Skarga kasacyjna zasługiwała na uwzględnienie.
Na wstępie zaznaczyć należy, że zgodnie z art. 182 § 1 P.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny może rozpoznać na posiedzeniu niejawnym skargę kasacyjną od postanowienia wojewódzkiego sądu administracyjnego kończącego postępowanie w sprawie. W myśl art. 182 § 3 P.p.s.a., rozpoznając tego rodzaju sprawę na posiedzeniu niejawnym Naczelny Sąd Administracyjny orzeka w składzie jednego sędziego.
Przed przystąpieniem do rozpatrzenia zarzutów skargi kasacyjnej należy wskazać, że zagadnienie prawne jakie zaistniało w sprawie było już przedmiotem rozważań zarówno wojewódzkich sądów administracyjnych, jak i Naczelnego Sądu Administracyjnego. W orzecznictwie zagadnienie to budziło wątpliwości i zaprezentowano dwa poglądy.
W pierwszym z nich wojewódzkie sądy administracyjne (np. postanowienie WSA w Gliwicach z 31 marca 2025 r., sygn. akt I SAB/Gl 4/25 i z 28 kwietnia 2025 r., sygn. akt I SA/Gl 466/25, postanowienie WSA w Bydgoszczy z 28 kwietnia 2025 r., sygn. akt I SA/Bd 125/25 i 5 maja 2025 r., sygn. akt I SA/Bd 139/25, postanowienie WSA w Szczecinie z 20 maja 2025 r., sygn. akt II SA/Sz 131/25, postanowienie WSA w Poznaniu z 28 maja 2025 r., sygn. akt I SA/Po 273/25, postanowienie WSA w Kielcach z 18 marca 2025 r., sygn. akt I SA/Ke 67/25) uznały, że skargi wniesione za pomocą systemu e-Doręczenia należy odrzucać. W postanowieniach tych powoływano się na brzmienie art. 155 ust. 7 u.d.e. zgodnie z którym "Sądy i trybunały, komornicy, prokuratura, organy ścigania i Służba Więzienna są obowiązane stosować przepisy ustawy w zakresie doręczania korespondencji z wykorzystaniem publicznej usługi rejestrowanego doręczenia elektronicznego lub publicznej usługi hybrydowej od dnia 1 października 2029 r.". Wtedy bowiem w życie ma wejść nowy art. 65a P.p.s.a., z którego wynika, że sądowe doręczenia będą możliwe na wskazany adres do doręczeń elektronicznych lub adres "powiązany z kwalifikowaną usługą rejestrowanego doręczenia elektronicznego, za pomocą której wniesiono pismo". Do tego czasu jednak skarga do sądu administracyjnego powinna być nadal wnoszona za pośrednictwem systemu e-PUAP, a "skorzystanie z innego kanału komunikacji elektronicznej jest nieskuteczne". Część z powyższych postanowień było przedmiotem kontroli Naczelnego Sądu Administracyjnego, który niejednokrotnie podzielał powyższe stanowisko (postanowienia NSA z 12 czerwca 2025 r., sygn. akt I FSK 786/25 oraz z 24 czerwca 2025 r., sygn. akt II FSK 672/25).
W najnowszym orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego zapadłym na tle tożsamego stanu faktycznego i prawnego, jaki ma miejsce w rozpoznawanej sprawie (por. postanowienia Naczelnego Sądu Administracyjnego z: 17 września 2025 r., I FSK 1176/25; 24 września 2025 r., I FSK 1395/25; 27 października 2025 r., II FSK 1230/25; 28 października 2025 r., I OSK 1516/25; 31 października 2025 r., I FSK 571/25 i I FSK 572/25; 18 listopada 2025 r., III FSK 1219/25) wyrażono pogląd, który Naczelny Sąd Administracyjny w całości podziela i uznaje za własny, że wniesienie skargi do sądu administracyjnego w formie dokumentu elektronicznego za pośrednictwem organu, którego działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania jest przedmiotem skargi, z wykorzystaniem systemu teleinformatycznego innego, niż e-PUAP, nie daje podstaw do odrzucenia takiej skargi na podstawie art. 58 § 1 pkt 6 P.p.s.a., jeżeli zgodnie z art. 46 § 2a P.p.s.a. została ona podpisana kwalifikowanym podpisem elektronicznym, podpisem zaufanym albo podpisem osobistym i na podstawie art. 54 § 2 P.p.s.a. została przekazana przez ten organ na elektroniczną skrzynkę podawczą e-PUAP sądu administracyjnego.
