9) art. 141 § 4 P.p.s.a i art. 153 P.p.s.a. w związku z art. 122 O.p, art. 187 § 1 O.p., art. 191 O.p. przez sporządzenie wadliwego uzasadnienia wyroku, które nie zawiera jakichkolwiek wskazań co do dalszego postępowania, co uniemożliwia organowi jego prawidłową realizację;
II. prawa materialnego, tj.:
1) art. 118 K.c. przez błędną wykładnię polegającą na przyjęciu, że upływ terminów wskazanych w tym przepisie uniemożliwia dochodzenie roszczeń cywilnoprawnych, podczas gdy roszczenia te po upływie okresu przedawnienia nadal istnieją, a zatem możliwe jest dochodzenie tych należności;
2) art. 17 ust. 1 pkt 7 u.p.t.u., art. 17 ust. 2 u.p.t.u., art. 17 ust. 7 u.p.t.u. przez niewłaściwe zastosowanie, polegające na ich niezastosowaniu do ustalonego stanu faktycznego sprawy, podczas gdy zebrany w sprawie materiał dowodowy pozwala na przyjęcie, że ww. przepisy mają w sprawie zastosowanie i z punktu widzenia tychże przepisów należało ocenić, że Skarżąca powinna była wykazać podatek należny w związku z dokonanymi transakcjami opodatkowanymi na zasadach odwrotnego obciążenia.
17. Przy tak sformułowanych zarzutach kasacyjnych Organ wniósł o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Sądowi pierwszej instancji ewentualnie rozpoznanie skargi kasacyjnej w trybie art. 188 P.p.s.a. oraz o zasądzenie zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego według norm przepisanych.
18. W odpowiedzi na skargę kasacyjną Skarżąca wniosła o jej oddalenie i zasądzenie zwrotu kosztów postępowania wraz z kosztami zastępstwa procesowego według norm przepisanych.
Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
19. Skarga kasacyjna, rozpoznana w granicach zakreślonych art. 183 § 1 P.p.s.a., ma uzasadnione podstawy i podlega uwzględnieniu. Zarzuty kasacyjne zostały oparte na obu podstawach kasacyjnych przewidzianych w art. 174 P.p.s.a.
20. Na etapie postępowania przed NSA stan faktyczny w zakresie istotnych dla rozstrzygnięcia okoliczności faktycznych nie był kwestionowany. Spór między stronami sprowadzał się do oceny okoliczności faktycznych w kontekście zastosowania przepisów prawa materialnego wymienionych w pkt II p.pkt 2 petitum skargi kasacyjnej. Skarżąca w zakresie zakwestionowanych faktur nie podważała bowiem zasady, że objęta nimi dostawa złomu złota powinna zostać opodatkowana w ramach procedury odwrotnego obciążenia prezentowała jednak stanowisko, że nienależnie zapłacony, wbrew tej zasadzie podatek VAT, Dostawcy powinien zostać jej zwrócony nie przez Dostawcę lecz przez Skarb Państwa.
21. Niesporna pozostawała także okoliczność, że decyzja podatkowa wydana przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej we Wrocławiu 5 listopada 2020 r. wobec Dostawcy, uchylona wyrokiem WSA we Wrocławiu z 29 grudnia 2021 r. sygn. akt I SA/Wr 24/21 z powodu oceny zarzutu przedawnienia (co Sąd pierwszej instancji w zaskarżonym wyroku uznał za istotną okoliczność mającą wpływ na wynik sprawy) została następnie skontrolowana także przez Naczelny Sąd Administracyjny. Wyrokiem z 19 lipca 2024 r. w sprawie sygn. akt I FSK 1178/22 sąd ten uchylił przedmiotowy wyrok, który nakazywał badanie, czy w sprawie nie doszło do przedawnienia wskutek instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego skarbowego. NSA w powołanym wyroku przesądził ostatecznie kwestię braku działania Organu w warunkach przedawnienia, jednoznacznie oceniając brak instrumentalności we wszczęciu postępowania karnego skarbowego.
22. W kolejnym, wydanym przez WSA we Wrocławiu wyroku wobec Dostawy, z 28 stycznia 2025 r., (jakkolwiek także uchylającym zaskarżoną decyzję lecz z innych przyczyn) nie podważano już rozliczenia u Dostawcy podatku należnego, zmniejszonego z uwagi na nieuwzględnienie w samorozliczeniu zasady odwrotnego obciążenia z tytułu dostaw do Skarżącej. Tym samym w sprawie ostatecznie przesądzona pozostaje prawidłowość zmniejszenia podatku należnego u Dostawcy. Jest to istotna okoliczność faktyczna, kształtująca na nowo stan prawny zakwestionowanych transakcji.
23. W tym kontekście oceniana musi być prawidłowość stanowiska zaskarżonego wyroku wskazująca na brak możliwości realizacji przez Skarżącą wniosku o zwrot nienależnie zapłaconego podatku VAT kierowanego do Dostawcy i konieczność, w ramach realizacji zasady neutralności VAT i skuteczności, skierowania takiego żądania do organów podatkowych. Podważając powyższe stanowisko Organ podniósł, że uwzględnienie żądania Skarżącej skutkowałoby brakiem opodatkowania przedmiotowych dostaw złomu złota w ogóle.
24. Z uwagi na dotychczasowy przebieg postępowania, w ramach którego wydanych zostało w sprawie kilka decyzji oraz wyroków sądowych a w skardze kasacyjnej podniesiony został zarzut naruszenia art. 153 i art. 170 P.p.s.a. zasadne pozostaje przeanalizowanie jego przebiegu dla rozważenia, w jakim zakresie Sąd pierwszej instancji pozostawał związany oceną prawną i wskazaniami co do dalszego postępowania. W tym kontekście wskazać należy na wyrok WSA z 20 lutego 2017 r. (sygn. akt I SA/Wr 500/16) został uchylony wyrokiem NSA z 19 grudnia 2017 r. (sygn. akt I FSK 1001/17) z powodu wad jego uzasadnienia. NSA zarzucił, że Sąd pierwszej instancji ograniczył się do przytoczenia treści przepisów art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a oraz b u.p.t.u. oraz przytoczył wyrok Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z 15 września 2016 r. w sprawie C-516/14 [...] podkreślając rzeczywistość transakcji, w których nieprawidłowości na fakturach dotyczyły jedynie opisu postaci złota. Podkreślono, że w sytuacji, gdy przedmiotem dostawy był złom złota, to w tym zakresie znajdował zastosowanie art. 88 ust. 3a pkt 7 u.p.t.u.
