3.2.2. W przedmiotowej sprawie przewodniczący Wydziału w dniu 3 marca 2022 r. wydał zarządzenie w którym m.in. poinformował strony, że "obecnie obowiązujące przepisy prawa wykluczają możliwość przeprowadzenia rozprawy w siedzibie Sądu z udziałem stron postępowania". Jednocześnie pouczył strony, że "W przypadku braku zgody na rozpoznanie sprawy na posiedzeniu niejawnym w trybie uproszczonym (art. 119 pkt 2 p.p.s.a.), Wojewódzki Sąd Administracyjny zwraca się do strony/uczestnika postępowania o udzielenie-w terminie 7 dni od dnia doręczenia niniejszego pisma - informacji, czy strona/uczestnik postępowania wyraża zgodę na uczestnictwo w rozprawie zdalnej oraz czy posiada możliwości techniczne uczestniczenia w rozprawie zdalnej przy użyciu informatycznej aplikacji. Jeśli którakolwiek ze stron/uczestników postępowania nie udzieli takiej informacji w terminie 7 dni lub oświadczy, że nie ma możliwości technicznych uczestniczenia w rozprawie zdalnej, wówczas sprawa zostanie skierowana do rozpoznania na posiedzenie niejawne [...] Wyrażenie zgody na uczestnictwo w rozprawie zdalnej wymaga wskazania Sądowi - w ww. terminie 7-dniowym - adresu elektronicznego zgodnie z art. 74a § 1 pkt 3 p.p.s.a. Korespondencja będzie wówczas doręczana przy wykorzystaniu platformy ePUAP, na warunkach określonych w art. 74a § 3 pkt 1 i 2 p.p.s.a. Do odbioru korespondencji elektronicznej z Sądu niezbędne jest posiadanie konta na platformie ePUAP.".
3.2.3. W odpowiedzi na ww. zarządzenie DIAS poinformował, że "wyraża zgodę na rozpoznanie sprawy na posiedzeniu niejawnym w trybie uproszczonym". Nie wskazał przy tym. czy w przypadku braku podstaw do zastosowania art. 119 pkt 2 p.p.s.a. wyraża zgodę na uczestnictwo w rozprawie zdalnej oraz czy posiada możliwości techniczne uczestniczenia w rozprawie zdalnej przy użyciu informatycznej aplikacji.
Pełnomocnik Skarżącej w odpowiedzi na ww. zarządzenie wniósł o przeprowadzenie rozprawy zdalnie przy użyciu urządzeń technicznych umożliwiających przeprowadzenie jej na odległość oświadczając, że posiada techniczną możliwość uczestniczenia w rozprawie. Nie wskazał jednak zgodnie z zawartym w zarządzeniu wezwaniem adresu elektronicznego zgodnie z art. 74a § 1 pkt 3 p.p.s.a. (na platformie ePUAP).
3.2.4. Mając na uwadze powyższe, zasadnie przewodniczący Wydziału uznał, że zachodzą przesłanki do zastosowania art. 15zzs4 ust. 3 ustawy covidowej. Podkreślić także należy, że strony zostały pouczone o możliwości pisemnego wypowiedzenia się w sprawie co powoduje, że standard ochrony praw stron postępowania w niniejszej sprawie został zachowany.
W konsekwencji za pozbawiony usprawiedliwionych podstaw uznać należało zarzut dotyczący naruszenia art. 15zzs4 ust. 3 ustawy covidowej.
3.3. W kolejnym zarzucie Skarżąca wskazuje na naruszenie art. 144 § 5 O.p. w zw. z art. 2 pkt 1 ustawy z dnia 18 listopada 2020 roku o doręczeniach elektronicznych - poprzez nieuwzględnienie skargi przez Sąd pierwszej instancji mimo nieprawidłowości doręczenia decyzji DIAS z 29 grudnia 2021 r. W ocenie Skarżącej wobec niemożliwości skorzystania z doręczenia za pośrednictwem środków komunikacji elektronicznej, doręczenie powinno nastąpić w siedzibie organu podatkowego, a tym samym należało ustalić iż doręczenie decyzji DIAS jest nieskuteczne.
