Zdaniem Strony, w opisanym stanie faktycznym sprawy, jeżeli fakt zmiany kwoty należnego wynagrodzenia, zostanie udokumentowany innym niż faktura korygująca dokumentem księgowym, np. notą księgową, Szpital nie ma możliwości pomniejszenia podstawy opodatkowania w ewidencji sprzedaży oraz składanej wraz z ewidencją deklaracji dla podatku od towarów i usług. (Ad. 4.).
2.4. Dyrektor KIS wydał interpretację indywidualną, w której uznał stanowisko Wnioskodawcy za nieprawidłowe. Organ podkreślił, że opłata ryczałtowa jest wypłacana za utrzymanie stanu gotowości do udzielania świadczeń opieki zdrowotnej i w przypadku świadczeń udzielanych w szpitalu tymczasowym obejmuje m.in. pozostawanie w dyspozycji obsady kadrowej. Oznacza to, że należność z tytułu realizacji świadczeń opieki zdrowotnej w niniejszym przypadku obejmuje również wartość wynagrodzeń obsady kadrowej. Pomniejszenie zaś przez Wnioskodawcę należności z tytułu realizacji świadczeń oznacza tylko tyle, że NFZ nie jest zobowiązany do wypłacenia tej części należności, która została oddzielnie przekazana Wnioskodawcy przez ww. podmioty trzecie. Zatem nie można przyjąć, że podstawę opodatkowania stanowi wartość wynagrodzenia należnego od NFZ pomniejszona o wartość środków otrzymanych na pokrycie kosztów wynagrodzeń, gdyż tak ustalona podstawa opodatkowania nie uwzględnia rzeczywistej wartości świadczenia Wnioskodawcy.
2.5. Skarżący, reprezentowany przez pełnomocnika, wniósł skargę do Sądu na powyższą interpretację, zarzucając w niej naruszenia: - art. 29a ust. 1 i art. 106j ust. 1 ustawy o VAT oraz art. 109 ust. 3 tej ustawy jak również § 2 pkt 8, § 4 pkt 1 lit. a oraz § 10 ust. 1 pkt 1 lit. a rozporządzenia Ministra Finansów, Inwestycji i Rozwoju z dnia 15 października 2019 r. w sprawie szczegółowego zakresu danych zawartych w deklaracjach podatkowych i w ewidencji w zakresie podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2019 r. poz. 1988 z późn. zm.).
3. Uzasadnienie rozstrzygnięcia Sądu pierwszej instancji
3.1. Sąd pierwszej instancji - działając na podstawie art. 146 § 1 w związku z art. 145 § 1 pkt 1 lit. a P.p.s.a - uchylił zaskarżoną interpretację.
3.2. Sąd przyjął, że w sprawie kluczowa kwestia sporna sprowadzała się do rozstrzygnięcia charakteru dotacji, dofinansowania (środków otrzymywanych przez Wnioskodawcę na pokrycie kosztów wynagrodzeń). W realiach sprawy dofinansowanie przekazane przez Małopolski Urząd Wojewódzki oraz Ministerstwo Zdrowia miało za zadanie sfinansować koszty wynagrodzenia pracowników Wnioskodawcy (zatrudnionych na podstawie umowy o pracę oraz umowy zlecenia), tj. osób wykonujących zawód medyczny, skierowanych do pracy w szpitalu tymczasowym. Tym samym dofinansowanie (dotacja) to pokrywa koszty działalności Skarżącego, nie jest przyznawane jako dopłata do ceny usługi, a przeznaczone jest na pokrycie poniesionych kosztów, co oznacza że występuje dofinansowanie (dotacja) o charakterze zakupowym (kosztowym), a nie dofinansowanie (dotacja), mające na celu sfinansowanie ceny sprzedaży, podlegające opodatkowaniu VAT.
W związku z powyższym Sąd stwierdził, że otrzymywane przez Wnioskodawcę dotacje (finansowanie wynagrodzenia pracowników) nie będą stanowić obrotu w rozumieniu art. 29 ust. 1 ustawy o VAT.
3.3. Sąd wskazał, aby w toku ponownie przeprowadzonego postępowania organ interpretacyjny uwzględnił przedstawioną powyżej argumentację, tj. wykładnię mających zastosowanie w niniejszej sprawie przepisów prawa materialnego w zakresie odpowiedzi na pytanie nr 1. Następnie zaś, mając na uwadze stanowisko w zakresie pytania nr 1 (w tym wykładnię art. 29a), ponownie oceni stanowisko Wnioskodawcy w zakresie pytań nr 2-4.
