Wyrok NSA z dnia 16 grudnia 2025, sygn. I FSK 12/24

Sygnatura: I FSK 12/24
Data orzeczenia: 16 grudnia 2025
Sąd: Naczelny Sąd Administracyjny (NSA)
Status: Prawomocne
Podatnik: spółka z o.o.

Streszczenie

Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością złożyła deklarację VAT-7 za sierpień 2019 r., wykazując nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu w terminie 60 dni (do 25 listopada 2019 r.). Termin zwrotu był wielokrotnie przedłużany przez organy podatkowe z uwagi na prowadzoną kontrolę celno-skarbową za okres lipiec–wrzesień 2019 r. Kontrola, wszczęta 18 listopada 2019 r., zakończyła się 30 grudnia 2021 r. wynikiem z 22 grudnia 2021 r. Wynik kontroli stwierdził nieprawidłowości w odliczeniu podatku z faktur za usługi niematerialne świadczone przez powiązaną spółkę S. S.A. – uznano, że faktury nie dokumentowały rzeczywistych zdarzeń, co pozbawiło Spółkę prawa do odliczenia 13 800 zł VAT miesięcznie. Innych nieprawidłowości nie…

stwierdzono. Postanowieniem z 22 lutego 2022 r. kontrola została przekształcona w postępowanie podatkowe. W dniu 4 marca 2022 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego przedłużył termin zwrotu za sierpień 2019 r. do 30 września 2022 r., powołując się na dalszą konieczność weryfikacji. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej utrzymał to postanowienie w mocy. Spółka kwestionowała zasadność przedłużenia terminu zwrotu całej kwoty nadwyżki VAT, podnosząc m.in., że organy nie uprawdopodobniły obiektywnych przesłanek, a po zakończeniu kontroli celno-skarbowej i wydaniu wyniku, który zakwestionował jedynie część odliczeń, dalsze wstrzymywanie całości zwrotu jest nieproporcjonalne i stanowi instrumentalne wykorzystanie instytucji przedłużenia terminu. Spółka zarzuciła naruszenie art. 87 ust. 1 i 2 ustawy o VAT, a także przepisów postępowania – art. 122, 187 § 1, 144 § 5 i 217 § 1 pkt 4 Ordynacji podatkowej. Naczelny Sąd Administracyjny uchylił wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach oraz postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej. NSA uznał, że organy przedłużając termin zwrotu całości kwoty, nie uwzględniły treści wyniku kontroli, z którego wynikało, że sporna jest jedynie część zwrotu – odliczenia z faktur S. S.A. Przepis art. 87 ust. 2 ustawy o VAT nie zezwala na automatyczne wstrzymanie zwrotu w całości, gdy wątpliwości dotyczą tylko wycinka rozliczeń. Przedłużenie terminu zwrotu jest wyjątkiem i wymaga proporcjonalnego ograniczenia do kwoty rzeczywiście spornej. W pozostałym zakresie zarzuty procesowe (dotyczące doręczeń i podstawy prawnej) nie zostały uznane za naruszenia mające wpływ na wynik sprawy. NSA nakazał ponowne rozpoznanie sprawy z uwzględnieniem przedstawionej wykładni.

jeszcze 235 słów

Pełne streszczenie po zalogowaniu

Streszczenie AI to nasza wartość dodana — zaloguj się lub załóż konto, aby zobaczyć pełną analizę.

Zaloguj się Wypróbuj za darmo

Sentencja

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Roman Wiatrowski, Sędzia NSA Izabela Najda-Ossowska (sprawozdawca), Sędzia WSA del. Elżbieta Olechniewicz, Protokolant Katarzyna Wojnarska, po rozpoznaniu w dniu 16 grudnia 2025 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej K. sp. z o.o. z siedzibą w B. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach z dnia 31 maja 2023 r., sygn. akt I SA/Gl 1377/22 w sprawie ze skargi K. sp. z o.o. z siedzibą w B. na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Katowicach z dnia 16 sierpnia 2022 r., nr [...] w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w podatku od towarów i usług za sierpień 2019 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości, 2) uchyla zaskarżone postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Katowicach z dnia 16 sierpnia 2022 r., nr [...], 3) zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Katowicach na rzecz K. sp. z o.o. z siedzibą w B. kwotę 1.037 (słownie: jeden tysiąc trzydzieści siedem) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania za obie instancje.

Uzasadnienie

1. Wyrokiem z 31 maja 2023 r., sygn. akt I SA/Gl 1377/22, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach (dalej: WSA/Sąd pierwszej instancji), oddalił skargę K. Sp. z o.o. z siedzibą w B. (dalej: Skarżąca/Spółka) na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Katowicach (dalej: Organ) z 16 sierpnia 2022 r. w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w podatku od towarów i usług za sierpień 2019 r.