W pierwszej kolejności odnotować należy, że art. 54 § 1a P.p.s.a. nie wyjaśnia, jak należy rozumieć pojęcie "elektronicznej skrzynki podawczej tego organu". Przepis ten posługuje się ogólnym pojęciem "elektronicznej skrzynki podawczej" i nie zawęża go do adresu elektronicznego konta na e-PUAP. Występujących na tym tle wątpliwości nie rozstrzyga bowiem ani art. 12b § 2 P.p.s.a., zgodnie z którym w postępowaniu sądowoadministracyjnym dokumenty elektroniczne wnosi się do sądu administracyjnego przez elektroniczną skrzynkę podawczą, a sąd doręcza takie dokumenty stronom za pomocą środków komunikacji elektronicznej na warunkach określonych w art. 74a, ani art. 12b § 4 P.p.s.a., który nakazuje odpowiednie stosowanie przepisów dotyczących zastosowania środków komunikacji elektronicznej do organów, do których lub za pośrednictwem których składane są pisma w formie dokumentu elektronicznego. W szczególności przytoczone przepisy nie odsyłają ani wprost, ani pośrednio, do definicji elektronicznej skrzynki podawczej, która została przyjęta w art. 3 pkt 17 ustawy o informatyzacji, zgodnie z którym to przepisem elektroniczna skrzynka podawcza to dostępny publicznie środek komunikacji elektronicznej, służący do przekazywania dokumentu elektronicznego do podmiotu publicznego przy wykorzystaniu powszechnie dostępnego systemu teleinformatycznego. Także z definicji, która została przyjęta w art. 3 pkt 17 ustawy o informatyzacji, nie wynika, że elektroniczną skrzynką podawczą organu jest wyłącznie zdefiniowana w art. 3 pkt 13 tej ustawy elektroniczna platforma usług administracji publicznej (e-PUAP), to jest system teleinformatyczny, w którym instytucje publiczne udostępniają usługi przez pojedynczy punkt dostępowy w sieci Internet. Podkreślić należy, że w obecnie obowiązującym stanie prawnym funkcjonuje kilka alternatywnych systemów służących do komunikacji elektronicznej z organami państwowymi tj.: e-PUAP, e-Urząd Skarbowy, a także system oznaczony jako "e-Doręczenia".
Analiza regulacji zawartych w art. 19 i art. 19a ustawy o informatyzacji pozwala więc na zajęcie stanowiska, że e-PUAP jest systemem teleinformatycznym ministra właściwego do spraw informatyzacji, ale nie jest to system teleinformatyczny organu podatkowego, w tym samorządowego organu podatkowego. W rezultacie należy przyjąć, że e-PUAP jest tylko jednym z kilku kanałów komunikacji elektronicznej, mających zastosowanie w postępowaniu podatkowym (zob. P. Pietrasz [w:] Ordynacja podatkowa. Komentarz aktualizowany, red. L. Etel, LEX/el. 2021, art. 144, pkt 8). Z kolei art. 155 ust. 7 u.d.e., zgodnie z którym sądy i trybunały, komornicy, prokuratura, organy ścigania i Służba Więzienna, są obowiązane stosować przepisy tej ustawy w zakresie doręczania korespondencji z wykorzystaniem publicznej usługi rejestrowanego doręczenia elektronicznego lub publicznej usługi hybrydowej, dotyczy wyłącznie sposobu doręczania korespondencji przez te jednostki, a nie jej odbierania od stron postępowania.
Pełnomocnik spółki jako doradca podatkowy jest podmiotem, o którym mowa w art. 9 ust. 1 pkt 3 u.d.e. i ma obowiązek posiadania adresu do doręczeń elektronicznych, wpisanego do bazy adresów elektronicznych, powiązanego z publiczną usługą rejestrowanego doręczenia elektronicznego albo kwalifikowaną usługą rejestrowanego doręczenia elektronicznego. Może dokonywać doręczeń przez e-Doręczenia od dnia 1 stycznia 2025 r. Wniesienie przez niego skargi do sądu administracyjnego przez system służący do komunikacji elektronicznej z organami państwowymi w postępowaniu administracyjnym (podatkowym) należy więc uznać za prawnie skuteczne, skoro uzyskał on faktyczne potwierdzenie wniesienia pisma w formie elektronicznej przez przekazanie skargi przez organ podatkowy sądowi administracyjnemu, z zastosowaniem właściwej formy komunikacji elektronicznej.
Ponadto zauważyć trzeba, iż z art. 156 i art. 157 ust.1 u.d.e. wynika, że doręczenie skargi na adres do doręczeń elektronicznych (e-Doręczenie), o którym mowa w art. 2 pkt 1 u.d.e., jest zrównane z doręczeniem przez platformę e-PUAP. Wywołuje zatem skutki przewidziane w art. 54 ust. 1a, art. 12b § 1 i § 2, § 4 oraz art. 49a P.p.s.a.
Wypada zauważyć, że odmienna wykładnia art. 58 § 1 pkt 6 oraz art. 54 § 1a P.p.s.a. potencjalnie mogłaby prowadzić do naruszenia wyrażonej w art. 45 ust. 1 Konstytucji zasady prawa do sądu. Zgodnie bowiem z treścią art. 58 § 1 pkt 6 P.p.s.a. sąd administracyjny odrzuca skargę, jeżeli z innych przyczyn, niż wymienione w pkt 1 – 5a, wniesienie skargi jest niedopuszczalne. Na podstawie art. 58 § 1 pkt 6 P.p.s.a. skarga podlega więc odrzuceniu, jeżeli została wniesiona na decyzję wydaną przez organ pierwszej instancji, w sytuacji, w której strona nie wyczerpała środków zaskarżenia, gdy organizacja społeczna wniosła skargę w sprawie dotyczącej interesu prawnego innej osoby, mimo, że nie brała udziału w postępowaniu administracyjnym, skarga została wniesiona przez osobę nie mogącą być pełnomocnikiem albo nie mającą pełnomocnictwa, wniosła ją osoba, której ustawa szczególna nie przyznaje w konkretnym wypadku (na konkretny akt lub czynność) legitymacji skargowej (tak m.in. Kabat Andrzej [w:] Dauter Bogusław, Kabat Andrzej, Niezgódka-Medek Małgorzata, Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz do art. 58, Lex/el.).
W tym miejscu warto wskazać, że nie można tracić z pola widzenia konstytucyjnego prawa do sądu (art. 45 ust. 1 Konstytucji RP), które – w powiązaniu z nakazem wykładni prokonstytucyjnej - prowadzi do odrzucenia wyników wykładni zbyt rygorystycznej, zamykającej stronie drogę do rozpoznania jej sprawy przez sąd przez nadmierny formalizm (zob. postanowienie NSA z 10 maja 2019 r., sygn. akt I OZ 400/19; 6 maja 2022 r., sygn. akt III FZ 147/22; 26 maja 2022 r., sygn. akt III FZ 150/22). Koresponduje z tym także dorobek orzeczniczy Europejskiego Trybunału Praw Człowieka, w świetle którego sądy muszą, stosując przepisy proceduralne, unikać zarówno nadmiaru formalizmu, który mógłby podważyć rzetelność postępowania, jak i nadmiernej elastyczności, która prowadziłaby do zniesienia wymogów proceduralnych ustanowionych przez prawo (wyrok ETPC z 11 października 2018 r. w sprawie [...] przeciwko P., pkt 38 i przytoczone tam orzecznictwo).
W przedstawionym wyżej kontekście odnotować należy, że wniesienie skargi do sądu administracyjnego przez spółkę było dopuszczalne, gdyż zaskarżono nią, po wyczerpaniu środków zaskarżenia (czyli wniesieniu odwołania), decyzję podatkowego organu odwoławczego, skarga została wniesiona przez stronę postępowania, której niewątpliwie, zgodnie z art. 50 § 1 P.p.s.a., przysługiwała legitymacja do jej wniesienia. Skarga wniesiona w formie elektronicznej zawiera adres elektroniczny pełnomocnika skarżącej spółki na e-PUAP i została podpisana przez niego za pomocą kwalifikowanego podpisu elektronicznego. Tym samym spełniała także wymóg przewidziany w art. 46 § 2a P.p.s.a., zgodnie z którym w przypadku, gdy pismo strony jest wnoszone w formie dokumentu elektronicznego, powinno zawierać adres elektroniczny oraz zostać podpisane przez stronę albo jej przedstawiciela ustawowego lub pełnomocnika kwalifikowanym podpisem elektronicznym, podpisem zaufanym albo podpisem osobistym. Wbrew zatem temu, co przyjął Wojewódzki Sąd Administracyjny w postanowieniu odrzucającym skargę, nie była ona niedopuszczalna z innych przyczyn w rozumieniu art. 58 § 1 pkt 6 P.p.s.a.
Zasadnie więc w skardze kasacyjnej zarzucono naruszenie art. 58 § 1 pkt 6 P.p.s.a., gdyż odrzucenie skargi na tej podstawie stanowiło naruszenie prawa do sądu.
Mając powyższe na uwadze, Naczelny Sąd Administracyjny orzekł na mocy art. 185 § 1 w związku z art. 182 § 1 i § 3 P.p.s.a. jak w sentencji.