4. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
4.1 Skarga kasacyjna wobec braku usprawiedliwionych podstaw podlegała oddaleniu. Zgodnie z art. 183 § 1 p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej, bierze jednakże z urzędu pod rozwagę nieważność postępowania. W niniejszej sprawie nie wystąpiła żadna z przesłanek nieważności postępowania, wymienionych enumeratywnie w art. 183 § 2 p.p.s.a., co oznacza związanie granicami skargi kasacyjnej.
4.2 W realiach niniejszej sprawy organ interpretacyjny uznał, co zakwestionował sąd pierwszej instancji, że otrzymywana przez wnioskodawcę rekompensata jest związana z realizacją usług przewozów w zakresie transportu zbiorowego w ramach zawartej umowy z gminą, czyli rekompensata ta ma bezpośredni wpływ na cenę usług świadczonych przez wnioskodawcę i na podstawie art. 29a ust. 1 ustawy o VAT stanowi podstawę opodatkowania VAT.
4.3 Naczelny Sąd Administracyjny, w realiach prawnych i faktycznych niniejszej sprawy, nie podziela stanowiska organu interpretacyjnego, zaprezentowanego konsekwentnie również w skardze kasacyjnej. Należy przy tym odnotować, że sporna w sprawie kwestia była już przedmiotem wyroków NSA, m.in. z 20 listopada 2024 r. I FSK 1881/22 czy z 29 listopada 2024 r. I FSK 1141/22 (dostępne na stronie http://orzeczenia.nsa.gov.pl/). Sąd w składzie rozpoznającym niniejszą sprawę podzielił stanowisko i argumentację w nich zawartą. Stanowi ona przejaw ugruntowanego kierunku orzeczniczego w zakresie wykładni przepisów art. 29a ust. 1 ustawy o VAT w zw. z art. 73 Dyrektywy 112 oraz wyroków TSUE w sprawie C-184/00, C-353/00 (zob. wyroki NSA z: 17 stycznia 2023 r., I FSK 780/19; 28 marca 2023 r., I FSK 974/22 oraz z: 7 listopada 2018 r., I FSK 1692/16; 27 sierpnia 2019 r., I FSK 1072/17; 30 stycznia 2019 r., I FSK 1673/16; 15 października 2020 r., I FSK 706/18; 27 maja 2021 r., I FSK 445/18; 15 czerwca 2021 r., I FSK 1629/19; 21 czerwca 2021 r., I FSK 1598/19; 22 czerwca 2021 r., I FSK 813/20, oraz z 12 października 2021 r., sygn. akt I FSK 1247/18 - dostępne na stronie http://orzeczenia.nsa.gov.pl/). Wynik tej wykładni każe przyjąć, że: 1) kluczowa dla uznania kwoty otrzymanego przez podatnika dofinansowania za składnik podstawy opodatkowania z tytułu dokonanej dostawy towarów lub świadczenia usług jest możliwość jednoznacznego przyporządkowania kwoty dofinansowania do konkretnej transakcji. Z okoliczności faktycznych transakcji musi wynikać, że dofinansowanie zostało udzielone przez podmiot trzeci jako część wynagrodzenia podatnika z tytułu konkretnej transakcji. W przypadku gdy taki bezpośredni związek nie istnieje należy uznać, że otrzymane przez podatnika dofinansowanie prowadzonej przez niego działalności nie powinno być uwzględniane w podstawie opodatkowania podatkiem od towarów i usług, nawet, jeśli dzięki opodatkowaniu efektywnie podatnik jest w stanie obniżyć cenę oferowanych towarów lub usług; 2) rekompensaty za świadczone usługi transportu zbiorowego nie mogą być uznane za dotacje, subwencje i inne dopłaty o podobnym charakterze, zaliczane do podstawy opodatkowania, o której mowa art. 29a ust. 1 ustawy o VAT. Rekompensaty te nie mają bowiem bezpośredniego wpływu na ceny za usługi świadczone przez spółkę (ceny za bilety). Celem rekompensat ma być przede wszystkim pokrycie strat związanych z tego rodzaju działalnością (ewentualnie uzyskanie rozsądnego zysku) i umożliwienie jej prowadzenia w tego rodzaju sytuacji. Także sposób przyznania tych rekompensat wskazuje, że stanowią one dopłatę o charakterze podmiotowym związaną z kosztami funkcjonowania spółki w zakresie, w jakim świadczy przewozy o charakterze użyteczności publicznej, a nie z cenami usług przewozowych, na które rekompensata nie oddziałuje.
