10. Uzasadniając zarzut w tym zakresie Skarżący podniósł, że jakkolwiek WSA zawarł w zaskarżonym wyroku stanowisko co do legalności zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych w kontekście instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego skarbowego, to "sposób przeprowadzenia, a w konsekwencji także rezultat tej kontroli stoi w sprzeczności z tezami wyrażonymi w stanowisku zajętym w uchwale siedmiu sędziów NSA z 24 maja 2021 r. o sygn.. akt I FPS 1/21" (str. 5 skargi kasacyjnej). Tymczasem Skarżący podkreślił, że zawiadomienie o wszczęciu postępowania karnego skarbowego zostało doręczone Stronie 12 sierpnia 2019 r. tj. zaledwie na cztery i pół miesiąca przed upływem terminu przedawnienia. Na moment wniesienia skargi kasacyjnej od dnia wszczęcia postępowania o przestępstwo karne skarbowe – poza postanowieniami o przedstawieniu zarzutów, brak było informacji o podejmowaniu innych działań przez organ przygotowawczy, co skutkuje wnioskiem, że w sprawie nie były podejmowane czynności zmierzające do zakończenia postępowania karnego skarbowego tym samym nie był realizowany cel tego postępowania, jakim jest wykrycie i ukaranie sprawcy.
11. Konfrontując powyższe zarzuty ze stanowiskiem Sądu pierwszej instancji należy wskazać, że WSA w zaskarżonym wyroku stwierdził, że nie można uznać, iż w sprawie doszło do instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego skarbowego. Wyrok zapadł już po wydaniu uchwały I FPS 1/21 stąd WSA dokonał kontroli w kontekście nadużycia prawa do zawieszenia biegu terminu przedawnienia. Wskazał w tym zakresie, że w ramach wszczętego przez Naczelnika Urzędu Skarbowego w L. 13 czerwca 2019 r. postępowania karnego skarbowego wydane zostało postanowienie o przedstawieniu Skarżącemu zarzutów popełnienia czynu zabronionego w myśl art. 313 § 1 i 2 K.p.k. w związku z art. 113 1 K.k.s. o czym pełnomocnik Skarżącego został powiadomiony 12 sierpnia 2019 r. Niezależnie od tego Naczelnik [...] Urzędu Celno-Skarbowego w P. wszczął 17 września 2019 r. śledztwo w sprawie popełnienia przestępstwa karno-skarbowego polegającego na podaniu nieprawdy w deklaracjach VAT-7K za III i IV kwartał 2014 roku oraz I kwartał 2015 r. na skutek posługiwania się nierzetelnymi fakturami co wypełnia znamiona przestępstw z art. 76 § 2 K.k.s., art. 61 § 1 K.k.s. i art. 62 § 2 K.k.s. w związku z art. 6 § 2 K.k.s.
12. Odnosząc się do zarzutu kasacyjnego dotyczącego przedawnienia zobowiązań podatkowych objętych zaskarżoną decyzją, Naczelny Sąd Administracyjny uznał je za nieuzasadnione. Za niezasadne uznał twierdzenie, że Sąd pierwszej instancji dokonał kontroli w tym zakresie w sposób nienależyty. Istotne dla tej oceny pozostaje stanowisko Naczelnego Sądu Administracyjnego wyrażone w powołanej uchwale z 24 maja 2021 r., sygn. akt I FPS 1/21, w której sformułowano tezę, że ocena przesłanek zastosowania przez organy podatkowe przy wydawaniu decyzji podatkowej art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c O.p. mieści się w granicach sprawy sądowej kontroli legalności tej decyzji. Nie oznacza to jednak, że w każdym przypadku wszczęcie postępowania o przestępstwo skarbowe w niewielkim odstępie czasowym przed terminem przedawnienia zobowiązania podatkowego oznacza, że zostało ono wszczęte w sposób instrumentalny tj. w celu nierozpoczęcia lub zawieszenia biegu terminu przedawnienia. Ponieważ jak wskazano w uzasadnieniu powołanej uchwały NSA: "Dopiero bowiem w świetle wszechstronnej analizy okoliczności konkretnej sprawy podatkowej, związanych najczęściej ze zbliżającym się upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, podejmowanymi wcześniej w postępowaniu podatkowym czynnościami dowodowymi i aktywnością prowadzącego je organu podatkowego, można ustalić czy instytucji wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe nie wykorzystano jedynie do instrumentalnego wywołania skutku w postaci nierozpoczęcia lub zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Taki wniosek może potwierdzić fakt wszczęcia tego postępowania w sytuacji gdy z oczywistego braku przyczyn podmiotowych lub przedmiotowych (por. art. 1 k.k.s.) lub istnienia negatywnych przesłanek procesowych, wymienionych w art. 17 § 1 k.p.k., jasne jest już w momencie wydania postanowienia, że cele postępowania karnego skarbowego nie będą mogły być zrealizowane. O braku woli realizowania celów postępowania karnego skarbowego, a tym samym sztucznym wykorzystaniu instrumentu z tego postępowania do przedłużenia terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, może świadczyć również brak realnej aktywności organów postępowania przygotowawczego po wszczęciu takiego postępowania."
