8. Na rozprawie 5 marca 2026 r. organ odwoławczy wniósł o oddalenie wniosków dowodowych Skarżącej zawartych w piśmie z 25 lutego 2026 r., zaś Spółka podtrzymała wszystkie wnioski dowodowe, które zostały oznaczone cyframi rzymskimi III oraz I. pkt 1. Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 106 § 3 p.p.s.a., dopuścił wnioski dowodowe w zakresie wnioskowanym, tj. decyzji wskazanych w pkt III pkt 1, odnoszących się do 2012 r. oraz pisma Prokuratury Regionalnej w Łodzi wskazanego w pkt III pkt 2, a także oddalił wnioski dowodowe w pozostałym zakresie.
Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 139 § 3 p.p.s.a., odroczył ogłoszenie orzeczenia na 18 marca 2026 r.
9. Pismem z 12 marca 2026 r. Skarżąca złożyła załącznik do protokołu rozprawy, wskazując na najważniejsze kwestie podnoszone w toku rozprawy.
Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje.
3. Zgodnie z treścią art. 183 § 1 p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej, z urzędu biorąc po rozwagę jedynie nieważność postępowania. Z uwagi na to, że w niniejszej sprawie nie zachodzi żadna z okoliczności skutkujących nieważnością postępowania, o jakich mowa w art. 183 §
2 p.p.s.a., Naczelny Sąd Administracyjny dokonał kontroli wyroku w zakresie wyznaczonym podstawami skargi kasacyjnej.
Naczelny Sąd Administracyjny, rozpoznając skargę kasacyjną w granicach wyznaczonych jej zarzutami i wnioskami (art. 183 § 1 w związku z art. 174 pkt 2 oraz art. 176 p.p.s.a.), stwierdził, że skarga kasacyjna zasługuje na uwzględnienie.
4.1. Przedmiotem sporu przed sądem pierwszej instancji była kwestia zasadności zakwestionowania przez organy podatkowe prawa Strony do odliczenia podatku naliczonego w związku z ustaleniem, że faktury VAT – wystawione przez: K., W., A.1 sp. z o.o. (obecnie: E. sp. z o.o.), K.1 sp. z o.o. (poprzednia nazwa: B. sp. z o.o.), F. sp. z o.o., E. dla Spółki – nie dokumentują rzeczywistych transakcji sprzedaży usług uboju trzody chlewnej oraz rozbioru i pakowania mięsa.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi w zaskarżonym wyroku uchylił decyzje organów podatkowych i zasądził zwrot kosztów postępowania sądowego. Od niniejszego wyroku skargę kasacyjną wniósł organ odwoławczy.
Granicami skargi kasacyjnej są przytoczone przez wnoszącego skargę kasacyjną podstawy kasacyjne i ich uzasadnienie. Podstawy skargi kasacyjnej zostały wskazane w art. 174 p.p.s.a., zgodnie z którym skargę kasacyjną można oprzeć zarówno na naruszeniu prawa materialnego przez błędną jego wykładnię lub niewłaściwe zastosowanie (pkt 1), jak i na naruszeniu przepisów postępowania, jeżeli uchybienie to mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy (pkt 2).
Organ drugiej instancji, składając skargę kasacyjną, był zobowiązany do prawidłowego przytoczenia podstaw kasacyjnych, jak i ich uzasadnienia (art. 176 p.p.s.a.). W niniejszej sprawie w skardze kasacyjnej – z uwagi na naruszenie, w ocenie sądu pierwszej instancji, przepisów postępowania przez organy podatkowe i uznanie przez sąd, że przedwczesne jest wypowiadanie się, co do pozostałych zagadnień dotyczących istoty sprawy – powołano jedynie podstawę kasacyjną uregulowaną w art. 174 pkt 2 p.p.s.a. Tym samym spór przed Naczelnym Sądem Administracyjnym
dotyczy jedynie kwestii proceduralnych.
2. W pkt 1) skargi kasacyjnej organ drugiej instancji podnosi naruszenie przez sąd pierwszej instancji określonych przepisów p.p.s.a. i o.p. przez przyjęcie, że w sprawie doszło do naruszenia zasady czynnego udziału strony w każdym stadium postępowania.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi w zaskarżonym wyroku stwierdził, że: "Spółka (ani jej pełnomocnik) nie mogła brać udziału w postępowaniu karnym w toku przesłuchań świadków, o których przesłuchanie wniósł organ postępowania przygotowawczego, a zatem tak naprawdę nie została wyjaśniona istota rzeczy, a organy podatkowe odmówiły przesłuchania tych świadków, z góry przyjmując za udowodnioną tezę, że stanowisko Spółki z uwagi na fakt prowadzenia postępowania przygotowawczego nie jest prawidłowe, co wynika wprost z uzasadnienia zaskarżonej decyzji i naruszyło zasadę czynnego udziału podatnika w postępowaniu, a także doprowadziło do oparcia decyzji na materiale dowodowym, który był gromadzony i utrwalany w sposób jednostronny, bez możliwości jego kontroli przez stronę postępowania, a więc w kontrze do dyrektywy wszechstronnego wyjaśnienia sprawy o zasady obiektywizmu".
Naczelny Sąd Administracyjny nie podziela stanowiska sądu pierwszej instancji w przedmiocie naruszenia zasady czynnego udziału strony w niniejszej sprawie i tym samym uznaje zarzut podniesiony w pkt 1) skargi kasacyjnej za zasadny.
