11. NSA za zasadny uznał zarzut naruszenia art. 70 § 1 O.p. w kontekście oceny, czy miało miejsce nadużycie prawa przez organ podatkowy a zarazem organ postępowania przygotowawczego w rozumieniu art. 118 § 1 pkt 1 i 2 K.k.s. Odwołał się w tym zakresie do uchwały (7) sędziów NSA z 24 maja 2021 r., sygn. akt I FPS 1/21, w świetle której sądy administracyjne są władne analizować karnoprawne przesłanki inicjowania postępowania prowadzonego na podstawie przepisów K.k.s. po to, by ocenić, czy działanie to nie zostało podjęte dla uzyskania efektu w płaszczyźnie prawa podatkowego, tzn. dla oddziaływania na bieg terminu przedawnienia. Wskazał, że NSA w powołanej uchwale stanął na stanowisku, że dopiero po wszechstronnej analizie okoliczności konkretnej sprawy podatkowej, związanych najczęściej ze zbliżającym się upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, podejmowanymi wcześniej w postępowaniu podatkowym czynnościami dowodowymi i aktywnością prowadzącego je organu podatkowego, można ustalić czy instytucji wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe nie wykorzystano jedynie do instrumentalnego wywołania skutku w postaci nierozpoczęcia lub zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. NSA wskazał, że o sztucznym wykorzystaniu instrumentu z tego postępowania do przedłużenia terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, może świadczyć również brak realnej aktywności organów postępowania przygotowawczego po wszczęciu takiego postępowania. W tym kontekście NSA wskazał na chronologię przeprowadzonych w sprawie czynności:
- w lipcu 2012 roku wszczęto postępowanie kontrolne w przedmiocie zobowiązań podatkowych Skarżącej za poszczególne miesiące 2007 r. nastąpiło w lipcu 2012 r.,
- w listopadzie 2012 r. wszczęte zostało postępowanie przygotowawcze w związku z podejrzeniem popełnienia przestępstwa skarbowego z art. 56 § 1 w zw. z art. 62 § 2 i w zw. z art. 61 § 1, w zw. z art. 7 § 1, w zw. z art. 6 § 2 Kodeksu karnego skarbowego, na skutek podawania nieprawdy w złożonych przez skarżącą deklaracjach VAT-7 za miesiące od stycznia do października 2007 r.,
- w styczniu 2013 r. ogłoszono Skarżącej zarzuty w związku z podejrzeniem popełnienia przestępstwa skarbowego, o którym mowa wyżej i przesłuchano ją w charakterze podejrzanej, a następnie przez kilka kolejnych lat w ramach postępowania karnego skarbowego nie podejmowano praktycznie żadnych czynności, przy czym brak jest informacji, by postępowanie to zostało w jakikolwiek sposób zakończone,
- decyzja wymiarowa organu pierwszej instancji w przedmiocie zobowiązań podatkowych Skarżącej za poszczególne miesiące 2007 r. została wydana dopiero w 2015 r. mimo, że już cztery miesiące po wszczęciu postępowania kontrolnego w tym zakresie materiał dowodowy zebrany w sprawie dawał podstawy do wszczęcia postępowania przygotowawczego,
- Skarżąca przy piśmie procesowym z 18 lutego 2021 r. nadesłała protokoły przesłuchań pracowników Urzędu Kontroli Skarbowej w K., wskazując, że wynika z nich, iż postępowanie przygotowawcze w sprawie dotyczącej jej męża prowadzone równolegle, zostało wszczęte w celu zawieszenia biegu terminu przedawnienia jego zobowiązań podatkowych za okresy rozliczeniowe 2007 r., w trakcie tego postępowania nie były podejmowane żadne czynności dowodowe - opierało się ono wyłącznie na materiale dowodowym włączonym do akt sprawy z postępowania kontrolnego i zostało zawieszone z uwagi na przedłużające się postępowanie kontrolne.
