4.3. Przystępując w tej sytuacji do oceny zarzutów podniesionych w skardze kasacyjnej Naczelny Sąd Administracyjny podkreśla, że podziela stanowisko przyjęte w postanowieniu z 17 września 2025 r., sygn. akt I FSK 1176/25, w myśl którego "wniesienie skargi do sądu administracyjnego w formie dokumentu elektronicznego za pośrednictwem organu, którego działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania jest przedmiotem skargi z wykorzystaniem systemu teleinformatycznego innego niż e-PUAP nie daje podstaw do odrzucenia skargi na podstawie art. 58 § 1 pkt 6 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, jeżeli zgodnie z art. 46 § 2a tej ustawy skarga została podpisana kwalifikowanym podpisem elektronicznym, podpisem zaufanym albo podpisem osobistym i na podstawie art. 54 § 2 tej ustawy została przekazana przez ten organ na elektroniczną skrzynkę podawczą e-PUAP sądu administracyjnego".
4.4. Odwołując się do argumentacji przedstawionej w uzasadnieniu powyższego postanowienia Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, że zasadnie we wniesionej skardze kasacyjnej zarzucono naruszenie art. 58 § 1 pkt 6 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, na podstawie którego wydano zaskarżone postanowienie. Zasadnie także zarzucono, że przyjęta przez Sąd pierwszej instancji wykładnia tego przepisu, powiązana w uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia z art. 54 § 1a i art. 49a ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, prowadzi do pozbawienia skarżącej spółki prawa do sprawiedliwego i jawnego rozpatrzenia sprawy bez nieuzasadnionej zwłoki przez właściwy, niezależny, bezstronny i niezawisły sąd (art. 45 ust. 1 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej).
4.5. Zgodnie z treścią art. 58 § 1 pkt 6 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, sąd administracyjny odrzuca skargę, jeżeli z innych przyczyn niż wymienione w pkt 1 – 5a "wniesienie skargi jest niedopuszczalne".
Przepis ten – jak wyjaśniono w piśmiennictwie – nawiązuje do przesłanek dopuszczalności zaskarżenia w węższym znaczeniu (sensu stricto) i w tym węższym znaczeniu przez "dopuszczalność skargi" należy rozumieć zarówno jej przesłanki przedmiotowe, tzn. określenie, od jakiego rodzaju form działalności organów administracji publicznej przysługuje skarga, jak i dopuszczalność skargi w zakresie podmiotowym, tzn. określenie, jakim podmiotom przysługuje legitymacja do jej wniesienia.
Warunkami sensu stricto skutecznego złożenia skargi są więc:
1) złożenie skargi od aktu lub czynności (bezczynności lub przewlekłego prowadzenia postępowania) objętych zakresem właściwości rzeczowej sądu administracyjnego, określonej w art. 3 § 2 i art. 5 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi,
2) wniesienie skargi po wyczerpaniu środków zaskarżenia, jeżeli przysługiwały one skarżącemu w postępowaniu przed organem właściwym w sprawie, chyba że skargę wnosi prokurator, Rzecznik Praw Obywatelskich lub Rzecznik Praw Dziecka (art. 52 powołanej wyżej ustawy),
3) wniesienie skargi przez podmiot, któremu – zgodnie z art. 50 § 1 lub 2 ustawy przysługuje legitymacja do jej wniesienia.
Przesłanki te mają charakter merytoryczny i wyznaczają przedmiotowy zakres postępowania sądowoadministracyjnego oraz legitymację do jego uruchomienia. Określają od jakiej formy działalności organów administracji publicznej przysługuje skarga oraz komu ona przysługuje. W każdym przypadku stwierdzenia braku którejś z przesłanek dopuszczalności zaskarżenia sensu stricto sąd administracyjny jest zobowiązany skargę odrzucić (tak m.in. Woś Tadeusz. (red.) oraz Romańska Marta [w:] Woś Tadeusz (red.), Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz do art. 58, Lex/el.).
