Uzasadnienie
1. Wyrok sądu pierwszej instancji
1.1. Wyrokiem z 12 września 2024 r., sygn. akt III SAB/Wa 31/24, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie (sąd pierwszej instancji) w sprawie ze skargi P. sp. z o.o. sp.k. z siedzibą w P. (dalej: skarżąca spółka) stwierdził, że Naczelnik Urzędu Skarbowego w Pruszkowie dopuścił się przewlekłego prowadzenia postępowania podatkowego w sprawie rozliczenia podatku od towarów i usług za listopad 2020 r., które miało miejsce z rażącym naruszeniem prawa oraz zobowiązał organ do zakończenia postępowania podatkowego w terminie trzech miesięcy od dnia doręczenia prawomocnego wyroku wraz z aktami sprawy oraz przyznał od Naczelnik Urzędu Skarbowego w Pruszkowie na rzecz spółki sumę pieniężną w wysokości 2 000 zł (wyrok dostępny jest w internetowej bazie orzeczeń sądów administracyjnych CBOSA na stronie https://orzeczenia.nsa.gov.pl).
2. Skarga kasacyjna
2.1. W wywiedzionej od powyższego wyroku skardze kasacyjnej Naczelnik Urzędu Skarbowego w Pruszkowie zaskarżył go w całości, zarzucając na podstawie art. 174 pkt 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2019 r. poz. 2325 ze zm., dalej: "P.p.s.a.") naruszenie następujących przepisów postępowania:
1) art. 149 § 1 pkt 1 i 3 P.p.s.a. w zw. z art. 141 § 4 P.p.s.a. w zw. z art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2011 r. Nr 177, poz. 1054 ze zm., dalej: "ustawa o VAT") w zw. z art. 125 § 2 ustawy z dnia 21 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2018 r. poz. 800 ze zm.; dalej: O.p.) w zw. z art. 187 § 1 O.p. poprzez nieuwzględnienie przez sąd pierwszej instancji skomplikowanego charakteru sprawy - tj. konieczności przeprowadzenia obszernego postępowania dowodowego w celu weryfikacji rzetelności transakcji handlowych wykazywanych przez skarżącą spółkę i jej kontrahentów oraz ustalenia poprawności rozliczeń w podatku od towarów i usług, które to naruszenie miało istotny wpływ na wynik sprawy albowiem skutkowało uznaniem, że organ prowadził postępowanie podatkowe w sposób przewlekły;
2) art. 149 § 1a i art. 149 § 2 P.p.s.a. w zw. z art. 139 § 1 O.p. w zw. z art. 140 § 1 O.p. w zw. z art. 122 O.p. oraz w zw. z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT poprzez uznanie, że przewlekłe prowadzenie postępowania podatkowego miało miejsce z rażącym naruszeniem prawa, w sytuacji gdy organ podatkowy od dnia wydania postanowienia o wszczęciu postępowania podatkowego tj. 27 września 2021 r. do lipca 2024 r. przeprowadził szereg istotnych czynności procesowych - zarówno z urzędu jaki i na wniosek spółki, co z uwagi na skomplikowany charakter sprawy wymagało dużego nakładu pracy i zaangażowania innych organów oraz wiązało się z koniecznością przedłużenia czasu trwania postępowania o czym strona każdorazowo była informowana, przy czym ww. naruszenie miało istotny wpływ na wynik sprawy ponieważ w konsekwencji skutkowało przyznaniem przez sąd pierwszej instancji na rzecz strony przeciwnej sumy pieniężnej w wysokości 2 000 zł.
W związku z tak postawionymi zarzutami wniesiono o uchylenie zaskarżonego wyroku i orzeczenie co istoty sprawy poprzez rozpoznanie skargi przez Naczelny Sąd Administracyjny tj. oddalenie skargi w całości lub w przypadku uznania, że skarżący prowadził postępowanie w sposób przewlekły o uchylenie wyroku sądu pierwszej instancji w pkt 1 i 3, 4 i rozpoznanie skargi w tym zakresie - tj. stwierdzenie, że przewlekłość postępowania nie miała charakteru rażącego naruszenia prawa oraz odstąpienie od przyznania na rzecz strony przeciwnej sumy pieniężnej w wysokości 2 000 zł. Organ wniósł także o zasądzenie zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych.