. 2 i 3 ustawy o VAT, a nie według samodzielnie określonej proporcji, nie znajdującej oparcia w obowiązujących przepisach prawa z zakresu podatku od towarów i usług.
Tym samym, nie doszło do naruszenia art. 122, art. 187 § 1 i art. 191 Ordynacji podatkowej.
3.9. Przechodząc zatem do oceny zarzutów naruszenia prawa materialnego stwierdzić należy, że brak skutecznego podważenia stanu faktycznego w niniejszej sprawie, skutkuje uznaniem za chybione podniesionych w rozpoznawanym środku odwoławczym zarzutów naruszenia przepisów prawa materialnego. Ocena zasadności zastosowania prawa materialnego może zostać dokonana jedynie na gruncie prawidłowo ustalonego i ocenionego stanu faktycznego. Dlatego też Naczelny Sąd Administracyjny nie stwierdził naruszenia art. 86 ust. 1 w zw. z art. 90 ust. 1 oraz samodzielnie: art. 90 ust. 1 i ust. 2 ustawy o VAT przez ich nieprawidłowe zastosowanie lub wadliwe niezastosowanie. Na gruncie stanu faktycznego ustalonego w niniejszej sprawie organy podatkowe prawidłowo zastosowały przepisy prawa materialnego uznając, że Skarżący zawyżył podatek naliczony na skutek naruszenia art. 90 ust. 1 ustawy o VAT.
3.10. Powyższe zaś oznacza, że sformułowane w skardze kasacyjnej zarzuty, zarówno naruszenia prawa procesowego, jak i materialnego, jako niezasadne, nie mogły zostać uwzględnione.
3.11. W tym stanie rzeczy, wobec braku usprawiedliwionych podstaw, skarga kasacyjna podlegała oddaleniu na podstawie art. 184 p.p.s.a.
Wobec obecności pełnomocnika organu odwoławczego na rozprawie przed Naczelnym Sądem Administracyjnym o kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 204 pkt 1 w zw. z art. 205 § 2 p.p.s.a.
Elżbieta Olechniewicz Ryszard Pęk Mariusz Golecki
sędzia WSA (del.) sędzia NSA sędzia NSA