Mając na uwadze wskazane braki dokonanej czynności, za uzasadnione Sąd uznał zarzuty naruszenia art. 121, art. 122, art. 124 O.p. w zw. z art. 96 ust. 9a pkt 4 u.p.t.u., polegające na niewyjaśnieniu zasadności i przesłanek, którymi organ kierował się przy załatwianiu sprawy, a także ogólnikowym i lakonicznym uzasadnieniu zaskarżonego rozstrzygnięcia.
W ocenie Sądu niezasadny jest zarzut naruszenia art. 96 ust. 9a pkt 4 u.p.t.u. poprzez błędną wykładnię. Wskazany przepis zawiera przesłanki wykreślenia podatnika z rejestru VAT, które nie uzależniają dokonania tej czynności od wydania decyzji ostatecznej w postępowaniu podatkowym.
2. Skarga kasacyjna.
2.1. Skargę kasacyjną wniósł Naczelnik US w S., zaskarżając wyrok Sądu pierwszej instancji w całości.
Zaskarżonemu wyrokowi zarzucił naruszenie przepisów prawa materialnego przez błędną jego wykładnię i w konsekwencji niewłaściwe zastosowanie, co dotyczy art. 96 ust. 9a pkt 4 w zw. z art. 96 ust. 9f u.p.t.u., poprzez błędne przyjęcie, że przepis nakłada na organ sporządzenie specjalnego uzasadnienia czynności organu i że uzasadnienia tego nie może zastąpić przywołanie decyzji wymiarowej wydanej wobec skarżącego, gdzie właśnie z wydanych decyzji jasno i obszernie, zostało wyjaśnione podatnikowi przez organ zasadność zakwestionowania danych transakcji - co było podstawą wykreślenia z ewidencji podatników, a następnie określenie wysokości zakwestionowanych transakcji i niewyjaśnienie w uzasadnieniu WSA organowi zasadności powtórnego powtarzania argumentacji z decyzji, z którymi podatnik musiał się zapoznać i zgadzać się z tymi decyzjami skoro nie wniósł od nich odwołania, gdzie NSA w wyroku 27 września 2022 r., sygn. akt I FSK 1611/19 przesądził już, że nie jest konieczne sporządzenie dodatkowego uzasadnienia, a samo powołanie się na decyzje ostateczne spełnia wymogi należytego uzasadnienia, bo przedmiotem badania WSA nie jest sama czynność materialno - techniczna w postaci zawiadomienia, z którego jedynie wynika data wykreślania a legalność czynności wykreślenia.
Z uwagi na powyższe, organ wniósł o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu. Ewentualnie uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i oddalenie skargi.
W każdym z tych dwóch przypadków o zasądzenie kosztów postępowania według norm przepisanych, w tym kosztów zastępstwa radcy prawnego według norm przypisanych.
2.2. Pismem z 23 października 2024 r. Syndyk masy upadłości B. N., w związku z ogłoszeniem upadłości skarżącego postanowieniem Sądu Rejonowego [...] w G. [...] Wydział Gospodarczy z 9 września 2024 r. wniósł o oddalenie skargi kasacyjnej wniesionej przez Naczelnika US w S. oraz o zasądzenie zwrotu niezbędnych kosztów postępowania.
2.3. Na podstawie art. 182 § 2 P.p.s.a. Przewodniczący Wydziału I Izby Finansowej Naczelnego Sądu Administracyjnego zarządzeniem z 4 listopada 2025 r. skierował sprawę do rozpoznania na posiedzeniu niejawnym.
3. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
skarga kasacyjna okazała się zasadna i dlatego podlegała uwzględnieniu.
3.1. W niniejszej sprawie, przedmiotem zaskarżenia do Sądu pierwszej instancji była czynność Naczelnika US w S., która polegała na wykreśleniu skarżącego z rejestru podatników VAT.
Podstawę prawną czynności z dnia 24 sierpnia 2023 r. wykreślenia skarżącego z rejestru VAT stanowił art. 96 ust. 9a pkt 4 u.p.t.u., zgodnie z którym wykreśleniu z urzędu z rejestru jako podatnik VAT podlega także podatnik, który wystawiał faktury lub faktury korygujące, dokumentujące czynności, które nie zostały dokonane – z zastrzeżeniem ust. 9b-9f.