Do naruszenia zasady czynnego udziału strony miałoby dojść poprzez to, że część materiału dowodowego pochodząca z postępowania karnego została na etapie postępowania przed organem pierwszej instancji wyłączona z akt sprawy. Organ pierwszej instancji dysponował obszernym materiałem dowodowym, którego część została wyłączona z jawności dla Strony z uwagi na prowadzenie śledztwa przez Prokuraturę Regionalną w Łodzi. Prokurator, przekazując dokumenty, zastrzegł, że powinny być one wyłączone z akt głównych sprawy z uwagi na dobro toczącego się i trwającego śledztwa. Z tego powodu organ pierwszej instancji nie mógł powoływać się na ten materiał w treści decyzji. Jednocześnie, organ pierwszej instancji odmówił Skarżącej zapoznania się z dokumentami wyłączonymi z akt postępowania kontrolnego, na co Strona zareagowała wniesieniem zażaleń. Organ drugiej instancji utrzymał w mocy zaskarżone postanowienia. Następnie Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi oddalił skargi na te rozstrzygnięcia a Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargi kasacyjne Strony od tych orzeczeń. Zatem nastąpiło badanie legalności postanowień odmawiających Skarżącej udostępnienia materiałów wyłączonych z akt sprawy i sądy administracyjne potwierdziły prawidłowość działania organów podatkowych w przedmiotowej kwestii. Biorąc pod uwagę powyższe, wątpliwości budzi pogląd wyrażony przez sąd pierwszej instancji w niniejszej sprawie o naruszeniu zasady czynnego udziału strony. Jednocześnie należy podkreślić niekonsekwencję Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi w tej kwestii. Z jednej strony sąd w zaskarżonym uzasadnieniu twierdzi, że: "Organ był również uprawniony do wyłączenia jawności tych dowodów ze względu na interes publiczny. Jednakże poszanowanie zasady czynnego udziału strony w postępowaniu wymagało powtórzenia przez ten organ przesłuchania świadków w toku postępowania kontrolnego, tak aby strona miała możliwość wypowiedzenia się co do dowodu w postaci ich zeznań zarówno w postępowaniu prowadzonym w pierwsze, jak i drugiej instancji", by dalej stwierdzić, że: "Sąd jednocześnie zauważa, że uchylenie decyzji na podstawie art. 233 § 2 O.p., a tak powinien zachować się organ odwoławczy w rozpoznawanej sprawie, nie tworzy powtórnego obowiązku gromadzenia już zebranych w sprawie dowodów". O braku jasności wyroku w zakresie wskazań dla organu, co do dalszego postępowania szerzej w pkt 4.10. poniżej. W tym miejscu należy przypomnieć, że materiał wyłączony został na etapie postępowania prowadzonego przez organ drugiej instancji, po uprzedniej zgodzie prokuratora, włączony do materiału dowodowego. Strona miała możliwość zapoznania się z tym materiałem, z czego skorzystała. Skarżąca wnosiła o przesunięcie terminów na zapoznanie się z aktami sprawy i wypowiedzenie się, co do zebranych dowodów, a organ się do tych wniosków przychylał. Ponadto Strona miała prawo składać wnioski dowodowe, do których organ się ustosunkowywał. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego, przedłużanie terminów, zgodnie z wnioskami Spółki, gwarantowało jej prawo do czynnego udziału. De facto w wyniku aktywnego uczestnictwa Strony, postępowanie odwoławcze zostało przedłużone.
3. W pkt 2) skargi kasacyjnej organ drugiej instancji zarzuca sądowi pierwszej instancji naruszenie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c p.p.s.a. w zw. z art. 135 p.p.s.a. w zw. z art. 127 i art. 233 § 2 w zw. z art. 180 § 1, art. 181 i art. 179 § 1 i § 2 o.p. przez przyjęcie, że w sprawie doszło do naruszenia zasady dwuinstancyjności postępowania w wyniku dokonania kluczowych ustaleń stanu faktycznego, na podstawie
dokumentów, które nie były znane Skarżącej na etapie postępowania przed organem pierwszej instancji.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w zaskarżonym wyroku stwierdził, że w niniejszej sprawie doszło do naruszenia zasady dwuinstancyjności i wskazał, że: "Włączenie tak znacznego materiału dowodowego dopiero na etapie postępowania odwoławczego ewidentnie świadczy również o naruszeniu zasady dwuinstancyjności, gdyż rozstrzygnięcie sprawy wymagało uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w znacznej części".
Zgodnie z art. 127 o.p. postępowanie podatkowe jest dwuinstancyjne, co oznacza prawo strony do dwukrotnego rozpatrzenia jej sprawy. Istotna jest przy tym tożsamość sprawy – ta sama sprawa co do tożsamości powinna być rozpoznana zarówno przez organ pierwszej, jak i drugiej instancji. O tożsamości sprawy decydują następujące elementy: podmiot, przedmiot, podstawa prawna i stan faktyczny, w którym występują te same fakty mające znaczenie prawotwórcze. Zmiana jednego z nich skutkuje nową sprawą (tak m.in. wyrok NSA z 16 marca 2017 r., sygn. akt I GSK 302/15). Organ odwoławczy obowiązany jest do rozpoznania sprawy co do istoty wówczas, gdy na etapie postępowania przed organem pierwszej instancji doszło do ustaleń dotyczących stanu faktycznego sprawy. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego w niniejszej sprawie organ pierwszej instancji dokonał niezbędnych ustaleń stanu faktycznego i tożsamość sprawy została zachowana. Materiał dowodowy został zgromadzony przez organ pierwszej instancji i jedynie został czasowo wyłączony, co zostało dokonane w interesie publicznym i zgodnie z przepisami (w szczególności art. 179 o.p.). Jednocześnie, organ odwoławczy nie zmienił w zasadniczy sposób ustaleń organu pierwszej instancji. Ponadto, postępowanie przez organem drugiej instancji nie doprowadziło do ukształtowania podstawy faktycznej rozstrzygnięcia odmiennej od uznanej za udowodnioną przez organ pierwszej instancji a prawidłowość działania organów podatkowych w zakresie odmowy udostępnienia Stronie materiałów wyłączonych z akt sprawy została potwierdzona przez sądy administracyjne. Wojewódzki Sąd Administracyjny
całkowicie pominął ten fakt i wyprowadził własne, odmienne wnioski.
