Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
5. Skarga kasacyjna, rozpoznana w granicach zakreślonych art. 183 § 1 P.p.s.a., nie ma uzasadnionych podstaw. Zarzuty kasacyjne oparte zostały na podstawie kasacyjnej przewidzianej w art. 174 pkt 2 P.p.s.a. czyli naruszeniu przepisów postępowania, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy.
6. Podważając prawidłowość stanowiska Sądu pierwszej instancji, który uznał, że w sprawie nie było podstaw do odmowy wszczęcia postępowania, Organ zarzucił, że zaskarżonym wyrokiem naruszony został art. 165a § 1 O.p. w związku z art.14h i art. 14b § 1 w zw. z art. 3 pkt 1 i 2, art. 14b § 3 i art. 14c § 1 O.p. Nadto podniósł naruszenie art. 134 § 1 w związku z art. 57a i art. 141 § 4 P.p.s.a.
7. Organ uzasadniał swoje stanowisko tym, że jakkolwiek Skarżąca podała jako przedmiot interpretacji art. 106e u.p.t.u. to jednak było to niewystarczające dla spełnienia warunków do wydania interpretacji ponieważ wątpliwości przedstawione we wniosku o interpretację nie dotyczą rozumienia konkretnego przepisu podatkowego w kontekście skutków dla Spółki. Zdaniem Organu w zakresie pytania nr 1, które zostało wyodrębnione i stanowi samodzielny przedmiot niniejszej sprawy "musiałby rozstrzygnąć kwestie techniczne związane z prawidłowością wykazywania na fakturach EDI ilości dostarczonych towarów za pomocą jednostek EA lub PK. Ocena taka nie może być dokonywana na etapie wydawania interpretacji indywidualnych" (str. 16 postanowienia). W tym kontekście Organ podniósł, że zakres wniosku wykracza poza kompetencje określone w art. 14b § 1 O.p.
8. W uzasadnieniu skargi kasacyjnej Organ wymienił przypadki, w których interpretacja nie jest wydawana, wskazując, że następuje to wtedy, gdy przedmiotem wniosku jest:
- interpretacja przepisów innych niż prawo podatkowe,
- interpretacja przepisów prawa podatkowego, w sprawach pozostających poza zakresem przedmiotowym upoważnienia organu wydającego interpretacje indywidualne,
- zagadnienie uregulowane przepisami prawa podatkowego, którego rozwiązania nie może dostarczyć interpretacja indywidualna – wydanie interpretacji wymagałoby zinterpretowania stanu faktycznego a nie przepisu prawa podatkowego.
W tym kontekście podniósł, że wątpliwości Spółki w istocie nie dotyczą rozumienia art. 106e ust 1 u.p.t.u. Spółka opisała bowiem czynności techniczne a ustawa o podatku od towarów i usług, ani inne przepisy podatkowe, nie definiują pojęć jednostek EA i PK. W ocenie Organu jest to problem prawidłowego przeliczenia jednostek miar używanych w fakturach standardowych i w systemie EDI.
9. WSA w kontrolowanym wyroku, jakkolwiek zgodził się z Organem, że w opisie stanu faktycznego zawartego we wniosku o interpretację znalazły się liczne elementy dotyczące kwestii technicznych, dotyczących samego sposobu przenoszenia danych z faktury Standardowej do faktury EDI, to nie zgodził się z oceną Organu, że pytanie dotyczy wyłącznie kwestii technicznych. WSA stwierdził, że "Wyartykułowane we wniosku wątpliwości Wnioskodawcy dotyczą bowiem rozumienia konkretnego przepisu podatkowego, a mianowicie art. 106e ust 1 uptu w kontekście skutków podatkowych jakie rodzić może dla niego wystawienie faktury EDI generowanej i wysyłanej za pośrednictwem systemu EDI, w której to ilości dostarczonych towarów zostaną wskazane za pomocą jednostek EA lub PK" (str. 16 uzasadnienia wyroku).
10. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego za prawidłowe uznać należy stanowisko zaprezentowane przez Sąd pierwszej instancji w zaskarżonym wyroku. Podkreślenia wymaga, że wniosek o interpretację, dla którego bazą był przedstawiony w nim stan faktyczny, zawierał łącznie trzy pytania, z których wynika, że istotą wątpliwości Spółki była kwestia wystawiania niejako dwóch faktur dokumentujących tę samą transakcję. Wskazuje na to szczególnie pytanie nr 2, które zmierza do upewnienia się przez Skarżącą, że opisany sposób fakturowania, którego efektem będzie faktura Standardowa oraz faktura EDI nie wykreuje warunków do zastosowania art. 108 ust 1 u.p.t.u. Organ zdecydował o rozdzieleniu odpowiedzi na pytanie pierwsze i w efekcie stracił z pola widzenia istotę problemu w sprawie, sprowadzając pytanie Skarżącej do technicznego aspektu przeliczania jednostek towaru na fakturach EDI.
