Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
3. Skarga jest niezasadna.
4.1. Istota sporu sprowadza się do ustalenia, czy opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług podlegają rekompensaty (dopłaty) otrzymywane przez Gminę od Miasta w postaci środków finansowych na pokrycie kosztów prowadzenia zadań z zakresu publicznego transportu zbiorowego dotyczących przewozu osób i bagażu komunikacją autobusową na terenie Miasta na liniach organizowanych przez Gminę, a obsługujących obszar Miasta na podstawie porozumienia międzygminnego zawartego przez Gminę z Miastem. Uczestnicy tego porozumienia zobowiązali się do dokonywania dopłaty stanowiącej zwrot kosztów z tytułu realizacji tych zadań na swoim terenie, na podstawie faktycznie wykonanej pracy przewozowej (liczby wozokilometrów).
4.2. Gmina stanęła na stanowisku, że w relacji Gmina – Miasto, Gmina nie występuje jako podatnik VAT, gdyż podstawa dopłaty ma charakter publicznoprawny, a nadto Gmina nie realizuje na rzecz Miasta odpłatnych usług przewozowych, a otrzymana dotacja (dopłata) nie stanowi wynagrodzenia z tego tytułu, przy czym przedmiotowa rekompensata (dotacja) stanowi dofinansowanie ogólne, na pokrycie kosztów działalności Gminy w zakresie realizacji ustawowych zadań związanych z transportem zbiorowym i nie podlega spornemu opodatkowaniu.
4.3. W ocenie organu otrzymana rekompensata od gminy ościennej na pokrycie kosztów usług publicznego transportu zbiorowego, stanowi odpłatność za świadczenie usług na jej rzecz, co wynika z zawartego porozumienia, co wpisuje się w definicję odpłatnego świadczenia usług, a tym samym Gmina działając jako organ władzy publicznej występuje w tym przypadku jako podatnik VAT, zaś otrzymane kwoty są objęte tym podatkiem. Ponadto organ stwierdził, że sporna dotacja stanowi pokrycie ceny świadczonych usług i wpływa bezpośrednio na ich wartość jako wynagrodzenie od podmiotu trzeciego za świadczone usługi i przez to stanowi podstawę opodatkowania, o której w art. 29a ust. 1 ustawy o PTU.
4.4. Sąd pierwszej instancji, uchylając zaskarżoną interpretację indywidualną, przychylił się do stanowiska prezentowanego przez Gminę, stwierdzając, że w stanie faktycznym opisanym we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej refundacja (dotacja) nie może być uznana za dotację, subwencję lub inne dopłaty o podobnym charakterze, zaliczane do podstawy opodatkowania w myśl art. 29a ust. 1 ustawy o PTU, gdyż nie ma bezpośredniego wpływu na ceny dostarczanych towarów lub świadczonych usług. Skoro przedmiotowa dopłata związana jest z kosztami funkcjonowania Gminy w zakresie, w jakim na podstawie zawartego porozumienia organizuje ona publiczny transport zbiorowy na terenie Miasta i nie jest przeznaczona na sfinansowanie części ustalonej ceny usługi przewozowej to nie powinna być uwzględniona w podstawie opodatkowania.
5.1. Stanowisko Sądu pierwszej instancji jest prawidłowe.
5.2. Kwestia oceny, czy otrzymywane przez gminę świadczenie od ościennych gmin i powiatów – na podstawie zawartego porozumienia – z tytułu organizacji na ich terenie publicznego transportu miejskiego, stanowi wynagrodzenie za odpłatne świadczenie usług było już przedmiotem rozważań w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego. Sąd, w składzie orzekającym w tej sprawie, podziela stanowisko zaprezentowane przez Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 19 września 2025 r., I FSK 1149/22 (a także w wyrokach z dnia 27 maja 2025 r., I FSK 262/22, z dnia 25 września 2019 r., I FSK 637/17 czy z dnia 31 marca 2022 r., I FSK 2483/18).