12. Ostatecznie NSA stanął na stanowisku, że okoliczności mające wpływ na bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego Skarżącej za poszczególne miesiące 2007 r. wymagają dokładniejszej analizy, dokonanej z uwzględnieniem dokumentacji sprawy karnej skarbowej oraz zeznań świadków, z których protokoły przedłożyła Skarżąca. Biorąc pod uwagę tezy sformułowane w uchwale Naczelnego Sądu Administracyjnego, wydanej w sprawie I FPS 1/21, należy zbadać i ocenić, jakie racje przyświecały wszczęciu postępowania w sprawie karnej skarbowej, a następnie zawiadomieniu o tym Skarżącej w grudniu 2012 r. (pełnomocnika skarżącej w listopadzie 2012 r.) i czy ewentualnie mogło mieć to wpływ na skuteczność zawieszenia biegu terminu przedawnienia przedmiotowych zobowiązań podatkowych. Należy mieć również na uwadze, że z unormowania art. 70 § 6 pkt 1 O.p., przy uwzględnieniu towarzyszącego jego wprowadzeniu art. 181 O.p., wynikałoby, że został on ustanowiony z celu umożliwienia wykorzystania w toku postępowania podatkowego - poprzez fakt wszczęcia postępowania karnego (karnego-skarbowego) - materiałów zgromadzonych w toku postępowania karnego albo postępowania w sprawach o przestępstwa skarbowe lub wykroczenia skarbowe. Wskazywałoby to, że uznano, że wszczęte postępowanie karne skarbowe powinno służyć - poprzez pozyskane w jego ramach materiały dowodowe - celom postępowania podatkowego, stąd potrzeba "przedłużenia" czasu trwania postępowania podatkowego poprzez zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, którego ono dotyczy, na czas trwania postępowania karnego skarbowego. Jakkolwiek Sąd pierwszej instancji, w skarżonym wyroku odniósł się do kwestii zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych Skarżącej, jednakże dokonał tego jedynie w aspekcie skuteczności tego zawieszenia w związku z zawiadomieniem Skarżącej w trybie art. 70c O.p.
13. Po zwrocie sprawy do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie, kolejnym wyrokiem, z 25 sierpnia 2022 r., Sąd uchylił zaskarżoną decyzję, jednak po rozpoznaniu skargi kasacyjnej Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 4 października 2023 r. uchylił zaskarżony wyrok w całości i przekazał sprawę WSA w Krakowie do ponownego rozpoznania. Sąd kasacyjny za zasadny uznał zarzut naruszenia art. 141 § 4 P.p.s.a., art. 153 i art. 190 P.p.s.a. Podkreślił, że uchylając poprzednio wydany wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie (z 10 kwietnia 2017 r., sygn. akt I SA/Kr 1057/16) Naczelny Sąd Administracyjny dostrzegając okoliczności mogące świadczyć o instrumentalnym charakterze wszczęcia postępowania karnego skarbowego w stosunku do Skarżącej nakazał, aby okoliczności te zostały ocenione przez Sąd pierwszej instancji ponownie rozpoznający sprawę. Tymczasem NSA stwierdził, że przy ponownym rozpoznaniu sprawy Sąd poczynił niejednoznaczne ustalenia i sformułował takież oceny co do instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego skarbowego. WSA bowiem przytoczył ustalony w sprawie przebieg postępowania karnego skarbowego zamieszczając w uzasadnieniu wyroku wypowiedzi, które wskazywałyby, że dokonuje on oceny pozornego charakteru wszczęcia postępowania karnego skarbowego, jednakże w dalszej kolejności stwierdził, że decyzja organu odwoławczego nie zawiera elementów stanu faktycznego, które pozwalałyby stwierdzić, że w tym przypadku zastosowanie art. 70 § 6 pkt 1 O.p. nie miało instrumentalnego charakteru. NSA stanął na stanowisku, że nie jest jasne, jaki charakter ma ocena Sądu pierwszej instancji wskazująca na instrumentalne wszczęcie postepowania karnego skarbowego, skoro równocześnie Sąd powierzył dokonanie takiej oceny organowi, który wydał zaskarżoną decyzję.
14. W obecnie zaskarżonym wyroku WSA stanął na stanowisku, że postępowanie karne skarbowe zostało wszczęte wyłącznie w celu "zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, które następowało z końcem 2012 r. Organ prowadzący postępowanie przygotowawcze nie miał bowiem zamiaru dokonania jakichkolwiek realnych czynności procesowych (oprócz postawienia zarzutów skarżącej) charakterystycznych dla postępowania karnego i nie przeprowadził żadnych takich czynności przez kolejne lata" (str. 22 uzasadnienia wyroku).