3.3.1. Odnosząc się do powyższego wskazać należy w pierwszej kolejności, że art. 144 § 1a O.p. stanowi, iż organ podatkowy doręcza pisma na adres do doręczeń elektronicznych, chyba że doręczenie następuje na konto w systemie teleinformatycznym organu podatkowego albo w siedzibie organu podatkowego. Przepis ten statuuje zasadę doręczania pism drogą elektroniczną lub w siedzibie organu podatkowego, bez względu na status jaki zajmuje adresat. Jest to obligatoryjny sposób doręczania pism w postępowaniu podatkowym. Działanie tej zasady wobec profesjonalnego pełnomocnika wzmacnia regulacja z przepisu art. 144 § 5 O.p., według postanowień którego, doręczanie pism pełnomocnikowi będącemu adwokatem, radcą prawnym lub doradcą podatkowym oraz organom administracji publicznej następuje za pomocą środków komunikacji elektronicznej albo w siedzibie organu podatkowego.
3.3.2. Ustawodawca przewidział odstępstwa od zasad ustanowionych art. 144 § 1a i § 5 O.p. w kwalifikowanych przypadkach, określonych m.in. w art. 144 § 1b O.p. Zgodnie z ostatnio przywołanym przepisem, w przypadku braku możliwości doręczenia w sposób, o którym mowa w § 1a, organ podatkowy doręcza pisma za pokwitowaniem przez: 1) operatora wyznaczonego w ramach publicznej usługi hybrydowej, o której mowa w art. 2 pkt 7 ustawy z dnia 18 listopada 2020 r. o doręczeniach elektronicznych, albo 2) pracowników urzędu obsługującego ten organ, funkcjonariuszy lub upoważnionych pracowników innego organu podatkowego lub przez organy lub osoby uprawnione na podstawie odrębnych przepisów. Z cytowanego przepisu wynika, że doręczenie w trybie w nim określonym jest dopuszczalne tylko wówczas, gdy nie jest możliwe doręczenie w sposób, o którym mowa w § 1a, czyli drogą elektroniczną lub w siedzibie organu podatkowego. Katalog przypadków, w których występuje brak możliwości doręczenia w sposób określony w § 1a jest otwarty. Na przykład może dotyczyć sytuacji, gdy adresat nie posiada adresu do doręczeń elektronicznych albo przeszkodą są problemy techniczne.
3.3.3. Prawidłowo Sąd pierwszej instancji wskazał, że kluczową okolicznością dla oceny zasadności zarzutu Skarżącej w powyższym zakresie było wejście w życie (z dniem 5 października 2021 r.) ustawy z dnia 18 listopada 2020 r. o doręczeniach elektronicznych. W istocie art. 2 pkt 1 tej ustawy przewiduje, że adresem do doręczeń elektronicznych jest adres do doręczeń elektronicznych - adres elektroniczny, o którym mowa w art. 2 pkt 1 ustawy z dnia 18 lipca 2002 r. o świadczeniu usług drogą elektroniczną, podmiotu korzystającego z publicznej usługi rejestrowanego doręczenia elektronicznego lub publicznej usługi hybrydowej albo z kwalifikowanej usługi rejestrowanego doręczenia elektronicznego, umożliwiający jednoznaczną identyfikację nadawcy lub adresata danych przesyłanych w ramach tych usług. Zatem adresem do doręczeń elektronicznych z dniem wejścia w życie ustawy z dnia 18 listopada 2020 r. nie będzie zwykły adres poczty elektronicznej nie powiązany z usługą wymienioną w cytowanym wyżej art. 2 pkt 1 ustawy z dnia 18 listopada 2020 roku o doręczeniach elektronicznych. Adres spełniający warunki wynikające z tego przepisu powinien być podany przez pełnomocnika stosownie do art. 138c § 1 O.p. Przez "adres do doręczeń elektronicznych", o którym mowa w art. art. 144 § 1a i § 5 O.p., należy począwszy od wejścia w życie ustawy z dnia 18 listopada 2020 roku o doręczeniach elektronicznych rozumieć adres konta na platformie ePUAP. Adres mailowy nie jest adresem elektronicznym użytkownika w systemie ePUAP.
