Wyrok NSA z dnia 03 grudnia 2025, sygn. I FSK 561/25

4.3. Przytoczenie powyższej zasad, w oparciu o które prowadzone jest postępowanie kasacyjne było konieczne, bowiem Sąd dostrzegł, że ani w treści podniesionego zarzutu, ani w jego uzasadnieniu nie wskazano, na czym miało polegać w niniejszej sprawie naruszenie przepisów art. 122, art. 187 § 1 i art. 191 o.p. Biorąc pod uwagę fakt, że Autor skargi kasacyjnej nie wyjaśnił w żaden sposób związku wskazanych przepisów z treścią zarzutu, jak również, że ich naruszenie przez organ nie zostało stwierdzone w zaskarżonym orzeczeniu przez Sąd pierwszej instancji, a także uwzględniając, że przepisy art. 187 § 1 i art. 191 o.p. dotyczą postępowania dowodowego, którego organ w sprawie nie prowadził, bowiem odmówił wszczęcia postępowania, należy uznać, że w tym zakresie wskazany zarzut nie poddaje się kontroli kasacyjnej.

4.4. Przechodząc zatem do oceny tej części zarzutu, która poddaje się kontroli Naczelnego Sądu Administracyjnego, stwierdzić należy, że nie zasługuje on na uwzględnienie. Zgodnie z art. 165a § 1 zd. 1 (zd. 2 powołanego przepisu nie ma znaczenia dla rozstrzygnięcia niniejszej sprawy), gdy żądanie, o którym mowa w art. 165, zostało wniesione przez osobę niebędącą stroną lub z jakichkolwiek innych przyczyn postępowanie nie może być wszczęte, organ podatkowy wydaje postanowienie o odmowie wszczęcia postępowania. W orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego podkreśla się, że użyte w art. 165a § 1 o.p. wyrażenie "nie może być wszczęte z innych przyczyn" należy odnieść do sytuacji, gdy wszczęciu postępowania podatkowego stoi na przeszkodzie przepis prawa, bądź poszczególne przepisy, których wykładnia uniemożliwia prowadzenie tego postępowania i rozpatrzenia treści żądania w sposób merytoryczny (tak m.in. wyrok z dnia 25 września 2019 r., I FSK 1335/17), a ponadto, że muszą to być sytuacje, które w sposób oczywisty stanowią przeszkodę do wszczęcia postępowania, bowiem dyspozycja normy wyrażonej w art. 165a § 1 o.p. stanowi wyłącznie podstawę do oceny formalnej, a nie do rozstrzygania kwestii mających źródło w przepisach prawa materialnego (wyrok z dnia 16 lipca 2021 r., II FSK 2381/20). Art. 165a § 1 o.p. ma zatem zastosowanie tylko w przypadku, gdy z żądania wszczęcia postępowania w sposób oczywisty wynika, iż postępowanie to nie może być wszczęte. Natomiast w sytuacji, gdy ustalenie to wymaga podjęcia określonych czynności, czy dokonania złożonego procesu wykładni przepisów prawa, mogą być one dokonane wyłącznie w toku postępowania podatkowego (por. wyroki: WSA w Krakowie z dnia 9 sierpnia 2017 r., I SA/Kr 591/17 oraz WSA w Olsztynie z dnia 10 maja 2017 r., I SA/Ol 184/17).

4.5. Przenosząc powyższe rozważania na grunt rozpatrywanej sprawy, należy stwierdzić, że w zaskarżonym postanowieniu DIAS dopuścił się oczywistej obrazy przywołanego przepisu, w sposób mający wpływ na wynik sprawy, co słusznie dostrzegł Sąd pierwszej instancji. Niewątpliwie bowiem organ wykroczył poza formalną ocenę dopuszczalności wszczęcia postępowania na skutek wniosku Skarżącej, dokonując oceny merytorycznej tego wniosku i stwierdzając, że w sprawie nie wystąpiła nadpłata. Ocena taka zaś nie może zostać zawarta w postanowieniu odmawiającym wszczęcia postępowania w sprawie, jako obejmująca kwestie dotyczące przepisów prawa materialnego. W istocie można stwierdzić, że DIAS przeprowadził już w sprawie postępowanie podatkowe w pewnym zakresie, a następnie zakończył je postanowieniem o odmowie wszczęcia takiego postępowania, co w oczywisty sposób nie mogło znaleźć aprobaty Sądu. W sytuacji, gdy organ uznał, że zachodzą podstawy do dokonania merytorycznej oceny wniosku Skarżącej, winien wszcząć postępowanie podatkowe i wydać stosowną decyzję, jeżeli zaś w toku postępowania stwierdziłby jego bezprzedmiotowość, to dysponuje możliwością wydania decyzji o jego umorzeniu.

