4.3. W piśmie z dnia 22 marca 2023 r., będącym odpowiedzią na skargę kasacyjną, Spółka wniosła o oddalenie skargi kasacyjnej i zasądzenie zwrotu kosztów postępowania według norm przepisanych. Ponadto, zażądała przeprowadzenia rozprawy.
5. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje.
5.1. Zgodnie z art. 183 § 1 P.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej (podstaw kasacyjnych), chyba że zachodzą przesłanki nieważności postępowania sądowego wymienione w § 2 tego artykułu. Przesłanek takich, na podstawie akt niniejszej sprawy, z urzędu nie odnotowano.
Podobnie w tym samym trybie nie ujawniono podstaw do odrzucenia skargi ani do umorzenia postępowania przed Sądem pierwszej instancji, które obligowałyby Naczelny Sąd Administracyjny do wydania postanowienia przewidzianego w art. 189 P.p.s.a. (vide uchwała NSA z dnia 8 grudnia 2009 r., sygn. akt II GPS 5/09, ONSAiWSA 2010, nr 3, poz. 40).
5.2. Skarga kasacyjna organu zbadana według reguły związania zarzutami w niej zawartymi (art. 183 § 1 ab initio P.p.s.a.) okazała się zasadna, choć nie wszystkie argumenty w niej wyrażone podlegały uwzględnieniu przez Naczelny Sąd Administracyjny.
Z uzasadnienia skargi kasacyjnej wynikało, że Dyrektor IAS uznał, że stanowisko wyrażone w uzasadnieniu uchwały NSA z dnia 24 maja 2021 r., sygn. akt I FPS 1/21, nie miało przełożenia na niniejszą sprawę. Wytknął bowiem Sądowi pierwszej instancji, że eksponowane przez ten Sąd okoliczności nie przesądzały o instrumentalnym charakterze wszczęcia postępowania karnego skarbowego, o którym mowa w powołanej uchwale. Autor skargi kasacyjnej podkreślił też, że niektóre argumenty Sądu pierwszej instancji były jedynie błędnymi założeniami (np. brak zamiaru prowadzenia własnych czynności śledczych przez organ finansowy postępowania karnego skarbowego, czy brak możliwości wydania decyzji organów obu instancji w ciągu roku).
5.3. Jako że zarzutom skargi kasacyjnej przypisano zbiorcze ich uzasadnienie, zasadna była i łączna ich ocena przez Naczelny Sąd Administracyjny.
W pierwszym rzędzie należało jednak przypomnieć, że zgodnie z art. 70 § 1 O.p. zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem pięciu lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Zobowiązania objęte zaskarżoną decyzją przedawniałyby się w terminie podstawowym z końcem 2019 r., poza zobowiązaniem za IV kwartał 2014 r. - tu bowiem z końcem 2020 r.
W świetle art. 70 § 6 pkt 1 O.p. bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym podatnik został zawiadomiony, jeżeli podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania.
Z kolei w myśl art. 70 § 6 pkt 2 O.p. bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem wniesienia skargi do sądu administracyjnego na decyzję dotyczącą tego zobowiązania.
Jak zaś stanowi art. 70 § 7 O.p. bieg terminu przedawnienia rozpoczyna się, a po zawieszeniu biegnie dalej, od dnia następującego po dniu: 1) prawomocnego zakończenia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe; 2) doręczenia organowi podatkowemu odpisu orzeczenia sądu administracyjnego, ze stwierdzeniem jego prawomocności.
Na obecnym etapie sprawy niesporne było, że bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego dla każdego ze spornych kwartałów 2014 r. pozostawał zawieszony na 11 miesięcy i 11 dni w związku z wniesioną pierwotnie skargą do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie. Miało to miejsce w okresie od 29 października 2018 r. (wniesienie skargi) do 9 października 2019 r. (wpływ prawomocnego wyroku do organu odwoławczego). O ten ponad 11-miesięczny czas, przypadający w całości w okresie przed upływem nominalnego terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, należało zatem "przedłużyć" ów nominalny termin, ustalając końcową datę dla tak dalej biegnącego terminu przedawnienia. Dopiero z tej perspektywy mogła być prowadzona ocena dopuszczalności dalszego toku postępowania podatkowego i możliwości decyzyjnego załatwienia sprawy rozliczeń podatku VAT za sporne okresy kwartalne z 2014 r. w kontekście kolejnego zawieszenia biegu terminu przedawnienia, czyli z uwagi na wszczęte w dniu 27 listopada 2019 r. postępowanie karne skarbowe.
