4. W odpowiedzi na skargę kasacyjną Skarżąca wniosła o jej oddalenie oraz o zasądzenie kosztów postępowania według norm przepisanych.
Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
5. Skarga kasacyjna Organu ma uzasadnione podstawy. Zarzuty kasacyjne zostały oparte na obu podstawach kasacyjnych przewidzianych w art. 174 P.p.s.a.
6. Istotą sporu w sprawie pozostawały ustalenia faktyczne, które – zdaniem Organu – uzasadniały zastosowanie art. 87 ust 1 i 2 u.p.t.u. WSA stanął na stanowisku, że Organ nie wykazał, by istniały przesłanki do zastosowania art. 87 ust 2 zd. drugie u.p.t.u., zgodnie z którym jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć, w drodze postanowienia ten termin do czasu zakończenia tej weryfikacji.
7. Istotną kwestią, w kontekście zarzutu naruszenia art. 153 w związku z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c P.p.s.a. w sprawie, pozostawała ocena prawna zawarta w wydanych wyrokach WSA w Warszawie z 19 stycznia 2023 r. sygn. akt III SA/Wa 1810/22 oraz Naczelnego Sądu Administracyjnego z 20 października 2023 r. sygn. akt I FSK 965/23. W ostatnim z powołanych wyroków wskazano, że w zaskarżonym postanowieniu Organ w dalszym ciągu nie wykazał, jakie konkretne okoliczności na danym etapie postępowania przemawiają za potrzebą dalszego przedłużania terminu zwrotu podatku. Wskazując na okoliczność przedłużenia terminu zwrotu podatku w sprawie, NSA podniósł, że zaskarżone postanowienie stanowi piąte, kolejne przedłużenie. Analizując wskazane przyczyny dla przedłużenia zwrotu wskazał na argumentację Organu, która dotyczyła modelu biznesowego Spółki, prowadzonych kontroli celno-skarbowych za okresy od października 2018 r. do lutego 2019 r. oraz od marca 2019 do czerwca 2020 r. Sąd ten powołał się na krytyczną ocenę uzasadnienia okoliczności przedłużenia terminu zwrotu w sprawie w innych postępowaniach, w których powielano tę argumentację. Ostatecznie stwierdził, że "fakt dokonywania przez Spółkę transakcji z podmiotem z siedzibą na Malcie, dla którego świadczyła ona usługi outsourcingowe, nie stanowi dostatecznego uzasadnienia dla dodatkowego zweryfikowania zasadności zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad podatkiem należnym. Samo prowadzenie działalności w określonej formie, czy z określonym kontrahentem nie może stanowić jedynej, dostatecznej podstawy dla formułowania wątpliwości co do zasadności zwrotu podatku od towarów i usług."
8. Powyższym wyrokiem NSA zaakceptował stanowisko WSA w Warszawie wyrażone w wyroku z 20 października 2023 r., że nie traktuje on za istotną okoliczność dla przedłużenia zwrotu VAT za luty 2020 r., wszczęcia w dniu 17 czerwca 2019 r. kontroli celno-skarbowej obejmującej okresy rozliczeniowe od października 2018 r. do lutego 2019 r. Dostrzegł również, że toczy się wszczęta 7 sierpnia 2020 r. kontrola celno-skarbowa obejmująca okresy rozliczeniowe od marca 2019 r. do czerwca 2020 r. z podkreśleniem, że ta ostatnia wszczęta została już dwa lata przed wydaniem kwestionowanego w sprawie postanowienia Naczelnika NUS. Nie analizował tej okoliczności. Podkreślał natomiast, że we wszystkich kontrolowanych okresach Skarżąca zawierała transakcje o takim samym charakterze. Podkreślił, że uzasadnienie zaskarżonego postanowienia nie wskazuje, jak wątpliwości organu co do rzeczywistego przebiegu transakcji pomiędzy Spółką a jej krajowymi kontrahentami oraz z maltańskim odbiorcą usług przekładają się na wątpliwości dotyczące zwrotu podatku.
9. Odnosząc się do zarzutów skargi kasacyjnej na obecnym etapie, Naczelny Sąd Administracyjny uwzględnia, że zaskarżone postanowienie Organu odnosi się do postanowienia NUS z 9 maja 2022 r. jako wydanego w I instancji i w tym kontekście powinno być oceniane. Deklaracja z deklarowaną kwotą zwrotu na dzień 25 maja 2022 r. złożona została przez Spółkę 24 marca 2020 r. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego Organ rozpatrując zażalenie od postanowienia organu I instancji w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu VAT (często po kilku latach) ma prawo, a nawet obowiązek, uwzględnić dynamikę toczącego się postępowania przed organami, wskazując w swoim postanowieniu okoliczności, które nie były znane jeszcze na etapie wydawania decyzji przez NUS ale istniały na moment wydawania zaskarżonego postanowienia. Ustalenia takie bowiem wskazują, że przedłużenie terminu zwrotu w 2022 r. miało uzasadnione podstawy, zgodnie z art. 87 ust. 2 u.p.t.u.
