Powyższe uwagi były konieczne, bowiem w sprawie skarga kasacyjna została sporządzona nieprecyzyjnie. Autor skargi kasacyjnej w jej petitum postawił zarzuty naruszenia przez sąd pierwszej instancji przepisów prawa materialnego, tj. art. 29a ust.1, art. 5 ust. 1 pkt 1, art. 8 ust. 1 i art. 86 ust. 1 ustawy o VAT. Tymczasem wojewódzki sąd administracyjny nie stosuje przepisów tej ustawy, lecz jedynie kontroluje prawidłowość ich zastosowania przez organy podatkowe (tu: ich interpretacji). Kierując się jednak treścią uzasadnienia uchwały z 26 października 2009 r. sygn. akt I OPS 10/09, Naczelny Sąd Administracyjny pominął wady redakcyjne sformułowanych w skardze kasacyjnej zarzutów polegające na braku ich powiązania z naruszeniem właściwych przepisów p.p.s.a., a tym samym uznał, że skarga kasacyjna podlegała rozpoznaniu.
3.2 W realiach sprawy organ interpretacyjny uznał, co zakwestionował sąd pierwszej instancji, że w sprawie zostały spełnione wszystkie przesłanki warunkujące uznanie wykonywanych przez wnioskodawcę w ramach projektu czynności za świadczenie usług w rozumieniu art. 8 ust. 1 ustawy o VAT, podlegające opodatkowaniu podatkiem VAT na podstawie art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy, dla których ustawodawca nie przewidział możliwości zastosowania zwolnienia. W analizowanym przypadku istnieje bezpośredni związek pomiędzy dokonanym świadczeniem a otrzymanym od osoby trzeciej wynagrodzeniem w zamian za realizację projektu będącego przedmiotem umowy. W związku z tym kwota otrzymanego przez wnioskodawcę dofinansowania z NCBiR, w części przysługującej instytutowi, stanowi podstawę opodatkowania, o której mowa w art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, a tym samym podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług zgodnie z art. 5 ust. 1 pkt 1 tej ustawy.
Sąd pierwszej instancji uznał z kolei, że dofinansowanie z NCBiR nie stanowi w stanie faktycznym tej sprawy wynagrodzenia za świadczone usługi. Ponadto właścicielem autorskich praw majątkowych powstałych w wyniku wykonania projektu jest Skarb Państwa. Nie można dopatrzeć się więc bezpośredniego związku dofinansowania z ceną świadczeń. Z wniosku o interpretację nie wynika, aby istniało powiązanie kwoty dofinansowania z ewentualnym, konkretnym wynikiem prac badawczych, które wskazywałoby na to, że dofinansowanie to stanowi dopłatę do ceny praw powstałych w toku prac badawczych, jako pokrycie części ich wartości lub rekompensatę z powodu obniżenia ceny. Tym samym sąd pierwszej instancji wyraził stanowisko, że otrzymana dotacja na realizację projektu badawczo-rozwojowego pochodząca ze środków NCBiR nie będzie stanowiła podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług w rozumieniu art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, ani nie będzie wynagrodzeniem za świadczoną usługę.
3.3 Naczelny Sąd Administracyjny, w realiach prawnych i faktycznych sprawy, uznaje za prawidłowe stanowisko sądu pierwszej instancji co do braku podstaw do opodatkowania czynności składających się na realizację projektu, nie podziela zaś stanowiska organu interpretacyjnego, zaprezentowanego konsekwentnie również w skardze kasacyjnej. Należy przy tym odnotować, że sporna w sprawie kwestia była już przedmiotem wielu wyroków NSA, m.in. z: 21 marca 2019 r. I FSK 1363/18, 7 października 2021 r. I FSK 217/21, 10 lutego 2023 r. I FSK 1785/19, 24 września 2024 r. I FSK 146/21, I FSK 1386/21, I FSK 171/23, I FSK 2155/23, z 12 listopada 2024 r. I FSK 373/24 (dostępne na stronie http://orzeczenia.nsa.gov.pl/). Sąd w składzie rozpoznającym niniejszą sprawę podzielił stanowisko i argumentację w nich zawartą.