4.6. Rację ma również Sąd pierwszej instancji stwierdzając, że zasadnicza zmiana podstaw i motywów rozstrzygnięcia dokonana przez organ odwoławczy stanowiła naruszenie zasady dwuinstancyjności postępowania zawartej w art. 127 o.p. DIAS oparł bowiem swoje rozstrzygnięcie przede wszystkim na uznaniu, że w sprawie nie mamy do czynienia z nadpłatą w rozumieniu przepisów o.p. i ustawy o PTU, która to kwestia w ogóle nie była przedmiotem rozważań organu I instancji. Co za tym idzie organ odwoławczy uniemożliwił stronie jakiekolwiek odniesienie się do przedstawionej argumentacji, co nie może znaleźć aprobaty Sądu.

4.7. Mając na uwadze powyższe okoliczności, Sąd pierwszej instancji prawidłowo uznał, że zaskarżone postanowienie wydano z naruszeniem art. 165a § 1 i art. 127 o.p. w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy i uchylając je nie uchybił art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a.

5.1. Za częściowo zasadny należy uznać zarzut naruszenia art. 79 § 2 o.p. w związku z art. 70 § 1 i art. 75 § 3 o.p. w związku z art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy o Covid, jednakże okazał się on słuszny jedynie w stopniu nieuzasadniającym uchylenia zaskarżonego wyroku.

5.2. Zgodnie z art. 79 § 2 o.p. prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty oraz wniosku o zwrot nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, chyba że ustawy podatkowe przewidują inny tryb zwrotu podatku. Art. 70 § 1 o.p. stanowi zaś, że zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Należy również wskazać, że zgodnie z uchwałą Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 29 czerwca 2009 r., sygn. I FPS 9/08, przepis art. 70 § 1 o.p. ma zastosowanie również do rozliczeń, w których obowiązek podatkowy w podatku od towarów i usług przekształciła się w kwotę zwrotu różnicy podatku, kwotę zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku, o której mowa w art. 21 ust. 1 p.t.u.a. Termin przedawnienia takiej kwoty zaczyna biec od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin zwrotu podatku, czyli z pierwszym dniem następnego roku, a kończy się z upływem 5 lat. Art. 75 § 3 o.p. wskazuje natomiast, że jeżeli z przepisów prawa podatkowego wynika obowiązek złożenia zeznania (deklaracji), to podatnik, płatnik lub inkasent równocześnie z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty jest obowiązany złożyć skorygowane zeznanie (deklarację). W orzecznictwie sądów administracyjnych oraz doktrynie prawa podkreśla się jednak, że niezłożenie korekty deklaracji powinno się traktować jako brak formalny wniosku o stwierdzenie nadpłaty, a równoczesność, o której mowa w tym przepisie, należy rozumieć nie temporalnie, lecz funkcjonalnie, tzn. jako konieczność łącznego spełnienia dwóch warunków: złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty i złożenia, niekoniecznie w tej samej chwili, towarzyszącej temu wnioskowi skorygowanej deklaracji (m.in. wyroki NSA: z dnia 9 kwietnia 2019 r., sygn. akt II FSK 1407/17 oraz z 15 października 2015 r., sygn. akt I FSK 915/14). Poglądy te, szerzej przytoczone wraz z obszernym przywołaniem piśmiennictwa w uzasadnieniu zaskarżonego orzeczenia, Naczelny Sąd Administracyjny w składzie rozpoznającym niniejszą sprawę akceptuje i w całości podziela.

5.3. Biorąc powyższe pod uwagę, za słuszne należy uznać stanowisko Sądu pierwszej instancji, że złożenie przez Skarżącą korekt deklaracji już po upływie terminu przedawnienia zobowiązania, w sytuacji, gdy sam wniosek o stwierdzenie nadpłaty został złożony przed tą datą, nie może uzasadniać odmowy wszczęcia postępowania. W sprawie niesporne jest, że wniosek o stwierdzenie nadpłaty został złożony 28 grudnia 2023 r., a więc przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, który dla wszystkich okresów rozliczeniowych, dla których stwierdzenia nadpłaty domagała się skarżąca, w tym również listopada 2017 r., upływał w dniu 31 grudnia 2023 r. W odniesieniu do listopada 2017 r. należy wskazać, że za ten okres Skarżąca wykazała nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym, wnioskując o jej zwrot w terminie 60 dni. Zwrot VAT w terminie sześćdziesięciodniowym z deklaracji za listopad 2017 r., złożonej 26 grudnia 2017 r., przypadał na dzień 25 lutego 2018 r., dlatego zasadniczy termin przedawnienia upływał 31 grudnia 2023 r., zgodnie z zasadą wyrażoną w przywołanej uchwale NSA, I FPS 9/08, na co trafnie wskazał Sąd pierwszej instancji.