25. NSA oceniał, że powołany wyrok TSUE nie znajdował zastosowania w sprawie wskazując, że w stanie sprawy można wyróżnić trzy rodzaje dostaw i nie można zgodzić się ze Skarżącą, że ich przedmiot był zbliżony, gdyż odnosił się do kruszcu złota w różnych postaciach. Podkreślił, że stanowisko takie byłoby prawidłowe, gdyby przedmiotem niektórych ze spornych dostaw nie był złom złota, którego dostawa podlega mechanizmowi odwróconego obciążenia podatkiem od towarów i usług. Wskazał, że każdy rodzaj transakcji powinien być odrębnie przeanalizowany a art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. b u.p.t.u. należy interpretować w ten sposób, że w przypadku gdy zebrany w sprawie materiał dowodowy daje organowi podatkowemu możliwość określenia wartości rzeczywistej transakcji wykazanej w kwocie zawyżonej na fakturze, podatnikowi – z uwagi na zasadę neutralności i proporcjonalności - przysługuje prawo do odliczenia podatku w części odpowiadającej rzeczywistej wartości transakcji. Stwierdził także, że organ podatkowy nie jest zobowiązany wyjaśnić co było w rzeczywistości przedmiotem czynności, by w tym zakresie dokonać prawidłowego rozliczenia podatku albowiem ciężar taki spoczywa na podatnikach.
26. Ponownie rozpoznając sprawę WSA we Wrocławiu wyrokiem z 11 lipca 2019 r. sygn. akt I SA/Wr 282/18 uchylił decyzje organów obu instancji. Wyrok ten nie został zaskarżony a strony w dalszym postępowaniu przede wszystkim odwoływały się do zawartej w nim oceny prawnej. W powołanym wyroku WSA we Wrocławiu, powołał się na postanowienie TSUE z 13 grudnia 2018 r. w sprawie C-491/18, z którego wynikało, że wadliwe określenie przedmiotu transakcji na fakturze VAT nie pozwala na zakwestionowanie u odbiorcy faktury prawa do odliczenia wynikającego z tej faktury podatku naliczonego przyjmując, że faktura błędna pod względem formalnym, uzasadnia przyjęcie przez organy materialnych skutków podatkowych w sytuacji, gdy transakcje nie wiązały się z oszustwem podatkowym ani obejściem prawa, a podatek od całości transakcji został zadeklarowany i zapłacony przez dostawcę na zasadach ogólnych (wg stawki 23%).
27. W ślad za stanowiskiem NSA zawartym w wyroku I FSK 1001/17 Sąd ten wskazał, że w sprawie rozróżnić należy trzy grupy dostaw: pierwsza dotyczyła czynności, gdzie jako przedmiot dostawy wpisano złom złota ("scrap gold") a w rzeczywistości przedmiotem dostawy był granulat złota, w drugiej grupie jako przedmiot wpisano również złom złota ("scrap gold") lecz dostawa obejmowała granulat złota i złom złota oraz trzecia grupa, która dotyczyła jednej zakwestionowanej faktury (z sierpnia 2013 r.), w której jako przedmiot transakcji wpisano półprodukt złota (wlewki i granulat), zaś w istocie miała miejsce dostawa półproduktu złota (wlewki i granulat) oraz złomu złota. Za odpowiednie do zastosowania w odniesieniu do pierwszej grupy faktur uznał stanowisko zawarte w w.w. postanowieniu TSUE z 13 grudnia 2018 r. w sprawie C-491/18 podkreślając, że w tym zakresie nie było sporne między stronami, że faktury te, mimo wskazanego w nich złomu złota (scrap gold) obejmowały wyłącznie dostawę granulatu złota. Były zatem wadliwe w zakresie nazwy przedmiotu transakcji, lecz zawierały prawidłowe pozostałe informacje na fakturach, w szczególności w zakresie stawki VAT.
28. WSA we Wrocławiu wskazał, że spór w sprawie dotyczy też drugiego rodzaju faktur gdzie jako przedmiot czynności wpisano również złom złota ("scrap gold") a w rzeczywistości dostawa obejmowała granulat złota (opodatkowany na zasadach ogólnych) i częściowo złom złota (podlegający odwrotnemu obciążeniu w rozumieniu art. 17 ust. 1 pkt 7 u.p.t.u. – stanowiącego implementację art. 199 ust. 1 lit. d dyrektywy Rady 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej – dalej: Dyrektywa VAT). W zakresie tych transakcji organy obu instancji potwierdziły zarówno ich przedmiot, jak i fakt, że transakcje te zostały rzeczywiście dokonane. Ponadto, pomimo błędnego oznaczenia towarów na fakturach, VAT został u Dostawcy prawidłowo naliczony i pobrany wg 23% stawki, zgodnie ze ogólną zasadą opodatkowania, jaka obowiązuje przy dostawie granulatu złota. Organy w zakresie tych faktur przyjęły wyliczenia Spółki w zakresie rozdzielenia podstawy opodatkowania (granulatu i złomu złota) oraz określenia podatku należnego, stanowiącego zarazem podatek naliczony przy odwrotnym obciążeniu w zakresie zakupionego złomu złota, nie kwestionując ilości oraz wartości zakupionego złomu i granulatu. Organy podatkowe zgodziły się z wyliczeniem Skarżącej, która wyodrębniła ilość granulatu złota i złomu złota w gramach na poszczególnych fakturach VAT. W trzeciej grupie faktur mieściła się faktura, z 1 sierpnia 2013 r., w której jako przedmiot transakcji wpisano półprodukt złota (wlewki, granulat), a w rzeczywistości przedmiotem dostawy był zarówno półprodukt złota (wlewki, granulat) opodatkowany na zasadach ogólnych, jak i złom złota - podlegający odwrotnemu obciążeniu podatkiem VAT. W świetle poczynionych ustaleń organu co do rzeczywistej wielkości poszczególnych asortymentów, odliczenie wynikającego z tej faktury podatku naliczonego w zakresie nabycia półproduktów złota (wlewek i granulatu) – jest w ocenie Sądu jak najbardziej uzasadnione. Tu także sprzedający całą transakcję opodatkował w fakturze na zasadach ogólnych 23% stawką VAT, jak we wszystkich spornych w sprawie fakturach.
29. Sąd podkreślił, że wszystkie transakcje dokumentowane kwestionowanymi fakturami (niezależnie od ich przedmiotu określonego na fakturach) miały rzeczywisty charakter, pomimo błędnego oznaczenia towarów na fakturach, VAT od całości transakcji, ze wszystkich faktur został u dostawcy naliczony wg 23% stawki, zgodnie ze zwykłym systemem opodatkowania. Z argumentacji decyzji obu instancji jednoznacznie wynika, że uwzględniono wyjaśnienia Skarżącej co do tego, jaki towar był przedmiotem transakcji i przyjęto, że inne dane na fakturze były prawidłowe, pobrano VAT od wystawcy. Na podstawie dowodów i wyjaśnień Spółki organ podatkowy w sposób precyzyjny określił wartość dostaw i postaci złota w ramach poszczególnych transakcji w podziale na dostawy granulatu złota i złomu złota, co umożliwiło zakreślenie granic zastosowania art. 88 ust. 3a pkt 7 u.p.t.u. Organy zakwestionowały sporne faktury i odmówiły prawa do odliczenia podatku VAT jedynie z uwagi na błędnie wskazany na fakturach przedmiot transakcji, podlegający odrębnym trybom opodatkowania.