Już tylko na podstawie tej okoliczności należało zatem zgodzić się z autorem skargi kasacyjnej, że w poddanej sądowej kontroli sprawie podatkowej nie zachodził "przypadek wątpliwy" wymieniony w powołanej uchwale, a dotyczący wszczęcia postępowania karnego skarbowego blisko upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. W tym względzie miarodajny pozostawał bowiem nie podstawowy termin przedawnienia, jak wadliwie przyjął to Sąd pierwszej instancji przy wyrokowaniu (nota bene uchwała nie statuowała tak postrzeganego ograniczenia), lecz ten wynikający z innych okoliczności analizowanej sprawy, mający zdecydowanie później przypadający koniec jego biegu związany z poprzednią kontrolą sądową decyzji podatkowych.
Tym samym konieczne było wzięcie pod uwagę, że po wpływie prawomocnego wyroku z dnia 29 maja 2019 r. do Dyrektora IAS, organy podatkowe miały możliwość załatwienia sprawy podatku VAT za II i III kwartał 2014 r. do upływu wspomnianych nieco ponad 11 miesięcy licząc od końca 2019 r., zaś za IV kwartał 2014 r. - licząc od końca 2020 r. Względem tych grudniowych dat końcowych terminów przedawnień (przesuniętych z powodu pierwszego zawieszenia ich biegów) przypadających odpowiednio w 2020 r. - dla podatku VAT za II i III kwartał 2014 r. i w 2021 r. - dla podatku VAT za IV kwartał 2014 r. umiejscowić trzeba było moment wszczęcia postępowania karnego skarbowego. W takim ujęciu i w opisanych sekwencjach czasowych owo wszczęcie nie mogło jawić się jako próba jego instrumentalnego wykorzystania jedynie dla zapobiegnięcia [rzekomo] bliskiego w czasie upływu terminu przedawnienia, skoro upływ ten miał nastąpić dopiero ponad rok i ponad 2 lata później.
5.4. W tym miejscu należało nieco szerzej odwołać się do uchwały składu siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 24 maja 2021 r., sygn. akt I FPS 1/21. Wbrew bowiem argumentom skargi kasacyjnej okoliczność, że nie zachodził tu wskazany "przypadek wątpliwy", nie oznaczała, że tezy uchwały nie znajdowały odniesienia do sprawy Spółki, co mylnie sugerował organ podatkowy w skardze kasacyjnej.
Ocena zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego z uwagi na wszczęcie postępowania karnego skarbowego może bowiem nastąpić w każdym przypadku, gdy organy rozstrzygały w sprawie określenia podatku po upływie nominalnego terminu przedawnienia przewidzianego w art. 70 § 1 O.p. z powołaniem się na przesłankę jego zawieszenia w ramach art. 70 § 6 pkt 1 O.p. Z treści uzasadnienia uchwały nie można wysnuwać wniosku, że chodzi w niej tylko o przypadek, gdy moment wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe jest bliski dacie przedawnienia zobowiązania podatkowego.
