Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
Skarga kasacyjna nie została oparta na usprawiedliwionych podstawach.
Podniesiony w skardze kasacyjnej zarzut naruszenia art. 87 ust. 2 u.p.t.u. przez jego błędną wykładnię polegającą na uznaniu, że organ zobowiązany jest wykazać, jakie konkretnie dowody i okoliczności legły u podstaw zastrzeżeń co do rzetelności transakcji, jest nietrafiony, gdyż odnosi się do stanowiska, które w rzeczywistości nie zostało wyrażone przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie.
Sąd pierwszej instancji nie uznał, że przedłużając termin zwrotu podatku, na podstawie art. 87 ust. 2 u.p.t.u., organ zobowiązany jest wykazać, jakie konkretnie dowody i okoliczności legły u podstaw jego zastrzeżeń co do rzetelności transakcji. Takiego stwierdzenia próżno szukać w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku. Wbrew temu, co zasugerowano w uzasadnieniu skargi kasacyjnej, Sąd pierwszej instancji nie przyjął też, że do wydania postanowienia o przedłużeniu zwrotu podatku konieczne jest udowodnienie, że zwrot nie jest zasadny. Sąd stwierdził natomiast, że "(...) w każdym tego typu rozstrzygnięciu organ musi wyjaśnić, dlaczego zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania. Innymi słowy, organ musi przedstawić argumenty przemawiające za tym, że na moment wydawania postanowienia ma podstawy by sądzić, iż rozliczenia podatnika za dany okres mogą okazać się nieprawidłowe" (str. 4 uzasadnienia wyroku). Dokonana przez Sąd pierwszej instancji wykładnia art. 87 ust. 2 u.p.t.u. była zatem zasadniczo zbieżna z tą prezentowaną przez organ w skardze kasacyjnej.
Zgodnie z art. 87 ust. 1 u.p.t.u., w przypadku gdy kwota podatku naliczonego, o której mowa w art. 86 ust. 2, jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy. Stosownie zaś do art. 87 ust. 2 u.p.t.u. (w brzmieniu obowiązującym przed wejściem w życie nowelizacji z dnia 16 czerwca 2023 r. [Dz. U. z 2023 r., poz. 1598 ze zm.], tj. przed 1 lutego 2026 r.), zwrot różnicy podatku, z zastrzeżeniem ust. 5b, 6, 6a i 6d, następuje w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju albo na rachunek podatnika w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, której jest członkiem, wskazany w zgłoszeniu identyfikacyjnym, o którym mowa w odrębnych przepisach, lub na wskazany przez podatnika rachunek banku mającego siedzibę na terytorium kraju lub na rachunek spółdzielczej kasy oszczędnościowo-kredytowej, jako zabezpieczenie udzielanego przez ten bank lub przez tę kasę kredytu, na podstawie złożonego przez podatnika do naczelnika urzędu skarbowego, w terminie do złożenia deklaracji podatkowej, sporządzonego na piśmie, nieodwołalnego upoważnienia organu podatkowego, potwierdzonego przez bank lub spółdzielczą kasę oszczędnościowo-kredytową udzielających kredytu, do przekazania tego zwrotu. Jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego. Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty.
Przedłużenie terminu zwrotu podatku od towarów i usług, a więc odsunięcie w czasie odzyskania przez podatnika podatku naliczonego opłaconego przez niego przy nabyciu towarów i usług, godzi w zasadę neutralności, na której opiera się system opodatkowania podatkiem od wartości dodanej, gdyż sprawia, że podatek, który z założenia powinien być dla podatnika-przedsiębiorcy neutralny, staje się ciężarem. Ze względu na kolizję powyżej wskazanych praw i interesów, w orzecznictwie podkreśla się, że postanowienie przedłużające termin zwrotu podatku od towarów i usług powinno być należycie i wyczerpująco uzasadnione. Chodzi bowiem o to, aby w konkretnym przypadku nie było wątpliwości co do tego, że rzeczywiście konieczna jest dodatkowa weryfikacja zasadności zwrotu podatku, wykraczająca poza okres wskazany w art. 87 ust. 2 u.p.t.u. Prawna dopuszczalność przedłużenia terminu zwrotu podatku nie może być bowiem odczytywana jako blankietowe, prewencyjne upoważnienie do opóźnienia realizacji zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad kwotą podatku należnego. Organy podatkowe, wykazując przesłanki zastosowania art. 87 ust. 2 u.p.t.u., powinny nie tylko wskazać na potrzebę zbadania określonych okoliczności (wskazując, jakie czynności w tym celu zostaną lub zostały podjęte), ale także zobowiązane są wyjaśnić źródło zaistniałych wątpliwości (por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego: z dnia 12 grudnia 2018 r., sygn. akt I FSK 1840/18; z dnia 29 stycznia 2019 r., sygn. akt I FSK 2268/18 oraz z dnia 2 grudnia 2022 r., sygn. akt I FSK 1467/22).