30. Sąd stanął na stanowisku, że nie można zaakceptować działania organów podatkowych, które skutkują wnioskiem, że nieprawidłowa nazwa towaru na fakturze odnosi ten sam skutek, co pusta faktura, pomimo że nie zachodzi taki przypadek. Praktykę organów podatkowych, która polega na pozbawieniu podatnika prawa do odliczenia podatku naliczonego z uwagi na błędne oznaczenie towarów na fakturze w oparciu o twierdzenie o braku rzeczywistej transakcji ocenił jako błędną. Sąd wskazał, że "Uzasadnienia dla przyjęcia takich skutków nie stanowi też fakt, że Podatnik nie złożył noty korygującej, skoro przedstawił w toku postępowania podatkowego a przed wydaniem decyzji, wszystkie dokumenty związane z przedmiotowymi transakcjami, w oparciu o które organ podatkowy ustalił rzeczywisty przedmiot transakcji z podziałem na ilość i wartość towarów oraz sposób ich opodatkowania."
31. Sąd w powołanym wyroku uznał, że konsekwencje podatkowe przyjęte przez organy podatkowe w świetle Dyrektywy VAT można uznać za nieproporcjonalne i naruszające zasadę neutralności VAT. Odwołał się do orzeczenia TSUE z 13 grudnia 2018 r. w sprawie C-491/18 [...] podkreślając, że prawo podatników do odliczenia VAT stanowi podstawową zasadę wspólnego systemu VAT ustanowionego przez prawo Unii przewidziane w art. 167 i nast. Dyrektywy VAT i co do zasady nie podlega ograniczeniu. System odliczeń ma na celu całkowite uwolnienie przedsiębiorcy od ciężaru VAT. Dla powstania prawa do odliczenia i skorzystania z niego - decydujące znaczenie mają materialne przesłanki wymienione w art. 168 lit. a) Dyrektywy VAT. Organy podatkowe nie mogą odmówić prawa do odliczenia podatku VAT tylko na tej podstawie, że faktura nie spełnia przesłanek wymaganych w art. 226 pkt 6 i 7 tej Dyrektywy, jeżeli dysponują wszystkimi informacjami do zbadania, że spełnione są przesłanki materialne dotyczące tego prawa. Trybunał podkreślił, że organy podatkowe nie mogą ograniczyć się do zbadania samej faktury lecz powinny uwzględnić informacje dostarczone przez podatnika. Sąd stwierdził, że przywoływane orzeczenie TSUE z 13 grudnia 2018 r. C-491/18, przesądziło kierunek rozstrzygnięcia jedynie w odniesieniu do grupy faktur dokumentujących zakup złota w postaci jego granulatu oraz wlewek podlegającego ogólnym zasadom opodatkowania VAT.
32. WSA odwołał się także do postanowienia TSUE z 23 listopada 2017 r., [...], C-314/17, w którym zakwestionowano pozbawienie podatnika prawa do odliczenia podatku naliczonego w zakresie odwrotnego obciążenia, w sytuacji, gdy nie ma żadnych wątpliwości co do spełnienia wymogów materialnych tj. dokonania dostawy - a jedynie niektóre wymogi formalne zostały przez podatnika pominięte. W takiej sytuacji Trybunał uznał, że stosując mechanizm odwróconego obciążenia, bez uznania prawa do odliczenia u odbiorcy tych dostaw, krajowe organy podatkowe naruszają zasadę neutralności podatkowej. Uzasadniając swoje stanowisko podkreślił, że zasady neutralności podatkowej i skuteczności wspólnego systemu podatku od wartości dodanej należy interpretować w ten sposób, że stoją one na przeszkodzie odmówieniu przez państwo członkowskie odbiorcy dostawy prawa do odliczenia naliczonego podatku od wartości dodanej, gdy w odniesieniu do tej samej dostawy VAT jest pobierany po raz pierwszy od dostawcy, mając na względzie, że wskazał on ten podatek w wystawionej przez niego fakturze i następnie po raz drugi od nabywcy, w wypadkach, gdy w prawodawstwie krajowym nie przewidziano możliwości korekty VAT lub gdy istnieje decyzja zapadła w wyniku procedury podatkowej. Sąd podsumował, że w powołanych orzeczeniach TSUE stwierdził, że odmowa prawa do odliczenia jest bardziej zależna od braku informacji niezbędnych do wykazania, że te wymogi materialne zostały spełnione, niż od niespełnienia wymogów formalnych.
33. Odnosząc powyższe do stanu sprawy, w zakresie prawa do odliczenia VAT z tytułu dostaw złomu złota, którego ilość ustalono w oparciu o wyjaśnienia Spółki oraz przedłożone przez nią wyliczenia, ustalony w ten sposób podatek należny, zdaniem organów podatkowych, stał się również podatkiem naliczonym, stosownie do art. 86 ust. 2 pkt 4 lit. b) u.p.t.u. Nie był w tej części jednak podatkiem należnym przypadającym do odliczenia z uwagi na treść art. 88 ust. 3a pkt 7 u.p.t.u. Dokonane przez organy podatkowe w tym zakresie rozliczenie nie było sporne między stronami.
34. WSA we Wrocławiu w analizowanym wyroku wskazał, że istotny wpływ na wynik sporu miał wyrok TSUE z 11 kwietnia 2019 r. w sprawie C-691/17 [...], który zapadł w sprawie, w której spór dotyczył możliwości odzyskania przez nabywcę nienależnie zapłaconego dostawcy podatku VAT, który ten ostatni odprowadził do budżetu państwa. Trybunał sformułował tezę, że "Dyrektywę Rady 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej, zmienioną dyrektywą Rady 2010/45/UE z dnia 13 lipca 2010 r., oraz zasady neutralności podatkowej i skuteczności należy interpretować w ten sposób, że nie sprzeciwiają się one praktyce organu podatkowego, zgodnie z którą w przypadku braku podejrzeń o popełnieniu oszustwa, organ ten odmawia przedsiębiorstwu prawa do odliczenia podatku od wartości dodanej, który przedsiębiorstwo to, jako usługobiorca, nienależnie zapłaciło dostawcy tych usług na podstawie faktury, którą dostawca ten sporządził zgodnie z ogólnym systemem podatku od wartości dodanej (VAT), podczas gdy właściwa transakcja podlegała mechanizmowi odwrotnego obciążenia, przy czym:
- przed odmową prawa do odliczenia organ podatkowy nie zbadał, czy wystawca tej błędnej faktury mógł zwrócić jej odbiorcy nienależnie zapłaconą kwotę VAT ani czy mógł on dokonać korekty tej faktury w ramach mechanizmu autokorekty zgodnie z właściwymi przepisami krajowymi, uzyskując na tej podstawie zwrot nienależnie zapłaconego przez niego na rzecz skarbu państwa podatku, lub
- organ podatkowy nie zdecydował sam zwrócić odbiorcy tej faktury podatku, który nienależnie zapłacił jej wystawcy i który ten ostatni zapłacił następnie nienależnie na rzecz skarbu państwa.
