Uzasadnienie
1. Wyrok Sądu pierwszej instancji.
Wyrokiem z 19 października 2021 r. (sygn. akt I SA/Bd 473/21) Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy (dalej: Sąd pierwszej instancji) oddalił wywiedzioną przez K. Spółkę z o.o. w Ż. (dalej: Spółka lub Skarżąca) skargę na decyzję Naczelnika Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu (dalej: organ) z 30 czerwca 2021 r. (wyrok ten oraz inne orzeczenia sądów administracyjnych przywołane w niniejszym uzasadnieniu opublikowane zostały w bazie internetowej NSA: www.orzeczenia.nsa.gov.pl).
Wyrok ten wydany został na gruncie następujących okoliczności.
1.1. Postępowanie podatkowe.
Decyzją z 5 lutego 2021 r. organ określił Spółce wysokość:
– zobowiązania podatkowego za styczeń, luty, marzec, maj i wrzesień 2017 r. w łącznej kwocie 1.196.179 zł,
– kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za kwiecień, czerwiec, lipiec i sierpień 2017 r.,
– zobowiązania podatkowego, o którym mowa w art. 108 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2021 r. poz. 685; dalej: ustawa o VAT), w kwocie 103.500 zł oraz ustalił wysokość dodatkowego zobowiązania podatkowego, o którym mowa w art. 112 c pkt 2 tej ustawy za styczeń, luty, marzec, maj i wrzesień 2017 r. w łącznej kwocie 358.853 zł.
W uzasadnieniu powyższej decyzji organ wyjaśnił, że w przedmiotowej sprawie w wyniku przeprowadzonej kontroli celno-skarbowej, a następnie postępowania podatkowego stwierdzono, że Spółka złożyła deklaracje dla podatku od towarów i usług za okresy kwartalne zamiast za okresy miesięczne. Mając bowiem na względzie art. 99 ust. 3 ustawy o VAT, prawo do składania kwartalnych deklaracji podatkowych przysługuje wyłącznie małym podatnikom, a więc podmiotom u których wartość sprzedaży (wraz z kwotą podatku) nie przekroczyła w poprzednim roku podatkowym wyrażonej w złotych kwoty odpowiadającej równowartości 1.200.000 euro. Małym podatnikiem dla celów podatku od towaru i usług w 2017 r. mógł być natomiast ten podatnik, u którego wartość sprzedaży (wraz z kwotą podatku) nie przekroczyła w 2016 r. kwoty 5.157.000,00 zł (1.200.000 euro x 4,2976 zł/euro). Tymczasem na podstawie systemu RemDat, zawierającego m.in. dane ze złożonych przez podatnika deklaracji dla podatku od towarów i usług, organ ustalił, że w 2016 r. roku wartość dokonanej przez Spółkę sprzedaży (wraz z kwotą podatku) wyniosła 7.082.255,00 zł, co zdaniem organu doprowadziło do pozbawienia Spółki prawa do składania deklaracji kwartalnych, dlatego począwszy od stycznia 2017 r. Spółka powinna składać deklaracje za okresy miesięczne, zgodnie z dyspozycją art. 99 ust. 1 ustawy o VAT.