Co istotne, postanowienie w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu podatku powinno korespondować z tym, co na dany moment stanowi przedmiot rzeczywistych wątpliwości organu prowadzącego czynności wyjaśniające. Organ musi przedstawiać argumenty przemawiające za tym, że na moment wydawania postanowienia ma podstawy do tego, by twierdzić, że rozliczenia podatnika za dany okres mogą okazać się nieprawidłowe.
Naczelny Sąd Administracyjny podziela stanowisko Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, że uzasadnienie postanowienia Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie z dnia 18 września 2024 r. w przedmiocie przedłużenia terminu dokonania zwrotu nadwyżki podatku od towarów i usług za sierpień 2019 r. nie spełnia wyżej wskazanych wymogów.
Sąd pierwszej instancji zasadnie wskazał, że Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Warszawie, rozpatrując zażalenie skarżącej, pominął ustalenia zawarte w wyniku kontroli z dnia 22 grudnia 2021 r., które miały istotne znaczenie dla rozstrzygnięcia. W wyniku kontroli wskazano, że kwota do zwrotu na rachunek bankowy spółki powinna wynosić 59.417 zł (str. 18 wyniku kontroli), a nie, jak wnioskowała skarżąca w przedłożonej deklaracji VAT-7 za ten okres, w wysokości 73.217 zł. Z zestawienia kwoty zwrotu wykazanego w deklaracji i kwoty uznanej za prawidłową w wyniku kontroli za sierpień 2019 r. wynika, że Naczelnik Pierwszego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego w Warszawie winien zmienić zakres wstrzymania zwrotu i ograniczyć go do kwoty rzeczywiście spornej, a nie wstrzymywać go w całości.
Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego, nie jest skuteczna argumentacja organu opierająca się na fakcie wydania w dniu 8 sierpnia 2024 r. przez Naczelnika Śląskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Katowicach decyzji wymiarowej dotyczącej rozliczeń spółki za sierpień 2019 r., z której wynika, że we wskazanym okresie rozliczeniowym doszło do nadużyć prawa w ramach zawieranych przez spółkę transakcji dotyczących kotłów parowych.
Jak wskazano w skardze kasacyjnej, w decyzji tej określono spółce: a) kwotę różnicy podatku od towarów i usług, o której mowa w art. 87 ust. 1 u.p.t.u., stanowiącą nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym za sierpień 2019 r. w wysokości 1.033.125 zł, w tym kwota do zwrotu na rachunek wskazany przez podatnika w wysokości 73.217 zł, kwota do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy w wysokości 1.959.908 zł oraz b) kwotę podatku do zapłaty, o którym mowa w art. 108 u.p.t.u., wynikającą z wystawionych faktur VAT za sierpień 2019 r. w wysokości 21.044 zł.
Kwota nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za sierpień 2019 r. do zwrotu na rachunek bankowy została zatem określona w takiej wysokości, jak wskazana przez skarżącą w złożonej deklaracji VAT-7, tj. 73.217 zł. Okoliczność, że kwota ta została następnie w całości zaliczona na poczet zaległości podatkowych skarżącej za inny okres rozliczeniowy, nie ma znaczenia dla oceny prawidłowości rozstrzygnięcia w przedmiocie przedłużenia terminu dokonania zwrotu podatku, będącego przedmiotem kontroli w niniejszej sprawie.
W rezultacie nie zasługiwał na uwzględnienie podniesiony w skardze kasacyjnej zarzut dotyczący niewłaściwego zastosowania art. 87 ust. 2 u.p.t.u., a także zarzut naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) P.p.s.a. w zw. z art. 127, art. 124., art. 210 § 4 w zw. z art. 219, art. 187 i art. 191 O.p. w zw. z art. 87 ust. 2 u.p.t.u. w zw. z art. 274b § 1 O.p.
Mając na uwadze powyższe, Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 184 P.p.s.a., oddalił skargę kasacyjną.
Dominik Mączyński Małgorzata Niezgódka-Medek Marek Kołaczek