3.2.6. art. 233 § 1 oraz art. 2352 § 2 ustawy z dnia 17 listopada 1964 r. - Kodeks postępowania cywilnego (tj. Dz.U. z 2021 r., poz. 1805 ze zm).; dalej: kodeks postępowania cywilnego w związku z art. 106 § 5 i art. 106 § 3 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, przez dokonanie błędnej, sprzecznej z zasadami logiki i doświadczenia życiowego oceny dowodu zgłoszonego przez skarżącą spółkę w toku postępowania przed Sądem pierwszej instancji, tj. zawiadomienia organu pierwszej instancji z 5 kwietnia 2022 r. o prawomocnym zakończeniu postępowania karnoskarbowego, tj. bezzasadne uznanie, że dokument ten nie dowodzi instrumentalności wszczęcia dochodzenia karnoskarbowego, podczas gdy wynika z niego bezspornie, że brak było podstaw do prowadzenia dochodzenia, albowiem nikomu nie postawiono jakichkolwiek zarzutów, zaś samo dochodzenie zakończyło się krótko po wydaniu decyzji przez organ, tj. w sytuacji gdy dalsze przedłużanie terminu przedawnienia nie było już konieczne; Sąd pierwszej instancji dopuścił się także naruszenia tych przepisów przez dokonanie oceny dowodu pomimo formalnej odmowy jego przeprowadzenia, podczas gdy ocena dowodu może zostać dokonana dopiero po dopuszczeniu i przeprowadzeniu wnioskowanego dowodu; ponadto, jak wynika wprost z art. 2352 § 2 kodeksu postępowania cywilnego w związku z art. 106 § 5 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, pomijając dowód zgłoszony przez stronę Sąd pierwszej instancji winien był wydać postanowienie, wskazując podstawę prawną podjętego w tym zakresie rozstrzygnięcia, co nie zostało przez Sąd pierwszej instancji wykonane,
3.2.7. art. 145 § 1 pkt 1 lit. c w związku z art. 151 oraz art. 141 § 4 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi w związku z art. 233 § 2, art. 229 oraz art. 233 § 1 pkt 2 lit. a Ordynacji podatkowej przez oddalenie skargi, pomimo że organ odwoławczy bezpodstawnie uchylił decyzję organu pierwszej instancji i przekazał sprawę temu organowi do ponownego rozpatrzenia, podczas gdy z uwagi na upływ terminu przedawnienia organ odwoławczy powinien był uchylić zaskarżoną decyzję i rozstrzygając sprawę co do istoty umorzyć postępowanie podatkowe w zakresie, w jakim zobowiązania podatkowe skarżącej spółki uległy przedawnieniu.
Sąd pierwszej instancji nie dostrzegł jednocześnie, że organ wydał decyzję kasatoryjną wyłącznie z powodu błędnej wykładni i błędnego zastosowania przez organ pierwszej instancji przepisów prawa materialnego, podczas gdy uprawnienie do wydania decyzji kasatoryjnej przysługuje organowi odwoławczemu wyłącznie w sytuacji zaistnienia konieczności uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub znacznej części, zaś błąd co do wykładni lub zastosowania przepisów prawa materialnego powinien skutkować uchyleniem zaskarżonej decyzji organu pierwszej instancji i rozstrzygnięciem sprawy co do istoty przez organ odwoławczy.
3.2.8. art. 145 § 1 pkt 1 lit. c w związku z art. 151 oraz art. 141 § 4 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi w związku z art. 233 § 2, art. 229, art. 233 § 1 pkt 2 lit. a oraz art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 Ordynacji podatkowej, przez oddalenie skargi, pomimo że w zaskarżonej decyzji, będącej decyzja kasatoryjną, organ odwoławczy zawarł ocenę prawną i wskazania co do pożądanego rozstrzygnięcia merytorycznego, podczas gdy decyzja kasatoryjna organu odwoławczego nie powinna zawierać jakichkolwiek merytorycznych ocen związanych z wykładnią przepisów prawa bądź wskazań co do kierunków rozstrzygnięcia, lecz wyłącznie wskazanie okoliczności faktycznych, które organ pierwszej instancji winien zbadać przy ponownym rozpatrzeniu sprawy; stanowisko Sądu pierwszej instancji co do ewentualnego związania organu pierwszej instancji zaleceniami organu odwoławczego co do ponownego rozpatrzenia sprawy w zakresie postępowania dowodowego przy jednoczesnym braku związania oceną w zakresie prawa materialnego jest niejasne, niespójne wewnętrznie i prowadzi do wypaczenia istoty art. 233 § 2 Ordynacji podatkowej; w szczególności Sąd pierwszej instancja twierdzi, że organ pierwszej instancji nie jest związany wskazaniami dotyczącymi pożądanego rozstrzygnięcia merytorycznego sformułowanymi w decyzji przez organ odwoławczy, jednocześnie uznając, że organ pierwszej instancji jest związany wyznaczonym zakresem ponownego przeprowadzenia postępowania dowodowego wynikającym właśnie ze wskazań merytorycznych, które nie są wiążące dla organu pierwszej instancji.
