2.2. Strona nie skorzystała z możliwości złożenia odpowiedzi na skargę kasacyjną.
2.3. Przedmiotowa skarga kasacyjna została rozpoznana na posiedzeniu niejawnym na podstawie art. 182 § 2 p.p.s.a., z którego wynika, że Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje skargę kasacyjną na posiedzeniu niejawnym, gdy strona, która ją wniosła, zrzekła się rozprawy, a pozostałe strony, w terminie czternastu dni od dnia doręczenia skargi kasacyjnej, nie zażądały przeprowadzenia rozprawy. W niniejszej sprawie organ zrzekł się rozprawy, zaś Strona w wyżej wskazanym terminie, nie żądała jej przeprowadzenia.
3. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje.
3.1. Skarga kasacyjna organu zasługiwała na uwzględnienie.
3.2. Przedmiotem sporu w niniejszej sprawie jest kwestia zasadności przedłużenia przez NUS postanowieniem z dnia 4 grudnia 2023 r. terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wykazanej przez Stronę w deklaracji VAT-7 za wrzesień 2023 r. do dnia 27 grudnia 2023 r.
We wniesionej skardze kasacyjnej DIAS podważa ocenę Sądu pierwszej instancji, który zaakceptował stanowisko Skarżącej o niewystarczającym uzasadnieniu ww. rozstrzygnięcia.
3.3. Zgodnie z przepisem art. 87 ust. 2 ustawy o VAT (w brzmieniu obowiązującym w dacie wydania zaskarżonego postanowienia) co do zasady zwrot różnicy podatku następuje w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju albo na rachunek podatnika w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, której jest członkiem, wskazany w zgłoszeniu identyfikacyjnym, o którym mowa w odrębnych przepisach, lub na wskazany przez podatnika rachunek banku mającego siedzibę na terytorium kraju lub na rachunek spółdzielczej kasy oszczędnościowo-kredytowej, jako zabezpieczenie udzielanego przez ten bank lub przez tę kasę kredytu, na podstawie złożonego przez podatnika do naczelnika urzędu skarbowego, w terminie do złożenia deklaracji podatkowej, pisemnego, nieodwołalnego upoważnienia organu podatkowego, potwierdzonego przez bank lub spółdzielczą kasę oszczędnościowo-kredytową udzielających kredytu, do przekazania tego zwrotu. Jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego. Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty.
Z powołanego przepisu wynika zatem, że organ podatkowy może w określonej przez ustawodawcę sytuacji przedłużyć określone ustawowo terminy zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, które rozpoczynają swój bieg z dniem wpływu deklaracji do urzędu skarbowego. Przedłużenie terminu zwrotu następuje w formie postanowienia.
Wykładnia art. 87 ust. 2 ustawy o VAT prowadzi do wniosku, że takie postanowienie może zostać wydane, gdy spełnione są łącznie trzy przesłanki. Po pierwsze, termin do dokonania zwrotu jeszcze nie upłynął. Po drugie, weryfikacja rozliczenia podatnika odbywa się w toku czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, postępowania podatkowego, bądź w toku postępowania kontrolnego. Po trzecie, stwierdzenie przez organ, że "zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania" opiera się na co najmniej uprawdopodobnionych przesłankach.
W postępowaniu w sprawie przedłużenia terminu zwrotu chodzi o wykazanie, że istnieją okoliczności przemawiające za potrzebą dodatkowej weryfikacji zasadności zwrotu podatku (por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego: z dnia 11 lutego 2015 r., sygn. akt I FSK 2127/13 oraz z dnia 5 lipca 2016 r., sygn. akt I FSK 2039/15). W orzecznictwie sądów administracyjnych wielokrotnie wskazywano, że użyte w treści art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT sformułowanie, że "zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania" powinno być dokonywane w oparciu o co najmniej uprawdopodobnione przesłanki. Wspomniany warunek zakłada, że przed upływem ustawowego terminu zwrotu (zdanie pierwsze) podjęte zostały czynności zmierzające do zweryfikowania jego zasadności, lecz nie dały one jeszcze rezultatu lub jest on niejednoznaczny. Uzasadnienie ma szczególnie istotne znaczenie dla ustalenia czy organ podatkowy nie przekroczył granic wskazanych w ww. przepisie. Tym samym, w postanowieniu przedłużającym termin zwrotu VAT organ podatkowy powinien wskazać na powody odmowy dokonania zwrotu w ustawowym terminie i przedstawić istniejące w tym przedmiocie wątpliwości oraz wskazać, dlaczego uznał, że takie wątpliwości wystąpiły. Podatnik w tym zakresie powinien otrzymać jasną informację, z czego wynika powód przedłużenia terminu zwrotu VAT.
