Sąd pierwszej instancji, dokonując kontroli postanowienia DIAS o odmowie stwierdzenia nieważności w/wym. postanowienia NUS, wskazał w tym zakresie na dwie ukształtowane rozbieżne linie orzecznicze dotyczące sposobu pokrycia z występującej nadpłaty zaległości podatkowej, w sytuacji gdy obie należności wystąpiły przed ogłoszeniem upadłości, w okolicznościach trwającego wobec danego podmiotu postępowania upadłościowego. Według pierwszego, starszego stanowiska, po ogłoszeniu upadłości organy podatkowe tracą uprawnienie do korzystania z instytucji zaliczenia nadpłaty na poczet zaległości podatkowych zgodnie z regulacjami O.p, a realizacja zaległości powinna odbywać się w trybie przepisów Prawa upadłościowego Drugi z poglądów, ukształtowany i dominujący w późniejszym okresie – nie przewiduje takiej zależności, przyjmując, że fakt ogłoszenia upadłości nie modyfikuje zasad zaliczania nadpłat przewidzianych w O.p., a zatem nie stanowi przeszkody do wydania postanowienia o zaliczeniu nadpłaty na poczet zaległości podatkowych W związku z tym WSA podzielił stanowisko DIAS, że z uwagi na rozbieżne linie orzecznicze w sprawie nie wystąpiło naruszenie prawa o charakterze rażącym, a postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego w W. z dnia 6 czerwca 2023 r. znajdowało oparcie w jednej z nich. W ocenie sądu pierwszej instancji nie mogły również wywołać pożądanego przez spółkę rezultatu twierdzenia zmierzające do wykazania, że linia orzecznicza uzasadniająca odmowę wydania postanowienia o zaliczeniu nadpłaty straciła na aktualności, a postanowienie z dnia 6 czerwca 2023 r. jest sprzeczne z obecnie dominującym poglądem judykatury. WSA podkreślił, że oparcie rozstrzygnięcia organu podatkowego na starszym chronologicznie stanowisku judykatury, pozostającym w opozycji do dominującego obecnie stanowiska sądów administracyjnych, nie dowodzi istnienia przesłanki rażącego naruszenia prawa, o której mowa w art. 247 § 1 pkt 3 O.p. Zwrócił też uwagę, że podzielenie stanowiska skarżącej prowadziłoby do przyjęcia, iż każda zmiana linii orzeczniczej świadczy o tym, iż wcześniejsze orzeczenia obarczone były kwalifikowaną wadą rażącego naruszenia prawa i powinny być eliminowane w nadzwyczajnym trybie. Tymczasem instytucja stwierdzania nieważności stanowi wyjątkowy środek weryfikacji aktów obarczonych kwalifikowanymi uchybieniami i nie może zastępować weryfikacji w trybie zwykłym, której strona nie uruchomiła, rezygnując z wniesienia zażalenia.
W skardze kasacyjnej skarżąca wskazywała, że mimo istnienia dwóch różnych linii orzeczniczych, naruszenie prawa może być uznane za rażące w rozumieniu art. 247 § 1 pkt 3 O.p., w szczególności, gdy przepis prawa – art. 76a § 1 O.p. jest sformułowany w sposób jednoznaczny, a treść ostatecznego postanowienia stoi w wyraźnej z nim sprzeczności. W piśmie z dnia 11 czerwca 2025 r. zawierającym dodatkowe uzasadnienie podstaw skargi kasacyjnej, wskazała, że z orzeczniczej pespektywy organu administracyjnego, faktycznie nie istnieją dwie linie interpretacyjne art. 76 i art. 76a § 1 O.p..
Rozpatrując skargę kasacyjną w granicach podniesionych w niej zarzutów naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. a w zw. z art. 151 P.p.s.a. w zw. z art. 247 § 1 pkt 3 w zw. z art. 219 O.p. .przede wszystkim należy zauważyć, że sprawa dotyczy postanowienia o odmowie stwierdzenia nieważności, a więc postanowienia wydanego w jednym z trybów nadzwyczajnych. Tryby te mają charakter wyjątkowy i stanowią odstępstwo od zasady trwałości aktów ostatecznych (art. 128 O.p.). Tym samym nie mogą zastępować zwykłych środków prawnych, które w pierwszym rzędzie służą badaniu prawidłowości wydanych przez organy pierwszej instancji decyzji i postanowień. Celem regulacji zawartej w art. 247 § 1 O.p. jest wyeliminowanie z obrotu prawnego ostatecznych decyzji lub postanowień, które dotknięte są kwalifikowanymi wadami prawnymi. Jedną z wymienionych w tym przepisie wad prawnych jest wydanie ostatecznego aktu z rażącym naruszeniem prawa, o czym mowa w art. 247 § 1 pkt 3 O.p. Podkreślić należy, że nie chodzi przy tym o samo wydanie aktu z naruszeniem prawa, a z naruszeniem mającym charakter rażący. Jak wskazał sąd pierwszej instancji rażące naruszenie prawa to naruszenie prawa mające charakter oczywisty, możliwe do stwierdzenia na "pierwszy rzut oka". Jednocześnie w judykaturze utrwalony jest pogląd zakładający, że rozbieżności orzecznicze, mające swoje źródło w niejednolitej wykładni przepisów, wyłączają możliwość stwierdzenia rażącego naruszenia prawa, na co zwrócił zasadnie uwagę WSA, podnosząc jakie byłyby konsekwencje przyjęcia takiego stanowiska jak proponuje się w skardze. Skarżąca nie kwestionowała przy tym wykładni art. 247 § 1 pkt 3 O.p przyjętej przez sąd pierwszej instancji, a jedynie ocenę zgodności z prawem sposobu jego zastosowania przez organy podatkowe.
