- rażąco sprzeczne z wiedzą, zasadami logiki i doświadczenia życiowego (jak np. wcześniejsze twierdzenia Naczelnika Urzędu Skarbowego, że nabycie oprogramowania, którego fragment wytworzono kilka lat wcześniej w Polsce przez podmiot niezwiązany ze Spółką, powoduje kilka lat później powstanie stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej w Polsce dla podmiotu, który korzysta z całkowicie innego oprogramowania o tej samej nazwie);
b) poprzez jego błędne zastosowanie wskutek nieprawidłowego uznania, iż pomimo prawie czteroletniego badania (kontroli podatkowej oraz postępowania podatkowego) zasadność zwrotu podatku VAT nadal wymaga dodatkowej weryfikacji, mimo że organy podatkowe obu instancji realizowanymi czynnościami przeczą prezentowanemu przez siebie stanowisku i nie prowadzą takiej weryfikacji, a więc nie podejmują czynności mających na celu weryfikację zasadności zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym (mimo przeprowadzenia wszystkich deklarowanych ówcześnie czynności rzekome "wątpliwości" nadal nie zostały wyjaśnione, a Spółka nie otrzymała zwrotu podatku), a w konsekwencji organy podatkowe obu instancji nie uprawdopodobniły (i nie podejmują żadnych czynności w celu uprawdopodobnienia) "niezasadności zwrotu" za czerwiec 2020 r., podczas gdy organ podatkowy ma obowiązek uprawdopodobnienia – co zostało podkreślone w skarżonym wyroku – drogą jawnego dla Strony procesu myślowego, który realizuje zasadę zaufania i przekonuje Spółkę do racji organu – że istnieją okoliczności przemawiające za potrzebą dodatkowej weryfikacji zasadności zwrotu podatku (por. wyrok 7 sędziów NSA z 23 kwietnia 2018 r., sygn. akt I FSK 255/17) i musi te czynności sprawdzające dotyczące czerwca 2020 r. wykonywać.
Przyjęcie i zastosowanie prawidłowej wykładni przepisów art. 87 ust. 2 ustawy o VAT oraz art. 28b ust. 1 i 2 ustawy o VAT oraz art. 247b § 1 o.p. doprowadziłoby sąd pierwszej instancji do uchylenia nie tylko skarżonego postanowienia organu drugiej instancji, ale również postanowienia organu pierwszej instancji, ze względu na ich oczywistą wadliwość, niemożliwą do naprawienia w toku weryfikacji instancyjnej.
2) na podstawie art. 174 pkt 2 p.p.s.a. naruszenie przepisów postępowania, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy, tj.:
a) art. 151 w zw. z art. 141 § 4, art. 133 § 1 oraz art. 134 § 1 p.p.s.a., w zw. z art. 274b § 1 o.p., w zw. z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, jak również w zw. z art. 121 § 1, art. 124 oraz art. 191 o.p., poprzez oddalenie skargi wskutek:
- pominięcia istotnych okoliczności faktycznych sprawy:
(i) w kolejnych miesiącach, a nawet latach, w sprawie nie następuje jakikolwiek postęp, a Naczelnik Urzędu Skarbowego nie dokonuje rzeczywistych czynności weryfikacyjnych;
(ii) prawie czteroletnie badanie transakcji z jednym kontrahentem Spółki, udokumentowanej w miesiącu czerwcu 2020 r. jedną fakturą powinno doprowadzić do wyjaśnienia wszystkich ewentualnych wątpliwości Naczelnika Urzędu Skarbowego – jest to okres wystarczający do pełnego wyjaśnienia wszystkich podnoszonych wątpliwości, a Spółki nie może obciążać brak działania Naczelnika Urzędu Skarbowego w wyjaśnianiu formułowanych przez niego wątpliwości;