Tak więc przesłanki do wydania postanowienia w omawianym trybie nie stanowi sam fakt wykazania przez podatnika nadwyżki do zwrotu, ale muszą istnieć istotne wątpliwości co do zasadności zwrotu, obiektywne przesłanki wskazujące na konieczność przeprowadzenia w określonej sprawie postępowania weryfikacyjnego. Nie chodzi tu jednak o przesłanki, które mają charakter konkretnych dowodów świadczących o nieprawidłowościach w rozliczeniu czy konkretnych zarzutów, które można postawić podatnikowi. Na tym etapie postępowania organ decyduje bowiem wyłącznie o konieczności dalszego badania zasadności zwrotu, a nie o samej zasadności zwrotu; chodzi o wykazanie, że istnieją okoliczności przemawiające za potrzebą dodatkowej weryfikacji zasadności zwrotu podatku (por. np. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego: z dnia 11 kwietnia 2014 r., sygn. akt I FSK 610/13, z dnia 11 lutego 2015 r., sygn. akt I FSK 621/14 i z dnia 11 kwietnia 2014 r., sygn. akt I FSK 610/13). Gdyby chodziło o konkretne dowody przesądzające o niezasadności zwrotu, to wydawanie postanowienia przedłużającego zwrot podatku byłoby zbędne, a oczekiwanym aktem administracyjnym powinna wówczas być decyzja określająca niższą kwotę zwrotu podatku.
3.4. Argumentacja zawarta w skardze kasacyjnej zmierza do wykazania, że na dzień wydania przez NUS postanowienia z dnia 4 grudnia 2023 r. istniały podstawy do dalszej weryfikacji zwrotu. Wskazywano, że możliwość przedłużenia terminu zwrotu podatku na podstawie art. 87 ust. 2 ustawy o VAT nie wymaga zgromadzenia przez organ podatkowy konkretnych dowodów na istnienie wątpliwości dotyczących zasadności zwrotu oraz, że w sprawie o przedłużenie terminu zwrotu podatku organ decyduje wyłącznie o konieczności dalszego weryfikowania zwrotu, a nie o samej zasadności zwrotu.
3.5. Z uzasadnienia postanowienia NUS z dnia 4 grudnia 2023 r. wynika, że zdaniem organu pierwszej instancji w niniejszej sprawie zaistniały przesłanki do przedłużenia terminu wnioskowanego przez Stronę zwrotu, gdyż: kwota spornego zwrotu wynika głównie z nadwyżki podatku naliczonego nad należnym przenoszonej przez Spółkę od czerwca 2020 r., a więc za okres co do którego NUS prowadzi postępowanie podatkowe (za okres od IV kwartału 2017 r. do czerwca 2020 r.), zakończenie którego będzie miało wpływ na wysokość kwoty do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy, dokonana przez organ analiza zgromadzonego materiału dowodowego doprowadziła NUS do wątpliwości dotyczących prawidłowości transakcji Skarżącej, m.in. zawieranych z G. sp. z o.o. oraz brak rozliczenia faktur w plikach JPK. Dodatkowo NUS poinformował Spółkę, że wezwaniem z dnia 21 listopada 2023 r. (doręczonym w dniu 26 listopada 2023 r.) wystąpił do Strony o przedłożenie dokumentów oraz pisemnych wyjaśnień dotyczących szczegółowo wymienionych w wezwaniu faktur VAT. Następnie organ wyjaśnił, że materiał dowodowy, który zostanie zgromadzony w wyniku ww. wezwania, będzie przedmiotem dalszych czynności badających zasadność zwrotu podatku od towarów i usług za wrzesień 2023 r.
