3. Wyrok Sądu I instancji
3.1. Sąd skargę oddalił.
3.2. Sąd stwierdził, że Gmina nie przedstawiła przekonywującego uzasadnienia dla proponowanego odstąpienia od metod obliczania proporcji przewidzianych w rozporządzeniu MF.
Przedmiotowy budynek wielofunkcyjny jest jednym ze składników mienia gminnego, a proponowana metoda powierzchniowa, poza techniczną możliwością precyzyjnego określenia proporcji, nie oddaje w żaden sposób ani specyfiki działalności Urzędu Gminy, w której mieściłaby się działalność związana z przedmiotowym budynkiem, ani specyfiki dokonywanych na jego rzecz nabyć. Ustalana proporcja powinna natomiast uwzględniać całość działalności Gminy, a nie jej działalność w odniesieniu tylko do jednego składnika majątku.
Wbrew argumentacji skargi, to że działalność polegająca na odpłatnym wynajmie powierzchni na rzecz podmiotów trzecich nie jest specyfiką działalności Gminy, bowiem większość tej działalności prowadzona jest w ramach reżimu publicznoprawnego, ma istotne znaczenie. Z tego również względu nie można wprost porównywać Gminy do innych podmiotów prowadzących działalność komercyjną, u których proporcja nabyć związanych z działalnością gospodarczą jest odwrotna niż w przypadku Gminy. Oczywistym jest również, że także sposób finasowania Gminy powinien znaleźć odzwierciedlenie w przypadku ustalania proporcji.
Dlatego też, zdaniem Sądu, sama okoliczność, że Gmina jest w stanie precyzyjnie określić udział procentowy poszczególnych części powierzchni budynku wielofunkcyjnego składających się na Urząd Gminy i części odpłatnie wynajmowane, nie jest wystarczające do uznania, że to właśnie metoda powierzchniowa jest bardziej reprezentatywna niż metoda wskazana w rozporządzeniu MF.
Jak zasadnie argumentował DKIS, metoda powierzchniowa nie odzwierciedla wprost skali wykorzystania budynku do działalności opodatkowanej, gdyż nie uwzględnia charakteru działalności prowadzonej przez Gminę, oraz sposobu finansowania tego podmiotu. W efekcie metoda ta oddaje jedynie udział powierzchni budynku wykorzystywanej do działalności gospodarczej i poza tą działalnością, a nie specyfikę prowadzonej działalności, o której mowa w art. 86 ust 2b ustawy o VAT oraz nie zapewnia obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonywane w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowane.
Gmina nie wykazała, że zaproponowana przez nią metoda "powierzchniowa" pozostaje bardziej reprezentatywna dla jej działalności od metod przewidzianych w rozporządzeniu MF. Gmina pominęła całkowicie argumentację, z której wynikałoby, że przyjęte prewspółczynniki bardziej odpowiadają specyfice wykonywanej przez nią działalności oraz dokonywanych nabyć, w które wpisuje się wykorzystywanie przedmiotowego budynku, na co zwracano uwagę w szeregu orzeczeń Naczelnego Sądu Administracyjnego dotyczących działalności wodno-kanalizacyjnej gmin.
Nie można również zgodzić się ze skarżącą, że pominięcie w zaproponowanym wzorze wyliczenia prewspółczynika części wspólnych budynku (korytarza), z tego względu, że w ocenie skarżącej powierzchnia ta nie wpływa na zakres jej wykorzystania do działalności gospodarczej, nie ma znaczenia. Zasadnie bowiem DKIS argumentuje, że w takiej sytuacji przyjęty przez skarżącą podział powierzchni budynku usługowo-biurowego służącego do podstawy konstrukcji prewspółczynnika powierzchniowego – na część przeznaczoną do prowadzenia działalności komercyjnej oraz część wykorzystywaną przez Gminę do wykonywania zadań własnych jest uproszczony, a zatem – nieprecyzyjny.
