Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
Zgodnie z art. 156 § 1 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tj. Dz. U. z 2024 r. poz. 935 z późn. zm.; powoływanej dalej jako "p.p.s.a"), Sąd może z urzędu sprostować w wyroku niedokładności, błędy pisarskie albo rachunkowe lub inne oczywiste omyłki. Sprostowanie sąd może postanowić na posiedzeniu niejawnym (art. 156 § 2 zdanie pierwsze p.p.s.a.). Wykładnia gramatyczna art. 156 § 1 p.p.s.a. wskazuje, że wszystkie opisane w nim nieprawidłowości, muszą cechować się oczywistością, tzn. być bez trudu rozpoznawalne, mieć charakter bezsporny. Oczywistość wadliwości może wynikać z porównania niedokładności, błędu lub omyłki z innymi niebudzącymi wątpliwości okolicznościami (por. postanowienie NSA z dnia 8 kwietnia 2009 r. sygn. akt I GZ 7/09, opubl. CBOSA). Zgodnie z ukształtowanym w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego i utrwalonym poglądem, o dopuszczalności sprostowania decyduje przede wszystkim wpływ omyłki na treść orzeczenia sądu (tak m.in. postanowienie NSA z 22 grudnia 2004 r., sygn. akt OZ 887/04).
Nie ulega wątpliwości, że Naczelny Sąd Administracyjny wydając w dniu 17 kwietnia 2024 r. wyrok o sygn. I FSK 139/24 uchylił zaskarżony wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie w części uchylającej decyzję organu podatkowego pierwszej instancji, ale nie było jego intencją przekazanie sprawy w tym zakresie do ponownego rozpoznania przez Sąd pierwszej instancji. Sposób sformułowania pkt. 1) zawartego w wyroku rozstrzygnięcia stanowił zaś następstwo oczywistej omyłki wynikłej przy komputerowym opracowaniu projektu sentencji, polegającej na pozostawieniu zbędnego fragmentu, charakterystycznej dla obróbki tekstu w edytorze.
W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego omyłka ta ma charakter oczywisty, jak również nie stanowi wady orzeczenia na tyle istotnej, aby nie podlegała sprostowaniu (por. postanowienia NSA z 22 lipca 2020 r., sygn. akt II OSK 406/20 oraz II OSK 473/20). Na jej oczywisty charakter wskazuje również treść sporządzonego uzasadnienia przedmiotowego wyroku, gdzie na stronie 10 wprost wskazano, iż Naczelny Sąd Administracyjny uznał skargę kasacyjną za zasadną w zakresie, w jakim Sąd pierwszej instancji uchylił decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego W. z dnia 26 marca 2021 r. i w tej części uchylił zaskarżony wyrok, jak również zawarto wytyczne w zakresie przeprowadzenia ponownego postępowania przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie, nie zaś Sąd pierwszej instancji.
Z powyższych względów, w oparciu o art. 156 § 1 i 2 w zw. z art. 193 p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny orzekł jak w sentencji.