3. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
3.1. Skarga kasacyjna nie ma usprawiedliwionych podstaw, przez co rozpoznawany środek odwoławczy nie zasługuje na uwzględnienie.
3.2. Przede wszystkim podkreślić należy, że stan faktyczny ustalony w sprawie jest w istocie bezsporny. Z poczynionych przez organy podatkowe ustaleń wynika m.in., że w kontrolowanym okresie skarżący wystawił na rzecz R.R. 250 faktur VAT niedokumentujących rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, tzw. pustych faktur sensu stricto (wystawieniu których nie towarzyszyło w rzeczywistości dokonanie przez wystawcę — skarżącego — na rzecz ww. kontrahenta dostawy towarów — półtusz wieprzowych, ani świadczenia usług) i wprowadził te faktury do obrotu prawnego (kontrahent skorzystał na podstawie tych faktur z prawa do odliczenia podatku naliczonego). Następnie we wrześniu 2017 r. — już po zainicjowaniu działań kontrolnych u kontrahenta i związanych z tym czynności sprawdzających u skarżącego — wystawił on faktury korygujące do ww. faktur sprzedaży. W związku z otrzymaniem przedmiotowych korekt faktur R.R. skorygował swoje rozliczenia i uiścił zaległość podatkową wraz z odsetkami za zwłokę.
Materiał dowodowy sprawy w opisanym zakresie nie budzi żadnych wątpliwości. Powyższe fakty potwierdził zarówno sam skarżący, jak i jego kontrahent.
Na tle tego stanu faktycznego powstał jednak spór co do tego, czy w związku z ujawnionym wystawieniem przez stronę nierzetelnych faktur sprzedaży, do przedmiotowych faktur znajdzie zastosowanie regulacja z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT. Takie stanowisko zajęły organy podatkowe i zaaprobował je sąd pierwszej instancji. Kwestionuje je natomiast skarżący, akcentując zarówno w skardze, jak i skardze kasacyjnej, że wystawiając faktury korygujące, na podstawie których nabywca skorygował pierwotne odliczenie podatku naliczonego z nierzetelnych faktur i zapłacił zaległość podatkową, strona wyeliminowała ryzyko uszczupleń budżetowych.
Stanowiska skarżącego nie sposób jednak zaakceptować.
3.3. Zgodnie z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT w przypadku gdy osoba prawna, jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej lub osoba fizyczna wystawi fakturę, w której wykaże kwotę podatku, jest obowiązana do jego zapłaty.
W orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego wskazuje się, że dla prawidłowej wykładni powyższego przepisu konieczna jest analiza orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (dalej "TSUE"), które zapadło na gruncie art. 203 dyrektywy 112, jak też wcześniej obowiązującego przepisu odpowiadającego tej regulacji — tj. art. 21 ust. 1 lit. c) Szóstej Dyrektywy Rady 77/388/EWG z 17 maja 1977 r. w sprawie harmonizacji ustawodawstw Państw Członkowskich w odniesieniu do podatków obrotowych wspólny system podatku od wartości dodanej: ujednolicona podstawa wymiaru podatku (Dz. Urz. z 1977 r. L 145/1, ze zm.), których art. 108 ust. 1 ustawy o VAT stanowi implementację. (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 17 lipca 2018 r., sygn. akt I FSK 1415/16; CBOSA). Powołany przepis dyrektywy stanowi, że każda osoba, która wykazuje VAT na fakturze, jest zobowiązana do jego zapłaty.
Głębokiej analizy treści art. 203 dyrektywy 112 Trybunał dokonał m.in. w wyroku z 11 kwietnia 2013 r. w sprawie C-138/12 Rusedespred [ECLI:EU:C:2013:233].