3.4 Punkt wyjścia stanowi powołany w zarzutach skargi kasacyjnej przepis art. 29a ust. 1 ustawy o VAT. Zgodnie z jego treścią, podstawą opodatkowania, z zastrzeżeniem ust. 2, 3 i 5, art. 30a-30c, art. 32, art. 119 oraz art. 120 ust. 4 i 5, jest wszystko, co stanowi zapłatę, którą dokonujący dostawy towarów lub usługodawca otrzymał lub ma otrzymać z tytułu sprzedaży od nabywcy, usługobiorcy lub osoby trzeciej, włącznie z otrzymanymi dotacjami, subwencjami i innymi dopłatami o podobnym charakterze mającymi bezpośredni wpływ na cenę towarów dostarczanych lub usług świadczonych przez podatnika. Unormowanie to stanowi implementację art. 73 Dyrektywy 2006/112/WE Rady z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz.U.UE.L.2006.347.1), w myśl którego w odniesieniu do dostaw towarów i świadczenia usług innych niż te, o których mowa w art. 74-77, podstawa opodatkowania obejmuje wszystko, co stanowi zapłatę otrzymaną lub którą dostawca lub usługodawca otrzyma w zamian za dostawę towarów lub świadczenie usług, od nabywcy, usługobiorcy lub osoby trzeciej, włącznie z subwencjami związanymi bezpośrednio z ceną takiej dostawy lub świadczenia. Z przepisu tego jednoznacznie wynika, że pomiędzy dotacjami, (subwencjami, dopłatami) a czynnościami opodatkowanymi musi istnieć związek o charakterze bezpośrednim.
Z orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej również wynika, że określenie związku pomiędzy dotacją a świadczeniem usług czy dostawą towaru jako "bezpośredniego" ma istotne znaczenie dla opodatkowania, jak to przykładowo wywiedziono w wyroku z 22 listopada 2001 r. w sprawie C-184/00. W uzasadnieniu tego orzeczenia stwierdzono, że sam tylko fakt, że dotacja (czy inny sposób dofinasowania) wpływa na ostateczną cenę świadczenia (co niemal zawsze ma miejsce), nie może być decydujący dla uznania, że dotacja ta powinna zwiększać podstawę opodatkowania. Konieczne jest stwierdzenie, że dotacja ta jest dokonywana w celu sfinansowania konkretnej czynności opodatkowanej (dostawy towarów lub świadczenia usług). Dla oceny, czy dotacja jest elementem istotnym wpływającym na włączenie jej do podstawy opodatkowania, kluczowe jest stwierdzenie, czy dotacja jest przekazywana w celu sfinansowania dostawy konkretnych towarów lub świadczenia konkretnych usług. Tylko bowiem w takiej sytuacji można uznać, że stanowi ona element wynagrodzenia. Dotacja nie dająca się powiązać z konkretnymi czynnościami podlegającymi opodatkowaniu podatkiem VAT, nie stanowi obrotu w rozumieniu art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, czyli nie zwiększa obrotu. Należy zatem przyjąć, że przesłanką uznania dotacji za element konstytuujący podstawę opodatkowania jest stwierdzenie, że dotacja dokonywana jest w celu sfinansowania konkretnej czynności podlegającej opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. Opodatkowaniu podlegają bowiem jedynie przedmiotowe dotacje do ceny sprzedaży (u dostawcy towaru lub usługi). Nie podlegają natomiast opodatkowaniu dotacje o charakterze przedmiotowym dokonywane do ceny zakupu.
3.5 W uzasadnieniu zaskarżonego wyroku zasadnie dostrzeżono, że dofinansowanie z NCBiR nie ma charakteru wynagrodzenia za świadczone usługi. Wnioskodawca, jako lider konsorcjum, i konsorcjanci są zobowiązani przenieść nieodpłatnie na rzecz Skarbu Państwa udział w majątkowych prawach autorskich do wszelkich wyników badań będących rezultatem realizacji projektu. Brak jest zatem podstaw do stwierdzenia, że dofinansowanie stanowi wynagrodzenie za świadczone usługi. Taki bezpośredni związek miałby miejsce wtedy, gdyby cena, za jaką swoją usługę lub towar lider konsorcjum i członek konsorcjum sprzedawać będą nabywcy (Skarbowi Państwa), była zależna od kwoty dotacji. Wówczas Skarb Państwa musiałby nabywać, po określonej cenie, wyniki badań skarżącego, lub/i płacić, określoną cenę za samo prowadzenie tychże badań. Z okoliczności przedstawionych przez wnioskodawcę nie wynika, aby istniało powiązanie kwoty dofinansowania z ewentualnym, konkretnym wynikiem prac badawczych i rozwojowych, które mogłoby stanowić podstawę do przyjęcia, że dofinansowanie to stanowi dopłatę do ceny praw powstałych w toku realizacji projektu naukowo-badawczego, jako pokrycie części ich wartości lub rekompensatę z powodu obniżenia ceny. W sytuacji, gdy dofinansowanie przekazane przez NCBiR ma za zadanie sfinansować prowadzone przez lidera i członka konsorcjum prace rozwojowe i badania naukowe na rzecz obronności i bezpieczeństwa państwa, zaś lider i członkowie konsorcjum nie mogą przeznaczać otrzymanych transz dofinansowania na cele inne, niż związane z projektem, to zasadny jest wniosek, że dofinansowanie pokrywa jedynie koszty związane z projektem. A zatem otrzymana dotacja na realizację projektu badawczo-rozwojowego nie będzie stanowiła podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług w rozumieniu art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, ani nie będzie wynagrodzeniem za świadczoną usługę, gdyż nie stanowi czynności wymienionej w art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT.