3.3. Ponadto zaskarżonemu wyrokowi zarzucono na podstawie art. 174 pkt 1 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi naruszenie prawa materialnego tj.:
3.3.1. art. 70 § 6 pkt 1 w związku z art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, przez ich niewłaściwe zastosowanie, tj. błędne uznanie, że w niniejszej sprawie doszło do skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia z uwagi na wszczęcie dochodzenia w sprawie karnej skarbowej za okresy od kwietnia do grudnia 2016 r., podczas gdy postępowanie karnoskarbowe zostało wszczęte przez organ pierwszej instancji w sposób instrumentalny, tj. wyłącznie w celu osiągnięcia skutku w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia, co z kolei oznacza, że w odniesieniu do okresów rozliczeniowych od kwietnia do listopada 2016 r. zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług uległo przedawnieniu z dniem 31 grudnia 2021 r., zaś w odniesieniu do grudnia 2016 roku zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług uległo przedawnieniu z dniem 31 grudnia 2022 r.,
3.3.2. zasady legalizmu wynikającej z art. 7 Konstytucji RP oraz zasady demokratycznego państwa prawnego i zasady uzasadnionych oczekiwań wywodzonych z art. 2 Konstytucji RP przez zaaprobowanie niezgodnej z prawem praktyki organów podatkowych polegającej na wszczynaniu postępowań karnoskarbowych wyłącznie w celu zawieszenia biegu terminu przedawnienia, a tym samym zaakceptowanie praktyki polegającej na obejściu przez organy podatkowe prawa materialnego wyznaczającego czasowe granice istnienia zobowiązań podatkowych, co prowadzi do zachwiania równowagi pomiędzy interesem Skarbu Państwa a interesem podatnika poprzez przyznanie w sposób nieuzasadniony prymatu interesom fiskalnym państwa.
3.4. Organ odwoławczy nie złożył odpowiedzi na skargę kasacyjną.
4.1. Naczelny Sąd Administracyjny przeprowadził na rozprawie dowód ze zgłoszonego przez skarżącą spółkę dowodu w postaci wystosowanego do niej zawiadomienia Naczelnika Trzeciego [...] Urzędu Skarbowego w R. z 9 czerwca 2022 r. o prawomocnym zakończeniu postępowania karnoskarbowego w sprawie [...]. Z zawiadomienia wynikało, że 5 kwietnia 2022 r., po wniesieniu skargi do Sądu pierwszej instancji zostało prawomocnie zakończone dochodzenie karno-skarbowe o sygn. akt [...] w sprawie podania nieprawdy w złożonych przez skarżącą spółkę deklaracjach VAT-7 dla potrzeb rozliczenia podatku od towarów i usług za okresy od kwietnia do grudnia 2016 r.
4.2. Organ odwoławczy przedstawił na żądanie Naczelnego Sądu Administracyjnego postanowienie Naczelnika Trzeciego Urzędu Skarbowego [...] Urzędu Skarbowego w R. z 7 grudnia 2021 o umorzeniu dochodzenia w sprawie o przestępstwo skarbowe z art. 56 § 2 k.k.s. w związku z art. 56 § 1 k.k.s. w związku z art. 6 § 2 k.k.s. na podstawie art. 17 § 1 pkt 2 k.p.k. w związku z art. 113 § 1 k.k.s., art. 322 § 1 k.p.k. w związku z art. 113 § 1 k.k.s. w sprawie podania nieprawdy w złożonych Naczelnikowi Trzeciego [...] Urzędu Skarbowego w R. za okres od kwietnia 2016 r. do grudnia 2016 r., w imieniu skarżącej spółki, dla potrzeb rozliczania podatku od towarów i usług deklaracjach VAT-7 za okres od kwietnia 2016r. do grudnia 2016r. przez wykazanie we wskazanych deklaracjach wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów opodatkowanej stawką podatku VAT 0%, podczas gdy dostawa ta winna być opodatkowana stawką 23% oraz zaniżenie w deklaracji za kwiecień 2016 r. podstawy opodatkowania, co w konsekwencji doprowadziło do uszczuplenia podatku od towarów i usług VAT za okres od kwietnia 2016 r. do grudnia 2016 r. w łącznej kwocie 306.782,00 tj. o przestępstwo skarbowe z art. 56 § 2 k.k.s. w związku z art. 56 § 1 k.k.s. w związku z art. 6 § 2 k.k.s. z powodu przesłanki określonej w art. 17 § 1 pkt 2 k.p.k. w związku z art. 113 k.k.s. tj. stwierdzenia, że czyn nie zawiera znamion czynu zabronionego. Z postanowienia wynikało, że podpisano je 29 marca 2022 r.
4.3. Skarżąca spółka w piśmie procesowym z 24 kwietnia 2026 r. podniosła, że treść postanowienia o umorzeniu dochodzenia z 7 grudnia 2021 r. potwierdza zarzuty skargi kasacyjnej odnoszące się do instrumentalnego wykorzystania dochodzenia karnego skarbowego wyłącznie dla wywołania skutku w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia, ponieważ:
1) dochodzenie zostało umorzone na podstawie art. 17 § 1 pkt 2 k.p.k., tj. z uwagi na brak znamion czynu zabronionego; jest to dokładnie ta sama okoliczność, którą w wyroku składu 7 sędziów NSA z 14 kwietnia 2025 r., sygn. I FSK 1078/24, uznano za jedną z przesłanek mogących świadczyć o instrumentalnym wszczęciu postępowania karnego skarbowego;
2) postanowienie o umorzeniu dochodzenia datowane jest na 7 grudnia 2021 r. natomiast zawiadomienie skarżącej spółki o zakończeniu okresu zawieszenia biegu terminu przedawnienia zostało wystosowane dopiero 9 czerwca 2022 r., przy czym w jego treści wskazano, że prawomocne zakończenie postępowania nastąpiło 5 kwietnia 2022 r.; oznaczało to, że od 7 grudnia 2021 r. do 5 kwietnia 2022 r. postępowanie karne skarbowe de facto nie toczyło się i należy uznać, że dochodzenie w zasadzie zakończone zostało już 7 grudnia 2021 r., zaś jego przedłużenie do 5 kwietnia 2022 r. miało charakter sztuczny i służyło jedynie temu, aby przedłużyć okres zawieszenia biegu terminu przedawnienia i umożliwić organowi II Instancji wydanie decyzji (co nastąpiło 29 marca 2022 r ).