4. Skarga kasacyjna Dyrektora KIS
4.1. W skardze kasacyjnej Dyrektor KIS, zaskarżając powyższy wyrok w całości, wniósł o jego uchylenie w całości i oddalenie skargi, ewentualnie o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania. Nadto wnoszący skargę kasacyjną wniósł o zasądzenie na rzecz organu kosztów postępowania kasacyjnego wraz z kosztami zastępstwa procesowego według norm prawem przepisanych.
4.2. Dyrektor KIS zarzucił Sądowi pierwszej instancji naruszenie przepisów:
1) art. 141 § 4 P.p.s.a. poprzez wadliwe uzasadnienie, przyjęcie błędnych przesłanek, niedostateczne wyjaśnienie podstawy rozstrzygnięcia i sposobu dojścia do przyjętych ocen, przez co także wyrok nie poddaje się kontroli instancyjnej;
2) art. 146 § 1 w zw. z art. 133 § 1 oraz art. 141 § 4 P.p.s.a. poprzez wydanie wyroku na podstawie stanu sprawy przedstawionego w uzasadnieniu w zawężony sposób, przez co w części odbiegający od przedstawionego przez Skarżącą stanu faktycznego przedstawionego we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej;
3) art. 29a ust. 1 ustawy o VAT przez błędną wykładnię, prowadzącą do takiego rozumienia wskazanego przepisu, iż nie będzie zaliczana do podstawy opodatkowania otrzymana przez Szpital kwota dofinansowania do kosztów wynagrodzenia pracowników Skarżącego, bowiem w ocenie Sądu dofinansowanie to pokrywa koszty działalności Skarżącego i tym samym nie ma bezpośredniego wpływu na cenę świadczonych usług, gdy tymczasem zdaniem organu prawidłowa wykładnia powinna prowadzić do wniosku, że kwota dofinasowania do kosztów wynagrodzenia pracowników Skarżącego w związku z realizacją zadań związanych z epidemią Covid-19 ma bezpośredni wpływ na cenę usługi i stanowi w istocie dotację do konkretnej czynności podlegającej opodatkowaniu, a zatem dotacja powinna być elementem podstawy opodatkowania świadczonych usług.
4.3. Odpowiedzi na skargę kasacyjną Skarżący nie wnosił.
5. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
5.1. W myśl art. 183 § 1 P.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej (podstaw kasacyjnych), chyba że zachodzą przesłanki nieważności postępowania sądowego wymienione w § 2 powołanego artykułu. Takiego rodzaju przesłanek w niniejszej sprawie z urzędu nie odnotowano. Podobnie w trybie tym nie ujawniono podstaw do odrzucenia skargi ani do umorzenia postępowania przed Sądem pierwszej instancji, które obligowałyby Naczelny Sąd Administracyjny do wydania postanowienia przewidzianego w art. 189 P.p.s.a., niezależnie od zarzutów skargi kasacyjnej (zob. uchwała NSA z dnia 8 grudnia 2009 r., sygn. akt II GPS 5/09, ONSAiWSA 2010, nr 3, poz. 40).
5.2. Skarga kasacyjna została zatem zbadana według reguły związania zarzutami w niej zawartymi (art. 183 § 1 ab initio P.p.s.a.). Badana w tych ramach okazała się niezasadna i dlatego podlegała oddaleniu.
5.3. Spór sprawy dotyczy tego, czy w opisanym we wniosku o wydanie interpretacji stanie faktycznym, podstawę opodatkowania zgodnie z art. 29a ust. 1 ustawy o VAT po stronie Wnioskodawcy stanowi wartość wynagrodzenia należnego od Narodowego Funduszu Zdrowia pomniejszona o wartość środków otrzymanych na pokrycie kosztów wynagrodzeń?
5.4. Wbrew ocenie Dyrektora KIS, na tle przedstawionego we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej opisu stanu faktycznego, Sąd pierwszej instancji, przychylając się do stanowiska prezentowanego przez Stronę, prawidłowo ocenił, że Dyrektor KIS w zaskarżonej interpretacji dokonał błędnej wykładni art. 29a ust. 1 ustawy o VAT.
5.4.1. Z przepisu art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, wynika, że podstawą opodatkowania (...) jest wszystko, co stanowi zapłatę, którą dokonujący dostawy towarów lub usługodawca otrzymał lub ma otrzymać z tytułu sprzedaży od nabywcy, usługobiorcy lub osoby trzeciej, włącznie z otrzymanymi dotacjami, subwencjami i innymi dopłatami o podobnym charakterze mającymi bezpośredni wpływ na cenę towarów dostarczanych lub usług świadczonych przez podatnika.