DIAS w uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia z dnia 16 lutego 2024 r. powtórzył argumentację organu pierwszej instancji oraz dodał, że postanowienie NUS jest pierwszym postanowieniem przedłużającym termin zwrotu podatku VAT za ww. okres, a w konsekwencji NUS wskazał okoliczności, które legły u podstaw konieczności dalszej weryfikacji zwrotu na tym etapie postępowania. Organ drugiej instancji wskazał także na notoryjną wiedzę co do faktu wszczęcia wobec Spółki kontroli podatkowej m.in. za wrzesień 2023 r., co uzasadniało przedłużenie terminu zwrotu VAT do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia Spółki. DIAS powtórzył za organem pierwszej instancji, że wątpliwości organu wzbudziły transakcje Strony ze spółką G. sp. z o.o., brak rozliczenia faktur w plikach JPK, które istniały już na etapie prowadzonej kontroli podatkowej prowadzonej wobec Strony za wcześniejsze okresy rozliczeniowe. Organ drugiej instancji dodał, że w toku kontroli za okres od IV kwartału 2017 r. do II kwartału 2018 r., lipiec 2018 r. oraz od sierpnia 2018 r. do czerwca 2019 r. NUS stwierdził liczne nieprawidłowości w związku z realizowaniem przez Stronę projektu badawczego "[...]". Ponadto, w wyniku ustaleń dokonanych za okres od kwietnia do czerwca 2020 r., organ pierwszej instancji zakwestionował prawo Strony do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony z faktur związanych także z projektem badawczym, m. in. faktur wystawionych przez G. sp. z o.o., czy faktur wystawionych przez W.O. Strona dokonywała transakcji z tymi podmiotami również we wrześniu 2023 r. Dodatkowo organ drugiej instancji zauważył, że kwota jednorazowego zwrotu podatku jest wysoka, bo wynosi ponad 365 tys. zł, co uzasadnia ostrożność organu i celowość starannego zbadania podstaw zwrotu przed jego dokonaniem.
3.6. Tymczasem Sąd pierwszej instancji w uzasadnieniu wydanego w niniejszej sprawie wyroku uznał, że organy orzekające w sprawie przedłużenia zwrotu podatku nie zrealizowały zasad wynikających z art. 121 § 1 i art. 124 Ordynacji podatkowej, zgodnie z którymi organ powinien podać powody dlaczego dodatkowa weryfikacja rozliczenia jest w danym przypadku niezbędna. W szczególności, w ocenie WSA, wątpliwym jest, że Skarżąca otrzymała rzetelną i przekonującą informację dlaczego jej rozliczenie wymaga dodatkowego sprawdzenia, zaś zwrot nie zostanie zrealizowany w terminie. Tezę tę Sąd wojewódzki wiódł z faktu, że w aktach niniejszej sprawy znajdowała się decyzja z dnia 29 października 2021 r., jak się wyraził WSA: "zerująca" zadeklarowane przez Skarżącą zwroty pośrednie i bezpośrednie za kwiecień, maj i czerwiec 2020 r. Dalej Sąd pierwszej instancji wskazał, że "Powodem takiego orzeczenia było m. in. uznanie, że realizacja projektu z udziałem świadczeń fakturowanych przez G. Sp. z o.o. oraz W.O. miała charakter pozorny, zmierzający do uzyskania korzyści podatkowej, tj. zwrotu podatku VAT". Sąd zauważył także, że w aktach sprawy znalazła się również decyzja DIAS z dnia 12 grudnia 2022 r., uchylająca ww. decyzję NUS i przekazująca sprawę temu organowi do ponownego rozpatrzenia. DIAS wyraził w tej decyzji istotne wątpliwości odnośnie ustaleń faktycznych poczynionych przez NUS oraz uznał, że nie przedstawiono obiektywnych okoliczności potwierdzających, iż doszło do nadużycia prawa w rozumieniu przepisów ustawy o VAT, zaś Skarb Państwa doznał utraty wpływów podatkowych.