W uchwale tej w sposób prawnie wiążący przyjęto, że "w świetle art. 1 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. z 2017 r. poz. 2188 z późn. zm.) oraz art. 1-3 i art. 134 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2019 r. poz. 2325, z późn. zm.) ocena przesłanek zastosowania przez organy podatkowe przy wydawaniu decyzji podatkowej art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2020 r. poz. 1325) mieści się w granicach sprawy sądowej kontroli legalności tej decyzji.". W uzasadnieniu Naczelny Sąd Administracyjny wyjaśnił, że "analiza dokonywana w ramach rozpatrywania sprawy sądowoadministracyjnej powinna w pierwszym rzędzie koncentrować się na zbadaniu kwestii formalnych związanych z wydaniem we właściwym czasie przez odpowiedni organ postępowania przygotowawczego postanowienia na podstawie art. 303 K.p.k. w zw. z art. 113 § 1 K.k.s. o treści, z której wynika związek podejrzenia popełnienia przestępstwa lub wykroczenia z niewykonaniem zobowiązania podatkowego. Nie można jednak w jej ramach pomijać zagadnienia merytorycznego - czy na tle okoliczności danej sprawy podatkowej, związanych z bytem zobowiązania podatkowego, wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe nie miało pozorowanego charakteru i nie służyło jedynie wstrzymaniu biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Dokonanie takiej oceny powinno być wcześniej przeprowadzone przez organ podatkowy, stosujący art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c Ordynacji podatkowej przy rozpatrywaniu sprawy podatkowej. W przypadkach wątpliwych, w szczególności wówczas gdy moment wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, jest bliski dacie przedawnienia zobowiązania podatkowego, wyjaśnienie tej kwestii powinno znaleźć odzwierciedlenie w uzasadnieniu decyzji podatkowej, stosownie do art. 210 § 4 Ordynacji podatkowej. Taka informacja jest konieczna, aby z jednej strony zagwarantować podatnikowi, że postępowanie podatkowe jest prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, zgodnie z art. 121 § 1 tej ustawy. Z drugiej zaś jej zamieszczenie umożliwi następnie dokonanie oceny prawidłowości zastosowania tej instytucji przez sąd administracyjny kontrolujący akt wydany przez organ podatkowy.".
"Sposobem zweryfikowania, czy art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej nie został zastosowany instrumentalnie jest zbadanie, czy jego wykorzystanie nie nastąpiło z naruszeniem wyrażonej w art. 121 Ordynacji podatkowej zasady działania w zaufaniu do organów podatkowych. Sądy administracyjne nie są wprawdzie właściwe do kontrolowania przebiegu postępowania karnoskarbowego, to uwzględniając, że są powołane w świetle art. 1 § 1 i § 2 ustawy p.p.s.a. do sprawowania kontroli nad działalnością administracji publicznej pod względem zgodności z prawem, mają prawo do kontroli, m.in. aktów administracyjnych w aspekcie ich prawnej prawidłowości. Kontrolując zatem zgodność z prawem decyzji podatkowej, w której organ podatkowy powołał się na zastosowanie art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej, sąd administracyjny w ramach art. 134 § 1 p.p.s.a., zobligowany jest do przeprowadzenia kontroli w zakresie prawidłowości zastosowania przez organ tej normy, co wymaga uzasadnienia jej zastosowania (art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 Ordynacji podatkowej). W sytuacji, w której może zachodzić podejrzenie o instrumentalne wykorzystanie instytucji zawieszenia terminu przedawnienia, uzasadnienie zastosowania przez organ podatkowy art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej wymaga przedstawienia w wydanej decyzji stosownych dowodów i chronologii czynności karno-procesowych wskazujących, że w danym przypadku wszczęcie postępowania karnoskarbowego nie miało jedynie instrumentalnego charakteru, a było uzasadnione w aspekcie podejrzenia popełnienia czynu zabronionego przez podatnika, którego postępowanie podatkowe (kontrola podatkowa) dotyczy, w tym także uprawdopodobnia, że wszczęcie postępowania in rem dawało podstawy do jego przekształcenia w postępowanie ad personam w stosunku do podatnika, z uwzględnieniem przesłanki uprawdopodobnienia jego winy w popełnieniu czynu zabronionego" [podkr. NSA w tym składzie].
W uzasadnieniu uchwały zwrócono też uwagę, że "kontrola sądów administracyjnych, w przypadku przesłanki, jaką stanowi wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, nie może być przy tym ukierunkowana na wszechstronną i ogólną ocenę prawidłowości jego wszczęcia z punktu widzenia przepisów k.p.k. czy k.k.s. i celów w sferze prawa karnego, realizowanych przez te ustawy. Taka ocena należy bowiem do organów nadzorujących postępowanie przygotowawcze.". W sprawach podatkowych to nie zatem punkt widzenia przepisów Kodeksu postępowania karnego, czy Kodeksu karnego skarbowego jest brany pod uwagę, lecz art. 70 § 6 pkt 1 i art. 121 § 1 O.p.