4.4 Na tle kwestii dotyczących opodatkowania VAT rekompensaty, wypłacanej przez jednostkę samorządu terytorialnego, w kontekście włączenia jej do podstawy opodatkowania VAT wypowiedział się również TSUE w wyroku z 8 maja 2025 r. w sprawie o sygn. C-615/23. Wskazał, że rekompensata taka jak rozpatrywana w postępowaniu głównym nie jest wypłacana operatorowi konkretnie w celu świadczenia przez niego usługi transportowej na rzecz określonego usługobiorcy i nie ma wpływu na cenę, jaką ma zapłacić ten usługobiorca, ponieważ cena ta nie jest ustalana w taki sposób, że zmniejsza się proporcjonalnie do rekompensaty wypłacanej podmiotowi świadczącemu tę usługę. Rekompensata jest przyznawana a posteriori i jest niezależna od konkretnego korzystania z usług transportowych, lecz zależy od liczby oferowanych wozokilometrów. Taka rekompensata nie wchodzi zatem w zakres pojęcia "subwencji bezpośrednio związanych z ceną" w rozumieniu art. 73 dyrektywy VAT. Wniosku tego nie podważa fakt, że bez takiej rekompensaty, która pozwala na wyraźne obniżenie ceny świadczonej usługi, cena biletów dla odbiorców tej usługi musiałaby być wyższa. Każda dotacja siłą rzeczy może mieć wpływ na kalkulację cen, niezależnie od tego, czy jest ona dokonywana przez beneficjenta dotacji, czy też przez organizatora wypłacającego rzeczoną dotację. Sam fakt, że finansowanie może mieć wpływ na cenę towarów dostarczanych lub usług świadczonych przez podmiot otrzymujący to finansowanie, nie wystarcza, aby objąć to finansowanie opodatkowaniem jako subwencji bezpośrednio związanej z ceną w rozumieniu art. 73 dyrektywy VAT. Dodatkowo TSUE wyjaśnił, że w wyroku z 27 marca 2014 r., Le Rayon d'Or, C-151/13 istniał bezpośredni związek między świadczeniami z tytułu opieki zdrowotnej na rzecz pensjonariuszy zakładu opiekuńczo-leczniczego dla osób niesamodzielnych w podeszłym wieku a świadczeniem finansowym wypłacanym w zamian temu zakładowi, ustalonym w zależności od uzyskanej opieki i liczby zainteresowanych pensjonariuszy. W rozpoznawanej sprawie natomiast z usług publicznego transportu zbiorowego nie korzystają osoby, które można wyraźnie zidentyfikować, lecz wszyscy potencjalni pasażerowie. Ponadto rekompensata jest obliczana bez uwzględniania tożsamości i liczby użytkowników świadczonej usługi. Dlatego art. 73 dyrektywy VAT należy interpretować w ten sposób, że zryczałtowana rekompensata wypłacana przez jednostkę samorządu terytorialnego przedsiębiorstwu świadczącemu usługi publicznego transportu zbiorowego i mająca na celu pokrycie strat poniesionych w ramach świadczenia tych usług nie wchodzi w zakres podstawy opodatkowania tego przedsiębiorstwa.
4.5 Podzielając stanowisko wyrażone w powołanym wyżej orzecznictwie oraz kierując się tezami wyroku TSUE w sprawie C-615/23 należało stwierdzić, że ocena prawna sądu pierwszej instancji nie została w skardze kasacyjnej podważona przez organ interpretacyjny. Ze stanu faktycznego przedstawionego przez spółkę wynika, że otrzymuje ona rekompensatę w oparciu o umowę o świadczenie usług przewozowych w ramach publicznego transportu zbiorowego - komunikacji miejskiej. Na podstawie umowy wykonawczej wykonuje zadanie własne gminy w zakresie lokalnego transportu zbiorowego organizowanego przez gminę. Ceny urzędowe za wykonywane przez spółkę zadanie własne (prowadzoną działalność gospodarczą), czyli przewóz osób w ramach publicznego transportu zbiorowego, ustala rada gminy w formie uchwały. Finansowanie miejskiego transportu zbiorowego przychodami z biletów nie rekompensuje kosztów prowadzonej przez spółkę w tym zakresie działalności gospodarczej. Spółka otrzymuje od organizatora rekompensatę na pokrycie kosztów działalności, pomniejszoną o dochody wygenerowane podczas wykonywania powierzonego zadania własnego gminy (prowadzonej działalności gospodarczej). Rekompensata ta nie ma bezpośredniego wpływu na kwotę należną - cenę świadczonych usług dla konsumenta, nie stanowi dopłaty do ceny świadczonej usługi, a jej istotą jest jedynie pokrycie kosztów działalności gospodarczej powierzonej do wykonania, stanowiącej statutowe zadanie spółki i będące także jednym z zadań własnych gminy.