Na tle tego wyroku w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego prezentowany jest pogląd, że przepis art. 108 ust. 1 ustawy o VAT dotyczy każdego podmiotu wystawiającego fakturę obejmującą VAT w zarówno w sytuacji, kiedy czynność nie podlega temu podatkowi, jak i jeśli jest od podatku zwolniona, i wiąże się z oceną charakteru tej należności, w ten sposób, że nie jest podatek należny z tytułu dokonania jednej z czynności podlegającej opodatkowaniu, a wymienionej w art. 5 (wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 30 stycznia 2009 r., sygn. akt I FSK 1658/07; CBOSA). Zdarzeniem rodzącym obowiązek zapłaty danej kwoty nie jest wykonanie określonej czynności, ale sam fakt wystawienia faktury, w której została wykazana kwota podatku (por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego: z 1 września 2011 r., sygn. akt I FSK 1126/10; z 4 lipca 2012 r., sygn. akt I FSK 1277/11; z 6 lutego 2013 r., sygn. akt I FSK 610/12; CBOSA). Nie jest przy tym istotne, z jakiego powodu podatnik wykazał w fakturze nienależną kwotę podatku albo kwotę podatku wyższą od należnej. Przyczyną takiego zachowania może być np. nieświadomy błąd, niepewność co do istnienia obowiązku podatkowego, a nawet świadome wystawienie faktury potwierdzającej fikcyjny obrót towarów czy rzekome wykonanie usług (por. wyrok Naczelnego Sadu Administracyjnego z 6 lutego 2013 r., sygn. akt I FSK 610/12; CBOSA). W orzeczeniu w sprawie C-138/12 Rusedespred, Trybunał stwierdził m.in., że postanawiając, że VAT wykazany na fakturze jest należny, art. 203 dyrektywy 2006/112 ma na celu eliminację ryzyka uszczuplenia dochodów podatkowych, jakie może powodować prawo do odliczenia przewidziane w art. 167 i nast. tej dyrektywy (pkt 24 wyroku i powołane tam orzecznictwo). Przyjmuje się też, że przepis art. 108 ustawy o VAT ma zapobiegać nadużyciom w systemie VAT i należy stosować go z uwzględnieniem analizy, czy zaistniała sytuacja wytworzona faktem wystawienia faktury, o której mowa w tym przepisie, niesie za sobą ryzyko jakiegokolwiek obniżenia wpływów z tytułu podatków, zgodnie z zasadą neutralności VAT (por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego: z 18 kwietnia 2012 r., sygn. akt I FSK 813/11, CBOSA; z 11 marca 2010 r., I sygn. akt FSK 267/09, ONSAiWSA 2011/4/80). Konsekwentnie prezentowany jest też pogląd, że przepis art. 108 ust. 1 ustawy o VAT dotyczy każdego przypadku wystawienia faktury obejmującej podatek VAT w sytuacji, kiedy czynność nie podlega temu podatkowi, jest od podatku zwolniona albo dokumentuje transakcję fikcyjną.
3.4. W zakresie przesłanki negatywnej zastosowania art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, tj. wyeliminowania ryzyka uszczupleń budżetowych, w wyroku w sprawie C-138/12 Rusedespred TSUE ponownie podkreślił, że dyrektywa 112 nie zawiera przepisów dotyczących dokonania przez wystawcę faktury korekty VAT bezzasadnie wykazanego w fakturze, w związku z czym to do państw członkowskich należy określenie zasad, na jakich można dokonać korekty VAT bezzasadnie wykazanego w fakturze (pkt 25). Przypomniał ponadto, że w celu zapewnienia neutralności VAT to do państw członkowskich należy ustanowienie w ich wewnętrznych porządkach prawnych możliwości skorygowania wszystkich bezzasadnie wykazanych na fakturze podatków, o ile wystawca faktury wykaże swoją dobrą wiarę (pkt 26). Jednocześnie TSUE, przytaczając wcześniejsze swoje orzeczenia, ponownie podkreślił, że jeśli wystawca faktury we właściwym czasie w pełni wyeliminował niebezpieczeństwo uszczuplenia dochodów podatkowych, zasada neutralności VAT wymaga, by bezzasadnie wykazany na fakturze VAT mógł podlegać korekcie, bez wymagania przez państwo członkowskie dobrej wiary wystawcy faktury. Prawo do korekty w takiej sytuacji nie może być uzależnione od dyskrecjonalnej oceny organów podatkowych (zob. ww. wyroki: w sprawie Schmeink & Cofreth i Strobel, pkt 58, 68; a także w sprawie Stadeco, pkt 37, 38).