3.3.4. W dacie udzielenia przez Skarżącą w dniu 26 października 2021 r. pełnomocnictwa, a zatem w stanie prawnym w zakresie istotnym dla sprawy ukształtowanym wejściem w życie ustawy z dnia 18 listopada 2020 r. o doręczeniach elektronicznych organ podatkowy za pomocą środków komunikacji elektronicznej, pełnomocnik Skarżącej mógł, stosownie do art. 144a § 1 O.p., doręczać pisma wyłącznie: na adres do doręczeń elektronicznych wpisany do bazy adresów elektronicznych, na adres do doręczeń elektronicznych powiązany z kwalifikowaną usługą rejestrowanego doręczenia elektronicznego, za pomocą której wniesiono podanie, jeżeli adres do doręczeń elektronicznych nie został wpisany do bazy adresów elektronicznych. Wobec powyższego należało przyjąć, że podany przez pełnomocnika Skarżącej adres e-mail nie należał do katalogu środków komunikacji elektronicznej, za pomocą których organ podatkowy mógł doręczać korespondencję.
3.3.5. W tej sytuacji należało rozstrzygnąć w jaki sposób organ podatkowy mógł doręczać pełnomocnikowi Skarżącej pisma, w tym wydaną przez siebie decyzję podatkową. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego, w sytuacji niewskazania przez pełnomocnika adresu elektronicznego, organ mógł doręczać pisma przez pracownika urzędu obsługującego ten organ, przyjmując, że niewskazanie adresu elektronicznego stanowi problem techniczny w rozumieniu art. 144 § 3 O.p. W świetle przepisów ordynacji podatkowej istnieje możliwość wydawania aktów (decyzji i postanowień) zarówno w "papierowej" formie, jak też w formie dokumentu elektronicznego. W związku z tym, że w tej sprawie pełnomocnik Skarżącej nie wskazał organowi pierwszej instancji adresu elektronicznego do doręczeń, decyzja tego organu została sporządzona w formie "papierowej", a następnie została skutecznie doręczona na wskazany przez pełnomocnika adres do doręczeń w kraju, co czyni niezasadnym zarzut naruszenia art. 144 § 5 O.p. w zw. z art. 2 pkt 1 ustawy z dnia 18 listopada 2020 roku o doręczeniach elektronicznych (por. wyrok NSA z 13 czerwca 2024 r., sygn. akt III FSK 1349/22).
3.4. Jeżeli chodzi o pozostałe zarzuty sformułowane w skardze kasacyjnej to należy wskazać, że dotyczą zarówno naruszenia prawa materialnego oraz procesowego, którymi autor skargi kasacyjnej stara się dowieść, że materiał dowodowy w sprawie nie został zebrany i wyjaśniony w sposób należyty oraz został wadliwie oceniony przez organy podatkowe i Sąd pierwszej instancji, co mogło mieć wpływ na wynik sprawy. W takiej sytuacji w pierwszej kolejności odnieść się należy do zarzutów naruszenia prawa procesowego, ponieważ dopiero prawidłowo ustalony stan faktyczny jest podstawą do zastosowania prawa materialnego.
