3.2. Skarżąca nie złożyła odpowiedzi na skargę kasacyjną. Pismem z 6 kwietnia 2022 r. złożyła wniosek o rozpoznanie sprawy na rozprawie. W piśmie z 3 czerwca 2025 r. Spółka przedstawiła dodatkowe stanowisko w sprawie oraz wniosła o: oddalenie skargi kasacyjnej i zasądzenie od organu odwoławczego na rzecz Skarżącej kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego, według norm przepisanych.
Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje.
4. Naczelny Sąd Administracyjny, rozpoznając skargę kasacyjną w granicach wyznaczonych jej zarzutami i wnioskami (art. 183 § 1 w związku z art. 174 pkt 1 i 2 oraz art. 176 p.p.s.a.), stwierdził, że skarga kasacyjna nie zasługuje na uwzględnienie.
4.1. Na wstępie należy zaznaczyć, że niniejsza sprawa jest jedną z dwóch – rozpoznawanych równolegle przez Naczelny Sąd Administracyjny, w tym samym składzie orzekającym, 13 czerwca 2025 r. – spraw, które Naczelny Sąd Administracyjny postanowił, na podstawie art. 111 § 2 p.p.s.a., połączyć do łącznego rozpoznania z zachowaniem odrębnego wyrokowania. Zarówno w niniejszej sprawie, jak i w drugiej (sygn. akt I FSK 584/23) skargi kasacyjne wniósł organ odwoławczy od wyroków Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie wydanych wobec Skarżącej. W obydwu sprawach zarówno okoliczności faktyczne, stan prawny, jak i zarzuty oraz uzasadnienia skarg kasacyjnych są, co do zasady, identyczne.
Z uwagi na powyższe, uzasadnienia zapadłych w tych sprawach rozstrzygnięć sądu kasacyjnego o bezzasadności skarg kasacyjnych w każdej z tych spraw jest zasadniczo tożsame.
4.2. Zgodnie z art. 174 p.p.s.a skargę kasacyjną można oprzeć na podstawie naruszenia prawa materialnego poprzez błędną jego wykładnię lub niewłaściwe zastosowanie oraz na podstawie naruszenia przepisów postępowania, jeżeli uchybienie to mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy.
Rozpatrywany środek odwoławczy został oparty zarówno na podstawie naruszenia przepisów postępowania w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy – lit. b) skargi kasacyjnej, jak i naruszenia prawa materialnego – lit. a) skargi kasacyjnej. W sytuacji, gdy skarga kasacyjna zarzuca naruszenie prawa materialnego oraz naruszenie przepisów postępowania, co do zasady w pierwszej kolejności rozpoznaniu podlegają zarzuty naruszenia przepisów proceduralnych. Warunkiem uwzględnienia zarzutu naruszenia przepisów postępowania jest wykazanie istotnego wpływu zaistniałego uchybienia na wynik sprawy (zob. wyrok NSA z 25 listopada 2022 r., sygn. akt I OSK 2347/21). Z uwagi na to, że zarzuty naruszenia przepisów postępowania, mającego istotny wpływ na wynik sprawy, w niniejszej sprawie mają charakter zależny – są w istocie związane z zarzutem naruszenia przepisów prawa materialnego – będą one rozpoznane w dalszej kolejności, tj. po rozpoznaniu zarzutu naruszenia prawa materialnego.
Biorąc pod uwagę powyższe, zasadniczo spór w niniejszej sprawie sprowadza się do oceny prawidłowości pozbawienia Skarżącej prawa do odliczenia z faktur, które zostały zakwalifikowane przez organy podatkowe jako dokumentujące wydatki związane ze zbyciem przedsiębiorstwa.
4.3. Zgodnie z art. 5 ust. 1 ustawy o VAT, opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług podlega odpłatna dostawa towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju. Jednocześnie, zgodnie z art. 6 pkt 1 ustawy o VAT, przepisów ustawy nie stosuje się do transakcji zbycia przedsiębiorstwa lub zorganizowanej części przedsiębiorstwa.
