Uzasadnienie
1. Wyrok Sądu pierwszej instancji.
1.1. Zaskarżonym wyrokiem z 12 marca 2025 r., sygn. akt III SA/Wa 2581/24 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie (dalej: Sąd pierwszej instancji) po rozpoznaniu skargi K. Sp. z o.o. z siedzibą w B. (dalej: Spółka, Skarżąca) na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie (dalej: DIAS, Organ drugiej instancji) z 18 września 2024 r. w przedmiocie przedłużenia terminu dokonania zwrotu nadwyżki podatku od towarów i usług za wrzesień 2019 r., uchylił zaskarżone postanowienie i zasądził od DIAS na rzecz Skarżącej zwrot kosztów postępowania sądowego.
1.2. Sąd pierwszej instancji przedstawił następujący stan faktyczny sprawy.
Postanowieniem z 8 lipca 2024 r. Naczelnik Pierwszego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego w Warszawie (dalej: NUS, Organ pierwszej instancji) przedłużył termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wykazanej w deklaracji VAT-7 za wrzesień 2019 r. do 30 grudnia 2024 r. W uzasadnieniu wskazał, że deklaracją z 25 października 2019 r. Skarżąca wykazała nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy podatnika w terminie 60 dni w wysokości 27.547 zł. Termin zwrotu wynikający z ww. deklaracji przypadał na dzień 23 grudnia 2019 r. Termin był kilkukrotnie przedłużany.
Postanowieniem z 18 września 2024 r. Organ drugiej instancji utrzymał w mocy ww. postanowienie NUS. W uzasadnieniu wskazał, że weryfikacja rozliczenia Spółki odbywała się w ramach kontroli celno-skarbowej wszczętej w listopadzie 2019 r. i zakończonej 30 grudnia 2021 r., poprzez doręczenie Skarżącej wyniku kontroli z 22 grudnia 2021 r. Wobec tego, że Spółka nie złożyła korekty deklaracji VAT-7 za wrzesień 2019 r. i nie uwzględniła ustaleń zawartych w wyniku kontroli, Naczelnik Śląskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Katowicach postanowieniem z 22 lutego 2022 r. przekształcił kontrolę celno-skarbową w postępowanie podatkowe dotyczące m. in. rozliczenia Skarżącej za wrzesień 2019 r. DIAS stwierdził, że w kontrolowanym postanowieniu wskazano, iż wątpliwości w zakresie zasadności zwrotu dotyczą działalności Spółki w strukturze podmiotów powiązanych, których liderem jest Ś. S.A. (dalej: Ś.). Działalność Spółki charakteryzowały bardzo duże wartości zwrotów bezpośrednich, wielomilionowe wartości zakupów i sprzedaży oraz comiesięczne dokonywanie nabyć usług niematerialnych o tej samej wartości od podmiotów z grupy. DIAS podkreślił również, że w dniu 8 sierpnia 2024 r. została wydana decyzja wymiarowa dotycząca rozliczeń Spółki za wrzesień 2019 r. Z decyzji tej wynika, że doszło do nadużycia prawa w ramach transakcji dotyczących kolejno – nabycia przez Spółkę kotłów parowych, dostawy kotłów przez Spółkę na rzecz E. Sp. z o.o., nabycia kotów parowych przez Spółkę na zasadzie leasingu od wymienionego podmiotu, świadczeniu przez Spółkę usług dzierżawy kotłów parowych na rzecz C. Sp. z o.o. Wskazał przy tym, że z informacji pozyskanych od Naczelnik Śląskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Katowicach wynika, że w powyższej decyzji nie kwestionuje on natomiast transakcji z Ś. Zdaniem DIAS, powyższe okoliczności potwierdzały, że zaszły przesłanki do zastosowania art. 87 ust. 2 zd. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2025 r. poz. 775 ze zm., dalej: u.p.t.u.).
1.3. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zaskarżonym wyrokiem uchylił postanowienie DIAS.
Zdaniem Sądu pierwszej instancji, NUS w postanowieniu z 8 lipca 2024 r. nie oddał zupełnie przebiegu weryfikacji rozliczenia Spółki za wrzesień 2019 r., choć dysponował chociażby wynikiem kontroli z 22 grudnia 2021 r.
W ocenie Sądu pierwszej instancji doszło do naruszenia przepisów art. 87 ust. 2 u.p.t.u. w powiązaniu z uchybieniem przepisom postępowania, poprzez nieprawidłowe zastosowanie przez organ podatkowy, przejawiające się wstrzymaniem (na dalszy okres) zwrotu podatku VAT w pełnej kwocie, pomimo braku wykazania w uzasadnieniu postanowienia przesłanek determinujących możliwość zastosowania tej instytucji co do całej zadeklarowanej kwoty zwrotu. Uchybienie to natomiast jest też wynikiem naruszeń przepisów postępowania, których dopuścił się organ podatkowy na etapie oceny zgromadzonego materiału dowodowego.
2. Skarga kasacyjna.
2.1. Od powyższego wyroku skargę kasacyjną wywiódł Organ drugiej instancji.
2.1.1. Na podstawie art. 174 pkt 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo
o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2026 r. poz. 143 ze zm., dalej: p.p.s.a.), zarzucił naruszenie przepisów postępowania, tj.:
1) art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) p.p.s.a. w zw. art. 127, art. 124., art. 210 § 4 w zw. z art. 219 art. 187 i art. 191, a także art. 217 § 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2025 r. poz. 111 ze zm., dalej: o.p.) w zw. z art. 87 ust. 2 u.p.t.u. w zw. z art. 274b § 1 o.p., poprzez uchylenie przedmiotowego postanowienia, wskutek błędnego uznania przez Sąd, że dokonując przedłużenia terminu zwrotu organy podatkowe nie oddały zupełnie przebiegu weryfikacji rozliczenia Spółki za wrzesień 2019 r., choć dysponowały chociażby wynikiem kontroli z 22 grudnia 2021 r. pomijając ustalenia w nim zawarte, w sytuacji gdy organy dokonując ustalenia stanu faktycznego wzięły pod uwagę wynik kontroli z 22 grudnia 2021 r. ale również inny materiał dowodowy, a wszechstronna jego ocena prowadziła do wniosku, że zasadnym jest przedłużenie zwrotu podatku VAT za wrzesień 2019 r. w całej zadeklarowanej kwocie;
2) art. 151 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) p.p.s.a., poprzez jego niezastosowanie w sprawie, będące skutkiem dokonania przez Sąd błędnej kontroli legalności zaskarżonego postanowienia przejawiającej się w wadliwym uznaniu, że zaskarżone postanowienie zostało wydane z naruszeniem art. 87 ust. 2 u.p.t.u. przez przedłużenie terminu zwrotu VAT bez podania dostatecznej racji oraz z naruszeniem art. 127 o.p. oraz art. 124 o.p. oraz art. 210 § 4 w zw. z art. 219 o.p., art. 187 i art. 191, a także art. 217 § 2 o.p. przez niewykazanie w uzasadnieniu postanowienia przesłanek determinujących możliwość zastosowania instytucji przedłużenia terminu zwrotu VAT co do całej zadeklarowanej kwoty zwrotu, podczas gdy dokonanie prawidłowej kontroli legalności zaskarżonej decyzji wykluczało możliwość zastosowania dyspozycji art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) p.p.s.a. Powyższe okoliczności powinny w efekcie stanowić dla Sądu podstawę do oddalenia skargi.