Uzasadnienie
1. Wyrok sądu pierwszej instancji.
1.1. Wyrokiem z 9 października 2024 r. sygn. akt III SAB/Wa 37/24 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, po rozpoznaniu sprawy ze skargi V. S.A. z siedzibą w Warszawie (dalej skarżąca spółka) stwierdził, że Naczelnik Urzędu Skarbowego W. dopuścił się bezczynności w sprawie rozpoznania wniosku skarżącej spółki o zwrot oprocentowania nadpłaty w podatku od towarów i usług, stwierdził, że bezczynność nie miała miejsca z rażącym naruszeniem prawa oraz zobowiązał Naczelnika Urzędu Skarbowego W. do dokonania zwrotu lub wydania decyzji podatkowej w terminie dwóch tygodni od dnia doręczenia mu akt administracyjnych sprawy wraz z odpisem prawomocnego wyroku.
2. Uzasadnienie wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie.
2.1. Sąd pierwszej instancji w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku ustalił, że 12 lutego 2020 r. Naczelnik Drugiego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego w Warszawie, po wszczęciu wobec skarżącej spółki kontroli podatkowej, decyzją z 12 października 2020 r. określił przybliżone kwoty zobowiązań podatkowych za okresy rozliczeniowe od grudnia 2012 r. do marca 2013 r. z odsetkami za zwłokę i zabezpieczył je na jej majątku. Decyzja ta została utrzymana w mocy decyzją Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z 5 grudnia 2022 r.
2.2. Naczelnik Drugiego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego wydał 2 listopada 2020 r. na podstawie art. 155 ustawy z dnia 17 czerwca 1966 r. o postępowaniu egzekucyjnym w administracji (t.j. Dz.U. z 2020 r. poz. 1427) zarządzenie zabezpieczenia, na podstawie którego rachunki skarżącej spółki zostały zabezpieczone.
2.3. Prawomocnym wyrokiem z 15 maja 2023 r., sygn. akt III SA/Wa 326/23, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uchylił decyzje organów obu instancji w przedmiocie zabezpieczenia i umorzył postępowanie w tej sprawie. Następnie, decyzją z 5 września 2023 r. Naczelnik Drugiego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego umorzył postępowanie podatkowe w przedmiocie podatku od towarów i usług za okresy rozliczeniowe od grudnia 2012 r. do sierpnia 2013 r., gdyż zobowiązania podatkowe wygasły przez przedawnienie.
2.4. Naczelnik Urzędu Skarbowego W. postanowieniem z 25 października 2023 r. umorzył postępowanie zabezpieczające. Według twierdzenia skarżącej spółki 28 września 2023 r. na jej rachunek bankowy zwrócono środki pieniężne "zabezpieczone" w toku postępowania zabezpieczającego, wskutek uchylenia zajęcia wierzytelności z rachunku bankowego.
2.5. Skarżąca spółka 22 listopada 2023 r. wystąpiła na podstawie art. 75 § 1 w związku z art. 78 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r., Ordynacja podatkowa (Dz.U z 2023 r., poz. 2383; dalej Ordynacja podatkowa) do Naczelnika Drugiego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego o zwrot odsetek od nadpłaty podatku od zabezpieczonej kwoty zaległości podatkowych z tytułu VAT lub ewentualnie o zwrot nadpłaty w powyższej kwocie.
Wniosek ten 30 listopada 2023 r. Naczelnik Drugiego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego przekazał do Naczelnika Urzędu Skarbowego W., przyjmując, że jest właściwy w sprawie.
2.6. Naczelnik Urzędu Skarbowego W. wydał 29 grudnia 2023 r. oraz 22 stycznia 2024 r. postanowienia w sprawie wyznaczenia nowego terminu załatwienia sprawy. Zgodnie z treścią drugiego z nich przewidywany termin załatwienia sprawy został wyznaczony na 22 lutego 2024 r. Następnie, 25 stycznia 2024 r. wystosował do skarżącej spółki pismo w sprawie "odpowiedzi na pismo z 22.11.2023 r.".
2.7. Skarżąca spółka 13 lutego 2024 r. złożyła ponaglenie do Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie, który postanowieniem z 14 marca 2024 r. uznał je za bezprzedmiotowe.
3. Skarga do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie.
3.1. W skardze wniesionej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie skarżąca spółka wniosła o stwierdzenie zgodnie z art. 149 § 1a ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, (t.j. Dz.U. z 2024 r. poz. 935; dalej ustawa – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi), że działanie Naczelnika Urzędu Skarbowego W. ma charakter przewlekłości oraz bezczynności z rażącym naruszeniem prawa oraz o zobowiązanie właściwego organu podatkowego do zakończenia postępowania w terminie 14 dni od uprawomocnienia się orzeczenia Sądu.
3.2. Naczelnik Urzędu Skarbowego W., na podstawie art. 65 Kodeksu postępowania administracyjnego przekazał skargę wraz z dokumentacją w sprawie do Naczelnika Drugiego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego w Warszawie, wskazując, że działał w tej sprawie jako wierzyciel.
Naczelnik Drugiego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego ponownie uznał się za organ niewłaściwy w sprawie i w konsekwencji Naczelnik Urzędu Skarbowego W. przekazał odpowiedź na skargę wraz z aktami sprawy do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie.
3.3. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uwzględniając skargę wyjaśnił w uzasadnieniu wyroku, że o ile sam zwrot (oprocentowania, nadpłaty lub łącznie nadpłaty wraz z oprocentowaniem) może nastąpić w drodze czynności materialnotechnicznej, o tyle odmowa jego dokonania wymaga wydania decyzji podatkowej.
Następnie stwierdził, że pismo Naczelnika Urzędu Skarbowego W. z 25 stycznia 2024 r. nie stanowiło decyzji podatkowej, gdyż ma ono charakter wyjaśnienia i nie zawiera pouczenia o możliwości zaskarżenia do sądu administracyjnego. Wobec tego nietrafnie organ ten przyjął, że załatwił wniosek skarżącej spółki i tym samym zakończył procedurę przez wydanie i doręczenie tego pisma. W konsekwencji sprawa zwrotu oprocentowania nadpłaty (względnie samej nadpłaty) nie została dotychczas rozstrzygnięta, bowiem organ podatkowy ani nie dokonał zwrotu, ani nie wydał decyzji o odmowie jego dokonania.