Podkreślenia wymaga, że w postępowaniu podatkowym nie obowiązuje zasada bezpośredniości, a stan faktyczny może zostać ustalony także na podstawie dowodów przeprowadzonych przez ten sam lub nawet inny organ w innym postępowaniu. Ani
art. 180 § 1 o.p., ani art. 181 o.p., nie zawierają wymogu bezpośredniości przeprowadzenia dowodów. Jednocześnie, art. 180 § 1 o.p. nakazuje dopuścić jako dowód wszystko, co może przyczynić się do wyjaśnienia sprawy, a nie jest sprzeczne z prawem. Organ podatkowy, wykorzystując dowody zgromadzone w innym postępowaniu, nie tylko nie narusza obowiązku wyczerpującego zebrania materiału dowodowego, lecz niejako wypełnia nakaz wynikający z zasady prawdy materialnej i kompletności materiału dowodowego z art. 122 i art. 187 § 1 o.p. Ponadto art. 181 o.p. nadaje równą moc dowodową wszystkim dowodom i w myśl jego postanowień dowodami mogą być także te, które zostały zgromadzone w postępowaniu dotyczącym innego podmiotu, a także w postępowaniu przygotowawczym prowadzonym przez organy ściągania. Postępowanie organów podatkowych w niniejszej sprawie było zgodne z przedstawionymi powyżej regułami postępowania podatkowego. W szczególności stwierdzić należy, że nie było przeszkód prawnych, aby do akt sprawy włączyć materiały zgromadzone w postępowaniu przygotowawczym. Najważniejsza
jest całościowa i kompleksowa ocena zgromadzonego materiału dowodowego.
Biorąc pod uwagę powyższe, zarzut podniesiony przez organ odwoławczy w pkt 2) skargi kasacyjnej zasługuje na uwzględnienie. Tym samym sąd pierwszej instancji nie miał racji, twierdząc że: "Organ w rozpatrywanej sprawie powinien zastosować art. 233 § 2 O.p. i wydać decyzję kasatoryjną, tj. uchylić w całości decyzję NUS przekazać sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ".
4. W pkt 3) skargi kasacyjnej organ odwoławczy zarzuca naruszenie określonych przepisów p.p.s.a. i o.p. przez przyjęcie, że do czasu wydania przez sąd karny wyroku skazującego materiał dowodowy zebrany w toku postępowania karnego jest niewiarygodny.
Sąd pierwszej instancji w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku wyraźnie stwierdza, że: "(...) do czasu zatem kiedy Sąd Karny nie wyda w oparciu o zgromadzony materiał dowodowy wyroku skazującego, to nie można uznać, że zebrany w postępowaniu karnym materiał dowodowy jest wiarygodny".
Zgodnie z art. 11 p.p.s.a.: "Ustalenia wydanego w postępowaniu karnym prawomocnego wyroku skazującego co do popełnienia przestępstwa wiążą sąd administracyjny". Jak wskazuje się w literaturze, związanie sądu administracyjnego prawomocnym wyrokiem skazującym zostało wprowadzone po to, by uniknąć sytuacji, w których na podstawie tych samych stanów faktycznych, byłyby wydawane różne orzeczenia w postępowaniu karnym i sądowoadministracyjnym oraz
administracyjnym. Nie powinno zatem ulegać wątpliwości, że takie rozstrzygniecie wiąże w sposób pośredni organ, co oznacza, że organ administracyjny jest związany ustaleniami poczynionymi w sentencji prawomocnego wyroku skazującego wydanego w sprawie karnej (tak też m.in. w wyroku NSA z 4 listopada 2025 r., sygn. akt II OSK 1108/23). Jednocześnie, związanie ustaleniami prawomocnego wyroku dotyczą ustalonych w sentencji wyroku znamion przestępstwa, a także okoliczności jego popełnienia dotyczących czasu, miejsca, poczytalności sprawcy. Przy czym związanie to znajdzie sens w sytuacji, gdy ustalenia wyroku karnego będą dotyczyć okoliczności faktycznych istotnych z punktu widzenia postępowania przed organami administracji publicznej, a następnie postępowania sądowoadministracyjnego. Zarazem, nawet w przypadku prawomocnego wyroku skazującego sąd administracyjny jest uprawniony do oceny ustaleń zawartych w uzasadnieniu takiego wyroku, bowiem uzasadnienie nie ma mocy wiążącej i jest jedynie przejawem dochodzenia do rozstrzygnięcia (tak też w wyroku NSA z 28 maja 2025 r., sygn. akt I FSK 2362/21).
Biorąc pod uwagę powyższe, stanowisko Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi w przedmiotowej kwestii nie jest prawidłowe. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego, sąd pierwszej instancji bezpodstawnie twierdzi, że materiał pochodzący z akt postępowania przygotowawczego, wobec jego nie zweryfikowania przez sąd karny, nie jest wiarygodny. Zarówno organ podatkowy, jak i sąd, byli uprawnieni do wykorzystania i oceny zgromadzonego materiału dowodowego, także tego pochodzącego z akt postępowania przygotowawczego prowadzonego przez Prokuraturę Regionalną w Łodzi. Ocena ta powinna odbyć się w konfrontacji z innymi dowodami, zgodnie z zasadami wiedzy i doświadczenia życiowego. Nie sposób uznać, jak wydaje się przyjmować sąd pierwszej instancji, że wiarygodne są tylko te dowody, które doprowadzą do wydania wyroku skazującego.
Z uwagi na powyższe, zarzut podniesiony w pkt 3) skargi kasacyjnej jest zasadny. W niniejszej sprawie organ odwoławczy był uprawniony, by do akt sprawy włączyć materiały zgromadzone w postępowaniu przygotowawczym, a także do ich samodzielnej oceny zgodnie z zasadami obowiązującymi w postępowaniu podatkowym.