Przepis powyższy stanowi implementację art. 73 Dyrektywy Rady 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz. U. UE. L. z 2006 r. Nr 347, s. 1 ze zm.; dalej: "Dyrektywa"), zgodnie z którym podstawą opodatkowania jest w odniesieniu do dostaw towarów i usług innych niż wymienione w art. 74-77, wszystko co stanowi zapłatę otrzymaną lub którą dostawca lub usługodawca otrzyma w zamian za dostawę towarów lub świadczenie usług, od nabywcy, usługobiorcy lub osoby trzeciej, włącznie z subwencjami związanymi bezpośrednio z ceną takiej dostawy lub świadczenia.
Dlatego interpretując treść normy krajowej należało mieć na uwadze orzecznictwo Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej dotyczące art. 73 Dyrektywy, a w szczególności wyrok TSUE o sygn. C - 184/00, do którego odwołał się Sąd pierwszej instancji w zaskarżonym wyroku z 20 października 2022 r., jak również zapadły już po nim wyrok TSUE o sygn. C-615/23 z 8 maja 2025 r.
Z pierwszego z tych wyroków wynika bowiem, że do podstawy opodatkowania wchodzi tylko taka dotacja, która bezpośrednio wpływa na cenę, tj. na kwotę należną podatnikowi z tytułu dostawy towaru albo świadczenia usługi, zaś każda inna dotacja do podstawy opodatkowania nie wchodzi. Trybunał wskazał, że dotacje na pokrycie kosztów zazwyczaj mają wpływ na kalkulowaną na bazie kosztów cenę towarów. Do uznania dotacji za podlegającą opodatkowaniu nie jest jednak wystarczające samo stwierdzenie możliwości wpływu dotacji na cenę. Konieczne jest, aby dotacja została wypłacona bezpośrednio w celu umożliwienia podmiotowi dostarczenia określonych towarów lub wykonanie określonych usług. Wówczas dotacja jest wynagrodzeniem za dostarczenie towaru lub wykonanie usługi i podlega opodatkowaniu. Trybunał wyjaśnił, że bezpośredni wpływ dotacji/dopłaty na cenę to taki wpływ, który jest jednoznacznie widoczny. Jest tak wówczas, gdy cena jest tak ustalana, że zmniejsza się w proporcji do dotacji. Przy czym proporcja nie jest bezwzględnie konieczna, bowiem dotacja może mieć formę ryczałtową, jednakże różnica w cenie musi być istotna. W tym zakresie dotacja musi stanowić element ustalenia ceny, co jest związane z tym, że musi być ona udzielana w celu sfinansowania konkretnej czynności.
Z kolei drugi z przywołanych wyroków TSUE wprawdzie zapadł ta tle problemu dotyczącego zryczałtowanej rekompensaty wypłacanej przez jednostkę samorządu terytorialnego przedsiębiorstwu świadczącemu usługi publicznego transportu zbiorowego i mającą na celu pokrycie strat poniesionych w ramach świadczenia tych usług, to zawarto w nim rozważania w zakresie rozumienia art. 73 Dyrektywy 112. Tu Trybunał wyjaśnił w szczególności, że w pojęciu 'subwencje związane bezpośrednio z ceną' w rozumieniu art. 73 dyrektywy VAT mieszczą się jedynie te subwencje, które stanowią całkowicie lub częściowo świadczenie uzyskiwane w zamian za określone dostawy towarów lub świadczenia usług oraz są przyznawane przez osobę trzecią sprzedawcy lub świadczącemu usługi [zob. analogicznie wyrok z dnia 9 października 2019 r., C i C (VAT i dotacje rolne), C-573/18 i C-574/18, EU:C:2019:847, pkt 34 i przytoczone tam orzecznictwo]. Natomiast sam fakt, że finansowanie może mieć wpływ na cenę towarów dostarczanych lub usług świadczonych przez podmiot otrzymujący to finansowanie, nie wystarcza, aby objąć to finansowanie opodatkowaniem jako subwencji bezpośrednio związanej z ceną w rozumieniu art. 73 dyrektywy VAT (zob. podobnie wyrok z dnia 22 listopada 2001 r., Office des produits wallons, C-184/00, EU:C:2001:629, pkt 12).