Powyższe stanowisko jest w pełni akceptowane w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego. Przykładowo można wskazać na wyroki: z 18 kwietnia 2012 r., sygn. akt I FSK 813/11; z 20 grudnia 2012 r., sygn. akt I FSK 172/12; z 29 maja 2013 r., sygn. akt I FSK 1075/12; z 13 września 2013 r., sygn. akt I FSK 1309/12; z 9 stycznia 2014 r., sygn. akt I FSK 14/13 i I FSK 159/13; z 13 czerwca 2014 r., sygn. akt I FSK 1021/13; z 20 lutego 2019 r., sygn. akt I FSK 83/17; CBOSA.
3.5. Przenosząc powyższe uwagi na grunt rozpoznawanej sprawy, wskazać należy po pierwsze, że jak wynika ze zgromadzonego w sprawie materiału dowodowego, wystawiając zakwestionowane nierzetelne faktury sprzedaży, skarżący bez wątpienia wiedział, że nie dokumentują one rzeczywistych dostaw towaru na rzecz kontrahenta, tj. działał w złej wierze. Tymczasem jak wskazuje TSUE, w celu zapewnienia neutralności VAT państwa członkowskie powinny ustanowić możliwość skorygowania wszystkich bezzasadnie wykazanych na fakturze podatków, o ile wystawca faktury wykaże swoją dobrą wiarę (pkt 26 wyroku z 11 kwietnia 2013 r. w sprawie C-138/12). Już zatem tylko z tego względu (działania w złej wierze) nieuzasadnione jest powoływanie się przez skarżącego na swoistą ochronę wynikającą z zasady neutralności VAT.
Po drugie nie sposób też uznać, że skarżący wyeliminował w odpowiednim czasie ryzyko powstania uszczupleń budżetowych, wynikłe z wystawienia przez niego pustych faktur, co w świetle wyroku TSUE w sprawie C-138/12 (pkt 27) uniezależnia możliwość korekty od pozostawania podatnika w dobrej wierze. W tym zakresie trafnie zwracają uwagę organy podatkowe na chronologię zdarzeń zaistniałych w stanie faktycznym sprawy.
Otóż sporne faktury były wystawiane przez skarżącego od 2 października 2015 r. do 12 czerwca 2017 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego Warszawa-Wawer 18 lipca 2017 r. wszczął kontrolę podatkową wobec R.R. w zakresie sprawdzenia prawidłowości rozliczeń z budżetem państwa w zakresie podatku od towarów i usług za okres od 1 do 31 maja 2017 r. oraz sprawdzenia aktualizacji danych rejestracyjnych. W toku tej kontroli, 21 lipca 2017 r., kontrolujący wystąpili do Naczelnika Urzędu Skarbowego w Płocku (dalej "naczelnik urzędu skarbowego" lub "organ pierwszej instancji") z wnioskiem o przeprowadzenie w analogicznym zakresie kontroli u kontrahenta kontrolowanego, tj. skarżącego. Wniosek ten został zrealizowany w formie czynności sprawdzających, w ramach których naczelnik urzędu skarbowego, pismem z 27 lipca 2017 r. wezwał skarżącego do przedłożenia dokumentów dotyczących transakcji zawartych z R.R. w okresie od 1 do 31 maja 2017 r. Wezwanie zostało doręczone w trybie art. 150 § 4 o.p. i pozostało bez odpowiedzi. Następnie 1 września 2017 r. skarżący został ponownie wezwany do przedłożenia ww. dokumentów i złożenia wyjaśnień. W odpowiedzi 18 września 2017 r. przedłożył częściową dokumentację oraz złożył pisemne wyjaśnienia, w których potwierdził fakt dokonania m.in. transakcji sprzedaży półtusz wieprzowych udokumentowanych spornymi fakturami wystawionymi w maju 2017 r. Przesłał także wystawione 12 września 2017 r. korekty faktur wystawionych m.in. na rzecz R.R. Następnie 20 września 2017 r. pracownicy Urzędu Skarbowego w Płocku skontaktowali się z pełnomocnikiem skarżącego, informując o potrzebie złożenia pozostałych dokumentów oraz dodatkowych wyjaśnień (m.in. w zakresie przyczyn wystawienia faktur korygujących). Mimo zobowiązania się pełnomocnika do przedstawienia dokumentów i wyjaśnień do 22 września 2017 r., żądane materiały nie zostały przedłożone. Dalsze próby kontaktu telefonicznego ze stroną oraz jej pełnomocnikiem okazały się bezskuteczne. W odpowiedzi zaś na kolejne wezwanie naczelnika urzędu skarbowego (z 3 października 2017 r. — do przedłożenia ewidencji zakupów/sprzedaży za maj 2017 r. po korekcie deklaracji za maj 2017 r. wraz z wyjaśnieniem przyczyn korekty, a także o wskazanie powodu wystawienia faktur korygujących i wyjaśnienie, co stało się z zakupionym/sprzedanym towarem), skarżący tego samego dnia drogą elektroniczną przesłał wyjaśnienie, że faktury z okresu od 1 do 31 maja 2017 r. zostały skorygowane, a transakcja nie odbyła się, składając jednocześnie tzw. czynny żal.
W tym stanie rzeczy nie sposób zgodzić się ze skarżącym, że dokonana przez niego we wrześniu 2017 r. korekta faktur sprzedaży wystawionych w maju 2017 r. oraz w pozostałych miesiącach kontrolowanego okresu została dokonana z inicjatywy własnej skarżącego oraz we właściwym czasie, eliminując ryzyko powstania uszczupleń budżetowych wywołanych uprzednim wystawieniem nierzetelnych faktur. Jak bowiem wynika z akt sprawy, dopiero ok. 2 miesiące po wszczęciu u swojego kontrahenta kontroli podatkowej, która ujawniła proceder wprowadzania przez stronę do obrotu niespornie pustych faktur, strona 12 i 20 września 2017 r. wystawiła faktury korygujące, mające usunąć wcześniejsze nieprawidłowości. Wcześniej jednak, odpowiadając na wezwanie organu podatkowego w piśmie z 1 września 2017 r., potwierdziła nieprawdziwe transakcje, a następnie unikała kontaktu z organem podatkowym.
Trafnie podnosi organ w piśmie procesowym z 30 czerwca 2025 r., że nie można zgodzić się z autorem skargi kasacyjnej, że skarżący z własnej inicjatywy, uprzedzając działania organów podatkowych, skorygował nierzetelne faktury, w szczególności odnośnie okresów od 2015 r. do kwietnia 2017, gdyż kontrola podatkowa wszczęta u R.R. obejmowała jedynie maj 2017 r. W toku przedmiotowej kontroli bowiem organ podatkowy uzyskał od kontrolowanego oraz od jego pracowników informacje, że proceder wystawiania i rozliczania pustych faktur z udziałem skarżącego rozpoczął się już w październiku 2015 r. Nie sposób zatem zgodzić się, że strona, wystawiając faktury korygujące we wrześniu 2017, wyprzedziła organ podatkowy w wykryciu nieprawidłowości dotyczących okresu od października 2015 r. do kwietnia 2017 r. Wbrew ocenie skarżącego, nie można uznać, by on sam, bez inicjatywy organów, zapobiegł w odpowiednim czasie i całkowicie niebezpieczeństwu uszczuplenia dochodów podatkowych.
Również zatem z tego względu zastosowanie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT do spornych faktur było zasadne.
3.7. Zastosowaniu ww. regulacji wobec skarżącego nie stoi przy tym na przeszkodzie okoliczność, że jego kontrahent (tj. odbiorca nierzetelnych faktur) na podstawie otrzymanych od strony faktur korygujących, skorygował swoje pierwotne rozliczenie i uiścił ujawnioną w ten sposób zaległość podatkową wraz z odsetkami za zwłokę. W takiej sytuacji, zdaniem skarżącego, nałożenie na niego obowiązku zapłaty podatku na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT jest sprzeczne z zasadą neutralności i proporcjonalności.