5. W pkt 4) skargi kasacyjnej organ drugiej instancji podnosi naruszenie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c, art. 135 p.p.s.a. w zw. z art. 120, art. 122, art. 180 § 1, art. 181, art. 187 § 1 i art. 191 o.p. w zw. z art. 5, art. 8, art. 315 § 1, art. 325a § 2, art. 367, art. 373 k.p.k. przez przyjęcie, że zaskarżona decyzja została wydana w oparciu o stan faktyczny sprawy ustalony przez organy podatkowe w oparciu o materiał dowodowy, który obejmuje praktycznie tylko włączony do sprawy materiał z postępowania karnego.
Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego ww. zarzut jest zasadny a rozważania prawne, zawarte w niniejszym uzasadnieniu powyżej w kwestii stwierdzonych przez sąd pierwszej instancji naruszeń zasad: czynnego udziału strony i dwuinstancyjności, pozostają aktualne także w przedmiotowym zakresie. Organy obu instancji działały w oparciu o art. 179 o.p.; działanie to zostało uznane przez sądy administracyjne za legalne; po uzyskaniu zgody prokuratora nadzorującego śledztwo materiały zostały udostępnione Stronie, która miała możliwość ustosunkowania się do nich. Ponadto, Skarżąca załączyła szereg materiałów w poczet dowodów i w postępowaniu samodzielnie przesłuchano bądź włączono do akt sprawy protokoły przesłuchań z innych postępowań podatkowych.
6. W pkt 5) skargi kasacyjnej organ odwoławczy zarzuca naruszenie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c, art. 135, art. 141 § 4 p.p.s.a. w zw. z art. 120, art. 122, art. 187 § 1, art. 172 i art. 190, art. 191, art. 180 § 1 i art. 181 o.p. przez przyjęcie, że protokoły przesłuchania świadków są wybrakowane i zanimizowane i nie jest możliwa ocena ich wiarygodności, poprawności i kompletności oraz że dokonano selektywnego i wybiórczego wyboru materiałów z postępowania karnego.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi stwierdził m.in., że "(...) protokoły przesłuchania świadków są w dużej części wybrakowane i zanomizowane i nie jest możliwa ocena ich wiarygodności, poprawności czy też kompletności (...)". W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego w niniejszej sprawie dokonano anonimizacji w niezbędnym zakresie, tj. dotyczącym ochrony danych osobowych. Jednocześnie zaskarżone uzasadnienie stawia zbyt ogólne tezy w stosunku do zgromadzonego materiału dowodowego. Sąd pierwszej instancji nie uzasadnia, ani nie wskazuje konkretnych przykładów wskazujących na prawidłowość ww. twierdzenia. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi powinien skonkretyzować materiał dowodowy, który nie został uwzględniony. Ponadto powinien dokonać oceny zgromadzonego materiału dowodowego w stosunku do każdego z podmiotów oddzielnie. Tym samym, zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego, przedmiotowy zarzut zasługuje na uwzględnienie.
7. W pkt 6) skargi kasacyjnej organ drugiej instancji zarzuca sądowi pierwszej instancji naruszenie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c w zw. z art. 135, art. 141 § 4 p.p.s.a. w związku z art. 120, art. 122, art. 187 § 1 i art. 191, art. 180 § 1 i art. 181 o.p., art. 194 § 1 i § 3 o.p. przez przyjęcie, że organ podatkowy pominął ustalenia z protokołów kontroli przeprowadzonych w Spółce przez Państwową Inspekcję Pracy, Inspektora Sanitarnego, Zakład Ubezpieczeń Społecznych i Naczelnika Łódzkiego Urzędu Skarbowego w Łodzi.
Sąd pierwszej instancji w zaskarżonym wyroku stwierdził, że: "W toku postępowania kontrolnego, Spółka złożyła do materiału dowodowego protokoły kontroli przeprowadzanych w Spółce przez organy państwowe, w tym Państwową Inspekcję Pracy, Państwowego Inspektora Sanitarnego, ZUS, a także Naczelnika Łódzkiego Urzędu Skarbowego, który przeprowadzał w Spółce kontrole podatkowe. Kontrolowana złożyła również inne dokumenty, w tym decyzje Powiatowego Inspektoratu Weterynaryjnego, potwierdzające faktyczne wykonanie na rzecz Spółki usług specjalistycznych ujętych na spornych fakturach". Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi powołał się na art. 181 i art. 194 § 1 o.p. oraz wskazał na szczególną moc dowodową protokołów kontroli podatkowych, tj. domniemanie zgodności z prawdą ustaleń w nich zawartych. W konsekwencji sąd stwierdził, że organ podatkowy nie może odrzucić, bez przeprowadzenia przeciwdowodu, istnienia faktu stwierdzonego w dokumencie urzędowym i uznał, że działanie w niniejszej sprawie "(...) wskazuje na oportunistyczną postawę organów zmierzającą jedynie do wykazania z góry przyjętej już przez organ tezy o nierzeczywistym charakterze zdarzeń gospodarczych".
Zgodnie z art. 194 § 1 o.p.: "Dokumenty urzędowe sporządzone w formie określonej przepisami prawa przez powołane do tego organy władzy publicznej stanowią dowód tego, co zostało w nich urzędowo stwierdzone". Jednocześnie
zgodnie z art. 194 § 3 o.p.: "Przepisy § 1 i 2 nie wyłączają możliwości przeprowadzenia dowodu przeciwko dokumentom wymienionym w tych przepisach".