2. Sąd pierwszej instancji w uzasadnieniu wyroku wskazał, że 25 września 2019 r. wpłynęła do Organu deklaracja Spółki VAT-7 za sierpień 2019 r. z wykazaną kwotą nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy w terminie 60 dni, termin zwrotu upływał 25 listopada 2019 r. i był przedłużany kolejnymi postanowieniami. Następnie 18 listopada 2019 r. Naczelnik Śląskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Katowicach (dalej: NUCS) wszczął wobec Spółki kontrolę celno-skarbową za okresy od 1 lipca 2019 r. do 30 września 2019 r. w zakresie rzetelności deklarowania podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku od towarów i usług oraz ustalenia zasadności zwrotu różnicy podatku. Ostatecznym postanowieniem z 9 listopada 2021 r., termin jej zakończenia został wyznaczony na 31 grudnia 2021 r. Poczynione w toku kontroli ustalenia wykazały, że Skarżąca prowadziła działalność gospodarczą polegającą na zakupie węgla od spółek z Polskiej Grupy Górniczej, a w dalszej kolejności na jego odsprzedaży, a następnie kolejnego zakupu i dalszej odsprzedaży do podmiotów gospodarczych na terenie kraju oraz w ramach wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów. Z uwagi na powyższe NUCS uznał, że zgromadzony wówczas materiał dowodowy nie jest jeszcze kompletny, zaistniała konieczność wystosowania zapytań do zagranicznych organów podatkowych w celu weryfikacji poprawności rozliczeń Spółki z zagranicznymi kontrahentami oraz przeprowadzenie innych dowodów mających na celu zbadanie rzetelności dokonanego rozliczenia podatku od towarów i usług w okresie objętym kontrolą celno-skarbową (w tym wystosowanie do Spółki, jej kontrahentów i przewoźników wezwań o przedłożenie dokumentów dotyczących wzajemnych transakcji handlowych oraz rozliczeń, złożenie wyjaśnień odnośnie dokumentów pozyskanych przy odpowiedziach na SCAC i dokonanych przewozów towarów). Kontrola celno-skarbowa została zakończona 30 grudnia 2021 r. doręczeniem Spółce wyniku kontroli z 22 grudnia 2021 r.

3. Postanowieniem z 4 marca 2022 r. Naczelnik Pierwszego Śląskiego Urzędu Skarbowego w Sosnowcu (dalej: NUS) przedłużył kolejny raz termin zwrotu. W uzasadnieniu wskazał, że w wyniku dotychczas przeprowadzonych czynności stwierdzono, że prowadzona przez Spółkę działalność budzi wątpliwości. Wskazał, że w toku kontroli celno-skarbowej nie przedstawiono żadnych dowodów potwierdzających wykonanie i poniesienie usług niematerialnych. W ocenie NUS w celu ustalenia stanu faktycznego sprawy, konieczne było zgromadzenie dodatkowego materiału dowodowego, a organ nie dysponował pełnym materiałem dowodowym odnośnie rozliczenia za wcześniejsze okresy rozliczeniowe, poprzedzające sierpień 2019 r., które mają ścisłe powiązanie ze sobą. Spółka dokonywała transakcje z udziałem zagranicznych kontrahentów oraz w zakresie nabycia usług niematerialnych w każdym z następujących po sobie okresów rozliczeniowych były one dokonywane w sposób ciągły, na bardzo duże wartości przybierając ten sam schemat fakturowania i współpracy. NUS zwrócił uwagę, że zgromadził w toku prowadzonej kontroli obszerny materiał dowodowy, a zagadnienia poddane przez niego analizie były złożone podobnie, jak struktura działalności Skarżącej. Tym samym, w dalszym ciągu zachodziła wówczas konieczność ustalenia prawidłowości przebiegu przedmiotowych transakcji z dostawcami Spółki i odbiorcami, a także sprawdzenia zgodności rozliczeń Skarżącej z faktycznym przebiegiem tych transakcji.

4. Wskazanym na wstępie postanowieniem z 16 sierpnia 2022 r. Organ utrzymał w mocy postanowienie NUS. W uzasadnieniu wskazał, że NUS przedstawił przesłanki wskazujące na konieczność dalszego prowadzenia czynności sprawdzających, co jest podstawą przedłużenia terminu zwrotu. Spółka w złożonych deklaracjach VAT-7 za poszczególne miesiące 2019 r. wykazywała zwroty bezpośrednie na bardzo duże wartości. Wskazał, że organ pierwszej instancji wydał postanowienia w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu kwoty zadeklarowanej nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za lipiec, wrzesień, październik 2019 r. W terminie przypisanym dla tego zwrotu NUS nie dysponował jeszcze dowodami, które mogłyby potwierdzić prawidłowość dokonanego przez Spółkę rozliczenia w związku z prowadzoną weryfikacją. Zatem uzasadnione było przedłużenie terminu zwrotu różnicy podatku naliczonego nad należnym wykazanej w deklaracji VAT-7 za ten okres rozliczeniowy do daty wskazanej przez NUS w postanowieniu. Odnosząc się do kwestii prawidłowości doręczenia korespondencji pełnomocnikowi Spółki pocztą zamiast elektronicznie, Organ wskazał, że było to wynikiem braku dopełnienia obowiązku podania adresu elektronicznego przez pełnomocnika.

5. Sąd pierwszej instancji oddalając skargę na powyższe postanowienie wskazał, w wydanych w sprawie postanowieniach organy przedstawiły konkretne przyczyny przedłużenia terminu zwrotu. Podkreślił, że bezsprzecznym jest, iż zwrot wykazany w złożonej za sierpień 2019 r. deklaracji VAT-7 nie jest oczywisty. Jak bowiem wskazuje zebrany w sprawie materiał dowodowy, powstała m.in. wątpliwość co do rzetelności transakcji zawartych z kontrahentem S. S.A. (dalej: S.) liderem grupy, z tytułu świadczonych przez niego usług o charakterze niematerialnym, w stosunku do których nie przedstawiono w toku kontroli celno-skarbowej żadnych zmaterializowanych dowodów potwierdzających ich wykonanie. Prawidłowo w ocenie WSA w sprawie wskazano, że do czasu zakończenia weryfikacji zasadności zwrotu podatku od towarów i usług za poszczególne w deklaracjach okresy rozliczeniowe 2019 roku, brak było możliwości potwierdzenia zasadności zwrotu podatku. WSA uznał, że nie doszło do naruszenia art. 217 § 1 pkt 4 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2021 r., poz. 1540 ze zm., dalej: O.p.).