Ponadto, zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT: "W zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119 ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124", a w myśl art. 86 ust. 2 pkt 1 ustawy o VAT kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku wynikającego z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu: a) nabycia towarów i usług, b) dokonania całości lub części zapłaty przed nabyciem towaru lub wykonaniem usługi.
4.4. Organ w skardze kasacyjnej – dokonując analizy art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, z którego wynika prawo do odliczenia podatku naliczonego od podatku należnego – podniósł, że: "Należy pamiętać, że przysługuje ono tylko w przypadku, gdy nabywane towary i usługi mają związek z czynnościami opodatkowanymi" oraz uznał, że: "na gruncie art. 86 ust. 1 ustawy o VAT za warunek, którego spełnienie umożliwia skorzystanie z tego prawa należy uznać istnienie bezpośredniego związku pomiędzy zakupami (wydatkami), a konkretną transakcją opodatkowaną". Ponadto stwierdził, że: "Bezsporne jest, że przepisy nie definiują samego charakteru związku pomiędzy zakupami i sprzedażą opodatkowaną pozwalającego na skorzystanie z odliczenia, choć z całą pewnością związek taki musi być niewątpliwy i bezsporny". Z wnioskami dokonanymi przez organ odwoławczy nie sposób się zgodzić.
W istocie bezsporne jest, że ani krajowy, ani unijny ustawodawca nie precyzuje, w jaki sposób oraz w jakim zakresie towary i usługi muszą być wykorzystane do wykonywania czynności opodatkowanych, aby umożliwiło to podatnikowi dokonanie odliczenia podatku naliczonego. Natomiast nieuprawnione jest twierdzenie organu, że związek ten "musi być niewątpliwy i bezsporny", jak twierdzi organ odwoławczy. Biorąc pod uwagę, że prawo do odliczenia powinno być realizowane natychmiast po powstaniu podatku naliczonego, decydujące znaczenie dla oceny istnienia prawa do odliczenia będzie miał zamierzony (deklarowany) związek podatku naliczonego z czynnościami opodatkowanymi. Przy czym związek ten może mieć charakter bezpośredni lub pośredni. Aby można było mówić o pośrednim związku, musi istnieć związek przyczynowo-skutkowy pomiędzy dokonanymi zakupami towarów i usług a powstaniem obrotu poprzez ich wpływ na ogólne funkcjonowanie przedsiębiorstwa jako całości. Zakup towarów i usług musi zatem przyczyniać się do generowania przez podmiot obrotu. Podkreślenia wymaga słuszne stanowisko sądu pierwszej instancji zaprezentowane w zaskarżonym wyroku, iż: "W orzecznictwie zarówno Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej ( dalej TSUE), jak i sądów administracyjnych ugruntował się pogląd, że związek ten może być pośredni, a dany zakup może wiązać się z wykonaniem czynności niepodlegających opodatkowaniu".
4.5. Sąd pierwszej instancji w zaskarżonym wyroku przywołał wiele orzeczeń Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej i sądów administracyjnych, z których jednoznacznie wynika, że wydatki kreujące podatek naliczony związane ze zbyciem przedsiębiorstwa są wydatkami stanowiącymi koszty ogólne całokształtu działalności gospodarczej opodatkowanej VAT w sytuacji, gdy podatnik taką działalność prowadzi. W konsekwencji, na co wskazał także Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, prawo do odliczenia podatku naliczonego przysługuje od wydatków poniesionych w związku ze zbyciem przedsiębiorstwa. W tym miejscu Naczelny Sąd Administracyjny przywoła twierdzenia kilku z wielu dostępnych orzeczeń TSUE w przedmiotowym zakresie.