15. Odnosząc się do powyższego stanowiska w kontekście zarzutów skargi kasacyjnej, które zmierzały do podważenia oceny, że zaskarżona decyzja wydana została w warunkach przedawnienia ponieważ postępowanie karne skarbowe wszczęte zostało z nadużyciem art. 70 § 6 pkt 1 i art. 70c O.p. Naczelny Sąd Administracyjny rozstrzygając o skardze kasacyjnej Organu uznał jej zarzuty za trafne.
16. W sferze teoretycznej dla oceny instrumentalności wszczęcia postępowania karnego skarbowego należy odwołać się do powoływanej w sprawie uchwały NSA I FPS 1/21 z 25 maja 2021 r. Sądy, odnosząc jej postanowienia do stanów faktycznych poszczególnych spraw przywołują zwykle ten fragment z uzasadnienia, w którym NSA stwierdził, że "Analiza dokonywana w ramach rozpatrywania sprawy sądowoadministracyjnej powinna w pierwszym rzędzie koncentrować się na zbadaniu kwestii formalnych związanych z wydaniem we właściwym czasie przez odpowiedni organ postępowania przygotowawczego postanowienia na podstawie art. 303 k.p.k w zw. z art. 113 § 1 k.k.s. o treści, z której wynika związek podejrzenia popełnienia przestępstwa lub wykroczenia z niewykonaniem zobowiązania podatkowego. Nie można jednak w jej ramach pomijać zagadnienia merytorycznego - czy na tle okoliczności danej sprawy podatkowej, związanych z bytem zobowiązania podatkowego, wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe nie miało pozorowanego charakteru i nie służyło jedynie wstrzymaniu biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Dokonanie takiej oceny powinno być wcześniej przeprowadzone przez organ podatkowy, stosujący art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c Ordynacji podatkowej przy rozpatrywaniu sprawy podatkowej. W przypadkach wątpliwych, w szczególności wówczas gdy moment wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, jest bliski dacie przedawnienia zobowiązania podatkowego, wyjaśnienie tej kwestii powinno znaleźć odzwierciedlenie w uzasadnieniu decyzji podatkowej, stosownie do art. 210 § 4 Ordynacji podatkowej. Taka informacja jest konieczna aby z jednej strony zagwarantować podatnikowi, że postępowanie podatkowe jest prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, zgodnie z art. 121 § 1 tej ustawy. Z drugiej zaś jej zamieszczenie umożliwi następnie dokonanie oceny prawidłowości zastosowania tej instytucji przez sąd administracyjny kontrolujący akt wydany przez organ podatkowy".
17. W niniejszej sprawie żaden z wydanych wyroków nie przesądził instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego skarbowego wobec Skarżącej. Wskazywano za to, że WSA ma obowiązek kwestię tę ocenić na bazie istniejącego materiału dowodowego w tym dostarczonych na rozprawę przed NSA w sprawie I FSK 1223/17 dokumentów, z których dowód uzupełnił akta sprawy.
18. Podkreślenia wymaga, że wytyczne płynące z uchwały wskazują, że NSA miał na myśli rozpoznanie stanów faktycznych, w których wszczęcie postępowania "służyło jedynie wstrzymaniu biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego", co oczywiste bowiem z woli ustawodawcy zawsze wszczęcie postępowania karnego skarbowego zawiesza bieg terminu przedawnienia, skutek ten więc nie może być punktem wyjścia do wykazywania instrumentalności. Istotne pozostają okoliczności towarzyszące wszczęciu postępowania karnego skarbowego. Jeśli nastąpiło to w bliskim terminie do upływu terminu przedawnienia należy ocenić, czy miało to uzasadnienie w chronologii zdarzeń i czynności podejmowanych przed wszczęciem tego postępowania.
19. Zasadnicze znaczenie ma jednak charakter uchybień stwierdzonych u podatnika. Pozwalają one również ocenić, czy wszczętym postępowaniem karnym skarbowym będzie można realizować cele postępowania karnego skarbowego. Jeśli bowiem w postępowaniu prowadzonym przez organy podatkowe wyłania się spór związany z np. interpretacją przepisów prawa materialnego, wówczas – z uwagi na podmiotową stronę przestępstw karnych skarbowych – powstaje wątpliwość co do zasadności wszczynania postępowania karnego skarbowego. Należy też mieć na uwadze, że zasada legalizmu nie daje organom wyboru, co do wszczynania postępowania karnego w jednych przypadkach i zaniechania takiego działania, mimo stwierdzenia uchybień – w innych.