6. W skardze kasacyjnej Skarżąca, zaskarżyła powyższy wyrok w całości, zarzucając w oparciu o art. 174 pkt 1 i 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2022 r. poz. 329, z późn. zm. dalej: P.p.s.a.) naruszenie:

I. Przepisów postępowania, tj.:

1) art. 151 oraz art. 133 § 1, art. 134 § 1 oraz art. 141 § 4 P.p.s.a. przez wadliwą kontrolę działalności organów podatkowych, w tym wynikającą z błędnego rozpoznania stanu faktycznego sprawy przyjętego za organami podatkowymi, i w rezultacie błędnej oceny prawnej przez WSA okoliczności sprawy, bez powiązania z aktami i zgromadzonymi w nich dowodami, co odzwierciedla treść uzasadnienia skarżonego wyroku, co miało wpływ na wynik sprawy, skutkując oddaleniem skargi na skarżone postanowienie Organu:

a) przez wadliwe rozpoznanie przez WSA zarzutów wniesionej skargi, oraz całkowicie dowolną w tym zakresie ocenę prawną przyjętych za organami podatkowymi okoliczności faktycznych sprawy, dokonaną bez powiązania jej ze zgromadzonym materiałem dowodowym, co dotyczyło zarzutów naruszenia przez organy obu instancji przepisów art. 122 i art. 187 § 1 O.p. w związku z art. 87 ust. 1 i 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 roku (Dz.U. z 2022 r. poz. 931 ze zm., dalej: u.p.t.u.):

w zakresie skutkującym brakiem uprawdopodobnienia istnienia obiektywnych przesłanek przesuwania terminu zwrotu postanowieniem z 4 marca 2022 r., wobec przeprowadzonych czynności sprawdzających, w toku których nie ustalono nieprawidłowości w rozliczeniach podatku VAT Spółki, i jedynie bezrefleksyjnego ograniczania się organów podatkowych do powielania argumentacji przywoływanej przez organ prowadzący kontrolę celno-skarbową, o terminach przedłużenia terminu kontroli, bez własnej weryfikacji faktycznych przesłanek przedłużania terminu zwrotu podatku VAT i stanowiska w tym zakresie, w szczególności wobec okoliczności wydania wyniku kontroli celno-skarbowej 22 grudnia 2021 r. i nieprowadzenia w dacie wydania postanowienia organu I instancji żadnej procedury weryfikacji zwrotu, w związku z czym przetrzymywanie kwoty zwrotu nie miało i nie ma faktycznego i prawnego uzasadnienia - zaprezentowane w uzasadnieniu wyroku luźne i bardzo ogólnikowe stwierdzenia WSA o istniejących wątpliwościach dotyczących transakcji w grupie kapitałowej, są niewystarczające dla uprawdopodobnienia istnienia przesłanek przedłużania tego terminu, a uproszczone wnioskowanie w taki sposób, że czas trwania kontroli celno-skarbowej oraz oczekiwanie na jej przekształcenie w postępowanie podatkowe mogą stanowić wprost przesłankę zobowiązującą do przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT na rzecz Spółki - bez żadnej analizy

i stanowiska organu podatkowego, co do ich wpływu na przedmiot zadeklarowanego zwrotu VAT za sierpień 2019 r. - jest zdaniem Skarżącej nie do zaakceptowania,

w zakresie zignorowanych przez WSA zarzutów o pozorowaniu czynności weryfikacyjnych w sprawie i instrumentalnym wykorzystywaniu instytucji przedłużania weryfikacji zwrotu VAT, co uniemożliwiało Spółce skorzystanie z wbudowanego w konstrukcję VAT prawa do zwrotu podatku, z rażącym naruszeniem zasady proporcjonalności zastosowanego środka, trwale wówczas przez okres prawie 3 lat, i przy biernym oczekiwaniu organów podatkowych I i II instancji na zakończenie kontroli celno-skarbowej, niemal przez ponad 4 lata - bo jak wynika z akt sprawy zwrot przedłużany jest nadal do 29 grudnia 2023 r.,

b) przez lakoniczną i nieuprawnioną ocenę, że chybiony jest zarzut naruszenia przepisu art. 217 § 1 pkt 4 O.p. poprzez odesłanie - a nie wprost powołanie w podstawie prawnej postanowienia organu odwoławczego - do przepisów ustawy o podatku od towarów i usług zawartych w uzasadnieniu postanowienia, gdzie zdaniem Sądu pierwszej instancji nie jest to forma pożądana i prawidłowa, to jednak nie może zostać uznana za naruszającą wydane postanowienie, w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy, a wystarczającym jest ich przytoczenie w uzasadnieniu - w ocenie Skarżącej jest to rażącym naruszeniem przepisu, i to w sytuacji, gdy taki sposób powoływania podstawy prawnej jest utrwaloną praktyką i stanowi przyjętą wbrew regulacjom prawnym zasadę wydawania aktów prawnych przez Organ,

b) w wyniku wadliwego przyjęcia za podstawę rozstrzygnięcia, że w rozpoznawanej sprawie organ I instancji dokonał prawidłowego doręczenia postanowienia z 4 marca 2022 r., a Organ słusznie to zaakceptował - za pośrednictwem operatora pocztowego, podczas gdy przepis art. 144 § 5 O.p. takiej swobody organowi podatkowemu nie pozostawia, ale zobowiązuje do doręczania pism radcy prawnemu drogą elektroniczną od dnia 5 października 2021 r.; Organy podatkowe postanowienia wobec Spółki w sprawie przedłużeń terminu zwrotu doręczają dowolnie i zamiennie - czasem drogą elektroniczną, a czasem za pośrednictwem operatora pocztowego, o czym przekonują zarzuty lub ich brak w tym zakresie we wnoszonych równolegle skargach kasacyjnych - powyższe miało wpływ na wynik sprawy, gdyż Sąd pierwszej instancji skargę Spółki oddalił deprecjonując wagę zarzutu dotyczącego doręczenia postanowienia i jego braku w obiegu prawnym;