Organ odwoławczy w niniejszej sprawie odniósł się do składanych przez Stronę pism na etapie postępowania odwoławczego i stwierdził, że nie mogą one w żaden sposób wpłynąć na rozstrzygnięcie w niniejszej sprawie, szczegółowo odnosząc się do nich w treści zaskarżonej decyzji, co sąd pierwszej instancji pominął. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego organ nie odmówił mocy dowodowej wskazanym powyżej dowodom, lecz w wyniku ich analizy stwierdził, że dowody te nie potwierdzają rzetelności zakwestionowanych faktur. Jednocześnie podkreślić należy, że art. 181 o.p. ("Dowodami w postępowaniu podatkowym mogą być w szczególności księgi podatkowe, deklaracje złożone przez stronę, zeznania świadków, opinie biegłych, materiały i informacje zebrane w wyniku oględzin, informacje podatkowe oraz inne dokumenty zgromadzone w toku działalności analitycznej Krajowej Administracji Skarbowej, czynności sprawdzających, kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej oraz materiały zgromadzone w toku postępowania karnego albo postępowania w sprawach o przestępstwa skarbowe lub wykroczenia skarbowe.") wprowadza otwarty katalog dowodów i żadnemu z nich nie nadaje pierwszeństwa. Jednocześnie, zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego, jeśli sąd pierwszej instancji uznał, że określone wnioski dowodowe Strony powinny zostać uwzględnione, powinien je konkretnie wskazać i wyjaśnić, dlaczego powinny zostać one przeprowadzone. Także w tym zakresie tezy Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi w stosunku do zgromadzonego materiału dowodowego są zbyt ogólne. Jeśli sąd pierwszej instancji miał wątpliwości, co do ustaleń organu odwoławczego dokonanych na podstawie zgromadzonego materiału dowodowego, powinien wskazać na konkretne wątpliwości i sprecyzować, w jakim zakresie organ odwoławczy ma uzupełnić postępowanie dowodowe.
Biorąc pod uwagę powyższe, zarzut podniesiony w pkt 6) skargi kasacyjnej jest zasadny.
8. W pkt 7) skargi kasacyjnej organ odwoławczy zarzuca naruszenie określonych przepisów p.p.s.a. i o.p. przez przyjęcie, że wyjaśnienia podejrzanej E.M. budzą poważne wątpliwości, ich ocena jawi się jako dowolna a organ oparł się na nich w zakresie ustaleń stanu faktycznego.
W przedmiotowym zakresie zgodzić należy się z organem odwoławczym, że sąd pierwszej instancji nie dokonał własnej oceny ww. wyjaśnień, lecz przekopiował zarzuty skargi zawarte w skardze, a jednocześnie że nie odniósł się do argumentacji podniesionej w odpowiedzi na skargę – organ odwoławczy powoływał się bowiem na protokół przesłuchania E.M. z 22 czerwca 2017 r., z którego wynika, że nie zgłosiła ona zastrzeżeń, co do prawidłowości przeprowadzonych czynności. W każdej sprawie priorytetowe znaczenie ma całościowa i kompleksowa ocena zgromadzonego materiału dowodowego. Tymczasem sąd pierwszej instancji po raz kolejny wypowiedział się zbyt ogólnie; nie dokonał własnej oceny przedmiotowego dowodu.
Oparcie części istotnych ustaleń faktycznych na podstawie wyjaśnień składanych w toku postępowania przygotowawczego nie stanowi naruszenia prawa. Zgodnie z art. 180 § 1 o.p. dowodem może być wszystko, co może przyczynić się do wyjaśnienia sprawy, a jednocześnie art. 181 o.p. wśród dowodów, które mogą być wykorzystywane w postępowaniu podatkowym wymienia m.in. materiały zgromadzone w toku postępowania karnego. Niewątpliwie taki charakter mają wyjaśnienia podejrzanego/podejrzanej składane w toku postępowania. W niniejszej Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi w zaskarżonym wyroku podniósł, że akta administracyjne składają się w zdecydowanej większości z wyjaśnień podejrzanych w toku postępowania przygotowawczego i zaakcentował, że zgodnie z treścią art. 233 k.k. osoby te nie podlegają odpowiedzialności karnej za złożone wyjaśnienia i mogą konfabulować dla uzyskania korzyści procesowych i składać wyjaśnienia niezgodne z prawdą, w związku z czym muszą być oceniane z wyjątkową ostrożnością i wnikliwością. Jednakże, art. 180 § 1 i art. 181 o.p. nie zawierają wymogu bezpośredniości przeprowadzenia dowodów. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 7 sierpnia 2025 r., sygn. akt II FSK 739/23, słusznie zauważył, że: "Prawdą jest, że podejrzany bądź oskarżony w toku postępowania karnego jest przesłuchiwany bez pouczenia o odpowiedzialności karnej za składanie fałszywych zeznań, brak tego pouczenia nie powoduje jednak, że zawsze wyjaśnienia podejrzanego/oskarżonego są niezgodne z prawdą, tak jak pouczenie świadka o skutkach złożenia fałszywych zeznań, nie powoduje, że zeznania świadków stają się przez to wiarygodne". Jak wskazano powyżej, najważniejsza jest całościowa i kompleksowa ocena całego materiału dowodowego, której organ – w ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego – nie zaniedbał.
Z uwagi na powyższe, zarzut podniesiony w pkt 7) skargi kasacyjnej zasługuje na uwzględnienie.
9. W pkt 8) skargi kasacyjnej organ drugiej instancji podniósł naruszenie określonych przepisów p.p.s.a. i o.p. w związku z § 1 ust. 2 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 5 marca 20912 r. w sprawie wzoru i sposobu prowadzenia metryki sprawy (Dz.U. z 2012 r. poz. 246) przez przyjęcie, że organy podatkowe nie dopełniły obowiązku założenia metryki sprawy oraz poprzez nie wskazanie przez sąd, jaki ma to wpływ na wydane rozstrzygnięcie w sprawie. Jednocześnie organ odwoławczy argumentuje w skardze kasacyjnej, że w niniejszej sprawie metryka sprawy była prowadzona przy wykorzystaniu narzędzia informatycznego, a Strona nie zażądała jej wydruku.
