Uzasadnienie
1. Wyrokiem z 26 września 2024 r., sygn. akt III SA/Wa 1712/24, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uchylił w części dotyczącej podatku od towarów
i usług za styczeń, luty i marzec 2012 r., zaskarżoną przez W. W. (dalej: "Skarżący", "Strona") decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie (dalej: "DIAS", "organ odwoławczy") z 24 lipca 2018 r., nr 1401-IOV-4.4103.23.2018.MCz w przedmiocie podatku od towarów i usług za okresy rozliczeniowe od stycznia do grudnia 2012 r., w pozostałym zakresie oddalił skargę oraz orzekł o zwrocie kosztów postępowania sądowego.
2. Przebieg postępowania przedstawiony w zakresie mającym znaczenie dla oceny zarzutów kasacyjnych.
2.1. Decyzją z 18 grudnia 2017 r. Naczelnik Warmińsko-Mazurskiego Urzędu CeIno-Skarbowego w Olsztynie (dalej: "NUCS" lub "organ I instancji") określił Skarżącemu zobowiązania podatkowe w podatku od towarów i usług za okresy rozliczeniowe od lutego do sierpnia i od października do grudnia 2012 r. oraz nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy za styczeń i wrzesień 2012 r. Podstawą wydania decyzji było zakwestionowanie prawa do odliczenia podatku z faktur, których wystawcą była M. M. (jako U.). Zdaniem NUCS faktury wystawione przez M. M. nie dokumentowały rzeczywistych zdarzeń gospodarczych i dlatego nie mogły stanowić podstawy prawa do odliczenia podatku z nich wynikającego w świetle art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz. U. z 2011 r. Nr 177 poz. 1054 ze zm.; dalej: "ustawa o VAT"), ponieważ oba podmioty wskazane przez M. M. jako jej podwykonawcy nie wykonali żadnych prac na jej rzecz (spółki L. i A. wystawiały tzw. "puste faktury" i w związku z tym odpowiednio decyzjami z 3 listopada 2016 r. i 10 września 2015 r. zostały zobowiązane do zapłaty podatku na podstawie art. 108 ust.1 ustawy o VAT).
2.2. Zaskarżona odwołaniem, decyzja ta została utrzymana w mocy decyzją organu odwoławczego z 24 lipca 2018 r.
2.3. W skardze na tę decyzję Skarżący zarzucił jej naruszenie art. 122, art. 187 § 1, art. 191 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U.
z 2018 r. poz. 800 ze zm.; dalej: "O.p.") oraz art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) i art. 108 ust. 1 ustawy o VAT.
2.4. W odpowiedzi na skargę DIAS podtrzymał dotychczasową argumentację
i wniósł o oddalenie skargi.
2.5. Wyrokiem z 30 kwietnia 2019 r., sygn. akt III SA/Wa 2368/18, Wojewódzki Sąd Administracyjnego w Warszawie uwzględnił skargę: uchylił zaskarżoną decyzję DIAS i zasądził na rzecz Skarżącego zwrot kosztów postępowania sądowego.
Sąd uznał, że zaskarżona decyzja została wydana z naruszeniem art. 122, art. 180, art. 187 § 1, art. 188, art. 191, art. 210 § 1 pkt 6 i art. 229 O.p.
2.6. Wyrokiem z 20 lutego 2024 r., sygn. akt I FSK 1834/19, Naczelny Sąd Administracyjny uchylił wyrok WSA w Warszawie i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania temu Sądowi. NSA wskazał, że rolą WSA w Warszawie przy ponownym rozpoznawaniu sprawy będzie ocena tzw. dobrej wiary Skarżącego. NSA zobowiązał WSA w Warszawie także do rozważenia skutków dla rozliczenia za poszczególne miesiące 2012 r. stanu rozliczeń za grudzień 2011 r.; NSA wskazał, że wie z urzędu, że wyrokiem NSA z 29 czerwca 2022 r., sygn. akt I FSK 417/22 oddalono skargę kasacyjną DIAS od wyroku WSA w Warszawie z 26 października 2021 r., sygn. akt III SA/Wa 287/21, którym uchylono decyzję organu odwoławczego w przedmiocie rozliczenia za grudzień 2011 r. ze względu na zarzut przedawnienia.
2.7. W ponownym postępowaniu przed Sądem pierwszej instancji na rozprawie w dniu 26 września 2024 r. Skarżący podniósł dodatkowo zarzut przedawnienia, powołując się na nadużycie prawa i uchwałę NSA z 24 maja 2021 r., sygn. akt I FPS 1/21.
2.8. Sąd pierwszej instancji uchylił zaskarżoną decyzję w części dotyczącej podatku od towarów i usług za styczeń, luty i marzec 2012 r., a w pozostałym zakresie skargę oddalił. Odnosząc się do zarzutu, że DIAS orzekał po upływie terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych w VAT za miesiące objęte zaskarżoną decyzją, ponieważ wszczęcie postępowań karnych skarbowych,
w którym organ odwoławczy upatruje przyczyny zawieszenia biegu tego terminu (art. 70 § 6 pkt 1 O.p.), stanowiło nadużycie prawa i w konsekwencji nie wywarło oczekiwanego skutku materialnoprawnego uznał, że wobec niezaskarżenia przez Skarżącego wcześniejszego wyroku WSA w Warszawie kwestia przedawnienia zobowiązań podatkowych za poszczególne miesiące 2012 r. leży obecnie poza granicami sprawy ponieważ przy ponownym rozpoznaniu sprawy przez wojewódzki sąd administracyjny "granice sprawy", o których mowa w art. 134 § 1 i art. 135 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2024 r. poz. 935 ze zm., dalej: "p.p.s.a."), podlegają zawężeniu do granic, w jakich rozpoznał skargę kasacyjną Naczelny Sąd Administracyjny i wydał orzeczenie na podstawie art. 185 § 1 p.p.s.a.
3. Stanowiska stron w postępowaniu przed Naczelnym Sądem Administracyjnym.
3.1. Skargę kasacyjną od ww. wyroku WSA w Warszawie do Naczelnego Sądu Administracyjnego wniósł Skarżący zaskarżając ten wyrok w części w jakiej oddalono skargę na decyzję DIAS z dnia 24 lipca 2018 r., znak: 1401-IOV-4.4103.23.7018.MCz w zakresie podatku od towarów i usług za okresy rozliczeniowe od kwietnia 2012 do grudnia 2012 r. Sformułował także wniosek o uchylenie zaskarżonego wyroku w części w jakiej oddalono skargę w zakresie podatku od towarów i usług za okresy od kwietnia 2012 r. do grudnia 2012 r. i przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu