Wyrok NSA z dnia 19 grudnia 2025, sygn. I FSK 1015/25

4.3. Okolicznością zwracającą uwagę, którą trafnie zidentyfikował również Sąd pierwszej instancji, jest fakt, że wszystkie powołane przez organ okoliczności, którymi uzasadniał on istnienie wątpliwości co do zasadności zwrotu podatku Skarżącej, za wyjątkiem faktu prowadzenia kontroli celno-skarbowej, która w dacie wydania postanowienia NUS nie wykazała jeszcze żadnych nieprawidłowości po stronie Skarżącej, zaistniały po dacie wydania postanowienia przez organ I instancji, a zatem nie mogły być mu znane w tej dacie i nie mogły stanowić podstawy jego rozstrzygnięcia. Okoliczności te wystąpiły również dopiero po dacie wydania pierwotnego postanowienia DIAS. Fakt, że dalszy tok kontroli, a następnie postępowania podatkowego prowadzonego wobec Skarżącej m.in. w przedmiocie rozliczenia VAT za kwiecień 2019 r. doprowadził do ustalenia nieprawidłowości w jej rozliczeniach i wydania decyzji podatkowej, nie może służyć za uzasadnienie wydania postanowień na długo przed tym, zanim okoliczności te wystąpiły.

4.4. Należy zatem uznać, że po uchyleniu uprzednio wydanego postanowienia organu odwoławczego DIAS, utrzymując w mocy postanowienie NUS z 11 grudnia 2019 r., nie tylko powołał się na nowe okoliczności, nieznane organom podatkowym w dacie wydania tego postanowienia, ale również oparł się na dowodach nieistniejących w tym czasie. Słusznie zauważył również Sąd pierwszej instancji, że twierdzenia zawarte w zaskarżonym postanowieniu DIAS, jakoby organ I instancji już przed wydaniem postanowienia z 11 grudnia 2019 r. wskazywał na powzięcie wątpliwości w zakresie transakcji Skarżącej z I. sp. z o.o., są niezgodne z prawdą, jako nieznajdujące potwierdzenia w aktach sprawy.

4.5. Mając na uwadze powyższe okoliczności, Sąd pierwszej instancji prawidłowo uznał, że zaskarżone postanowienie narusza art. 121 § 1, art. 124 i art. 217 § 2 o.p. i nie uchybił w tym zakresie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a. Działanie DIAS należy uznać za rażąco naruszające zasadę prowadzenia postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie oraz zasadę przekonywania. Sąd pierwszej instancji nie wskazał w zaskarżonym orzeczeniu na naruszenie art. 217 § 2, art. 219, art. 187 § 1 oraz art. 191 o.p., zatem i w tym zakresie podniesiony zarzut nie mógł okazać się skuteczny. Zarzut naruszenia art. 274b § 1 o.p. zostanie zaś omówiony w dalszej części uzasadnienia, łącznie z zarzutem naruszenia art. 87 ust. 1 i 2 ustawy o PTU.

5.1. Przechodząc do oceny drugiego ze sformułowanych w skardze kasacyjnej zarzutów naruszenia przepisów postępowania, należy wskazać, że miało ono polegać na stwierdzeniu przez WSA, że zaskarżone postanowienie narusza art. 153 p.p.s.a., podczas gdy w ocenie DIAS postanowienie organu tego przepisu nie narusza, a Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w wyniku dokonanej kontroli zaskarżonego rozstrzygnięcia winien oddalić skargę, a nie uchylić zaskarżone postanowienie oraz postanowienie je poprzedzające.

5.2. Również i ten zarzut nie znalazł uznania Naczelnego Sądu Administracyjnego. Podkreślić należy, że zarówno organ odwoławczy, wydając zaskarżone postanowienie, jak i Sąd pierwszej instancji, wydając zaskarżony wyrok, działały w warunkach związania oceną prawną i wskazaniami co do dalszego postępowania zawartymi w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 24 maja 2024 r., I FSK 1723/20, którym uchylono w całości wyrok WSA w Warszawie z 7 lipca 2020 r., III SA/Wa 916/20 oddalający skargę Spółki na postanowienie DIAS z 2 marca 2020 r. oraz uchylono w całości to postanowienie. W wyroku tym NSA wskazał, że nie może stanowić podstawy formułowania wątpliwości co do zasadności zwrotu VAT samo prowadzenie określonego rodzaju działalności czy z określonym kontrahentem, a kwestia istnienia powiązań pomiędzy podmiotami uczestniczącymi w transakcjach nie może być powołana w sposób bardzo ogólnikowy, bez sprecyzowania, w jaki sposób determinują one uzasadnione wątpliwości co do zasadności zwrotu podatku, stanowiąc przez to podstawę przedłużenia terminu tego zwrotu. Ponadto NSA stwierdził, że sam fakt prowadzenia wobec spółki kontroli celno-skarbowej nie stanowi wystarczającego uzasadnienia dla przedłużenia terminu zwrotu podatku od towarów i usług, tym bardziej, że organy podatkowe nie wskazują, aby dotychczas kontrola ta pozwoliła wykazać jakiekolwiek nieprawidłowości w transakcjach realizowanych przez spółkę. Mając to na uwadze, NSA nakazał organom podatkowym wyjaśnienie w sposób szczegółowy, dlaczego uznały, że takie wątpliwości w sprawie wystąpiły.