W orzecznictwie przyjmuje się, że "niedopuszczalność skargi z innych przyczyn" wystąpi w szczególności, gdy skarga zostanie wniesiona na akt administracyjny, który nie został skutecznie doręczony stronom lub, gdy została wniesiona przed doręczeniem stronie rozstrzygnięcia podlegającego zaskarżeniu do sądu administracyjnego (tak m. in. postanowienie Naczelnego Sądu Administracyjnego z 28 października 2020 r., sygn. akt II OSK 2477/20 oraz z 22 stycznia 2010 r., sygn. akt II OSK 157/09; dostępne w internetowej bazie orzeczeń – dalej CBOSA).
Niedopuszczalne w rozumieniu art. 58 § 1 pkt 6 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi jest jej złożenie przez podmiot do tego nieuprawniony, np. jeżeli ten sam podmiot – gmina (jej organ) – raz występuje w sprawie jako organ administracji wykonujący swoje władztwo, a raz – gdy uzna, że jest to dla niego korzystne – jako strona domagająca się ochrony w istocie przed działaniami organu administracji wyższego stopnia (tak m.in. postanowienie Naczelnego Sądu Administracyjnego z 22 stycznia 2010 r., sygn. akt II OSK 157/09 – dostępne w CBOSA).
Na podstawie art. 58 § 1 pkt 6 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi podlega odrzuceniu skarga, jeżeli została wniesiona na decyzję wydaną przez organ pierwszej instancji, w sytuacji, w której strona nie wyczerpała środków zaskarżenia, gdy organizacja społeczna wniosła skargę w sprawie dotyczącej interesu prawnego innej osoby, mimo że nie brała udziału w postępowaniu administracyjnym, została wniesiona przez osobę niemogącą być pełnomocnikiem albo niemającą pełnomocnictwa, wniosła ją osoba, której ustawa szczególna nie przyznaje w konkretnym wypadku (na konkretny akt lub czynność) legitymacji skargowej (tak m.in. Kabat Andrzej [w:] Dauter Bogusław, Kabat Andrzej, Niezgódka-Medek Małgorzata, Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz do art. 58, Lex/el.).
4.6. Odmienny charakter mają przesłanki formalne, których niedochowanie skutkuje odrzuceniem skargi. Należą do nich przesłanki wymienione w art. 58 § 1 pkt 2 – 5 oraz w art. 220 § 3 ustawy – Prawo o postepowaniu przed sądami administracyjnymi, to jest: wniesienie skargi po upływie terminu do jej wniesienia (pkt 2), nieuzupełnienie w wyznaczonym terminie braków formalnych skargi (pkt 3), objęcie skargą sprawy pomiędzy tymi samymi stronami sprawy, która jest w toku lub została już prawomocnie osądzona (pkt 2), jeżeli jedna ze stron nie ma zdolności sądowej albo jeżeli skarżący nie ma zdolności procesowej, a nie działa za niego przedstawiciel ustawowy albo jeżeli w składzie organów jednostki organizacyjnej będącej stroną skarżącą zachodzą braki uniemożliwiające jej działanie (pkt 3), a także wniesienie skargi, od której pomimo wezwania nie został uiszczony należny wpis – podlegają odrzuceniu przez sąd (art. 220 § 3 tej ustawy).
4.7. Do przesłanek merytorycznych, których brak skutkuje odrzuceniem skargi na podstawie art. 58 § 1 pkt 6 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi nie należy przewidziany w art. 54 § 1 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi tryb wniesienia skargi do sądu administracyjnego "za pośrednictwem organu, którego działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania jest przedmiotem skargi" oraz wynikający z § 1a tego przepisu wymóg wniesienia skargi w formie dokumentu elektronicznego "do elektronicznej skrzynki podawczej tego organu".
Zachowanie trybu wnoszenia skargi do wojewódzkiego sądu administracyjnego zaliczane bowiem jest w literaturze przedmiotu do wymagań formalnych (tak m.in. B. Adamiak, [w:] B. Adamiak, J. Borkowski, Postępowanie administracyjne i sądowoadministracyjne, Warszawa 2011, s. 436-438).
Za zaliczeniem trybu wnoszenia skargi do wojewódzkiego sądu administracyjnego do wymagań formalnych przemawia także treść art. 53 § 4 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, który stanowi, że termin, o którym mowa w § 1 i 2, uważa się za zachowany także wtedy, gdy przed jego upływem strona wniosła skargę wprost do sądu administracyjnego. Zgodnie z wymienionym przepisem sąd niezwłocznie przesyła wówczas skargę odpowiednio do organu, który wydał zaskarżone rozstrzygnięcie, wydał akt lub podjął czynność, która jest przedmiotem skargi.
4.8. W piśmiennictwie prezentowane jest także stanowisko, że wniesienie pisma (w tym również skargi) w formie dokumentu elektronicznego z pominięciem elektronicznej skrzynki podawczej sądu lub organu administracyjnego powinno spotkać się ze stosowną reakcją sprowadzającą się do poinformowania podmiotu wnoszącego pismo o wadliwości takiego działania i o konieczności wniesienia pisma (w tym również skargi) w formie dokumentu elektronicznego do elektronicznej skrzynki podawczej sądu lub organu administracyjnego (tak m.in. Pietrasz Piotr, Informatyzacja postępowania sądowoadministracyjnego [nowe rozwiązania]; opublikowano: ZNSA z 2014 r., nr 5, str. 30 – 31).
Jednakże zastosowanie tego trybu, przy braku innych przeszkód formalnych, staje się bezprzedmiotowe, w sytuacji, w której organ, za pośrednictwem którego złożono skargę w postaci elektronicznej, przekazał ją sądowi wraz z kompletnymi i uporządkowanymi aktami sprawy i odpowiedzią na skargę, w terminie trzydziestu dni od dnia jej otrzymania, zgodnie z art. 54 § 2 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi.
4.9. W przedstawionym wyżej kontekście odnotować należy, że nie może budzić żadnych wątpliwości to, że wniesienie skargi do sądu administracyjnego przez skarżącą spółkę było "dopuszczalne", gdyż zaskarżono w niej, po wyczerpaniu środków zaskarżenia (odwołania), decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy z 6 lutego 2025 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za sierpień 2022 r., która została wniesiona przez skarżącą spółkę i której, zgodnie z art. 50 § 1 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi przysługiwała legitymacja do jej wniesienia.
4.10. Istotne jest przy tym, że wniesiona w formie elektronicznej skarga zawierała adres elektroniczny pełnomocnika skarżącej spółki na e-PUAP i została podpisana przez niego za pomocą podpisu zaufanego (str. 11 akt sądowych). Tym samym spełniała wymóg przewidziany w art. 46 § 2a ustawy – Prawo o postepowaniu przed sądami administracyjnymi, zgodnie z którym "W przypadku gdy pismo strony jest wnoszone w formie dokumentu elektronicznego, powinno ponadto zawierać adres elektroniczny oraz zostać podpisane przez stronę albo jej przedstawiciela ustawowego lub pełnomocnika kwalifikowanym podpisem elektronicznym, podpisem zaufanym albo podpisem osobistym".