5.3. W wyrokach tych stwierdzono, że wykonywanie zadań publicznych często realizowane jest w drodze współdziałania pomiędzy jednostkami samorządu terytorialnego (art. 10 ust. 1 ustawy o samorządzie gminnym), którego jedną z form jest porozumienie międzygminne uregulowane w art. 74 tej ustawy, zgodnie z którym gminy mogą zawierać porozumienia międzygminne w sprawie powierzenia jednej z nich określonych przez nie zadań publicznych (ust. 1). Gmina wykonująca zadania publiczne objęte porozumieniem przejmuje prawa i obowiązki pozostałych gmin, związane z powierzonymi jej zadaniami, a gminy te mają obowiązek udziału w kosztach realizacji powierzonego zadania (ust. 2). Celem takich porozumień jest głównie dobrowolne przejęcie przez jedną ze stron porozumienia określonych przez nie zadań publicznych, a w ślad za tym praw i obowiązków pozostałych uczestników porozumienia. Jednostka samorządu terytorialnego na podstawie takiego porozumienia przejmuje prawa i obowiązki drugiej strony umowy porozumienia, a jednostka samorządu terytorialnego zlecająca te zadania jest zobowiązana do udziału w kosztach ich realizacji (w formie dotacji celowej). Zawarcie porozumienia skutkuje przeniesieniem obowiązku realizacji zadań publicznych z jednej jednostki samorządu terytorialnego na inną. Co jednak wypada szczególnie podkreślić, porozumienie takie jest czynnością prawa administracyjnego, za czym mogą przemawiać określona sytuacja stron, tryb jego zawierania i jego istotne elementy oraz zadania objęte treścią porozumienia mieszczące się w zakresie spraw postawionych przez ustawę przed jednostkami samorządu terytorialnego.
5.4. Z powyższych względów stosunek prawny łączący gminy, które zawarły porozumienie w trybie art. 74 ustawy o samorządzie gminnym, nie może być rozpatrywany jako stosunek, na podstawie którego następuje wymiana świadczeń wzajemnych, pozwalających na ich opodatkowanie, nie można zwłaszcza zasadnie twierdzić, że przekazywane Gminie dotacje mają charakter wynagrodzenia za odpłatnie świadczone usługi. Jest to bowiem instytucja prawa publicznego, w ramach której gminy realizują ciążące na nich ustawowo zadania własne z zakresu organizacji komunikacji miejskiej i co oczywiste partycypują w kosztach ich realizacji (wyrok NSA z dnia 25 września 2019 r., sygn. I FSK 637/17).
5.5. Mając na uwadze powyższe rozważania, nie sposób przyznać racji stanowisku przedstawionemu w skardze kasacyjnej, że otrzymywana przez Gminę dotacja będzie miała wpływ na cenę świadczonych usług przez przewoźników. Przedmiotowa dotacja umożliwia realizację zadania własnego gminy, jakim jest organizacja transportu publicznego, a więc poza samym przewozem osób obejmuje również stworzenie i utrzymanie szeroko pojętej infrastruktury, a także bieżący nadzór nad szeregiem aspektów organizacyjnych związanych z owym zadaniem własnym.
5.6. Reasumując, dofinansowanie związane jest z kosztami funkcjonowania skarżącej w zakresie, w jakim na podstawie porozumienia organizuje ona publiczny transport zbiorowy na terenie Gminy i Miasta. Nie jest ono natomiast przeznaczone na sfinansowanie części ustalonej ceny usługi przewozowej, a w rezultacie nie powinno być uwzględniane w podstawie opodatkowania.
5.7. Biorąc powyższe pod uwagę, za chybione należało uznać zarzuty skargi kasacyjnej dotyczące naruszenia przez Sąd pierwszej instancji przepisów prawa materialnego, tj. art. 15 ust. 6 w zw. z art. 15 ust. 1 i ust. 2 oraz art. 29a ust. 1 w zw. z art. 5 ust. 1 pkt 1 oraz w zw. z art. 8 ust. 1 ustawy o PTU w zw. z art. 73 Dyrektywy 112.
6.1. Na uwzględnienie nie zasługuje też zarzut naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a. w zw. z art. 153 p.p.s.a. Zdaniem organu przepisy te naruszono poprzez brak wskazania podstawy prawnej oraz prawidłowo sporządzonego wyjaśnienia podstawy prawnej rozstrzygnięcia podjętego przez WSA, co w konsekwencji uniemożliwia organowi poznanie motywów, jakimi kierował się WSA podejmując swoje rozstrzygnięcie.