3.6 Nie mogły odnieść skutku argumenty skargi kasacyjnej wskazujące na cenotwórczy charakter dotacji. Dotacje podmiotowe czy przeznaczone na pokrycie kosztów działalności - mimo, że mogą mieć w ostatecznym rozrachunku określony wpływ na cenę świadczonych usług lub dostarczanych towarów - nie są uwzględniane w podstawie opodatkowania. Wymogiem zaliczenia ich do tej podstawy jest bowiem istnienie - nie jakiegokolwiek (pośredniego), lecz bezpośredniego (bezwzględnego) związku zachodzącego między danym dofinansowaniem, a należną ceną. Dopiero bowiem możliwość niebudzącego wątpliwości ustalenia, że sfinansowanie części kosztów świadczonych przez podatnika usług, bezpośrednio i wprost doprowadziło do uzyskania przez nabywcę niższej ceny, stanowi podstawę dla zaliczenia przedmiotowego finansowania do podstawy opodatkowania VAT. W sytuacji zaś, gdy dofinansowanie ma za zadanie sfinansować określone prace służące ściśle wskazanym celom, zaś lider i członkowie nie mogą przeznaczać otrzymanych transz dofinansowania na cele inne, niż związane z projektem, to zasadny jest wniosek, że dofinansowanie pokrywa jedynie koszty związane z projektem (por. powołane wyżej wyroki z 24 września 2024 r. I FSK 146/21 i I FSK 1386/21 oraz wskazane w nich orzecznictwo). Taka sytuacja miała miejsce w sprawie. Dofinansowanie udzielone zostało w ściśle określonym celu, wprost związanym z realizowanym projektem badawczym, pokrywając część jego kosztów, z tym wszakże zastrzeżeniem, że otrzymane dofinansowanie zostanie przeznaczone wyłącznie na rzecz projektu i nie będzie z niego finansowana inna działalność prowadzona przez instytut.
3.7 W świetle przedstawionych argumentów Naczelny Sąd Administracyjny uznał za niezasadne sformułowane w skardze kasacyjnej zarzuty naruszenia prawa materialnego, tj. art. 29a ust.1, art. 5 ust. 1 pkt 1 i art. 8 ust. 1 ustawy o VAT. Na gruncie niniejszej sprawy brak jest elementu odpłatności decydującego o zakwalifikowaniu czynności wykonywanych przez skarżącego oraz członków konsorcjum w ramach realizacji projektu na rzecz uprawnionego jako świadczenia usług. W konsekwencji tego niezasadny był również zarzut naruszenia art. 86 ust. 1 ustawy o VAT. Sąd pierwszej instancji prawidłowo wskazał, że brak jest uzasadnionych przesłanek do skorzystania przez instytut z prawa do odliczenia podatku naliczonego zawartego w cenie nabytych towarów i usług wykorzystywanych do realizacji projektu, skoro nabycia towarów i usług w ramach wykonywania projektu, nie służyły opodatkowanej czynności.
3.8 Odnosząc się do powołanych w uzasadnieniu skargi kasacyjnej wyroków należy zauważyć, że zapadły one w odmiennych stanach faktycznych. W sprawie I SA/Lu 452/18 wysokość dofinansowania była kalkulowana według kosztów konkretnych świadczeń dla zindywidualizowanych adresatów uczestniczących w projekcie i miała ona służyć wyłącznie i bezpośrednio ich realizacji. Dofinansowanie to służyło bezpośrednio, w sposób zindywidualizowany i policzalny, cenie usług świadczonych przez podmiot dofinansowany na rzecz innych, konkretnych podmiotów w sprawie. Również sprawa o sygn. akt III SA/Gl 1186/16 kształtowała się odmiennie niż w rozpoznawanej sprawie, ponieważ stwierdzono w niej, że dotacja dokonywana była w celu sfinansowania konkretnej czynności (wsparcia pracowników przedsiębiorstw zagrożonych zwolnieniem), podlegającej opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.
3.9 Skoro podniesione przez organ interpretacyjny zarzuty kasacyjne okazały się niezasadne, Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 184 p.p.s.a., oddalił skargę kasacyjną.