Uzasadnienie
1. Skarga kasacyjna.
1.1. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej, reprezentowany przez profesjonalnego pełnomocnika, pismem z dnia 16 lutego 2022 r., wniósł skargę kasacyjną od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z dnia 14 grudnia 2021 r., I SA/Kr 1466/21. Wyrokiem tym Sąd uchylił interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 27 sierpnia 2021 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług.
1.2. Wyrok Sądu pierwszej instancji zaskarżono w całości, zarzucając mu naruszenie prawa materialnego, tj. art. 72 § 1 pkt. 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2021 r., poz. 1540, z późn. zm.) przez jego błędną wykładnię i w konsekwencji niewłaściwą ocenę zastosowania polegającą na uznaniu, że kwestia "ciężaru ekonomicznego poniesionego podatku" nie ma znaczenia i nie przekreśla możliwości ubiegania się o zwrot nadpłaty i skorygowania podatku należnego wskazanego w deklaracji VAT.
1.3. Wskazując na powyższą podstawę, wniesiono o uchylenie w całości na podstawie art. 188 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (dalej: p.p.s.a.) zaskarżonego wyroku i rozpoznanie skargi i jej oddalenie, lub o uchylenie w całości zaskarżonego wyroku i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Sądowi pierwszej instancji, o rozpoznanie sprawy na rozprawie, w tym rozprawie odmiejscowionej oraz o zasądzenie od strony przeciwnej na rzecz Organu kosztów postępowania kasacyjnego, w tym kosztów zastępstwa prawnego według norm przepisanych.
2. Odpowiedzi na skargę kasacyjną nie złożono, lecz w piśmie z dnia 2 września 2025 r., E. Sp. z o.o. z siedzibą w K., reprezentowana przez profesjonalnego pełnomocnika, wniosła o zasądzenie od Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej na rzecz strony przeciwnej zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych.
Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
3. Skarga kasacyjna nie jest zasadna.
4.1. Jak trafnie wskazał Sąd pierwszej instancji, zasadniczy spór w sprawie dotyczy tego, czy spółka jest uprawniona do skorygowania podatku należnego wykazanego w deklaracji VAT i uzyskania nadpłaty wynikającej z zawyżenia stawki podatku od towarów i usług zawartej w cenie sprzedaży lokalu mieszkalnego osobie fizycznej, niebędącej podatnikiem tego podatku.
4.2. Uchylając zaskarżoną interpretację, Sąd przyznał rację skarżącej, że prawidłowa wykładnia art. 72 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej prowadzi do wniosku, że warunkiem uznania wpłaty podatku za nadpłatę jest "nadpłacenie" lub "nienależne zapłacenie" podatku, bez konieczności badania, czy wykazania przez podatnika poniesienia z tego tytułu uszczerbku majątkowego. Prezentując to stanowisko, Sąd pierwszej instancji przychylił się do tez prezentowanych w orzecznictwie Naczelnego sądu Administracyjnego m.in. w wyrokach: z dnia 27 września 2018 r., sygn. akt I FSK 1753/16, z dnia 8 stycznia 2013 r., sygn. akt I FSK 271/12; z dnia 25 września 2015 r., sygn. akt I FSK 596/14, z dnia 18 grudnia 2015 r., sygn. akt I FSK 1168/15, czy grupa najnowszych wyroków z dnia 20 maja 2021 r. o sygn. akt I FSK 362/21, I FSK 363/21, I FSK 368/21, I FSK 369/21, I FSK 393/21, I FSK 394/21.
4.3. Sąd pierwszej instancji odwołał się także do uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z 13 lipca 2009 r., I FSK 4/09, z której wynika jednoznacznie, iż przepis art. 72 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej nie stoi na przeszkodzie zwrotowi nadpłaty w podatku akcyzowym także wtedy, gdy ciężar podatku poniósł nabywca opodatkowanego towaru. W ocenie Sądu pierwszej instancji w uzasadnieniu uchwały NSA zawarł uniwersalne rozważania co do instytucji nadpłaty zawartej w art. 72 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej, wskazując, iż wprawdzie przedmiotem zapytania jest stosowanie przepisu Ordynacji podatkowej w odniesieniu do konkretnego podatku, w tym przypadku do podatku akcyzowego, jednakże uznał, że na gruncie obowiązującego stanu prawnego, nie jest możliwe różnicowanie rozumienia art. 72 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej zależnie od rodzaju podatku będącego przedmiotem wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Takiego zróżnicowania nie przewiduje bowiem żaden przepis. W tym kontekście stwierdził wyraźnie, iż konstytutywną przesłanką powstania nadpłaty jest zapłata podatku w wysokości wyższej niż istniejące zobowiązanie podatkowe lub nawet przy jego zupełnym braku. Ordynacja podatkowa nie formułuje przy tym żadnych dalszych przesłanek zwrotu nadpłaty. Przepis jest wyraźnie sformułowany i nie pozostawia z punktu widzenia językowego żadnych wątpliwości co do rozumienia użytych w nim wyrażeń. Art. 72 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej kształtuje kompetencje organu administracji publicznej w sposób jasny i kategoryczny. W takiej sytuacji nie zachodzi potrzeba odwoływania się do innych rodzajów wykładni, a tym bardziej do swoistego prawotwórstwa, przez dodawanie do ustawowej definicji dodatkowej przesłanki, której ustawodawca nie zawarł (mimo, że mógł). Naczelny Sąd Administracyjny podkreślił również w omawianej uchwale, że relacja między konsumentem a podatnikiem nie może wpływać na wykładnię przepisu regulującego relację podatnika z organem administracji publicznej. Wynika to z faktu, że stosunek podatkowoprawny zachodzi tylko i wyłącznie między organem administracji publicznej i podatnikiem. Nie ma tu miejsca na rozważanie roli innych podmiotów i skutków tego stosunku dla nich.