3.5. Spór w niniejszej sprawie dotyczy zasadności stanowiska Sądu pierwszej instancji, który zaaprobował stanowisko organu odwoławczego w zakresie istnienia podstaw do wyłączenia prawa do odliczenia podatku naliczonego z faktur, które nie potwierdzały rzeczywistych transakcji gospodarczych oraz zasadności ustaleń organów podatkowych co do niezaewidencjonowanej sprzedaży opodatkowanej podatkiem od towarów i usług ([...] i [...]).
Problem rozstrzygany w sprawie stanowił również przedmiot rozważań Naczelnego Sądu Administracyjnego w wyrokach z 8 lipca 2025 r. o sygn. akt II FSK 1299/22 oraz II FSK 1312/22, dotyczącym tej samej Skarżącej w zakresie podatku dochodowego od osób fizycznych za 2016 i 2018 r. Sąd w składzie orzekającym w niniejszej sprawie pragnie zwrócić uwagę, że podziela pogląd przedstawiony w ww. wyrokach i odpowiednio korzysta z przedstawionej tam argumentacji, oczywiście, mając na uwadze i uwzględniając rozbieżności między ww. orzeczeniami, a sprawą niniejszą.
3.6. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego, za bezzasadny należy uznać zarzut naruszenia przez Sąd pierwszej instancji art. 134 § 1 p.p.s.a., polegający w opinii autora skargi kasacyjnej na niewzięciu pod uwagę z urzędu, czy nie doszło do naruszenia art. 229 O.p., wskutek nieprzeprowadzenia przez organ odwoławczy dodatkowego postępowania w celu uzupełnienia dowodów i materiałów w sprawie. Na podstawie art. 134 § 1 p.p.s.a. Sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a. Natomiast zgodnie z art. 229 O.p. organ odwoławczy może przeprowadzić, na żądanie strony lub z urzędu, dodatkowe postępowanie w celu uzupełnienia dowodów i materiałów w sprawie albo zlecić przeprowadzenie tego postępowania organowi, który wydal decyzję.
Odnosząc się do powyższego wskazać należy, że brak przeprowadzenia dodatkowego postępowania dowodowego przez organ odwoławczy nie świadczy o naruszeniu art. 134 § 1 p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 8 czerwca 2022 r., sygn. akt I FSK 1136/18, wyjaśnił, że: "Rozstrzygnięcie w granicach danej sprawy oznacza jedynie to, że sąd nie może uczynić przedmiotem rozpoznania innej sprawy administracyjnej niż ta, w której wniesiono skargę. Sąd dokonując oceny zgodności z prawem zaskarżonego aktu administracyjnego nie jest skrępowany sposobem sformułowania skargi, użytymi argumentami, a także podniesionymi wnioskami, zarzutami i żądaniami. Brak związania zarzutami i wnioskami skargi oznacza, że sąd bada w pełnym zakresie zgodność z prawem zaskarżonego aktu. Sąd może więc uwzględnić skargę z powodu innych uchybień niż te, które przytoczono w tym piśmie procesowym, jak również stwierdzić np. nieważność zaskarżonego aktu, mimo że skarżący wnosił o jego uchylenie.". Analiza uzasadnienia wyroku wskazuje, że WSA w Bydgoszczy rozpoznał skargę w granicach sprawy, nie ograniczając się do zarzutów skargi. W okolicznościach niniejszej sprawy Naczelny Sąd Administracyjny nie znalazł podstaw do zastosowania art. 229 O.p., ponieważ uznał materiał dowodowy zgromadzony w sprawie za kompletny. Prawidłowość rozstrzygnięcia organu, w tym kompletność materiału dowodowego, została słusznie potwierdzona w toku kontroli sądowoadministracyjnej decyzji.