Sąd pierwszej instancji w zaskarżonym wyroku podkreślił zarówno obowiązek zakładania metryki sprawy, ciążący na organach podatkowych, jak i wskazał, jakie konsekwencje w jego ocenie rodzi niniejsze uchybienie: "(...) z jednej strony utrudnia Skarżącej odnoszenie się do materiału zebranego w sprawie zarówno na etapie pierwszej, jak i drugiej instancji, z drugiej zaś strony uniemożliwia Skarżącej zweryfikowanie jakie osoby uczestniczyły w podejmowaniu czynności w postępowaniu podatkowym". Niezależnie od niewątpliwego wymogu zamieszczania w aktach sprawy metryki sprawy wraz z wymaganą prawem zawartością tej metryki, podkreślić należy jej pomocnicze, techniczne znaczenie. Na taki charakter metryki sprawy wskazywał wielokrotnie Naczelny Sąd Administracyjny (wyrok NSA z 28 października 2020 r.,
sygn. akt II FSK 938/19; wyrok NSA z 8 czerwca 2016 r., sygn. akt II FSK 502/15). Metryka sprawy służy zwiększeniu przejrzystości działania administracji ze względu na ujawnienie udziału pracowników urzędów w przygotowaniu projektu decyzji oraz zwiększając poczucie odpowiedzialności pracowników za wydane decyzje. Jednocześnie, jak słusznie zauważył Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku 28 października 2020 r., sygn. akt II FSK 938/19: "(...) brak metryki nie rzutuje na treść
akt administracyjnych ani na ich kompletność, jako że urządzenie to ma jedynie charakter pomocniczy, porządkujący. Brak metryki w sposób oczywisty ani nie umożliwia, ani nawet istotnie nie utrudnia stronie postępowania (względnie jej pełnomocnikowi) zapoznania się z aktami sprawy; nie można też twierdzić, że akta pozbawione metryki są niekompletne w sposób uniemożliwiający sądowi administracyjnemu orzekanie na ich podstawie, zgodnie z art. 133 § 1 p.p.s.a.". Tym samym, pomimo wskazania przez sąd administracyjny, jakie jego zdaniem skutki rodzi nie dopełnienie obowiązku założenia metryki sprawy, nie sposób uznać, by było to uchybienie mające istotny wpływ na wynik sprawy, a w konsekwencji na wydawane przez organy podatkowe rozstrzygnięcia. Z powyższych względów nie sposób także uznać, by omawiane uchybienie proceduralne stanowiło przesłankę do uchylenia
przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi decyzji organów podatkowych.
Biorąc pod uwagę powyższe, zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego, przedmiotowy zarzut, chociaż formalnie jest trafny, to jednak procesowo nie jest skuteczny.
4.10. W pkt 9) skargi kasacyjnej organ odwoławczy podniósł naruszenie przez sąd pierwszej instancji art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a. w zw. z art. 141 § 4, art. 153 p.p.s.a., twierdząc że wyrok jest wewnętrznie sprzeczny, a ponadto że niejasne jest stanowisko sądu w zakresie wskazań, co do dalszego postępowania i uznając, że ww. naruszenie miało istotny wpływ na wynik sprawy.
Zgodnie z treścią art. 141 § 4 p.p.s.a. uzasadnienie wyroku powinno zawierać: zwięzłe przedstawienie stanu sprawy, zarzutów podniesionych w skardze, stanowisk pozostałych stron, podstawę prawną rozstrzygnięcia oraz jej wyjaśnienie. Jeżeli w wyniku uwzględnienia skargi sprawa ma być ponownie rozpatrzona przez organ administracji, uzasadnienie powinno ponadto zawierać wskazania, co do dalszego postępowania. W orzecznictwie przyjmuje się, że wadliwość uzasadnienia wyroku
może stanowić przedmiot skutecznego zarzutu kasacyjnego z art. 141 § 4 p.p.s.a., jeżeli nie wiadomo, jaki stan faktyczny sąd pierwszej instancji przyjął, jako podstawę wyrokowania, a także wówczas, gdy uzasadnienie sporządzone jest w taki sposób, że niemożliwa jest kontrola instancyjna zaskarżonego wyroku. Przez stan sprawy, o
którym mowa w art. 141 § 4 zdanie pierwsze p.p.s.a. należy rozumieć nie tylko zwięzłe (krótkie, lakoniczne) przedstawienie dotychczasowego przebiegu postępowania przed organami administracji, ale także, jako wyodrębniony element, stan faktyczny sprawy przyjęty przez sąd. Ta część uzasadnienia wyroku sądu administracyjnego nie
powinna łączyć się z oceną pod względem zgodności z prawem (zob. uchwałę NSA z 15 lutego 2010 r., II FPS 8/09). Zaś przez wyjaśnienie podstawy prawnej rozstrzygnięcia należy rozumieć przedstawienie przez sąd własnej oceny prawnej sprawy. Powinno ono mieć charakter zwięzły, ale pozwalający na skontrolowanie
przez strony postępowania i ewentualnie przez sąd wyższej instancji, czy sąd orzekający nie popełnił w swoim rozumowaniu błędów (por. wyrok NSA z 26 lipca 2007 r., sygn. akt I OSK 1281/06 i wyrok NSA z 16 czerwca 2015 r., sygn. akt II FSK 626/15). Jednocześnie, przepis art. 141 § 4 p.p.s.a. może być podstawą uwzględnienia skargi kasacyjnej, gdy wada uzasadnienia nie pozwala na kontrolę instancyjną orzeczenia
lub gdy uzasadnienie obejmuje rozstrzygnięcie, którego nie ma w sentencji orzeczenia. Jak wielokrotnie wskazywano w orzecznictwie (zob. m.in. wyrok NSA z 19 grudnia
2024 r., sygn. akt III FSK 292/23 i wyrok NSA z 20 marca 2025 r., sygn. akt III OSK 107/22), funkcja uzasadnienia wyraża się tym, że jego adresatem – oprócz stron – jest także Naczelny Sąd Administracyjny. Po stronie wojewódzkiego sądu administracyjnego tworzy to obowiązek wyjaśnienia motywów podjętego
rozstrzygnięcia w taki sposób, który umożliwi przeprowadzenie kontroli instancyjnej zaskarżonego orzeczenia w sytuacji, gdy strona postępowania zażąda jego kontroli poprzez wniesienie skargi kasacyjnej. Uzasadnienie wyroku powinno być tak sporządzone, aby wynikało z niego, dlaczego sąd uznał zaskarżone orzeczenie za zgodne lub niezgodne z prawem, dlaczego nie stwierdził, czy stwierdził w
rozpatrywanej sprawie naruszenia przez organy administracji przepisów prawa materialnego, czy też przepisów procedury w stopniu, który mógłby mieć wpływ na
treść rozstrzygnięcia (por. wyrok NSA z 4 stycznia 2011 r., sygn. akt II OSK 1985/09).