(iii) postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego jest dziewiątym postanowieniem przedłużającym termin zwrotu podatku VAT, a każde kolejne przedłuża postępowanie o kolejne ponad pół roku, a zatem gdyby przedłużenia wynosiły 60 dni, jak przewidział ustawodawca na całe badanie, byłoby to już dwudzieste trzecie przedłużenie;
(iv) postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego przedłuża termin zwrotu podatku o ponad 6 miesięcy, co nie koresponduje w żadnej mierze z czynnościami, jakie Naczelnik Urzędu Skarbowego uznaje za konieczne do wykonania w tym terminie – organ pierwszej instancji w ogóle nie wykazał, że przeprowadzenie deklarowanych czynności wymaga aż ponad 6 miesięcy, podczas gdy przepisy o.p. nakazują zakończenie skomplikowanych postępowań podatkowych w maksymalnie 2 miesiące a organ odwoławczy w żaden sposób się do tego nie odniósł w skarżonym postanowieniu;
- błędnego uznania, że wcześniejsze twierdzenia Naczelnika Urzędu Skarbowego, że spółka B. w czerwcu 2020 r. mogła mieć ulokowane miejsce prowadzenia działalności gospodarczej na terytorium Polski się nie zdezaktualizowało od czasu sporządzenia protokołów kontroli, mimo iż akta sprawy dowodzą, że kwestia ta została już wyjaśniona.
W konsekwencji sąd pierwszej instancji oparł rozstrzygnięcie na okolicznościach faktycznych, które nie są aktualne, nie zostały wyrażone w postanowieniu Naczelnika Urzędu Skarbowego i które stanowią jedynie pretekst dla kolejnego przedłużania terminu zwrotu VAT, nie mają natomiast nic wspólnego z rzeczywistym, prawidłowo ustalonym na podstawie zebranego materiału dowodowego, stanem faktycznym. W tym względzie szczególnie istotne naruszenie mające wpływ na wynik sprawy, to brak uwzględnienia przez sąd pierwszej instancji tej okoliczności – że Spółka skarży postanowienia przedłużające nie po miesiącu czy roku, ale po ponad 3 latach rzekomego badania sprawy przez organy podatkowe;
b) art. 141 § 4 p.p.s.a. poprzez brak realnego odniesienia się w uzasadnieniu skarżonego wyroku do argumentów Spółki przedstawionych w skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie i brak wskazania, które elementy postanowień organów podatkowych obu instancji wskazują na jej niezasadność, co nie pozwala poznać rzeczywistych motywów rozstrzygnięcia i uniemożliwia instancyjną kontrolę skarżonego wyroku;
c) art. 151 p.p.s.a. w zw. z art. 120, 121, 124 oraz art. 247b § 1 o.p. oraz w zw. z art. 87 ust. 2 i art. 28b ust. 1 i 2 ustawy o VAT przez oddalenie skargi, mimo naruszenia przez organy podatkowe obu instancji przepisów w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na wynik sprawy, tj. art. 120, 121, 124 oraz art. 247b § 1 o.p. oraz w zw. z art. 87 ust. 2 i art. 28b ust. 1 i 2 ustawy o VAT na skutek uznania, że skarga złożona w sprawie nie powinna zostać uwzględniona, pomimo braku wyrażenia przez Naczelnika Urzędu Skarbowego w postanowieniu organu pierwszej instancji jakichkolwiek wątpliwości, a tym bardziej wątpliwości uzasadnionych, co następnie zostało zaakceptowane przez organ drugiej instancji.