3.7. Za bezzasadny uznać należy zarzut naruszenia art. 122 O.p. poprzez niewłaściwe ustalenie przez organy stanu faktycznego w wyniku niepodjęcia niezbędnych oraz możliwych działań w celu należytego wyjaśnienia sprawy. Skarżąca upatruje naruszenie zasady prawdy materialnej w szczególności, w braku przeprowadzenia dowodu z opinii biegłego informatyka oraz braku weryfikacji okoliczności wskazywanych przez Skarżącą w zastrzeżeniach do protokołu. Nie może odnieść spodziewanego przez Skarżącą skutku zarzut nieprzeprowadzenia konfrontacji pomiędzy świadkami celem wyeliminowania zaistniałych w toku postępowania istotnych sprzeczności co do stanu faktycznego. Wniosek taki nie został bowiem złożony na etapie postępowania podatkowego. Skarżąca jako strona postępowania podatkowego miała prawo brać udział w przesłuchaniach świadków, zadawać im pytania i zgłaszać swoje uwagi. Jednakże, jak wynika z akt sprawy nie skorzystała z tego prawa i nie stawiała się na przesłuchania świadków. W takiej sytuacji, mając również na uwadze dokonane w toku postępowania ustalenia, nie było potrzeby przeprowadzenia ponownych przesłuchań tych osób w formie "konfrontacji". Skarżąca nie wskazała również podstawy prawnej dla przeprowadzenia takiej czynności. Podkreślenia wymaga, iż na każdym etapie postępowania prowadzonego przez organy podatkowe Skarżąca miała zagwarantowaną pełną i nieograniczoną możliwość czynnego udziału w sprawie. W szczególności gwarancje takie zapewniono poprzez możliwość uczestniczenia w czynnościach postępowania dowodowego, prawo do składania wyjaśnień i wniosków dowodowych, a także do zapoznania się ze zgromadzonym materiałem dowodowym oraz wypowiedzenia się w jego zakresie. Jednocześnie nie można się zgodzić z twierdzeniem Skarżącej o niezweryfikowaniu przez WSA faktów przedstawionych przez Skarżącą w zastrzeżeniach do protokołu kontroli z 10 stycznia 2021 r. W toku prowadzonego postępowania Naczelnik Urzędu Skarbowego w R. ocenił bowiem fakty przedstawione przez Skarżącą w zastrzeżeniach do protokołu kontroli z 10 stycznia 2021 r.
3.8. Naczelny Sąd Administracyjny nie podziela również zarzutu skargi kasacyjnej obejmujących naruszenia art. 121 § 1 O.p., art. 122 O.p. i art. 124 O.p. Jak wynika z treści zarzutów, Skarżąca kwestionuje sposób prowadzenia postępowania dowodowego, który w jej ocenie podważa zaufanie do organu, nie uwzględnia zasady przekonywania. Zdaniem Skarżącej zignorowano wszelkie korzystne dla niej dowody, a WSA w Bydgoszczy oparł się na wyrwanych z kontekstu fragmentach zeznań świadków.
3.8.1. Oceniając zasadność wniesionych w tym zakresie zarzutów, zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego, WSA w Bydgoszczy trafnie nie dopatrzył się podstaw do uwzględnienia naruszenia zasady prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organu (art. 121 O.p.), oraz zasady prawdy materialnej (art. 122 O.p.). Postępowanie podatkowe zostało przeprowadzone zgodnie z art. 121 § 1 O.p. w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, a także podjęto wszelkie niezbędne działania w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego, natomiast niekorzystne dla Skarżącej ustalenia stanu faktycznego, nie oznaczają naruszenia powołanych zasad postępowania podatkowego i zasad postępowania dowodowego.
Na brak podstaw tak sformułowanych zarzutów świadczy fakt, iż organ odwoławczy wyczerpująco uzasadnił swoje stanowisko wskazując, którym dowodom przyznaje moc dowodową, a którym odmawia wiarygodności i z jakich przyczyn. Wyjaśniono również w zaskarżonym orzeczeniu treść przepisów prawa materialnego mających zastosowanie w sprawie i przyczyny pozbawienia Skarżącej prawa do uwzględnienia w kosztach uzyskania przychodów wydatków wynikających z zakwestionowanych faktur. Tym samym również niezasadny jest zarzut naruszenia art. 124 O.p., który stanowi, że organy podatkowe powinny wyjaśniać stronom zasadność przesłanek, którymi kierują się przy załatwianiu sprawy, aby w miarę możliwości doprowadzić do wykonania przez strony decyzji bez stosowania środków przymusu.