Okoliczność ta – jak argumentowała skarżąca spółka - świadczy o tym, że nie tylko samo wszczęcie dochodzenia miało charakter instrumentalny, ale również jego bezpodstawne przedłużenie, pomimo zakończenia czynności procesowych służyło jedynie wywołaniu skutków w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia; gdyby bowiem nie konieczność zawieszenia biegu przedawnienia, postępowanie karne skarbowe zostałoby umorzone niezwłocznie po zakończeniu czynności dochodzeniowych.
4. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje.
5.1. Skarga kasacyjna nie zasługiwała na uwzględnienie.
5.2. Nie dawały podstawy do uchylenia zaskarżonego wyroku podniesione w skardze kasacyjnej zarzuty naruszenia przepisów postępowania, gdyż wytknięte w nich uchybienia w przeprowadzonej przez Sąd pierwszej instancji ocenie zgodności z prawem zaskarżonej decyzji bądź nie miały miejsca, bądź nie miały istotnego wpływu na wynik sprawy w rozumieniu art. 174 pkt 2 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi.
5.3. Co do zasady należy zgodzić się z podniesionym w pkt 3.2.6. skargi kasacyjnej zarzutem naruszenia art. 233 § 1 oraz art. 2352 § 2 kodeksu postępowania cywilnego w związku z art. 106 § 5 i art. 106 § 3 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi.
Zgodnie z art. 106 § 3 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, sąd może z urzędu lub na wniosek stron przeprowadzić dowody uzupełniające z dokumentów, jeżeli jest to niezbędne do wyjaśnienia istotnych wątpliwości i nie spowoduje nadmiernego przedłużenia postępowania w sprawie.
Postępowanie dowodowe przed sądem administracyjnym i w konsekwencji dokonywanie przez ten sąd ustaleń faktycznych jest zatem dopuszczalne w zakresie uzasadnionym celami postępowania administracyjnego i powinno umożliwiać sądowi dokonywanie ustaleń, które będą stanowiły podstawę oceny zgodności z prawem zaskarżonej decyzji (tak m.in. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 18 czerwca 2025 r., sygn. akt III FSK 1056/24, dostępny w internetowej bazie orzeczeń sądów administracyjnych: orzeczenia.nsa.gov.pl – dalej CBOSA).
5.4. Przywołane przez Sąd pierwszej instancji w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku argumenty, że dokument w postaci przedstawionego przez skarżącą spółkę zawiadomienia Naczelnika Trzeciego [...] Urzędu Skarbowego w R. z 9 czerwca 2022 r. o prawomocnym zakończeniu postępowania karnoskarbowego "(...) nie istniał w dacie wydawania skarżonej decyzji, a więc nie mógł stanowić podstawy orzekania przez DIAS" oraz że "(...) nie wyjaśnia okoliczności wszczęcia postępowania karnego-skarbowego" nie były przeszkodą do przeprowadzenia tego dowodu w postępowaniu sądowoadministracyjnym.
Mając na uwadze to, że zostało wszczęte postępowanie karnoskarbowe i że skarżąca spółka podniosła zarzuty jego "instrumentalności" wymieniony wyżej dowód mógł się przyczynić do oceny zgodności z prawem zaskarżonej decyzji i do oceny podniesionych w skardze zarzutów przedawnienia zobowiązań podatkowych objętych zaskarżoną decyzją.
Z tych względów Naczelny Sąd Administracyjny przeprowadził dowód z przywołanego wyżej dokumentu oraz z przedstawionego przez organ odwoławczy postanowienia o umorzeniu dochodzenia w sprawie o przestępstwo skarbowe z art. 56 § 2 k.k.s. w związku z art. 56 § 1 k.k.s. w związku z art. 6 § 2 k.k.s.
Wytknięte w skardze kasacyjnej naruszenie art. 233 § 1 oraz art. 2352 § 2 kodeksu postępowania cywilnego w związku z art. 106 § 5 i art. 106 § 3 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi nie miało wpływu na wynik sprawy. Wbrew bowiem zarzutom skargi kasacyjnej treść zawiadomienia Naczelnika Trzeciego [...] Urzędu Skarbowego w R. z 9 czerwca 2022 r. o prawomocnym zakończeniu postępowania karnoskarbowego oraz postanowienia o umorzeniu dochodzenia nie dawały podstaw do zakwestionowania przyjętej przez Sąd pierwszej instancji oceny o braku podstaw do przyjęcia, że postępowanie karne skarbowe miało charakter "instrumentalny", tj. że jego celem było "sztuczne" przedłużenie biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych objętych zaskarżoną decyzją.
5.5. Chybione były podniesiony w skardze kasacyjnej zarzut naruszenia art. 133 § 1 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi.
