Uzasadnienie
1. Wyrok Sądu pierwszej instancji.
1.1. Zaskarżonym wyrokiem z dnia 17 września 2025 r. w sprawie o sygn. akt I SA/Kr 475/25, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie po rozpoznaniu skargi X sp. z o.o. z siedzibą w Y (dalej: Skarżąca, Spółka lub Strona) na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Krakowie (dalej: DIAS lub organ drugiej instancji) z dnia 24 kwietnia 2025 r. w przedmiocie dodatkowego zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za styczeń i luty 2024 r., działając na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2024 r. poz. 935 ze zm., dalej: p.p.s.a.) oddalił skargę (opisany wyrok i powołane w uzasadnieniu orzeczenia sądów administracyjnych dostępne są na: www.orzeczenia.nsa.gov.pl).
2. Skarga kasacyjna.
2.1. Skargę kasacyjną od powyższego wyroku wywiodła Spółka, zaskarżając wyrok w całości. Wyrokowi Sądu pierwszej instancji, na podstawie art. 174 pkt 1 i 2 p.p.s.a., zarzucono:
I. naruszenie prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, a to:
1. art. 6 pkt 1 w zw. z art. 2 pkt 27e ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2023 r., poz. 1570 ze zm., dalej: ustawa o VAT) oraz art. 19 dyrektywy 2006/112/WE Rady z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz.Urz. UE L z 2006 r., nr 347, s. 1 ze zm., dalej: dyrektywa 112) przez ich błędną wykładnię i w konsekwencji niewłaściwe zastosowanie, przejawiające się w uznaniu, że nabycie zespołu maszyn i produkcji w toku (tj. rozpoczętych elementów mebli na wymiar) przez Skarżącą, co zostało udokumentowane spornymi fakturami, jest wystarczające do uznania, że doszło do nabycia zorganizowanej części przedsiębiorstwa, co doprowadziło do błędnego oddalenia skargi, podczas gdy prawidłowa wykładnia wskazanych przepisów ustawy o VAT powinna uwzględniać wykładnię art. 19 dyrektywy 112 i w ten sposób, przy prawidłowej ocenie stanu faktycznego sprawy, uzasadniała stanowisko Strony, że przedmiotem transakcji nie była zorganizowana część przedsiębiorstwa zbywcy, a składniki majątkowe, a zatem do tych transakcji stosuje się przepisy ustawy o VAT;
2. art. 88 ust. 3a pkt 2 w zw. z art. 87 ust. 1 i art. 6 pkt 1 ustawy o VAT przez niewłaściwe zastosowanie w niniejszej sprawie, podczas gdy przedmiotowe transakcje podlegały opodatkowaniu VAT, a Skarżącej przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktur dokumentujących transakcje nabycia składników majątkowych, błędnie potraktowanych jako zorganizowana część przedsiębiorstwa;
3. art. 112b ust. 1 pkt 1 lit. b) i c) i ust. 2b ustawy o VAT przez niewłaściwe zastosowanie w niniejszej sprawie, jako że Skarżącej przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktur dokumentujących transakcje nabycia składników majątkowych, nie mogło nastąpić zawyżenie kwoty podatku naliczonego do zwrotu na rachunek bankowy i zawyżenie kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następne okresy rozliczeniowe;
II. naruszenie przepisów postępowania, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy, a to:
1. art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) w zw. z art. 121 § 1, art. 187 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2023 r., poz. 2383 ze zm., dalej: Ordynacja podatkowa) w zw. z art. 6 ust. 1 ustawy o VAT przez błędne przyjęcie, że organ podatkowy dokonał spójnej i logicznej oceny dowodów, mieszczącej się w granicach ich swobodnej oceny, czego konsekwencją było uznanie, że Skarżąca nabyła zorganizowaną część przedsiębiorstwa, podczas gdy całokształt okoliczności dotyczących badanych transakcji, dokładnie wyjaśnionych przez organy podatkowe w wyniku rzetelnego zebrania, zgodnie z zasadą budzenia zaufania do organów podatkowych, oraz wyczerpującego rozpatrzenia całości zebranego materiału i zgromadzonego materiału dowodowego mieszczącej się w granicach swobody oceny dowodów wskazałby, że przedmiotem tych transakcji były poszczególne składniki majątku zbywcy niestanowiące zorganizowanej części przedsiębiorstwa zbywcy, co w efekcie miało istotny wpływ na wynik sprawy, bowiem spowodowało błędne oddalenie skargi na podstawie art. 151 p.p.s.a.;
2. art. 133 § 1 w zw. z art. 134 § 1 p.p.s.a. poprzez zaniechanie szczegółowego odniesienia się do materiału dowodowego znajdującego się w aktach sprawy, odniesienie się do kluczowych w sprawie kwestii dotyczących oceny, czy w sprawie doszło do nabycia przez Skarżącą jedynie pewnych składników majątku zbywcy zamiast zorganizowanej części przedsiębiorstwa, w sposób ogólnikowy, lakoniczny, oderwany od dowodów w sprawie, przejęty właściwie w całości z uzasadnienia decyzji organu drugiej instancji, z pominięciem poparcia swoich wniosków konkretnymi okolicznościami faktycznymi w nawiązaniu do całości, a nie jedynie wybranej części materiału dowodowego sprawy, oraz z zaniechaniem oceny tych kwestii w kontekście całego zgromadzonego materiału dowodowego, tj. w granicach sprawy, wyrażający się w braku wnikliwego i pełnego rozpoznania wszystkich zarzutów skargi, podczas gdy Sąd pierwszej instancji powinien był wydać wyrok na podstawie całych akt sprawy, w pełnych jej granicach, a zatem nie był uprawniony do ograniczenia swojej oceny do powielenia stanowiska organu drugiej instancji, lecz powinien był uwzględnić dowody i elementy stanu faktycznego, które stanowisko to podważały, w tym te które Skarżąca wyszczególniła w skardze, a także zobowiązany był zająć się sprawą w pełnym zakresie, zaś naruszenie to miało istotny wpływ na wynik sprawy, albowiem doprowadziło do wydania wyroku zamiast w granicach sprawy, to w granicach tych dowodów i ustaleń, które potwierdzają stanowisko przyjęte przez organ drugiej instancji, z uszczerbkiem dla prawa Skarżącego do sądowej kontroli decyzji organu drugiej instancji;