Uzasadnienie
1. Wyrok Sądu pierwszej instancji
Wyrokiem z 15 maja 2024 r., sygn. akt I SA/Kr 303/24, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie oddalił skargę V. I. sp. z o.o. w K. (poprzednio P. W. sp. z o.o. w K.) (dalej: Strona lub Skarżąca) na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Krakowie z dnia 26 listopada 2021 r. (dalej: Dyrektor IAS) w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji.
2. Przedstawiony przez Sąd pierwszej instancji stan faktyczny
2.1. Pismem z 5 marca 2020 r. Strona wniosła o stwierdzenie nieważności decyzji Naczelnika Małopolskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Krakowie z 29 lipca 2019 r. (nr 358000-COP.4103.12.2019.6). W decyzji tej organ określił kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy w podatku od towarów i usług za I kwartał 2016 r. oraz kwotę podatku od towarów i usług podlegającą wpłacie na rachunek urzędu skarbowego z tytułu wystawienia faktur, o których mowa w art. 108 ust. 1 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2016 r., poz. 710 ze zm.; dalej: ustawa o VAT) za styczeń 2016 r.
W ocenie Strony decyzja ta została wydana z rażącym naruszeniem art. 108 ust. 1 ustawy o VAT.
2.2. W piśmie z 16 listopada 2020 r. Strona uzupełniła powyższy wniosek podnosząc, że wspomniana decyzja Naczelnika została wydana z rażącym naruszeniem art. 122, art. 187 § 1 i art. 191 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2020 r., poz. 1325 ze zm.; dalej: O.p.).
2.3. Decyzją z 23 lipca 2021 r. Dyrektor IAS odmówił stwierdzenia nieważności wymienionej powyżej decyzji ostatecznej. Jako podstawę swojego rozstrzygnięcia organ wskazał między innymi art. 247 § 1 pkt 3 O.p.
2.4. W odwołaniu od powyższej decyzji Strona wniosła o jej uchylenie z uwagi na rażące naruszenie art. 88 ust. 3a pkt 2 i art. 108 ust. 1 ustawy o VAT.
2.5. Po rozpoznaniu odwołania, decyzją z 26 listopada 2021 r. (nr 1201-IOP2-3.613.2.1.2021.15) Dyrektor IAS utrzymał w mocy swoje wcześniejsze rozstrzygnięcie.
2.6. Wyrokiem z 27 kwietnia 2022 r. (sygn. akt I SA/Kr 125/22) Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie uwzględnił skargę Spółki i uchylił zaskarżoną decyzję.
W skardze kasacyjnej wywiedzionej od powyższego wyroku przez organ podniesiono między innymi zarzuty naruszenia art. 141 § 4 P.p.s.a., w efekcie czego wyrokiem z 15 listopada 2023 r., sygn. akt I FSK 1122/23 Naczelny Sąd Administracyjny uchylił zaskarżony wyroku WSA w Krakowie i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania.
3. Uzasadnienie wyroku z 15 maja 2024 r. Sądu pierwszej instancji
3.1. Sąd pierwszej instancji, oddalając skargę na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2022 r. poz. 329, z późn. zm.; dalej: P.p.s.a.), nie uwzględnił postawionych przez Skarżącą zarzutów. Podzielił co do meritum ocenę organu podatkowego o nie ziszczeniu się przesłanki do stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej.
3.2. Sąd dostrzegł, że Skarżąca ujmowała rażące uchybienie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT dwojako. Raz w odniesieniu do ryzyka straty w dochodach budżetowych Skarbu Państwa, następnie zaś w powiązaniu z błędnym - zdaniem Strony - ustaleniem stanu faktycznego i bezpodstawnym przyjęciem przez organ, że zakwestionowana transakcja spełniała przesłanki zastosowania art. 6 pkt 1 ustawy o VAT.
W stosunku do pierwszego z tych przypadków Sąd zauważył, że treść art. 108 ust. 1 ustawy o VAT jest dosyć jasna. W orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego podkreśla się przy tym, że omawiana regulacja stanowi instrument zabezpieczający budżet państwa przed nadużyciami.
W kontekście argumentacji przywołanej przez Skarżącą - Sąd również odnotował, że w orzecznictwie przyjmuje się, iż wówczas jeżeli podmiot wystawiający fakturę we właściwym czasie całkowicie usunął możliwość jakiegokolwiek uszczuplenia należności podatkowych, może wyeliminować tę fakturę z obrotu prawnego, nawet jeśli wystawiając ją działał w złej wierze – co wynika z wyroku ETS z 19 września 2000 r. w sprawie C-454/98 (por. wyroki NSA z: 27 października 2023 r., sygn. akt I FSK 845/19; 30 marca 2023 r., sygn. akt I FSK 2041/19; 21 października 2020 r., sygn. akt I FSK 367/18).
Powyższe wskazuje, że wbrew temu co podnosiła Skarżąca, opisanego przez nią ewentualnego uchybienia nie można określić jako "rażącego" w przedstawionym wcześniej znaczeniu. Przede wszystkim uchybienie to nie jest ani jasne, ani oczywiste, skoro jego wykazanie nie jest możliwe poprzez proste zestawienie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT z decyzją ostateczną, której dotyczy wniosek Spółki. Przeciwnie, u podstaw wskazanego przez Stronę uchybienia leżą wnioski, do których prowadzi dość rozległa analiza prawna, wymagająca zastosowania wykładni celowościowej oraz systemowej zewnętrznej. Dla stwierdzenie wytkniętego błędu koniecznym jest również odwołanie się do wyroku ETS wydanego jeszcze przed przystąpieniem Rzeczypospolitej Polskiej do Unii Europejskiej, w którym to dokonano wykładni dyrektyw prawa wspólnotowego w bezpośrednim odniesieniu do przepisów obowiązujących w Republice Federalnej Niemiec.