Uzasadnienie
1. Wyrok Sądu pierwszej instancji i przedstawiony przez ten Sąd tok postępowania przed organami.
1.1. Zaskarżonym wyrokiem z 11 marca 2024 r. (sygn. akt III SA/Wa 163/24), Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie (dalej: WSA, Sąd pierwszej instancji), oddalił skargę C. sp. z o.o. w likwidacji z siedzibą w W. (poprzednio: D. sp. z o.o.; dalej: spółka, skarżąca) na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie (dalej: DIAS, organ drugiej instancji) z 24 marca 2017 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za okresy rozliczeniowe od kwietnia do sierpnia 2015 r. (opisany wyrok i powołane w uzasadnieniu orzeczenia sądów administracyjnych dostępne są w internetowej bazie orzeczeń CBOSA).
1.2. Zaskarżoną decyzją z 24 marca 2017 r. DIAS w Warszawie utrzymał w mocy decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w Szczecinie (dalej: DUKS, organ pierwszej instancji) z 22 grudnia 2016 r. określającą skarżącej spółce kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy za poszczególne miesiące od kwietnia do sierpnia 2015 r. oraz kwotę podatku do zapłaty na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2011 r. Nr 177 poz. 1054 ze zm.; dalej: u.p.t.u.) za poszczególne miesiące od maja do sierpnia 2015 r.
Organy podatkowe doszły do wniosku, że w świetle zgromadzonego materiału dowodowego, skarżąca nie prowadziła rzeczywistej działalności gospodarczej i była wykorzystywana przez nieustalone osoby do przyjmowania i wystawiania faktur VAT w łańcuchu fikcyjnych dostaw paliwami ciekłymi. Skarżąca nie była dostawcą oleju napędowego, a zakwestionowane faktury nie odzwierciedlały rzeczywistych zdarzeń gospodarczych.
W kontrolowanym okresie spółka miała jednego odbiorcę oleju napędowego: D. S.A. i dwóch dostawców tego paliwa: E. sp. z o.o. i U. sp. z o.o. Z., do których rzekomo zlewano paliwo wykazane w fakturach zakupu skarżącej, były dzierżawione przez nią od D. S.A. Z kolei przewoźnikiem paliwa zarówno na etapie dostawy do zbiorników, jak i dostawy do zbiorników użytkowanych przez D. S.A., był M. sp. z o.o. Wedle organów podatkowych, skarżąca pozorowała prowadzenie działalności gospodarczej i nie dokonywała dostaw towarów, mimo że widniała jako ich wystawca na fakturach VAT stwierdzających takie dostawy.
Wedle organów podatkowych skarżąca nie była stroną transakcji, których dotyczą faktury VAT przez nią przyjęte i wystawione. W związku z tym, na podstawie art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) u.p.t.u., spółce nie przysługiwało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwoty podatku wykazane w fakturach VAT zakupu, a także nie wystąpiła podstawa opodatkowania w rozumieniu art. 29a ust. 1 u.p.t.u. ani podatek należny. Powstał natomiast obowiązek zapłaty podatku wykazanego w fakturach wystawionych przez spółkę, na podstawie art. 108 ust. 1 u.p.t.u.
2. Skarga do Sądu pierwszej instancji.
2.1. W wyniku złożonej skargi WSA w Warszawie wyrokiem z 9 maja 2018 r. (sygn. akt III SA/Wa 1886/17), oddalił skargę spółki na decyzję DIAS w Warszawie z 24 marca 2017 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za okresy rozliczeniowe od kwietnia do sierpnia 2015 r.
2.2. Na skutek skargi kasacyjnej skarżącej spółki, Naczelny Sąd Administracyjny (dalej: NSA), wyrokiem z 10 listopada 2023 r., sygn. akt I FSK 1369/19 uchylił powyższy wyrok w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania WSA w Warszawie.
2.3. Podstawą wydania takiego rozstrzygnięcia przez NSA było stwierdzenie przesłanki nieważności postępowania określonej w art. 183 § 2 pkt 5 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2023 r., poz. 1634 ze zm.; dalej: P.p.s.a.) z uwagi na skierowanie zawiadomienia o rozprawie w dniu 20 kwietnia 2018 r., bezpośrednio poprzedzającej wydanie wyroku z dnia 9 maja 2018 r., na ręce radcy prawnego, który nie był już wówczas pełnomocnikiem spółki. Podzielając podniesiony w tym zakresie zarzut kasacyjny, Naczelny Sąd Administracyjny podkreślił, że strona powinna mieć zapewnioną możliwość przedstawienia swoich racji przed wydaniem rozstrzygnięcia kończącego sprawę. Jednocześnie Sąd drugiej instancji zastrzegł, że ocena pozostałych zarzutów skargi kasacyjnej byłaby przedwczesna.
3. Uzasadnienie rozstrzygnięcia Sądu pierwszej instancji.
3.1. W wyroku z 11 marca 2024 r. (sygn. akt III SA/Wa 163/24), WSA w Warszawie ponownie rozpoznając niniejszą sprawę oraz działając w granicach związania wyrokiem NSA z 10 listopada 2023 r. (sygn. akt I FSK 1369/19), oddalił skargę spółki na decyzję DIAS w Warszawie z 24 marca 2017 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za okresy rozliczeniowe od kwietnia do sierpnia 2015 r.
3.2. Wojewódzki Sąd Administracyjny po ponownym zbadaniu i przeanalizowaniu sprawy - nie dostrzegł uchybień procesowych bądź materialnoprawnych, mogących uzasadniać wyeliminowanie z obrotu prawnego zaskarżonej decyzji.
3.3. W ocenie Sądu, organ podatkowy zasadnie uznał, że w postępowaniu podatkowym wyłonił się rzeczywisty obraz dotyczący faktów i okoliczności związanych z działalnością skarżącej. Zgromadzony materiał w sprawie dowodzi, że spółka nie prowadziła rzeczywistej działalności gospodarczej i była wykorzystywana do przyjmowania i wystawiania faktur VAT w łańcuchu fikcyjnych dostaw. Spółka nie była stroną transakcji, których dotyczą faktury VAT przez nią przyjęte i wystawione. W związku z tym, nie przysługiwało jej prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwoty podatku wykazane w fakturach VAT zakupu oleju napędowego, jednocześnie nie wystąpiła podstawa opodatkowania w rozumieniu art. 29a ust. 1 u.p.t.u., a co za tym idzie, nie wystąpił podatek należny. Wystawiając zatem faktury VAT na rzecz D. S.A. spółka wypełniła normę art. 108 ust. 1 u.p.t.u., co obliguje do zapłaty podatku wykazanego w tych fakturach VAT. Biorąc pod uwagę, że spółka nie wykonała żadnych czynności opodatkowanych, gdyż wszystkie czynności spółki związane były z uczestnictwem w procederze wystawiania pustych faktur VAT, spółka nie nabyła prawa do odliczenia podatku naliczonego od zakupów towarów i usług na terenie kraju wynikających z wystawionych na jej rzecz pozostałych faktur VAT.