Zasady te wymagają jednak, aby usługobiorca miał możliwość skierowania swojego wniosku o zwrot bezpośrednio do organu podatkowego, gdyby zwrot VAT nieprawidłowo wykazanego na fakturze przez dostawcę usług na rzecz usługobiorcy okazał się nadmiernie utrudniony lub niemożliwy, w szczególności w wypadku niewypłacalności dostawcy."
35. Sąd uznał, że powołany wyrok, z uwagi na zbieżny stan faktyczny, ma doniosłe znaczenie. Przedstawił stan sprawy, na tle którego orzekał Trybunał. Podkreślił, że w tamtym postępowaniu organy zakwestionowały przyjęte sposoby naliczania podatku VAT i uznały, że część mających miejsce transakcji powinna była zostać rozliczona zgodnie z systemem odwrotnego obciążenia, jednocześnie nie zakwestionowano rzeczywistego charakteru ani wywiązania się z obowiązku zapłaty pobranego podatku VAT na rzecz budżetu państwa przez wystawcę faktury. Zgodnie z wyrokiem TSUE - w sytuacji, gdy nie ma wątpliwości co do braku oszustwa podatkowego, powinien istnieć tryb, w którym podmiot ([...] a w tej sprawie - Spółka), który niesłusznie zapłacił swojemu dostawcy, może skutecznie domagać się jego zwrotu.
36. WSA we Wrocławiu wskazał, że w świetle wyroku TSUE (C-691/17) uzasadnione jest, aby w pierwszej kolejności podatnik zwrócił się o zwrot nienależnie zapłaconego podatku do Dostawcy. W ocenie Sądu mogą jednak istnieć obiektywne okoliczności, mogące uniemożliwić Spółce uzyskanie spornej kwoty od Dostawcy. Z informacji (uzyskanej od stron na rozprawie) wynika bowiem, że wobec dostawcy Skarżącej (spółki M.) toczy się obecnie postępowanie odwoławcze prowadzone przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej we Wrocławiu w zakresie podatku VAT za poszczególne miesiące od stycznia do sierpnia 2013 r. Aby więc zaistniała możliwość uruchomienia rozwiązania, w którym podatnik może wystąpić o zwrot bezpośrednio do organu (z pominięciem dostawcy), muszą istnieć przesłanki czyniące zwrot od dostawcy nadmiernie utrudnionym lub niemożliwym.
37. WSA we Wrocławiu wskazał, że w kontekście ww. przesłanek oraz faktu, że przedmiot niniejszego sporu jest ściśle związany nie tylko ze Skarżącą ale również z Dostawcą, istotna jest sytuacja procesowa tego ostatniego podmiotu, co do którego ustalił, że Organ prowadzi obecnie wobec niego postępowanie w przedmiocie podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące od stycznia do sierpnia 2013 roku, co w znaczący sposób może utrudnić lub nawet uniemożliwić zwrot podatku od Dostawcy, z uwagi na ograniczenie możliwości dokonania w tej sytuacji korekt deklaracji. W zaistniałym stanie faktycznym (gdy postępowanie podatkowe lub kontrolne dotyczyło obu stron spornych transakcji) nie była możliwa korekta faktur przez wystawcę lub wystawienie not korygujących przez odbiorcę faktur (a co za tym idzie – skorygowanie złożonych deklaracji).
38. Sąd wskazał, że Spółka wyjaśniła też, iż brak dokonania korekt nie był w żadnej mierze efektem świadomego zaniechania, a jej celem nie było dokonanie jakiegokolwiek uszczuplenia należności publicznoprawnych lecz niemożność podjęcia przez Skarżącą jakichkolwiek kroków w tym zakresie wynika wprost z przepisów prawa. Stąd w zaistniałej sytuacji nie ma żadnych możliwości, aby Dostawca uzyskał od Organu zwrot niesłusznie wpłaconych kwot z tytułu podatku VAT a w konsekwencji, aby zwrócił nienależnie pobrany podatek Skarżącej. Również z uwagi na toczące się wobec Skarżącej postępowanie, niemożliwym jest obecnie skorygowanie rozliczenia lub wystąpienie z odrębnym wnioskiem o zwrot podatku z uwagi na upływ terminu przedawnienia. Skarżąca nie może też zażądać zwrotu podatku od Dostawcy z powołaniem się na nienależne świadczenie, bowiem upłynął już okres przedawnienia roszczeń cywilnoprawnych z art. 118 Kodeksu cywilnego.
39. W zaistniałej sytuacji, skoro zwrot od Dostawcy na rzecz Spółki nienależnie zapłaconego podatku VAT jest na obecnym etapie niemożliwy, to należy rozważyć, czy jedynym skutecznym sposobem zagwarantowania neutralności VAT, nie jest możliwość wystąpienia przez Skarżącą o zwrot zapłaconych kontrahentowi kwot podatku VAT – bezpośrednio do organu podatkowego (tym bardziej, że taka sugestia wynika wyraźnie z orzecznictwa TSUE), w szczególności z wyroku w sprawie C-691/17 [...] w którym wskazano, że zasady neutralności podatkowej i skuteczności wymagają tego, aby nabywca miał możliwość skierowania swojego wniosku o zwrot bezpośrednio do organu podatkowego, gdyby zwrot VAT nieprawidłowo wykazanego na fakturze przez Dostawcę na rzecz nabywcy okazał się nadmiernie utrudniony lub niemożliwy.
40. WSA podsumował swoje rozważania stwierdzeniem, że postanowienie w sprawie C-491/18 [...] – rozstrzyga kwestię związaną z nieprawidłowym opisem postaci towaru na otrzymanych przez Skarżącą fakturach oraz wpływie tego faktu na prawo do odliczenia, z drugiej zaś strony – wyrok z 11 kwietnia 2019 r. w sprawie C-691/17 [...] określa powinność zachowania organu w sytuacji, w której otrzymane faktury winny były zostać wystawione z wykorzystaniem mechanizmu odwrotnego obciążenia (wskazuje na konieczność udostępnienia trybu, w którym podatnik może skutecznie dochodzić od organu zwrotu całości kwoty zapłaconej swojemu dostawcy pod tytułem podatkowym). Uchylenie decyzji organów podatkowych obu instancji otwiera możliwość dokonania korekty rozliczeń VAT z uwzględnieniem stanowiska wyrażonego w wyroku w zakresie wszystkich spornych transakcji za objęte decyzją miesiące 2013 r., co pozwoli na uwzględnienie w rozliczeniu Spółki nie tylko podatku naliczonego przez Dostawcę od towarów opodatkowanych na zasadach ogólnych, ale też uwzględnienia w tym rozliczeniu podatku, jaki Skarżąca zapłaciła nienależnie Dostawcy z faktur dokumentujących sprzedaż złomu złota, objętego odwróconym obciążeniem. Powołując się na art. 153 P.p.s.a. Sąd wskazał, że pomimo braku jednoznacznych procedur w prawie krajowym, konieczne jest zapewnienie neutralności i skuteczności VAT, stąd zobowiązał organy podatkowe do zapewnienia efektywnego wykonania orzeczenia, kierując się orzecznictwem TSUE. To ostatnie zobowiązanie powtórzone zostało w tożsamym brzmieniu także w zaskarżonym obecnie wyroku.
