e) dokonanie błędnej wykładni przedmiotowego przepisu, polegającej na uznaniu, że możliwość wypłaty podatnikowi kwoty zwrotu podatku od towarów i usług powiększonego o odsetki równe opłacie prolongacyjnej stanowi wystarczający poziom ochrony interesów podatników w przypadku nieuzasadnionego wstrzymania zwrotu podatku od towarów i usług przez organy podatkowe;
2) art. 151 p.p.s.a. przez bezzasadne oddalenie skargi, w sytuacji w której postanowienie organu odwoławczego naruszało art. 120, art. 121 § 1, art. 124, art. 210 § 4, art. 217 § 2 w zw. z art. 219 o.p. przez niewyjaśnienie w sposób należyty motywów podjętego rozstrzygnięcia, w tym nieprzedstawienie wyczerpującego uzasadnienia faktycznego i prawnego, z którego wynikałyby merytoryczne podstawy do ewentualnego przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku, a ograniczenie się do ogólnych sformułowań, z pominięciem szeregu istotnych okoliczności występujących w sprawie, co doprowadziło także do naruszenia zasady przekonywania stron i prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych;
3) art. 151 p.p.s.a. przez bezzasadne oddalenie skargi, w sytuacji w której postanowienie organu odwoławczego naruszało art. 125 § 1 o.p. przez rażące naruszenie zasady szybkości postępowania, nakazującej organom podatkowym działać wnikliwie i szybko, posługując się możliwie najprostszymi środkami prowadzącymi do załatwienia sprawy, tj. nieuzasadnione okolicznościami i nieproporcjonalne w stosunku do faktycznych potrzeb przedłużanie terminu weryfikacji zasadności zwrotu VAT przy jednoczesnej bezczynności organów podatkowych;
4) art. 151 p.p.s.a. przez oddalenie skargi, w sytuacji gdy istniały podstawy do jej uwzględnienia oraz uchylenia postanowienia organu odwoławczego oraz poprzedzającego je postanowienia Naczelnika Trzeciego Urzędu Skarbowego Warszawa-Śródmieście z 9 czerwca 2023 r., wydanego w sprawie 1449-SPV-2.4103.793.2021.16;
5) art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. przez jego niezastosowanie i nieuzasadnione oddalenie skargi na podstawie art. 151 p.p.s.a. na skutek niedostrzeżenia naruszenia przez organ pierwszej i drugiej instancji przepisów postępowania, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy.
W kontekście tak sformułowanych zarzutów spółka wniosła o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i uchylenie w całości postanowienia organu odwoławczego wraz z poprzedzającym je postanowieniem organu pierwszej instancji, ewentualnie uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania sądowi pierwszej instancji, a także o zasądzenie zwrotu kosztów postępowania niezbędnych do celowego dochodzenia praw, w tym kosztów zastępstwa procesowego.
3. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
3.1. Zarzuty skargi kasacyjnej nie są zasadne, a zatem rozpoznawany środek odwoławczy podlega oddaleniu.
3.2. Naczelny Sąd Administracyjny w pełni akceptuje przyjętą w wyrokach z 3 października 2024 r., I FSK 1089/24, z 5 marca 2025 r., I FSK 1633/24, z 5 marca 2025 r., I FSK 1645/24 ocenę zarzutów kasacyjnych, analogiczną do tych podniesionych w niniejszej sprawie. W konsekwencji za całkowicie chybione należało uznać zarzuty naruszenia przepisów postępowania, a z uwagi na niepodważenie przyjętego przez organy i sąd pierwszej instancji stanu faktycznego, za bezpodstawne uznano też zarzuty naruszenia przepisów prawa materialnego.
3.3. Istota sporu zaistniałego pomiędzy stronami stosunku podatkowoprawnego sprowadza się do oceny, czy okoliczności wskazane przez organ odwoławczy, a zaaprobowane przez Sąd pierwszej instancji, uzasadniały przedłużenie terminu zwrotu podatku od towarów i usług za wskazany wcześniej okres rozliczeniowy.
3.4. Z uwagi na neutralność podatku od towarów i usług istotne jest sprawne odzyskiwanie przez podatnika nadwyżki naliczonego podatku od towarów i usług nad podatkiem należnym. A zatem zasadą jest, że powinno to następować w ustawowo określonych terminach, w czasowej zbieżności ze złożeniem przez podmiot zobowiązany z tytułu podatku deklaracji podatkowej z wykazaną w tym dokumencie kwotą podatku do zwrotu.