5.5. W świetle całokształtu motywów uchwałodawczych na tle realiów niniejszej sprawy odnotowania wymagało, że Dyrektor IAS na str. 9 i n. decyzji ostatecznej z dnia 28 lutego 2022 r., znając wskazania uchwały, omówił okoliczności związane z zawieszeniem biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych na gruncie załatwianej sprawy podatkowej. Jednakże nie komentował w uzasadnieniu decyzji dowodów i chronologii czynności karno-procesowych, bowiem nie zachodził w tej mierze "przypadek wątpliwy" związany z bliskością upływu terminu przedawnienia. Wiadomo było jednak, kiedy postępowanie karne skarbowe zostało wszczęte (w dniu 27 listopada 2019 r.), kiedy został o tym zawiadomiony pełnomocnik Spółki w trybie art. 70c O.p. (w dniu 9 grudnia 2019 r.), i kiedy zawieszono postępowanie karne skarbowe (po decyzji kasacyjnej Dyrektora IAS z dnia 28 lutego 2020 r.).
5.5.1. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego nie można było zgodzić się z Sądem pierwszej instancji, że tego rodzaju okoliczności świadczyły o instrumentalnym wszczęciu postępowania karnego skarbowego w odniesieniu do skutku z art. 70 § 6 pkt 1 O.p.
Argumenty powołane przez Sąd w zaskarżonym wyroku co do braku podstaw do wszczęcia tego postępowania, co do jego "późnego" wszczęcia, a następnie zawieszenia, nie usprawiedliwiały takiej konstatacji. Raz jeszcze podkreślić bowiem trzeba było, że w świetle motywów towarzyszących podjęciu uchwały o sygn. akt I FPS 1/21 istota badania "instrumentalności" wiązać miała się z zasadą prowadzenia postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych z art. 121 § 1 O.p. i ewentualnego podważenia w ramach tego właśnie kryterium skutku w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 O.p., co kompletnie umknęło Sądowi pierwszej instancji.
5.5.2. W kwestii terminu wszczęcia postępowania karnego skarbowego, Sąd pierwszej instancji miał po części rację, twierdząc, że "termin wszczęcia dochodzenia w dniu 27 listopada 2019 r. po upływie ponad trzech lat od zakończenia kontroli i ponad rok po wydaniu w sprawie decyzji przez organ drugiej instancji był konsekwencją tego, że WSA w Warszawie na pół roku przez końcem 2019 r. wydał wyrok z dnia 29 maja 2019 r. którym uchylił decyzję DIAS i nakazał ponowne przeprowadzenie postępowania dowodowego w szerokim zakresie.". Nie ulega bowiem wątpliwości, że wydanie tamtego wyroku musiało mieć wpływ na dalsze czynności organów.
Jedynie pobocznie wypadało wskazać, że z poprzedniego wyroku nie wynikała wprost konieczność uchylenia pierwotnej decyzji Naczelnika US. Po pierwsze, gdyby tak było, Sąd miał wówczas możliwość uchylenia również decyzji Naczelnika US na mocy art. 135 P.p.s.a. Po drugie, jak wskazano w tamtym wyroku (sygn. akt III SA/Wa 2781/18), "w zależności od oceny organu odwoławczego, organ ten władny jest samodzielnie podjąć ewentualną decyzję o uchyleniu decyzji organu pierwszej instancji.". Oznaczało to, że wskazania Sądu dotyczyły jedynie takiej możliwości, a nie konieczności.
Nie można byłoby jednak przyjąć, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego dopiero po uchyleniu przez Sąd decyzji organu odwoławczego spowodowanym m.in. błędami proceduralnymi, świadczy o tym, że wszczęcie ma charakter instrumentalny. Przyjęcie takiej optyki paraliżowałoby możliwość naprawy wytkniętych organowi uchybień i "załatwienia sprawy" przez organ ilekroć w bliskim terminie miałoby dojść do upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
Również eksponowanie upływu czasu między kontrolą podatkową i wszczęciem postępowania karnego skarbowego nie mogło rzutować na ocenę terminu wszczęcia tego ostatniego pod kątem "instrumentalności".