W budynku usługowo-biurowym znajdują się bowiem powierzchnie wspólne, które służą zarówno podmiotom, które odpłatnie wynajmują pomieszczenia, jak i działalności publicznej (nieodpłatnej) Gminy w ww. budynku, ich łączna powierzchnia wynosi 180,65 m2. Kalkulując proporcję wykorzystaną do odliczenia podatku naliczonego, a ściśle mówiąc do alokacji wydatków i przyporządkowania ich części odpowiednio do działalności gospodarczej i działalności mieszanej Gmina podkreśliła, że uwzględni wyłącznie powierzchnię wykorzystywaną ściśle do działalności gospodarczej oraz ściśle do działalności mieszanej. W konsekwencji Gmina nie uwzględni w kalkulacji proporcji części wspólnych budynku, które będą służyły zarówno działalności gospodarczej jak i czynnościom spoza tej działalności.
Ponadto należy też zwrócić uwagę, że zakres wykorzystania części wspólnych do czynności opodatkowanych oraz niepodlegających opodatkowaniu jest uzależniony od wielu czynników związanych z bieżącym funkcjonowaniem ww. budynku. Zatem powierzchnia budynku nie jest jedynym czynnikiem, który determinuje zakres wykorzystania budynku do wykonywania czynności opodatkowanych i niepodlegających opodatkowaniu.
Co niemniej istotne, Gmina proponuje w istocie stosowanie różnych prewspółczynników do różnych kategorii wydatków związanych z rożnymi częściami budynku: w zakresie wydatków wyłącznie "mieszanych" – prewspółczynnik z rozporządzenia MF, w zakresie wydatków dotyczących częściowo działalności opodatkowanej a częściowo "mieszanej" – w pierwszej kolejności – prewspółczynnik powierzchniowy. Nie ma natomiast podstaw, aby w przypadku jednostek samorządu terytorialnego, w odniesieniu do "każdej prowadzonej przez nią inwestycji", czy też jednego składnika majątku (np. budynku) przyjmować odrębny sposób określenia proporcji (zob. wyrok NSA z 9 lutego 2021 r. sygn. akt I FSK 1208/19).
Możliwość wybrania przez jednostkę samorządu terytorialnego indywidualnej metody określenia proporcji nie może więc prowadzić do sytuacji, gdy dana jednostka organizacyjna gminy będzie stosować inną metodę w odniesieniu do każdego z wydatków służących zarówno do celów działalności gospodarczej, jak i celów pozostających poza tą działalnością.
Końcowo należy zauważyć, że ustawodawca w art. 86 ust. 7b ustawy VAT umożliwił wprawdzie ustalenie odrębnej proporcji, ale wyłącznie w stosunku do wydatków inwestycyjnych, czyli ponoszonych na nabycie lub wytworzenie nieruchomości stanowiącej majątek przedsiębiorstwa danego podatnika, wykorzystywanej przez podatnika zarówno do celów osobistych, jak i do działalności gospodarczej podatnika. Ustawodawca nie przewidział jednak takiej możliwości dla innych wydatków związanych środkiem trwałym, w tym na bieżące utrzymanie nieruchomości. Z wniosku o interpretację nie wynika natomiast, aby wydatki na wskazane roboty budowlane i remontowe stanowiły wydatki inwestycyjne w rozumieniu art. 86 ust. 7b ustawy o VAT, tj. nakłady ponoszone na nabycie oraz wytworzenie nieruchomości.
Dlatego też, jako niezasadne Sąd ocenił zarzuty skargi dotyczące naruszenia przepisów prawa materialnego, tj. art. 86 ust. 2a oraz ust. 2h i ust. 22, art. 86 ust. 2b w zw. z art. 1 Dyrektywy VAT oraz art. 86 ust. 2c i ust. 2h ustawy o VAT.