W art. 96 ust. 9f u.p.t.u. ustawodawca wskazał, że ust. 9a pkt 4 nie ma zastosowania, w przypadku gdy wystawienie faktury lub faktury korygującej było wynikiem pomyłki lub nastąpiło bez wiedzy podatnika.
3.2. Występujące w orzecznictwie rozbieżności w jakiej formie następuje wykreślenie podatnika z rejestru podatników czynnych podatku od towarów i usług, zostały wyjaśnione w uchwale składu siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z 23 października 2023 r., sygn. akt I FPS 3/23.
Odpowiadając na przedstawione zagadnienie prawne budzące poważne wątpliwości prawne, skład rozszerzony przyjął, że: "Wykreślenie podatnika z rejestru podatników czynnych podatku od towarów i usług w trybie art. 96 ust. 9 pkt 5 ustawy o VAT następuje poprzez dokonanie czynności materialno-technicznej".
Wprawdzie przywołana wyżej uchwała dotyczyła wykładni art. 96 ust. 9 pkt 5 u.p.t.u., a niniejsza sprawa dotyczy art. 96 ust. 9a pkt 4 u.p.t.u., to i tak znajdzie zastosowanie w analizowanej sprawie. Uchwała wskazuje bowiem ogólnie na charakter czynności wykreślenia z rejestru VAT.
3.3. Przechodząc do oceny zarzutu sformułowanego w skardze kasacyjnej stwierdzić należało, że Naczelnik US trafnie zarzucił Sądowi pierwszej instancji naruszenie art. 96 ust. 9a pkt 4 w zw. z art. 96 ust. 9f u.p.t.u., poprzez błędne przyjęcie, że przepis nakłada na organ sporządzenie specjalnego uzasadnienia czynności organu i że uzasadnienia tego nie może zastąpić przywołanie decyzji wymiarowej wydanej wobec skarżącego.
Jak już wyżej wskazano, wykreślenie z rejestru podatnika podatku od towarów i usług na podstawie art. 96 ust. 9a pkt 4 u.p.t.u. następuje w formie czynności materialnotechnicznej. Czynność ta, nie wymaga przeprowadzenia postępowania podatkowego, lecz ogranicza się do ustalenia, że podatnik wystawiał faktury lub faktury korygujące, dokumentujące czynności, które nie zostały dokonane – z zastrzeżeniem, że przepis ten nie ma zastosowania, w przypadku gdy wystawienie faktury lub faktury korygującej było wynikiem pomyłki lub nastąpiło bez wiedzy podatnika.
3.4. Naczelny Sąd Administracyjny podziela pogląd wyrażony w wyroku NSA z 27 września 2022 r., sygn. akt I FSK 1611/19, który zapadł w analogicznym stanie faktycznym, choć podstawą wykreślenia z rejestru VAT był przepis art. 96 ust. 9a pkt 5 u.p.t.u. to i tak znajdzie zastosowanie do niniejszej sprawy.
W wyroku tym wyjaśniono, że nieuprawnione jest oczekiwanie, aby przez wzgląd na praktykowanie pisemnej formy rzeczonego zawiadomienia oraz zaskarżalność przywoływanej w nim czynności wykreślenia z rejestru podatników VAT do sądu administracyjnego, zawiadomienie miało zawierać w gruncie rzeczy analogiczne do decyzji elementy ze sfery ustaleń prawnych i faktycznych, w tym także materiału dowodowego, będących podstawą wykreślenia. Charakter owej pisemnej informacji z samej jej natury może i powinien być ograniczony, a samo wykreślenie odbywa się w procedurze czynności sprawdzających. Sąd, kontroluje legalność czynności wykreślenia podatnika z rejestru podatników VAT, a nie legalność zawiadomienia o dokonaniu tej czynności. Jego więc adresat, tj. adresat zawiadomienia, winien w ramach otrzymanego pisma mieć możliwość uzyskania od organu podatkowego przede wszystkim takich podstawowych informacji, które organ ten wziął pod uwagę dokonując wykreślenia w oparciu o daną podstawę prawną, przy równoczesnym zachowaniu/poszanowaniu źródła owych informacji.
Innymi słowy, pismo/zawiadomienie informujące o wykreśleniu z rejestru podatników VAT nie może w takim przypadku stanowić przejawu ustaleń konkurencyjnych względem owego źródła (np. w stosunku do decyzji wydanej w przedmiocie podatku VAT, z której wynikają takie okoliczności, jakie ustawodawca uznaje jednocześnie za spełniające przesłanki wykreślenia z rzeczonego rejestru), czy być wyrazem pełnego i samodzielnego uzasadnienia dla dokonanej czynności wykreślenia.
Weryfikowanie przez sąd administracyjny legalności wykreślenia z rejestru podatników VAT jako czynności o której mowa w art. 3 § 2 pkt 4 P.p.s.a., następuje w wyniku wniesienia skargi na tę czynność, a nie na zawiadomienie informujące o tym wykreśleniu. W takim przypadku rolą organu, który dokonał czynności wykreślenia, jest wykazanie przed sądem, czyli na etapie postępowania sądowoadministracyjnego, że wykreślenie podatnika z tego rejestru z danym dniem miało dostateczne umocowanie prawne i faktyczne. Ewentualne zatem "niedostatki" w treści zawiadomienia o wykreśleniu nie mogą same w sobie przesądzać o zgodności bądź niezgodności z prawem kontrolowanej czynności wykreślenia z rejestru podatników VAT, skoro owa czynność jako taka i mająca swój wyraz w objęciu jej stosownym wykazem, nie posiada elementu w postaci szczegółowego uzasadnienia. Wykaz w odniesieniu do danego podmiotu pozwala ustalić jedynie datę wykreślenia z rejestru podatników VAT oraz podstawę prawną tego wykreślenia.
W opisanym zakresie model przeprowadzenia kontroli sądowej można w pewnym uproszczeniu uznać za zbliżony do kontroli bezczynności organu, czy kontroli przewlekłego prowadzenia postępowania. Sąd administracyjny ocenia taki przedmiot zaskarżenia poprzez to, co wykaże organ w odpowiedzi na skargę na etapie postępowania sądowego, w szczególności w drodze odwołania się do okoliczności mających przeczyć wystąpieniu bezczynności albo przewlekłości, oczywiście przy uwzględnieniu zawartości akt mających to wszystko obrazować.
Naczelnik US słusznie zatem zarzucił Sądowi pierwszej instancji naruszenie art. 96 ust. 9a pkt 4 w zw. z art. 96 ust. 9f u.p.t.u., także na skutek błędnego przyjęcia, że przepis nakłada na organ obowiązek sporządzenia specjalnego uzasadnienia dla dokonywanej czynności wykreślenia z rejestru podatników VAT oraz, że uzasadnienia takiego nie może zastąpić przywołanie decyzji wymiarowej wydanej wobec skarżącego, mimo wystąpienia sytuacji, w której to ustalenia w niej wyrażone prowadziły organ do wykreślenia z powołanego rejestru, a skarżący zapoznał się z treścią tej właśnie decyzji dotyczącej podatku VAT. W tej sytuacji uznać należy, że organ przedstawił Sądowi dowód pozwalający stwierdzić zaistnienie przesłanek wykreślenia podatnika z rejestru VAT wynikających z art. 96 ust. 9a pkt 4 u.p.t.u. normującego ww. wykreślenie (por. uchwała (7) NSA z 23 października 2023 r., sygn. akt I FPS 3/23).
3.5. Biorąc pod uwagę powyższe, Naczelny Sąd Administracyjny działając na podstawie art. 188 P.p.s.a. uchylił zaskarżony wyrok. Jednocześnie uznając sprawę za dostatecznie wyjaśnioną na podstawie art. 151 P.p.s.a. oddalił skargę.
O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 203 pkt 2 P.p.s.a.
Ryszard Pęk Janusz Zubrzycki Dominik Mączyński
Sędzia NSA Sędzia NSA Sędzia WSA (del.)