Uzasadnienie
1. Wyrok Sądu pierwszej instancji.
1.1. Zaskarżonym wyrokiem z 5 grudnia 2024 r., sygn. akt I SA/Wr 588/24 Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu oddalił skargę G. (dalej: Skarżąca, Gmina) na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej we Wrocławiu (dalej: Organ drugiej instancji, Dyrektor IAS) z 15 stycznia 2021 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące od sierpnia do grudnia 2015 r.
1.2. Sąd pierwszej instancji przedstawił następujący stan faktyczny sprawy:
Organ pierwszej instancji wyjaśnił, że Gmina po zakończeniu procesu skonsolidowanego rozliczenia za okresy rozliczeniowe od sierpnia 2014 r. do lipca 2015 r. nie dokonała we własnym zakresie skonsolidowania kolejnych okresów rozliczeniowych i nie złożyła korekt deklaracji za kolejne okresy rozliczeniowe. W związku z powyższym NUS dokonał konsolidacji rozliczenia Gminy oraz jej jednostek organizacyjnych w zakresie podatku od towarów i usług za okresy rozliczeniowe od sierpnia 2014 r. do lipca 2015 r. Do rozliczenia podatku VAT za okres od sierpnia do grudnia 2015 r. przyjęto wszystkie czynności dokonywane zarówno przez Gminę, jak i jej jednostki organizacyjne podlegające podatkowaniu VAT. W okresie którego dotyczy przedmiotowe postępowanie dwie jednostki, tj. Urząd Miasta i Gminy oraz Zakład Gospodarki Komunalnej, uznawały się za czynnych podatników podatku od towarów i usług, rozliczając się samodzielnie i składając deklaracje w zakresie podatku VAT. NUS ustalił, że w okresie od sierpnia do grudnia 2015 r. gminne jednostki organizacyjne, tj. Urząd Miasta i Gminy w Ś., Szkoła Podstawowa nr 3 w Ś., Szkoła Podstawowa im. [...] w T., Miejsko-Gminny Ośrodek Pomocy Społecznej w Ś., Zakład Gospodarki Komunalnej w Ś., Przedszkole Publiczne w Ś. oraz Gimnazjum Publiczne w Ś. dokonywały zakupów oraz uzyskiwały dochody/obroty, co szczegółowo zostało to przedstawione na str. 8-49 decyzji organu I instancji.
NUS w rozliczeniu podatku VAT za wskazany okres ustalił nieprawidłowości w ewidencjach zakupów VAT prowadzonych dla Gminy i gminnych jednostek organizacyjnych, szczegółowo przedstawione w zaskarżonym wyroku.
NUS wskazał, że ustalenia dotyczące struktury sprzedaży jednostek Gminy dokonano na podstawie przekazanych przez Gminę zestawień sprzedaży poszczególnych jednostek. Ustalił także jak kształtowała się w 2014 r. i 2015 r. sprzedaż opodatkowana i zwolniona oraz przy dokonywaniu scentralizowanego rozliczenia podatku VAT oraz proporcję wyliczoną odrębnie dla każdej jednostki organizacyjnej. Powyższe stało się podstawą opisanej na wstępie decyzji NUS z 19 sierpnia 2020 r., w której określono Gminie rozliczenie podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe od sierpnia do grudnia 2015 r. w sposób odmienny od zadeklarowanego.
Od decyzji NUS Gmina złożyła odwołanie, po rozpatrzeniu którego Dyrektor IAS decyzją z 15 stycznia 2021 r.: 1) uchylił decyzję NUS w zakresie określenia nadpłaty za sierpień 2015 r. i określił nadpłatę w kwocie 3.918 zł; 2) utrzymał w mocy decyzję NUS w pozostałym zakresie, wskazując, że podziela ustalenia faktyczne i oceny prawne poczynione przez NUS.
Wobec skargi Gminy na powyższą decyzję Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu wyrokiem z 22 lipca 2022 r., sygn. akt I SA/Wr 308/21 uchylił w całości zaskarżoną decyzję i poprzedzającą ją decyzję organu I instancji. W uzasadnieniu tego wyroku wskazano m.in., że organ drugiej instancji odniósł się do ustawy konsolidacyjnej co do zasady jedynie w zakresie, w jakim strona zarzuciła naruszenie jej przepisów, lecz nie dokonał dogłębnej analizy stanu faktycznego, jak i prawnego w zakresie, w jakim uznać by należało, czy korekty deklaracji złożone były w związku z wyrokiem TSUE, i czy istotnie zastosowanie ma art. 23 ustawy centralizacyjnej, a ponadto nie dokonano oceny w zakresie analizy przedawnienia zobowiązania podatkowego, czy były podstawy do uznania, że postępowanie karne skarbowe nie było wszczęte instrumentalnie.
W związku ze skargą kasacyjną Dyrektora IAS Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 22 marca 2024 r., sygn. akt I FSK 554/23 uchylił ww. wyrok z 22 lipca 2022 r. w całości i sprawę przekazał Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu we Wrocławiu do ponownego rozpoznania. W uzasadnieniu wyroku NSA stwierdził, że Dyrektor IAS zajął jednoznaczne stanowisko co do stosowania w sprawie ustawy centralizacyjnej, a rolą Sądu pierwszej instancji była ocena czy jest ono zgodne z prawem, a nie obligowanie organu podatkowego do ponownego przeanalizowania, czy istotnie deklaracje korygujące zostały złożone w związku z powołanym wyrokiem TSUE, i czy tym samym będzie miał zastosowanie art. 23 ustawy centralizacyjnej. Zdaniem NSA, odwołując się do uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z 24 maja 2021 r., sygn. akt I FPS 1/21 należy przyjąć, że brak w uzasadnieniu decyzji odniesienia się do przesłanek zawieszenia biegu terminu przedawnienia w aspekcie wszczętego i prowadzonego postępowania karnego skarbowego, może skutkować uchyleniem zaskarżonej decyzji jedynie wówczas, gdy istniały w tym względzie uzasadnione wątpliwości. Dopiero bowiem w przypadkach wątpliwych sąd może skutecznie czynić organowi zarzut niewyjaśnienia w uzasadnieniu decyzji, że wszczęcie owego postępowania nie miało charakteru pozorowanego. W rezultacie nie można skutecznie zarzucić organowi – jak uczynił to Sąd I instancji – że w badanej sprawie nie odniósł się do kwestii przedawnienia zobowiązania w podatku od towarów i usług. Sąd pierwszej instancji winien w pierwszej kolejności ocenić, czy kwestia instrumentalności może być analizowana, czy mamy do czynienia z przypadkiem "wątpliwym". Dalej wskazał, że Sąd pierwszej instancji nie dokonał oceny, czy organ podatkowy prawidłowo zastosował art. 23 ustawy konsolidacyjnej oraz czy nie doszło do przedawnienia zobowiązań podatkowych, a zatem niezasadne było odnoszenie się do pozostałych zarzutów skargi kasacyjnej, w tym naruszenia art. 23 oraz art. 14 ust. 1 pkt i ust. 2 ustawy konsolidacyjnej.
1.3. Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu wskazanym na wstępie wyrokiem oddalił skargę Gminy.
Na wstępie WSA zaznaczył, że orzekając w sprawie działał w granicach związania zapadłym w sprawie wyrokiem NSA na podstawie przepisów art. 153 i art. 190 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2024 r. poz. 935 ze zm., dalej jako: p.p.s.a.).
W dalszej kolejności Sąd ocenił, że w sprawie nie doszło do naruszenia art. 70 § 1 w związku z art. 70 § 6 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2023 r. poz. 2383 ze zm., dalej jako: o.p.), ponieważ w związku z wszczęciem postępowania przygotowawczego w sprawie o przestępstwo skarbowe doszło do skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego za okres od sierpnia do października 2015 r., a co za tym idzie nie doszło do wydania decyzji w tej części, pomimo wygaśnięcia zobowiązań na skutek upływu terminu przedawnienia.
Sąd stwierdził, że analiza akt sprawy i uzasadnienia zaskarżonej decyzji nie wskazuje na to, aby w sprawie wystąpił przypadek "wątpliwy", o jakim mowa w cytowanej uchwale NSA. Trzeba podkreślić, że Naczelnik Dolnośląskiego Urzędu Celno-Skarbowego we Wrocławiu postanowieniem z 18 czerwca 2020 r. wszczął dochodzenie w sprawie podania nieprawdy w deklaracjach VAT-7 złożonych NUS przez Gminę za okres od sierpnia do grudnia 2015 r., tj. w sprawie o przestępstwo skarbowe określone w art. 56 § 1 k.k.s. w zb. art. 61 §1 k.k.s., art. 62 § 1, § 4 k.k.s. oraz art. 76 § 1 k.k.s. w zw. z art. 6 § 2 k.k.s. w zw. z art. 7 § 1 k.k.s. O zawieszeniu biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego strona została zawiadomiona pismem NUS z 13 lipca 2020 r. (doręczonym 15 lipca 2020 r.). Biorąc zaś pod uwagę, że termin przedawnienia ww. zobowiązań podatkowych upływał z 31 grudnia 2020 r. nie można uznać, że czynności organów podatkowych w tym zakresie zostały dokonane na krótko przed upływem terminu przedawnienia. W świetle zgromadzonego materiału dowodowego nie budzi też wątpliwości, że zachodziło uzasadnione podejrzenie, że ww. przestępstwo skarbowe mogło zostać popełnione. Mając na uwadze, że wystarczające dla zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania jest wszczęcie postępowania w sprawie (in rem) o przestępstwo skarbowe, w niniejszej sprawie nie nastąpiło przedawnienie zobowiązań podatkowych Gminy w zakresie podatku od towarów i usług za ww. okres. Podstawowy warunek skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania, tj. wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym strona została zawiadomiona, został spełniony, a zatem zarzut o nieskutecznym zawieszeniu biegu terminu przedawnienia zobowiązania był bezpodstawny.