W sprawie C-26/12 PPG Holdings BV wprost wskazano, że: "Prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego przy nabyciu towarów lub usług zakłada zatem, iż wydatki poczynione celem ich uzyskania stanowiły element cenotwórczy transakcji obciążonych podatkiem należnym, rodzących prawo do jego odliczenia. Prawo do odliczenia zostaje jednak również przyznane podatnikowi nawet w przypadku braku bezpośredniego i ścisłego związku pomiędzy konkretną transakcją powodującą naliczenie podatku a jedną lub większą liczbą transakcji objętych podatkiem należnym, które rodzą prawo do odliczenia, gdy koszty omawianych usług należą do jego kosztów ogólnych i jako takie stanowią elementy cenotwórcze dostarczanych towarów lub świadczonych usług. Koszty te zachowują bowiem bezpośredni i ścisły związek z całą działalnością gospodarczą podatnika" (pkt. 22).
W sprawie C-408/98 Abbey National, która dotyczyła sprzedaży zorganizowanej części przedsiębiorstwa, która – zgodnie z brytyjskimi przepisami o VAT – nie podlegała opodatkowaniu, TSUE stwierdził, że wydatki poniesione przez podatnika na obsługę transakcji sprzedaży zorganizowanej części przedsiębiorstwa stanowią koszty ogólne działalności podatnika, która podlega opodatkowaniu VAT. W konsekwencji podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku związanego z przedmiotową transakcją. Trybunał Sprawiedliwości w przedmiotowej sprawie uznał, że pomimo, iż usługi nabywane przez zbywcę w celu zbycia przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części nie pozostają w bezpośrednim związku z jedną bądź kilkoma transakcjami opodatkowanymi VAT, to koszty tych usług wchodzą w skład kosztów ogólnych podatnika i jako takie stanowią elementy kosztowe wytworów jego działalności. Co więcej, nawet w przypadku zbycia całości aktywów, gdy podatnik nie dokonuje już transakcji po wykorzystaniu tych usług, ich koszt należy traktować jako część działalności gospodarczej przedsiębiorstwa jako całości przed zbyciem.
W sprawie C-465/03 Kretztechnik AG Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej stwierdził, że: "Uwzględniając fakt, iż w sprawie przed sądem krajowym, po pierwsze, emisja akcji jest czynnością, która nie należy do zakresu przedmiotowego szóstej dyrektywy, a po drugie, czynność ta została dokonana przez Kretztechnik celem podniesienia kapitału z korzyścią dla jej ogólnie pojętej działalności gospodarczej, należy uznać, iż poniesione koszty świadczeń uzyskanych przez tę spółkę w ramach owej czynności stanowią część kosztów ogólnych, a w konsekwencji stanowią element cenotwórczy jej towarów. Świadczenia takie pozostają w istocie w bezpośrednim i ścisłym związku z działalnością gospodarczą podatnika (zob. ww. wyroki: w sprawie BLP Group, pkt 25; w sprawie Midland Bank, pkt 31; w sprawie Abbey National, pkt 35 oraz 36, jak również w sprawie Cibo Participations, pkt 33)" (pkt 36).
Analizując orzecznictwo Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej, należy stwierdzić, że tzw. koszty ogólne działalności, mające charakter cenotwórczy, należy uznać za mające związek z działalnością opodatkowaną (tak także m.in. wyrok TSUE z 8 czerwca 2000 r. w sprawie C-98/98 Midland Bank, wyrok TSUE z 26 maja 2005 r. w sprawie C-465/03 Kretztechnik, wyrok TSUE z 29 października 2009 r. w sprawie C-29/08 Skatteverket).
4.6. W niniejszej sprawie Skarżąca do dnia zbycia przedsiębiorstwa prowadziła działalność opodatkowaną VAT (usługi odpłatnego najmu lokali użytkowych, powierzchni biurowych oraz miejsc postojowych). Po dokonaniu zbycia przedsiębiorstwa kontynuuje działalność opodatkowaną, ograniczoną do świadczenia usług wykończeniowych na lokalach obecnego najemcy. Nie jest sporne, że zasadnicza część działalności Spółki – po zbyciu przedsiębiorstwa – dokonywana była w związku z realizacją umowy wyłączonej z opodatkowania. Natomiast organ odwoławczy pomija fakt prowadzenia przez Skarżącą działalności gospodarczej, w której to działalności były wykorzystywane aktywa zbytego przedsiębiorstwa. Jak słusznie wskazał Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie: "Czynność zbycia przedsiębiorstwa, choć sama z opodatkowania wyłączona, została dokonana w ramach działalności opodatkowanej".