41. Naczelny Sąd Administracyjny powyżej przytoczył w znacznym zakresie rozważania zawarte w wyroku WSA we Wrocławiu z 11 lipca 2019 roku sygn. akt I SA/Wr 282/18 albowiem wyrok ten niezaskarżony przez Organ, na podstawie art. 153 P.p.s.a. zawiera wiążące dla rozstrzygnięcia sprawy oceny prawne i wskazania co do dalszego postępowania, z których Skarżąca wywodziła uzasadnienie zarzutów skargi dla podważania prawidłowości stanowiska Organu w zaskarżonej obecnie decyzji. Po wydaniu ponownie decyzji przez organy podatkowe w następstwie wydania wyroku w sprawie I SA/Wr 282/18, sporne pozostały już wyłącznie rozliczenia podatku VAT z faktur niespornie zidentyfikowanych jako dokumentujące dostawy złomu złota.
42. W tym miejscu przypomnieć należy, że zgodnie z art. 153 P.p.s.a. ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie organy, których działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania było przedmiotem zaskarżenia, a także sądy, chyba że przepisy prawa uległy zmianie. Z kolei art. 170 P.p.s.a. stanowi, że orzeczenie prawomocne wiąże nie tylko strony i sąd, który je wydał, lecz również inne sądy i inne organy państwowe, a w przypadkach w ustawie przewidzianych także inne osoby. Zasada związania organu ponownie rozpoznającego sprawę według pierwszego z powołanych przepisów dotyczy treści uzasadnienia orzeczenia sądu administracyjnego. Jakkolwiek bowiem użyto w art. 153 P.p.s.a. określenia "orzeczenie", to oczywistym jest, że nie chodzi w nim o sentencję, lecz o uzasadnienie orzeczenia gdyż ocena prawna dotyczy zwykle wykładni prawa, która wobec postanowień art. 138 i art. 141 § 4 P.p.s.a. może się mieścić jedynie w uzasadnieniu wyroku sądowego (zob. A. Zieliński (w:) J. Borkowski i in., Komentarz..., s. 312; T. Woś, Postępowanie..., s. 266; tenże (w:) T. Woś (red.), Postępowanie (2015) s.386). Przyjmuje się również, że istotne zmiany w stanie faktycznym sprawy mogą powodować nieaktualność i, co za tym idzie, ustanie mocy wiążącej uzasadnienia orzeczenia sądu administracyjnego (por. T. Woś w H. Knysiak-Sudyka, M. Romańska, T. Woś Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz, wyd. VI, Warszawa 2016, art. 153).
43. Powyższe stanowisko znalazło także odzwierciedlenie w orzecznictwie sądowym. Naczelny Sąd Administracyjny w powołanym w skardze kasacyjnej wyroku z 23 listopada 2021 r sygn. akt II GSK 1581/21 stwierdził, że "zgodnie z art. 153 p.p.s.a. ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie ten sąd oraz organ, którego działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania było przedmiotem zaskarżenia. Związanie sądu oceną prawną wyrażoną w wyroku wydanym w danej sprawie oznacza, że przy niezmienionym stanie faktycznym i prawnym nie może on formułować ocen odmiennych od wiążącej go oceny prawnej, ale musi się do niej zastosować oraz konsekwentnie reagować na naruszenie tych zasad przez organ przy rozpoznawaniu skargi na akt wydany po wyroku formułującym ocenę prawną. Reguła wyrażona w przepisie art. 153 p.p.s.a. ma charakter bezwzględnie obowiązujący i wywiera skutki w dwóch płaszczyznach, mianowicie ani organ administracji publicznej, ani sąd administracyjny - orzekając ponownie w tej samej sprawie - nie mogą pominąć oceny prawnej wyrażonej wcześniej w orzeczeniu, gdyż ocena ta wiąże je w sprawie. Obowiązek podporządkowania się ocenie prawnej wyrażonej w wyroku sądu może być wyłączony tylko w wypadku zmiany stanu prawnego lub istotnej zmiany okoliczności faktycznych (...)" (stanowisko takie co do zasady podzielone zostało także w wyroku NSA z 11 lipca 2025 r. sygn. akt I FSK 270/23, z 1 czerwca 2022 r. II OSK 412/22).
44. Zdaniem skarżącego kasacyjnie Organu art. 153 i art. 170 P.p.s.a. zostały naruszone zaskarżonym wyrokiem w związku ze zignorowaniem przez Sąd pierwszej instancji zaistnienia nowego stanu faktycznego, który powstał po wydaniu wyroku w sprawie I SA/Wr 282/18. W poprzedzającej wydanie zaskarżonego wyroku skardze do Sądu pierwszej instancji Spółka, podważając stanowisko Organu o zmianie okoliczności faktycznych, które miałyby stanowić podstawę do odejścia od oceny prawnej i wskazań zawartych w wyroku z 11 lipca 2019 r. sygn. akt I SA/Wr 282/18, podnosiła, że okoliczność wydania decyzji wobec Dostawcy, w której pomniejszono wysokość podatku należnego była znana WSA we Wrocławiu w momencie wydawania w.w. wyroku, ponieważ decyzja organu I instancji weszła do obrotu prawnego (została doręczona) 17 grudnia 2018 r. W protokole rozprawy natomiast odnotowano odpowiedź pełnomocnika na pytanie Sądu w tym przedmiocie. W tym zakresie w skardze pełnomocnik Spółki podniósł, że "Sąd wydając wyrok miał zatem nie tylko wiedzę o wydanej dla M. decyzji, ale również o jej treści. Z powyższego jednoznacznie również wynika, że kwestie te zostały przez Sąd potraktowane jako ważne oraz istotne dla niniejszej sprawy, gdyż sam zadał pytanie w tym zakresie i uwzględnił te okoliczności w protokole rozprawy, który stanowi element akt sądowoadministracyjnych. Wbrew więc twierdzeniom organu, kwestie uznawane jako stojące u podstawy "zmiany" były w pełni znane" (str. 5 skargi).
45. Z powyższym twierdzeniem Spółki nie można się zgodzić. W wielokrotnie powoływanym wyroku w sprawie I SA/Wr 282/18, WSA we Wrocławiu w uzasadnieniu nie odniósł się do okoliczności dotyczącej wydania decyzji wobec Dostawcy, zmniejszającej wysokość podatku należnego o niezasadnie naliczony z tytułu nieprawidłowo wystawionych faktur ani tym bardziej nie uwzględnił jej w swoim rozstrzygnięciu. Dowodzi tego wprost wywód, w którym rozważając możliwość złożenia stosownych korekt stwierdził, że "Spółka wyjaśniła też, że niezależnie od wskazanych okoliczności), brak dokonania korekt nie był w żadnej mierze efektem zaniechania, a jej celem (zamiarem) w żadnym momencie nie było dokonanie jakiegokolwiek uszczuplania należności publicznoprawnych, a niemożność podjęcia przez Skarżącą jakichkolwiek kroków w tym zakresie wynika wprost z przepisów prawa. Zatem w tej sytuacji – nie ma żadnych możliwości, aby M.. uzyskała od organu zwrot niesłusznie wpłaconych kwot z tytułu podatku VAT a w konsekwencji, aby zwróciła nienależnie pobrany podatek Skarżącej" (str.23 uzasadnienia wyroku w sprawie I SA/Wr 282/18 w wersji CBOiS). W konsekwencji powyższego ustalenia wywody Sądu koncentrowały się na analizie czy zwrot VAT nieprawidłowo wykazanego na fakturze przez Dostawcę na rzecz Skarżącej nie okazał się nadmiernie utrudniony lub niemożliwy. Powołanie okoliczności prowadzenia postępowania podatkowego wobec Dostawcy wskazywane było wyłącznie jako przeszkoda do złożenia korekty.
