2.9. W podsumowaniu, w odniesieniu do trzech problemów przedstawionych do rozważenia i rozstrzygnięcia przez Naczelny Sąd Administracyjny, Sąd pierwszej instancji stwierdził, że:
- w sprawie nie doszło do naruszenia art. 134 § 1 i 2 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi w związku z art. 234 Ordynacji podatkowej;
- zawieszenie biegu terminu przedawnienia w okresie od 31 stycznia 2014 r. do 25 marca 2015 r. dotyczyło również podatku do zapłaty określonego na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT;
- w dniu wydania i doręczenia zaskarżonej decyzji, tj. 7 listopada 2017 r. i 21 listopada 2017 r., prawnie dopuszczalne było określenie tego podatku.
3. Skarga kasacyjna.
3.1. Od powyższego wyroku Fundacja złożyła skargę kasacyjną, wnosząc o jego uchylenie w całości oraz o uchylenie decyzji Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w części dotyczącej zobowiązania określonego na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT oraz umorzenie postępowania podatkowego w tym zakresie, albo skierowanie sprawy do ponownego rozpatrzenia ze wskazaniem, że organy podatkowe nie mogą wydać decyzji na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, a także o zasądzenie na jej rzecz kosztów postępowania kasacyjnego, w tym kosztów zastępstwa procesowego.
3.2. Zaskarżonemu wyrokowi zarzucono na podstawie art. 174 pkt 2 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi naruszenie przepisów postępowania mających istotny wpływ na wynik sprawy, tj.:
3.2.1. art. 134 § 1 i 2 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi w związku z art. 234 Ordynacji podatkowej, przez zaaprobowanie decyzji organu odwoławczego, która była dla Fundacji mniej korzystna niż dotyczący tego samego okresu prawomocny wyrok z 15 grudnia 2014 r. (sygn. akt III SA/Wa 1153/14), co było skutkiem określenia podatku VAT do zapłaty (na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT), który w ogóle nie został określony w pierwszej decyzji oraz został określony pomimo upływu okresu przedawnienia dla wydania decyzji w tym zakresie.
3.3. Ponadto zaskarżonemu wyrokowi zarzucono na podstawie art. 174 pkt 1 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi naruszenie przepisów prawa materialnego, tj.:
3.3.1. art. 145 § 1 pkt 1 lit. a ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi w związku z art. 70 § 1 i art. 70 § 6 pkt 2 w związku z art. 59 § 1 pkt 9 Ordynacji podatkowej w związku z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, przez ich błędną wykładnię i w konsekwencji niewłaściwe zastosowanie polegające na uznaniu, że w sprawie doszło do zawieszenia biegu terminu przedawnienia (na 1 rok i 16 dni) w zakresie wpłat podatku wykazanego w wystawionych fakturach na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, ze względu na złożenie przez Fundację skargi z 6 marca 2014 r., mimo że zaskarżona wówczas decyzja (a w konsekwencji postępowanie przed Sądem i wydany na jego podstawie wyrok z 15 grudnia 2014 r., III SA/Wa 1153/14) nie obejmowała tego zobowiązania.
3.4. Organ odwoławczy złożył pismo procesowe z 24 marca 2025 r., w którym wniósł o oddalenie skargi kasacyjnej i zasądzenie kosztów zastępstwa procesowego.
4. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje.
4.1. Skarga kasacyjna w podanym w niej zakresie, tj. dotyczącym zgodności z prawem zaskarżonej decyzji, w której określono podatek do zapłaty z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT w związku z art. 70 § 1 i art. 70 § 6 pkt 2 Ordynacji podatkowej, zasługuje na uwzględnienie.