11. Nie ma wątpliwości, że art. 106e ust 1 pkt 8 u.p.t.u. nakłada obowiązek, by na fakturze znalazła się również informacja dotycząca miary i ilości (liczby) dostarczonych towarów lub zakres wykonywanych usług. Wskazany przepis jest przepisem prawa podatkowego. Nieprawidłowości w opisie przedmiotu faktury mogą skutkować uznaniem jej za nierzetelną. Dodatkowym problemem, jak w sprawie, jest kwestia powstałych rozbieżności w wyniku specyficznego modelu wystawiania faktury będącej w ostatecznej wersji podstawą do rozliczenia podatku. Przedstawioną przez Spółkę wątpliwość co do użytych jednostek na fakturze EDI analizować należy przez pryzmat przedstawionego szczegółowo we wniosku opisu wystawiania tych faktur, które generalnie przynoszą efekt pewnej rozbieżności pomiędzy opisem na fakturze Standardowej i fakturze systemu EDI. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego to stanowi bazę dla wyjaśnienia wątpliwości Spółki, która ma świadomość, że treść obu faktur, które dokumentują tą samą transakcję, nie jest w pełni tożsama. Rzeczą Organu jest udzielenie odpowiedzi, czy i w jakim zakresie rozbieżność taką będzie akceptował przy np. kontrolowaniu rozliczeń Skarżącej.
12. WSA dostrzegł ten problem zasadnie stwierdzając w zaskarżonym wyroku, że "zadane we wniosku pytanie, aczkolwiek opartej na szczegółowo przedstawionej procedurze wprowadzenia do systemu EDI danych wynikających z faktury Standardowej wystawionej w systemie Dostawcy i następnie generowania faktury EDI zgodnie z wymogami Nabywcy, co w konsekwencji prowadzić ma do braku możliwości wskazania na fakturze EDI, jako jednostki miary dostarczonych towarów, jednostki widniejącej na fakturze Standardowej (tj. SZT) nie determinuje możliwości udzielenia interpretacji co do samej formalnej poprawności faktury [...] Udzielenie odpowiedzi na pytanie, będzie zatem miało swoją funkcję gwarancyjną jedynie na gruncie samej poprawności lub niepoprawności ujęcia na fakturze miary oraz ilości (liczby) dostarczonych towarów za pomocą jednostek EA lub PK" (str. 19 uzasadnienia wyroku).
13. W konsekwencji za nieuzasadnione Naczelny Sąd Administracyjny potraktował zarzuty opisane w pkt 1 petitum skargi kasacyjnej stanowiące przepisy Ordynacji podatkowej dotyczące wydawania indywidualnych interpretacji podatkowych, albowiem przedmiot wniosku w sprawie odpowiadał warunkom zakreślonym w art. 14b § 2 w związku z art. 3 ust 1 i 2 O.p.
14. W tym kontekście za nieuzasadnione należało uznać również zarzuty skargi kasacyjnej dotyczące naruszenia zaskarżonym wyrokiem art. 134 § 1 w związku z art. 57a P.p.s.a. co odnosiło się do oparcia "wyroku na podstawie prawnej nie wyartykułowanej w samej skardze tj. art. 14b § 5b Ordynacji podatkowej", gdyż w sprawie kontroli postanowienia o odmowie wszczęcia postępowania w sprawie wydania indywidualnej interpretacji przepisów prawa nie obowiązuje zasada wyrażona w art. 57a P.p.s.a. związania zarzutami skargi.
15. Naczelny Sąd Administracyjny nie podzielił również zarzutu naruszenia przez WSA art. 141 § 4 P.p.s.a. co Organ uzasadniał sprzecznością w treści uzasadnienia wyroku. W tym zakresie uznać należy, że Organ nie zrozumiał intencji Sądu pierwszej instancji, który starał się wskazać na rozróżnienie kwestii technicznej dotyczącej samego przeliczania jednostek odmiennie opisanych w obu wersjach faktury od wyrażenia oceny co do prawnej możliwości akceptacji takiego przeliczenia o ile Skarżąca oświadcza, że w tym obszarze nie powstaje rozbieżność. Na marginesie Naczelny Sąd Administracyjny dostrzega również mało komunikatywny sposób prezentowania przez Skarżącą problemu opisanego we wniosku o interpretację, którego intencja winna być odczytywana przez treść podsumowujących pytań.
16. Mając na uwadze powyższe Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 184 P.p.s.a. oddalił skargę kasacyjną. O kosztach postępowania kasacyjnego orzekł na podstawie art. 209, art. 204 pkt 2 w związku z art. 205 § 2, 3 i 4 P.p.s.a.