Uzasadnienie
1. Wyrok Sądu pierwszej instancji.
1.1. Zaskarżonym wyrokiem z 22 maja 2025 r., sygn. akt III SA/Wa 2900/24 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie (dalej: Sąd pierwszej instancji) po rozpoznaniu skargi A.W. (dalej: Skarżąca, Podatniczka) na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie (dalej: DIAS, Organ drugiej instancji) z 5 listopada 2024 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące 2015 r., uchylił zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego Warszawa-Bielany (dalej: NUS, Organ pierwszej instancji) z 14 grudnia 2020 r., umorzył postępowanie administracyjne i zasądził od DIAS na rzecz Skarżącej zwrot kosztów postępowania sądowego.
1.2. Sąd pierwszej instancji przedstawił następujący stan faktyczny sprawy.
Decyzją z 14 grudnia 2020 r. NUS określił Skarżącej kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do odliczenia w następnym okresie rozliczeniowym za maj i czerwiec 2015 r. w wysokości 0 zł oraz zakwestionował obniżenie podatku należnego o podatek naliczony wynikający z faktur VAT dotyczących nabycia odzieży i obuwia wystawionych na rzecz Skarżącej przez C. Sp. z o.o., B. Sp. z o.o., P. Sp. z o.o., E. Sp. z o.o., P1. Sp. z o.o. i L. Sp. z o.o. uznając, że faktury te są nierzetelne, gdyż ich wystawcy w rzeczywistości nie dokonali sprzedaży na rzecz Skarżącej. Ponadto odmówił Podatniczce prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony wynikający z faktur VAT wystawionych przez E1. E.T., T. R.M., C1. P.F. oraz A. J.D.
Decyzją z 11 maja 2021 r. DIAS uchylił w całości ww. decyzję Organu pierwszej instancji z 14 grudnia 2020 r. i określił kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do odliczenia w następnym okresie rozliczeniowym za maj 2015 r. w wysokości 76 zł oraz za czerwiec 2015 r. w wysokości 169 zł. Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie wyrokiem z 25 lutego 2022 r., sygn. akt III SA/Wa 1590/21 uchylił ww. decyzję DIAS z 11 maja 2021 r. uznając, że nie dość wnikliwie przeanalizował, czy postępowanie karne skarbowe w odniesieniu do Skarżącej nie zostało wszczęte w sposób instrumentalny. Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 22 maja 2024 r., sygn. akt I FSK 1582/22 oddalił skargę kasacyjną DIAS.
Powołaną na wstępie decyzją z 5 listopada 2024 r. Organ drugiej instancji uchylił ww. decyzję NUS z 14 grudnia 2020 r. i określił kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do odliczenia w następnym okresie rozliczeniowym za maj 2015 r. w wysokości 76 zł oraz za czerwiec 2015 r. w wysokości 169 zł. Wyjaśnił, że rozpoznając ponownie sprawę wypełnił zalecenia Sądu. Stwierdził, że w sprawie termin przedawnienia uległ zawieszeniu z uwagi na wszczęcie 26 listopada 2020 r. postępowania karnego skarbowego. O zawieszeniu tym zawiadomiono Skarżącą pismem z 2 grudnia 2020 r. W opinii Organu drugiej instancji wszczęcie postępowania na niewiele ponad miesiąc przed upływem terminu przedawnienia nie oznacza w sposób automatyczny, że doszło do instrumentalnego wszczęcia tego postępowania. Podał, że przyczyną wszczęcia postępowania podatkowego, a następnie skierowania zawiadomienia do finansowego organu postępowania przygotowawczego, była przeprowadzona u Skarżącej kontrola podatkowa, która ujawniła nieprawidłowości w poszczególnych okresach rozliczeniowych objętych niniejszym postępowaniem. Zwrócił uwagę, że już przed wszczęciem postępowania karnego skarbowego dowody zgromadzone w toku kontroli podatkowych stanowiły wystarczający materiał dowodowy, który zgodnie z art. 303 kodeksu karnego, wskazywał na uzasadnione podejrzenie popełnienia przestępstwa.