W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego, uwzględniając przywołane powyżej orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej, usługi nabywane w związku ze sprzedażą przedsiębiorstwa należy zaliczyć do ogólnych kosztów prowadzonej działalności gospodarczej podatnika, w sytuacji, gdy zbyte przedsiębiorstwo będzie dalej służyło do wykonywania czynności opodatkowanych.
Organ odwoławczy w skardze kasacyjnej wskazał, że: "Wbrew twierdzeniom Sądu, w stanie faktycznym niniejszej sprawy, wydatki poniesione przez Skarżącą nie należą do kosztów ogólnych działalności Skarżącej, związanych z jej funkcjonowaniem". Po pierwsze należy zauważyć, że organ drugiej instancji nie uzasadnił ww. stanowiska. Po drugie zaś, w świetle przywołanych powyżej okoliczności – prowadzenia przez Spółkę opodatkowanej VAT działalności gospodarczej, a po zbyciu przedsiębiorstwa dalsze wykonywanie czynności opodatkowanej w oparciu o zbyty majątek – nie sposób uznać, że wydatki poniesione przez Skarżącą nie stanowią kosztów ogólnych działalności Spółki. Ponadto, w przedmiotowej sprawie, w ramach dokonywanego zbycia, Spółka była zobowiązana do zapewnienia, że nabywca przedsiębiorstwa będzie świadczył usługi opodatkowane podatkiem VAT. Prawo do odliczenia przysługuje nie tylko wówczas, gdy istnieje bezpośredni związek pomiędzy zakupem towarów lub usług a czynnością opodatkowaną, ale także w sytuacji, gdy istnieje związek pośredni. Zaś w szczególności związek pośredni występuje, gdy dokonane wydatki można zakwalifikować jako związane z ogólną opodatkowaną działalnością gospodarczą podatnika.
W konsekwencji, Naczelny Sąd Administracyjny zgadza się ze stanowiskiem sądu pierwszej instancji, że: "Kluczowych w tej sprawie wad zaskarżonej decyzji oraz decyzji ją poprzedzającej upatrywać trzeba w błędnej wykładni przepisów prawa materialnego, tj. przyjęciu, że wydatki poniesione w związku ze zbyciem przedsiębiorstwa nie stanowią kosztów ogólnych przedsiębiorcy, zaś gdy jego działalność jest opodatkowana VAT, to te koszty ogólne nie generują podatku do odliczenia".
4.7. W świetle powyższego zarzut naruszenia przepisów prawa materialnego nie zasługuje na uwzględnienie. Tym samym nie sposób zgodzić się z twierdzeniem organu o naruszeniu przepisów postępowania, mającym istotny wpływ na wynik sprawy, tj. art. 145 § 1 pkt 1 lit. a p.p.s.a. w powiązaniu z art. 145 § 3 p.p.s.a. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego, sąd pierwszej instancji postąpił prawidłowo, uwzględniając zarzut naruszenia prawa materialnego, a w konsekwencji uchylając zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję organu pierwszej instancji oraz umarzając postępowanie administracyjne.
4.8. Mając na uwadze powyższe, Naczelny Sąd Administracyjny – na podstawie art. 184 p.p.s.a. – orzekł jak w sentencji.
4.9. O kosztach postępowania orzeczono na podstawie art. 204 pkt 2 w związku z art. 205 § 2 p.p.s.a.
Adam Nita Roman Wiatrowski Małgorzata Niezgódka-Medek