Sąd pierwszej instancji nie podnosił zresztą, aby doszło do tego po terminie przedawnienia karalności przestępstwa skarbowego. Choć z oczywistych względów można byłoby przyjąć, że podstawy do wszczęcia postępowania karnego skarbowego zaistniały już wcześniej, a nie dopiero w listopadzie 2019 r., to jednak biorąc pod uwagę fakt oczekiwania na zakończenie postępowania podatkowego, a następnie sądowoadministracyjnego, nie można było uznać, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego dopiero po zakończeniu tamtych postępowań było instrumentalne. Nawet przy wcześniejszym wszczęciu postępowania karnego skarbowego mogło przecież dojść do jego uprawnionego zawieszenia w oczekiwaniu na wydanie decyzji ostatecznej czy prawomocnego wyroku.
5.5.3. W sprawie tej - z perspektywy sądowej kontroli organów podatkowych - należało ocenić, że wszczęcia postępowania karnego skarbowego nie można było też uznać za pozbawione podstaw w materiale dowodowym.
Jak podkreślił Sąd pierwszej instancji, sprawa Spółki była przedmiotem zainteresowania organów już od 2015 r., co pozwoliło zgromadzić obszerny materiał dowodowy tak w trakcie kontroli podatkowej, jak i w trakcie postępowania podatkowego. Co więcej, materiał ten wedle wskazań poprzedniego prawomocnego wyroku Sądu pierwszej instancji należało jeszcze uzupełnić. Innymi słowy, po wydaniu wyroku z dnia 29 maja 2019 r. sprawa podatkowa pozostawała - potocznie rzecz ujmując - "rozwojowa". Materiał dowodowy świadczący wówczas zdaniem organów o niewykonaniu zobowiązania podatkowego, pozwalał na zidentyfikowanie w nim podstawy do "podejrzenia popełnienia przestępstwa lub wykroczenia i wszczęcia śledztwa we właściwym czasie przez odpowiedni organ postępowania przygotowawczego na podstawie art. 303 K.p.k w zw. z art. 113 § 1 K.k.s.". Tym samym nie można było uznać, że postępowanie to wszczęte zostało niejako "prewencyjnie", tj. przed zebraniem w kontroli podatkowej czy w postepowaniu podatkowym materiału dowodowego mogącego leżeć u podstaw takiego podejrzenia.
Wobec powyższego chybione pozostawało stanowisko Sądu pierwszej instancji, że "wszczęcie śledztwa na miesiąc przed nominalnym terminem przedawnienia zobowiązania, ponad cztery lata po wszczęciu kontroli, nie znajduje jakiegokolwiek uzasadnienia w zgromadzonym materiale dowodowym.".
5.5.4. Podobnie i zawieszenie śledztwa nie było takim elementem, który mógłby przesądzać o instrumentalności jego wszczęcia, tj. że postępowanie karne skarbowe nie powinno być nigdy wszczęte.
Sąd pierwszej instancji nie wykazał zresztą w zaskarżonym wyroku, aby w dacie tego wszczęcia istniały negatywne przesłanki procesowe. Trudno byłoby zatem uznać, że przed zawieszeniem, czy po nim, osiągnięcie jakichkolwiek celów postępowania karnego skarbowego było obiektywnie niemożliwe.
Zgodnie z art. 114a K.k.s. postępowanie w sprawach o przestępstwa skarbowe i wykroczenia skarbowe może być także zawieszone, jeżeli jego prowadzenie jest w istotny sposób utrudnione ze względu na prowadzoną kontrolę podatkową, kontrolę celno-skarbową lub toczące się postępowanie przed organami podatkowymi, organami celnymi lub sądami administracyjnymi. Zawieszone postępowanie podejmuje się, jeżeli ustąpiły przyczyny uzasadniające jego zawieszenie. W przepisie tym uregulowano fakultatywne przesłanki zawieszenia postępowania karnego skarbowego (te obligatoryjne reguluje art. 22 § 1 Kodeksu postępowania karnego), gdy jego prowadzenie nie jest niemożliwe, a jedynie w istotny sposób utrudnione. Należało też podkreślić, że zawieszenie postępowania karnego skarbowego jest zaskarżalne.
Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego, wskazania uchwały o sygn. akt I FPS 1/21 nie pozwalają jednak na tak daleką ingerencję w kontrolę zawieszenia śledztwa, aby móc wywieść z tej okoliczności jednoznaczną ocenę o instrumentalnym jego wszczęciu. Co prawda, jak wyżej już cytowano, ocena przesłanek zastosowania przez organy podatkowe przy wydawaniu decyzji podatkowej art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c O.p. mieści się w granicach sprawy sądowej kontroli legalności tej decyzji. Jednakże, co z kolei podkreślono w uzasadnieniu powoływanej uchwały, kontrola sądów administracyjnych, w przypadku przesłanki, jaką stanowi wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, nie może być ukierunkowana na wszechstronną i ogólną ocenę prawidłowości jego wszczęcia z punktu widzenia przepisów k.p.k. czy k.k.s. i celów w sferze prawa karnego, realizowanych przez te ustawy. Taka ocena należy bowiem do organów nadzorujących postępowanie przygotowawcze. To samo tym bardziej można więc odnieść do zawieszenia postępowania karnego skarbowego.
Przy analizie skutków zastosowania instytucji zawieszenia postępowania karnego skarbowego z art. 114a K.k.s. jako rzutujących na ocenę jego wszczęcia i wywołania efektu z art. 70 § 6 pkt 1 O.p., należało zatem ograniczyć się do dwóch konstatacji, nie ingerujących jednak w sferę uprawnień organów nadzorujących śledztwo.
Po pierwsze, sprawa podatkowa (a następnie sprawa sądowoadministracyjna) i sprawa karna skarbowa nie stanowią dla siebie nawzajem prejudykatów (nie wynika to z żadnych przepisów). Natomiast zgodnie z koncepcją racjonalnego ustawodawcy dopuszczenie zawieszenia śledztwa z uwagi na toczące się postępowanie przed organami podatkowymi, organami celnymi lub sądami administracyjnymi, jawi się jako rozwiązanie nieprzypadkowe i zasadne. Z tego względu nieuprawnione byłoby założenie, że zawieszenie postępowania karnego skarbowego stanowi narzędzie do manipulacji skutkami tych autonomicznych jakby nie było postępowań.
Po drugie, nie ulega wątpliwości, że praktyką tak organów finansowych postępowania przygotowawczego, jak i organów je nadzorujących, czy nawet sądów karnych, jest co do zasady oczekiwanie na prawomocne zakończenie sprawy podatkowej lub sądowoadministracyjnej związanej z kontrolą sprawy podatkowej. W takiej sytuacji zawieszenie postępowania karnego skarbowego skutkuje czasowym brakiem podejmowania konkretnych czynności proceduralnych, w tym i brakiem przejścia z fazy postępowania in rem w fazę ad personam. Wstrzymanie typowych czynności procesowych na czas zawieszenia postępowania karnego skarbowego wiąże się zaś przede wszystkim ze względami ekonomiki procesowej.
Tym samym fakt, że śledztwo zostało zawieszone z uwagi na przeszkodę w prowadzeniu postępowania przygotowawczego (brak wydania ostatecznej decyzji podatkowej), również nie stanowił podstawy do przyjęcia, że w sposób instrumentalny z punktu widzenia "zasady zaufania" zastosowano wobec Spółki przepis art. 70 § 6 pkt 1 O.p.
W orzecznictwie sądów administracyjnych wielokrotnie wyrażany był zresztą pogląd, że zawieszenie postępowania karnego skarbowego, które z pozoru może świadczyć o braku stosownej/wystarczającej dynamiki tego postępowania, nie przesądza jednak o tym, że jego wszczęcie miało charakter instrumentalny (vide wyroki NSA z dnia: 15 lipca 2022 r., I FSK 2519/21, 12 lutego 2025 r., I FSK 1855/22, 28 maja 2025 r., I FSK 1440/22 oraz 20 listopada 2025 r., I FSK 64/21, czy prawomocny wyrok WSA w Warszawie z dnia 8 lutego 2022 r., sygn. akt III SA/Wa 1329/21).
5.5.5. W rezultacie nie dało się przyznać racji twierdzeniu Sądu pierwszej instancji, jakoby finansowy organ postępowania przygotowawczego nie planował/nie miał zamiaru podejmować żadnych czynności procesowych we wszczętym postępowaniu karnym skarbowym.