46. Niezależnie od powyższego Naczelny Sąd Administracyjny zauważa, że Organ na etapie postępowania przed Sądem pierwszej instancji w sprawie, powołał się na istotną okoliczność faktyczną zmieniającą sytuację podatkowoprawną Dostawcy – wydanie decyzji ostatecznej, w której pomniejszono wartość podatku należnego o podatek nienależnie naliczony w spornych fakturach nieprawidłowo nieuwzględniających zasady odwrotnego obciążenia. Wbrew zarzutom skargi Spółki nie ma znaczenia, że zmiana okoliczności faktycznych "jest tylko wynikiem działania DIAS we Wrocławiu. Organ więc sam dokonał ww. "zmiany", a następnie powołał się na nią jako na okoliczność wyłączającą związanie" (str. 5 skargi). Istotny jest obiektywny skutek zaistniałych zmian okoliczności faktycznych, w wyniku której nieadekwatna pozostaje dotychczasowa ocena prawna (całkowicie lub częściowo) tudzież dotychczasowe wskazania co do dalszego postępowania w sprawie.
47. Sąd pierwszej instancji w zaskarżonym wyroku również nie uznał, że przedmiotowa decyzja wydana wobec Dostawcy nie ma znaczenia dla rozstrzygnięcia, ponieważ powołując się na okoliczność jej uchylenia przez WSA we Wrocławiu wyrokiem z 15 grudnia 2021 r. sygn. akt I SA/Wr 24/21 wskazał, że z uwagi na trwające postępowanie nie może tej okoliczności uwzględnić. Nie uznał zatem, że jest nieistotna. Zasadnie w tym zakresie, w skardze kasacyjnej Organ zarzucił naruszenie art. 125 § 1 pkt 1 w związku z art. 145 § 1 pkt 1 lit c P.p.s.a. w powiązaniu z art. 168 § 1 P.p.s.a. albowiem WSA w istocie uzależnił swoje stanowisko od wyniku innego toczącego się postępowania, ale nie uczynił tego w sposób formalny, co uczyniłoby jasnym dla stron postępowania, jaki charakter przypisuje okoliczności, na którą wskazał Organ.
48. Tymczasem wywód prawny, do którego odwołuje się WSA w zaskarżonym wyroku, powielając bezrefleksyjnie stanowisko zaprezentowane w wyroku w sprawie I SA/Wr 282/18 odnosi się do sytuacji, gdy zarówno podatek należy zapłacony przez Dostawcę, jak i naliczony niezwrócony Skarżącej pozostają "w dyspozycji" Skarbu Państwa. WSA powtórzył, że "nie ma żadnych możliwości, aby M. uzyskała od organu zwrot niesłusznie wpłaconych kwot z tytułu podatku VAT a w konsekwencji zwróciła nienależnie pobrany podatek Skarżącej" (str. 12 uzasadnienia wyroku), co pozostaje w sprzeczności z oceną stanu procedowania w sprawie Dostawcy.
49. Na etapie postępowania przed Naczelnym Sądem Administracyjnym wyjaśniła się także okoliczność statusu prawnego decyzji wydanej wobec Dostawcy, co do której WSA wskazał, że została uchylona. Istotna zmiana stanu faktycznego i prawnego, jaka nastąpiła po wydaniu wyroku NSA z 19 lipca 2024 r. sygn. I FSK 1178/22, który uchylił wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z 29 grudnia 2021 r. sygn. akt I SA/Wr 24/21 sprowadzała się do uznania, że nie doszło do przedawnienia zobowiązań podatkowych objętych kontrolowaną decyzją i sprawia, że ocena prawna, zgodnie z art. 153 P.p.s.a. stała się nieaktualna albowiem zmniejszenie w rozliczeniu Dostawcy podatku należnego nienależnie zapłaconego z tytułu spornych faktur stało się prawomocne.
50. Zasadnie na obecnym etapie postępowania Organ podnosi, że nie dysponuje już podatkiem należnym, który Dostawca powinien zwrócić Skarżącej. Jednocześnie akceptacja stanowiska Spółki co do kierowania żądania o zwrot podatku do organu podatkowego skutkować będzie brakiem opodatkowania VAT spornych dostaw. Wyrok TSUE w sprawie C-691/17 nie odnosi się do stanu prawnego, który zaistniał na moment wydawania zaskarżonego wyroku, gdzie Organ uwolnił już jedną stronę transakcji od obowiązku zapłaty błędnie określonego na fakturze podatku.
51. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego Skarżąca eksponująca konieczność zachowania wobec niej zasady skuteczności i proporcjonalności opodatkowania VAT i w tym kontekście konieczność kierowania żądania zwrotu podatku VAT do Organu, pomija efekt końcowy takiego zabiegu w postaci całkowitego braku opodatkowania spornych transakcji; Dostawca został już bowiem uwolniony od obowiązku zapłaty VAT należnego a Skarżąca oczekuje utrzymania jej prawa do odliczenia podatku zapłaconego – obecnie już nienależnie – od Skarbu Państwa.
52. Na podstawie art. 2 ust 1 lit. a Dyrektywy VAT opodatkowaniu VAT podlegają: odpłatna dostawa na terytorium państwa członkowskiego przez podatnika działającego w takim charakterze. W sprawie nie było sporu, że analizowane transakcje dostawy złomu złota pomiędzy Dostawcą a Skarżącą podlegają opodatkowaniu podatkiem VAT. Wspólny system VAT realizuje neutralność w zakresie ciężaru podatkowego całej działalności gospodarczej bez względu na cel czy rezultaty tej działalności, przy założeniu, że działalność ta co do zasady podlega opodatkowaniu VAT. Istota prawa do odliczenia pozostaje powiązana z zapłatą podatku należnego. Należy więc czuwać, by dana transakcja nie została poza opodatkowaniem albowiem skutek taki również narusza zasady opodatkowania tym podatkiem.