Pozbawione usprawiedliwionych podstaw są również zarzuty naruszenia art. 121 w zw. z art. 14c § 1 oraz art. 14h O.p.
4. Skarga kasacyjna
4.1. Powyższy wyrok został zaskarżony przez Gminę w całości.
W skardze zarzucono:
I. na podstawie art. 174 pkt 1 p.p.s.a. naruszenie przepisów prawa materialnego, tj.:
• art. 86 ust. 2a oraz ust. 2h i ust. 22 ustawy o VAT poprzez ich błędną wykładnię, co doprowadziło do uznania przez Sąd, że Gmina zobowiązana jest do stosowania, w przedmiotowej sprawie, przepisów rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 17 grudnia 2015 r. w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników (dalej: rozporządzenie MF), mimo że Gmina wykazała, iż zaproponowana przez nią metoda kalkulacji proporcji będzie bardziej reprezentatywna;
• art. 86 ust. 2b ustawy o VAT w związku z art. 1 ust. 2 Dyrektywy 112A/VE/2006 w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (dalej: Dyrektywa VAT) poprzez jego błędną wykładnię i uznanie przez Sąd, że w spornej sprawie należy uwzględnić specyfikę całej działalności Gminy, podczas gdy metoda kalkulacji proporcji wskazana przez skarżącą pozwala na obiektywne odzwierciedlenie części konkretnych wydatków przypadających na działalność gospodarczą Gminy i jest reprezentatywna w zaistniałej sytuacji;
• art. 86 ust. 2c i ust. 2h ustawy o VAT poprzez ich błędną wykładnię, co doprowadziło do ich faktycznego pominięcia przez Sąd, tymczasem przepisy te mają kluczowe znaczenie w niniejszej sprawie;
II. na podstawie art 174 pkt 2 p.p.s.a. naruszenie przepisów postępowania, które miało istotny wpływ na wynik sprawy, tj.:
• art. 134 § 1 w zw. z art. 57a p.p.s.a. poprzez nierozpatrzenie sprawy w granicach wszystkich postawionych przez skarżącą zarzutów;
• art. 141 § 4 p.p.s.a. poprzez sporządzenie wadliwego uzasadnienia wyroku, nieodnoszącego się do zarzutów skarżącej oraz przedstawienie swoich wniosków nieposiadających podstawy prawnej.
Gmina wniosła o rozpoznanie skargi na rozprawie; uchylenie wyroku w zaskarżonej części i przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia Sądowi, który wydał zaskarżone rozstrzygnięcie; zasądzenie zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
4.2. W odpowiedzi organ wniósł o oddalenie skargi kasacyjnej i zasądzenie kosztów.
5. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje.
5.1. Skarga kasacyjna nie zasługuje na uwzględnienie.
5.2. Nie są zasadne sformułowane zarzuty procesowe, tj. naruszenia art. 134 § 1 w zw. z art. 57a p.p.s.a. poprzez nierozpatrzenie sprawy w granicach wszystkich postawionych przez skarżącą zarzutów i art. 141 § 4 p.p.s.a. poprzez sporządzenie wadliwego uzasadnienia wyroku, nieodnoszącego się do zarzutów skarżącej oraz przedstawienie swoich wniosków nieposiadających podstawy prawnej.
W opinii NSA sporządzone w sprawie uzasadnienie odpowiada wymogom ustawowym.