3.9. Bezzasadne są również zarzuty naruszenia przepisów regulujących postępowanie dowodowe, tj. art. 180 § 1 i art. 188 w zw. z art. 187 § 1 O.p. Skarżąca zarzuca w nich, że Sąd pierwszej instancji zaaprobował ustalenia organów podatkowych, pomimo że te zaniechały zebrania i rozpatrzenia w sposób wyczerpujący całego materiału dowodowego.
3.9.1. W ocenie Sądu kasacyjnego organy działały w przedmiotowej sprawie na podstawie prawa, zgodnie z wyrażoną w art. 122 O.p. zasadą prawdy obiektywnej, z której wynika obowiązek podjęcia wszelkich niezbędnych działań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy w postępowaniu podatkowym. Zasada ta znajduje rozwinięcie w dalszych przepisach Ordynacji podatkowej, nakazując organom podatkowym zebranie i rozpatrzenie w sposób wyczerpujący całego materiału dowodowego (art. 187 § 1 O.p.). Ustalenie stanu faktycznego zgodnie z tą zasadą jest koniecznym warunkiem prawidłowego zastosowania przepisu prawa materialnego.
Biorąc pod uwagę realizację zasady prawdy obiektywnej organy zgromadziły kompletny materiał dowodowy, szczegółowo przedstawiono stan faktyczny oraz dowody stanowiące podstawę rozstrzygnięcia. Organ podatkowy jest zobowiązany do zgromadzenia dowodów w takim zakresie, w jakim jest to niezbędne do ustalenia stanu faktycznego. W niniejszej sprawie, jak zasadnie podkreślił w zaskarżonym wyroku WSA w Bydgoszczy, zebrany materiał dowodowy dawał podstawy do dokonania pełnych ustaleń faktycznych i dokonania prawidłowej ich oceny z punktu widzenia obowiązujących przepisów prawa. W zastrzeżeniach do protokołu kontroli podatkowej Skarżąca wniosła o przeprowadzenie dowodu z opinii biegłego informatyka na okoliczność braku możliwości odtworzenia danych, które znajdowały się na laptopie należącym do Skarżącej. Skarżąca poza przedłożeniem e-maila i argumentacją opartą na ogólnych sformułowaniach, nie przedłożyła żadnych dowodów w tym zakresie, realnie uprawdopodobniających rzekomy atak hakerski. Wobec powyższego niezasadny jest postawiony w skardze kasacyjnej zarzut dotyczący błędu w ustaleniach faktycznych polegającego na przyjęciu, że rzekomy atak hakerski związany z przedłożonym przez Skarżącą e-mailem miał spowodować niemożliwość odtworzenia danych zapisanych na komputerze. Organ w postanowieniu z grudnia 2021 r. przedstawił swoje stanowisko co do zgłoszonych dowodów oraz wykazał ponadto, że przeprowadzenie dowodów z zeznań wnioskowanych świadków (M. P. i D. H.) okazało się niemożliwe z przyczyn od niego niezależnych (M. P. nie odbierał wezwań na przesłuchania w charakterze świadka, natomiast D. H. był trzykrotnie wzywany na przesłuchanie w charakterze świadka i nie stawił się w żadnym z wyznaczonych terminów).