5.4.2. Z okoliczności przedstawionych we wniosku w tej sprawie wynika, że dofinasowanie otrzymane przez Skarżącego nie wchodzi do podstawy opodatkowania, o której mowa w omawianym art. 29a ust. 1 ustawy o VAT. Wskazać bowiem należy, że dofinansowanie to zostało udzielone w konkretnym celu, którym było pokrycie kosztów wynagrodzeń: 1) osób wykonujących zawód medyczny w rozumieniu art. 2 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 15 kwietnia 2011 r. o działalności leczniczej (tekst jedn. Dz. U. z 2020r. poz. 295 z późn. zm.), sfinansowanych przez Fundusz na podstawie polecenia Ministra Zdrowia; 2) osób, skierowanych do pracy w szpitalu tymczasowym na podstawie art. 47 ust. 1 ustawy z dnia 5 grudnia 2008 r. o zapobieganiu oraz zwalczaniu zakażeń i chorób zakaźnych u ludzi, sfinansowanych przez właściwego wojewodę albo Ministra Zdrowia. Przy czym dofinansowanie to nie stanowiło dopłaty do ceny usług, których odbiorcą są zasadniczo mieszkańcy Z. (pacjenci Szpitala).
W świetle powyższego, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie zasadnie przyjął, że jeżeli warunki przyznania dotacji wskazują, że otrzymane dofinansowanie, pokrywające koszty (pracownicze) ponoszone przez Skarżącego w związku z realizacją zadań związanych z epidemią Covid-19, nie jest przyznawane jako dopłata do ceny usługi, a przeznaczone jest na pokrycie poniesionych kosztów, oznacza to, iż występuje dofinansowanie (dotacja) o charakterze zakupowym (kosztowym), a nie dofinansowanie (dotacja), mające na celu sfinansowanie ceny sprzedaży, podlegające opodatkowaniu VAT.
5.5. Bezzasadne były pozostałe zarzuty skargi kasacyjnej upatrujące naruszenia: art. 141 § 4 P.p.s.a. poprzez wadliwe uzasadnienie, przyjęcie błędnych przesłanek, niedostateczne wyjaśnienie podstawy rozstrzygnięcia i sposobu dojścia do przyjętych ocen; art. 146 § 1 w zw. z art. 133 § 1 oraz art. 141 § 4 P.p.s.a. poprzez wydanie wyroku na podstawie stanu sprawy przedstawionego w uzasadnieniu w zawężony sposób, przez co w części odbiegający od przedstawionego przez Skarżącą stanu faktycznego przedstawionego we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej.
Przede wszystkim, wbrew zapatrywaniom ze skargi kasacyjnej, uzasadnienie zaskarżonego wyroku spełniało wymagania z art. 141 § 4 P.p.s.a. Zawierało ono zwięzłe przedstawienie stanu sprawy, zarzutów podniesionych w skardze, podstawę prawną rozstrzygnięcia oraz jej wyjaśnienie.
W orzecznictwie sądowym podkreśla się, że uzasadnienie wyroku w przyszłości ma pomóc stronie oraz sądowi odwoławczemu w prześledzeniu dotychczasowego przebiegu postępowania w sprawie, a także w zapoznaniu się z procesem myślowym, który doprowadził sąd pierwszej instancji do podjęcia zaskarżonego orzeczenia. Znaczenie procesowe uzasadnienia uwidacznia się w tym, że ma ono dać rękojmię, że sąd dołożył należytej staranności przy podejmowaniu rozstrzygnięcia, ma umożliwić sądowi wyższej instancji ocenę, czy przesłanki, na których oparł się sąd niższej instancji, są trafne, ma w razie wątpliwości umożliwić ustalenie granic powagi rzeczy osądzonej i innych skutków prawnych wyroku (zob. uzasadnienie uchwały składu siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z 15 lutego 2010 r., sygn. akt II FPS 8/09, ONSAiWSA 2010, nr 3, poz. 39). Również i z tej perspektywy uzasadnienie zaskarżonego wyroku było należycie sporządzone. Wbrew twierdzeniom Dyrektora KIS możliwa była kontrola tego uzasadnienia.
5.6. Naczelny Sąd Administracyjny, w tym składzie w pełni zaakceptował przedstawioną wykładnię prawa w zaskarżonym wyroku. Z tych względów na podstawie art. 184 P.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny skargę kasacyjną jako nieuzasadnioną oddalił. Orzeczenie o kosztach postępowania uzasadnia treść art. 204 pkt 2 P.p.s.a.
s. WSA (del.) W. Gurba s. NSA A. Mudrecki s. NSA J. Zubrzycki