10. Analiza treści postanowienia z 9 maja 2022 r. wskazuje, że NUS powoływał się wówczas ogólnie na ustalenia w zakresie kontroli transakcji (nabyć i sprzedaży) wskazując, że kontrola celno-skarbowa dotycząca okresu od października 2018 r do lutego 2019 r. jest na etapie gromadzenia materiału dowodowego. Organ zasygnalizował jedynie, że 7 sierpnia 2020 r. Naczelnik Mazowieckiego Urzędu Celno-Skarbowego wszczął kontrolę celno-skarbową wobec Spółki za okresy od marca 2019 roku do czerwca 2020 r.
11. W obecnie zaskarżonym postanowieniu z 19 marca 2024 r., wbrew stanowisku Sądu pierwszej instancji, nie zostały powtórzone te same argumenty, które stanowiły uzasadnienie we wcześniejszym postanowieniu. Zasadnie Organ wskazał, że dynamika postępowania sprawia, że zmianie uległo "otoczenie procesowe tych postanowień. Zakończyła się procedura kontroli celno-skarbowej, a aktualnie toczy się postępowanie podatkowe [...] Naczelnik Mazowieckiego Urzędu Celno-Skarbowego w Warszawie przekazał wydany 28 listopada 2023 r. wynik kontroli celno-skarbowej za okresy rozliczeniowe od marca 2019 r. do czerwca 2020 r. stwierdził, że zgromadzony w sprawie materiał dowodowy wskazuje, że transakcje świadczenia usług przez kontrolowanego dla B. Ltd udokumentowane wystawionymi fakturami zostały w sposób nieprawidłowy rozpoznane podatkowo przez kontrolowanego z uwagi na fakt, że kontrahent – B. Ltd – posiada w Polsce stałe miejsce prowadzenia działalności i dla tego miejsca były świadczone usługi." (str. 5/6 skargi kasacyjnej). Wskazane okoliczności nie były uwzględnione i analizowane w powołanych wyrokach.
12. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego Organ miał podstawy, by w świetle przesłanek z art. 87 ust 2 u.p.t.u. uznać, że dokonane przedłużenie terminu zwrotu było uzasadnione. Podkreślenia wymaga, że okoliczności powołane w zaskarżonym obecnie postanowieniu, uwzględniające czynności dokonywane już po wydaniu postanowienia z 9 maja 2022 r., potwierdzają jedynie, że na moment wydawania tego postanowienia były realne przesłanki do dalszego weryfikowania zwrotu. Co istotne, dopiero w zaskarżonym postanowieniu wskazano na postępowanie (i podejmowane w nim czynności), prowadzone w odniesieniu do lutego 2020 roku. W poprzednich postanowieniach (do czego odnosiły się orzeczenia sądów administracyjnych) powoływano się ogólnie na toczące się kontrole w odniesieniu do innych okresów jednak, jak to oceniono, w podobnym stanie faktycznym.
13. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego organy podatkowe muszą mieć pewien okres czasu na dokonanie weryfikacji zasadności zwrotu, która trwa przy uwzględnieniu stopnia złożoności stanu faktycznego. Nie budzi wątpliwości, że stan faktyczny sprawy takie warunki spełnia. W niniejszym postępowaniu organy najpierw kontrolowały krajowe dostawy usług do Skarżącej a następnie jej dostawy usług do odbiorcy zagranicznego, a w ostatnim etapie funkcjonowanie tegoż odbiorcy w kontekście miejsca świadczenia usług, co wyraziły w wyniku kontroli z 28 listopada 2023 r. Abstrahując całkowicie od prawidłowości tych ustaleń, nie można uznać że przedłużenie terminu zwrotu dokonane po dwóch latach od złożenia deklaracji pozbawione było uzasadnienia. Nie oznacza to jednak, że organy w sprawie uzyskują nieograniczony w czasie, termin na weryfikację zwrotu – oznacza jedynie, że do pewnego momentu, w ramach rozsądnego terminu, mogły takie ustalenia czynić a ich prezentacja powinna znaleźć wyraz w decyzji podatkowej.
14. W świetle przedstawionych wyżej argumentacji za zasadne Naczelny Sąd Administracyjny uznał zarzuty procesowe skargi kasacyjnej opisane w pkt II jej petitum. W tym kontekście za trafne należało uznać także zarzuty naruszenia prawa materialnego sprowadzające się w istocie do kwestionowania prawidłowości zastosowania w sprawie art. 87 ust 1 i ust 2 u.p.t.u.
15. W uznaniu, że w sprawie zachodzą podstawy do zastosowania art. 188 P.p.s.a. w związku z art. 151 P.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny uchylił zaskarżony wyrok w całości i oddalił skargę. O kosztach postępowania orzekł na podstawie art 209, art. 203 pkt 2 oraz art. 205 § 2 P.p.s.a. w związku z § 14 ust 1 pkt 1 lit. c oraz pkt 2 lit. a rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz.U. 2023 r. poz. 1935 z póź. zm.).