Jednocześnie Skarżąca wskazała, że gdyby sąd pierwszej instancji nie dopuścił się ww. naruszeń i dokonał prawidłowej oceny okoliczności sprawy, prawa materialnego i materiału dowodowego oraz treści postanowienia Naczelnika Urzędu Skarbowego oraz postanowienia organu odwoławczego, to doszedłby do jednoznacznego wniosku, że Naczelnik Urzędu Skarbowego nie wskazał ani jednej wątpliwości, do wyjaśnienia której potrzebuje więcej czasu, zauważyłby brak jakichkolwiek postępów w sprawie i brak planu działania, a dodatkowo gdyby sąd pierwszej instancji dokonał zestawienia "wątpliwości" – których nie podniósł Naczelnik Urzędu Skarbowego, a które wyraził dopiero organ odwoławczy – z przepisami prawa materialnego, które miałyby być zdaniem organów podatkowych naruszone, doszedłby do wniosku, że cała "oś zarzutów" jest bezpodstawna w stopniu oczywistym, bo "zarzut wobec prawidłowości rozliczeń podatkowych Spółki" jest sprzeczny z prawidłową wykładnią przepisów, jakie miałyby potencjalnie móc zostać naruszone.
2. Organ odwoławczy nie złożył odpowiedzi na skargę kasacyjną.
3. Pismem z 11 września 2024 r. Skarżąca złożyła wniosek o połączenie spraw do wspólnego rozpoznania (III SA/Wa 178/23, III SA/Wa 179/23, III SA/Wa 802/23, III SA/Wa 803/23, III SA/Wa 804/23, III SA/Wa 805/23, III SA/Wa 1303/23, III SA/Wa 1304/23, III SA/Wa 1325/23, III SA/Wa 1326/23, III SA/Wa 1811/23, III SA/Wa 1812/23, III SA/Wa 1813/23, III SA/Wa 1814/23, III SA/Wa 1860/23, III SA/Wa 1861/23, III SA/Wa 2303/23, III SA/Wa 2304/23, III SA/Wa2305/23, III SA/Wa 2306/23, III SA/Wa 2655/23, III SA/Wa 2654/23, III SA/Wa 367/24, III SA/Wa 970/24, III SA/Wa 971/24) oraz o rozpoznanie ich na rozprawie.
Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje.
3. Zgodnie z treścią art. 183 § 1 p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej, z urzędu biorąc pod rozwagę jedynie nieważność postępowania. Z uwagi na to, że w niniejszej sprawie nie zachodzi żadna z okoliczności skutkujących nieważnością postępowania, o jakich mowa w art. 183 § 2 p.p.s.a., Naczelny Sąd Administracyjny dokonał kontroli wyroku w zakresie wyznaczonym podstawami skargi kasacyjnej.
Naczelny Sąd Administracyjny – rozpoznając skargę kasacyjną w granicach wyznaczonych jej zarzutami i wnioskami (art. 183 § 1 w związku z art. 174 pkt 1 i 2 oraz art. 176 p.p.s.a.) – stwierdził, że nie zasługuje ona na uwzględnienie.
Na wstępie należy zaznaczyć, że niniejsza sprawa jest jedną z kilkunastu spraw ze skarg kasacyjnych Skarżącej o analogicznym przedmiocie rozpoznawanych łącznie z zachowaniem odrębnego wyrokowania, na podstawie art. 111 § 2 p.p.s.a., przez Naczelny Sąd Administracyjny 28 kwietnia 2026 r. W niniejszych sprawach (sygn. akt: I FSK 998/24, I FSK 1115/24, I FSK 1255/24, I FSK 1256/24, I FSK 1347/24, I FSK 1976/24, I FSK 2008/24, I FSK 2021/24, I FSK 2022/24, I FSK 2038/24, I FSK 2052/24, I FSK 433/25, I FSK 447/25) okoliczności faktyczne, stan prawny, zarzuty oraz uzasadnienia skarg kasacyjnych są analogiczne i z uwagi na to także rozstrzygnięcia sądu kasacyjnego o bezzasadności skarg kasacyjnych są co do zasady tożsame.
Jednocześnie należy wspomnieć, że zgodnie z art. 193 zdanie drugie p.p.s.a. uzasadnienie wyroku oddalającego skargę kasacyjną zawiera ocenę zarzutów skargi kasacyjnej. Mając na uwadze tę szczególną regulację w stosunku do art. 141 § 4 p.p.s.a., Naczelny Sąd Administracyjny – orzekając o oddaleniu skargi kasacyjnej – mógł zrezygnować z przedstawienia pełnej relacji, co do przebiegu sprawy i sprowadzić swoją wypowiedź tylko do rozważań mających znaczenie dla oceny postawionych zarzutów.