2) art. 145 § 1 pkt 1 lit. c oraz art. 151 P.p.s.a., przez oddalenie skargi pomimo wydania zaskarżonego aktu z naruszeniem przepisów postępowania:

a) art. 217 § 1 pkt 4 O.p. przez odesłanie w podstawie prawnej postanowienia do przepisów ustawy o podatku od towarów i usług zawartych w uzasadnieniu postanowienia, a nie powołanie ich wprost w jego podstawie prawnej, i co Sąd pierwszej instancji ocenił jako pozostające bez wpływu na wynik sprawy,

b) art. 144 § 5 O.p. przez niewłaściwe doręczenie postanowienia I instancji pełnomocnikowi drogą pocztową, które to uchybienie ma rażący charakter, jako że doręczanie pism przez organ podatkowy pełnomocnikowi będącemu radcą prawnym następuje za pomocą środków komunikacji elektronicznej, albo w siedzibie organu podatkowego, skutkując w ten sposób wejściem do obiegu prawnego,

c) art. 122 i art. 187 § 1 O.p., w tym w związku z art. 233 § 1 pkt 1 w związku z art. 239 tej ustawy z uwagi na utrzymanie w mocy wymagającego uchylenia postanowienia organu I instancji, podczas gdy w sprawie organy I i II instancji nie uprawdopodobniły istnienia obiektywnych przesłanek przesuwania terminu zwrotu postanowieniem z 4 marca 2021 r.:

bezrefleksyjnie ograniczając się jedynie do powtarzania argumentacji przywoływanej przez organ prowadzący kontrolę celno-skarbową, i kolejne przedłużenia terminu jej zakończenia, powielając jedynie informacje organu kontrolującego o terminach przedłużenia terminu kontroli, bez własnej weryfikacji faktycznych przesłanek przedłużania terminu zwrotu podatku VAT i stanowiska w tym zakresie, w szczególności wobec okoliczności wydania wyniku kontroli celno-skarbowej w dniu 22 grudnia 2021 r.

nie prowadzono w dacie wydania postanowienia organu I instancji żadnych faktycznych czynności weryfikacji zwrotu, a organ podatkowy biernie oczekiwał na przekształcenie kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe i jego przeprowadzenie, w związku z czym przetrzymywanie kwoty zwrotu nie miało faktycznego i prawnego uzasadnienia, co przekonuje o pozorowaniu czynności weryfikacyjnych w sprawie i instrumentalnym wykorzystywaniu instytucji przedłużania terminu zwrotu podatku VAT za ten miesiąc, od dnia ustawowego terminu zwrotu 25 listopada 2019 r. z naruszeniem zasady proporcjonalności, przez prawie 3 lata do dnia 30 września 2022 r. i nadal aż do dnia 29 grudnia 2023 r.

3) naruszenie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a oraz art. 151 P.p.s.a., przez oddalenie skargi pomimo wydania zaskarżonego aktu z naruszeniem przepisów materialnych:

a) art. 87 ust. 1 u.p.t.u., przez nieuprawnione pozbawienie podatnika prawa do zwrotu różnicy podatku naliczonego nad należnym, wskutek wykorzystania instrumentu badania zasadności zwrotu przez orzekające w sprawie Organy podatkowe obu instancji do nieuzasadnionego przeciągania procedur weryfikacyjnych, doprowadzając w istocie do wieloletniego przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w podatku od towarów i usług za sierpień 2019 r., z naruszeniem zasady proporcjonalności i prawa do zwrotu tego podatku,

b) art. 87 ust. 2 u.p.t.u. wskutek niedokonania w ustawowym terminie 60 dni zwrotu różnicy podatku na rachunek bankowy podatnika, co wynika z celowego i instrumentalnego przeciągania procedury podatkowej weryfikacji zasadności zwrotu, a w konsekwencji braku podstaw do przedłużania terminu tego zwrotu, co NUS uczynił arbitralnie, a organ odwoławczy zaakceptował, powołując się na prowadzoną kontrolę celno-skarbową, oraz biernie i bezczynnie oczekując w dacie wydania postanowienia organu I instancji na jej przekształcenie w postępowanie podatkowe, bez własnej weryfikacji faktycznych przesłanek przedłużania terminu zwrotu podatku VAT i stanowiska w tym zakresie, co przekonuje o pozornym charakterze i instrumentalnym wykorzystywaniu instytucji przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT, i co godzi w unijną zasadę proporcjonalności stosowanego środka ingerującego w prawo do zwrotu podatku VAT

II. Prawa materialnego, tj.:

a) art. 87 ust. 1 u.p.t.u. poprzez nieuprawnione pozbawienie podatnika prawa do zwrotu różnicy podatku naliczonego nad należnym, wskutek wykorzystania instrumentu badania zasadności zwrotu przez orzekające w sprawie organy podatkowe I i II instancji do nieuzasadnionego przeciągania procedur weryfikacyjnych, doprowadzając w istocie do wieloletniego przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w podatku od towarów i usług za sierpień 2019 r., z naruszeniem zasady proporcjonalności i prawa do zwrotu tego podatku,

7. W związku z powyższym Skarżąca wniosła o uchylenie w całości zaskarżonego wyroku oraz przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania, a także zasądzenie kosztów postępowania kasacyjnego, w tym kosztów zastępstwa procesowego, według norm przepisanych.