Z powyższego Sąd pierwszej instancji wywiódł, że "przedłużenie terminu zwrotu podatku za wrzesień 2023 r. opiera się niemal wyłącznie na odesłaniach do rozliczeń za kwiecień - czerwiec 2020 r., których nierzetelność, w dacie wydania zaskarżonego postanowienia oraz postanowienia je poprzedzającego, okazała się co najmniej wątpliwa". WSA wskazał, że: "Z uzasadnień obu wymienionych postanowień wynika, że NUS wstrzymuje zwrot, gdyż: część podatku naliczonego wykazanego we wrześniu 2023 r. była przez Stronę przenoszona od czerwca 2020 r.; we wrześniu 2023 r. Strona ponownie dokonywała transakcji z G. Sp. z o.o. oraz z W.O.; postępowania za wcześniejsze okresy rozliczeniowe pozostają w toku".
W konkluzji Sąd wojewódzki stwierdził, że: "zważywszy na treść decyzji kasatoryjnej DIAS z 12 grudnia 2022 r., są to niewystarczające powody wstrzymywania zwrotu podatku VAT. W zaistniałej sytuacji należałoby oczekiwać przynajmniej wyjaśnienia dlaczego DIAS, mimo uchylenia decyzji wymiarowej dot. podatku VAT od kwietnia do czerwca 2020 r., w dalszym ciągu uznaje za usprawiedliwione wstrzymywanie zwrotu za kolejne okresy rozliczeniowe. Trudno bowiem zrozumieć jakie przesłanki brał pod uwagę organ odwoławczy oceniając postanowienie NUS, które jako powód wstrzymania zwrotu podaje uwzględnienie w rozliczeniu za wrzesień 2023 r. podatku naliczonego przenoszonego przez Stronę na kolejne okresy począwszy od czerwca 2020 r.". Sąd pierwszej instancji uznał, że: zarzut naruszenia art. 87 ust. 2 Uptu okazał się zasadny. DIAS naruszył również, z powodów wskazanych wcześniej, art. 121 § 1 i art. 124 Op. Tych samych naruszeń dopuścił się zresztą NUS z tym jedynie zastrzeżeniem, że jego postanowienie było jeszcze bardziej lakoniczne, gdyż nawiązywało wyłącznie do "rolowanej" (jak się wyraził WSA w Warszawie – przyp. NSA) nadwyżki z czerwca 2020 r., mającej wpływ na kształt rozliczeń we wrześniu 2023 r."
3.7. Odnosząc się do powyższego należy zgodzić się z autorem skargi kasacyjnej, że lektura wydanych w niniejszej sprawie postanowień oraz analzia akt sprawy prowadzi do wniosku, że wbrew stanowisku Sądu zawartym w zaskarżonym wyroku, decyzja wymiarowa NUS wydana za wcześniejsze okresy rozliczeniowe (która została uchylona przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie) nie stanowiła rozstrzygnięcia niniejszej sprawy, ale była jednym z dowodów w toku postępowania zażaleniowego. Ponadto DIAS w zaskarżonym postanowieniu nie wskazywał, że treść ww. decyzji wymiarowej jest dla organu wiążąca i przesądzająca także w zakresie rozliczenia podatku za wrzesień 2023 r. Treść tej decyzji mogła mieć dla sprawy przedłużenia terminu zwrotu podatku za wrzesień 2023 r. znaczenie o tyle, że organ podatkowy pierwszej instancji miał przesłanki, aby przyjąć, że ocena zasadności zwrotu podatku nie jest jeszcze zakończona i konieczne będzie dalsze weryfikowanie zasadności zwrotu podatku. Jak wskazano powyżej, zarówno organ pierwszej jak i drugiej instancji, podał inne niż decyzja wymiarowa powody uzasadniające przedłużenie zwrotu podatku VAT w niniejszej sprawie.