5.3. W uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia brak jest jednak wyjaśnienia, które korespondowałoby z wytycznymi NSA. Jak wskazano powyżej, DIAS nie odniósł się do pierwotnie formułowanych wątpliwości dotyczących transakcji z C. sp. z o.o., lecz skupił się w zasadzie wyłącznie na fakturze wystawionej przez I. sp. z o.o. Postępowanie takie stoi w rażącej sprzeczności z dyspozycją art. 153 p.p.s.a. i jako takie nie może znaleźć aprobaty Naczelnego Sądu Administracyjnego. Nieprzekonująca i niedopuszczalna w świetle powołanego przepisu jest w tym zakresie argumentacja zawarta w uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia i powielona w skardze kasacyjnej wskazująca wybiórczo na inne orzeczenia NSA, w których stwierdzono, że "dopuszczalność przedłużenia terminu zwrotu podatku od towarów i usług w oparciu o art. 87 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług nie jest warunkowana istnieniem konkretnych dowodów czy zarzutów świadczących o niezasadności zwrotu podatku. Wystarczające w tym względzie jest bowiem istnienie uzasadnionego podejrzenia czy też wątpliwości co do rozliczeń podatnika, które wymagają dalszego sprawdzenia.", jak również twierdzenie organu, że "skoro zatem organ podatkowy pierwszej instancji uznał, a organ zażaleniowy zaakceptował ocenę, że Spółka z uwagi na sposób prowadzenia działalności i jej przedmiot jest podmiotem o podwyższonym ryzyku, to rozstrzygniecie to odpowiada wymogom art. 87 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług.". Organ nie działał bowiem w tej sprawie prowadząc postępowanie po raz pierwszy i dysponując swobodą oparcia się na innych koncepcjach wypracowanych w orzecznictwie sądów administracyjnych, doktrynie prawa czy własnej praktyce, lecz związany był konkretnymi wytycznymi zawartymi w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 24 maja 2024 r., w sprawie I FSK 1723/20, które to wytyczne zignorował. Co za tym idzie Sąd pierwszej instancji nie dopuścił się w niniejszej sprawie naruszenia art. 153 p.p.s.a., słusznie dostrzegając, że przepis ten został natomiast naruszony w sposób mający istotny wpływ na wynik sprawy przez organ odwoławczy.

6. Mając powyższe na uwadze, za bezpodstawny należało uznać również podniesiony zarzut naruszenia przepisów prawa materialnego, tj. art. 87 ust. 1 i ust. 2 ustawy o PTU w związku z art. 274b § 1 o.p. Jak obszernie wywodzi Autor skargi kasacyjnej, zastosowanie powołanych przepisów wymaga istnienia uzasadnionych wątpliwości, co do prawidłowości rozliczeń podatkowych. Przedłużenie terminu zwrotu podatku od towarów i usług wymaga zatem wystąpienia w sprawie nie jakichkolwiek, lecz uzasadnionych wątpliwości po stronie organu w dacie wydania postanowienia w tym przedmiocie. W niniejszej sprawie organ wystąpienia takich uzasadnionych wątpliwości nie wykazał, z przyczyn omówionych szczegółowo przy ocenie zarzutów naruszenia przepisów postępowania. Na marginesie powyższych rozważań dodać jedynie należy, że nawet gdyby przyjąć za organem, że taką uzasadnioną wątpliwość w przedmiotowej sprawie stanowić mogłaby faktura wystawiona przez I. sp. z o.o., to przedłużenie terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w kwocie 159.054,00 zł z powodu wątpliwości w zakresie faktury opiewającej na 1150,00 zł VAT, należałoby ocenić jako rażące naruszenie zasady proporcjonalności.

7. W ponownie prowadzonym postępowaniu organy podatkowe obowiązane będą zastosować się do przedstawionej przez Naczelny Sąd Administracyjny i Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oceny prawnej i wskazań co do dalszego postępowania, w tym uwzględnić, że w sprawie nie doszło do skutecznego przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku od towarów i usług Skarżącej za kwiecień 2019 r.

8. Z tych względów Naczelny Sąd Administracyjny – uznając, że skarga kasacyjna nie dostarcza uzasadnionych podstaw do uwzględnienia zawartych w niej żądań, działając na podstawie art. 184 p.p.s.a. – orzekł, jak w sentencji wyroku.

9. O zwrocie kosztów postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 204 pkt 2 w zw. z art. 205 § 2 i 4 p.p.s.a. w zw. z § 2 ust. 2 pkt 2 oraz § 2 ust. 1 pkt 2 Rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 16 sierpnia 2018 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2018 r., poz. 1687).

Sędzia WSA (del.) Sędzia NSA Sędzia NSA

Dominik Mączyński Małgorzata Niezgódka-Medek Sylwester Golec