4.6 W realiach faktycznych sprawy należało uznać, że rekompensata nie stanowi bezpośredniej dopłaty związanej z wykonywaniem zadań powierzonych umową, gdyż nie wpływa wprost na wysokość ceny usług oferowanych przez spółkę - wykonywanie usług publicznego transportu zbiorowego. Celem tej rekompensaty jest działalności spółki. Wskazać należy, na co zwrócił uwagę również sąd pierwszej instancji, że ceny biletów pozostają poza sferą wpływów skarżącej - są ustalane jednostronnie przez radę miejską w drodze uchwały. Rekompensata nie wpływa zatem bezpośrednio na cenę usługi, z jakiej klient (pasażer) może skorzystać. Oznacza to, że rekompensata ma charakter ogólny, a jej celem jest wyłącznie dotowanie ogólnej działalności spółki. Tym samym, w okolicznościach analizowanej sprawy, nie da się powiązać tej rekompensaty z konkretnymi czynnościami podlegającymi opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług i nie jest ona uzależniona od ilości i wartości świadczonych usług, a tym samym nie stanowi obrotu w rozumieniu art. 29a ust. 1 ustawy o VAT. W konsekwencji prawidłowo sąd pierwszej instancji, wobec uznania w zaskarżonym wyroku, że doszło do naruszenia przez organ interpretacyjny art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, uchylił interpretację indywidualną. Niezasadny zatem okazał się zarzut skargi kasacyjnej dotyczący naruszenia przepisów prawa materialnego.
4.7 Konsekwencją akceptacji stanowiska sądu pierwszej instancji w zakresie wykładni i zastosowania przepisu art. 29a ust. 1 ustawy o VAT był brak podstaw do uznania zasadności zarzutów naruszenia przepisów art. 106a pkt 1 i art. 106b ust. 1 ustawy o VAT w związku z art. 141 § 4 p.p.s.a. oraz art. 153 p.p.s.a. Przepis art. 141 § 4 p.p.s.a. określa wymogi, jakim winno odpowiadać uzasadnienie wyroku, nakładając na sąd obowiązek przedstawienia w sposób zwięzły stanu sprawy, zarzutów podniesionych w skardze, stanowisk pozostałych stron, podstawy prawnej rozstrzygnięcia oraz jej wyjaśnienia. Stawiając zarzut naruszenia tego przepisu, strona skarżąca winna wskazać, jakich elementów uzasadnienie wyroku nie zawiera, bądź które z nich są na tyle lakoniczne, że nie pozwalają na prześledzenie toku rozumowania sądu, który doprowadził go do wydania rozstrzygnięcia określonej treści. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego, zaskarżony wyrok spełnia wszystkie wymogi przewidziane w art. 141 § 4 p.p.s.a., a wywody uzasadnienia wskazują jednoznacznie na stan faktyczny przyjęty jako podstawa faktyczna wyroku. Brak natomiast akceptacji przez stronę skarżącą sposobu rozstrzygnięcia sprawy i argumentacji sądu nie stanowi naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a., a co za tym idzie, nie może być podstawą uchylenia wyroku.
W odniesieniu z kolei do zarzutu naruszenia art. 153 p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że wyrażenie sądu pierwszej instancji, że "w ponownie przeprowadzonym postępowaniu organ wyda interpretację uwzględniającą wyżej przedstawioną ocenę prawną dotyczącą pytania nr 1, a w konsekwencji również interpretację dotyczącą pytania nr 2", jest w okolicznościach w sprawy jasne i nie wymagało szerszego uzasadnienia. Oczywiste jest bowiem, że wyrażona przez sąd pierwszej instancji ocena prawna w zakresie przepisu art. 29a ust. 1 ustawy o VAT determinowała brak zastosowania przepisów związanych z obowiązkiem wystawienia faktur VAT. Niewątpliwie taką zależność dostrzegł również organ interpretacyjny, który konstruując zarzuty skargi kasacyjnej wskazał, że otrzymanie przez gminę podlegającej VAT rekompensaty powinno być dokumentowane fakturą wystawioną na rzecz gminy. A contrario więc brak opodatkowania nie rodzi takiego obowiązku.
4.9 W konsekwencji, skoro podniesione przez organ interpretacyjny zarzuty kasacyjne okazały się nieusprawiedliwione, Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 184 p.p.s.a., oddalił skargę kasacyjną. O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 204 pkt 2 p.p.s.a. w zw. z art. 205 § 2 p.p.s.a. i w zw. z § 14 ust. 1 pkt 2 lit. b i § 14 ust. 1 pkt 1 lit. c rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (j. t. Dz. U. z 2018 r. poz. 265 ze zm.).