Naczelny Sąd Administracyjny podziela stanowisko Sądu pierwszej instancji, że argument skarżącej, iż wykładnia przepisów oparta na linii orzeczniczej, zastosowanej w postanowieniu NUS z 6 czerwca 2023 r. straciła na aktualności, mógłby ewentualnie stanowić podstawę zarzutu sformułowanego w postępowaniu zwykłym, którego skarżąca nie zainicjowała. Jednocześnie podnoszony przez skarżącą jednoznaczny sposób sformułowania przepisu art. 76a § 1 O.p. nie jest wystarczający do stwierdzenia oczywistości naruszenia prawa, w sytuacji gdy może zaistnieć potencjalny konflikt tej regulacji z instytucją kompensaty (potrącenia) unormowanego w art. 93 ustawy Prawo upadłościowe. W tym stanie rzeczy zachodzi konieczność określenia wzajemnego stosunku obu ustaw w omawianym zakresie (która z nich zawiera regulacje szczególne), czego nie można jednak uznać za kwestię ani oczywistą, ani możliwą do stwierdzenia na tzw. pierwszy rzut oka. Z kolei brak oczywistości naruszenia prawa wyklucza zastosowanie do postanowienia art. 247 § 1 pkt 3 w zw. z art. 219 O.p.
Dodatkowo Naczelny Sąd Administracyjny pragnie zwrócić uwagę, że zarówno organ, jak i WSA, a także strona, która uruchomiła postępowanie nadzorcze wobec postanowienia NUS, którego wynik w postaci postanowienia DIAS z 7 lutego 2024 r. jest przedmiotem kontroli sądowoadministracyjnej, nie mieli wątpliwości co do możliwości zastosowania art. 247 § 1 pkt 3 O.p. w zw. z art. 219 tej ustawy do ostatecznego postanowienia, o którym mowa w art. 76a O.p. Kontrowersje w tej sprawie nie dotyczyły kwestii podstawowej, czy w ogóle w odniesieniu do takich postanowień, które dotyczą czynności materialnotechnicznej jaką stanowi zaliczanie nadpłaty na poczet zaległości podatkowych, i są uregulowane w rozdz. 9 Nadpłaty działu III Zobowiązania podatkowe O.p. można stosować postępowania nadzorcze, w tym stwierdzanie nieważności, o którym mowa w art. 247 § 1 pkt 3 O.p., poprzez odesłanie zawarte w art. 219 O.p. Należy zauważyć, że art. 219 O.p. znajduje się w rozdziale 14 Postanowienia działu IV O.p. Postępowanie podatkowe. Zgodnie z art. 216 O.p. postanowienia, których dotyczą przepisy tego rozdziału to postanowienia wydawane w toku postępowania podatkowego, a postanowienie wydane na podstawie art. 76a O.p. nie ma takiego charakteru. Co więcej z § 1 tego artykułu wynika, że środkiem odwoławczym od takiego postanowienia jest zażalenie. Trzeba też zauważyć, że w rozdziale 9 działu III nie zawarto przepisu, który pozwalałby odpowiednio stosować przepisy działu IV do aktów przewidzianych do wydawania na podstawie przepisów tego działu tak jak ma to miejsce np. w art. 14h, art. 280, art. 292 czy w art.306k O.p. W takiej sytuacji jedyną drogą, która pozwalałaby na zastosowanie instytucji nadzoru do ostatecznego postanowienia mogłaby być analogia. Przesądzenie tej kwestii na gruncie rozpatrywanej sprawy z uwagi na rozstrzygnięcie jakie zapadło przed DIAS w postaci odmowy stwierdzenia nieważności postanowienia w sprawie odmowy wydania postanowienia o zaliczeniu nadpłaty na poczet zaległości podatkowych nie ma znaczenia dla wyniku tej sprawy i w konsekwencji dla oceny prawidłowości rozstrzygnięcia WSA, oddalającego skargę
Wobec powyższego nie podlegał uwzględnieniu podniesiony w skardze kasacyjnej zarzut naruszenia 145 § 1 pkt 1 lit. a w zw. z art. 151 P.p.s.a. w zw. z art. 247 § 1 pkt 3 w zw. z art. 219 O.p. poprzez ich niezastosowanie.
Zatem w braku usprawiedliwionych podstaw, na podstawie art. 184 P.p.s.a., Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę kasacyjną skarżącej.
Adam Nita Roman Wiatrowski Małgorzata Niezgódka-Medek