8. Przepis art. 176 § 1 pkt 2 P.p.s.a. wymaga, aby każdą z podstaw kasacyjnych należcie uzasadnić. Oznacza to, że uzasadnienie danego zarzutu jest jednym z elementów konstrukcyjnych skargi kasacyjnej. Przez uzasadnienie podstawy kasacyjnej należy rozumieć takie rozwinięcie zarzutów kasacyjnych, w którym strona wyjaśnia, na czym dane naruszenie polegało i przedstawia argumentację na poparcie twierdzeń, że uchybienie przepisom postępowania mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Brak takiego uzasadnienia oznacza również, że z uwagi na art. 183 § 1 P.p.s.a. dany zarzut nie może zostać merytorycznie rozpoznany przez Naczelny Sąd Administracyjny.
9. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego w pierwszej kolejności należało ocenić drugi zarzut zawarty w petitum skargi kasacyjnej, gdyż zarzut ten odnosi się do prawidłowości ustalenia faktów, które były przedmiotem oceny materialnoprawnej zawartej w zaskarżonym postanowieniu oraz w wyroku Sądu pierwszej instancji. Zarzut ten jest sformułowany w sposób nie do końca zrozumiały, gdyż wskazano w nim, że WSa naruszył art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) P.p.s.a w związku z art. 87 ust. 2 u.p.t.u. w związku z art. 121 § 1 O.p. przez jego niewłaściwe zastosowanie i niezasadne nieuwzględnienie skargi. Zdaniem Skarżącej Sąd pierwszej instancji powinien był uwzględnić skargę i wydać wyrok na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) P.p.s.a. W zarzucie tym wskazano, że podstawą uchylenia zaskarżonego postanowienia przez Sąd pierwszej instancji powinno być niezasadne przekroczenie przez Organ terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Wskazano także, że konsekwencją tych uchybień było ustalenie przez Sąd pierwszej instancji błędnego stanu faktycznego, w którym podatek VAT przestaje być neutralny. W skardze kasacyjnej nie wykazano, w jaki sposób w rozpoznanej sprawie miało dojść do błędnego ustalenia przez Sąd pierwszej instancji stanu faktycznego sprawy.
10. Przy ocenie tego zarzutu skład orzekający Naczelnego Sądu Administracyjnego rozpoznający niniejszą sprawę miał na uwadze, że sąd administracyjny pierwszej instancji, rozpoznając skargę nie ustala stanu faktycznego, który stanowił podstawę faktyczną aktu administracyjnego objętego skargą wniesioną do WSA. Sąd ten wydając wyrok poza wyjątkiem wynikającym z art. 106 § 3–5 P.p.s.a., który w rozpoznanej sprawie nie wystąpił, nie czyni własnych ustaleń faktycznych dotyczących okoliczności, których konsekwencje prawne są określone w sentencji zaskarżonego aktu. Sąd pierwszej instancji dokonując kontroli zgodności z prawem zaskarżonego aktu, bada zgodność z prawem postępowania wyjaśniającego przeprowadzonego przed organem administracji, który wydał ten akt. W ramach tego badania sąd kontroluje, czy stosownie do obowiązujących organy podatkowe przepisów prawa procesowego wykonały one obowiązek dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy (art. 122 O.p.) i zebrania niezbędnych dowodów na okoliczności, które stworzyły podstawę faktyczną zaskarżonego aktu administracyjnego (art. 187 § 1 O.p.) a także, czy Organ w sposób swobodny i racjonalny ocenił zebrane w sprawie dowody i wynikające z nich okoliczności faktyczne pod kątem ich znaczenia dla rozstrzygnięcia zawartego w sentencji zaskarżonego aktu (art. 191 O.p.). Należy dodać, że zakres okoliczności faktycznych, które w sprawie powinny zostać wyjaśnione przez Organ, wynika z treści hipotezy normy prawa, która została zastosowana, jako podstawa rozstrzygnięcia zawartego w sentencji zaskarżonego aktu.
11. W świetle powyższych konstatacji należało stwierdzić, że zawarte w omawianym zarzucie stwierdzenie, według którego Sąd pierwszej instancji ustalił błędny stan faktyczny sprawy, jest niezasadne, gdyż w rozpoznanej sprawie Sąd pierwszej instancji nie ustalał samodzielnie stanu faktycznego występującego w rozpoznanej sprawie, lecz w zaskarżonym wyroku zawarł ocenę prawną odnoszącą się do okoliczności faktycznych ustalonych przez organy podatkowe. Z uzasadnienia zaskarżonego wyroku wynika, że WSA ocenił jako zgodne z prawem ustalenia faktyczne poczynione w rozpoznanej sprawie. W ocenie Sądu pierwszej instancji wskazane w wyniku tych ustaleń okoliczności faktyczne odpowiadały stanowi rzeczywistemu i w świetle postanowień art. 87 ust. 2 u.p.t.u. wystąpienie tych okoliczności uzasadniało przedłużenie terminu dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. W tej sytuacji zakwestionowanie zaskarżonego wyroku w zakresie zawartej w nim oceny prawidłowości poczynionych w sprawie ustaleń faktycznych wymagało od Skarżącej podniesienia zarzutu naruszenia przez organy podatkowe przepisów postępowania podatkowego, które miało spowodować błędne ustalenie w postępowaniu podatkowym faktów stanowiących podstawę zaskarżonego postanowienia i wskazania w skardze kasacyjnej, że uchybienia te na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) P.p.s.a. powinny zostać ocenione przez Sąd pierwszej instancji, jako okoliczności uzasadniające uchylenie zaskarżonego postanowienia.
12. Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale z 15 lutego 2010 r., sygn. akt II FPS 8/09 wskazał, że bez odniesienia się w skardze kasacyjnej do treści np. art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) P.p.s.a. w powiązaniu z odpowiednimi przepisami postępowania administracyjnego nie jest możliwe skuteczne zakwestionowanie stanowiska Sądu pierwszej instancji odnośnie stanu faktycznego ustalonego przez Organ i przejętego za podstawę faktyczną rozstrzygnięcia sprawy, jeżeli sąd formalnie wywiązał się z nałożonego na niego obowiązku dokonania kontroli zgodności z prawem poczynionych w sprawie ustaleń faktycznych, ale w ocenie strony przyjęte ustalenia są merytorycznie błędne.
13. W rozpoznanej sprawie pomimo sformułowania w skardze kasacyjnej zarzutu naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) P.p.s.a. i powiązania go z nieprawidłowym ustaleniem stanu faktycznego sprawy, zarzutu tego nie powiązano z naruszeniem przez organy podatkowe konkretnych przepisów Ordynacji podatkowej, które miały zastosowanie do postępowania wyjaśniającego przeprowadzonego w sprawie przez organy podatkowe. Nie wskazano okoliczności świadczących o naruszeniu przepisów tej ustawy, które w sposób bezpośredni przekładałyby się na zgodność ze stanem rzeczywistym stanu faktycznego przyjętego za podstawę faktyczną zaskarżonego postanowienia. Za takie naruszenie prawa nie mogło być uznane powiązane z naruszeniem powołanego przepisu naruszenie przez organy podatkowe art. 121 § 1 O.p. Przepis ten określa zasadę ogólną postępowania podatkowego - zaufania do organów podatkowych. Zasada ta jest zasadą ogólną prawa, która ma szeroko określoną treść. Jako najczęściej wskazywane postulaty wynikające z tej zasadny należy wymienić: obowiązek działania organu w sposób niebudzący wątpliwości, co do bezstronności organu, działanie w sposób sprawiedliwy, obowiązek działania organu w sposób staranny i merytorycznie poprawny, równe traktowanie interesów Państwa i obywateli, stosowanie jednakowych kryteriów przy ocenie prawnej takich samych stanów faktycznych, prowadzenie postępowania wyjaśniającego w kierunku ustalenia rzeczywistego przebiegu zdarzeń, obowiązek uwzględniania wniosków strony zmierzających do wyjaśnienia występujących w sprawie wątpliwości faktycznych. Tak ukształtowana treść analizowanej zasady wymaga, by przy każdej próbie zarzucenia organowi jej naruszenia, strona wykazała w czym konkretnie upatruje wystąpienia w jej sprawie naruszenia zasady zaufania. Jeżeli strona podnosi naruszenie tej zasady w związku uchybieniami, które stanowią też naruszenie innych szczegółowych przepisów postępowania podatkowego, to powinna je wskazać. W rozpoznanej sprawie Skarżąca pomimo odwołania się do naruszenia zasady zaufania do organów podatkowych w związku ustaleniami faktycznymi stanowiącymi podstawę zaskarżonego postanowienia, nie wskazała naruszeń przepisów Ordynacji podatkowej, które miały miejsce w jej sprawie w toku postępowania wyjaśniającego i które świadczyć by mogły o działaniach organu niezgodnych z prawem i jednocześnie naruszających omawianą zasadę ogólną postępowania podatkowego.
14. W tym stanie rzeczy należało stwierdzić, że przez omawiany zarzut skargi kasacyjnej Skarżąca nie podważyła w sposób skuteczny wynikającej z zaskarżonego wyroku prawidłowości poczynionych w rozpoznanej sprawie ustaleń faktycznych, które w ocenie organów podatkowych i Sądu pierwszej instancji uzasadniały wydanie na podstawie art. 87 ust. 2 u.p.t.u. postanowienia o przedłużeniu terminu do dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego.