W uzasadnieniu tego zarzutu argumentowano, że Sąd pierwszej instancji "(...) nie przeprowadził w sposób właściwy analizy akt sprawy i wyciągnął błędne wnioski co do rzeczywistego charakteru wszczęcia w stosunku do rozliczeń podatkowych Spółki postępowania karnego skarbowego" oraz, że (...) przyjęta przez Sąd pierwszej instancji ocena zgodności z prawem zaskarżonej decyzji była sprzeczna z treścią dokumentów zgromadzonych w aktach sprawy". Ponadto (...) Sąd nie ocenił czy finansowy organ postępowania przygotowawczego mógł i powinien wcześniej niż w czerwcu 2021 r. podjąć dochodzenie karnoskarbowe" i nie wyjaśnił "(...) dlaczego organ pierwszej instancji zwlekał ponad 2 lata z wszczęciem dochodzenia, skoro już w kwietniu 2019 roku posiadał wiedzę o rzekomych nieprawidłowościach w rozliczeniach Spółki (...), zaś w maju 2019 roku wpłynęło oficjalne zawiadomienie w tej sprawie skierowane do komórki karnoskarbowej NUS" (str. 7 – 8 uzasadnienia skargi kasacyjnej).
5.6. Jak wynika z treści przytoczonej wyżej argumentacji zarzucając w skardze kasacyjnej naruszenie art. 133 § 1 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi kwestionowana jest przyjęta przez Sąd pierwszej instancji ocena braku podstaw do przyjęcia "instrumentalnego" wszczęcia postępowania karnego skarbowego, także w kontekście znajdujących się w aktach sprawy adnotacji wskazujących – jak podniesiono w uzasadnieniu skargi kasacyjnej – na to, że "(...) dochodzenie karne skarbowe wobec Spółki zostało wszczęte pod naciskiem osób prowadzących wobec Spółki postępowanie podatkowe, którym zależało na zawieszeniu biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych" (str. 9 – 11 uzasadnienia skargi kasacyjnej).
Z uzasadnienia zaskarżonego wyroku wynika, że Sąd pierwszej instancji nie pominął dokumentów znajdujących się w aktach sprawy oraz, że przeprowadził ocenę zgodności z prawem na podstawie dokumentów, które nie zostały przedstawione w aktach sprawy.
Wbrew zatem zarzutom skargi kasacyjnej Sąd pierwszej instancji nie naruszył art. 133 § 1 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, gdyż "orzekał na podstawie akt sprawy". Tymczasem naruszenie tego przepisu może stanowić usprawiedliwioną podstawę kasacyjną wówczas, gdy Sąd przyjął i wnioskował o jakimś fakcie na podstawie źródła znajdującego się poza aktami sprawy, a więc wówczas, gdy wbrew zasadzie wyrażonej na gruncie przywołanego przepisu prawa naruszył zakaz wyprowadzania oceny prawnej na podstawie faktów i dowodów niewynikających z akt sprawy, a tym samym naruszył zakaz wykraczania poza materiał dowodowy zebrany w postępowaniu zakończonym decyzją (tak m.in. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 10 marca 2026 r., sygn. akt III OSK 2707/24 oraz cytowane w uzasadnieniu tego wyroku orzeczenia dostępne w CBOSA).
5.7. Bezzasadny był podniesiony w pkt 3.2.3. skargi kasacyjnej zarzut naruszenia art. 269 § 1 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Stawiając ten zarzut podniesiono, że naruszenie tego przepisu polegało na "niezastosowaniu uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z 24 maja 2021 r. sygn. akt I FPS 1/21" oraz przytoczono w treści zarzutu wybrane fragmenty uzasadnienia uchwały. W uzasadnieniu skargi kasacyjnej argumentowano, że "(...) WSA nie zastosował się do wymogów postawionych sądom administracyjnym w cytowanej wyżej uchwale, albowiem jedynie w sposób "mechaniczny", pozbawiony szerszego spojrzenia ocenił zarzuty Spółki, pomijając zupełnie konieczność uwzględnienia zasad i wartości konstytucyjnych i zasad ogólnych prawa europejskiego" (str. 15 uzasadnienia skargi kasacyjnej).
Przypomnieć należy, że w wydanej na wniosek Rzecznika Małych i Średnich Przedsiębiorców, na podstawie art. 264 § 2 w związku z art. 15 § 1 pkt 2 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, uchwale Naczelnego Sądu Administracyjnego z 24 maja 2021r. sygn. akt I FPS 1/21, wyjaśniono, że "W świetle art. 1 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. z 2017 r. poz. 2188 z późn. zm.) oraz art. 1 – 3 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2019 r. poz. 2325 z późn. zm.) ocena przesłanek zastosowania przez organy podatkowe przy wydawaniu decyzji podatkowej art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2020 r. poz. 1325 z późn. zm.) mieści się w granicach sprawy sądowej kontroli legalności tej decyzji". W uzasadnieniu uchwały przedstawiono natomiast kryteria, które mogą być przydatne do wyjaśnienia, czy wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe nie miało pozorowanego charakteru i nie służyło jedynie wstrzymaniu biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
5.8. W rozpoznawanej sprawie Sąd pierwszej instancji przeprowadził ocenę zgodności z prawem zaskarżonej decyzji w podanym wyżej kontekście i stwierdził w podsumowaniu (pkt 7.5. uzasadnienia wyroku), że "(...) w świetle uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 24 maja 2021 r., sygn. akt I FPS 1/21, nie podziela zarzutu instrumentalnego wszczęcia postępowania karno-skarbowego".
To, że w skardze kasacyjnej nie zgodzono się z tą oceną nie mogło stanowić skutecznej podstawy zarzutu naruszenia art. 269 § 1 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi.