Tak negatywna ocena nieujawnionego wszak zamiaru czy jego braku, nie miała podstaw w realiach kontrolowanej sprawy, skoro jak wyżej wskazano praktyką organów śledczych czy nawet sądów karnych jest oczekiwanie w trakcie zawieszenia postępowania karnego skarbowego na ostateczny wynik wymiarowego postępowania podatkowego. Wiąże się to zazwyczaj z koniecznością ustalenia dokładnego uszczuplenia kwoty podatku. Wartość ta (w niniejszej sprawie chodziło o "dużą wartość"; w art. 53 § 14-16 K.k.s. różnicuje się bowiem sposób kalkulacji małej, dużej i wielkiej wartości przedmiotu przestępstwa skarbowego), ale również inne okoliczności sprawy, mają bezpośredni wpływ na kwalifikację prawną czynu karalnego, a następnie na samą karę - jej rodzaj i wysokość.
Wbrew poglądowi wyrażonemu w zaskarżonym wyroku Sądu pierwszej instancji ustawodawca nie narzucił więc "służebnego" charakteru postępowaniu karnemu skarbowemu wobec postępowania podatkowego. Jak podkreśla się w doktrynie i orzecznictwie, jest wręcz odwrotnie, bowiem to postępowanie karne skarbowe ma charakter wtórny wobec postępowania podatkowego, zatem jego wszczęcie i prowadzenie stanowi pochodną ustaleń czy to kontrolnych, czy podatkowych.
Tym samym o ile obiektywną konkluzją wynikającą z akt sprawy stanowiło stwierdzenie, że finansowy organ postępowania przygotowawczego nie przeprowadził rozbudowanych czynności procesowych przed zawieszeniem śledztwa, o tyle wyprzedzająca ocena planów i zamiarów tego organu co do ewentualnych dalszych czynności procesowych była całkowicie nieuzasadniona, a wręcz - z punktu widzenia motywów podanych w uchwale o sygn. akt I FPS 1/21 - nieuprawniona.
5.6. Naczelny Sąd Administracyjny nie podzielił stanowiska autora skargi kasacyjnej co do wytkniętych Sądowi "domniemań" czy to odnośnie do czasu potrzebnego do załatwienia sprawy, czy co do wniesienia odwołania.
Były to bowiem jedynie przypuszczenia/założenia Sądu wynikające z "doświadczenia życiowego", w tym głównie z praktyki proceduralnej organów podatkowych, która podlega sądowej kontroli. To, że Sąd posłużył się tego rodzaju niefortunnymi tezami, nie oznaczało, że doszło do naruszenia dyrektywy orzekania na podstawie akt sprawy, przewidzianej w art. 133 § 1 P.p.s.a.
Co prawda nie można było kategorycznie przesądzić, że wydanie decyzji ostatecznej na pewno nie nastąpiłoby w "doliczonym" terminie przedawnienia, zwłaszcza że Sąd wyrażając tego rodzaju stanowisko, nie odwołał się nawet do ustawowych terminów załatwiania spraw w postępowaniu podatkowym, ale zgodzić się wypadało z Sądem pierwszej instancji, że było to dość prawdopodobne.
Niemniej, z akt sprawy podatkowej zdecydowanie nie dało się wywnioskować usprawiedliwienia dla kluczowego stanowiska Sądu pierwszej instancji, że "oczywistym jest, że jedynym powodem dla wszczęcia postępowania karnego skarbowego wobec uchylenia decyzji DIAS przez WSA, a w konsekwencji przedłużającego się postępowania podatkowego było doprowadzenie do zawieszenia biegu terminu przedawnienia spornego zobowiązania podatkowego, co potwierdza też bierność organu w postępowaniu karnym skarbowym.".
5.7. Wobec powyższego skonstatować przyszło, że Sąd pierwszej instancji wadliwie rozumiał instrumentalne wykorzystanie art. 70 § 6 pkt 1 O.p. a w konsekwencji błędnie ocenił, że w sprawie poddanej jego kontroli doszło do przedawnienia zobowiązania podatkowego w świetle art. 70 § 1 O.p. Z tej zaś przyczyny nieprawidłowo obrał - wywiedziony w tym kontekście - kierunek rozstrzygnięcia, co niewątpliwie miało istotny wpływ na wynik sprawy.