4.2. Przypomnieć należy, że z przyjętych ustaleń wynikało, że Naczelnik Pierwszego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego w Warszawie wydał 27 czerwca 2013 r. wobec Fundacji decyzję, w której określił zobowiązania podatkowe w podatku od towarów i usług za okresy od lutego 2011 r. do kwietnia 2011 r. i decyzją z 31 stycznia 2014 r. Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie utrzymał tą decyzję w mocy.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, wyrokiem z 15 grudnia 2014 r., sygn. akt III SA/Wa 1153/14, uchylił decyzję wydaną w postępowaniu odwoławczym. Z uzasadnienia tego wyroku wynikało, że decyzja ta naruszała w sposób mogący mieć wpływ na wynik sprawy art. 121 § 1, art. 124, art. 127, art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 oraz art. 122 i art. 187 § 1 Ordynacji podatkowej, przy czym zarzuty skargi w zakresie naruszenia przepisów procesowych uznano za zasadne, natomiast przedwczesne było zajmowanie stanowiska w zakresie zarzutów dotyczących naruszenia prawa materialnego.
4.3. Po ponownie przeprowadzonym postępowaniu odwoławczym Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie decyzją z 30 czerwca 2015 r. uchylił decyzję organu pierwszej instancji z 27 czerwca 2013 r. w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia.
Organ pierwszej instancji, decyzją z 6 lipca 2017 r., wydaną po ponownym rozpatrzeniu sprawy, określił Fundacji kwoty zobowiązań podatkowych w podatku od towarów i usług za luty i kwiecień 2011 r. oraz nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny miesiąc za marzec 2011 r., a także podatek do zapłaty na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT.
Decyzją z 7 listopada 2017 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Warszawie, po rozpoznaniu odwołania Fundacji, utrzymał w mocy powyższą decyzję. Przyjął, że bieg terminu zobowiązań podatkowych za okresy rozliczeniowe objęte zaskarżoną decyzją został zawieszony 29 listopada 2016 r. na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej, gdyż wobec Fundacji wszczęto postępowanie karne skarbowe, o czym zawiadomiono ją zgodnie z art. 70c Ordynacji podatkowej. Ponadto w okresie od 31 stycznia 2014 r. do 25 marca 2015 r. bieg terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych był zawieszony w związku z wcześniejszym postępowaniem sądowoadministracyjnym.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w wyroku z 27 czerwca 2019 r., sygn. akt III SA/Wa 250/18, oddalając skargę stwierdził, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego nie wywarło wpływu na bieg terminu przedawnienia, ponieważ nie doszło do skutecznego, spełniającego warunki określone w art. 70c Ordynacji podatkowej, zawiadomienia o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia. Jednakże, według stanu na dzień wydania zaskarżonej decyzji, zobowiązania podatkowe za okresy rozliczeniowe od lutego do kwietnia 2011 r. nie były przedawnione ze względu na spełnienie przesłanki z art. 70 § 6 pkt 2 Ordynacji podatkowej. Podkreślił, że związana z tym możliwość orzekania dotyczyła także podatku do zapłaty z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT.
4.4. W realiach rozpoznawanej sprawy, mając na uwadze wyznaczony przez art. 183 § 1 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi zakres jej rozpoznania, kwestią wymagającą rozstrzygnięcia było wyjaśnienie, czy bieg terminu przedawnienia podatku do zapłaty z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT uległ zawieszeniu, z dniem wniesienia skargi do sądu administracyjnego sprawie o sygn. akt III SA/Wa 1153/14, na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 31 stycznia 2014 r., którą utrzymano w mocy decyzję Naczelnika Pierwszego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego w Warszawie w sprawie określenia Fundacji zobowiązania podatkowego za okresy od lutego 2011 r. do kwietnia 2011 r.
Wiążąca była bowiem – wobec braku skargi kasacyjnej wniesionej przez organ odwoławczy – ocena przyjęta przez Sąd pierwszej instancji, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego nie wywarło wpływu na bieg terminu przedawnienia, ponieważ nie doszło do skutecznego, spełniającego warunki określone w art. 70c Ordynacji podatkowej, zawiadomienia o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia.
4.5. Sąd pierwszej instancji przyjął, że zawieszenie biegu terminu przedawnienia w okresie wyznaczonym zgodnie z art. 70 § 6 pkt 2 i § 7 pkt 2 Ordynacji podatkowej, tj. w okresie poprzedniego postępowania sądowego dotyczyło również podatku do zapłaty określonego na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, mimo że w zaskarżonej wówczas decyzji ten przepis nie został zastosowany. Podkreślił, że jakkolwiek zobowiązanie z tytułu podatku do zapłaty wynikające z zastosowania art. 108 ust. 1 ustawy o VAT charakteryzuje się pewną ograniczoną odrębnością względem zobowiązania podatkowego powstającego na zasadach ogólnych, to pozostaje ściśle z nim związany i w konsekwencji pozostają one w ramach tej samej sprawy podatkowej i sprawy sądowoadministracyjnej.
W rezultacie Sąd pierwszej instancji stwierdził, że skoro także w zakresie podatku do zapłaty (tj. w tym aspekcie rozliczenia za luty, marzec i kwiecień 2011 r.) bieg terminu przedawnienia został zawieszony w okresie od 31 stycznia 2014 r. do 25 marca 2015 r., to organ odwoławczy mógł w jego przedmiocie orzekać.
4.6. Przyjęta przez Sąd pierwszej instancji ocena zastosowania art. 70 § 6 pkt 2 Ordynacji podatkowej byłaby uprawniona, gdyby nie jednoznaczne brzmienie tego przepisu. Stanowi on, że "Bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem wniesienia skargi do sądu administracyjnego na decyzję dotyczącą tego zobowiązania". Ten ostatni zwrot przesądza o tożsamości zobowiązań, których bieg ulega zawieszeniu.
Sąd pierwszej instancji stwierdził, że wprawdzie przedmiotem skargi wniesionej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie w sprawie o sygn. akt III SA/Wa 1153/14 była decyzja w sprawie określenia zobowiązania podatkowego za okresy od lutego 2011 r. do kwietnia 2011 r. i wtedy jeszcze organy podatkowe nie stawiały zarzutów związanych z działalnością startupu "[...]", to jednak zastosowanie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT było objęte sprawą podatkową, w przedmiocie której orzeczono w decyzji z 31 stycznia 2014 r. i sprawą sądowoadministracyjną ze skargi na tę decyzję. Pozostawało to – jak zaznaczył - "w granicach sprawy" w rozumieniu art. 134 § 1 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi.
4.7. Tak szerokie rozumienie "sprawy", o której mowa w art. 134 § 1 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnym i przyjęcie, że przedmiotem decyzji Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 31 stycznia 2014 r. było "milczące" zastosowanie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT jest nieuprawnione.
Zgodnie przyjmuje się w orzecznictwie oraz w piśmiennictwie, że granice orzekania sądu administracyjnego pierwszej instancji wyznacza sprawa administracyjna w znaczeniu materialnym. Na sprawę administracyjną w tym znaczeniu składają się elementy podmiotowe i przedmiotowe, a zatem przy ustalaniu tożsamości sprawy należy badać te właśnie elementy. Tożsamość elementów podmiotowych to tożsamość podmiotu będącego adresatem praw lub obowiązków, a tożsamość przedmiotowa to tożsamość treści tych praw i obowiązków oraz ich podstawy prawnej i faktycznej.
Skarżący przedmiotem skargi może uczynić określony akt, czynność bądź bezczynność z zakresu administracji publicznej w całości lub tylko w części i to tak określony w skardze przedmiot zaskarżenia wyznacza jednocześnie wiążące granice sprawy rozpoznawanej przez sąd (por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z 27 października 2010 r., sygn. akt I OSK 73/10, z 18 maja 2010 r., sygn. akt II OSK 854/09 oraz z 11 kwietnia 2013 r., sygn. akt II OSK 2421/11; dostępne w internetowej bazie orzeczeń sądów administracyjnych: orzeczenia.nsa.gov.pl – dalej CBOSA).
4.8. Odnosząc powyższe do rozpoznawanej sprawy podkreślenia wymaga, że tożsamość przedmiotową sprawy – jak już odnotowano – wyznacza treść praw i obowiązków określonych decyzją oraz ich podstawy faktyczne i prawne. Innymi słowy granicę orzekania przez sąd administracyjny wyznacza przedmiot, jaki został rozstrzygnięty w danym akcie, który stał się przedmiotem skargi do sądu.
