2.1.2. Na podstawie art. 174 pkt 2 p.p.s.a., zarzucił naruszenie przepisów postępowania, tj.:
1) art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) p.p.s.a., poprzez wydanie rozstrzygnięcia uchylającego w całości decyzję DIAS, w przypadku gdzie Spółka ową decyzję zaskarżał jedynie w części tyczącej dotyczącej odmowy stwierdzenia nadpłaty podatku naliczonego nad należnym i jego zwrotu za okresy do czerwca 2020 r.;
2) art. 201 § 1 pkt 7, poprzez jego błędne zastosowanie, w momencie gdy Skarżąca w przedmiotowej sprawie podważyła jedynie rozpatrywania DIAS w zakresie części decyzji z 4 września 2024 r. o sygnaturze [...] dotyczącej okresu od lipca 2020 r. do września 2023 r., a wobec czego jednoznacznie zgodziła się z rozstrzygnięciem w sprawie dotyczącej okresu do czerwca 2020 r.;
3) art. 125 o.p., poprzez jego niezastosowanie, w momencie gdy DIAS winien zastosować najprostsze środki prowadzące do załatwienia sprawy, a w istocie w sposób przewlekły odracza rozstrzygnięcie postępowania w części niedotyczącej skarżonej decyzji w związku z prowadzonym postępowaniem sądowym.
2.2. W konsekwencji w skardze kasacyjnej wniesiono o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu, a także o zasądzenie kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych.
3. Naczelny Sąd Administracyjny zważył co następuje:
3.1. Skarga kasacyjna jest nieuzasadniona.
3.2. Zgodnie z art. 183 § 1 p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej (podstaw kasacyjnych), chyba że zachodzą przesłanki nieważności postępowania sądowego, wymienione w § 2 powołanego artykułu. Takiego rodzaju przesłanek w niniejszej sprawie z urzędu nie odnotowano. Podobnie w trybie tym nie ujawniono podstaw do odrzucenia skargi ani umorzenia postępowania przed sądem pierwszej instancji, które obligowałyby Naczelny Sąd Administracyjny do wydania postanowienia przewidzianego w art. 189 p.p.s.a.
3.3. Uwzględniając bezsporny w sprawie stan faktyczny z którego wynikało, że decyzja kasatoryjna Organu drugiej instancji z 4 września 2024 r., którą uchylono decyzję NUS odmawiającą stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za poszczególne okresy od stycznia 2020 r. do września 2023 r. oraz odmawiającą zwrotu na rachunek bankowy nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za poszczególne okresy od stycznia 2020 r. do września 2023 r. została zaskarżona do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, należy podzielić stanowisko Sądu pierwszej instancji, że Organ drugiej instancji słusznie zaakceptował postanowienie NUS wydane na podstawie art. 201 § 2 pkt 7 o.p. zawieszające postępowanie podatkowe wszczęte w dniu 7 grudnia 2023 r. na żądanie Spółki w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe od stycznia 2020 r. do września 2023 r.
3.4. Zgodnie z przywołanym przepisem organ podatkowy zawiesza postępowanie w razie wniesienia skargi do sądu administracyjnego na decyzję uchylającą w całości decyzję organu pierwszej instancji i przekazującą sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ lub stwierdzającą nieważność decyzji. W orzecznictwie prezentowane jest jednolite stanowisko, że wniesienie skargi do sądu administracyjnego stanowiło obligatoryjną przesłankę zawieszenia postępowania, co oznacza, że organ nie miał wyboru co do zastosowania omawianego przepisu. Brak jest bowiem w tej sytuacji swobody decyzyjnej, która pozwalałaby organowi podatkowemu na prowadzenie postępowania, pomimo wystąpienia ustawowych okoliczności przesądzających o jego zawieszeniu. Celem takiej regulacji jest zapewnienie stronie postępowania podatkowego rzetelnej analizy sprawy oraz prawidłowego toku postępowania podatkowego, uwzględniającego zasady trwałości, wykonalności decyzji ostatecznych oraz szybkości postępowania (por. m.in. wyrok NSA z 1 marca 2023 r., sygn. akt I FSK 426/20). Regulacja zawarta w art. 201 § 1 pkt 7 o.p. wprowadza zakaz prowadzenia równolegle postępowania podatkowego i sądowoadministracyjnego w danej sprawie. Ma ona na celu wykluczenie kolizyjności rozpoznania sprawy podatkowej na drodze postępowania podatkowego z weryfikacją decyzji na drodze postępowania sądowoadministracyjnego, którego przedmiotem była sprawa podatkowa, która w następstwie decyzji kasacyjnej organu odwoławczego lub decyzji o stwierdzeniu nieważności, ma być rozpoznana w toku postępowania podatkowego zwykłego (wyrok NSA z 18 sierpnia 2020 r., sygn. akt II FSK 1681/18). Sąd pierwszej instancji słusznie zwrócił uwagę na to, że brak takiego uregulowania mógłby bowiem prowadzić do sytuacji, w której, w przypadku wcześniejszego wydania kolejnej decyzji w sprawie i późniejszego ewentualnego uchylenia decyzji kasacyjnej przez sąd administracyjny, uchylający wyrok sądu zapadnie już po wydaniu decyzji ostatecznej. Wówczas, funkcjonującej w obrocie prawnym legalnej i ostatecznej decyzji kończącej postępowanie w sprawie, odżyłoby niejako postępowanie podatkowe, co skutkowałoby koniecznością wszczęcia trybów nadzwyczajnych postępowania oraz wydłużałoby czas trwania postępowania.
3.5. W rezultacie całkowitą rację miał Sąd pierwszej instancji stwierdzając, że rozstrzygnięcie NUS było zgodne z treścią i celem art. 201 § 1 pkt 7 o.p., albowiem wniesienie skargi do sądu administracyjnego stanowiło obligatoryjną przesłankę zawieszenia postępowania. Słusznie przy tym Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zwrócił uwagę na to, że Organ pierwszej instancji zawiesił postępowanie podatkowe, dostrzegając zależność między postępowaniem sądowoadministracyjnym ze skargi na decyzję kasacyjną, a postępowaniem podatkowym wszczętym w dniu 7 grudnia 2023 r. na żądanie Spółki w sprawie stwierdzenia nadpłaty. Zależność ta objawia w tym, że wynik postępowania sądowoadministracyjnego będzie bezpośrednio rzutował na wynik prowadzonego postępowania.
3.6. W uzasadnieniu sformułowanych zarzutów autor skargi kasacyjnej podniósł, że przesłanka z art. 201 § 1 pkt 7 o.p. nie zachodzi w takim zakresie, jaki przyjął organ, ponieważ wniesiona skarga nie obejmowała całej decyzji, lecz tylko jej wyodrębnioną część. Według Skarżącej, w zakresie okresu do czerwca 2020 r. nie istniał już realny spór co do stawki VAT, zwłaszcza wobec uchwały NSA z 24 czerwca 2024 r. Organ miał zatem możliwość zakończenia postępowania i dokonania zwrotu nadpłaty przynajmniej w tej części, zamiast obejmować zawieszeniem całość sprawy. Zawieszenie miało charakter nadmierny i prowadziło do przewlekłości Skarżąca przedstawia zawieszenie całego postępowania jako przejaw nadmiernego formalizmu i instrumentalnego przedłużania sprawy. Zamiast użyć "najprostszych środków" do załatwienia sprawy, organ odroczył rozstrzygnięcie również tam, gdzie nie było już przeszkód do wydania decyzji. Skutkiem błędnego zawieszenia był brak zwrotu nadpłaty. Argumentacja łączy naruszenie art. 201 § 1 pkt 7 o.p. z dalszym skutkiem materialnym – niezwróceniem nadpłaty mimo upływu terminu z art. 77 § 4 o.p. Skarżąca podkreśla, że wadliwe zawieszenie nie może usprawiedliwiać bierności organu w części sprawy, która mogła zostać zakończona.
3.7. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego przytoczona wyżej argumentacja jest chybiona. Przede wszystkim należy zwrócić uwagę, że przedmiotem skargi kasacyjnej jest postanowienie wydane na podstawie art. 201 § 1 pkt 7 o.p. zawieszające postępowanie podatkowe wszczęte w dniu 7 grudnia 2023 r. na żądanie Spółki w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe od stycznia 2020 r. do września 2023 r. Skoro w niniejszej sprawie spełnione zostały przesłanki wskazane w art. 201 § 1 pkt 7 o.p. nie można twierdzić, że przepis ten został błędnie zastosowany.
3.8. Wbrew twierdzeniom Spółki kwestia stwierdzenia nadpłaty dotyczącej okresu od stycznia do czerwca 2020 r. nie została w sprawie rozstrzygnięta, albowiem DIAS decyzją z 4 września 2024 r. uchylił decyzję NUS w całości, a nie w części i na podstawie art. 233 § 2 o.p. uznał, że rozstrzygnięcie sprawy wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części.
Ponadto, Sąd pierwszej instancji słusznie zwrócił uwagę na to, że organ prowadzi postępowanie na podstawie akt sprawy. Zgodnie zaś z art. 234a o.p., organ odwoławczy zwraca akta sprawy organowi pierwszej instancji nie wcześniej niż po upływie terminu do wniesienia skargi do sądu administracyjnego. Tymczasem w rozpatrywanej sprawie akta zostały przekazane przez DIAS do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie w związku z wniesieniem skargi na decyzję z 4 września 2024 r., zatem nie mogły zostać zwrócone organowi pierwszej instancji w celu ponownego rozpatrzenia sprawy. W konsekwencji stanowisko Spółki, zgodnie z którym postępowanie podatkowe w części dotyczącej okresu od stycznia do czerwca 2020 r. mogłoby być uprzednio zakończone nie znajduje uzasadnienia w przepisach prawa.
3.9. Wbrew zarzutom skargi nie został też naruszony art. 125 o.p., zgodnie z którym organy podatkowe powinny działać w sprawie wnikliwie i szybko, posługując się możliwie najprostszymi środkami prowadzącymi do jej załatwienia sprawy, które nie wymagają zbierania dowodów, informacji lub wyjaśnień, powinny być załatwiane niezwłocznie. Nie sposób zarzucić NUS naruszenia zasady szybkości postępowania w sytuacji gdy postępowanie nie może się obecnie toczyć ze względu na obowiązek obligatoryjnego jego zawieszenia na mocy art. 201 § 1 pkt 7 o.p.
3.10. Nie mógł też zostać naruszony w sprawie art. 77 § 4 o.p., poprzez niedokonanie zwrotu nadpłaty w wyniku niewydania nowej decyzji w określonym w tym przepisie terminie. Rozpatrywana obecnie sprawa nie dotyczy bowiem stwierdzenia i zwrotu nadpłaty w podatku od towarów i usług za poszczególne okresy od 2020 r. do 2023 r., a kwestii wpadkowej, procesowej dotyczącej obligatoryjnego zawieszenia postępowania podatkowego.
3.11. Mając powyższe na uwadze, Naczelny Sąd Administracyjny nie znajdując podstaw do uwzględnienia skargi kasacyjnej w niniejszej sprawie - w oparciu o przepis art. 184 p.p.s.a. - orzekł jak w sentencji.
Maja Chodacka Sylwester Marciniak Marek Kołaczek
sędzia WSA (del.) sędzia NSA sędzia NSA