3.2. Organ odwoławczy nie złożył odpowiedzi na skargę kasacyjną.
3.3. W piśmie z 9 czerwca 2025 r. Strona przedstawiła dodatkowe uzasadnienie podstawy kasacyjnej.
Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje.
4. Naczelny Sąd Administracyjny, rozpoznając skargę kasacyjną w granicach wyznaczonych jej zarzutami i wnioskami (art. 183 § 1 w związku z art. 174 pkt 1 i 2 oraz art. 176 p.p.s.a.), stwierdził, że skarga kasacyjna nie zasługuje na uwzględnienie.
4.1. W niniejszej sprawie nie jest sporne, że do czasu uchylenia art. 105b ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (dalej: ustawa o VAT), pojawienie się zaległości podatkowych u podatnika (spełniającego określone warunki) dawało organowi podatkowemu prawo do zaliczenia kaucji gwarancyjnej na poczet zaległości podatkowych z urzędu. Uchylając ww. przepis, ustawodawca w ustawie nowelizującej wprowadził art. 9 ust. 6 w brzmieniu identycznym, co przepis uchylany. Spór w niniejszej sprawie dotyczy wykładni ww. przepisu ustawy nowelizującej i w konsekwencji zaliczenia kaucji gwarancyjnej wniesionej przez Stronę 12 listopada 2014 r. na poczet zaległości podatkowych za październik i listopad 2014 r. wynikających z zobowiązań podatkowych określonych decyzją wymiarową z 31 stycznia 2017 r.
4.2. Zgodnie z art. 9 ust. 6 ustawy nowelizującej: "W przypadku powstania po złożeniu kaucji gwarancyjnej u podmiotu, o którym mowa w ust. 1, zaległości podatkowej w podatkach stanowiących dochód budżetu państwa kaucję gwarancyjną przeznacza się na pokrycie tej zaległości, z wyłączeniem zaległości, których zapłatę odroczono lub rozłożono na raty zgodnie z art. 67a § 1 pkt 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa. Przepisy ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa dotyczące zaliczania nadpłat stosuje się odpowiednio, z tym że zaliczenie kaucji gwarancyjnej na poczet zaległości podatkowej następuje z dniem powstania zaległości podatkowej".
4.3. Zdaniem Strony sformułowanie "podmiot, o którym mowa w ust. 1" użyte w ww. przepisie ustawy nowelizującej oznacza podmiot, który złożył wniosek o zwrot kaucji gwarancyjnej. Jak wskazał Skarżący w skardze kasacyjnej: "Skoro art. 9 ust. 6 ustawy nowelizującej nawiązuje w swej treści do ust. 1, to art. 9 ust. 6 musi być interpretowany łącznie z art. 9 ust. 1 ustawy nowelizującej! Tym "podmiotem, o którym mowa w ust. 1" (do którego nawiązuje art. 9 ust. 6 ustawy nowelizującej) jest podmiot: (1) wpisany do wykazu, o którym mowa w art. 105c ust. 1 ustawy zmienianej w art. 1, w brzmieniu dotychczasowym; (2) na którego wniosek właściwy dla tego podmiotu naczelnik urzędu skarbowego dokonuje zwrotu złożonej kaucji gwarancyjnej".
W opinii organu odwoławczego i sądu pierwszej instancji sformułowanie "podmiot, o którym mowa w ust. 1" użyte w art. 9 ust. 6 ustawy nowelizującej dotyczy podmiotu wpisanego do wykazu, o którym mowa w art. 105c ust. 1 ustawy o VAT.
4.4. Naczelny Sąd Administracyjny zgadza się ze stanowiskiem sądu pierwszej instancji, że wykładnia art. 9 ust. 6 ustawy nowelizującej zaproponowana przez Stronę jest błędna.
Sąd pierwszej instancji, dokonując wykładni językowej ww. przepisu ustawy nowelizującej, stwierdził, że: "Z jednej stronie w art. 9 ust. 1 ustawy nowelizujacej czytelnie mowa o "podmiocie wpisanym do wykazu, o którym mowa w art. 105c ust. 1 u.p.t.u.". Żadne przemożne racje językowe nie przemawiają za uznaniem, że dodatkowo musi to być podmiot, który złożył wniosek o zwrot kaucji – takiej intencji ustawodawca nie wyraził jasno (gdyby tak było, przepis art. 9 ust. 6 stanowiłby expressis verbis o "podmiocie, który złożył wniosek, o którym mowa w ust. 1")".
Jednocześnie Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, powołując się na argumenty funkcjonalne, wskazał, że: "gdyby przyjąć – za Skarżącym – że do zaliczenia kaucji gwarancyjnej na poczet zaległości podatkowych potrzeba uprzedniego złożenia wniosku o jej zwrot, regulacja byłaby nie tylko osobliwa (trudno wyobrazić sobie racje, które miałyby stać za takim związaniem obu sytuacji – Sąd ich w każdym razie nie widzi), ale także dysfunkcjonalna. Przez niezłożenie wniosku o zwrot podmiot, który wniósł kaucję gwarancyjną, mógłby dowolnie odkładać jej rozliczenie z zaległością podatkową (...)".