5.9. Bezzasadne były także zarzuty naruszenia art. 141 § 4 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi.
Przepis ten określa elementy, które powinno zawierać uzasadnienie wyroku. Jak wielokrotnie wyjaśniono w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego, zarzut naruszenia tego przepisu może stanowić samodzielną podstawę kasacyjną zasadniczo w dwóch przypadkach: po pierwsze, jeżeli uzasadnienie wojewódzkiego sądu administracyjnego nie zawiera stanowiska, co do stanu faktycznego przyjętego za podstawę zaskarżonego rozstrzygnięcia (por. uchwała składu siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z 15 lutego 2010 r. sygn. akt II FPS 9/09 ONSAiWSA z 2010 r., nr 3, poz. 39), po drugie, gdy uzasadnienie zaskarżonego wyroku zostało sporządzone w sposób uniemożliwiający przeprowadzenie jego kontroli przez Naczelny Sąd Administracyjny (por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z: 28 września 2010 r., sygn. akt I OSK 1605/09 oraz z 13 października 2010 r., sygn. akt II FSK 1479/09; dostępne w CBOSA).
Odnosząc powyższe do zarzutu sformułowanego w skardze kasacyjnej Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, że sporządzone w niniejszej sprawie uzasadnienie zaskarżonego wyroku spełnia wszystkie wymogi określone w art. 141 § 4 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Przedstawiono w nim stan faktyczny sprawy, podano zarzuty sformułowane w skardze, stanowisko organu oraz wskazano podstawę prawną rozstrzygnięcia i jej wyjaśnienie.
Analiza uzasadnienia zaskarżonego wyroku pozwala na prześledzenie toku rozumowania Sądu pierwszej instancji i poznanie motywów, jakimi kierował się podejmując rozstrzygnięcie w sprawie. Podkreślenia wymaga, że za pomocą zarzutu naruszenia art. 141 § 4 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi nie można skutecznie zwalczać prawidłowości stanowiska co do wykładni bądź zastosowania prawa materialnego, czy procesowego. Fakt reprezentowania odmiennego poglądu prawnego przez skarżącą spółkę, nie oznacza wadliwości uzasadnienia zaskarżonego wyroku.
5.10. Powyższa ocena dotyczy także podniesionego w pkt 3.2.4. skargi kasacyjnej zarzutu naruszenia art. 141 § 4 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, w którym wskazując na naruszenie prawa do obrony stanowiącego zasadę ogólną prawa Unii Europejskiej, zarzucono oparcie rozstrzygnięcia na materiałach niejawnych dla skarżącej spółki, tj. aktach dochodzenia w sprawie o sygnaturze [...] i że nie są jej znane motywy zaskarżonego wyroku. Nie ujawniono bowiem i nie wyjaśniono, na jakiej podstawie uznano, że dochodzenie karnoskarbowe było prowadzone w sposób aktywny.
Powyższy zarzut – jak wynika z jego treści oraz uzasadnienia – koresponduje z zarzutami naruszenia art. 70 § 6 pkt 1 oraz art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, polegającymi na oddaleniu skargi, pomimo że w sprawie nie doszło do skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia, albowiem dochodzenie karnoskarbowe zostało wszczęte w sposób instrumentalny.
5.11. Naczelny Sąd Administracyjny oceniając powyższe zarzuty zauważa, że powstały w rozpoznawanej sprawie spór sprowadzał się do zakresu i "głębokości" kontroli sądów administracyjnych postanowienia o wszczęciu postępowania karnego skarbowego w aspekcie wpływu na zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych, stosownie do treści art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej.
Na tym tle pojawiła się także potrzeba oceny jakie znaczenie dla oceny zgodności z prawem zaskarżonej decyzji miało umorzenie przez Naczelnika Trzeciego Urzędu Skarbowego [...] Urzędu Skarbowego w R. dochodzenia w sprawie o przestępstwo skarbowe z art. 56 § 2 k.k.s. w związku z art. 56 § 1 k.k.s. w związku z art. 6 § 2 k.k.s. na podstawie art. 17 § 1 pkt 2 k.p.k. w związku z art. 113 § 1 k.k.s., art. 322 § 1 k.p.k. w związku z art. 113 § 1 k.k.s.
5.12. W podanym wyżej kontekście należy odnotować, że Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku składu siedmiu sędziów z 14 kwietnia 2025 r., sygn. akt I FSK 1078/24 (dostępny w CBOSA) wyjaśnił, że "Umorzenie postępowania karnego skarbowego z powodu stwierdzenia braku znamion czynu zabronionego, może stanowić przesłankę bezskuteczności zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, o którym stanowi art. 70 § 6 pkt 1 w związku z art. 70c Ordynacji podatkowej, ze skutkiem ex tunc, jako konsekwencja instrumentalnego wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o ile przesłanka ta oceniana jest w świetle całokształtu relewantnych w tym zakresie okoliczności danej sprawy".
W uzasadnieniu powyższego wyroku, wskazując na uchwałę składu siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z 24 maja 2021 r., sygn. akt I FPS 1/21 (dostępna w CBOSA), przypomniano, że okoliczność, zgodnie z którą ocena przesłanek zastosowania art. 70 § 6 pkt 1 w związku z art. 70c Ordynacji podatkowej przez organy podatkowe przy wydawaniu decyzji podatkowej mieści się w granicach sprawy sądowej kontroli legalności tej decyzji, nie normuje domniemania o instrumentalnym wszczęciu postępowania w sprawie karnej skarbowej, a więc ukierunkowanego wyłącznie na ziszczenie się materialnoprawnego skutku zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
Podkreślono, że dopiero kwalifikowane i oczywiste okoliczności faktyczne i prawne, jakie zaistniały na gruncie danej sprawy, uprawniać mogą sąd administracyjny do wyrażenia oceny w przedmiocie "instrumentalności" wszczęcia postępowania karnego skarbowego jako formy nadużycia prawa przez organ podatkowy.
