3. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
3.1. W zakresie rozpoznanej tzw. sprawy wpadkowej Skarżąca (reprezentowana przez zawodowego pełnomocnika) nie wykazała w motywach wniosku, aby wystąpiły podstawy faktyczne i prawne przemawiające za uwzględnieniem żądania o wstrzymanie wykonania decyzji.
3.2. Instytucja wstrzymania wykonania zaskarżonego aktu (lub czynności) przez sąd, będąca formą tymczasowej ochrony sądowej udzielanej stronie postępowania, stanowi wyjątek od zasady wykonalności takiego aktu (lub czynności) mimo wniesienia skargi, którą przewiduje art. 61 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2024 r. poz. 935, z późn. zm.; dalej: P.p.s.a.). Niemniej w myśl art. 61 § 3 P.p.s.a. sąd może na wniosek skarżącego wydać postanowienie o wstrzymaniu wykonania aktu lub czynności, o których mowa w § 1, jeżeli zachodzi niebezpieczeństwo wyrządzenia znacznej szkody lub spowodowania trudnych do odwrócenia skutków. Przepisy te stosuje się odpowiednio w postępowaniu przed Naczelnym Sądem Administracyjnym, a to z uwagi na art. 193 zdanie pierwsze ab initio P.p.s.a.
Podjęcie działań nakierowanych na skorzystanie z możliwości ubiegania się o udzielenie ochrony tymczasowej należy do strony postępowania. Strona powinna mieć jednak świadomość tego, że analizowane tu uprawnienie wiąże się z obowiązkiem należytego uzasadnienia składanego wniosku, tak stosownymi twierdzeniami, jak i dokumentami, aby w ten sposób wykazać spełnienie ustawowych przesłanek wstrzymania wykonania zaskarżonego aktu. Konieczne jest zatem przedstawienie we wniosku szczegółowych informacji uzasadniających wystąpienie zdarzeń, które powodują ziszczenie się choćby jednej z przesłanek wymienionych w art. 61 § 3 P.p.s.a.
3.3. W oparciu o umotywowany w tej sprawie wniosek nie można było stwierdzić, aby rzeczywiście w niej zachodziły przesłanki określone w art. 61 § 3 P.p.s.a., które przemawiałyby za wstrzymaniem wykonania zaskarżonej decyzji. Spółka odwołała się do zaistniałych jej zdaniem nieprawidłowości związanych z zarachowywaniem przez organy podatkowe dokonanych przez nią wpłat i w konsekwencji niezasadnej egzekucji. Jednak kwestia poprawności zaliczania przez organ podatkowy wpłat Skarżącej z tytułu podatku i prowadzenia wobec niej egzekucji stanowi przedmiot sporu z organem, na co Spółka wskazała we wniosku o wstrzymanie wykonania decyzji. Organ zaś, uznając zasadność prowadzenia egzekucji realizuje swoje obowiązki, co samo w sobie nie oznacza, iż zachodzą podstawy do wstrzymania wykonania zaskarżonego aktu. O wstrzymaniu aktu, na etapie postępowania sądowego, decyduje ziszczenie się wyżej powołanych przesłanek z art. 61 § 3 P.p.s.a., tych jednakże we wniosku nie wykazano. Nie podano konkretnych informacji i dowodów, na podstawie których można byłoby przyjąć, że wykonanie decyzji będzie w rzeczywistości skutkowało wyrządzeniem Skarżącej znacznej szkody lub spowodowaniem trudnych do odwrócenia skutków.
3.4. Z tych wszystkich względów Naczelny Sąd Administracyjny, działając na podstawie art. 61 § 3 w związku z art. 193 zdanie pierwsze ab initio P.p.s.a., orzekł jak w sentencji.