Zauważenia wymaga, że DIAS, uchylając decyzję organu podatkowego pierwszej instancji i przekazując sprawę do ponownego rozpatrzenia, wskazał m.in. na konieczność rzetelnej analizy, a następnie oceny pod względem formalnym oraz merytorycznym nowych dowodów, które przedstawione zostały przez Stronę na etapie postępowania odwoławczego co pominął w swoim uzasadnieniu Sąd pierwszej instancji.
Z powyższego wynika, że Sąd pierwszej instancji uchylił zaskarżone postanowienie DIAS oceniając inne okoliczności niż wskazane w tym postanowieniu, uzasadniające konieczność dalszej weryfikacji zwrotu. Sąd dokonał analizy akt sprawy i na tej podstawie doszedł do wniosku o brakach w uzasadnieniu kontrolowanego rozstrzygnięcia w przedmiocie przedłużenia zwrotu VAT tracąc z pola widzenia argumentację zawartą w tym rozstrzygnięciu oraz poprzedzającym je postanowieniu NUS. Tym samym zasadny okazał się zarzut skargi kasacyjnej dotyczący naruszenia przez WSA art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. w związku z art. 121 § 1, art. 122, art. 124, art. 191 i art. 217 § 2 Ordynacji podatkowej w związku z art. 87 ust. 1 i ust. 2 ustawy o VAT.
3.8. Oceniając zaś wydane w niniejszej sprawie postanowienia stwierdzić należy, że nie naruszały art. 87 ust. 2 ustawy o VAT i art. 121 § 1 oraz art. 124 Ordynacji podatkowej. Omówione powyżej uzasadnienia postanowień, zarówno organu pierwszej jak i drugiej instancji, spełniają wymogi prawa w zakresie podstawy do przedłużenia zwrotu podatku VAT. Zasadnie bowiem organy odwołały się do okoliczności, że kwota spornego zwrotu wynika głównie z nadwyżki podatku naliczonego nad należnym przenoszonej przez Spółkę od czerwca 2020 r., a więc za okres, co do którego NUS prowadzi postępowanie podatkowe. Naczelny Sąd Administracyjny podziela przy tym pogląd autora skargi kasacyjnej, że okoliczność kwestionowania rozliczenia podatkowego za wcześniejsze okresy może uzasadniać przedłużenie terminu zwrotu podatku za okresy późniejsze, w sytuacji gdy występują analogiczne transakcje czy okoliczności, co miało miejsce w niniejszej sprawie. Istotne jest także, że pismem z dnia z dnia 21 listopada 2023 r. (doręczonym w dniu 26 listopada 2023 r.) NUS wezwał Spółkę o przedłożenie dokumentów oraz pisemnych wyjaśnień. Tak zgromadzony materiał dowodowy będzie przedmiotem dalszych czynności badających zasadność wnioskowanego zwrotu. Skoro ww. wezwanie zostało doręczone Spółce w dniu 26 listopada 2023 r., a podstawowy termin zwrotu podatku upływał w dniu 27 grudnia 2023 r. to konieczność przedłużenia terminu weryfikacji tego zwrotu nie może budzić wątpliwości, zważywszy na fakt, że postanowienie NUS z dnia 4 grudnia 2023 r. było pierwszym postanowieniem w przedmiocie przedłużenia zwrotu podatku wydanym w niniejszej sprawie, a więc postanowieniem wydanym na wstępnym etapie weryfikacji zwrotu.
3.9. Mając powyższe na uwadze oraz uznając, że istota sprawy jest dostatecznie wyjaśniona, Naczelny Sąd Administracyjny, działając na podstawie art. 188 p.p.s.a. uchylił zaskarżony wyrok w całości i w oparciu o art. 151 tej ustawy oddalił skargę.
O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 203 pkt 2 w zw. z art. 205 § 2 p.p.s.a.
Elżbieta Olechniewicz Ryszard Pęk Roman Wiatrowski
sędzia WSA (del.) sędzia NSA sędzia NSA