Niezależnie jednak od tego, państwo ma prawo badać legalność dokonanego odliczenia kwot podatku naliczonego i - będącego jego konsekwencją - zwrotu podatku. Bezpodstawne odliczenie i zwrot godzi bowiem w neutralność podatku od towarów i usług jako podatku od wartości dodanej, a także narusza interes finansów publicznych, który jest konstytucyjnie chroniony. Z tego względu, organy podatkowe nie tylko są uprawnione, ale i zobowiązane do analizowania zasadność zwrotu podatku od towarów i usług w uzasadnionych przypadkach. W swoich działaniach powinny one brać pod uwagę i wyważać zarówno neutralność podatku od towarów i usług (i stojące za nią racje podatnika), jak i interes finansów publicznych, zagrożony bezzasadnym przekazaniem podatnikowi nadwyżki naliczonego podatku od towarów i usług nad kwotą podatku należnego.
3.5. Z wszystkich tych względów, odroczenie zwrotu podatku od towarów i usług powinno być należycie i wyczerpująco uzasadnione. Chodzi bowiem o to, aby w konkretnym przypadku nie było wątpliwości co do tego, że rzeczywiście konieczna jest dodatkowa weryfikacja zasadności zwrotu różnicy podatku, wykraczająca poza przestrzeń czasu wskazaną w art. 87 ust. 2 ustawy o VAT. Prawna dopuszczalność przedłużenia terminu zwrotu podatku nie może być zatem odczytywana jako blankietowe, prewencyjne upoważnienie do opóźniania realizacji zwrotu nadwyżki naliczonego podatku od towarów i usług nad kwotą podatku należnego. Wszak, poprzez odliczenie podatku naliczonego osiągany jest efekt opodatkowania wartości dodanej sprawiający, że podatek od towarów i usług jest klasyfikowany jako podatek obrotowy wielofazowy netto.
3.6. Odnosząc powyższe rozważania do stanu faktycznego niniejszej sprawy Naczelny Sąd Administracyjny uznał, iż Wojewódzki Sąd Administracyjny dokonał prawidłowej oceny zaskarżonego postanowienia. Zgodzić należy się z tym Sądem, że zaprezentowane wymogi zostały spełnione, bowiem organ odwoławczy w wystarczający sposób wykazał okoliczności uzasadniające modyfikację terminu zwrotu podatku VAT, w którym zgodnie z przepisami ustawy o podatku od towarów i usług zobowiązany był przekazać stronie nadwyżkę naliczonego podatku od towarów i usług nad kwotą podatku należnego. W zaskarżonym postanowieniu wskazano na szereg okoliczności dających podstawę do przedłużenia terminu zwrotu podatku. W pierwszej kolejności trzeba wskazać na brak dokumentacji podatkowej spółki, a także na składane przez nią wnioski dowodowe, sprawiające że w toczącym się postępowaniu podatkowym należało dokonać dodatkowych czynności procesowych. Skoro z przyczyn spowodowanych przez stronę skarżącą weryfikacja rozliczenia za ww. okres nie mogła się odbyć przed upływem terminu wskazanego w art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, to w pełni uzasadnione było odsunięcie w czasie zwrotu nadwyżki naliczonego podatku od towarów i usług nad kwotą podatku należnego.
3.7. Z wszystkich tych przyczyn nie sposób podzielić racji strony, wyrażonych w jej zarzutach kasacyjnych. Przedłużenie terminu przekazania podatnikowi nadwyżki podatku naliczonego nad należnym niewątpliwie, z przyczyn o których była już mowa ogranicza neutralność podatku od towarów i usług. W zaistniałym stanie faktycznym była ona jednak uzasadniona względami ochrony finansów publicznych. Uszczerbek finansowy, jaki w konsekwencji tych zdarzeń poniosła spółka nie uzyskując zwrotu na czas, w przypadku potwierdzenia jego zasadności jest jej przynajmniej częściowo rekompensowany poprzez konieczność powiększenia przekazywanej kwoty o odsetki za zwłokę. W ten sposób ustawodawca dąży do honorowania neutralności podatku od towarów i usług jako podatku od wartości dodanej. Przez wzgląd na wysokość stawki wspomnianych odsetek, równą opłacie prolongacyjnej (por. art. 87 ust. 2 ustawy o VAT) wskazana rekompensata nie jest całkowita i słusznie Strona akcentuje tę okoliczność w swojej skardze kasacyjnej (por. zarzut nr I ppkt. 5). Takie ukształtowanie wysokości odsetek jest jednak dziełem ustawodawcy i ani organy podatkowe, ani sądy administracyjne nie mają wpływu na kształt wskazanego rozwiązania prawnego. Tym samym brak jest podstaw, aby w oparciu o jego treść kwestionować legalność zaskarżonego wyroku oraz poprzedzającego go postanowienia organu odwoławczego.
3.8. Biorąc powyższe pod uwagę, Naczelny Sąd Administracyjny nie znalazł podstaw do uwzględnienia zarzutów skargi kasacyjnej i na zasadzie art. 184 p.p.s.a. orzekł o jej oddaleniu.
Ryszard Pęk Hieronim Sęk Arkadiusz Cudak