Powtórzyć zatem należy, że w sytuacji gdy podatnik działając w złej wierze, wystawia i wprowadza do obrotu faktury nieodzwierciedlające rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, po czym choć koryguje te faktury, to robi to wyłącznie w wyniku ujawnienia tego działania przez organy podatkowe, nie jest uprawniony do powoływania się na ochronę wynikającą z zasady neutralności VAT. Nie do zaakceptowania jest bowiem sytuacja, że podatnik świadomie przez okres ok. 2 lat wystawia 250 "pustych faktur" na łączną kwotę ponad 30.000.000 zł netto, a następnie — po ujawnieniu tego procederu — dokonuje korekt tych faktur, twierdząc tym samym, że zapobiegł uszczupleniem podatkowym, bo jednocześnie jego kontrahent skorygował swoje rozliczenia i zapłacił zaległy podatek waz z odsetkami. Podkreślić należy, że działanie kontrahenta skarżącego również było determinowane ujawnieniem nieprawidłowości w jego rozliczeniu przez organy podatkowe. Również istotne jest to, że wystawienie przedmiotowych faktur nie było konsekwencją błędnej kwalifikacji czynności przez skarżącego, lecz świadomym i celowym jego działaniem. Jak wynika z akt sprawy skarżący uczestniczył bowiem w procederze wystawiania fikcyjnych faktur przez niego i na jego rzecz. Dopiero reakcja organów podatkowych sprawiła, że je skorygował.
3.8. Podsumowując, Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, że nie były zasadne zarzuty kasacyjne dotyczące naruszenia przepisów prawa materialnego.
3.9. Odnosząc się natomiast do pozostałych zarzutów kasatora o charakterze procesowym, Naczelny Sąd Administracyjny za chybiony uznał zarzut dotyczący braku rozpoznania sprawy w całości. Pomimo że sąd pierwszej instancji w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku zawarł sformułowanie mogące wskazywać na ograniczenie zakresu sporu do rozliczenia za wrzesień 2017 r., z całokształtu uzasadnienia tego wyroku niewątpliwie wynika, że ocenie sądu podlegała decyzja organu w całości i uwzględnił on wszystkie aspekty faktyczne i prawne sprawy.
Zarzut sporządzenia wadliwego uzasadnienia wyroku nie zasługiwał na uwzględnienie z powodów wyjaśnionych powyżej, w części dotyczącej wykładni art. 108 ust. 1 ustawy o VAT. Wykładnia tego przepisu dokonana przez sąd pierwszej instancji odpowiada bowiem rozważaniom przedstawionym w pkt 3.3. i 3.4. uzasadnienia niniejszego wyroku.
Nie były trafne także zarzuty naruszenia art. 120, art. 121 § 1, art. 124, art. 125, art. 180 § 1, art. 181, art. 187 § 1, art. 188, art. 191 i art. 192 o.p. z powodów wskazanych przez kasatora. Ocena, że podjęcie przez skarżącego działań w zakresie korekty pustych faktur nastąpiło w wyniku czynności organów podatkowych oraz że skarżący nie zapobiegł w odpowiednim czasie ryzyku uszczuplenia dochodów budżetowych jest w pełni uprawniona w świetle zgromadzonego w sprawie materiału dowodowego. To zaś, czy skarżący kontynuowałby proceder wystawiania pustych faktur, gdyby nie interwencja organów podatkowych, pozostaje bez znaczenia dla sprawy.
3.10. Mając zatem na uwadze bezzasadność wszystkich zarzutów kasacyjnych, Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 184 p.p.s.a. oddalił skargę kasacyjną strony.
O kosztach postępowania orzeczono na podstawie art. 204 pkt 1 w zw. z art. 205 § 2 p.p.s.a. w zw. z § 14 ust. 1 pkt 2 lit. c) w zw. z § 14 ust. 1 pkt 1 lit. a) w zw. z § 2 pkt 7 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz. U. z 2023 r. poz. 1935).
Adam Nita Janusz Zubrzycki Arkadiusz Cudak