DIAS stwierdził, że zgromadzony w sprawie materiał dowodowy potwierdza stanowisko NUS, iż podmioty L. Sp. z o.o., P. Sp. z o.o., E. Sp. z o.o., B. Sp. z o.o., P1. Sp. z o.o., C. Sp. z o.o. nie dokonały dostawy towarów na rzecz Skarżącej udokumentowanych zakwestionowanymi fakturami. Nie kwestionuje przy tym, że Podatniczka dysponowała towarem, który następnie odsprzedawała innym firmom, jednak według DIAS, nie został on zakupiony od ww. kontrahentów. Obrót fakturowy miał jedynie na celu uprawdopodobnienie istnienia transakcji, których naczelnym celem było osiągnięcie korzyści majątkowej poprzez nieodprowadzenie podatku VAT na początkowym etapie obrotu. DIAS za bezzasadne uznał twierdzenia Skarżącej dotyczące dochowania należytej staranności przy zawieraniu spornych transakcji. Wskazał, że z zeznań Podatniczki wynika, że nie tylko nie zbadała wiarygodności i rzetelności kontrahentów, ale też nie zatroszczyła się o odpowiednie udokumentowanie przebiegu transakcji i nawiązania z nimi współpracy. Ponadto nie zawierała żadnych umów z wystawcami faktur. Transakcje zawierała osobiście - ustnie składała zamówienia w punktach sprzedaży na W. Organ drugiej instancji podzielił też stanowisko NUS w kwestii odmowy prawa do odliczenia podatku naliczonego z faktur wystawionych przez E1. E.T., T. R.M. wskazując na ich fikcyjny charakter oraz faktury wystawionej przez C1. P.F. z uwagi na brak związku z czynnościami opodatkowanymi. Nie zgodził się natomiast z tym, że Podatniczka nie była uprawniona do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony wynikający z faktur wystawionych przez A. J.D. Wyjaśnił, że zakwestionowane faktury dotyczą nabycia usług księgowych, a niewątpliwie wydatki udokumentowane zakwestionowanymi fakturami wiążą się z całokształtem funkcjonowania firmy Skarżącej.
1.3. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zaskarżonym wyrokiem uchylił decyzję DIAS i poprzedzającą ją decyzję NUS oraz umorzył postępowanie administracyjne.
Sąd pierwszej instancji wskazał, że istotą sporu w analizowanej sprawie dotyczy prawidłowości określenia Skarżącej kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy za maj i czerwiec 2015 r.
Zdaniem Sądu pierwszej instancji, przedstawione postępowanie Organu pierwszej instancji, monity kierowane do finansowego organu postępowania przygotowawczego w sprawach przedawniających się, brak aktywności procesowej organu dochodzenia oraz wskazanie na brak prawomocnego rozstrzygnięcia organów podatkowych jako przyczyny zawieszenia postępowania karnego skarbowego, jednoznacznie wskazują na instrumentalne wszczęcie tego postępowania, którego jedynym celem było wywołania skutku prawnego w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia. W ocenie Sądu pierwszej instancji, organ nadużył swojej kompetencji wszczynając postępowanie karne skarbowe w celu innym, aniżeli cel tego postępowania, tj. wyłącznie po to, aby zawiesić bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Wskazał, że zgodnie z tezą uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z 24 maja 2021 r., samo wszczęcie postępowania karnego skarbowego nastawione na skutek w postaci zawieszenia terminu przedawnienia, jest nadużyciem prawa godzącym w zasadę zaufania do organów państwa i nie może prowadzić do zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Wyjaśnił, że mając na uwadze, że instrumentalne wykorzystanie art. 70 § 1 pkt 6 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2025 r. poz. 111 ze zm., dalej: o.p.) nie spowodowało skutku w postaci zawieszenie terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych za maj i czerwiec 2015 r., to stwierdził, że doszło do przedawnienia ww. zobowiązań podatkowych. Wskazał, że DIAS rozpoznając odwołanie powinien z urzędu wziąć pod uwagę okoliczność wygaśnięcia zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za maj i czerwiec 2015 r. na skutek ich przedawnienia. Orzekanie w sprawie tych zobowiązań należało uznać za nieuprawnione. Przedawnienie zobowiązania podatkowego oznacza jego wygaśnięcie z mocy prawa. Upływ terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w trakcie postępowania podatkowego musi być uwzględniony z urzędu przez organ podatkowy, przed którym postępowanie się toczy, niezależnie od tego, czy dotyczy postępowania przed organem pierwszej instancji, czy postępowania odwoławczego. Organ stwierdzając ujemną przesłankę kontynuowania postępowania, jest zobligowany do jego zakończenia poprzez umorzenie postępowania na podstawie art. 208 § 1 o.p. Zgodnie z art. 208 § 1 o.p. gdy postępowanie z jakiejkolwiek przyczyny stało się bezprzedmiotowe, a w szczególności w razie przedawnienia zobowiązania podatkowego, organ podatkowy wydaje decyzję o umorzeniu postępowania.