Uzasadnienie orzeczenia musi pozwalać na skontrolowanie przez strony i sąd wyższej instancji, czy sąd orzekający nie popełnił w swoim rozumowaniu błędów, tj. winna zostać w nim uwidoczniona operacja logiczna, którą przeprowadził sąd, stosując określone normy prawne w rozstrzyganej sprawie. Uzasadnienie wyroku powinno być więc tak sporządzone, aby wynikało z niego, dlaczego sąd pierwszej instancji uznał zaskarżone orzeczenie za zgodne albo niezgodne z prawem. Winno stwarzać możliwość jednoznacznej rekonstrukcji podstawy rozstrzygnięcia (por. wyrok NSA z 11 września 2025 r., sygn. akt II OSK 779/25, CBOSA). Uzasadnienie sporządzone przez WSA w Warszawie kontroli instancyjnej się poddaje, pozwala jednoznacznie ustalić przesłanki, jakimi kierował się wojewódzki sąd administracyjny, podejmując zaskarżone orzeczenie oraz zawiera wszystkie wymagane przez p.p.s.a. elementy. Zarzut naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a. jest zatem niezasadny.
Jako nietrafny należy ocenić także zarzut naruszenia art. 134 § 1 w zw. z art. 57a p.p.s.a. poprzez nierozpatrzenie sprawy w granicach wszystkich postawionych przez skarżącą zarzutów.
Autor skargi kasacyjnej wskazuje, że "Pominięcie istotnych elementów skargi oraz opisu sprawy, zdaniem Gminy, skutkuje wadliwością wydanego wyroku". Nie wskazano jednak, jakie konkretnie elementy skargi czy opisu sprawy miałby WSA pominąć, ani jaki wpływ miało to pominięcie wywrzeć na wynik sprawy. Naczelny Sąd Administracyjny, związany na podstawie art. 183 § 1 p.p.s.a. granicami skargi kasacyjnej, nie ma ani prawa ani obowiązku domyślać się intencji autora skargi kasacyjnej.
Warto też dodać, że, jak wynika z wyroku NSA z 29 lipca 2025 r., sygn. akt I OSK 2161/23 (CBOSA) "Jednym z elementów uzasadnienia orzeczenia jest przytoczenie zarzutów skargi, a z tego z kolei wywodzi się obowiązek sądu odniesienia się do tych zarzutów. Nie oznacza to jednak, że wypełniając go sąd ma zawsze obowiązek odnieść się do każdego z argumentów, mających w ocenie strony świadczyć o zasadności zarzutu. Wystarczy, gdy z wywodów sądu wynika, dlaczego w jego ocenie nie doszło do naruszenia prawa wskazanego w skardze".
5.3. Nie doszło w sprawie do błędnej wykładni przepisów przez Sąd I instancji.
Istota sporu w sprawie dotyczy prewspółczynika, który Gmina może zastosować w celu obliczenia podatku naliczonego związanego z wydatkami ponoszonymi na budynek wielofunkcyjny będący własnością Gminy, na który składa się część biurowo-administracyjna (Urząd Gminy) oraz część usługowa (apteka, gabinet stomatologiczny oraz przychodnia lekarska). Budynek podzielony jest na trzy części: A. trzy-poziomowy budynek w całości przeznaczony na cele biurowo-administracyjne (Urząd Gminy); B. trzy-poziomowy budynek, w którym na parterze znajduje się apteka oraz gabinet stomatologiczny, pozostałe kondygnacje natomiast to część administracyjna związana z Urzędem Gminy; C. trzy-poziomowy budynek w całości przeznaczony na działalność ośrodka zdrowia.
Sporna jest możliwość stosowania przez Gminę prewspółczynnika powierzchniowego w celu rozdzielnia wydatków oznaczonych we wniosku jako wydatki c), tj. dotyczące częściowo działalności opodatkowanej (wydatki a), a częściowo "mieszanej" (wydatki b). W tym zakresie chodzi o wydatki, które związane są z tą częścią budynku Gminy, w którym znajdują się zarówno apteka i gabinet stomatologiczny, jak i część administracyjna Urzędu Gminy.
Zdaniem skarżącej, po zastosowaniu prewspółczynnika powierzchniowego do tych wydatków, będzie w stanie odpowiednią część wydatków c) przypisać do: działalności gospodarczej (a), a powstałą część do działalności wyłącznie "mieszanej" (b), a w drugiej kolejności dokonać odpowiedniego odliczenia, tj. w części odliczenia pełnego, a w części odliczenia właściwego dla działalności "mieszanej".