W rozpoznawanej sprawie organ odwoławczy – w ramach przedmiotowego zarzutu – podniósł, że sąd pierwszej instancji stwierdza, że naruszono zasady udziału Strony w każdym stadium postępowania, gdyż część materiału dowodowego pochodząca z postępowania karnego została wyłączona z akt sprawy na etapie postępowania przed organem pierwszej instancji a zarazem uznaje, że ta część materiału dowodowego jest niewiarygodna do czasu zweryfikowania tego materiału w prawomocnym wyroku skazującym wydanym przez sąd karny. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego ww. argumentacja Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi jest w istocie niekonsekwentna. Sąd pierwszej instancji powinien jednoznacznie wypowiedzieć się co do zgromadzonego materiału dowodowego i ustalić stan faktyczny w odniesieniu do każdego podmiotu oddzielnie. Nie sposób także zgodzić się z przekonaniem sądu o braku wiarygodności materiału dowodowego do czasu wydania przez sąd karny prawomocnego wyroku skazującego. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi powinien dokonać własnej oceny zgromadzonych dowodów, a nie a priori odmówić wiarygodności materiałowi dowodowemu.
Organ drugiej instancji wskazał także, że sąd twierdzi, że zaskarżona decyzja została wydana w oparciu o stan faktyczny sprawy ustalony przez organy podatkowe w oparciu o materiał dowodowy, który obejmuje zasadniczo jedynie włączony do sprawy materiał z postępowania karnego, a jednocześnie uznaje, że dokonano selektywnego i wybiórczego wyboru materiałów z postępowania karnego. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego powyższe twierdzenie nie jest wewnętrznie sprzeczne, ale na pewno jest niezrozumiałe. Sąd pierwszej instancji, powołując się na selektywne, czy wybiórcze podejście do materiału dowodowego, powinien wskazać, jakie konkretnie dowody nie zostały uwzględnione.
Organ odwoławczy wskazuje także, że dowody przeprowadzone przez prokuraturę są w ocenie sądu niewiarygodne do czasu wydania wyroku w sprawie, a zarazem te same dowody – powtórnie przeprowadzone przez organ podatkowy – byłyby wiarygodnymi dowodami, na których można by opierać rozstrzygnięcie w sprawie. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego zarzut ten jest niezrozumiały w kontekście podnoszonej przez organ wewnętrznej sprzeczności zaskarżonego wyroku.
Ponadto organ drugiej instancji, w ramach ww. zarzutu, twierdzi, że nie są jasne wskazania sądu, co do dalszego postępowania organów. Konkludując, sąd zauważa, że uchylenie decyzji nie tworzy powtórnego obowiązku gromadzenia już zebranych w sprawie dowodów, a jednocześnie uznaje, że poszanowanie zasady czynnego udziału strony w postępowaniu wymagało powtórzenia przez organ przesłuchania świadków
w toku postępowania kontrolnego. W tym zakresie Naczelny Sąd Administracyjny podziela argumentację organu odwoławczego, iż istnieje wątpliwość, czy – chcąc uczynić zadość wskazaniom Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi –
organy podatkowe powinny w postępowaniu podatkowym ponownie przesłuchać świadków przesłuchanych w trakcie śledztwa, czy też tylko je ocenić wraz z materiałem zebranym w ponownie przeprowadzonym postępowaniu. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego stanowisko sądu pierwszej instancji, co do obowiązku powtarzania dowodów, które zostały przeprowadzone w toku śledztwa, nie jest prawidłowe. Jeśli
sąd miał wątpliwości, co do ustaleń dokonanych przez organ odwoławczy na
podstawie zgromadzonego materiału dowodowego, to powinien wskazać na konkretne wątpliwości i sprecyzować, w stosunku do których podmiotów i transakcji organ ma uzupełnić postępowanie dowodowe.
Zważywszy na powyższe, zarzut podniesiony w pkt 9) skargi kasacyjnej jest zasadny. W konsekwencji, po ponownym rozpoznaniu sprawy, sąd pierwszej instancji zobowiązany jest sporządzić uzasadnienie wyroku spełniające wymogi ustawowe przewidziane w art. 141 § 4 p.p.s.a., uwzględniając rozważania prawne Naczelnego Sądu Administracyjnego zawarte w niniejszym orzeczeniu.
11. Reasumując, Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, że sąd pierwszej instancji, uwzględniając skargę i uchylając zaskarżoną decyzję i poprzedzającą ją decyzję organu pierwszej instancji, ze względu na wskazane w uzasadnieniu tego wyroku przesłanki, postąpił nieprawidłowo i tym samym naruszył art. 145 § 1 pkt 1 lit.
a i c p.p.s.a. w zw. z art. 135 p.p.s.a. Spór przed Naczelnym Sądem Administracyjnym dotyczył jedynie kwestii proceduralnych a podniesione w skardze kasacyjnej zarzuty
w znakomitej większości zasługiwały na uwzględnienie.