4.1. Granicami skargi kasacyjnej są przytoczone przez wnoszącego skargę kasacyjną podstawy kasacyjne i ich uzasadnienie. Podstawy skargi kasacyjnej zostały wskazane w art. 174 p.p.s.a., zgodnie z którym skargę kasacyjną można oprzeć zarówno na naruszeniu prawa materialnego przez błędną jego wykładnię lub niewłaściwe zastosowanie, jak i na naruszeniu przepisów postępowania, jeżeli uchybienie to mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy.
W niniejszej sprawie w skardze kasacyjnej powołano dwie podstawy kasacyjne uregulowane w art. 174 p.p.s.a. Jak wskazał Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 23 stycznia 2019 r., sygn. akt II OSK 3147/18: "Rolą autora skargi kasacyjnej, którym z mocy prawa powinien być profesjonalny pełnomocnik, jest poprawne sformułowanie zarzutów kasacyjnych, poprzez wskazanie konkretnych przepisów prawa materialnego lub przepisów postępowania, które naruszył Sąd I instancji, a następnie rzetelne ich uzasadnienie, polegające na wyjaśnieniu na czym - jego zdaniem - polegało w przypadku zarzutu naruszenia prawa materialnego niewłaściwe zastosowanie lub błędna interpretacja, bądź wykazanie istotnego wpływu naruszenia prawa procesowego na rozstrzygnięcie sprawy przez Sąd I instancji. Nie jest rolą NSA konkretyzowanie zarzutów kasacyjnych, ich uściślanie, korygowanie, uzupełnianie, czy też poszukiwanie rzeczywistej intencji strony składającej skargę kasacyjną". Warunkiem uwzględnienia zarzutu naruszenia przepisów postępowania jest wykazanie istotnego wpływu zaistniałego uchybienia na wynik sprawy (zob. wyrok NSA z 25 listopada 2022 r., sygn. akt I OSK 2347/21).
4.2. Najdalej idącym zarzutem naruszenia przepisów proceduralnych podniesionych przez Spółkę jest zarzut naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a. Zgodnie z treścią art. 141 § 4 p.p.s.a. uzasadnienie wyroku powinno zawierać: zwięzłe przedstawienie stanu sprawy, zarzutów podniesionych w skardze, stanowisk pozostałych stron, podstawę prawną rozstrzygnięcia oraz jej wyjaśnienie. Wnoszący skargę kasacyjną musi więc wskazać, jakich konkretnie elementów uzasadnienia brak, lub który z nich nie został w sposób należyty zastosowany oraz wykazać, jaki to miało wpływ na wynik sprawy.
Ponadto wnoszący skargę kasacyjną zarzucił naruszenie art. 133 § 1 i art. 134 § 1 p.p.s.a. Zgodnie z art. 133 § 1 p.p.s.a.: "Sąd wydaje wyrok po zamknięciu rozprawy na podstawie akt sprawy, chyba że organ nie wykonał obowiązku, o którym mowa w art. 54 § 2. Wyrok może być wydany na posiedzeniu niejawnym w postępowaniu uproszczonym albo jeżeli ustawa tak stanowi". Orzekanie "na podstawie akt sprawy" oznacza, że sąd przy ocenie legalności decyzji bierze pod uwagę okoliczności, które z akt tych wynikają i które legły u podstaw zaskarżonego aktu. Obowiązek wydania wyroku na podstawie akt sprawy oznacza bowiem jedynie zakaz wyjścia poza materiał znajdujący się w aktach sprawy (por. wyrok NSA z 7 marca 2013 r., II GSK 2374/11). Jednocześnie, zgodnie z art. 134 § 1 p.p.s.a.: "Sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a".
W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego, wbrew twierdzeniom Skarżącej, uzasadnienie zaskarżonego wyroku zawiera wszystkie elementy, jakie wskazuje ustawa; zostało ono sporządzone w sposób właściwy oraz przedstawia merytoryczne motywy podjętego rozstrzygnięcia. Daje to rękojmię, iż sąd pierwszej instancji dołożył należytej staranności przy podejmowaniu zaskarżonego rozstrzygnięcia. Jednocześnie umożliwia ono Naczelnemu Sądowi Administracyjnemu ocenę zasadności przesłanek, na których oparto zaskarżone orzeczenie. Podkreślić należy, że brak akceptacji przez Skarżącą rozstrzygnięcia sprawy i argumentacji sądu nie stanowi naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a., a zatem nie może być podstawą uchylenia orzeczenia. W ramach zarzutu skierowanego przeciwko art. 141 § 4 p.p.s.a., podobnie jak w ramach zarzutu naruszenia art. 133 § 1 p.p.s.a. nie można kwestionować oceny sądu w zakresie ustaleń stanu sprawy i podstawy prawnej, jak czyni to Spółka w niniejszej sprawie. Naczelny Sąd Administracyjny nie zgadza się z twierdzeniem Strony o braku odniesienia się w uzasadnieniu skarżonego wyroku do argumentów Spółki przedstawionych w skardze i braku wskazania, które elementy postanowień organów podatkowych wskazują na jej niezasadność, co miałoby nie pozwolić poznać rzeczywistych motywów rozstrzygnięcia i uniemożliwiać instancyjną kontrolę skarżonego wyroku. Ponadto, argumentacja Skarżącej w zakresie przedmiotowych zarzutów sprowadza się do twierdzeń, że sąd pierwszej instancji nie odniósł się do kwestii stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej, a zatem odnosi się do kwestii merytorycznych postępowania wymiarowego, co nie jest przedmiotem niniejszego postępowania prowadzonego na podstawie art. 87 ust. 2 ustawy o VAT. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w ramach postępowania dotyczącego zasadności przedłużenia terminu do dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym nie był uprawniony do dokonywania kontroli w ww. zakresie.
4.3. Przedmiotem sporu w niniejszej sprawie jest zgodność z prawem przedłużenia terminu do dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym na rachunek Spółki za czerwiec 2020 r.
We wniesionej skardze kasacyjnej Skarżąca podważa ocenę sądu pierwszej instancji, który zaakceptował stanowisko organu odwoławczego o prawidłowości przedłużenia ww. zwrotu.
Zgodnie z art. 87 ust. 1 ustawy o VAT: "W przypadku gdy kwota podatku naliczonego, o której mowa w art. 86 ust. 2, jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy". Jednocześnie, na podstawie art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, zwrot różnicy podatku, z zastrzeżeniem ust. 6, następuje w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju lub na rachunek podatnika w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, której jest członkiem. Jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika, dokonywanego w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego na podstawie przepisów o.p. Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca podatnikowi należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty.
Wykładnia art. 87 ust. 2 ustawy o VAT prowadzi do wniosku, że takie postanowienie może zostać wydane, gdy spełnione są łącznie trzy przesłanki. Po pierwsze, termin do dokonania zwrotu jeszcze nie upłynął. Po drugie, weryfikacja rozliczenia podatnika odbywa się w toku czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, postępowania podatkowego, bądź w toku postępowania kontrolnego. Po trzecie, stwierdzenie przez organ, że zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania opiera się na co najmniej uprawdopodobnionych przesłankach.
4.4. W świetle powyższych wywodów, nie powinno ulegać wątpliwości, że prawidłowo skonstruowana skarga kasacyjna w zakresie zgodności z prawem przedłużenia terminu do dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym przede wszystkim powinna odnosić się do przesłanek określonych w art. 87 ust. 2 ustawy o VAT. Przy czym przywołanie przedmiotowego przepisu oraz umotywowanie naruszeń, jakie zdaniem wnoszącego skargę kasacyjną miały miejsce na gruncie przywołanych przepisów, powinno bezpośrednio odnosić się do przesłanek, o których mowa powyżej oraz nie powinno stwarzać wątpliwości interpretacyjnych. Pomimo tego, że w niniejszej sprawie Skarżąca zarzuciła naruszenie prawa materialnego, tj. w szczególności art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, to – w ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego – skarga kasacyjna będąca przedmiotem niniejszego postępowania nie odpowiada powyższym wymogom. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego nie sposób uznać, by Spółka w sposób prawidłowy postawiła i uzasadniła zarzuty, i to zarówno naruszenia prawa materialnego, jak i przepisów postępowania. W niniejszej sprawie dla rozstrzygnięcia sądu pierwszej instancji kluczowe znaczenie miało rozstrzygnięcie w przedmiocie istnienia przesłanek z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT. Tymczasem Strona, podnosząc i uzasadniając zarzuty w skardze kasacyjnej, zmierza do oceny przebiegu postępowania podatkowego i w nim stosowanych przepisów ustawy o VAT, co nie mieści się w ramach oceny dokonywanej przez sąd w tym postępowaniu.
4.5. Skarżąca wskazuje, że sąd pierwszej instancji naruszył art. 87 ust. 2 ustawy o VAT w zw. z art. 247b § 1 o.p. poprzez ograniczenie się do spisu działań organów podatkowych i parafrazy ich twierdzeń, nie dokonując merytorycznej oceny tego, czy pomimo upływu czasu badania wątpliwości Naczelnika Urzędu Skarbowego są uzasadnione (uprawdopodobnione). Jednocześnie, Strona nie wskazuje konkretnych przesłanek, które negowałyby rozstrzygnięcie Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie. Spółka odnosi się bowiem do przesłanek, które nie podlegają badaniu w ramach postępowania dotyczącego przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT, lecz stanowić mogą przedmiot oceny postępowania wymiarowego. Strona odwołuje się w ramach tego zarzutu do twierdzeń związanych ze stałym miejscem prowadzenia działalności gospodarczej, wskazując że są one sprzeczne ze zgromadzonym w sprawie materiałem dowodowym oraz z prawem materialnym i orzecznictwem TSUE, a także z wiedzą, zasadami logiki i doświadczenia życiowego. Tak uzasadniony zarzut naruszenia prawa materialnego (art. 87 ust. 2 ustawy o VAT w zw. z art. 274b § 1 o.p.) nie jest prawidłowy i z uwagi na to nie zasługuje na uwzględnienie. Nie zachodzi bowiem tożsamość trybu weryfikacji zasadności zwrotu z trybem przedłużenia terminu zwrotu (taka zgodność pojawia się tylko wtedy, gdy weryfikacja odbywa się w ramach czynności sprawdzających). W niniejszej sprawie organ pierwszej instancji wydał postanowienie przedłużające termin zwrotu w czasie, gdy trwała jeszcze weryfikacja w trybie postępowania podatkowego. Także pozostałe zarzuty naruszenia przepisów postępowania, które mogły mieć istotny wpływ na wynik sprawy, w szczególności dotyczące przepisów o.p. (art. 120 – określający zasadę legalizmu w postępowaniu podatkowym, art. 121 § 1 – statuujący zasadę prowadzenia postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie, art. 124 – wskazujący na zasadę przekonywania strony w postępowaniu podatkowym oraz art. 191 o.p. – odnoszący się do zasady swobodnej oceny dowodów przez organ podatkowy), nie zostały