13. Z motywów uchwały wynika, że rolą sądu jest wnikliwe badanie akt podatkowych w celu ustalenia, czy w rozpatrywanej sprawie zachodzą okoliczności uzasadniające podejrzenie instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego skarbowego. Dopiero bowiem w przypadkach wątpliwych sąd może skutecznie czynić organowi zarzut niewyjaśnienia w uzasadnieniu decyzji, że wszczęcie owego postępowania nie miało charakteru pozorowanego (por. wyrok NSA z 25 maja 2022 r., sygn. akt I FSK 96/22). Jak wskazał NSA w wyroku z 29 września 2022 r., I FSK 226/22, w świetle wszechstronnej analizy okoliczności konkretnej sprawy podatkowej, związanych najczęściej ze zbliżającym się upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, podejmowanymi wcześniej w postępowaniu podatkowym czynnościami dowodowymi i aktywnością prowadzącego je organu podatkowego, można ustalić, czy instytucji wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo (wykroczenie) skarbowe nie wykorzystano jedynie do instrumentalnego wywołania skutku w postaci nierozpoczęcia lub zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Taki wniosek może potwierdzić fakt wszczęcia tego postępowania w sytuacji, gdy z oczywistego braku przyczyn podmiotowych lub przedmiotowych (por. art. 1 k.k.s.) lub istnienia negatywnych przesłanek procesowych, wymienionych w art. 17 § 1 k.p.k., jasne jest już w momencie wydania postanowienia, że cele postępowania karnego skarbowego nie będą mogły być zrealizowane. O braku woli realizowania celów postępowania karnego skarbowego, a tym samym sztucznym wykorzystaniu instrumentu z tego postępowania do przedłużenia terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, może świadczyć również brak realnej aktywności organów postępowania przygotowawczego po wszczęciu takiego postępowania (wyrok NSA z 8 kwietnia 2022 r., sygn. akt II FSK 1420/21).
14. Na wniosek Organu Naczelny Sąd Administracyjny przeprowadził na podstawie art. 106 § 3 P.p.s.a. dowód z dokumentu w postaci postanowienia Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w P. z 12 lipca 2013 r. o podjęciu zawieszonego w dniu 10 kwietnia 2020 r. dochodzenia oraz wezwanie na końcowe zaznajomienie z materiałami dochodzenia w dniu 30 kwietnia 2024 r. Wbrew stanowisku Skarżącego w piśmie z 29 kwietnia 2025 r. przedstawione w odpowiedzi na skargę kasacyjną informacje zaczerpnięte z pisma Drugiego Referatu Dochodzeniowo-Śledczego [...] Urzędu Celno Skarbowego w P. wynikają istotne okoliczności dotyczące czynności podejmowanych w trakcie postępowania, potwierdzające brak instrumentalności. Zaskarżona decyzja wydana została przed podjęciem uchwały w sprawie I FPS 1/21 stąd nie zawierała wywodów w zakresie instrumentalności wszczęcia postępowania karnego skarbowego. Jednak podane informacje uzupełniały ocenę zawartą w zaskarżonym wyroku.
15. W świetle przedstawionych wyjaśnień należy stwierdzić, że okoliczności sprawy poddanej sądowej kontroli w tym postępowaniu nie dają podstaw do uznania, że w sprawie doszło do instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego skarbowego. Punktem wyjścia do takiej oceny jest charakter stwierdzonych naruszeń u Skarżącego, które dotyczyły posługiwania się nierzetelnymi fakturami. Zasada legalizmu nakazuje organom, bez możliwości dokonywania dowolnego wyboru, inicjować postępowanie karne skarbowe. Z woli ustawodawcy wszczęcie takiego postępowania skutkuje zawieszeniem biegu terminu przedawnienia.