Jednak decyzją z 30 czerwca 2021 r. organ ten, działając jako organ II instancji, uchylił w całości powyższą decyzję i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia organowi I instancji. W uzasadnieniu swojej decyzji wskazano na konieczność wyjaśnienia, czy prowadzona komputerowo przez Spółkę ewidencja VAT umożliwiała jej sporządzenie wydruków rejestrów za okresy miesięczne, gdyż uzyskana w tym względzie odpowiedź pozytywna stanowić winna podstawę dla podjęcia weryfikacji zgodności tych rejestrów z art. 109 ust. 3 ustawy o VAT. Ponadto w przypadku ujęcia na tych wydrukach z rejestrów VAT nabyć objętych odwrotnym obciążeniem: raz z wykazaną kwotą netto, a drugi raz z wykazaną kwotą netto i podatkiem VAT, organ – zdaniem organu odwoławczego – powinien ustalić co było tego przyczyną, tj. czy wynikało to z błędu Spółki, czy ze sposobu działania programu, czy też z powodu określenia błędnych parametrów filtrowania danych z rejestru, a przede wszystkim, czy faktycznie uniemożliwiało sporządzenie w sposób prawidłowy deklaracji dla podatku od towarów i usług. Organ odwoławczy odniósł się również do podejmowanej przez organ odwoławczy klasyfikacji, uzyskiwanych przez Spółkę wpłat na rachunek bankowy tytułem "zabezpieczenia transakcji" jako podlegającej opodatkowaniu zapłaty, otrzymanej przez Spółkę przed dokonaniem dostawy towarów lub wykonaniem usług. Zdaniem organu odwoławczego w uchylanej przez niego decyzji nie wskazano argumentów i nie przedstawiono dowodów, które uzasadniałyby przyjęcie, że otrzymane przez Spółkę kwoty tytułem "Zapłata za FV" i "Zapłata częściowa za FV" dotyczyły faktur wystawionych lecz niezaewidencjonowanych w rejestrach sprzedaży, nie zaś faktur, które są ujęte w rejestrach sprzedaży. Przede wszystkim organ nie pozyskał wystawionych i niezaewidencjonowanych faktur. Nie wykazał również, aby oprócz czynności wykazanych na zarejestrowanych fakturach Spółka zrealizowała jeszcze inne dostawy towarów lub wykonała inne usługi skutkujące powstaniem obowiązku podatkowego. Organ odwoławczy podkreślił również, iż w toku postępowania organ I instancji nie uzasadnił, dlaczego nie uznał żadnej z wpłat dokonanych w okresie od stycznia do września 2017 r. za zapłatę za faktury wystawione w tym okresie na łączną kwotę 2.013.813,85 zł przez Spółkę na rzecz D., które zostały ujęte w rejestrach VAT. Nie uzasadnił także, dlaczego w przypadku niewskazania przez dłużnika, której faktury dotyczy zapłata, Spółka nie mogła przypisywać otrzymanych środków jako zapłaty najstarszego zobowiązania lub kierować się innymi kryteriami. Zdaniem organu odwoławczego w decyzji nie wykazano również, że przedmiotem usług wymienionych w trzech wymienionych tam fakturach, wystawionych przez D., jest także najem sprzętu wraz z operatorami, jak również, że najem związany był z robotami budowlanymi wymienionymi w załączniku nr 14 do ustawy o VAT. Ponadto zdaniem organu odwoławczego, organ powinien ustalić, czy wzrost zatrudnienia w Spółce w 2017 r. nie miał realnego wpływu na zakres usługi, o czym może świadczyć dokonanie na fakturach wystawionych we wrześniu zmiany rodzaju świadczonej usługi, zastosowanie zaś stawki za usługę w tej samej wysokości w różnych okresach nie może, zdaniem organu odwoławczego, być jedynym argumentem świadczącym, że nie uległ zmianie zakres usługi, a jedynie może stanowić dodatkową okoliczność. Zdaniem organu odwoławczego, konieczne jest także ponowne przeanalizowanie dokumentu "Lista płatności rozliczonych" i rozważenie, czy podana w nim ilość dni zwłoki daje podstawę do odmówienia mu rzetelności. W celu zaś stwierdzenia braku zapłaty za fakturę, konieczne jest pozyskanie dowodów podważających zapisy dotyczące wszystkich zapłat cząstkowych oraz ponowne przeanalizowanie dokumentu "Lista płatności rozliczonych". Natomiast w celu zakwestionowania podanego przez Spółkę przyporządkowania zapłat do poszczególnych faktur, organ powinien na podstawie wiarygodnych dowodów wykazać, że w rzeczywistości zapłaty dotyczyły innych należności. Musi przy tym wziąć pod uwagę, że w przypadku niewskazania przez dłużnika, której faktury dotyczy zapłata, wierzyciel może ją przyporządkować według własnego uznania. Wskazano, że podczas ponownego rozpatrzenia sprawy organ powinien dokonać analizy posiadanych dokumentów, wymienionych w treści decyzji kasatoryjnej organu odwoławczego. Ostatecznie organ odwoławczy stwierdził, że zebrany materiał dowodowy jest niewystarczający do uznania, że D. nie zrealizowała na rzecz Spółki dostaw kruszywa. W ponownie zaś prowadzonym postępowaniu organ pierwszej instancji winien zebrać materiał dowodowy, który pozwoli powiązać zaewidencjonowane na rachunku bankowym wpłaty z dostawami, zweryfikować zakres usług związanych z wykorzystywaniem przez Spółkę maszyn i pojazdów wynajętych od firmy D. oraz zweryfikować rzetelność kwestionowanych transakcji zawartych pomiędzy K. sp. z o.o. a D.