5.4. Nie jest sporny fakt, że korekty deklaracji VAT-7 za okresy rozliczeniowe od listopada 2017 r. do listopada 2018 r. zostały złożone przez Skarżącą dopiero 31 stycznia 2024 r., a więc po upływie terminu przedawnienia. Jak wskazano jednak powyżej, art. 75 § 3 o.p. należy interpretować w ten sposób, że równoczesność, o której mowa w tym przepisie, należy rozumieć nie temporalnie, lecz funkcjonalnie, tzn. jako konieczność łącznego złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty i złożenia, niekoniecznie w tej samej chwili, towarzyszącej temu wnioskowi skorygowanej deklaracji. Skoro więc organ stwierdził, że Skarżąca złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty w przewidzianym prawem terminie, ale obarczony brakiem w postaci niezłożenia wraz z nim korekt stosownych deklaracji, to powinien wezwać stronę konwalidacji tego braku w terminie 7 dni, stosownie do dyspozycji art. 169 § 1 o.p., nie zaś wydać postanowienie o odmowie wszczęcia postępowania.

5.5. Mając na uwadze powyższe okoliczności, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie słusznie stwierdził, że postanowienia organów podatkowych obu instancji wydane zostały z naruszeniem art. 79 § 2 o.p. w zw. z art. 70 § 1 w zw. z art. 165 § 1 o.p., co uzasadniało wyeliminowanie ich z obrotu prawnego.

5.6. Podniesiony zarzut zasługuje natomiast na częściową aprobatę, w zakresie w jakim wskazuje na naruszenie art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy o Covid poprzez uznanie, że znajduje on zastosowanie w sprawie. Nietrafne są bowiem na gruncie rozpoznawanej sprawy wywody zawarte w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku, obligujące organ do rozważenia możliwości, że realizacja uprawienia Skarżącej do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, może zostać przedłużona na zasadzie analogii legis, o okres zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, w oparciu o normę prawną wynikającą z przywołanego przepisu. W tym zakresie wskazać należy przede wszystkim na to, że czynienie takich rozważań w przedmiotowej sprawie jest całkowicie zbędne, bowiem nie ma wątpliwości, że Skarżąca zdołała skutecznie, tj. przed upływem terminu przedawnienia, złożyć wniosek o stwierdzenie nadpłaty za okresy rozliczeniowe od listopada 2017 r. do listopada 2018 r. Nie zachodzi zatem sytuacja analogiczna do tych, które stały się podstawą wydania przywołanych w uzasadnieniu zaskarżonego orzeczenia wyroków NSA oraz WSA w Warszawie. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego uchybienie to nie miało jednak wpływu na wynik sprawy, a zatem nie mogło doprowadzić do uchylenia zaskarżonego wyroku.

6. Za niezasadny należało również uznać zarzut naruszenia art. 72 § 1 i art. 3 pkt 7 o.p. w związku z art. 87 ust. 1 ustawy o PTU przez ich niewłaściwe niezastosowanie, w sytuacji gdy kwoty do zwrotu wykazane w deklaracjach VAT-7 i ich korektach Spółki nie stanowiły nadpłaty w rozumieniu art. 72 § 1 o.p. Jak wskazano powyżej, dyspozycja art. 165a § 1 o.p. wyklucza możliwość rozstrzygania sprawy co do istoty oraz badania kwestii mających źródło w przepisach prawa materialnego, a takimi niewątpliwie są przepisy wymienione w podniesionym zarzucie. Wydając postanowienie o odmowie wszczęcia postępowania podatkowego, organ może bowiem dokonać wyłącznie oceny formalnej wniosku. Skoro więc w sprawie nie wystąpiły okoliczności uniemożliwiające wszczęcie postępowania, a organ za zasadne uznał wypowiedzenie się co do istoty sprawy, to jego obowiązkiem było wszczęcie postępowania podatkowego i wydanie stosownej decyzji, w której oceniłby merytoryczną poprawność wniosku skarżącej.

7. Z tych względów Naczelny Sąd Administracyjny – uznając, że skarga kasacyjna nie dostarcza uzasadnionych podstaw do uwzględnienia zawartych w niej żądań, bowiem zaskarżony wyrok, mimo częściowo błędnego uzasadnienia, odpowiada prawu, działając na podstawie art. 184 p.p.s.a. – orzekł, jak w sentencji wyroku.

8. O zwrocie kosztów postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 204 pkt 2 w zw. z art. 205 § 2 i 4 p.p.s.a. w zw. z § 2 ust. 2 pkt 2 oraz § 2 ust. 1 pkt 2 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 16 sierpnia 2018 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2018 r., poz. 1687).

Sędzia WSA (del.) Sędzia NSA Sędzia NSA

Dominik Mączyński Sylwester Marciniak Mariusz Golecki