12. Naczelny Sąd Administracyjny może przeprowadzać jedynie wyjątkowo dowody uzupełniające z dokumentów. Zgodnie z art. 106 § 3 p.p.s.a., przeprowadzenie dowodu uzupełniającego z dokumentów jest możliwe jeżeli łącznie spełnione są dwa warunki, tj. jest to niezbędne do wyjaśnienia istotnych wątpliwości oraz nie spowoduje to nadmiernego przedłużenia postępowania w sprawie. Dopuszczalność wyjaśnienia istotnych wątpliwości musi być oceniana na tle konkretnej, rozpatrywanej sprawy i w aspekcie okoliczności, które mają wpływ na treść jej rozstrzygnięcia.
Spółka w piśmie z 25 lutego 2026 r. złożyła szereg wniosków dowodowych. Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 106 § 3 p.p.s.a., dopuścił wnioski dowodowe w następującym zakresie: decyzje wskazane w pkt III pkt 1, odnoszące się do 2012 r. oraz pismo Prokuratury Regionalnej w Łodzi wskazane w pkt III pkt 2.
W związku z przeprowadzonymi przez Naczelny Sąd Administracyjny dowodami, sąd pierwszej instancji, dokonując ponownego rozpoznania sprawy, powinien mieć na względzie, że Strona wniosła o dopuszczenie decyzji wydanych wobec I.S. oraz wobec E. i jest wskazane, by je przeanalizował przed wydaniem rozstrzygnięcia. Z uwagi na treść wydanego, zaskarżonego orzeczenia sądu pierwszej instancji oraz podniesione w skardze kasacyjnej zarzuty, spór przed Naczelnym Sądem Administracyjnym dotyczy jedynie kwestii proceduralnych i przejście do rozpoznania meritum sprawy byłoby przedwczesne. Jak wskazano powyżej, sąd pierwszej instancji ponownie rozpatrując sprawę zobowiązany jest dokonać oceny zgromadzonego materiału dowodowego oddzielnie dla każdego z podmiotów, co do których istnieje wątpliwość, czy faktury wystawione przez nie dokumentują rzeczywiste zdarzenia gospodarcze.
Jednocześnie, Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że przeprowadzony dowód
z pisma Prokuratury Regionalnej w Łodzi z 21 maja 2025 r. ostatecznie nie miał wpływu na wynik sprawy. Składając ten wniosek dowodowy Spółka zamierzała udowodnić, że w toku postepowania przed organami podatkowymi nie miała
możliwości posługiwania się materiałami z postepowania karnego. Ta okoliczność pozostaje jednak bez wpływu na wynik sprawy, skoro materiał dowodowy z postępowania karnego, który wykorzystano w toku postepowania podatkowego, został ostatecznie udostępniony Stronie, która załączyła szereg dodatkowych materiałów w poczet dowodów.
Ponadto, Naczelny Sąd Administracyjny, działając w oparciu o art. 106 § 3 p.p.s.a., oddalił pozostałe wnioski dowodowe, uważając że ich przeprowadzenie nie jest niezbędne do wyjaśnienia istotnych wątpliwości w odniesieniu do okoliczności, które miałyby wpływ na treść rozstrzygnięcia Naczelnego Sądu Administracyjnego a ich dopuszczenie doprowadziłoby do przedłużenia postępowania w sprawie.
Ponownie rozpoznając sprawę Sąd pierwszej instancji powinien mieć również na względzie ustalenia dokonane w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z 5 listopada 2025 r. w sprawie o sygn. akt II FSK 1161/24 wydany wobec Skarżącej w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2012 r. W świetle art. 170 p.p.s.a., chociaż co do zasady mocą wiążącą i powagą rzeczy osądzonej objęta jest jedynie sentencja wyroku, a nie jego uzasadnienie, to jednak jak wielokrotnie podkreślano w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego powaga rzeczy osądzonej rozciąga się również na motywy wyroku w takich granicach, w jakich stanowią one konieczne uzupełnienie rozstrzygnięcia, niezbędne do określenia jego zakresu. W sytuacji, gdy zachodzi związanie prawomocnym orzeczeniem sądu i ustaleniami faktycznymi, które legły u jego podstaw, niedopuszczalne jest w innej sprawie o innym przedmiocie dokonywanie ustaleń i ocen prawnych sprzecznych z prawomocnie osądzoną sprawą. Rozstrzygnięcie zawarte w prawomocnym
orzeczeniu stwarza stan prawny taki, jaki z niego wynika, a sądy rozpoznające między tymi samymi stronami inny spór muszą przyjmować, że dana kwestia prawna kształtuje się tak, jak przyjęto w prawomocnym, wcześniejszym wyroku (por. wyroku NSA: z 14.07.2020 r., I OSK 2904/19; z 25.11.2020 r., II FSK 1935/18) .
Tymczasem w wyroku z 5 listopada 2025 r., wydanym w sprawie o sygn. akt II FSK 1161/24, Naczelny Sąd Administracyjny orzekał wobec Skarżącej w odniesieniu do tego samego okresu rozliczeniowego. Okoliczność, że postępowanie rozpoznawane przez NSA dotyczyło podatku dochodowego, nie umniejsza znaczenia ustaleń poczynionych w tym orzeczeniu dla niniejszej sprawy. W szczególności dotyczy to oceny prawidłowości przeprowadzonego postępowania dowodowego w zakresie tych samych dowodów i podmiotów, które stanowią również przedmiot niniejszego postępowania.
4.13. Z uwagi na powyższe, Naczelny Sąd Administracyjny – na podstawie art. 185 § 1 p.p.s.a. – uchylił zaskarżony wyrok i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania.
4.14. O kosztach postępowania orzeczono na podstawie art. 203 pkt 2 p.p.s.a. w związku z art. 205 § 2 p.p.s.a.
Danuta Oleś Roman Wiatrowski Arkadiusz Cudak