53. W tym kontekście, zaistnienie istotnie odmiennego stanu faktycznego i prawnego, nakładało obowiązek ponownej oceny okoliczności, które, jakkolwiek istniały w momencie wydawania poprzednich wyroków w sprawie, w tym wyroku sygn. akt I SA/Wr 282/18, to nie podlegały żadnej analizie w związku z ich pominięciem. Niesporna jest okoliczność, że od 2013 roku obie strony transakcji miały świadomość klasyfikacji statystycznej towaru objętego spornymi dostawami, co determinowało sposób opodatkowania dostaw na zasadzie odwrotnego obciążenia. Oba podmioty pozostawały powiązane kapitałowo i osobowo: Skarżąca była jedynym udziałowcem Dostawcy, którego Prezes pełnił funkcję wice prezesa Spółki. Dwie kolejne osoby pełniły funkcję wice prezesów zarządu w obu spółkach. Tak istotne powiązania wpływać muszą na ocenę działań (ich brak) podejmowanych w celu zweryfikowania wzajemnych rozliczeń w sposób, który wyeliminuje niekwestionowane przez obie strony transakcji nieprawidłowości.
54. Na obecnym etapie postępowania Skarżąca powołując się na zasadę neutralności podatku VAT wskazuje, że jedyną możliwą drogą realizacji jej uprawnień jest skierowanie żądania zwrotu podatku VAT wobec budżetu państwa, mimo, że powiązany podmiot został uwolniony od nienależnie naliczonego podatku należnego. Tymczasem w wyroku TSUE w sprawie C-691/17, w okoliczności faktycznych, w których budżet państwa dysponował zarówno nieprawidłowo naliczonym podatkiem należnym u wystawcy faktury jak i zatrzymanym zwrotem podatku naliczonego u nabywcy, jako wskazania do postępowania przed odmową prawa do odliczenia Trybunał wymienił przede wszystkim badanie, czy wystawca błędnej faktury mógł zwrócić odbiorcy nienależny VAT lub dokonać korekty. Ogólnikowe stwierdzenie, że nie było to możliwe z uwagi na stan permanentnych kontroli nie zostało w żaden sposób wykazane. Tymczasem Organ podniósł, że kontrole prowadzone wobec Dostawcy zakończyły się doręczeniem protokołu kontroli 25 czerwca 2014 r. (za kwiecień 2013 r.) oraz 5 stycznia 2015 r. (za miesiące od czerwca do sierpnia 2013 r.) i obejmowały swą treścią nieprawidłowości związane z wystawionymi fakturami. Nie kwestionowano ustalenia, że ani Dostawca, ani Skarżąca nie podjęli z własnej inicjatywy działań w celu zmiany nieprawidłowych rozliczeń. Wbrew zarzutom skargi przytaczanie i uwzględnianie okoliczności dotyczących Dostawcy w niniejszym postępowaniu jest uzasadnione o tyle, że powiązania osobowe sprawiały, że wiedzę co do błędnej praktyki opodatkowania dostaw u Dostawcy musiała mieć także Skarżąca.
55. Naczelny Sąd Administracyjny podziela stanowisko Organu, że Skarżąca ma możliwość wystąpić do Dostawcy z roszczeniem cywilnoprawnym albowiem przedawnienie (uwzględniane na zarzut w postępowaniu sądowym) nie wyklucza dobrowolnego zaspokojenia roszczeń cywilnoprawnych mimo ich przedawnienia. Szczególnie, że rozliczenia dotyczą podmiotów powiązanych kapitałowo i osobowo. Z pewnością uwzględnienie tej okoliczności podważa ocenę o nadmiernie utrudnionym lub niemożliwym odzyskaniu nienależnie zapłaconego podatku Dostawcy. W sytuacji, gdy Dostawca został uwolniony od nienależnie odprowadzonego VAT należnego uniemożliwianie zwrotu tego podatku Skarżącej może być klasyfikowane również np. w kategoriach deliktu. Oceny takiej nie można przeciwstawić niedogodnościom, które w odpowiedzi na skargę kasacyjną eksponuje Skarżącą dla wykazania, że Dostawca z pewnością powoła się na przedawnienie.
56. Odnosząc się do argumentacji Skarżącej o niewypłacalności Dostawcy, Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, że okoliczność ta, wobec ustalenia, że Dostawca został uwolniony od nienależnie zapłaconego podatku, nie ma istotnego znaczenia albowiem wywód TSUE w sprawie C-691/17, który powołał się na taką okoliczność jako przesłankę domagania się zwrotu podatku od Skarbu Państwa, nie odnosił się do takiego stanu faktycznego, jaki zaistniał w sprawie, gdy Skarb Państwa nie dysponuje już podatkiem nienależnie zapłaconym przez wystawcę faktury. Niezależnie od tego Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, że niesporna jest okoliczność, że Dostawca złożył jeszcze w grudniu 2020 roku wniosek o upadłość, który – co zostało przyznane na rozprawie – do chwili obecnej nie został rozstrzygnięty. Jednocześnie jedynym wierzycielem jest Skarb Państwa, co sprawia, że wniosek może nie zostać uwzględniony.
57. W kontekście powyższej oceny Naczelny Sąd Administracyjny uznał jako zasadny zarzut kasacyjny naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. c P.p.s.a. w związku z art. 133 § 1 i art. 134 § 1 P.p.s.a. oraz art. 191 O.p. i art. 187 § 1 O.p. ponieważ zebrany przez Organ materiał dowodowy dla oceny istotnych okoliczności faktycznych był zupełny i wystarczający do podjęcia merytorycznego rozstrzygnięcia.
58. Zarzuty kasacyjne opisane w pkt I p.pkt 4 petitum skargi kasacyjnej nie mogły mieć wpływu na wynik sprawy albowiem odnosiły się do stanu faktycznego sprzed wydania przez NSA wyroku z 19 lipca 2024 r sygn. akt I FSK 1178/22.
59. Naczelny Sąd Administracyjny uznał za uzasadniony zarzut kasacyjny naruszenia zaskarżonym wyrokiem art. 141 § 4 P.p.s.a. W uzasadnieniu wyroku, poza powtórzeniem tez z uzasadnienia wyroku w sprawie I SA/Wr 282/18, WSA nie ocenił argumentu Organu o istotnej zmianie stanu faktycznego i prawnego sprawy. Jednocześnie WSA w sposób wzajemnie sprzeczny z jednej strony powołał się na okoliczność, że decyzja, na którą powołał się Organ została uchylona wskazanym, nieprawomocnym wyrokiem WSA we Wrocławiu z 15 grudnia 2021 r. sygn. akt I SA/Wr 24/21, co sugerowałoby jej istotność z drugiej strony powtórzył stanowisko zawarte w wyroku I SA/Wr 282/18 nie dostrzegając, że nie przystaje ono do stanu faktycznego i zarzutów skargi. W tym zakresie zasadne pozostają także zarzuty Organu w zakresie braku wskazania przez WSA przepisów, które uznał za naruszone, z czym wiąże się brak wskazań co do dalszego postępowania i – wbrew stanowisku Skarżącej zawartemu w odpowiedzi na skargę kasacyjną – powołanie się wyłącznie na art. 153 P.p.s.a. nie mogło być uznane za wystarczające. Należy bowiem podnieść, że podstawą prawną uchylenia zaskarżonej decyzji był art. 145 § 2 pkt 1c P.p.s.a. (co sugeruje – z powodu braku tak opisanego przepisu, że chodziło o art. 145 § 1 pkt 1 lit. c P.p.s.a.) a więc naruszenie przepisów postępowania – co obligowało do wskazania, które przepisy zostały naruszone.