W tym kontekście nie budzi wątpliwości to, że przedmiotem decyzji Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 31 stycznia 2014 r., zakończonej wyrokiem Wojewódzkiego Sądu Administracyjny w Warszawie w sprawie o sygn. akt III SA/Wa 1153/14, nie było określenie podatku na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT. Wobec tego jest oczywistym, że – Fundacja wnosząc skargę na powyższą decyzję – nie mogła uczynić tego zagadnienia jej przedmiotem. Przeczy to założeniu przyjętemu przez Sąd pierwszej instancji, że zastosowanie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT pozostawało w granicach rozpoznanej wówczas sprawy.
4.9. Nie budzi wątpliwości to, że art. 108 ust. 1 ustawy o VAT przewiduje samoistną formę powstania obowiązku podatkowego w efekcie samego wystawienia faktury wskazującej kwotę podatku od towarów i usług i jego źródłem nie jest jedna z czynności podlegających opodatkowaniu.
Wprawdzie przewidziany w tym przepisie "obowiązek zapłaty" jest zobowiązaniem wynikającym z ustawy o podatku od towarów i usług, będącym efektem samego wystawienia faktury wskazującej kwotę podatku od towarów i usług, to jednak – co przyznaje także Sąd pierwszej instancji – "(...) charakteryzuje się on pewną ograniczoną odrębnością względem zobowiązania podatkowego powstającego na zasadach ogólnych".
Ta nawet "ograniczona odrębność" podatku do zapłaty przesądza o tym, że w świetle art. 70 § 6 pkt 2 Ordynacji podatkowej bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem wniesienia skargi do sądu administracyjnego na decyzję, której przedmiotem jest określenie podatku do zapłaty na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT. Przesądza o tym kategoryczny zwrot użyty w treści art. 70 § 6 pkt 2 Ordynacji podatkowej, w którym mowa jest o "decyzji dotyczącej tego zobowiązania", który nie może podlegać wykładni rozszerzającej.
Innymi słowy; przepis powyższy nie znajdzie zastosowania, jeżeli przedmiotem skargi do sądu administracyjnego będzie decyzja, w której nie określono podatku do zapłaty na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT.
4.10. Sąd pierwszej instancji, przedstawiając charakter prawny "podatku do zapłaty", o którym mowa w art. 108 ust. 1 ustawy o VAT przywołał w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku pogląd przedstawiony w uzasadnieniu wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z 24 lutego 2023 r., sygn. akt I FSK 424/19 (dostępny w CBOSA).
W uzasadnieniu tego wyroku wyjaśniono, że "Skoro w zaskarżonej decyzji wydanej na podstawie art. 233 § 1 pkt 2 lit. a ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2017 r. poz. 201 z późn. zm.) organ odwoławczy stwierdził, że na podstawie art. 70 § 1 tej ustawy doszło do przedawnienia zobowiązania podatkowego za okres objęty rozliczeniem, to nie było już prawnie dopuszczalne wydanie decyzji na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (tj.: Dz. U. z 2011 r. Nr 177, poz. 1054 z późn. zm.)".
Wyjaśniono między innymi – na potrzeby rozpoznawanej sprawy – że brak jest podstaw do uznania, że użyte w art. 108 ust. 1 ustawy o VAT pojęcie "obowiązek zapłaty podatku" wykazanego w fakturze należy rozumieć w sposób odrębny od pojęcia "zobowiązania podatkowego" oraz że "(...) wszelkie skutki materialnoprawne i procesowe uregulowane w przepisach [O.p.] dotyczące zobowiązania podatkowego, w tym także dotyczące przedawnienia zobowiązania podatkowego, należy odnosić również do obowiązku uregulowanego w tym przepisie (tj. art. 108 ust. 1 ustawy o VAT".
4.11. Sąd pierwszej instancji nie dostrzegł jednak, że przedstawiona wyżej wykładnia dotyczyła możliwości stosowania wobec "podatku do zapłaty", o którym mowa w art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, przepisów Ordynacji podatkowej normujących przedawnienie zobowiązania podatkowego, w tym przepisu art. 70 § 1. Nie przyjęto w niej natomiast, że jest to zobowiązanie tożsame z zobowiązaniem podatkowym określonym przez organ podatkowy w innej kwocie niż wynikająca z deklaracji podatkowej (art. 99 ust. 12 ustawy o VAT).
Należy także wyraźnie odnotować, że w żadnym fragmencie uzasadnienia wyroku z 24 lutego 2023 r., sygn. akt I FSK 424/19 nie przeprowadzono wykładni art. 70 § 6 pkt 2 Ordynacji podatkowej w kontekście tożsamości zobowiązania podatkowego powstającego na zasadach ogólnych z "podatkiem do zapłaty", o którym mowa w art. 108 ust. 1 ustawy o VAT.
4.12. W podsumowaniu tej części uzasadniania Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, że zasadnym okazał się podniesiony w pkt 3.3.1. skargi kasacyjnej zarzut naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. a ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi w związku z art. 70 § 1 i art. 70 § 6 pkt 2 w związku z art. 59 § 1 pkt 9 Ordynacji podatkowej w związku z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT.
W zarzucie tym trafnie podniesiono, że przedmiotem decyzji Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 31 stycznia 2014 r. było wyłącznie "rozliczenie podatku od towarów i usług za miesiące od lutego do kwietnia 2011 r." i nie określono w niej podatku do zapłaty na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT. Tym samym – wbrew temu co przyjął Sąd pierwszej instancji – wniesiona przez Fundację skarga do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie na tą decyzję nie mogła spowodować na podstawie art. 70 § 6 pkt 2 Ordynacji podatkowej zawieszenia biegu terminu przedawnienia podatku do zapłaty z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT.
4.13. Ponieważ usprawiedliwiony okazał się zarzut podniesiony w pkt 3.3.1. skargi kasacyjnej, polegający naruszeniu art. 145 § 1 pkt 1 lit. a ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi w związku z art. 70 § 1 i art. 70 § 6 pkt 2 w związku z art. 59 § 1 pkt 9 Ordynacji podatkowej w związku z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, polegający na przyjęciu w sprawie doszło do zawieszenia biegu terminu przedawnienia (na 1 rok i 16 dni) w zakresie wpłat podatku wykazanego w wystawionych fakturach na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, ze względu na złożenie przez Fundację skargi z 6 marca 2014 r., mimo że zaskarżona wówczas decyzja (a w konsekwencji postępowanie przed Sądem i wydany na jego podstawie wyrok z 15 grudnia 2014 r., III SA/Wa 1153/14), Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że stan prawny i faktyczny sprawy dotyczący podstaw do zastosowania art. 108 ust. 1 ustawy o VAT został dostatecznie wyjaśniony i nie pozostawia wątpliwości.
4.14. Z podanych wyżej względów, na podstawie art. 188 oraz art. 145 § 1 pkt 1 lit. a ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, uchylił zaskarżony wyrok w całości oraz uchylił zaskarżoną decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie z 7 listopada 2017 r., nr 1401-IOV-2.4103.231.2017.APW w części utrzymującej w mocy pkt 3 decyzji Naczelnika Pierwszego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego w Warszawie z dnia 6 lipca 2017 r. nr 1471/PP-3/4213-26/15/TS/EP o ustaleniu na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT kwoty podatku podlegające wpłacie do właściwego urzędu skarbowego.
4.15 Orzeczenie o zwrocie kosztów postępowania sądowego za obie instancje wydano na podstawie art. 200 oraz art. 203 pkt 1 w związku z art. 205 § 2 pkt 1 lit. a ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi.
Mariusz Golecki Ryszard Pęk Elżbieta Olechniewicz
sędzia NSA sędzia NSA sędzia WSA del.
-----------------------
2