W ocenie skarżącej, klucz alokacji oparty na kryterium powierzchniowym jest o wiele bardziej reprezentatywny, precyzyjny i oparty na relewantnych kryteriach, niż klucz z rozporządzenia MF. Charakteryzuje się on dodatkowo niezmiennością i długotrwałością.
Z powyższym, zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego, nie można się zgodzić. Gmina nie wykazała, że tzw. klucz powierzchniowy jest sposobem określenia proporcji bardziej reprezentatywnym niż sposób przewidziany w rozporządzeniu MF.
Należy zauważyć, że działalność polegająca na odpłatnym wynajmie powierzchni na rzecz podmiotów trzecich nie jest specyfiką działalności Urzędu Gminy, ponieważ większość działalności Gminy prowadzona jest w ramach reżimu publicznoprawnego. Ustalona proporcja musi uwzględniać działalność Urzędu Gminy, jako jednostki organizacyjnej zajmującej się w Gminie m.in. wynajmem lokali na rzecz podmiotów trzecich, a nie tylko jej działalność w odniesieniu do jednego składnika majątku. Jak stanowi bowiem § 3 ust. 1 rozporządzenia MF, w przypadku jednostki samorządu terytorialnego sposób określenia proporcji ustala się odrębnie dla każdej z jednostek organizacyjnych jednostki samorządu terytorialnego, tj. urzędu obsługującego jednostkę samorządu terytorialnego, jednostki budżetowej, zakładu budżetowego. Zatem odrębne określenie proporcji pozwala na uwzględnienie okoliczności specyficznych dla każdej z jednostek organizacyjnych i związanych z realizowaną działalnością oraz dokonywanymi nabyciami. Przepisy nie przewidują jednak, aby rozliczać poszczególne składniki majątku będące w zasobach Gminy lub też wszystkie rodzaje działalności gospodarczych prowadzonych przez Gminę samodzielnie. Proponowana przez stronę metoda powierzchniowa, poza techniczną możliwością precyzyjnego określenia proporcji, nie oddaje w żaden sposób ani specyfiki działalności gminy, w której mieści/mieścić się będzie działalność związana z przedmiotowym budynkiem, ani specyfiki dokonywanych nabyć.
W rozpatrywanej sprawie skarżąca przedstawiła sposób kalkulacji dla wybranego składnika majątku a nie działalności. Jednocześnie przyjęty przez stronę skarżącą podział powierzchni budynku usługowo-biurowego służącego do podstawy konstrukcji prewspółczynnika powierzchniowego na część przeznaczoną do prowadzenia działalności komercyjnej oraz część wykorzystywaną przez Gminę do wykonywania zadań własnych jest uproszczony, a wręcz nieprecyzyjny. Strona nie ujęła w kalkulacji części wspólnych budynku, które służą zarówno podmiotom, które odpłatnie wynajmują pomieszczenia, jak i działalności publicznej (nieodpłatnej) Gminy w ww. budynku, o łącznej powierzchni 180,65 m2. W rezultacie strona nie uwzględni w kalkulacji proporcji części wspólnych budynku, które będą służyły zarówno działalności gospodarczej, jak i czynnościom poza działalnością gospodarczą. Natomiast wydatki poniesione na wskazaną we wniosku inwestycję będą związane również z częściami wspólnymi ww. budynku. Wykluczenie części powierzchni wspólnych z kalkulacji "klucza powierzchniowego" powoduje, że sposobu tego nie można uznać za reprezentatywny, bowiem sposób ten nie odzwierciedla w pełni wielkości czynności wykonywanych w ramach działalności gospodarczej i czynności wykonywanych poza działalnością gospodarczą w związku z wykorzystaniem obiektu. W przeciwieństwie do metody powierzchniowej zaproponowanej przez stronę, metoda wskazana w rozporządzeniu Ministra Finansów obejmuje całokształt działalności jednostki samorządu terytorialnego, obejmuje szereg zmiennych odnoszących się do całokształtu działalności tej jednostki, co czyni zadość wymogowi odpowiadania specyfice wykonywanej działalności oraz specyfice dokonywanych nabyć.