15. Nie jest też zasadny zarzut naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) P.p.s.a. w związku z art. 87 ust. 2 u.p.t.u. przez jego niewłaściwe zastosowanie i nieuchylenie zaskarżonego postanowienia. Z uzasadnienia skargi kasacyjnej wynika, że Skarżąca uważa, że okoliczności wskazane w uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia nie mogły stanowić uzasadnionej podstawy do zastosowania art. 87 ust. 2 u.p.t.u. i przedłużenia na podstawie tego przepisu terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Oznacza to, że Spółka przez zawarcie w skardze kasacyjnej tego zarzutu podniosła, że w jej sprawie doszło do błędnego zastosowania przepisu prawa materialnego jakim jest art. 87 ust. 2 u.p.t.u. Mając na uwadze materialny charakter art. 87 ust. 2 u.p.t.u. należało stwierdzić, że ponoszone przez Skarżącą naruszenie tego przepisu przy wydaniu zaskarżonego postanowienia, nie mogło stanowić okoliczności świadczącej o tym, że Sąd pierwszej instancji przez oddalenie skargi na to postanowienie naruszył art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) P.p.s.a.
16. Z treści skargi kasacyjnej wynika, że Skarżąca uważa, że skoro w rozpoznanej sprawie doszło do błędnego zastosowania przez Organ art. 87 ust. 2 u.p.t.u., to została spełniona przesłanka do zastosowania przez WSA przepisu art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) P.p.s.a. i uchylenia na podstawie tego przepisu zaskarżonego postanowienia. Stanowisko to jest wadliwe, gdyż przepis art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) P.p.s.a. stanowi, że sąd uchyla zaskarżony akt, jeżeli został wydany z naruszeniem przepisów postępowania, które nie stanowiło podstawy do wznowienia postępowania i jednocześnie naruszenie to mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Z treści tego przepisu wynika jasno, że przesłanką do jego zastosowania jest naruszenie prawa procesowego i nie może mieć on zastosowania do naruszenia prawa materialnego, na które powołała się Skarżąca w skardze kasacyjnej. Dlatego podniesiony przez Spółkę zarzut naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) P.p.s.a. w zw. z art. 87 ust. 2 u.p.t.u. nie zasługiwał na uznanie za zasadny.
17. Niezależnie od powyższych stwierdzeń należało wskazać, że w skardze kasacyjnej nie przedstawiono przekonywających argumentów podważających ocenę prawną zawartą w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku. Skarga kasacyjna, która została złożona w niniejszej sprawie, pod względem zakwestionowania prawidłowości oceny przez WSA okoliczności występujących w sprawie, jako okoliczności świadczących o tym, że zasadność żądanego przez Skarżącą zwrotu nadwyżki podatku wymaga dalszego wyjaśnienia, jest ogólna i lakoniczna.
18. WSA podkreślił, że w sprawie zakończyła się kontrola podatkowa i wszczęte zostało postępowanie podatkowe, co oznacza, że ustalenia zmierzające do podważenia rozliczenia Skarżącej zadeklarowanego w deklaracji VAT za grudzień 2019 roku weszły w kolejną fazę. Sąd pierwszej instancji podkreślił, że wątpliwości organów podatkowych budzi rzeczywisty przebieg transakcji pomiędzy Spółką a jej kontrahentami w ramach wykonywania projektu badawczego. W brew twierdzeniom Skarżącej kontrola NCBiR w zakresie realizacji projektu nie stwierdza uchybień, których charakter pozostaje bez wpływu na rozliczenia podatkowe jeśli wiąże się m.in. z ustalaniem czy transakcje zawierane przez Skarżącą z kontrahentami nie miały pozorowanego charakteru.
19. Naczelnemu Sądowi Administracyjnemu z urzędu znana jest okoliczność (z tytułu wspólnie rozstrzyganych spraw na rozprawie w dniu 22 maja 2025 r.), że wobec Spółki 29 października 2021 r. została wydana przez organ pierwszej instancji decyzja wymiarowa w zakresie podatku od towarów i usług za miesiące od lipca do października 2019 r., w której na bazie podobnego stanu faktycznego zakwestionowano prawo do odliczenia przez Skarżącą podatku naliczonego, o którego zwrot wystąpiła. Jakkolwiek decyzja ta została uchylona decyzją Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie z 12 grudnia 2022 r., to postępowanie nie zostało umorzone lecz Organ uchylił decyzję organu pierwszej instancji i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia. W decyzji organu odwoławczego wskazano okoliczności faktyczne, które powinny zostać dodatkowo wyjaśnione w toku postępowania podatkowego.
20. W świetle tych okoliczności nie budzi wątpliwości wniosek organów podatkowych, które stoją na stanowisku, że dotychczasowe postępowanie nie uzasadnia dokonania zwrotu, lecz dalsze postępowanie weryfikacyjne.
21. Mając powyższe na uwadze Naczelny Sąd Administracyjny uznał skargę kasacyjną za niezasadną i na podstawie art. 184 P.p.s.a ją oddalił. O kosztach postępowania kasacyjnego orzekł na podstawie art. 204 pkt 1, art. 205 § 2 i art. 209 P.p.s.a.
Sędzia NSA (spr.) Sędzia NSA Sędzia NSA
Izabela Najda-Ossowska Małgorzata Niezgódka-Medek Sylwester Golec