Strona zdaje się dostrzegać ułomność swojej argumentacji, biorąc pod uwagę wskazaną przez sąd pierwszej instancji interpretację funkcjonalną przepisu, którego wykładnia jest sporna w niniejszej sprawie. W skardze kasacyjnej stwierdziła: "Jakkolwiek prawdą jest, że takie stanowisko blokuje właściwego naczelnika urzędu skarbowego w pokryciu kaucją zaległości podatkowych, to z drugiej strony taki pogląd jest wynikiem wykładni przepisów zaprezentowanej we wcześniejszych punktach niniejszej skargi kasacyjnej, która to wykładnia – jak wskazała Skarżąca – ma swoje podstawy".
W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego wykładnia dokonana przez Stronę, powodująca niemożliwość dokonania przez naczelnika urzędu skarbowego zaliczenia kaucji gwarancyjnej na poczet zaległości podatkowych bez złożenia wniosku o zwrot przez podatnika, nie zasługuje na uwzględnienie. Naczelny Sąd Administracyjny w pełni podziela ww. argumentację sądu pierwszej instancji.
4.5. W piśmie z 9 czerwca 2025 r. Strona stwierdziła, że skarga kasacyjna jest zasadna również z uwagi na to, że w momencie wydania postanowienia o zaliczeniu kaucji nie istniała zaległość, na poczet której można by dokonać zaliczenia kaucji gwarancyjnej i przedstawiła argumentację, która jej zdaniem na to wskazuje. Jednocześnie uznała, że w niniejszym piśmie przedstawia dodatkowe uzasadnienie podstawy kasacyjnej i że: "Sumując powyższe – doszło do błędnej wykładni, a w konsekwencji niewłaściwego zastosowania przepisów wskazanych w podstawie kasacyjnej".
Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego Skarżący w przedmiotowym piśmie "upraszcza" postępowanie, dokonując analizy wydanych w przedmiotowej sprawie aktów administracyjnych w sposób wybiórczy, a ponadto sam sobie przecząc. Strona podniosła, że: "Jak więc wynika z powyższego, w dacie wydania Postanowienia o zaliczeniu kaucji – 13 grudnia 2023 r. – nie obowiązywała żadna decyzja organu odwoławczego", by dalej – w tym samym piśmie z 9 czerwca 2025 r. – stwierdzić, że: "Bez wątpienia istniała jednak Decyzja Dyrektora UKS". Niezależnie od powyższego, w opinii Naczelnego Sądu Administracyjnego, przedstawione przez Skarżącego w przedmiotowym piśmie twierdzenie, że w momencie wydania postanowienia o zaliczeniu kaucji gwarancyjnej nie istniała zaległość, na poczet której można by dokonać zaliczenia kaucji, nie mieści się w ramach podstawy kasacyjnej, a ponadto Strona w istocie nie wskazała, jakich konkretnie zarzucanych przepisów dotyczy to nowe uzasadnienie.
4.6. W świetle powyższego zarzut naruszenia prawa materialnego, tj. art. 9 ust. 6 ustawy nowelizującej, nie zasługuje na uwzględnienie. Jednocześnie należy zauważyć, że Skarżący w skardze kasacyjnej podniósł naruszenie ww. przepisu ustawy nowelizującej w związku z art. 76 § 1 w związku z art. 76a § 1 o.p., jednakże – ani w skardze kasacyjnej, ani w piśmie z 9 czerwca 2025 r. – nie uzasadnił, na czym miałoby polegać naruszenie art. 76 § 1 oraz z art. 76a § 1 o.p. Biorąc pod uwagę powyższe, Naczelny Sąd Administracyjny nie stwierdził naruszenia ww. przepisów.
4.7. Strona w skardze kasacyjnej zarzuciła naruszenie prawa materialnego. Jednocześnie, stwierdziła, że sąd pierwszej instancji w niniejszej sprawie nie miał podstaw do zastosowania art. 151 p.p.s.a. i w efekcie do oddalenia skargi, gdyż sąd powinien jej zdaniem uchylić zaskarżone postanowienie, stosując art. 145 § 1 pkt 1 lit. a p.p.s.a. Biorąc pod uwagę powyższe rozważania prawne, skutkujące stwierdzeniem, że zarzut naruszenia przepisów prawa materialnego nie zasługuje na uwzględnienie, zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego sąd pierwszej instancji postąpił prawidłowo, oddalając skargę.
4.8. Mając na uwadze powyższe, Naczelny Sąd Administracyjny – na podstawie art. 184 p.p.s.a. – orzekł jak w sentencji.
Adam Nita Roman Wiatrowski Małgorzata Niezgódka-Medek