16. Odnosząc się do zasadniczego sporu w sprawie dotyczącego prawidłowości ustaleń stanowiących podstawę do zakwestionowana Skarżącemu podatku naliczonego z faktur wystawionych na jego rzecz przez J. O. i spółkę z o.o. A., Skarżący, w ramach zarzutów procesowych, podniósł naruszenie art. 190 § 2 w związku z art. 200, art. 122, art. 180, art. 187 w związku z art. 191 i art. 124 O.p. Swoje zarzuty uzasadniał tym, że włączenie w poczet materiałów postępowania protokołów zeznań J. O. (w formie zanonimizowanej) pozbawiło go możliwości zadawania świadkowi pytań. W takim trybie włączona została także w poczet dowodów decyzja wydana wobec tego kontrahenta. Skarżący podniósł, że złożył wniosek o przesłuchanie J.O.oraz Z.H., ale nie zostały uwzględnione, co naruszało art. 187 § 1 i art. 188 O.p.
17. Zdaniem Skarżącego w transakcjach z kontrahentami zachował dobrą wiarę, nie można go obciążać działaniem kontrahenta, spółki A., który z dniem 26 marca 2015 r. utracił tytuł prawny do lokalu, w którym mieściła się siedziba spółki ani wykreśleniem jej z dniem 15 stycznia 2015 r. z rejestru podatników VAT na podstawie art. 96 ust 9 u.p.t.u. albowiem kwestionowane transakcje dotyczyły 2014 roku. (faktury wystawione zostały 8 lipca, 15 lipca, 25 listopada). Strona podniosła także, że materiały dotyczące usług nabytych od A. znajdują się na "nośnikach danych zamontowanych w sprzęcie komputerowym zatrzymanym przez ABW na potrzeby odrębnego postępowania." (str. 10 skargi kasacyjnej).
18. Naczelny Sąd Administracyjny ocenił, że przeprowadzone przez Organ postępowanie dowodowe nie naruszało art. 190 § 2 w związku z art. 200 O.p. albowiem zakwestionowanie wykorzystania materiałów z innych postępowań jest nieuzasadnione, ponieważ jest prawnie dopuszczalne na podstawie art. 180 § 1 i art. 181 O.p. Ogólnie sformułowany zarzut, że Skarżący był pozbawiony możliwości zadawania pytań J. O. i Z. G., nie spełnia wymogów wykazania, zgodnie z art. 174 pkt 2 P.p.s.a., że było to naruszenie, które miało wpływ na wynik sprawy. Skarżący bowiem nie sprecyzował, jakie okoliczności zamierzał wyjaśnić przy udziale świadków mając na uwadze, że w zaskarżonej decyzji akcentowano brak obiektywnych dowodów na potwierdzenie wykonania usług a nie rozbieżności w ich zeznaniach.
19. Tymczasem Organ ustalił, co podzielił Sąd pierwszej instancji, że J. O., który zgodnie z treścią wystawionych a zakwestionowanych faktur miał wykonać na rzecz Skarżącego usługę logistyki, nie dysponuje żadnymi dowodami poniesienia kosztów na jej wykonanie, co przy ich specyfice było bardzo nietypowe. Skarżący, oprócz faktur na potwierdzenie wydatków, posiadał jedynie zestawienie kosztów sporządzone przez kontrahenta, które obejmowały wyliczenie kosztów transportu, wynajmu apartamentów, noclegów, sal konferencyjnych, opłaty tłumaczy, koszty posiłków. Brak u dostawcy usług jakichkolwiek dowodów na poniesienie kosztów wykonania powyższych usług, musiał być, zgodnie z zasadami logiki i doświadczenia życiowego, oceniony jako podważający ich realność. Dodatkowo niesporne jest, że J. O. nie rozliczył pierwotnie faktur wystawionych na rzecz Skarżącego. Faktury te zostały zaewidencjonowane w dodatkowych rejestrach sprzedaży po prawie dwóch latach od ich wystawienia, co znalazło odzwierciedlenie w korektach deklaracji VAT-7K złożonych 21 marca 2016 r. (kontrola wobec Skarżącego została wszczęta 7 marca 2016 r.). Kontrahent tłumaczył takie postępowanie zwykłym przeoczeniem, jednak taki przebieg zdarzeń, co oczywiste, musiał wpłynąć na ocenę wykazania realizacji usług.
20. Skarżący wskazał na wykonanie przez J. O. obsługi pięcioosobowej delegacji z Rosji w listopadzie 2014 roku, co wiązało się z wynajęciem Sali konferencyjnej w hotelu B.w W.. Organ zwrócił się do tego podmiotu z zapytaniem o potwierdzenie takiej umowy najmu i otrzymał informację z 16 lipca 2019 r., że hotel nie realizował takiej usługi na rzecz Firmy Handlowo-Usługowej J. O.. Skarżący nie podważył tego ustalenia ani racjonalnie nie wyjaśnił wskazanych niespójności.