20. Powyżej opisany przykład nie dotyczy stanu faktycznego, który zachodzi w sprawie. Postępowanie kontrolne wobec Skarżącej zostało wszczęte w lipcu 2012 r. i było konsekwencją ustaleń poczynionych przez organ kontroli skarbowej w toku prowadzonych od 2009 r. postępowań kontrolnych wobec M. P. (dostawcy do kontrahenta Skarżącej) dotyczących lat 2006 – 2008, zarówno w zakresie podatku dochodowego jak i podatku od towarów i usług. Decyzja w zakresie 2007 roku wydana została w lipcu 2012 roku. Podobnie toczyły się postępowania kontrolne wobec bezpośredniego kontrahenta Skarżącej, J. M., za lata 2006-2008, wszczęte w 2009 roku. Postępowania te, w miarę czynionych ustaleń, skutkowały, co jest racjonalnie uzasadnione, wszczynaniem kolejnych postępowań wobec podmiotów w łańcuchach dostaw, w tym Skarżącej, M. J. i Z. M..
21. W skardze kasacyjnej Organ odwołał się do swoich ustaleń dotyczących prawa do odliczenia podatku naliczonego wskazując, że organ kontroli skarbowej ujawnił proceder, który polegał na tym, że firma M. wystawiała puste faktury m.in. dla firmy F., który na tej podstawie wystawiał puste faktury dla kolejnych odbiorców, przy czym M. P. nie rozliczał podatku VAT, składał bowiem za poszczególne miesiące 2007 r. tzw. deklaracje zerowe. Jednocześnie ustalono, że środki przelewane przez Skarżącą jako zapłata za towar, ostatecznie wracały na konto Skarżącej.
22. Niesporna była okoliczność, że w toku postępowania kontrolnego prowadzonego wobec J. M., dostawcy Strony, za 2007 r. w dniu 12 listopada 2012 r. sporządzono protokół badania ksiąg, w którym zawarte zostały ustalenia dotyczące stwierdzonych nieprawidłowości, w tym wystawiania faktur niedokumentujących rzeczywistych transakcji dla Skarżącej. Decyzja dla J. M. wydana została 31 grudnia 2012 r. Istotny był sporządzony w tym postępowaniu protokół przepływów pieniężnych, z którego wynikało, że środki przelane przez Skarżącą na konto firmy J. M. jako zapłata za wystawione faktury wracały na konto osobiste Skarżącej bądź jej męża w postaci przelewów od M. P.. Z konta firmy "J. środki te trafiały bowiem, przez rachunek firmy M. (również jako zapłata za wystawione faktury) na konto osobiste pana P. i jego żony, z którego następnie przelewane były na konto osobiste Skarżącej i jej męża. Przelew środków przez poszczególne konta odbywał się w tym samym dniu albo w ciągu kilku najbliższych dni.
23. Wszczęcie postępowania kontrolnego, jak i karnego skarbowego w niniejszej sprawie nastąpiło w 2012 r., gdyż było konsekwencją ustaleń w ramach wcześniej wszczętych postępowań dotyczących podmiotów powiązanych łańcuchem transakcji. Stawiając w sprawie zarzut, że postępowanie karne zostało wszczęte 15 listopada 2012 r. należałoby również sformułować zarzut późnego wszczęcia postępowania kontrolnego w ogóle, co jednak nie jest żadnym zawinieniem ze strony organu. Trudno bowiem oczekiwać, by – z obawy przed upływem terminu przedawnienia – organy dążyły do wszczynania postępowań zaraz po złożeniu deklaracji przez podatników.
24. Organ wskazał również, że w związku z ustalonymi nieprawidłowościami Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w K. skierował w 16 lutego 2011 r. do Prokuratury Okręgowej w K. pisemne zawiadomienie o podejrzeniu popełnienia przestępstw karnych przeciwko wiarygodności dokumentów oraz przestępstwa tzw. "prania pieniędzy". W następstwie tego powiadomienia Prokuratura Okręgowa w K. wszczęła śledztwo o przestępstwo z art. 299 § 1 kk i art. 270 § 1 kk, a liczne protokoły przesłuchań zrealizowanych w ramach tego śledztwa zostały włączone do akt postępowania kontrolnego prowadzonego wobec Skarżącej.