8. Organ w odpowiedzi na skargę kasacyjną wniósł o jej oddalenie oraz o zasądzenie kosztów postępowania według norm przepisanych.

9. Pismem z 26 listopada 2025 r. Skarżąca podtrzymała zarzuty podniesione w skardze kasacyjnej i wniosła o uwzględnienie argumentacji zaprezentowanej w jej uzasadnieniu, która znalazła poparcie w stanowisku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie w adekwatnych sprawach przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT wobec Skarżącej, który to Sąd swoimi wyrokami uchylił zaskarżone postanowienia Organu.

Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:

10. Skarga kasacyjna, rozpoznana w granicach zarzutów kasacyjnych, ma uzasadnione podstawy aczkolwiek nie wszystkie zarzuty Naczelny Sąd Administracyjny podzielił. Niniejsza sprawa jest jedną z kilkudziesięciu spraw ze skarg kasacyjnych Skarżącej o analogicznym przedmiocie, rozpoznawanych łącznie z zachowaniem odrębnego wyrokowania, na podstawie art. 111 § 2 P.p.s.a., przez Naczelny Sąd Administracyjny na rozprawie 16 grudnia 2025 r. Okoliczności faktyczne, stan prawny, zarzuty oraz uzasadnienia skarg kasacyjnych są co do zasady tożsame, stąd rozstrzygnięcia sądu kasacyjnego o zasadności skarg kasacyjnych są analogiczne.

11. Jak wskazała Skarżąca w piśmie z 26 listopada 2025 r., co jest znane Naczelnemu Sądowi Administracyjnemu również z urzędu, w analogicznych sprawach dotyczących przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT wobec Spółki na podstawie później wydanych postanowień, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uchylał zaskarżone postanowienia Organu, uznając że powinien on, uwzględniając treść wyniku kontroli, zwrócić podatek w takiej części, w jakiej nie potwierdziły się pierwotne wątpliwości będące podstawą wstrzymania zwrotu, ograniczając go tym samym do kwoty rzeczywiście spornej, a nie wstrzymując dokonanie deklarowanego zwrotu w całości. W wielu z tych spraw organ odwoławczy nie wniósł skargi kasacyjnej i wyroki są prawomocne, przy czym dotyczą one także sierpnia 2019 roku, co do którego zasadność przedłużenia zwrotu była przedmiotem kontroli przez Naczelny Sąd Administracyjny 16 grudnia 2025 r.

12. Przedmiotem sporu w sprawie jest zasadność przedłużenia przez NUS postanowieniem z 4 marca 2022 r. terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wykazanej przez Spółkę w deklaracji VAT-7 za sierpień 2019 r. do 30 września 2022 r. W skardze kasacyjnej Skarżąca podważała ocenę Sądu pierwszej instancji, który zaakceptował stanowisko Organu o prawidłowości przedłużenia ww. zwrotu.

13. Zgodnie z art. 87 ust. 2 u.p.t.u. (w brzmieniu obowiązującym w dacie wydania zaskarżonego postanowienia) co do zasady zwrot różnicy podatku następuje w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju albo na rachunek podatnika. Jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego. Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty. Wykładnia powołanego przepisu prowadzi do wniosku, że takie postanowienie może zostać wydane, gdy spełnione są łącznie trzy przesłanki: termin do dokonania zwrotu jeszcze nie upłynął, weryfikacja rozliczenia podatnika odbywa się w toku czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, postępowania podatkowego, bądź w toku postępowania kontrolnego i stwierdzenie przez organ, że "zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania" opiera się na co najmniej uprawdopodobnionych przesłankach.

14. W świetle przedstawionych regulacji należy uznać, że dopuszczalność przedłużenia terminu zwrotu podatku stanowi odstępstwo od zasady zwrotu w terminie określonym ustawowo i nie może być odczytywana jako prewencyjne upoważnienie do opóźnienia realizacji praw podatnika. Organy podatkowe, stosując art. 87 ust. 2 u.p.t.u. powinny w szczególności wykazać, co wzbudziło ich wątpliwości i wytłumaczyć, dlaczego uznały, że istnieje potrzeba dalszej weryfikacji (tak m.in. w wyrokach NSA: z 29 stycznia 2019 r., sygn. akt I FSK 2268/18 i z 12 grudnia 2018 r., sygn. akt I FSK 1840/18 wszystkie powołane w uzasadnieniu orzeczenia dostępne są w internetowej bazie orzeczeń na stronie www.orzeczenia.nsa.gov.pl). W orzecznictwie akcentuje się, że przedłużenie terminu zwrotu podatku powinno być należycie i wyczerpująco uzasadnione. Jedynie uzasadnienie spełniające ww. wymagania odpowiada wymogom procesowym określonym w Ordynacji podatkowej i tylko takie uzasadnienie może uchronić organ przed zarzutem nadużywania konstrukcji przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku. Jak wskazał Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 20 marca 2019 r. w sprawie o sygn. akt I FSK 97/19: "Mimo iż art. 87 ust. 2 ustawy o VAT daje możliwość prolongowania zwrotu podatku, to rozwiązanie takie stanowi istotną ingerencję w prawo do zwrotu nadwyżki VAT, a więc w prawo będące fundamentalnym czynnikiem gwarantującym realizację podstawowych cech kontrukcyjnych tego podatku, to jest zasady neutralności i proporcjonalności (zob. przykładowo: wyrok ETS z 25 października 2001 r., C-78/00 [...]; wyrok TSUE z 18 października 2012 r., C-525/11 [...]). W tym kontekście korzystanie z możliwości przedłużenia terminu zwrotu podatku, jako odstępstwo od zasady zwrotu w terminie określonym ustawowo, powinno być zatem zastrzeżone dla sytuacji wyjątkowych, w których prawo podatnika musi ustąpić potrzebie ochrony interesów budżetowych państwa. Ten szczególny charakter analizowanej instytucji, niewątpliwie dolegliwej dla podatnika, pociąga za sobą określone obowiązki po stronie organu podatkowego. W konsekwencji odroczenie zwrotu VAT powinno być należycie i wyczerpująco uzasadnione, tak by nie było wątpliwości, że w danej sprawie rzeczywiście istnieje konieczność dokonania dodatkowej weryfikacji zasadności zwrotu różnicy podatku zgodnie z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT".