umotywowane w sposób, który odnosi się do postępowania w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT, a koncentrują się na postępowaniu wymiarowym. Wymienione w zarzutach kasacyjnych przepisy odnoszące się do zasad ogólnych postępowania podatkowego (art. 120, art. 121 § 1 i art. 124 o.p.), jako zawarte w rozdziale 1 działu IV o.p. oraz do wymogu uzasadnienia postanowienia z art. 217 § 2 o.p. – jako zawartego w rozdziale 14 tegoż działu, miały w myśl art. 280 o.p. odpowiednie zastosowanie w sprawie przedłużenia terminu zwrotu w reżimie czynności sprawdzających. W takim ujęciu za ich naruszeniem nie mogły jednak przemawiać motywy Skarżącej, które odnosiły się do meritum sprawy wymiarowej. Jednocześnie, reguły właściwe dla postępowania dowodowego, w tym art. 191 o.p., którego naruszenie podnosi Strona, zawarty w rozdziale 11 działu IV o.p., do przepisów którego to rozdziału jako odpowiednio stosowanych w ramach czynności sprawdzających art. 280 o.p. w ogóle nie odsyła, nie mogły zostać naruszone przy wydawaniu rozstrzygnięcia o przedłużeniu terminu zwrotu różnicy podatku VAT. Jak wskazał Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 26 listopada 2025 r. w sprawie o sygn. akt I FSK 1660/22: "(...) przepisy o dowodach (rozdział 11 dział IV: art. 180 - art. 200d O.p.) właściwe dla postępowania podatkowego nie mają zastosowania w sprawie, której przedmiotem jest przedłużenie terminu zwrotu różnicy podatku VAT w drodze postanowienia wydanego na podstawie art. 87 ust. 2 zdanie drugie u.p.t.u. w związku z art. 274b O.p. i innymi przepisami regulującymi czynności sprawdzające (dział V Ordynacji podatkowej)". Konkludując Naczelny Sąd Administracyjny w ww. wyroku stwierdził, że: "(...) w ramach sądowej kontroli postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu różnicy podatku VAT na podstawie art. 87 ust. 2 zdanie drugie u.p.t.u., jako każdorazowo wydawanego w trybie czynności sprawdzających, w którym to trybie nie znajdują zastosowania przepisy o dowodach (art. 180 - art. 200d O.p.), niedopuszczalne jest kwestionowanie ad meritum poszczególnych czynności dowodowych (i związanych z tym ocen) postępowania podatkowego prowadzonego w celu zweryfikowania zasadności zwrotu, a przywoływanych jako tło faktyczne postanowienia w sprawie przedłużenia terminu zwrotu". Przywołane powyżej tezy Naczelnego Sądu Administracyjnego znajdują zastosowanie także w niniejszej sprawie. Ponadto Strona podniosła naruszenie art. 151 p.p.s.a. Przywołany przepis ma charakter wynikowy i nie może stanowić samodzielnej podstawy zaskarżenia, a w połączeniu z innymi przepisami, których naruszenie Skarżąca zarzuca – wobec ich bezzasadności – także nie zasługuje na uwzględnienie.
4.6. Odnosząc się do – podnoszonego przez Skarżącą w skardze kasacyjnej – wieloletniego badania wątpliwości przez organ podatkowy i twierdzeniu, że organy podatkowe nie podejmują czynności mających na celu weryfikację zasadności zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, Naczelny Sąd Administracyjny pragnie podkreślić, że w granicach tej sprawy nie mieści się badanie terminowości czynności podejmowanych w trwającym postępowaniu wymiarowym i tym samym zarzut ten nie mógł być objęty kontrolą Naczelnego Sądu Administracyjnego. W granicach niniejszej sprawy mieści się ocena legalności zaskarżonego postanowienia oraz postanowienia je poprzedzającego. Skarżąca przedmiotową kwestię mogła uczynić przedmiotem odrębnej skargi dotyczącej bezpośrednio przewlekłości postępowania wymiarowego.
4.7. Mając na uwadze powyższe, Naczelny Sąd Administracyjny – na podstawie art. 184 p.p.s.a. – orzekł jak w sentencji.
Włodzimierz Gurba Roman Wiatrowski Małgorzata Niezgódka-Medek