3.10. Przechodząc do zarzutu nieuwzględnienia skargi, pomimo naruszenia art. 191 O.p., uznać należy, że jest on także bezzasadny. W opinii Skarżącej organy podatkowe przekroczyły granicę swobodnej oceny dowodów i dokonały błędnej interpretacji istotnych faktów mających wpływ na rozstrzygnięcie całej sprawy. Przepis art. 191 O.p. statuuje na gruncie postępowania podatkowego zasadę swobodnej oceny dowodów, która winna być zgodna z wymogami wiedzy, doświadczenia życiowego, gospodarczego i logiki. Natomiast w złożonej skardze Skarżąca posługuje się wybiórczością i swoistą selektywnością, własną oceną dowodów, jednocześnie żądając oparcia oceny dowodów dokonanej w postępowaniu podatkowym, jedynie na części zgromadzonego materiału dowodowego i odrzucenia wszystkich tych dowodów, które przeczą twierdzeniom Skarżącej. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego właśnie takie działanie doprowadziłoby do oparcia rozstrzygnięcia na niepełnym materiale dowodowym, co z kolei stanowiłoby naruszenie zasady swobodnej oceny dowodów wyrażonej w art. 191 O.p. Natomiast fakt, iż ustalenia poczynione w sprawie odbiegają od oczekiwanych przez Skarżącą, nie świadczy o naruszeniu ww. przepisów, gdyż prowadząc postępowanie organy podatkowe działały na podstawie i w granicach przepisów prawnych.
Tymczasem uzasadnienie skargi kasacyjnej ogranicza się wyłącznie do polemiki z ustaleniami organów i negowaniu tych ustaleń oraz konkluzji prawnych. Skarga kasacyjna nie wykazała żadnych uchybień zasadom logicznego rozumowania, wiedzy lub doświadczenia gospodarczego, czy życiowego. Taki sposób kwestionowania oceny dokonanej przez organy podatkowe jest sprzeczny z wymienionymi przesłankami stosowania zasady swobodnej oceny dowodów.
3.11. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego, chybione są także zarzuty naruszenia art. 193 § 1-3 O.p. Zgodnie z art. 193 O.p., księgi podatkowe prowadzone rzetelnie i w sposób niewadliwy stanowią dowód tego, co wynika z zawartych w nich zapisów (§ 1). Księgi podatkowe uważa się za rzetelne, jeżeli dokonywane w nich zapisy odzwierciedlają stan rzeczywisty (§ 2). Za niewadliwe uważa się księgi podatkowe prowadzone zgodnie z zasadami wynikającymi z odrębnych przepisów (§ 3). Odnosząc się do wskazanych zarzutów w pierwszej kolejności zwrócić należy uwagę, że uznanie ksiąg prowadzonych przez Skarżącą za nierzetelne jest konsekwencją przeprowadzonego postępowania podatkowego i uznania, że dokonane w nich zapisy nie odzwierciedlają stanu rzeczywistego. Jak stanowi bowiem art. 193 § 2 O.p., księgi podatkowe uważa się za rzetelne, jeżeli dokonywane w nich zapisy odzwierciedlają stan rzeczywisty. Z przepisem tym koreluje § 4 art. 193 O.p., który stanowi, że organ podatkowy nie uznaje za dowód w rozumieniu przepisu § 1 ksiąg podatkowych, które są prowadzone nierzetelnie lub w sposób wadliwy.
3.12. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego nieuzasadniony jest zarzut dotyczący naruszenia przepisów art. 10 ust. 1 i 2 p.p. Zgodnie z art. 10 ust. 1 ww. ustawy podatkowej, organ kieruje się w swoich działaniach zasadą zaufania do przedsiębiorcy, zakładając, że działa on zgodnie z prawem, uczciwie oraz z poszanowaniem dobrych obyczajów. Z kolei w myśl art. 10 ust. 2 tej ustawy, jeżeli przedmiotem postępowania przed organem jest nałożenie na przedsiębiorcę obowiązku bądź ograniczenie lub odebranie uprawnienia, a w tym zakresie pozostają niedające się usunąć wątpliwości co do stanu faktycznego, organ rozstrzyga je na korzyść przedsiębiorcy. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego przepis art. 10 ust. 1 i 2 p.p. nie został naruszony przez Sąd pierwszej instancji, ponieważ w niniejszej sprawie nie wystąpiły wątpliwości, co do stanu faktycznego w odniesieniu do prowadzonej przez Skarżącą działalności gospodarczej. Kwestią sporną była natomiast ocena zjawisk gospodarczych z uwzględnieniem ich skutków podatkowych. W tym przedmiocie zarówno organy podatkowe, jak i WSA w Bydgoszczy prawidłowo oceniły te skutki.