4.11. Wbrew temu co przyjął Sąd pierwszej instancji, o "niedopuszczalności skargi z innych przyczyn" w rozumieniu art. 58 § 1 pkt 6 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, nie mogło przesądzać to, że skarga w formie elektronicznej została złożona przez skarżącą na inny niż e-PUAP kanał informacji elektronicznej, tj. przez system "e-doręczenia" na adres elektroniczny do doręczeń organu podatkowego. Nie budzi bowiem wątpliwości to, że skarga wniesiona w ten sposób przez skarżącą spółkę została następnie przekazana przez organ odwoławczy wraz z odpowiedzią na skargę i pozostałymi dokumentami Sądowi pierwszej instancji na jego elektroniczną skrzynkę podawczą (k. 31 akt sądowych). Następnie, za pośrednictwem tej platformy Sąd pierwszej instancji oraz pełnomocnik skarżącej doręczali wzajemnie pisma procesowe.
Istotne jest także, że zgodnie z 49a powołanej wyżej ustawy Sąd pierwszej instancji potwierdził wniesienie skargi w formie dokumentu elektronicznego do swojej elektronicznej skrzynki podawczej przez przesłanie urzędowego poświadczenia odbioru w rozumieniu ustawy o informatyzacji działalności podmiotów realizujących zadania publiczne, na wskazany przez wnoszącego adres elektroniczny.
4.12. Zasadnie w tej sytuacji argumentowano w skardze kasacyjnej, że wprawdzie skarga w formie elektronicznej została złożona do organu, który wydał zaskarżoną decyzję przez inny niż e-PUAP kanał informacji elektronicznej, ale organ ten – zgodnie z dyspozycją art. 54 § 2 ustawy – Prawo o postepowaniu przed sądami administracyjnymi – przekazał ją w postaci elektronicznej na elektroniczną skrzynkę podawczą Sądu pierwszej instancji i wobec tego nie ulegało wątpliwości, że skarga skutecznie dotarła do adresata, tj. Sądu pierwszej instancji.
4.13. W kontekście przedstawionej wyżej argumentacji podkreślić należy dodatkowo, że przepis art. 54 § 1a ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi nie wyjaśnia, jak należy rozumieć pojęcie "elektronicznej skrzynki podawczej tego organu". Przepis ten posługuje się ogólnym pojęciem "elektronicznej skrzynki podawczej" i nie zawęża go np. do adresu elektronicznego konta na e-PUAP. Przyjęta przez Sąd pierwszej instancji wykładnia, że skrzynką taką jest wyłącznie e-PUAP nie znajduje zatem oparcia w treści tego przepisu, a także w innych przepisach ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi.
Występujących na tym tle wątpliwości nie rozstrzygają bowiem przepisy art. 12b § 2 tej ustawy, zgodnie z którym "W postępowaniu dokumenty elektroniczne wnosi się do sądu administracyjnego przez elektroniczną skrzynkę podawczą, a sąd doręcza takie dokumenty stronom za pomocą środków komunikacji elektronicznej na warunkach określonych w art. 74a" oraz § 4, który nakazuje odpowiednie stosowanie przepisów dotyczących zastosowania środków komunikacji elektronicznej do organów, do których lub za pośrednictwem których składane są pisma w formie dokumentu elektronicznego.
W szczególności przywołane wyżej przepisy nie odsyłają ani wprost ani pośrednio do definicji "elektronicznej skrzynki podawczej", która została przyjęta w art. 3 pkt 17 ustawy z dnia 17 lutego 2005 r. o informatyzacji działalności podmiotów realizujących zadania publiczne (t.j. Dz.U. z 2024 r. poz. 1557 ze zm.), zgodnie z którym "elektroniczna skrzynka podawcza" to "dostępny publicznie środek komunikacji elektronicznej służący do przekazywania dokumentu elektronicznego do podmiotu publicznego przy wykorzystaniu powszechnie dostępnego systemu teleinformatycznego".
Także z definicji, która została przyjęta art. 3 pkt 17 powołanej wyżej ustawy nie wynika, że "elektroniczną skrzynka podawczą organu" jest wyłącznie zdefiniowana w pkt 13 elektroniczna platforma usług administracji publicznej (e-PUAP), tj. "system teleinformatyczny, w którym instytucje publiczne udostępniają usługi przez pojedynczy punkt dostępowy w sieci Internet".
4.14. Odnotować należy, że w obecnie obowiązującym stanie prawnym funkcjonuje kilka alternatywnych systemów służących do komunikacji elektronicznej z organami państwowymi. Funkcjonuje bowiem e-PUAP, e-Urząd Skarbowy, a także doręczenia elektroniczne.
Analiza postanowień art. 19 i 19a ustawy o informatyzacji działalności podmiotów realizujących zadania publiczne pozwala na zajęcie stanowiska, że e-PUAP jest systemem teleinformatycznym ministra właściwego do spraw informatyzacji. Nie jest to natomiast system teleinformatyczny organu podatkowego, w tym samorządowego organu podatkowego. W rezultacie należy przyjąć, że e-PUAP jest jednym z kanałów komunikacji elektronicznej mającym zastosowanie w postępowaniu podatkowym (zob. P. Pietrasz [w:] Ordynacja podatkowa. Komentarz aktualizowany, red. L. Etel, LEX/el. 2021, art. 144, pkt 8).
4.15. Zasadnie w uzasadnieniu skargi kasacyjnej argumentowano, że art. 155 ust. 7 ustawy z dnia 18 listopada 2020 r. o doręczeniach elektronicznych (Dz. U. z 2024 r., poz. 1045), dalej ustawa o doręczeniach elektronicznych, zgodnie z którym sądy i trybunały, komornicy, prokuratura, organy ścigania i Służba Więzienna są obowiązane stosować przepisy ustawy w zakresie doręczania korespondencji z wykorzystaniem publicznej usługi rejestrowanego doręczenia elektronicznego lub publicznej usługi hybrydowej od dnia 1 października 2029 r., dotyczy wyłącznie sposobu doręczania korespondencji przez te jednostki, nie jej odbierania od stron postępowania.
Pełnomocnik skarżącej spółki, będący doradcą podatkowym jest podmiotem, o którym mowa w art. 9 ust. 1 pkt 3 powołanej wyżej ustawy i ma obowiązek posiadania adresu do doręczeń elektronicznych wpisanego do bazy adresów elektronicznych, powiązanego z publiczną usługą rejestrowanego doręczenia elektronicznego albo kwalifikowaną usługą rejestrowanego doręczenia elektronicznego. Może dokonywać doręczeń przez e-doręczenia od 1 stycznia 2025 r.
4.16. Komunikat Ministra Cyfryzacji z dnia 29 maja 2023 r. w sprawie określenia terminu wdrożenia rozwiązań technicznych niezbędnych do doręczania korespondencji z wykorzystaniem publicznej usługi rejestrowanego doręczenia elektronicznego lub publicznej usługi hybrydowej oraz udostępnienia w systemie teleinformatycznym punktu dostępu do usług rejestrowanego doręczenia elektronicznego w ruchu transgranicznym (Dz. U. poz. 1077 z późn. zm.), przewiduje, że doręczanie z wykorzystaniem publicznej usługi rejestrowanego doręczenia elektronicznego i publicznej usługi hybrydowej powinno być wdrożone przez organy administracji rządowej oraz jednostki budżetowe obsługujące te organy najpóźniej od 1 stycznia 2025 r.
4.17. Reasumując; wniesienie skargi do sądu administracyjnego przez system służący do komunikacji elektronicznej z organami państwowymi w postępowaniu administracyjnym (podatkowym) jest skuteczne wobec sądu przez to, że organ przekazał ją do tego sądu właściwą drogą.
Odmienna wykładnia art. 58 § 1 pkt 6 oraz art. 54 § 1a ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, naruszałaby przyjętą w art. 45 ust. 1 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej zasadę prawa do sądu. Przepis art. 54 § 1a ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi należy bowiem wykładać w taki sposób, by urzeczywistniał konstytucyjne normy prawne, szczególnie wyrażoną w art. 45 ust. 1 ustawy zasadniczej zasadę prawa obywatela do sądu.
Prawo do sprawiedliwego i jawnego rozpatrzenia sprawy nie zostanie urzeczywistnione, jeśli odrzucając skargę bezpodstawnie tamuje się stronie możliwość inicjowania kontroli sądowoadministracyjnej tylko z powodu wniesienia skargi do sądu za pośrednictwem organu, którego działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania jest przedmiotem skargi z wykorzystaniem innego niż e-PUAP kanału komunikacji elektronicznej.
Nie może budzić wątpliwości, że celem informatyzacji wymiaru sprawiedliwości, a zatem również sądownictwa administracyjnego, było usprawnienie i podniesienie efektywności postępowania oraz doprowadzenie do zwiększenia zaufania do wymiaru sprawiedliwości, głównie z uwagi na szeroką i prostą dostępność do informacji o charakterze ogólnym. Potrzebę informatyzacji postępowania sądowoadministracyjnego można upatrywać w szeroko pojętej zasadzie prawa do sądu (P. Pietrasz, Informatyzacja polskiego postępowania przed sądami administracyjnymi a jego zasady ogólne; LEX/el oraz K. Flaga-Gieruszyńska, Wpływ informatyzacji na sprawność i efektywność sądowego postępowania egzekucyjnego [w:] Elektronizacja sądowego postępowania egzekucyjnego w Polsce, red. A. Marciniak, Sopot 2015, s. 84.).
4.18. Z przedstawionych wyżej powodów Naczelny Sąd Administracyjny, nie podzielając stanowiska przyjętego w dotychczasowym orzecznictwie, stwierdził, że podniesione w skardze kasacyjnej zarzuty naruszenia art. 58 § 1 pkt 6 w związku z art. 54 § 1a ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi był usprawiedliwiony i na podstawie 182 § 1 w związku z 185 § 1 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, orzekł jak w sentencji postanowienia.
4.19. Naczelny Sąd Administracyjny nie orzekł o kosztach postępowania kasacyjnego, w tym "kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych", ponieważ stosownie do art. 209 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, wniosek strony o zwrot kosztów sąd rozstrzyga w każdym orzeczeniu uwzględniającym skargę (art. 200 tej ustawy) oraz w orzeczeniu, o którym mowa w art. 201, art. 203 i art. 204 tej ustawy. Żaden z tych przepisów nie znajduje zastosowania w sytuacji, gdy przedmiotem skargi kasacyjnej jest postanowienie wojewódzkiego sądu administracyjnego kończące postępowanie w sprawie.
Rozwiązanie to nie niweczy jednak prawa skarżącego do otrzymania zwrotu kosztów postępowania. Jeżeli bowiem w następstwie uwzględnienia skargi kasacyjnej na postanowienie kończące postępowanie przed sądem administracyjnym pierwszej instancji, sąd pierwszej instancji, po ponownym rozpoznaniu sprawy, uwzględni skargę, to nie ma przeszkód, aby na podstawie art. 200 powołanej wyżej ustawy zasądzić na rzecz skarżącego wszystkie koszty postępowania, w tym koszty postępowania kasacyjnego związane ze skargą kasacyjną od postanowienia o odrzuceniu skargi, ponieważ podlegają one zaliczeniu do poniesionych przez skarżącego kosztów postępowania niezbędnych do celowego dochodzenia praw.
Natomiast nie należy się skarżącemu zwrot kosztów postępowania od organu w razie nieuwzględnienia skargi, gdyż to wynika wprost z art. 200 powołanej wyżej ustawy oraz z zasady orzekania o zwrocie kosztów między stronami przyjętej w art. 199 tej ustawy (por. uchwała składu siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z 4 lutego 2008 r. sygn. akt I OPS 4/07, opubl. ONSAiWSA z 2008 r., nr 2, poz. 23; dostępna CBOSA).