60. Powołane wyżej naruszenie art. 141 § 4 P.p.s.a. nie stało się jednak podstawą uchylenia zaskarżonego, wyroku albowiem Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że zachodzą warunki do wydania rozstrzygnięcia na podstawie art. 188 P.p.s.a. gdyż istota sprawy została dostatecznie wyjaśniona. Istotne okoliczności faktyczne sprawy dotyczą w istocie niespornych okoliczności faktycznych a kilkakrotne poddawanie decyzji kontroli przez sądy administracyjne, zakreśliły krąg wątpliwości interpretacyjnych w zakresie prawa materialnego.
61. Na obecnym etapie postępowania, co kilkakrotnie podkreślano nie mamy już do czynienia z sytuacją, która legła u podstaw stanowiska zajętego w wyroku I SA/Wr 282/18, wywodzącego z orzecznictwa TSUE prawo Skarżącej do kierowania prawa do zwrotu nienależnie zapłaconego Dostawcy podatku do Organu z uwagi na ziszczenie się przesłanki nadmiernie utrudnionego/niemożliwego dochodzenia zwrotu od Dostawcy. Zdaniem NSA gdyby w obecnym stanie faktycznym wystąpić z pytaniem prejudycjalnym do TSUE, czy Skarżąca zachowała w okolicznościach sprawy prawo do kierowania żądania zwrotu podatku do Skarbu Państwa wskazując, że rozliczenie dotyczy podmiotów ściśle powiązanych kapitałowo i osobowo, które od początku nie wykazały inicjatywy w doprowadzeniu do prawidłowego rozliczania transakcji, z których jeden - Dostawca został w efekcie całkowicie uwolniony przez organy podatkowe od obowiązku rozliczenia nieprawidłowo naliczonego podatku, a uwzględnienie żądania drugiego przyniosłoby ostateczny efekt braku opodatkowania odpłatnej, niespornej dostawy towaru podatkiem VAT w ogóle, stanowisko Trybunału, która zawsze opiera się na przedstawionych mu okolicznościach faktycznych, nie musiałoby pokrywać się ze stanowiskiem prezentowanym przez Spółkę.
62. Już w powołanym wielokrotnie wyroku TSUE w sprawie C-691/17, przy stanie sprawy, w którym organy podatkowe dysponowały podatkiem VAT należnym zapłaconym nieprawidłowo przez wystawcę faktury Trybunał akceptując odmowę podatnikowi prawa do odliczenia podatku od wartości dodanej, który przedsiębiorstwo to, jako usługobiorca, nienależnie zapłaciło dostawcy tych usług na podstawie faktury, którą dostawca ten sporządził zgodnie z ogólnym systemem podatku od wartości dodanej (VAT), podczas gdy właściwa transakcja podlegała mechanizmowi odwrotnego obciążenia - wskazał, że przed odmową prawa do odliczenia organ podatkowy winien zbadać, czy wystawca tej błędnej faktury mógł zwrócić jej odbiorcy nienależnie zapłaconą kwotę VAT oraz czy mógł on dokonać korekty tej faktury w ramach mechanizmu autokorekty zgodnie z właściwymi przepisami krajowymi, uzyskując na tej podstawie zwrot nienależnie zapłaconego przez niego na rzecz skarbu państwa podatku, lub organ podatkowy nie zdecydował sam zwrócić odbiorcy tej faktury podatku, który nienależnie zapłacił jej wystawcy i który ten ostatni zapłacił następnie nienależnie na rzecz skarbu państwa. Dopiero bezskuteczność wykorzystania takich możliwości potraktował, jako przesłankę dopuszczającą skierowanie swojego wniosku o zwrot bezpośrednio do organu podatkowego, gdyby zwrot VAT nieprawidłowo wykazanego na fakturze przez dostawcę usług na rzecz usługobiorcy okazał się nadmiernie utrudniony lub niemożliwy, w szczególności w wypadku niewypłacalności dostawcy. Każdorazowo podkreślić jednak należy, że Trybunał nie rozważał takiej możliwości w sytuacji, gdy podatek należny został już zmniejszony u dostawcy towaru. Stanowisko TSUE w rezultacie skutkowało pozostawieniem w ostatecznym rozrachunku Skarbowi Państwa podatku, który zamiast odbiorcy zapłacił dostawca. Jednak w niniejszej sprawie taka sytuacja nie zachodzi stąd kierowanie się wyłącznie stanowiskiem tego wyroku, co zaprezentował Sąd pierwszej instancji, nie ma uzasadnienia.
63. Odnosząc się do zarzutów kasacyjnych naruszenia prawa materialnego sformułowane jako niezastosowanie art. 17 ust 1 pkt 7 , art. 17 ust 2 i art. 17 ust 7 u.p.t.u. Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, że ich zastosowanie nie było w istocie przedmiotem sporu między stronami. Rozbieżność dotyczyła natomiast sposobu realizacji tego prawa z punktu widzenia Spółki. Odnosząc się do zarzutu błędnej wykładni art. 118 Kc, zgodnie z którym (w brzmieniu mającym zastosowanie w sprawie) jeżeli przepis szczególny nie stanowi inaczej, termin przedawnienia wynosi lat dziesięć, a dla roszczeń o świadczenia okresowe oraz roszczeń związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej - trzy lata, NSA nie uznał go za uzasadniony albowiem zarzut w tym zakresie (błędnej wykładni) nie został uzasadniony w skardze kasacyjnej. Zawarty w uzasadnieniu skargi kasacyjnej wywód odnosi się raczej do uchybień uzasadnienia wyroku Sądu pierwszej instancji, w którym WSA, bez szerszej analizy wskazał, że upłynął termin przedawnienia przewidziany w art. 118 K.c. co skutkowało – jego zdaniem - niemożnością dochodzenia zwrotu podatku od Dostawcy. Wydaje się, że spór co do trafności oceny WSA w tym zakresie powinien dokonywać się w oparciu o inne przepisy Kodeksu cywilnego, których ten Sąd nie wskazał wprost lecz opisał podnosząc brak zasadności stanowiska o niemożności dochodzenia roszczeń przez Spółkę na drodze cywilnoprawnej.
64. Mając na uwadze powyższe, Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 188 P.p.s.a. w związku z art. 151 P.p.s.a. uchylił zaskarżony wyrok w całości i oddalił skargę Spółki. O kosztach postępowania kasacyjnego orzekł na podstawie art. 209, art. 203 pkt 2 w związku z art. 205 § 2 P.p.s.a. w związku z § 2 pkt 7 i § 14 ust 1 pkt 1 lit. a oraz pkt 2 lit. a rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 22 października 2015 r w sprawie opłat za czynności radców prawnych (tj. Dz.U. z 2018 r. poz. 265).