3.13. Wobec niepodważenia ustaleń faktycznych skutku nie może odnieść zarzut prawa materialnego w postaci naruszenia art. 86 w zw. z art. 88 ust. 3a pkt 4) lit. a ustawy o VAT. Z ustaleń zaaprobowanych przez Sąd, którego orzeczenie zaskarżono wynika, że zakwestionowane przez organy faktury nie odzwierciedlały rzeczywistych transakcji gospodarczych. Materiał dowodowy zgromadzony w aktach administracyjnych przemawia za taką konstatacją mimo wątpliwości Strony.
Przyjęte za podstawę orzekania ustalenia faktyczne określają i wyjaśniają bezpośrednio na zastosowanie materialnoprawnej podstawy rozstrzygnięcia podatkowego. Zauważyć należy, iż zarzut niewłaściwego zastosowania prawa materialnego świadczy o konieczności uprzedniego wyjaśnienia i zweryfikowania stanu faktycznego sprawy, celem wykładni przepisu, a następnie, zbadania najpierw prawidłowości aktu subsumpcji, gdyż to właśnie ustalenia faktyczne determinują, jak powiedziano, podstawę rozstrzygnięcia. Natomiast w niniejszej sprawie uszło uwadze autora skargi kasacyjnej, że zarzut naruszenia prawa materialnego, czy to poprzez błędną wykładnię, czy niewłaściwe zastosowanie określonego przepisu prawnego, nie może być skutecznie uzasadniony próbą zwalczania ustaleń faktycznych. Próba taka mogłaby ewentualnie odnieść zamierzony skutek wyłącznie w ramach drugiej podstawy kasacyjnej, określonej w art. 174 pkt 2 p.p.s.a. Jednak w niniejszej sprawie Skarżąca uczyniła to nieskutecznie. Raz jeszcze należy podkreślić, że ocena zasadności zarzutu naruszenia prawa materialnego może być dokonana wyłącznie na podstawie prawidłowo wyjaśnionego w sprawie stanu faktycznego, nie zaś na podstawie stanu faktycznego, który jedynie Skarżąca uznaje za wzorcowy. W świetle powyższego Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy prawidłowo zastosował art. 151 p.p.s.a. i oddalił skargę.
3.14. Naczelny Sąd Administracyjny oddalił wniosek dowodowy zawarty w piśmie procesowym z 31 października 2025 r. ponieważ: po pierwsze, dotyczył on postanowienia o nadaniu rygoru natychmiastowej wykonalności, które mogło być zaskarżone w odrębnym trybie; po drugie, w skardze kasacyjnej brak było zarzutu przedawnienia zobowiązania podatkowego, a zgodnie z art. 183 § 1 p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej. NSA może uwzględnić tylko te zarzuty kasacyjne, które zostały wyraźnie wskazane w skardze kasacyjnej dlatego może przeprowadzić dowód uzupełniający jedynie jeżeli jest to niezbędne do wyjaśnienia istotnych wątpliwości w ramach zarzutów kasacyjnych.
4. Mając na uwadze powyższe rozważania Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę kasacyjną jako pozbawioną usprawiedliwionych podstaw, zgodnie z art. 184 p.p.s.a. O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono zaś zgodnie z art. 204 pkt 1 w zw. z art. 205 § 2 p.p.s.a.
M. Surma M. Olejnik R. Wiatrowski