25. W świetle przedstawionych wyżej zdarzeń nie sposób uznać, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego wobec Skarżącej nastąpiło wyłącznie w celu przedłużenia terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych za miesiące 2012 roku. Zgromadzony materiał dowodowy dotyczący posługiwania się pustymi fakturami wystawianymi w łańcuchu kolejnych podmiotów, które nie dokumentowały rzeczywistych zdarzeń gospodarczych uzasadniał podejrzenie popełnienia przestępstwa karnego skarbowego przez Skarżącą na tyle, że pozwalał na sporządzenie 16 listopada 2012 r. postanowienia o przedstawieniu zarzutów. Dowodzi to, że stan postępowania już na etapie jego wszczęcia, był zaawansowany. Skarżącej przedstawiono zarzuty 29 stycznia 2013 roku i w tym dniu przesłuchano Stronę w charakterze podejrzanej.
26. Odnosząc się do argumentu bierności postępowania karnego skarbowego, które zostało zawieszone postanowieniem z 18 listopada 2014 r., to nie uwzględnia on, że zgromadzone w postępowaniu kontrolnym i podatkowym materiały zasilały również akta sprawy karnej skarbowej. Strona miała prawo wglądu do tych akt, by przekonać się, czy są w tym postępowaniu podejmowane jakieś czynności. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego nie zawsze postępowanie karne skarbowe musi "wyprzedzać" swoim zaawansowaniem postępowania prowadzone przez organy podatkowe. Na gruncie poszczególnych spraw przebieg obu postępowań może kształtować się odmiennie i nie determinuje to negatywnej oceny postępowania, które toczy się korzystając z dowodów zgromadzonych w innym postepowaniu.
27. Zasadnie Organ podniósł, co nie zostało dotąd ocenione, że w piśmie z 13 lipca 2022 r. złożonym w postępowaniu do akt sądowych przedstawił postanowienie Sądu Rejonowego dla K. z 18 maja 2015 r. utrzymujące w mocy postanowienie o zawieszeniu postępowania karnego na podstawie art. 114a K.k.s. Sąd ten podzielił prawidłowość działania organu korzystającego z zawieszenia.
28. Odnosząc się do dowodu przedłożonego przez Skarżącą na rozprawie w sprawie I FSK 1223/17, zdaniem Sądu kasacyjnego orzekającego w tej sprawie, Skarżąca posłużyła się tymi dowodami w sposób wybiórczy Nie można zaakceptować, że z przedmiotowych dokumentów stanowiących kopię protokołów zeznań pracowników organów wynika, że postępowanie karne skarbowe w niniejszej sprawie zostało wszczęte jedynie w celu zawieszenia biegu terminu przedawnienia. Wypowiedzi świadków miały szerszy kontekst, co wynikało z innych fragmentów ich wypowiedzi przytoczonych przez Organ w skardze kasacyjnej. Podkreślenia wymaga, że oczywistym jest, że obowiązkiem organów podatkowych jest kontrolowanie, by nie doszło do przedawnienia zobowiązania podatkowego, jeśli stwierdzone są uchybienia skutkujące weryfikacją samorozliczenia podatnika. Istotne jest czy przewidziane prawem instytucje służące do zawieszenia czy przerwania biegu terminu przedawnienia zostały prawidłowo zastosowane.
29. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego z okoliczności stanu faktycznego sprawy wynika, że wszczęcie wobec Skarżącej postępowania karnego skarbowego 15 listopada 2012 roku nie było przejawem nadużycia art. 70 § 6 pkt 1 O.p. w związku z art. 70c O.p. Wskazują na to okoliczności, które poprzedzały wszczęcie tego postępowania oraz charakter stwierdzonych przez organy podatkowe nieprawidłowości. Oznacza to, że stanowisko Sądu pierwszej instancji wyrażone w zaskarżonym wyroku naruszało wskazane w skardze kasacyjnej przepisy prawa materialnego i procesowego. Stwarzało to podstawę do uchylenia zaskarżonego wyroku na podstawie art. 185 § 1 P.p.s.a. i przekazania sprawy do ponownego rozpoznania celem oceny legalności zaskarżonej decyzji w zakresie pozbawienia Strony prawa do odliczenia podatku naliczonego z zakwestionowanych faktur.
30. O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 209, art. 203 pkt 2, art. 205 § 2 P.p.s.a. w powiązaniu z § 14 ust 1 pkt 2 lit. a rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz. U z 2018 r poz. 265).