W uzasadnieniu przywołanego wyżej wyroku podkreślono również, że w hipotezie art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej posłużono się sformułowaniem "podejrzenie popełnienia", nie zaś "popełnienie" przestępstwa lub wykroczenia, wiążącym się z niewykonaniem danego zobowiązania podatkowego, a uzasadniającym wszczęcie postępowania w sprawie karnej skarbowej. Zwrócono także uwagę na to, że nie tyle fakt popełnienia czynu, lecz powzięcie przez organ podatkowy podejrzenia co do jego popełnienia, skutkuje zawieszeniem biegu terminu przedawnienia zobowiązania, którego niewykonanie wiąże się z tym podejrzeniem, jeśli postępowanie w sprawie karnej skarbowej obejmującej ten czyn zostało wszczęte i o wszczęciu tym podatnik został poinformowany przed upływem biegu tego terminu.
5.13. Przenosząc powyższe na grunt rozpoznawanej sprawy odnotować należy, że wbrew temu co zarzucono w skardze kasacyjnej, nie można przyjąć, że wystąpiły w niej "kwalifikowane i oczywiste okoliczności faktyczne i prawne", które uprawniały do oceny, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego było formą nadużycia prawa przez organ podatkowy, gdyż miało charakter "instrumentalny".
Jak wyjaśnił Naczelny Sąd Administracyjny w przywołanej już uchwale składu siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z 24 maja 2021 r., sygn. akt I FPS 1/21 – "(...) kontrola sądów administracyjnych, w przypadku przesłanki, jaką stanowi wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, nie może być ukierunkowana na wszechstronną i ogólną ocenę prawidłowości jego wszczęcia z punktu widzenia przepisów k.p.k. czy k.k.s. i celów w sferze prawa karnego, realizowanych przez te ustawy. Taka ocena należy bowiem do organów nadzorujących postępowanie przygotowawcze (...)".
Wprawdzie we wspomnianej wyżej uchwale przyjęto, że ocena przesłanek zastosowania przez organy podatkowe przy wydawaniu decyzji podatkowej art. 70 § 6 pkt 1 w związku z art. 70c Ordynacji podatkowej mieści się w granicach sprawy sądowej kontroli legalności tej decyzji, to jednak nie oznacza to, że sąd administracyjny ma przejąć kontrolę nad legalnością wszczynania postępowań karnych skarbowych (tak m.in. Naczelny Sąd Administracyjny w wyrokach z 10 kwietnia 2025 r. sygn. akt: I FSK 2619/21, I FSK 2620/21 i I FSK 85/22; dostępne w CBOSA).
5.14. W przedstawionym wyżej kontekście – jak zasadnie przyjął Sąd pierwszej instancji – o "instrumentalnym" charakterze wszczętego w rozpoznawanej sprawie dochodzenia nie świadczyły takie okoliczności, jak to, że postępowanie karnoskarbowe wszczęto 17 czerwca 2021 r., a więc na ponad sześć miesięcy przed upływem terminu przedawnienia oraz że postępowanie to zostało ostatecznie umorzone.
To, że wszczęto postępowanie karnoskarbowe "na ponad sześć miesięcy przed upływem terminu przedawnienia" samo przez się mogło świadczyć o instrumentalności tego postępowania lub jego wszczęcia. Ze względu na możliwość wszczynania postępowań karnych aż do czasu wystąpienia ujemnej przesłanki w postaci przedawnienia czynu karalnego pogląd wyrażony w skardze kasacyjnej powinien mieć wyraźne uzasadnienie normatywne, którego jednak nie przedstawiono.
5.15. W uzasadnieniu postanowienia o umorzeniu postępowania karnoskarbowego wyjaśniono na jakich podstawach faktycznych i prawnych wszczęto dochodzenie oraz jaki był jego przebieg. Podkreślono, że w ramach prowadzonego postępowania przygotowawczego zgromadzono materiały z akt postępowania podatkowego oraz przesłuchano świadków.
Zwrócono przy tym uwagę na to, że warunkiem koniecznym przypisania każdego przestępstwa, a w tym i przestępstwa skarbowego, jest między innymi ustalenie, że sprawca swym czynem wyczerpał wszystkie przedmiotowe znamiona określonego typu przestępstwa, a czyn ten był zawiniony. Brak w czynie zawinienia umyślnego, a co najmniej nieumyślnego, gdy ustawa kama dopuszcza taką możliwość, powoduje, że czyn taki nie może być uznany za przestępstwo, a jego sprawca nie może być pociągnięty do odpowiedzialności karnej.
Podkreślono także, że przestępstwo z art. 56 k.k.s. można popełnić w obu odmianach umyślności, a więc zarówno z zamiarem bezpośrednim jak i z zamiarem ewentualnym i że dla przypisania strony podmiotowej oszustwa podatkowego konieczne jest stwierdzenie, że sprawca obejmował świadomością i wolą (w postaci chęci lub co najmniej godzenia się) wszystkie elementy strony przedmiotowej tego czynu zabronionego. W rezultacie w uzasadnieniu postanowienia o umorzeniu dochodzenia przyjęto, że "(...) nie można przypisać winy nikomu z reprezentantów skarżącej spółki" a sam fakt błędnego opodatkowania przedmiotowych transakcji nie oznacza natomiast, że doszło do popełnienia przestępstwa skarbowego.
Mając na uwadze przyczyny umorzenia postępowania karnego skarbowego, tj. "brak winy reprezentantów skarżącej spółki" nie można skutecznie z tego faktu wyprowadzać wniosku, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego miało charakter "instrumentalny".
5.16. Odrębną kwestią pozostaje natomiast to, czy postępowanie karne skarbowego nie zostało w sposób "instrumentalny przedłużone". Z art. 70 § 7 pkt 1 Ordynacji podatkowej wynika bowiem, że bieg terminu przedawnienia rozpoczyna się, a po zawieszeniu biegnie dalej, od dnia następującego po dniu prawomocnego zakończenia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe.
Postanowienie o umorzeniu dochodzenia datowane jest na 7 grudnia 2021 r. natomiast zostało podpisane 29 marca 2022 r. Zawiadomienie skarżącej spółki o zakończeniu okresu zawieszenia biegu terminu przedawnienia zostało wystosowane dopiero 9 czerwca 2022 r., przy czym w jego treści wskazano, że prawomocne zakończenie postępowania nastąpiło 5 kwietnia 2022 r. Jak trafnie argumentowała skarżąca spółka oznaczało to, że "od 7 grudnia 2021r. do 5 kwietnia 2022 r. postępowanie karne skarbowe de facto nie toczyło się".
Brak w skardze kasacyjnej zarzutu naruszenia art. 70 § 7 pkt 1 Ordynacji podatkowej uniemożliwiał ocenę, czy "przedłużenie do 5 kwietnia 2022 r. miało charakter sztuczny i służyło jedynie temu, aby przedłużyć okres zawieszenia biegu terminu przedawnienia i umożliwić organowi II Instancji wydanie decyzji".
5.17. O "instrumentalnym" charakterze wszczętego dochodzenia nie przesądzała także przywołana w skardze kasacyjnej argumentacja, że "pracownicy NUS prowadzący czynności w ramach postępowania podatkowego, mimo wystosowania wcześniejszego zawiadomienia skierowanego do pracowników odpowiedzialnych za prowadzenie postępowań karnych skarbowych w ramach wydzielonego Stanowiska do spraw Karnych Skarbowych – na skutek długotrwałego braku reakcji pracowników SKK oraz po interwencji pracownika nadzorującego postępowanie podatkowe, kontaktowali się ponownie z SKK w celu zawieszenia biegu terminu przedawnienia, co bezpośrednio wynika z treści i kontekstu sporządzanych na tej podstawie notatek służbowych".
W uzasadnieniu zaskarżonego wyroku Sąd pierwszej instancji przedstawił ocenę stawianych w skardze zarzutów, w których podniesiono, że "(...) dochodzenie karne skarbowe wobec Spółki zostało wszczęte pod naciskiem osób prowadzących wobec Spółki postępowanie podatkowe, którym zależało na zawieszeniu biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych". Trafnie zwrócił uwagę na to, że organ podatkowy jest uprawniony na każdym etapie postępowania, do badania czy w sprawie nie doszło do przedawnienia zobowiązania podatkowego, z uwzględnieniem przesłanek skutkujących jego przerwaniem bądź zawieszeniem.
Przywołane w uzasadnieniu skargi kasacyjnej notatki urzędowe dokumentujące wewnętrzną korespondencję pracowników organu pierwszej instancji w sprawie zawieszenia biegu terminu przedawnienia same przez się nie dawały podstaw do przyjęcia, że postępowania karnego skarbowego miało charakter instrumentalny i w tym zakresie Naczelny Sąd Administracyjny podziela ocenę przyjętą przez Sąd pierwszej instancji.
5.18. Nie miały również wpływu na wynik sprawy powtórzone w skardze kasacyjnej zarzuty oraz argumentacja dotycząca treści doręczonego skarżącej spółce oraz jej pełnomocnikowi zawiadomienia o zawieszeniu biegu terminu, o którym stanowi art. 70c Ordynacji podatkowej, to jest, że "zostało sformułowane w sposób nieprawidłowy, w związku z czym nie mogło wywołać skutku wskazanego w art. 70 § 6 pkt 1 O.p.".
To że w zawiadomienie zawierało informację o wszczęciu dochodzenia "wobec K.K.", a nie "wobec rozliczeń podatkowych K.K." nie miało wpływu na skutek w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej.
Z akt sprawy wynikało, że Naczelnik Trzeciego [...] Urzędu Skarbowego w R. "wszczął w 17 czerwca 202l r. dochodzenie w sprawie podania nieprawdy w złożonych Naczelnikowi Trzeciego [...] Urzędu Skarbowego w R. za okres od kwietnia 2016 r. do grudnia 2016r., w imieniu podatnika K.K. SA dla potrzeb rozliczania podatku towarów i usług deklaracjach VAT-7 za okres od kwietnia 2016 r. do grudnia 2016r. przez wykazanie we wskazanych deklaracjach wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów opodatkowanej stawką podatku VAT 0%, podczas gdy dostawa ta winna być opodatkowana stawką 23% oraz zaniżenie w deklaracji za kwiecień 2016 r. podstawy opodatkowania co w konsekwencji doprowadziło do uszczuplenia podatku od towarów i usług VAT za okres od kwietnia 2016 r. do grudnia 2016 r. w łącznej kwocie 306.782,00zł tj. o przestępstwo skarbowe z art. 56 § 2 kks w zw. z art. 56 § 1 kks w zw. z art. 6 § 2 kks".
Art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej stanowi, że bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem "wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym podatnik został zawiadomiony, jeżeli podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania".
Istota art. 70c Ordynacji podatkowej sprowadza się natomiast do zapewnienia podatnikowi wiedzy o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, a nie o samym fakcie wszczęcia postępowania karnego skarbowego. Taką "wiedzę" bez wątpienia posiadała skarżąca spółka w oparciu o doręczone jej oraz jej pełnomocnikowi zawiadomienie.
5.19. Bezzasadne były zarzuty skargi kasacyjnej dotyczące braku podstaw do wydania przez organ odwoławczy wydania decyzji kasatoryjnej. W zarzutach tych argumentowano, że organ odwoławczy powinien w ramach podstępowania odwoławczego rozstrzygnąć sprawę co do istoty, tj. uchylić decyzję organu pierwszej instancji i umorzyć postępowanie podatkowe w zakresie w jakim zobowiązania podatkowe uległy przedawnieniu, tj. za okresy od kwietnia do listopada 2016 r. oraz orzec co do istoty w pozostałym zakresie, to jest wydać decyzję merytoryczną polegającą na umorzeniu postępowania podatkowego za grudzień 2016 r. z uwagi na brak jakichkolwiek nieprawidłowości w rozliczeniach podatkowych za ten okres.
5.20. Przedstawiona przez Sąd pierwszej instancji ocena tych zarzutów zasługuje na pełną aprobatę. Z uwagi na przedstawioną już ocenę zarzutów dotyczących przedawnienia zobowiązań podatkowych za okresy od kwietnia do listopada 2016 r., brak było na obecnym etapie postępowania podstaw do jego umorzenia.
W skardze kasacyjnej nie została natomiast w żaden sposób zakwestionowana ocena, w której organ odwoławczy przyjął, że "(...) podziela stanowisko Organu I instancji, iż brak było podstaw do zastosowania przez skarżącą spółkę 0% stawki podatku VAT do kwestionowanych dostaw. Spełnione zostały bowiem przesłanki wskazane przez TSUE w wyroku w sprawie C-653/18 odmowy zastosowania do takich transakcji stawki w wysokości 0% VAT" oraz że "(...) przy ponownym rozpoznaniu sprawy organ I instancji powinien ponownie zweryfikować poprawność rozliczenia podatku od towarów, (...) w szczególności przeprowadzić dalsze postępowania dowodowe w celu ustalenia w jakim zakresie nabywane towary i usługi były związane ze sprzedażą opodatkowaną".
Organ odwoławczy zalecił także aby organ pierwszej instancji "(...) w pierwszej kolejności, kierując się regułami określonymi w art. 180 § 1 i art. 187 § 1 Ordynacji podatkowej powinien uzupełnić i rozpatrzyć materiał dowodowy, uwzględniając zalecenia wskazane w niniejszej decyzji, a następnie rozważyć czy do ustalenia i oceny stanu faktycznego przedmiotowej sprawy niezbędne jest przeprowadzenie pozostałych dowodów wnioskowanych przez pełnomocnika Strony" (str. 30 uzasadnienia zaskarżonej decyzji).
5.21. Przytoczona wyżej treść uzasadnienia zaskarżonej decyzji przesądzała o bezzasadności podniesionych w pkt 3.2.7. oraz 3.3.8. skargi kasacyjnej zarzutów naruszenia art. 233 § 2, art. 229 oraz art. 233 § 1 pkt 2 lit. a i art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 Ordynacji podatkowej. Przedstawiona w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku (pkt 8.1. – 8.5.) ocena tych zarzutów była bezbłędna i podziela ją także Naczelny Sąd Administracyjny.
5.22. Wobec braku w skardze kasacyjnej uzasadnienia zarzutów naruszenia prawa materialnego nie poddawały się ocenie podniesione w pkt 3.3. zarzuty naruszenia prawa materialnego, tj. art. 70 § 6 pkt 1 w związku z art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej oraz art. 2 i art. 7 Konstytucji RP.
Przypomnieć należy, że koniecznym elementem skargi kasacyjnej – oprócz przytoczenia podstaw kasacyjnych – "ich uzasadnienie" (art. 176 § 1 pkt 2 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi).
Uzasadnienie skargi kasacyjnej powinno zawierać rozwinięcie zarzutów kasacyjnych przez wyjaśnienie, na czym konkretnie polegało naruszenie wskazanych w zarzutach przepisów, a także wykazanie wpływu takiego uchybienia na wynik sprawy. Pominięcie, czy też zbyt lakoniczne sygnalizowanie określonych zagadnień w uzasadnieniu skargi kasacyjnej skutkuje niemożnością zakwestionowania przez Naczelny Sąd Administracyjny stanowiska wyrażonego w ich zakresie przez sąd pierwszej instancji, a przez to przyjętej przez ten sąd oceny zgodności z prawem zaskarżonego aktu administracyjnego (tak m.in. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 7 września 2017 r., sygn. akt I FSK 2298/15, dostępny w CBOSA).
Ponieważ w uzasadnieniu skargi kasacyjnej w żaden sposób nie wyjaśniono na czym polegało naruszenie wskazanych w zarzutach przepisów prawa materialnego. Brak uzasadnienia tych zarzutów skutkował niemożnością zakwestionowania przez Naczelny Sąd Administracyjny stanowiska wyrażonego w ich zakresie przez Sąd pierwszej instancji, a przez to przyjętej przez ten sąd oceny zgodności z prawem zaskarżonej decyzji.
5.23. W świetle poczynionych wyżej ustaleń, uznając skargę kasacyjną za pozbawioną uzasadnionych podstaw, Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 184 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi orzekł, jak w sentencji wyroku.
Dominik Mączyński Danuta Oleś Ryszard Pęk
sędzia WSA (del) sędzia NSA sędzia NSA
-----------------------
25