Należało więc uznać, że słuszne były zarzuty naruszenia prawa materialnego oraz art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i lit. c w związku z art. 135 i art. 145 § 3 P.p.s.a.
Z kolei nie było podstaw do przyjęcia, że ewentualne uchybienia w obszarze art. 133 § 1 i art. 134 § 1 P.p.s.a. mogły mieć istotny wpływ na wynik sprawy.
Natomiast zarzut naruszenia art. 141 § 4 P.p.s.a., tj. wymogów uzasadnienia wyroku, nie został w ogóle uzasadniony w zakresie normatywnym tego przepisu.
Wobec stwierdzonych nieprawidłowości należało uchylić zaskarżony wyrok w całości i przekazać sprawę Sądowi pierwszej instancji do merytorycznego jej rozpoznania. Na moment wydania decyzji ostatecznej z dnia 28 lutego 2022 r. nie doszło do przedawnienia spornych zobowiązań podatkowych/podatku do zapłaty.
5.8. Zgodnie z art. 185 § 1 ab initio P.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny w razie uwzględnienia skargi kasacyjnej uchyla zaskarżone orzeczenie w całości lub w części i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania sądowi, który je wydał.
Mając powyższe na względzie, Naczelny Sąd Administracyjny orzekł jak w punkcie pierwszym sentencji.
5.9. Przy rozstrzygnięciu w przedmiocie kosztów z punktu drugiego sentencji Naczelny Sąd Administracyjny wziął pod uwagę, że: - zaskarżony wyrok uwzględniał skargę Skarżącej przy wartości przedmiotu zaskarżenia w przedziale kwot powyżej 200.000 zł do 2.000.000 zł; - skargę kasacyjną od tego wyroku wniósł Dyrektor IAS, przy czym sporządził ją radca prawny, który prowadził sprawę przed Sądem pierwszej instancji i reprezentował organ na rozprawie przed Naczelnym Sądem Administracyjnym w dniu 14 stycznia 2026 r.; - niniejszym wyrokiem uwzględniono skargę kasacyjną Dyrektora IAS i uchylono wyrok Sądu pierwszej instancji.
Wobec takiego stanu faktycznego wyjaśnić należało, że zgodnie z art. 203 pkt 2, art. 205 § 2 oraz w związku z art. 207 § 1 i art. 209 P.p.s.a. jeżeli w wyniku uwzględnienia skargi kasacyjnej został uchylony wyrok sądu pierwszej instancji uwzględniający skargę, stronie, która wniosła skargę kasacyjną, należy się zwrot poniesionych przez nią niezbędnych kosztów postępowania kasacyjnego od skarżącego; do niezbędnych kosztów postępowania strony reprezentowanej przez radcę prawnego zalicza się jego wynagrodzenie, jednak nie wyższe niż stawki opłat określone w odrębnych przepisach oraz poniesione wydatki; wniosek strony o zwrot kosztów sąd rozstrzyga w orzeczeniu uwzględniającym skargę kasacyjną.
Natomiast według § 14 ust. 1 pkt 2 lit. a rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz. U. z 2023 r. poz. 1935, z późn. zm.) stawka minimalna za sporządzenie i wniesienie skargi kasacyjnej oraz udział w rozprawie przed Naczelnym Sądem Administracyjnym wynosi 75% stawki minimalnej określonej w pkt 1, a jeżeli w drugiej instancji nie prowadził sprawy ten sam radca prawny - 100% tej stawki, w obu przypadkach nie mniej niż 240 zł. Stawka minimalna, w myśl § 14 ust. 1 pkt 1 lit. a w związku z § 2 pkt 7 tego rozporządzenia, przy wspomnianej wartości przedmiotu zaskarżenia, wynosi 10.800 zł.
O wysokości kosztów postępowania kasacyjnego orzeczono zatem na podstawie wymienionych w tym punkcie przepisów, zasądzając od Spółki na rzecz Dyrektora IAS kwotę 14.527 zł. Na kwotę tę złożyły się uiszczony wpis od skargi kasacyjnej (6.427 zł) oraz wynagrodzenie pełnomocnika organu (8.100 zł, tj. 75% z 10.800 zł).
s. NSA I. Najda-Ossowska s. NSA H. Sęk (spr.) s. NSA M. Kołaczek