15. Prawidłowe uzasadnienie rozstrzygnięcia powinno umożliwiać stronie zapoznanie się z motywami, którymi kierował się organ oraz kontrolę prawidłowości rozstrzygnięcia przez sąd. Jednocześnie organ musi przedstawiać argumenty przemawiające za tym, że na moment wydawania postanowienia ma podstawy do tego, by twierdzić, że rozliczenia podatnika za dany okres mogą okazać się nieprawidłowe. Postanowienie powinno dotyczyć jedynie kwoty rzeczywiście spornej, a nie wstrzymywać zwrot w całości.

16. Uzasadnienie postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu VAT ma szczególnie istotne znaczenie dla ustalenia, czy organ podatkowy nie przekroczył granic wskazanych w ww. przepisie. Tym samym, w postanowieniu organ powinien wskazać na powody odmowy dokonania zwrotu w ustawowym terminie i przedstawić istniejące w tym przedmiocie wątpliwości oraz wyjaśnić, dlaczego uznał, że takie wątpliwości wystąpiły. Podatnik w tym zakresie powinien otrzymać jasną informację, z czego wynika powód przedłużenia terminu zwrotu VAT. Przesłanki do wydania postanowienia w omawianym trybie nie stanowi sam fakt wykazania przez podatnika nadwyżki do zwrotu, ale muszą istnieć istotne wątpliwości co do zasadności tak wykazanego zwrotu, obiektywne przesłanki wskazujące na konieczność przeprowadzenia w określonej sprawie postępowania weryfikacyjnego.

17. Odnosząc przedstawione uwagi ogólne do stanu faktycznego sprawy wskazać należy, że Organ zaskarżonym postanowieniem utrzymał w mocy postanowienie NUS z 4 marca 2022 r. argumentując między innymi, że dotychczas przeprowadzona kontrola transakcji handlowych Skarżącej z kontrahentami w okresie od lipca do września 2019 r. uzasadniała dodatkową weryfikację zasadności zwrotu podatku VAT i nie dawała podstaw do dokonania zwrotu w terminie wskazanym przez Spółkę, gdyż nadwyżka podatku naliczonego nad należnym wykazana w sierpniu 2019 r. jako podatek do zwrotu, była m.in. wynikiem jej przenoszenia z wcześniejszych miesięcy.

18. Niesporne jest, że deklarowane przez Spółkę kwoty zwrotu podatku VAT za okresy od lipca do września 2019 roku były weryfikowane w ramach kontroli celno-skarbowej, które to postępowanie zakończyło się wydaniem wyniku kontroli z 22 grudnia 2021 r. Wydawane do tego momentu postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu podatku VAT za sierpień 2019 roku nie były przez Skarżącą kwestionowane. W wyniku kontroli stwierdzono w nim nieprawidłowości w odliczeniu przez Skarżącą podatku od towarów i usług z faktur VAT wystawionych przez S.. Zdaniem kontrolujących faktury te nie dokumentowały rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, przez co Skarżąca zawyżyła podatek naliczony, a zatem w tym zakresie miał zastosowanie art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a u.p.t.u. na co wskazuje zapis, że "Spółka M. w badanym okresie od lipca do września 2019 r. traci prawo do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktur wystawionych przez S. SA tytułem cyt. "usługi zgodnie z porozumieniem dot. podziału kosztów" (str. 2 wyniku kontroli). W każdym z miesięcy, sporna faktura VAT opiewała na kwoty netto: 60.000 zł, VAT 13.800 zł. Innych nieprawidłowości nie stwierdzono, a postanowieniem z 22 lutego 2022 r. doszło do przekształcenia kontroli celno - skarbowej w zakresie podatku od towarów i usług za okres od lipca do września 2019 r. w postępowanie podatkowe, jednak, gdyby Spółka skorygowała rozliczenie, postępowanie zostałoby zakończone.

19. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego Organ, przywołując przepisy znajdujące zastosowanie w sprawie i wskazując na kompetencję do przedłużenia terminu zwrotu podatku oraz powołując się na fakt wszczęcia kontroli celno-skarbowej w zakresie podatku od towarów i usług za okres od lipca do września 2019 r., zaniedbał odniesienia się do realiów sprawy na moment wydawania postanowienia przez organ I instancji. Organ powinien wziąć pod uwagę ustalenia zawarte w wyniku kontroli z 22 grudnia 2021 r., które mają kluczowe znaczenie dla rozstrzygnięcia w niniejszej sprawie bo odnoszą się do stanu istniejącego w chwili wydawania postanowienia NUS. Postanowienie w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu powinno korespondować z tym, co na dany moment stanowi przedmiot rzeczywistych wątpliwości organu prowadzącego czynności wyjaśniające. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego powoływanie się na dalszą weryfikację w ramach postępowania podatkowego bez wskazywania co obecnie budzi wątpliwości i wymaga wyjaśnienia, stanowi naruszenie art. 87 ust. 2 u.p.t.u. Sąd pierwszej instancji, oddalając skargę Skarżącej, zaakceptował takie działanie Organu odwoławczego. W szczególności zaaprobował przedłużenie terminu zwrotu podatku bez weryfikacji, czy powinna ona dotyczyć całości, czy części kwoty za sierpień 2019 r. WSA zdaje się nie dostrzegać tego, że Organ wydając postanowienie i uznając nawet jego zasadność, miał możliwość wydania orzeczenia reformatoryjnego uwzględniając przytoczone wyżej istotne okoliczności. W tym kontekście zarzuty kasacyjne naruszenia art. 122, art. 187 § 1 O.p. w związku z art. 233 § 1 pkt 1 i art. 239 O.p. należało uznać za uzasadnione.

20. Reasumując, zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego zasadność zarzutu naruszenia art. 87 ust. 2 u.p.t.u. polega w niniejszej sprawie na nieprawidłowym jego zastosowaniu przez Organ przejawiającym się wstrzymaniem zwrotu podatku VAT w pełnej kwocie, pomimo braku wykazania w uzasadnieniu postanowienia przesłanek determinujących możliwość zastosowania tej instytucji, co do całej kwoty zadeklarowanej kwoty zwrotu i implikuje naruszeniem także art. 87 ust. 1 u.p.t.u. Tym samym podniesione przez Skarżącą zarzuty naruszenia wskazanych przepisów prawa materialnego należało uznać za zasadne w powiązaniu z art. 145 § 1 pkt 1 lit. a oraz art. 151 P.p.s.a.

21. Za niezasadny Naczelny Sąd Administracyjny uznał zarzut kasacyjny naruszenia art. 144 § 5 O.p. w związku z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c oraz art. 151 P.p.s.a. dotyczący niewłaściwego doręczenia postanowienia organu I instancji pełnomocnikowi Skarżącej, będącemu radcą prawnym, za pośrednictwem poczty zamiast drogą komunikacji elektronicznej. Zdaniem Spółki wskazany przepis takiej metody doręczenia nie dopuszczał.

22. W stanie faktycznym sprawy pełnomocnik Spółki adres do doręczeń za pomocą środków komunikacji elektronicznej zgłosił pod koniec 2021 roku, co nie jest sporne. Jednocześnie wskazał w pismach przesłanych elektronicznie dane spraw, w których korespondencję należy przesyłać do niego na adres poczty elektronicznej, jednak nie wskazał niniejszej sprawy. Nie wskazał również tego adresu w dokumencie pełnomocnictwa. Organ uznał, że zaistniały stan faktyczny uniemożliwiał zastosowanie art. 144 § 5 O.p.

23. Uznając fakt rejestracji adresu pełnomocnika na platformie e-PUAP, doręczenie co do zasady powinno nastąpić drogą elektroniczną zgodnie z art. 144 § 5 O.p., jednak zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego należy uwzględnić, że organy podatkowe zostały zobowiązane bezwzględnie do doręczania pism na adres do doręczeń elektronicznych, począwszy od 5 lipca 2022 r. W okresie od wejścia w życie nowych regulacji w zakresie doręczeń tj. od 5 października 2021 r. a dniem poprzedzającym dzień, w którym powstanie obowiązek stosowania przepisów w zakresie doręczania korespondencji z wykorzystaniem publicznej usługi rejestrowanego doręczenia elektronicznego (tzw. okres przejściowy) mogły, w uzasadnionych przypadkach, odstąpić od doręczania na adres do doręczeń elektronicznych. W tym okresie zasady doręczania pism drogą elektroniczną uregulował art. 158 ust. 1 ustawy z 18 listopada 2020 r. o doręczeniach elektronicznych, z którego wynikało, że w postępowaniu podatkowym mają zastosowanie art. 144a i 152a O.p. w brzmieniu obowiązującym przed 5 października 2021 r. Określają one, jakie przepisy Ordynacji podatkowej o doręczeniach powinny być stosowane pomiędzy dniem wejścia w życie ustawy o doręczeniach elektronicznych a dniem poprzedzającym dzień powstania w stosunku do danego podmiotu publicznego obowiązku stosowania przepisów komentowanej ustawy w zakresie doręczenia korespondencji z wykorzystaniem publicznej usługi rejestrowanego doręczenia elektronicznego lub publicznej usługi hybrydowej. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego w tym okresie przejściowym należy przyjąć również za dopuszczalną (o ile nie ucierpiały na tym prawa zainteresowanego) praktykę oceny przyczyn dokonywania odstępstw (brak powiadomienia organu wprost o adresie pełnomocnika), które po 5 lipca 2022 r. nie mogłyby być już uwzględnione. Zasada takiej oceny odnosiła się do obu stron postępowania.