Odesłać w tym miejscu można chociażby do wyroku NSA z 27 maja 2022 r., sygn. akt I FSK 173/19, w którym to orzeczeniu NSA, rozstrzygając spór co do tego, czy Gmina uprawniona jest do odliczenia VAT naliczonego od wydatków inwestycyjnych związanych z budową Zintegrowanego Centrum Przesiadkowego (dworzec kolejowy wraz z infrastrukturą handlowo-usługową) również zakwestionował zastosowanie tzw. prewspółczynnika powierzchniowego zamiast klucza ustalonego na podstawie rozporządzenia, czy do wyroku NSA z dnia 19 stycznia 2022 r., sygn. akt I FSK 1527/18, na gruncie którego Gmina była właścicielem budynku przychodni, który najmowała Niepublicznemu Zakładowi Opieki Zdrowotnej (część nieruchomości jednak wykorzystywano na cele własne Gminy), a w którym to wyroku NSA również uznał, że Gmina nie przedstawiła przekonującego uzasadnienia dla proponowanego odstąpienia od metody obliczenia proporcji przewidzianej w rozporządzeniu. W sprawie przyjęto, że Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej zasadnie uznał, że wskazana przez Gminę we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej metoda nie oddaje właściwie specyfiki działalności Gminy, a nawet działalności związanej z przedmiotowym budynkiem. Proponowany przez Gminę sposób określenia proporcji, nie mógł być uznany za najbardziej odpowiadający specyfice wykonywanej przez nią działalności i dokonywanych nabyć. Odnosił się on bowiem do jednej z inwestycji prowadzonych przez Gminę. Ustalenie odrębnych proporcji dla każdego środka trwałego wykorzystywanego zarówno do czynności w zakresie wykonywania zadań własnych oraz działalności gospodarczej nie mieści się w ramach obowiązującego prawa.
Dalej wskazał NSA, że ustawodawca w art. 86 ust. 7b ustawy o VAT umożliwił ustalenie odrębnej proporcji wyłącznie w stosunku do wydatków inwestycyjnych, czyli ponoszonych na nabycie lub wytworzenie rzeczy stanowiącej majątek przedsiębiorstwa danego podatnika, wykorzystywanej zarówno do celów osobistych, jak i do działalności gospodarczej podatnika. Nie przewidział takiej możliwości dla wydatków związanych z bieżącą eksploatacją środka trwałego.
Reasumując, w opinii NSA, prawidłowo w sprawie oceniono, że w okolicznościach faktycznych przedstawionych we wniosku o wydanie interpretacji Gmina nie wykazała, że tzw. klucz powierzchniowy jest sposobem określenia proporcji bardziej reprezentatywnym niż sposób przewidziany w rozporządzeniu. Dlatego też, jako niezasadne należy ocenić zarzuty skargi kasacyjnej dotyczące naruszenia przepisów prawa materialnego, tj. art. 86 ust. 2a oraz ust. 2h i ust. 22, art. 86 ust. 2b w zw. z art. 1 Dyrektywy VAT oraz art. 86 ust. 2c i ust. 2h ustawy o VAT.
5.4. Z uwagi na fakt, że podniesione zarzuty kasacyjne okazały się nieusprawiedliwione, Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 184 p.p.s.a. oddalił skargę kasacyjną.
O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 204 pkt 1, art. 205 § 2 i art. 209 p.p.s.a.
sędzia WSA (del.) sędzia NSA sędzia NSA
Maja Chodacka Hieronim Sęk Bartosz Wojciechowski