21. W odniesieniu do faktur wystawionych na rzecz Skarżącego przez spółkę A. sp. z o.o. Z.G. ustalono, że nie można było dokonać ustaleń dotyczących świadczonych usług z udziałem tego podmiotu gdyż nie można było z nim nawiązać żadnego kontaktu na etapie prowadzenia postępowania podatkowego w tej sprawie. Niesporne jest, że podmiot ten został wykreślony z rejestru VAT w dniu 15 stycznia 2015 r. na podstawie art. 96 ust 9 u.p.t.u., co wynikało z niemożności skontaktowania się ze spółką w związku z brakiem składania brakujących od I kwartału 2014 roku deklaracji VAT-7K. W 2015 roku Sąd Rejestrowy odnotował utratę przez ten podmiot prawa do lokalu, w którym zgłoszona była siedziba spółki. Nie ujawniono nowego adresu. Z zestawienia dat widać, że problemy z funkcjonowaniem spółki istniały już w 2014 roku, stąd podkreślenie Skarżącego, że wykreślenia dokonano dopiero w 2015 roku nie zmienia oceny co do działania tej spółki także w 2014 roku.
22. Skarżący wyjaśnił, że ten kontrahent świadczył na jego rzecz usługi doradcze w zakresie handlu i poszukiwania partnerów handlowych na rynkach dalekowschodnich, jednak – również w tym przypadku - nie posiadał żadnych dowodów (oprócz faktur) dla potwierdzenia tej współpracy. Nadto ustalono, że kontrahent nie zadeklarował podatku z dwóch wystawionych na rzecz Skarżącego faktur.
23. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego zasadne jest ustalenie, że w odniesieniu do spółki A. Skarżący nie przedstawił żadnych dowodów na wykonanie przedmiotowych usług a zgromadzone przez Organ dowody dotyczące funkcjonowania tego kontrahenta podważały twierdzenie, że mógł on takie usługi wykonać. Dwukrotne wezwania Z.G. w celu przesłuchania go w charakterze świadka zakończyły się niepowodzeniem.
24. Odnosząc się do wywodów skargi kasacyjnej zarzucających brak w sprawie podjęcia przez organy podatkowe wszelkich możliwych działań w celu zrealizowania dowodu z przesłuchania w.w. świadka, Naczelny Sąd Administracyjny zauważa, że Skarżący nie wykazał w sprawie, by wspierał organy podatkowe w tych działaniach (nie wyjaśnił także dlaczego w swoim dobrze pojętym interesie tego zaniechał), mimo, że dotyczyły one wybranego przez niego do współpracy kontrahenta i to nie dostawcę towarów, ale świadczeniodawcę usług doradczych, które co do zasady opierają się na bliższej relacji niż nabycie towaru. Dawało to podstawę do oceny, że objęte spornymi fakturami usługi nie zostały wykonane na rzecz Skarżącego, albowiem wykazano, że formalnie zarejestrowany podmiot w rzeczywistości nie funkcjonował w 2014 roku.
25. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego podniesione przez Stronę w skardze kasacyjnej zarzuty naruszenia wymienionych w pkt 1 lit. b - f petitum skargi kasacyjnej przepisów co do ich oceny w zaskarżonym wyroku są niezasadne. Tym samym Skarżący nie podważył ustaleń faktycznych przyjętych jako podstawa faktyczna w sprawie. Uzasadnienie zaskarżonego wyroku spełniało wszystkie wymogi określone w art. 141 § 4 P.p.s.a. Argumenty skargi kasacyjnej w tym zakresie odnoszą się w istocie do merytorycznego stanowiska Sądu pierwszej instancji, którego Skarżący nie aprobuje.
26. Oceny zarzutu naruszenia art. 86 ust 1 w związku z art. 88 ust 3a pkt 4 lit. a u.p.t.u. w postaci ich nieprawidłowego zastosowania należało dokonać uwzględniając, że zakwestionowane faktury były nierzetelne, albowiem dotyczyły wykonania na rzecz Skarżącego usług, których w rzeczywistości nie wykonano. Wobec powyższego należało uznać je za nieuzasadnione.
27. Mając na uwadze przedstawione wyżej uzasadnienie Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 184 P.p.s.a. oddalił skargę kasacyjną. O kosztach postępowania kasacyjnego orzekł na podstawie art. 209 art. 204 pkt 1, art. 205 § 2 w związku z § 14 ust 1 pkt 2 lit a rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. (Dz. U. 2018 poz.265).