24. Za niezasadne Naczelny Sąd Administracyjny uznał również zarzuty naruszenia przez Sąd pierwszej instancji art. 151 oraz art. 133 § 1, art. 134 § 1 oraz art. 141 § 4 P.p.s.a. Zgodnie z ostatnim przepisem uzasadnienie wyroku powinno zawierać: zwięzłe przedstawienie stanu sprawy, zarzutów podniesionych w skardze, stanowisk pozostałych stron, podstawę prawną rozstrzygnięcia oraz jej wyjaśnienie. Wnoszący skargę kasacyjną musi więc wskazać, jakich konkretnie elementów brak, lub który z nich nie został w sposób należyty zastosowany oraz wykazać, jaki to miało wpływ na wynik sprawy. Z kolei art. 133 § 1 P.p.s.a. stanowi, że sąd wydaje wyrok po zamknięciu rozprawy na podstawie akt sprawy, chyba że organ nie wykonał obowiązku, o którym mowa w art. 54 § 2. Wyrok może być wydany na posiedzeniu niejawnym w postępowaniu uproszczonym albo jeżeli ustawa tak stanowi. Natomiast orzekanie "na podstawie akt sprawy" oznacza, że sąd przy ocenie legalności decyzji bierze pod uwagę okoliczności, które z akt tych wynikają i które legły u podstaw zaskarżonego aktu. Obowiązek wydania wyroku na podstawie akt sprawy oznacza bowiem jedynie zakaz wyjścia poza materiał znajdujący się w aktach sprawy (por. wyrok NSA z 7 marca 2013 r., II GSK 2374/11). Art. 134 § 1 P.p.s.a. stanowi natomiast, że sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a.

25. Autor skargi kasacyjnej upatruje naruszenia ww. przepisów w wadliwej kontroli działalności organów podatkowych przeprowadzonej przez Sąd pierwszej instancji, polegającej na błędnych ustaleniach faktycznych Sądu pierwszej instancji i w rezultacie błędnej oceny prawnej przez Sąd w zakresie okoliczności sprawy, bez powiązania z aktami sprawy i zgromadzonymi w nich dowodami. Wskazuje na istniejącą - jego zdaniem - wadliwość uzasadnienia zaskarżonego wyroku, a ponadto między innymi argumentuje, że WSA bagatelizuje rażące naruszenie w sprawie art. 217 § pkt 4 O.p. przez Organ, który pomija w podstawach prawnych swojego postanowienia powołania przepisów u.p.t.u. odsyłając do poszukiwania ich w uzasadnieniu.

26. Odnosząc się do powyższej argumentacji, zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego uzasadnienie zaskarżonego wyroku, aczkolwiek merytorycznie niepoprawne, spełnia warunki ustawowe przewidziane w art. 141 § 4 P.p.s.a., jego rozważania umożliwiły Naczelnemu Sądowi Administracyjnemu ocenę zasadności przesłanek, na których oparto zaskarżone orzeczenie. Natomiast zarzut naruszenia art. 133 § 1 P.p.s.a. nie został prawidłowo uzasadniony ponieważ nie można kwestionować poprzez taki zarzut ustaleń sądu w zakresie stanu sprawy i podstawy prawnej, jak czyni to Spółka w niniejszej sprawie.

27. Naczelny Sąd Administracyjny podziela stanowisko wyrażone przez Sąd pierwszej instancji co do niezasadności zarzutu naruszenia przez organ art. 217 § 1 pkt 4 O.p. w kontekście spełnienia przesłanek z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c P.p.s.a. albowiem ogólne odwołanie się do przepisów ustawy o podatku od towarów i usług, jakkolwiek uchybiało przepisom Ordynacji podatkowej, nie stanowiło naruszenie przepisów proceduralnych w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy tj. taki, który uzasadniałby wyeliminowanie zaskarżonego postanowienia z obrotu prawnego tylko na tej podstawie.

28. Argumentacja skargi kasacyjnej w zakresie bezczynności lub przewlekłości działania organu w zakresie braku zwrotu podatku i instrumentalnego działaniu ukierunkowanego jedynie na przedłużanie terminu zwrotu podatku nie mogła być objęta kontrolą Naczelnego Sądu Administracyjnego, gdyż nie wchodziła w zakres przedmiotowy niniejszej sprawy. W granicach tej sprawy mieści się jedynie ocena legalności zaskarżonego postanowienia oraz postanowienia je poprzedzającego. W jej granicach nie mieści się natomiast badanie terminowości czynności podejmowanych w trwającym postępowaniu podatkowym. Skarżąca przedmiotową kwestię mogła uczynić przedmiotem odrębnej skargi dotyczącej bezpośrednio przewlekłości prowadzonego postępowania.

29. Mając na uwadze powyższe, Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 188 P.p.s.a. uchylił zaskarżony wyrok oraz na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c w związku z art. 135 P.p.s.a. uchylił zaskarżone do Sądu pierwszej instancji postanowienie organu odwoławczego. W ponownie prowadzonym postępowaniu Organ zobowiązany będzie uwzględnić przedstawioną powyżej ocenę prawną dokonaną przez Naczelny Sąd Administracyjny.

30. O kosztach postępowania za obie instancje Naczelny Sąd Administracyjny orzekł na podstawie art. 200, art. 203 pkt 1 w zw. z art. 205 § 2 P.p.s.a. w związku z art. 209 P.p.s.a. oraz w powiązaniu z § 14 ust. 1 pkt 1 lit. c oraz § 14 ust. 1 pkt 2 lit. a rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (t.j. Dz. U. z 2018 r., poz. 265).

Elżbieta Olechniewicz Roman Wiatrowski Izabela Najda-Ossowska

sędzia WSA (del.) sędzia NSA sędzia NSA(spr.)

jeszcze 3506 słów

Przeczytaj pełną treść uzasadnienia

Widzisz ~30% uzasadnienia. Zaloguj się lub załóż konto, aby przeczytać całość.

Zaloguj się Wypróbuj za darmo

Szukasz podobnych spraw?

QuickMap AI przeszukuje 2,87 mln dokumentów podatkowych i zwraca dopasowane orzeczenia z analizą linii orzeczniczej.

Wypróbuj za darmo