6.2. Zgodnie z art. 141 § 4 p.p.s.a. uzasadnienie wyroku powinno zawierać zwięzłe przedstawienie stanu sprawy, zarzutów podniesionych w skardze, stanowisk pozostałych stron, podstawę prawną rozstrzygnięcia oraz jej wyjaśnienie. Jeżeli w wyniku uwzględnienia skargi sprawa ma być ponownie rozpatrzona przez organ administracji, uzasadnienie powinno ponadto zawierać wskazania co do dalszego postępowania. Wadliwość uzasadnienia wyroku może stanowić przedmiot skutecznego zarzutu kasacyjnego z art. 141 § 4 p.p.s.a. w sytuacji, gdy sporządzone jest ono w taki sposób, że niemożliwa jest kontrola instancyjna zaskarżonego wyroku. Funkcja uzasadnienia wyroku wyraża się bowiem i w tym, że jego adresatem, oprócz stron, jest także Naczelny Sąd Administracyjny. Tworzy to więc po stronie wojewódzkiego sądu administracyjnego obowiązek wyjaśnienia motywów podjętego rozstrzygnięcia w taki sposób, który umożliwi przeprowadzenie kontroli instancyjnej zaskarżonego orzeczenia w sytuacji, gdy strona postępowania zażąda, poprzez wniesienie skargi kasacyjnej, jego kontroli. A zatem, uzasadnienie wyroku powinno być tak sporządzone, aby wynikało z niego, dlaczego sąd uznał zaskarżone orzeczenie za zgodne lub niezgodne z prawem, a zarzut uchybienia temu wymogowi jest uzasadniony w sytuacji, gdy sąd pierwszej instancji nie wyjaśni w sposób adekwatny do celu, jaki wynika z przepisu art. 141 § 4 p.p.s.a., dlaczego nie stwierdził w rozpatrywanej sprawie naruszenia przez organy administracji przepisów prawa materialnego, ani przepisów procedury w stopniu, który mógłby mieć wpływ na treść rozstrzygnięcia.
6.3. Mając na uwadze przedstawione wyjaśnienia należy stwierdzić, że zaskarżony wyrok nie narusza art. 141 § 4 p.p.s.a. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego nie ulega wątpliwości, że uzasadnienie zaskarżonego wyroku umożliwia jego kontrolę instancyjną. Sąd pierwszej instancji wykonał ciążący na nim obowiązek i w sposób jasny oraz spójny logicznie wyjaśnił motywy podjętego rozstrzygnięcia. Z uzasadnienia wyroku wynika w szczególności, dlaczego sąd uznał zaskarżoną interpretację za niezgodną z prawem.
6.4. Nie sposób zgodzić się z Autorem skargi kasacyjnej, że Sąd nie wskazał podstawy prawnej i jej nie wyjaśnił, co w konsekwencji uniemożliwia organowi poznanie motywów, jakimi kierował się WSA podejmując swoje rozstrzygnięcie. Sąd pierwszej instancji powołał stosowne przepisy ustawy o PTU i dokonał w ich kontekście oceny stanu faktycznego, powołując się na aktualne orzecznictwo NSA. Żadnych wątpliwości nie budzi też konkluzja zawarta w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku, w której Sąd jednoznacznie stwierdził, że w sytuacji opisanej we wniosku, przedmiotowa refundacja (dotacja) nie może być uznana za dotację, subwencję lub inne dopłaty o podobnym charakterze, zaliczane do podstawy opodatkowania w myśl art. 29a ust. 1 ustawy o PTU, gdyż nie ma bezpośredniego wpływu na ceny dostarczanych towarów lub świadczonych usług. Tak sformułowana teza nie pozostawia żadnych wątpliwości co do kierunku, w jakim wniosek skarżącej Gminy winien być ponownie rozpatrzony.
7. Z tych względów Naczelny Sąd Administracyjny – uznając, że skarga kasacyjna nie dostarcza uzasadnionych podstaw do uwzględnienia zawartych w niej żądań, działając na podstawie art. 184 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2024 r., poz. 935) – orzekł, jak w sentencji wyroku.
8. O zwrocie kosztów postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 204 pkt 2 w zw. z art. 205 § 2 p.p.s.a. w zw. z § 14 ust. 1 pkt 2 lit. b oraz § 14 ust. 1 pkt 1 lit. c rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (t.j. Dz. U. z 2023 r., poz. 1935).
Sędzia WSA (del.) Sędzia NSA Sędzia NSA
Dominik Mączyński Bartosz Wojciechowski Danuta Oleś